Transcriptome diversity among rice root types during asymbiosis and interaction with arbuscular mycorrhizal fungi.

Root systems consist of different root types (RTs) with distinct developmental and functional characteristics. RTs may be individually reprogrammed in response to their microenvironment to maximize adaptive plasticity. Molecular understanding of such specific remodeling-although crucial for crop improvement-is limited. Here, RT-specific transcriptomes of adult rice crown, large and fine lateral roots were assessed, revealing molecular evidence for functional diversity among individual RTs. Of the three rice RTs, crown roots displayed a significant enrichment of transcripts associated with phytohormones and secondary cell wall (SCW) metabolism, whereas lateral RTs showed a greater accumulation of transcripts related to mineral transport. In nature, arbuscular mycorrhizal (AM) symbiosis represents the default state of most root systems and is known to modify root system architecture. Rice RTs become heterogeneously colonized by AM fungi, with large laterals preferentially entering into the association. However, RT-specific transcriptional responses to AM symbiosis were quantitatively most pronounced for crown roots despite their modest physical engagement in the interaction. Furthermore, colonized crown roots adopted an expression profile more related to mycorrhizal large lateral than to noncolonized crown roots, suggesting a fundamental reprogramming of crown root character. Among these changes, a significant reduction in SCW transcripts was observed that was correlated with an alteration of SCW composition as determined by mass spectrometry. The combined change in SCW, hormone- and transport-related transcript profiles across the RTs indicates a previously overlooked switch of functional relationships among RTs during AM symbiosis, with a potential impact on root system architecture and functioning.

Social network extraction and analysis based on multimodal dyadic interaction

Social interactions are a very important component in people"s lives. Social network analysis has become a common technique used to model and quantify the properties of social interactions. In this paper, we propose an integrated framework to explore the characteristics of a social network extracted from multimodal dyadic interactions. For our study, we used a set of videos belonging to New York Times" Blogging Heads opinion blog. The Social Network is represented as an oriented graph, whose directed links are determined by the Influence Model. The links" weights are a measure of the"influence" a person has over the other. The states of the Influence Model encode automatically extracted audio/visual features from our videos using state-of-the art algorithms. Our results are reported in terms of accuracy of audio/visual data fusion for speaker segmentation and centrality measures used to characterize the extracted social network.

Kehittämistarpeet investointihyödykkeitä valmistavassa kansainvälisessä konsernissa. Case: GWS Systems Oy

Tutkielman aiheena on case-yrityksen kansainvälisen liiketoiminnan kehittäminen. Tutkielmassa selvitetään, minkälaisiin toimenpiteisiin case-yrityksen olisi liiketoiminnallisin perustein lähitulevaisuudessa ryhdyttävä sen ulkomaisten myyntiyhtiöiden suhteen vientitoimintaa kehitettäessä. Tarkastelunäkökulma on strategialähtöinen. Johdon päätöksenteon tarpeisiin tähtäävä käsittely painottuu strategian ja laskentatoimen välisen ajankohtaisen vuorovaikutuksen käsittelyyn. Tutkimus on kvalitatiivinen tapaustutkimus. Tutkimusmenetelmä on käytetty osallistuvaa havainnointia sekä haastatteluja. Tutkimuksen tulosten mukaan case-yrityksen tulisi muuttaa vientitoimintamalliaan nykyisestä tytäryhtiömuotoisesta toimintamallista hallinnollisesti ja kustannusrakenteellisesti kevyempään suuntaan. Kannattavuuden parantamiseksi suositellaan lisäksi strategisen johdon laskentatoimen menetelmistä asiakaskannattavuusanalyysin käyttöönottoa myyntiyhtiöiden kannattavimpien asiakkuuksien tunnistamiseksi, jotta niukat resurssit voitaisiin kohdistaa niihin asiakkaisiin, jotka synnyttävät enemmän myyntiä ja parempia tuottoja.

The Strategic Intent and Launching of a Knowledge Management Tool in a Complex Organisation, case Stora Enso Consumer Boards

Informaatiotulva ja organisaation monimutkaisuus luoneet tarpeen tietämyksen hallinnalle. Tämän tutkimuksen tavoitteena on tunnistaa muutostarpeet, jotka portaalin käyttöönotto tietämyksenhallintatyökaluna luo. Tutkimuksessa verrataan myös uusia työkaluja olemassa oleviin sekä arvioidaan organisaation kykyä siirtää tietämystä virtuaalisesti. Kirjallisuutta vastaavanlaisista projekteista ei ole ollut saatavilla, sillä käyttöönotettava teknologia on melko uutta. Samaa teknologiaa on käytössä hieman eri alueella, kuin tässä projektissa on tavoitteena. Tutkimus on tapaustutkimus, jonka pääasialliset lähteet ovat erilaisissa kokouksissa tuotettuja dokumentteja. Tutkija on osallistunut aktiivisesti projektityöhön, joten osa taustatiedoista perustuu tutkijan huomioihin sekä vielä keskusteluihin. Teoriaosassa käsitellään tietämyksen jakamista tietämyksen hallinnan ja virtuaalisuuden näkökulmasta. Muutoksen hallintaa on käsitelty lyhyesti tietämyksenhallintatyökalun käyttöönotossa. Tutkimus liittyy Stora Enso Consumer Boardsin tietämyksen hallintaprojektiin.

Oppimisen esteet strategian toimeenpanossa. Vertaileva tutkimus kahdesta tavaratalosta

Tutkimuksen päätavoitteena on oppivan organisaation teoriaan perustuen tunnistaa organisaation ja yksilön oppimisen esteet ja analysoida strategian toimeenpanon ja oppimisen esteiden välistä yhteyttä ja niiden keskinäistä vuorovaikutusta, sekä analysoida empiiristen case -esimerkkien avulla niissä havaittujen organisatorisen ja yksilöllisen oppimisen esteitä strategian toimeenpanossa teoreettisen viitekehyksen näkökulmasta. Aihetta on käsitelty määrittelemällä oppivan organisaation, arvojen, toiminta- ajatuksen, vision, strategisen osaamisen johtamisen, organisaation oppimisen, oppimistaitojen, organisaation oppimisen esteiden, tiimioppimisen, yksilön oppimisen, yksilön oppimisen esteiden ja reflektion käsitteet. Empiirinen osuus tutkimuksessa analysoi oppimisen esteitä ja näiden eroavaisuuksia kahden tavaratalon välillä. Empiirinen tutkimusaineisto on kvalitatiivinen, jossa henkilökohtaisten haastattelujen avulla kerätyn tutkimusaineiston rooli on merkittävä. Tutkimuksen keskeisimmät tulokset ovat aiemman tutkimuksen ja kirjallisuuden sekä empiirisen tutkimuksen perusteella löydetyt tutkituissa organisaatioissa toimivat organisatoriset ja yksilöllisen oppimisen esteet. Keskeisimmät johtopäätökset saaduista tutkimustuloksista ovat osaamisen johtamisen strategian käyttöönotto, esimiestoiminnan kehittämisen ja vaadittavan osaamisen näkyväksi tekemisen sekä tietojärjestelmien kehittämisen avulla saavutettava strategian oppimisen esteitä poistava johtamistapa - osaamisen strateginen johtaminen.

Approaches to the study of individual–landscape interaction as an evocation of intrapersonal communication Aproximaciones al estudio de la interacción individuo-paisaje a modo de evocación comunicativa intrapersonal

Analysis of the interaction between landscape and the individual opens up many research avenues linked to the generation and interpretation of symbolisms and imaginaries. The capacity of landscape for significant and/or communicative evocation finds in intrapersonal communication a relevant argument for the construction of a theoretical framework to study the process of appropriation and experience of the landscape in terms of communicative expression. The principal aim of this paper is to set up the theoretical framework that enables us to interpret the language of landscape and to decode its intangible discourse.

Organisaation päätöksenteko ja tiedon rooli. Case: UPM-Kymmene Oyj, Kaukas

Tutkielman tavoitteena on selvittää, mihin päätöksenteko perustuu teollisuusyrityksessä. Tutkimuksessa kartoitettiin kohdeorganisaation päätöksentekijöiden näkemyksiä toimintaympäristöstään, itsestään päätöksentekijöinä ja päätöksenteosta sekä tiedosta ja sen käytöstä. Lisäksi sivutaan päätöksenteon sosiaalista luonnetta. Empiirisen tutkimuksen kohdeyksikkönä on UPM-Kymmene Oyj, Kaukas Lappeenrannassa. Tutkimus on toteutettu esimiestasolle suunnattuna lomakekyselynä lokakuussa 2003. Päätöksistä yleisimpiä olivat operatiivisen tason päätökset; taktisen ja strategisen tason päätöksiä tehtiin vähemmän. Päätöstilanteista useimmin kohdattuja olivat puolijäsentyneet ja jäsentyneet tilanteet, kun taas jäsentymättömät päätöstilanteet olivat harvinaisempia. Päätöksentekoprosesseista yleisimmin käytetty oli kirjallisuudessa taktiseen päätöstasoon ja puolijäsentyneisiin päätöstilanteisiin liitetty rajoitetun rationaalisuuden malliin perustuva vaiheittainen malli. Kirjallisuudessa strategiseen päätöksentekotasoon ja jäsentymättömiin päätöstilanteisiin liitetyn ns. iteratiivisesti vaiheittaisen mallin todettiin soveltuvan myös tämänkaltaiseen päätöksentekoon. Esimiehet pitivät toimintaympäristöään teollisuusyrityksessä pääasiallisesti orgaanisena. Tällaisessa ympäristössä vaikutussuhteet ja keinot ohjata ympäristöä perustuvat pitkälti vuorovaikutteisuuteen. Päätöksentekijöiden johtamistyylin todettiin olevan pikemminkin demokraattinen kuin autoritäärinen, mikä tukee edellä mainittuja tuloksia. Tiedon lähteistä päätöksenteon kannalta tärkeimpinä ja luotettavimpina koettiin henkilökohtaiset lähteet. Sisäiset lähteet nähtiin ulkoisia tärkeämpinä ja luotettavampina niin henkilökohtaisten, tekstimuotoisten kuin online-lähteidenkin osalta. Esimiesten todettiin hyödyntävän tosiasiatietoa, kokemusta ja intuitiota eri tavoin erilaisissa päätöstilanteissa, joten myös tehokkaat keinot tukea päätöksentekoa vaihtelevat päätöstyypeittäin. Tutkimuksen tulokset perustuvat kohderyhmän kyselylomakkeella kerättyihin mielipiteisiin. Käytetystä menetelmästä johtuen mielipiteiden taustatekijät ja todellinen toiminta organisaatiossa jäävät vielä avoimiksi. Tutkimustulosten syventäminen ja vahvistaminen sekä lisätiedon saaminen organisaation päätöksenteon todellisuudesta edellyttäisi empiiristä havainnointia tai vähintäänkin haastatteluja.

Roolit, vuorovaikutus ja päätöksenteko johtoryhmätyöskentelyssä, case Imatra Steel Imatran terästehdas

Tutkimus on luonteeltaan laadullinen ja sen tavoitteena on tarkastella johtoryhmätyöskentelyä ja päätöksentekoa roolien ja vuorovaikutuksen kautta. Roolit perustuvat havainnointitutkimukselle Imatra Steelin Imatran terästehtaan johtoryhmässä. Tutkimuksessa on lisäksi hyödynnetty teemahaastatteluja ja yrityksen dokumentteja, ja näin ollen aineistotriangulaatiota. Tutkimuksen painotus on empiirisellä osalla. Tutkimuksen avulla todetaan, että johtoryhmätyöskentely kohdeyrityksessä on perinteitä noudattelevaa ja keskittynyt informaation jakamiseen sekä toiminnan koordinointiin. Strateginen päätöksenteko ja dynaaminen johtoryhmätyöskentely ovat vähemmän painottuneita. Päätökset johtoryhmän kokouksissa syntyvät keskustelujen tuloksena puheenjohtajan tehdessä lopullisen ratkaisun.

The Influence of Age and Sex on Genetic Associations with Adult Body Size and Shape: A Large-Scale Genome-Wide Interaction Study.

Genome-wide association studies (GWAS) have identified more than 100 genetic variants contributing to BMI, a measure of body size, or waist-to-hip ratio (adjusted for BMI, WHRadjBMI), a measure of body shape. Body size and shape change as people grow older and these changes differ substantially between men and women. To systematically screen for age- and/or sex-specific effects of genetic variants on BMI and WHRadjBMI, we performed meta-analyses of 114 studies (up to 320,485 individuals of European descent) with genome-wide chip and/or Metabochip data by the Genetic Investigation of Anthropometric Traits (GIANT) Consortium. Each study tested the association of up to ~2.8M SNPs with BMI and WHRadjBMI in four strata (men ≤50y, men >50y, women ≤50y, women >50y) and summary statistics were combined in stratum-specific meta-analyses. We then screened for variants that showed age-specific effects (G x AGE), sex-specific effects (G x SEX) or age-specific effects that differed between men and women (G x AGE x SEX). For BMI, we identified 15 loci (11 previously established for main effects, four novel) that showed significant (FDR<5%) age-specific effects, of which 11 had larger effects in younger (<50y) than in older adults (≥50y). No sex-dependent effects were identified for BMI. For WHRadjBMI, we identified 44 loci (27 previously established for main effects, 17 novel) with sex-specific effects, of which 28 showed larger effects in women than in men, five showed larger effects in men than in women, and 11 showed opposite effects between sexes. No age-dependent effects were identified for WHRadjBMI. This is the first genome-wide interaction meta-analysis to report convincing evidence of age-dependent genetic effects on BMI. In addition, we confirm the sex-specificity of genetic effects on WHRadjBMI. These results may provide further insights into the biology that underlies weight change with age or the sexually dimorphism of body shape.

STRATEGIC-1: A multiple-lines, randomized, open-label GERCOR phase III study in patients with unresectable wild-type RAS metastatic colorectal cancer.

BACKGROUND: The management of unresectable metastatic colorectal cancer (mCRC) is a comprehensive treatment strategy involving several lines of therapy, maintenance, salvage surgery, and treatment-free intervals. Besides chemotherapy (fluoropyrimidine, oxaliplatin, irinotecan), molecular-targeted agents such as anti-angiogenic agents (bevacizumab, aflibercept, regorafenib) and anti-epidermal growth factor receptor agents (cetuximab, panitumumab) have become available. Ultimately, given the increasing cost of new active compounds, new strategy trials are needed to define the optimal use and the best sequencing of these agents. Such new clinical trials require alternative endpoints that can capture the effect of several treatment lines and be measured earlier than overall survival to help shorten the duration and reduce the size and cost of trials. METHODS/DESIGN: STRATEGIC-1 is an international, open-label, randomized, multicenter phase III trial designed to determine an optimally personalized treatment sequence of the available treatment modalities in patients with unresectable RAS wild-type mCRC. Two standard treatment strategies are compared: first-line FOLFIRI-cetuximab, followed by oxaliplatin-based second-line chemotherapy with bevacizumab (Arm A) vs. first-line OPTIMOX-bevacizumab, followed by irinotecan-based second-line chemotherapy with bevacizumab, and by an anti-epidermal growth factor receptor monoclonal antibody with or without irinotecan as third-line treatment (Arm B). The primary endpoint is duration of disease control. A total of 500 patients will be randomized in a 1:1 ratio to one of the two treatment strategies. DISCUSSION: The STRATEGIC-1 trial is designed to give global information on the therapeutic sequences in patients with unresectable RAS wild-type mCRC that in turn is likely to have a significant impact on the management of this patient population. The trial is open for inclusion since August 2013. TRIAL REGISTRATION: STRATEGIC-1 is registered at Clinicaltrials.gov: NCT01910610, 23 July, 2013. STRATEGIC-1 is registered at EudraCT-No.: 2013-001928-19, 25 April, 2013.

Development of an enantioselective assay for simultaneous separation of venlafaxine and O-desmethylvenlafaxine by micellar electrokinetic chromatography-tandem mass spectrometry: Application to the analysis of drug-drug interaction.

To-date, there has been no effective chiral capillary electrophoresis-mass spectrometry (CE-MS) method reported for the simultaneous enantioseparation of the antidepressant drug, venlafaxine (VX) and its structurally-similar major metabolite, O-desmethylvenlafaxine (O-DVX). This is mainly due to the difficulty of identifying MS compatible chiral selector, which could provide both high enantioselectivity and sensitive MS detection. In this work, poly-sodium N-undecenoyl-L,L-leucylalaninate (poly-L,L-SULA) was employed as a chiral selector after screening several dipeptide polymeric chiral surfactants. Baseline separation of both O-DVX and VX enantiomers was achieved in 15min after optimizing the buffer pH, poly-L,L-SULA concentration, nebulizer pressure and separation voltage. Calibration curves in spiked plasma (recoveries higher than 80%) were linear over the concentration range 150-5000ng/mL for both VX and O-DVX. The limit of detection (LOD) was found to be as low as 30ng/mL and 21ng/mL for O-DVX and VX, respectively. This method was successfully applied to measure the plasma concentrations of human volunteers receiving VX or O-DVX orally when co-administered without and with indinivar therapy. The results suggest that micellar electrokinetic chromatography electrospray ionization-tandem mass spectrometry (MEKC-ESI-MS/MS) is an effective low cost alternative technique for the pharmacokinetics and pharmacodynamics studies of both O-DVX and VX enantiomers. The technique has potential to identify drug-drug interaction involving VX and O-DVX enantiomers while administering indinivar therapy.

Multiplicative interaction of functional inflammasome genetic variants in determining the risk of gout.

INTRODUCTION: The acute gout flare results from a localised self-limiting innate immune response to monosodium urate (MSU) crystals deposited in joints in hyperuricaemic individuals. Activation of the caspase recruitment domain-containing protein 8 (CARD8) NOD-like receptor pyrin-containing 3 (NLRP3) inflammasome by MSU crystals and production of mature interleukin-1β (IL-1β) is central to acute gouty arthritis. However very little is known about genetic control of the innate immune response involved in acute gouty arthritis. Therefore our aim was to test functional single nucleotide polymorphism (SNP) variants in the toll-like receptor (TLR)-inflammasome-IL-1β axis for association with gout. METHODS: 1,494 gout cases of European and 863 gout cases of New Zealand (NZ) Polynesian (Māori and Pacific Island) ancestry were included. Gout was diagnosed by the 1977 ARA gout classification criteria. There were 1,030 Polynesian controls and 10,942 European controls including from the publicly-available Atherosclerosis Risk in Communities (ARIC) and Framingham Heart (FHS) studies. The ten SNPs were either genotyped by Sequenom MassArray or by Affymetrix SNP array or imputed in the ARIC and FHS datasets. Allelic association was done by logistic regression adjusting by age and sex with European and Polynesian data combined by meta-analysis. Sample sets were pooled for multiplicative interaction analysis, which was also adjusted by sample set. RESULTS: Eleven SNPs were tested in the TLR2, CD14, IL1B, CARD8, NLRP3, MYD88, P2RX7, DAPK1 and TNXIP genes. Nominally significant (P < 0.05) associations with gout were detected at CARD8 rs2043211 (OR = 1.12, P = 0.007), IL1B rs1143623 (OR = 1.10, P = 0.020) and CD14 rs2569190 (OR = 1.08; P = 0.036). There was significant multiplicative interaction between CARD8 and IL1B (P = 0.005), with the IL1B risk genotype amplifying the risk effect of CARD8. CONCLUSION: There is evidence for association of gout with functional variants in CARD8, IL1B and CD14. The gout-associated allele of IL1B increases expression of IL-1β - the multiplicative interaction with CARD8 would be consistent with a synergy of greater inflammasome activity (resulting from reduced CARD8) combined with higher levels of pre-IL-1β expression leading to increased production of mature IL-1β in gout.