Molecular characterization and phylogenetic analysis of a penaeidin-like antimicrobial peptide, Fi-penaeidin from Fenneropenaeus indicus

Antimicrobial peptides (AMPs) play a major role in innate immunity. Penaeidins are a family of AMPs that appear to be expressed in all penaeid shrimps. Penaeidins are composed of an N-terminal proline-rich domain, followed by a C-terminal domain containing six cysteine residues organized in two doublets. This study reports the first penaeidin AMP sequence, Fi-penaeidin (GenBank accession number HM243617) from the Indian white shrimp, Fenneropenaeus indicus. The full length cDNA consists of 186 base pairs encoding 61 amino acidswith an ORF of 42 amino acids and contains a putative signal peptide of 19 amino acids. Comparison of F. indicus penaeidin (Fi-penaeidin) with other known penaeidins showed that it shared maximum similarity with penaeidins of Farfantepenaeus paulensis and Farfantepenaeus subtilis (96% each). Fi-penaeidin has a predicted molecular weight (MW) of 4.478 kDa and theoretical isoelectric point (pI) of 5.3

A Novel Isoform of the Hepatic Antimicrobial Peptide, Hepcidin (Hepc-CB1), from a Deep-Sea Fish, the Spinyjaw Greeneye Chlorophthalmus bicornis (Norman, 1939): Molecular Characterisation and Phylogeny

Hepcidin is cysteine-rich short peptide of innate immune system of fishes, equipped to perform prevention and proliferation of invading pathogens like bacteria and viruses by limiting iron availability and activating intracellular cascades. Hepcidins are diverse in teleost fishes, due to the varied aquatic environments including exposure to pathogens, oxygenation and iron concentration. In the present study, we report a 87-amino acid (aa) preprohepcidin (Hepc-CB1) with a signal peptide of 24 aa, a prodomain of 39 aa and a bioactive mature peptide of 24 aa from the gill mRNA transcripts of the deep-sea fish spinyjaw greeneye, Chlorophthalmus bicornis. Molecular characterisation and phylogenetic analysis categorised the peptide to HAMP2-like group with a mature peptide of 2.53 kDa; a net positive charge (?3) and capacity to form b-hairpin-like structure configured by 8 conserved cysteines. The present work provides new insight into the mass gene duplication events and adaptive evolution of hepcidin isoforms with respect to environmental influences and positive Darwinian selection. This work reports a novel hepcidin isoform under the group HAMP2 from a nonacanthopterygian deep-sea fish, C. bicornis

Molecular Characterisation and Phylogenetic Analysis of a Novel Isoform of Hepatic Antimicrobial Peptide, Hepcidin (Zc-hepc1), from the Coral Fish Moorish idol, Zanclus cornutus (Linnaeus,1758)

Hepcidin is a family of short cysteine-rich antimicrobial peptides (AMPs) participating in various physiological functions with inevitable role in host immune responses. Present study deals with identification and characterisation of a novel hepcidin isoform from coral fish Zanclus cornutus. The 81 amino acid (aa) preprohepcidin obtained from Z. cornutus consists of a hydrophobic aa rich 22 mer signal peptide, a highly variable proregion of 35 aa and a bioactive mature peptide with 8 conserved cysteine residues which contribute to the disulphide back bone. The mature hepcidin, Zc-hepc1 has a theoretical isoelectric point of 7.46, a predicted molecular weight of 2.43 kDa and a net positive charge of ?1. Phylogenetic analysis grouped Z. cornutus hepcidin with HAMP2 group hepcidins confirming the divergent evolution of hepcidin-like peptide in fishes. Zc-hepc1 can attain a b-hairpin-like structure with two antiparallel b-sheets. This is the first report of an AMP from the coral fish Z. cornutus.

Influence of the buffer environment on the Relative Biological Effectiveness of carbon ion radiation, investigated by Scanning Force Microscopy and gel electrophoresis

This work focuses on the analysis of the influence of environment on the relative biological effectiveness (RBE) of carbon ions on molecular level. Due to the high relevance of RBE for medical applications, such as tumor therapy, and radiation protection in space, DNA damages have been investigated in order to understand the biological efficiency of heavy ion radiation. The contribution of this study to the radiobiology research consists in the analysis of plasmid DNA damages induced by carbon ion radiation in biochemical buffer environments, as well as in the calculation of the RBE of carbon ions on DNA level by mean of scanning force microscopy (SFM). In order to study the DNA damages, besides the common electrophoresis method, a new approach has been developed by using SFM. The latter method allows direct visualisation and measurement of individual DNA fragments with an accuracy of several nanometres. In addition, comparison of the results obtained by SFM and agarose gel electrophoresis methods has been performed in the present study. Sparsely ionising radiation, such as X-rays, and densely ionising radiation, such as carbon ions, have been used to irradiate plasmid DNA in trishydroxymethylaminomethane (Tris buffer) and 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid (HEPES buffer) environments. These buffer environments exhibit different scavenging capacities for hydroxyl radical (HO0), which is produced by ionisation of water and plays the major role in the indirect DNA damage processes. Fragment distributions have been measured by SFM over a large length range, and as expected, a significantly higher degree of DNA damages was observed for increasing dose. Also a higher amount of double-strand breaks (DSBs) was observed after irradiation with carbon ions compared to X-ray irradiation. The results obtained from SFM measurements show that both types of radiation induce multiple fragmentation of the plasmid DNA in the dose range from D = 250 Gy to D = 1500 Gy. Using Tris environments at two different concentrations, a decrease of the relative biological effectiveness with the rise of Tris concentration was observed. This demonstrates the radioprotective behavior of the Tris buffer solution. In contrast, a lower scavenging capacity for all other free radicals and ions, produced by the ionisation of water, was registered in the case of HEPES buffer compared to Tris solution. This is reflected in the higher RBE values deduced from SFM and gel electrophoresis measurements after irradiation of the plasmid DNA in 20 mM HEPES environment compared to 92 mM Tris solution. These results show that HEPES and Tris environments play a major role on preventing the indirect DNA damages induced by ionising radiation and on the relative biological effectiveness of heavy ion radiation. In general, the RBE calculated from the SFM measurements presents higher values compared to gel electrophoresis data, for plasmids irradiated in all environments. Using a large set of data, obtained from the SFM measurements, it was possible to calculate the survive rate over a larger range, from 88% to 98%, while for gel electrophoresis measurements the survive rates have been calculated only for values between 96% and 99%. While the gel electrophoresis measurements provide information only about the percentage of plasmids DNA that suffered a single DSB, SFM can count the small plasmid fragments produced by multiple DSBs induced in a single plasmid. Consequently, SFM generates more detailed information regarding the amount of the induced DSBs compared to gel electrophoresis, and therefore, RBE can be calculated with more accuracy. Thus, SFM has been proven to be a more precise method to characterize on molecular level the DNA damage induced by ionizing radiations.

Carcass composition of Venda indigenous scavenging chickens under village management

Four Venda indigenous scavenging (VIS) chickens (one young male and one young female of 10-16 weeks of age, a mature cockerel and a mature hen) were randomly purchased from each of six adjacent rural villages during three different seasons (autumn, winter and spring) to determine the meat yield and carcass chemical composition. A total of 72 chickens were slaughtered and feathers, head, neck, viscera, feet and lungs were removed. The live body weight, dressed carcass weight and also the mass of the breast without wings, thighs and drumsticks were recorded with bones and skin. The muscle tissues of the breast and both legs without tendons and fat were sampled for chemical analysis and were analysed for dry matter, ether extract, crude protein and ash. The carcass weight, dressing %, mass of the breast, mass of the thighs, mass of the drumsticks, breast yield, thighs yield and drumsticks yield of both grower and adult VIS chickens were not influenced by season. The crude protein of the grower chickens breast muscles and fat content of the adult chicken leg muscles differed with season. The meat from VIS chickens provided a constant nutrient (crude protein) supply throughout the year to the rural communities.

Supervivencia cáncer específica posterior a nefrectomía radical frente a nefrectomía parcial en carcinoma renal t2: revisión sistemática

Introducción: El tratamiento estándar para los tumores renales localizados es la nefrectomía radical, sin embargo debido a la variación el tamaño del tumor renal en el momento del diagnóstico, se ha reemplazado en algunos casos por la nefrectomía parcial. Objetivo: Este estudio busca comparar el resultado oncológico de la nefrectomía parcial en términos de supervivencia cáncer específica, respecto a la nefrectomía radical, en pacientes mayores de 50 años con carcinoma renal estadio II (T2N0M0) Métodos: Se realizó una revisión sistemática de la literatura, con inclusión de estudios de casos y controles, cohortes y experimentos clínicos aleatorizados incluidos en las bases de datos de MEDLINE , EMBASE y CENTRAL Resultados: La búsqueda inicial emitió un total de 101 resultados, 11 artículos fueron preseleccionados y sólo un artículo cumplió con los criterios de selección; éste se clasificó como nivel de evidencia II. Conclusión: No fue posible concluir su equivalencia oncológica de la nefrectomía radical con la nefrectomía parcial, dado que no hay diseños de estudios que permitan llegar a esta conclusión.

3D Analysis of the TCR/pMHCII Complex Formation in Monkeys Vaccinated with the First Peptide Inducing Sterilizing Immunity against Human Malaria

T-cell receptor gene rearrangements were studied in Aotus monkeys developing high antibody titers and sterilizing immunity against the Plasmodium falciparum malaria parasite upon vaccination with the modified synthetic peptide 24112, which was identified in the Merozoite Surface Protein 2 (MSP-2) and is known to bind to HLA-DR beta 1*0403 molecules with high capacity. Spectratyping analysis showed a preferential usage of V beta 12 and V beta 6 TCR gene families in 67% of HLA-DR beta 1*0403-like genotyped monkeys. Docking of peptide 24112 into the HLA-DR beta 1*0401-HA peptide-HA1.7TCR complex containing the VDJ rearrangements identified in fully protected monkeys showed a different structural signature compared to nonprotected monkeys. These striking results show the exquisite specificity of the TCR/pMHCII complex formation needed for inducing sterilizing immunity and provide important hints for a logical and rational methodology to develop multiepitopic, minimal subunit-based synthetic vaccines against infectious diseases, among them malaria.

Humanismo, transhumanismo y personalismo : bases históricas y teóricas para la configuración de un modelo radical en Educación.

Partiendo de una crítica profunda al capitalismo, se expresa la necesidad de recuperar la persona desde la acción transformadora. De ahí que se haga una profundización en el personalismo como intento de asentar las bases teóricas para la configuración de un modelo radical en Educación. Se pretende precisar críticamente lo real, que implicaría la imprescindible exigencia de rigor y de producción, no extracción, de conocimientos, sin obviar el ineludible componente utópico que supone la búsqueda de hacer realidad lo posible y sin eliminar el espectro poético que precisa precisamente lo impreciso. Esta tesis se desarrolla a través de tres capítulos. En el primero, dividido en tres grandes apartados, se exponen las concreciones espacio-temporales de esa constante histórica que es el humanismo; analizando dicho sustrato en el recorrido histórico-pedagógico realizado, arribamos al planteamiento crítico del problema en los actuales presentes históricos, en él se hacen críticas a las distintas representaciones actuales del humanismo en el mundo occidental, para terminar basamentado epistemológicamente la persona y la humanidad como sístesis superadora. El segundo capítulo se afinca en el estudio del humanismo y transhumanismo en el personalismo y a través de otros tres apartados se configuran los substratos filosófico-antropológicos. Ya en el capítulo tercero se esboza la teoría de la liberación como respuesta educativa en el mundo de hoy y ello a traves de dos bloques diferenciados: a) La educación como confrontación práctica de los planteamientos teóricos y b) La educación como confrontación teórica de los planteamientos prácticos. Se ha intentado construir las bases primigenias de una posible reconceptualización teórico-radical de la educación desde el plano histórico. Para ello, hemos visto que, sin desechar en absoluto una historia social de la Educación, se hace necesario con vistas a un cambio de configuración paradigmática, el análisis de la superestructura en el marco de la Historia de la Educación. Por consiguiente, y a partir de la profundización de las ideas educativas contextualizadas, se puede producir un conocimiento propedeútico abocado a una revolución conceptual en el plano teórico de la educación. Pero sólo cuando la dicotomía teoría-práctica en Educación se rompa, sólo cuando los imaginarios grupos de teóricos versus científicos desaparezcan, se podrá dar una alternativa global a la Educación de nuestro tiempo. Hemos de romper con los falsos cientificismos, con las falsas ansias de objetividad y hacer renacer las visiones macroestructurales político-filosóficas, que engranen en un íntimo circuito de feedback las reconceptualizaciones radicales de las bases teóricas con las reformulaciones pertinentes a nivel metodológico. A partir de esos instantes, el confusionismo teórico y las apariencias, que no realidades, prácticas en el ámbito educacional, se desvanecerán por completo.

FormaçÒo inicial de professores para a educaçÒo básica : uma (re)visÒo radical. 'Formación inicial de profesores para la educación básica : una revisión radical'.

Resumen tomado de la revista

Juventud, identidad y cultura : el rock radical vasco en la d??cada de los 80

Resumen basado en el de la publicaci??n

Constructivismo radical, marco teórico de investigación y enseñanza de las ciencias.

Resumen tomado de la revista

La voz del alumnado y la inclusión educativa : una aproximación democrática radical para el aprendizaje intergeneracional.

Resumen tomado de la publicación

La autoevaluación y la democracia radical o específica : deconstrucción y universidad.

Se pretende aclarar conceptos a través de un proceso de deconstrucción que dan sentido a la autoevaluación. Primeramente, se introduce el término'autoevaluación' para, posteriormente, profundizar en el significado socialmente establecido de 'democracia'. Con esta base se justificará el uso del término 'democracia radical' o de 'democracia específica' en las clases. Se trata de que cada uno diseñe, si así lo considera, su propio proceso de autoevaluación de acuerdo con las necesidades del grupo de clase.

Teoría crítica del radical love.

Monográfico con el título: 'Pedagogía crítica del S. XXI'. Resumen basado en el de la publicación

En pos del significado : una perspectiva radical para la educación científica.

Aplicar la metodología científica (en particular los procedimientos epistemológicos de la Física) a todos los campos del saber humano, con especial incidencia en el ámbito de la enseñanza de la Ciencia. El objeto del trabajo es orientar la enseñanza, su aprendizaje y las técnicas de investigación hacia un modelo de conocimiento inspirado en los procedimientos epistemológicos de la Física. Se pretende construir un método interdisciplinar de conocimiento de la realidad. En este proceso, se atraviesan 4 fases: A. Reivindicación de los procedimientos epistemológicos de la Física. B. Conjunción de varias disciplinas para la construcción de un modelo de conocimiento aplicable a todas las áreas del saber humano. C. Aplicación de este modelo al ámbito de la educación científica, utilizando el método de verificación científica. D. Formulación de una teoría del conocimiento de alcance universal e interdisciplinar orientada a la recuperación de la unidad del saber científico. Método hipotético-deductivo, es decir, el desarrollo, contrastación, verificación o falsación de hipótesis o postulados que se proponen como inicialmente verdaderos. El autor sostiene que el método de conocimiento interdisciplinar que propone contribuye a un correcto desarrollo de todas las facetas de la educación científica. Este hecho demostraría la unidad del conocimiento científico, pues resultaría evidente que una metodología interdisciplinar es la mejor herramienta para cualquier proceso intelectual.