Evaluación del trabajo colaborativo en Iniciación a la Investigación en Biología

Tras el trabajo previo de diseño de la asignatura Iniciación a la Investigación en Biología, el equipo multidisciplinar de profesores y profesoras de la Red Docente INVES ha desarrollado una metodología propia de trabajo en equipo, no sólo entre el diferente profesorado que la compone, sino también con el profesorado de la asignatura Estadística, con la que se comparten objetivos de aprendizaje comunes. Se ha optimizado el sistema de evaluación del trabajo colaborativo del alumnado, mediante el uso de rubricas y auto-evaluación. Dicho trabajo consiste en el diseño y desarrollo de un proyecto de investigación bibliométrico de temática biológica realizado por los estudiantes, propiciando la adquisición de competencias transversales mediante una dinámica de trabajo en grupo que culmina en la edición de unas Jornadas Científicas. Por otra parte, se han consensuado criterios comunes de evaluación continua, mejorando en la eficiencia de la evaluación, y determinado un incremento de la capacidad de aprendizaje del alumnado a lo largo de los cursos 2010-11 al 2013-14. La oferta formativa se completa mediante la formación de un grupo de Alto Rendimiento Académico con docencia en lengua inglesa. Esto permite al alumnado implementar el objetivo general de compresión de lengua extranjera inglés en lo relativo al ámbito científico.

Seguimiento de la implantación del Grado en Biología. Estrategias para la coordinación docente

Durante el curso académico 2013-2014 ha tenido lugar la implantación del último curso del Grado en Biología. Esto permite hacer un análisis completo de la implantación del título así como un estudio sobre el diseño y desarrollo del Trabajo de fin de Grado y la adaptación del Programa de Prácticas externas. Estrategias de trabajo a través de las comisiones de semestre, comisión de garantía de calidad del Centro, reuniones con el alumnado, grupos de acción tutorial, etc. han permitido detectar anomalías y reforzar aspectos positivos para el correcto funcionamiento del título. Cabe resaltar la alta participación del alumnado en la asignatura optativa de prácticas externas, así como un número elevado de alumnos/as matriculados en las optativas de cuarto curso vinculadas al Itinerario 2: Biotecnología y Biosanitaria. En cuanto a los Trabajos de Fin de Grado en curso, destaca el elevado número de trabajos experimentales, seguidos de los bibliográficos y en menor medida, los vinculados a empresas/instituciones.

Study of zinc protein ligands in a halophilic enzyme

Glucose dehydrogenase (EC 1.1.1.47) from the halophilic Archaeon Haloferax mediterranei belongs to the medium-chain alcohol dehydrogenase superfamily and requires a zinc ion for catalysis. The zinc ion is coordinated by a histidine, a water molecule and two other ligands from the protein or the substrate, which vary during the catalytic cycle of the enzyme. In many enzymes of this superfamily one of the zinc ligands is commonly cysteine, which is replaced by an aspartate residue at position 38 in the halophilic enzyme. This change has been only observed in glucose dehydrogenases from extremely halophilic microorganisms belonging to the Archaea Domain. This paper describes biochemical studies and structural comparisons to analyze the role of sequence differences between thermophilic and halophilic glucose dehydrogenases which contain a zinc ion within the protein surrounded by three ligands. Whilst the catalytic activity of the D38C GlcDH mutant is reduced, its thermal stability is enhanced, consistent with the greater structural similarity between this mutant and the homologous thermophilic enzyme from Thermoplasma acidophilum.

Reflexiones tras la implantación del Grado en Biología en la UA

Con el curso académico 2013-2014 finaliza la implantación de los títulos de Grado en la Universidad de Alicante, y con ello se abre un período de análisis de este proceso que será la antesala de la evaluación y la acreditación de títulos. Los actuales títulos de Grado se diseñaron en un escenario socio-cultural-económico muy diferente al que se ha tenido durante el proceso de implantación. Los recortes en la financiación han sido el principal desencadenante de una dinámica en la que tanto aquellos involucrados en la gestión como los encargados de las tareas docentes han tenido que asumir la impartición de materias en grupos numerosos, con falta de recursos y una interpretación cuanto menos ambigua del concepto “evaluación continua”. Asimismo, los recortes en los programas de becas han tenido efectos tanto en el número y tipo de matrículas como en la participación del alumnado en programas de movilidad. Este trabajo pretende ser un resumen del análisis de resultados relativos a la implantación del Grado en Biología en la Universidad de Alicante para su posterior uso en el diseño de estrategias de mejora para la docencia en este título.

Evaluación del Grado de Biología de la Facultad de Ciencias de la Universidad de Alicante

Una vez implantado el Grado de Biología, es el momento de hacer una revisión profunda de los resultados obtenidos, con el fin de comprobar si éstos son adecuados para garantizar la continuidad de la impartición del mismo. Esta comunicación se presenta como resultado del trabajo que se está realizando en el seno de la Comisión del Grado en Biología, que es el grupo encargado de realizar la autoevaluación de dicho grado. La revisión se centra en comprobar la adquisición de competencias por parte de los estudiantes, en los recursos humanos y materiales que soportan el desarrollo del título y en el análisis de la evolución de los resultados del mismo. Todo ello en tres ámbitos principales: la Gestión del Título, los Recursos de los que se dispone y por último los Resultados obtenidos. Toda esta información será de gran ayuda para poder detectar las fortalezas y debilidades del grado, y de este modo poder reforzar aquellos puntos que se revelen más débiles.

Avances en el trabajo colaborativo en Iniciación a la Investigación en Biología

Un equipo multidisciplinar de profesores y profesoras que componen la Red Docente INVES e imparten docencia en la asignatura Iniciación a la Investigación en Biología, ha desarrollado una metodología propia de trabajo en equipo, en coordinación con el profesorado de la asignatura Estadística, con la que se comparten objetivos de aprendizaje comunes. El sistema de evaluación del trabajo colaborativo del alumnado se ha optimizado mediante el uso de rúbricas y auto-evaluación. Se ha propiciado la adquisición de competencias transversales mediante una dinámica de trabajo en grupo. El diseño y desarrollo de un proyecto de investigación bibliométrico, de temática biológica, es realizado por los y las estudiantes, y culmina con la edición de unas Jornadas Científicas. Con el fin de mejorar la eficiencia de la evaluación, se han consensuado criterios comunes de evaluación continua entre el profesorado. Ello ha determinado un incremento de la capacidad de aprendizaje del alumnado a lo largo de los cursos 2010-11 al 2013-14. La lectura y compresión de textos científicos en inglés junto a la formación de un grupo de Alto Rendimiento Académico con docencia en lengua inglesa completa la oferta formativa, permitiendo al alumnado implementar el objetivo general de compresión de lengua extranjera inglés en lo relativo al ámbito científico.

Transcriptional profiles of Haloferax mediterranei based on nitrogen availability

The haloarchaeon Haloferax mediterranei is able to grow in the presence of different inorganic and organic nitrogen sources by means of the assimilatory pathway under aerobic conditions. In order to identify genes of potential importance in nitrogen metabolism and its regulation in the halophilic microorganism, we have analysed its global gene expression in three culture media with different nitrogen sources: (a) cells were grown stationary and exponentially in ammonium, (b) cells were grown exponentially in nitrate, and (c) cells were shifted to nitrogen starvation conditions. The main differences in the transcriptional profiles have been identified between the cultures with ammonium as nitrogen source and the cultures with nitrate or nitrogen starvation, supporting previous results which indicate the absence of ammonium as the factor responsible for the expression of genes involved in nitrate assimilation pathway. The results have also permitted the identification of transcriptional regulators and changes in metabolic pathways related to the catabolism and anabolism of amino acids or nucleotides. The microarray data was validated by real-time quantitative PCR on 4 selected genes involved in nitrogen metabolism. This work represents the first transcriptional profiles study related to nitrogen assimilation metabolism in extreme halophilic microorganisms using microarray technology.

Denitrification Enzymes-Based Biosensors: the Case of Haloarchaeal Enzymes

In the last two decades, the increase in the use of artificial fertilizers and the disposal of industrial wastes have been the main factors responsible for the progressive increase in nitrate and nitrite levels in groundwater and soil. A variety of analytical strategies have been developed for nitrate and nitrite detection but electrochemical biosensors, which are simple, cheap, easily miniaturized and suitability for real-time detection, are proved to be a powerful tool. Various types of biosensors based on the use of whole cells or on the immobilization of denitrification enzymes have been developed, but their use is limited in environmental analysis under extreme conditions such as brines, acidic or basic wastewaters, salted soils, etc. Extremophilic denitrifying microorganism are good candidates for the development of new nitrate and nitrite biosensors and, in particular, haloarchaeal based biosensors would have advantages over bacterial based biosensors since the microorganisms and the purified denitrifying enzymes tolerate a wide range of temperature and salinity. This work summarizes new highlights on the potential uses of denitrifying haloarchaeal enzymes to make enzyme-based biosensors.

La Reacreditación en el Grado de Biología de la Facultad de Ciencias de la Universidad de Alicante

Implantación de los nuevos Grados, como sustitución de las Licenciaturas en los estudios universitarios, lleva consigo un proceso de Reacreditación, consistente en la revisión de una serie de parámetros de calidad, a realizar una vez terminada su implantación. Este proceso se ha desarrollado en tres ámbitos principales: la Gestión del Título, los Recursos de los que se dispone y, por último, los Resultados, y tiene como fin principal evaluar si los resultados obtenidos son adecuados para garantizar la continuidad de la impartición del Grado. El equipo de trabajo que ha llevado a cabo la revisión y ha puesto en marcha los procesos de mejora en el Grado de Biología de la Facultad de Ciencias de la Universidad de Alicante ha sido la Comisión de Título. La revisión que dicha Comisión ha realizado se ha centrado en evaluar la adquisición de competencias por parte de los estudiantes, en los recursos humanos y materiales que soportan el desarrollo del título, y en el análisis de la evolución de los resultados del mismo. Toda la información generada en este grupo de trabajo, ha sido volcada a la aplicación “AstUA” con la que se gestionan los programas de calidad de toda la Universidad de Alicante.

INVES: Docencia en Iniciación a la Investigación en Biología

Un equipo multidisciplinar de profesores y profesoras que imparten docencia en la asignatura Iniciación a la Investigación en Biología, constituyen la Red Docente INVES con el fin de desarrollar una metodología propia de trabajo en equipo, en coordinación con el profesorado de la asignatura Estadística, con la que se comparten objetivos de aprendizaje comunes. Durante el desarrollo de la asignatura, el alumnado diseña y ejecuta un proyecto de investigación bibliométrico de temática biológica sobre un tema actual y de interés. Con ello se favorece la adquisición de competencias transversales del módulo básico del título de grado. La dinámica de trabajo en grupo culmina en la edición de unas Jornadas Científicas, donde los estudiantes exponen los trabajos realizados. Se han consensuado modificaciones en las metodologías y actividades de aprendizaje, mejorando en la eficiencia de la experiencia de enseñanza-aprendizaje.

Théâtre de Calderon,

t.1. Notice sur Calderon. Maison à deux portes, maison difficile à garder. Le médecin de son honneur. La dévotion à la croix. L'alcade de Zalaméa. De mal en pis. La vie est un songe.--t.2. Le pire n'est pas toujours certain. Bonheur et malheur du nom. A outrage secret, vengeance secrète. Aimer après la mort. Le gêolier de sci-même.--t.3. Louis Perez de Galice. Le secret à haute voix. L'esprit follet. Les trois châtiments en un seul. Le prince constant. Le schisme d'Angleterre.

Optimization models and methods for real-time transportation planning in forestry

Lors du transport du bois de la forêt vers les usines, de nombreux événements imprévus peuvent se produire, événements qui perturbent les trajets prévus (par exemple, en raison des conditions météo, des feux de forêt, de la présence de nouveaux chargements, etc.). Lorsque de tels événements ne sont connus que durant un trajet, le camion qui accomplit ce trajet doit être détourné vers un chemin alternatif. En l’absence d’informations sur un tel chemin, le chauffeur du camion est susceptible de choisir un chemin alternatif inutilement long ou pire, qui est lui-même "fermé" suite à un événement imprévu. Il est donc essentiel de fournir aux chauffeurs des informations en temps réel, en particulier des suggestions de chemins alternatifs lorsqu’une route prévue s’avère impraticable. Les possibilités de recours en cas d’imprévus dépendent des caractéristiques de la chaîne logistique étudiée comme la présence de camions auto-chargeurs et la politique de gestion du transport. Nous présentons trois articles traitant de contextes d’application différents ainsi que des modèles et des méthodes de résolution adaptés à chacun des contextes. Dans le premier article, les chauffeurs de camion disposent de l’ensemble du plan hebdomadaire de la semaine en cours. Dans ce contexte, tous les efforts doivent être faits pour minimiser les changements apportés au plan initial. Bien que la flotte de camions soit homogène, il y a un ordre de priorité des chauffeurs. Les plus prioritaires obtiennent les volumes de travail les plus importants. Minimiser les changements dans leurs plans est également une priorité. Étant donné que les conséquences des événements imprévus sur le plan de transport sont essentiellement des annulations et/ou des retards de certains voyages, l’approche proposée traite d’abord l’annulation et le retard d’un seul voyage, puis elle est généralisée pour traiter des événements plus complexes. Dans cette ap- proche, nous essayons de re-planifier les voyages impactés durant la même semaine de telle sorte qu’une chargeuse soit libre au moment de l’arrivée du camion à la fois au site forestier et à l’usine. De cette façon, les voyages des autres camions ne seront pas mo- difiés. Cette approche fournit aux répartiteurs des plans alternatifs en quelques secondes. De meilleures solutions pourraient être obtenues si le répartiteur était autorisé à apporter plus de modifications au plan initial. Dans le second article, nous considérons un contexte où un seul voyage à la fois est communiqué aux chauffeurs. Le répartiteur attend jusqu’à ce que le chauffeur termine son voyage avant de lui révéler le prochain voyage. Ce contexte est plus souple et offre plus de possibilités de recours en cas d’imprévus. En plus, le problème hebdomadaire peut être divisé en des problèmes quotidiens, puisque la demande est quotidienne et les usines sont ouvertes pendant des périodes limitées durant la journée. Nous utilisons un modèle de programmation mathématique basé sur un réseau espace-temps pour réagir aux perturbations. Bien que ces dernières puissent avoir des effets différents sur le plan de transport initial, une caractéristique clé du modèle proposé est qu’il reste valable pour traiter tous les imprévus, quelle que soit leur nature. En effet, l’impact de ces événements est capturé dans le réseau espace-temps et dans les paramètres d’entrée plutôt que dans le modèle lui-même. Le modèle est résolu pour la journée en cours chaque fois qu’un événement imprévu est révélé. Dans le dernier article, la flotte de camions est hétérogène, comprenant des camions avec des chargeuses à bord. La configuration des routes de ces camions est différente de celle des camions réguliers, car ils ne doivent pas être synchronisés avec les chargeuses. Nous utilisons un modèle mathématique où les colonnes peuvent être facilement et naturellement interprétées comme des itinéraires de camions. Nous résolvons ce modèle en utilisant la génération de colonnes. Dans un premier temps, nous relaxons l’intégralité des variables de décision et nous considérons seulement un sous-ensemble des itinéraires réalisables. Les itinéraires avec un potentiel d’amélioration de la solution courante sont ajoutés au modèle de manière itérative. Un réseau espace-temps est utilisé à la fois pour représenter les impacts des événements imprévus et pour générer ces itinéraires. La solution obtenue est généralement fractionnaire et un algorithme de branch-and-price est utilisé pour trouver des solutions entières. Plusieurs scénarios de perturbation ont été développés pour tester l’approche proposée sur des études de cas provenant de l’industrie forestière canadienne et les résultats numériques sont présentés pour les trois contextes.

Le potentiel des coopératives d'épargne et de crédit comme acteur de développement local en zone urbaine ; de la planification stratégique à la pérennité des actions. Étude de cas : Querétaro, Mexique

L'Amérique latine se caractérise comme une région ayant la pire répartition de la richesse et le Mexique n'y fait pas exception. Malgré que la dernière décennie lui ait apporté la stabilisation économique et la libéralisation des échanges commerciaux, l'écart entre les riches et les pauvres continue de croître. Pour certains experts, la cause principale de cette situation réside dans les effets de la mondialisation. Bien qu'ils contribuent à déstabiliser les économies locales, d'autres éléments présents au Mexique menacent autant le développement durable des communautés mexicaines. Notons la fragilité des démocraties, la faiblesse des institutions financières, les histoires de corruption et de trafic de drogue, l'exclusion sociale et la dégradation de l'environnement. Plusieurs programmes de développement socioéconomiques ont été mis en place par différents gouvernements mexicains. Que ce soit, des programmes en matière de santé et d'éducation, des programmes alimentaires et agricoles ou de construction d'infrastructures, ils visent essentiellement à réduire la pauvreté en milieux ruraux. Les problèmes sociaux en zones urbaines ne font pas partie des priorités actuelles de l'agenda politique du gouvernement fédéral. Les communautés urbaines doivent donc se tourner vers d'autres moyens pour assurer leur développement et, la micro-finance est l'une des solutions qui a depuis longtemps fait ses preuves en matière de mobilisation des populations hasardeuses. En effet, elle permet aux populations exclues des systèmes financiers traditionnels d'avoir un plus grand contrôle de leur avenir par l'auto emploi et par le développement endogène de leur communauté. Elle introduit donc une dynamique d'autonomie et vise des changements économiques et sociaux à long terme. Par contre, une des plus grandes erreurs commises est pourtant de prétendre que la micro-finance est le remède de toutes les calamités. Les besoins des populations moins nanties en zones urbaines ne se limitent pas aux besoins de financement. Les pauvres ont également besoin de logements salubres, d'eau potable, d'électricité, de soins de santé, d'écoles et d'infrastructure, ce en quoi tout être humain est en droit de posséder. De plus, le développement durable n'est pas qu'une question de solution aux problèmes de pauvreté, il concerne également tous les citadins. Lorsque l'on parle de qualité de vie, on parle également d'emplois disponibles, de revitalisation de quartiers, d'aménagement d'espaces verts, de construction de centres sportifs et culturels, pour en nommer que quelques-uns. En l'absence de volonté ou de moyens politiques en la matière, la coopérative d'épargne et de crédit peut-elle être un levier de développement local pour une communauté urbaine mexicaine? C'est la question à laquelle je me suis attardée ces derniers mois, en analysant le contexte socio-économique de la ville de Querétaro au Mexique. Pour ce faire, j'ai exécuté d'abord une intervention dans une importante coopérative d'épargne et de crédit et je me suis ensuite documentée à travers des entrevues formelles et informelles, des observations, des conférences diverses et la littérature locale et internationale. Après avoir présenté, dans le premier chapitre, le contexte socio-politico-économique du Mexique et en particulier celui de la municipalité de Querétaro, je décris, au chapitre 2, les différents problèmes que vivent au quotidien les citadins. Le chapitre 3 est consacré à l'environnement et aux ressources qu'offrent les coopératives mexicaines d'épargne et de crédit: leur importance, les principes, la législation, les forces et les faiblesses, les menaces et les opportunités, etc. Le chapitre suivant définit le développement local en zone urbaine, ses principes, le processus qui l'accompagne, les acteurs impliqués et la finalité. Enfin le chapitre 5 nous amène au coeur même de la réflexion, c'est-à-dire évaluer si la coopérative d'épargne et de crédit possède le potentiel nécessaire pour être un acteur important de développement local en zones urbaines mexicaines.

Optimization models and methods for real-time transportation planning in forestry

Lors du transport du bois de la forêt vers les usines, de nombreux événements imprévus peuvent se produire, événements qui perturbent les trajets prévus (par exemple, en raison des conditions météo, des feux de forêt, de la présence de nouveaux chargements, etc.). Lorsque de tels événements ne sont connus que durant un trajet, le camion qui accomplit ce trajet doit être détourné vers un chemin alternatif. En l’absence d’informations sur un tel chemin, le chauffeur du camion est susceptible de choisir un chemin alternatif inutilement long ou pire, qui est lui-même "fermé" suite à un événement imprévu. Il est donc essentiel de fournir aux chauffeurs des informations en temps réel, en particulier des suggestions de chemins alternatifs lorsqu’une route prévue s’avère impraticable. Les possibilités de recours en cas d’imprévus dépendent des caractéristiques de la chaîne logistique étudiée comme la présence de camions auto-chargeurs et la politique de gestion du transport. Nous présentons trois articles traitant de contextes d’application différents ainsi que des modèles et des méthodes de résolution adaptés à chacun des contextes. Dans le premier article, les chauffeurs de camion disposent de l’ensemble du plan hebdomadaire de la semaine en cours. Dans ce contexte, tous les efforts doivent être faits pour minimiser les changements apportés au plan initial. Bien que la flotte de camions soit homogène, il y a un ordre de priorité des chauffeurs. Les plus prioritaires obtiennent les volumes de travail les plus importants. Minimiser les changements dans leurs plans est également une priorité. Étant donné que les conséquences des événements imprévus sur le plan de transport sont essentiellement des annulations et/ou des retards de certains voyages, l’approche proposée traite d’abord l’annulation et le retard d’un seul voyage, puis elle est généralisée pour traiter des événements plus complexes. Dans cette ap- proche, nous essayons de re-planifier les voyages impactés durant la même semaine de telle sorte qu’une chargeuse soit libre au moment de l’arrivée du camion à la fois au site forestier et à l’usine. De cette façon, les voyages des autres camions ne seront pas mo- difiés. Cette approche fournit aux répartiteurs des plans alternatifs en quelques secondes. De meilleures solutions pourraient être obtenues si le répartiteur était autorisé à apporter plus de modifications au plan initial. Dans le second article, nous considérons un contexte où un seul voyage à la fois est communiqué aux chauffeurs. Le répartiteur attend jusqu’à ce que le chauffeur termine son voyage avant de lui révéler le prochain voyage. Ce contexte est plus souple et offre plus de possibilités de recours en cas d’imprévus. En plus, le problème hebdomadaire peut être divisé en des problèmes quotidiens, puisque la demande est quotidienne et les usines sont ouvertes pendant des périodes limitées durant la journée. Nous utilisons un modèle de programmation mathématique basé sur un réseau espace-temps pour réagir aux perturbations. Bien que ces dernières puissent avoir des effets différents sur le plan de transport initial, une caractéristique clé du modèle proposé est qu’il reste valable pour traiter tous les imprévus, quelle que soit leur nature. En effet, l’impact de ces événements est capturé dans le réseau espace-temps et dans les paramètres d’entrée plutôt que dans le modèle lui-même. Le modèle est résolu pour la journée en cours chaque fois qu’un événement imprévu est révélé. Dans le dernier article, la flotte de camions est hétérogène, comprenant des camions avec des chargeuses à bord. La configuration des routes de ces camions est différente de celle des camions réguliers, car ils ne doivent pas être synchronisés avec les chargeuses. Nous utilisons un modèle mathématique où les colonnes peuvent être facilement et naturellement interprétées comme des itinéraires de camions. Nous résolvons ce modèle en utilisant la génération de colonnes. Dans un premier temps, nous relaxons l’intégralité des variables de décision et nous considérons seulement un sous-ensemble des itinéraires réalisables. Les itinéraires avec un potentiel d’amélioration de la solution courante sont ajoutés au modèle de manière itérative. Un réseau espace-temps est utilisé à la fois pour représenter les impacts des événements imprévus et pour générer ces itinéraires. La solution obtenue est généralement fractionnaire et un algorithme de branch-and-price est utilisé pour trouver des solutions entières. Plusieurs scénarios de perturbation ont été développés pour tester l’approche proposée sur des études de cas provenant de l’industrie forestière canadienne et les résultats numériques sont présentés pour les trois contextes.