Wireless Applications Evaluation and Development Process: Case -Paper Industry Logistics

Sähköisen liiketoiminnan ja mobiliteetin konvergenssi yhdessä teknologisen innovaation kiihtyvän vauhdin kanssa ovat saaneet aikaan kiinnostusta langattomia liiketoimintaratkaisuja kohtaan. Tämän diplomityön tavoitteena oli tutkia sähköisen liiketoiminnan langattomien sovellusten arviointi- ja kehitysprosessia. Työ keskittyy tarkastelemaan paperiteollisuuden toimitusketjun langatonta seurantaa. Tutkimuksessa esitetään langattoman sähköisen liiketoiminnan määritelmä, kuvaillaan langattomuuden eri sovellusalueita ja sovellusten arviointi- ja kehitysprosessin strategisia sekä teknologisia ulottuvuuksia. Työ luo viitekehyksen, jonka avulla tarkastella langattomien teknologioiden merkitystä logistiikassa. Tutkimuksen merkittävin tulos on prosessimalli sovellusten arvioimiseksi ja kehittämiseksi. Mallilla kehitetty langaton sovellus osoittautui tarkastelussa hyödylliseksi toimitusketjun hallinnassa.

The determinants of CAP reform: learning from the European financial crisis and CAP 2013

There is an ongoing debate on which are the determinants of CAP reform. The economic environment has not been contemplated as a direct determinant of CAP reform but its proxy, the budget, has not only been looked at as such but underlined as a key cause of CAP reform. This paper argues, however, that the budget does not affect the modus operandi of the CAP. It affects the quantity of support each farmer is going to get and sometimes even the timing of the reform, but not the form it is going to receive it. Other CAP determinants and international negotiations in particular, have an impact on the substance of CAP reform. This hypothesis is not contradicted by an analysis of CAP 2013 changes.

Delivery system for location based information in wireless IP networks

Tämä työ esittelee uuden tarjota paikasta riippuvaa tietoa langattomien tietoverkkojen käyttäjille. Tieto välitetään jokaiselle käyttäjälle tietämättä mitään käyttäjän henkilöllisyydestä. Sovellustason protokollaksi valittiin HTTP, joka mahdollistaa tämän järjestelmän saattaa tietoa perille useimmille käyttäjille, jotka käyttävät hyvinkin erilaisia päätelaitteita. Tämä järjestelmä toimii sieppaavan www-liikenteen välityspalvelimen jatkeena. Erilaisten tietokantojen sisällä on perusteella järjestelmä päättää välitetäänkö tietoa vai ei. Järjestelmä sisältää myös yksinkertaisen ohjelmiston käyttäjien paikantamiseksi yksittäisen tukiaseman tarkkuudella. Vaikka esitetty ratkaisu tähtääkin paikkaan perustuvien mainosten tarjoamiseen, se on helposti muunnettavissa minkä tahansa tyyppisen tiedon välittämiseen käyttäjille.

Puhe IP-verkossa operaattorin näkökulmasta

Tässä diplomityössä tutkittiin operaattorin IP-verkossa toteutettavia puhepalveluita. Tutkimus perustui käytännön tarpeeseen. VoIP-tekniikalla toteutetuista puheluista on nopeasti tullut vakavasti otettava haastaja perinteiselle piirikytkentäiselle puhelintekniikalle. IP-tekniikka mahdollistaa data-, puhe- sekä videopalvelujen integroimisen yhteen verkkoon. Lisäksi IP-verkko on edullinen, laajalle levinnyt ja tehokas. Nämä ominaisuudet tekevät siitä houkuttelevan vaihtoehdon puhepalvelujen alustaksi. Verkkojen yhdistyminen mahdollistaa uudentyyppisen kommunikointiympäristön, jossa voidaan käyttää monenlaisia sovelluksia ja apuvälineitä ihmisten välisen kommunikoinnin helpottamiseksi. Tähän työhön sisältyi testilaitteiston hankkiminen ja asentaminen. Laitteistolla oli pystyttävä toteuttamaan operaattorin VoIP-järjestelmä, jolla oli kyettävä toteuttamaan usealle yritykselle IP-vaihdepalvelut. Laitteistoa testattiin itse aiheutetuilla virhetilanteilla sekä koekäyttäjillä. Testauksessa selvitettiin järjestelmän soveltuvuutta operaattorin tuotantokäyttöön.

Association of PCK1 with Body Mass Index and Other Metabolic Features in Patients With Psychotropic Treatments.

Weight gain is a major health problem among psychiatric populations. It implicates several receptors and hormones involved in energy balance and metabolism. Phosphoenolpyruvate carboxykinase 1 is a rate-controlling enzyme involved in gluconeogenesis, glyceroneogenesis and cataplerosis and has been related to obesity and diabetes phenotypes in animals and humans. The aim of this study was to investigate the association of phosphoenolpyruvate carboxykinase 1 polymorphisms with metabolic traits in psychiatric patients treated with psychotropic drugs inducing weight gain and in general population samples. One polymorphism (rs11552145G > A) significantly associated with body mass index in the psychiatric discovery sample (n = 478) was replicated in 2 other psychiatric samples (n1 = 168, n2 = 188), with AA-genotype carriers having lower body mass index as compared to G-allele carriers. Stronger associations were found among women younger than 45 years carrying AA-genotype as compared to G-allele carriers (-2.25 kg/m, n = 151, P = 0.009) and in the discovery sample (-2.20 kg/m, n = 423, P = 0.0004). In the discovery sample for which metabolic parameters were available, AA-genotype showed lower waist circumference (-6.86 cm, P = 0.008) and triglycerides levels (-5.58 mg/100 mL, P < 0.002) when compared to G-allele carriers. Finally, waist-to-hip ratio was associated with rs6070157 (proxy of rs11552145, r = 0.99) in a population-based sample (N = 123,865, P = 0.022). Our results suggest an association of rs11552145G > A polymorphism with metabolic-related traits, especially in psychiatric populations and in women younger than 45 years.

Association of PCK1 with Body Mass Index and Other Metabolic Features in Patients With Psychotropic Treatments.

Weight gain is a major health problem among psychiatric populations. It implicates several receptors and hormones involved in energy balance and metabolism. Phosphoenolpyruvate carboxykinase 1 is a rate-controlling enzyme involved in gluconeogenesis, glyceroneogenesis and cataplerosis and has been related to obesity and diabetes phenotypes in animals and humans. The aim of this study was to investigate the association of phosphoenolpyruvate carboxykinase 1 polymorphisms with metabolic traits in psychiatric patients treated with psychotropic drugs inducing weight gain and in general population samples. One polymorphism (rs11552145G > A) significantly associated with body mass index in the psychiatric discovery sample (n = 478) was replicated in 2 other psychiatric samples (n1 = 168, n2 = 188), with AA-genotype carriers having lower body mass index as compared to G-allele carriers. Stronger associations were found among women younger than 45 years carrying AA-genotype as compared to G-allele carriers (-2.25 kg/m, n = 151, P = 0.009) and in the discovery sample (-2.20 kg/m, n = 423, P = 0.0004). In the discovery sample for which metabolic parameters were available, AA-genotype showed lower waist circumference (-6.86 cm, P = 0.008) and triglycerides levels (-5.58 mg/100 mL, P < 0.002) when compared to G-allele carriers. Finally, waist-to-hip ratio was associated with rs6070157 (proxy of rs11552145, r = 0.99) in a population-based sample (N = 123,865, P = 0.022). Our results suggest an association of rs11552145G > A polymorphism with metabolic-related traits, especially in psychiatric populations and in women younger than 45 years.

Organisaatiokulttuurin muutoksista viestiminen 1970- luvulta nykypäivään. Case UPM- Kymmene Oyj/ Kaukas

Tässä tutkielmassa on tarkasteltu organisaatiokulttuurin muuttumista ja siitä viestimistä case- yrityksessä. Tutkielman tavoitteena on ollut hahmottaa kuva yrityksen virallisesta tavasta viestiä muutoksista henkilöstölle ja ulkopuolisille intresseille. Tutkimusmenetelmänä on käytetty henkilöstölehtien sisältöanalyysia. Henkilöstölehtiä on tarkasteltu vuosilta 1974- 98 Organisaatiokulttuurin muuttuminen on monivaiheinen ja alati jatkuva prosessi. Jokainen organisaatiokulttuuri muuttaa muotoaan tarkoituksellisesti tai ilman, toiset nopeammin, toiset hitaammin. Yritysten tavoitteena muutoksissa on luoda ja ylläpitää vahvaa organisaatiokulttuuria, jonka voimin yritys selviää paremmin suuristakin muutoksista. Organisaatiokulttuuri on jatkuvasti muuttuva ja muutettava kokonaisuus, joka vaikuttaa kaikkeen organisaatiossa ja jota muovaavat niin yrityksen sisäiset kuin ulkoisetkin asiat. Johdon velvollisuutena on välittää informaatiota muutoksista henkilöstölle ja muille sidosryhmille oikeaan aikaan ja oikealla tavalla.

Arvojohtaminen ja omistajalähtöinen johtaminen eettisessä tarkastelussa

Liikkeenjohdollisten oppien tekstit välittävät uusien johtamiskäytäntöjen ja oivallustensa lisäksi lukijoilleen myös niitä arvoja ja etiikkakäsityksiä, joille uudet opit pohjautuvat. Koska tällaisen kirjallisuuden kuluttajat ovat usein yritysten päätöstentekijöitä, näiden näkemysten vaikutuspiiri saattaa olla hyvinkin laaja. Tämän tutkimuksen tavoitteena on selvittää kahden viimeaikaisen liikkeenjohdollisen opin eettisiä taustoja. Arvojohtaminen on johtamisoppi, jonka mukaan yrityksen tulee määrittää omat arvonsa, joiden normittamisen avulla yritystä voidaan johtaa. Arvojohtamisessa arvot nähdään ensisijaisesti välineinä, ja yrityksen johto asetetaan keskeisimmäksi oikean ja väärän määrittäjäksi. Omistajalähtöinen johtaminen puolestaan perustuu väitteelle, että yrityksen toimien oikeellisuutta voidaan mitata niiden omistajille tuottamalla varallisuudella. Finanssikapitalismin lailla se uskoo vakaasti markkinoiden itsesäätelyyn ja yksilön omaan kykyyn tehdä kypsiä ja eettisiä valintoja.

Estimating 750 years of temperature variations and uncertainties in the Pyrenees by tree-ring reconstructions and climate simulations.

Past temperature variations are usually inferred from proxy data or estimated using general circulation models. Comparisons between climate estimations derived from proxy records and from model simulations help to better understand mechanisms driving climate variations, and also offer the possibility to identify deficiencies in both approaches. This paper presents regional temperature reconstructions based on tree-ring maximum density series in the Pyrenees, and compares them with the output of global simulations for this region and with regional climate model simulations conducted for the target region. An ensemble of 24 reconstructions of May-to-September regional mean temperature was derived from 22 maximum density tree-ring site chronologies distributed over the larger Pyrenees area. Four different tree-ring series standardization procedures were applied, combining two detrending methods: 300-yr spline and the regional curve standardization (RCS). Additionally, different methodological variants for the regional chronology were generated by using three different aggregation methods. Calibration verification trials were performed in split periods and using two methods: regression and a simple variance matching. The resulting set of temperature reconstructions was compared with climate simulations performed with global (ECHO-G) and regional (MM5) climate models. The 24 variants of May-to-September temperature reconstructions reveal a generally coherent pattern of inter-annual to multi-centennial temperature variations in the Pyrenees region for the last 750 yr. However, some reconstructions display a marked positive trend for the entire length of the reconstruction, pointing out that the application of the RCS method to a suboptimal set of samples may lead to unreliable results. Climate model simulations agree with the tree-ring based reconstructions at multi-decadal time scales, suggesting solar variability and volcanism as the main factors controlling preindustrial mean temperature variations in the Pyrenees. Nevertheless, the comparison also highlights differences with the reconstructions, mainly in the amplitude of past temperature variations and in the 20th century trends. Neither proxy-based reconstructions nor model simulations are able to perfectly track the temperature variations of the instrumental record, suggesting that both approximations still need further improvements.

Regulation of bistable ICEclc transfer in pseudomonas knackmussii B13

L'élément génétique intégratif et conjugatif auto-transférable de 103 kb qui se trouve dans le génome de Pseudomonas knackmussii B13 (ICEc/c) confère la capacité de dégrader le 3-chlorobenzoate et le 2-aminophénol. L'élément ICE c/c peut être transféré par conjugaison de la souche B13 à diverses bêta- et gamma- protéobactéries. Seule une sous-population de 3 à 5% des cellules transfère l'élément, les cellules dites "compétentes pour le transfert". L'acquisition de la compétence pour le transfert est vraisemblablement la conséquence d'une régulation bistable, conduisant une partie des cellules au transfert de l'élément ICE c/c tandis que, dans les autres, l'élément reste quiescent et ne se transfère pas. À ce jour, les mécanismes et les acteurs moléculaires qui régulent l'activation bistable de l'élément sont restés inconnus. Mon travail de doctorat visait à identifier les éléments bistables du régulon de la compétence pour le transfert et d'analyser les fondements moléculaires de la bistabilité de l'élément ICE c/c chez P. knackmussii. Le premier chapitre introduit le thème du transfert génétique horizontal avec un accent particulier sur les éléments intégratifs et conjugatifs (ICE) et ICEcIc. L'état actuel des connaissances sur l'organisation génétique, la régulation, l'intégration et le transfert de différents modèles de ICEs est exposé en détail. En outre, je m'étends sur les phénomènes d'hétérogénéité et de bistabilité phénotyplques, qu'on peut distinguer dans une population isogénique dans des conditions de culture homogènes, et qui sont susceptibles de jouer un rôle dans le transfert de l'élément ICE c/c, dans la mesure où il ne s'active et n'est transférable que dans une très petite sous-population de cellules. Dans le chapitre 2, je présente une analyse globale des régions promotrices minimales des gènes appartenant au régulon de la compétence pour le transfert de l'élément ICE c/c. Nous avons étudié les caractéristiques d'expression des promoteurs et, s'ils s'avéraient bistables, leur activation dans le temps par comparaison avec le mutant lntB13. Pour ce faire, nous avons utilisé des fusions de promoteurs avec des gènes rapporteurs et testé l'expression bistable chez P. knackmussii par microscopie à épifluorescence. Pour six promoteurs présentant une expression bistable, nous avons employé de la microscopie temporelle pour déterminer la chronologie de leur expression par rapport à Pint et PinR. Parmi eux, nous avons identifié deux gènes exprimés précocement et trois gènes exprimés tardivement dans le processus d'acquisition de la compétence de transfert. Dans le chapitre 3, j'expose une analyse d'expression génétique pour l'un des groupes de gènes dont la transcription est la plus élevée dans la région conservée de ICE c/c, les gènes orf81655-orf68241 contenus dans une région de 14 kb. Nous montrons d'abord que cet opéron fait partie du même régulon bistable que intB13 et inrR et analysons les caractéristiques génétiques qui conduisent à une transcription élevée. Nous étudions les fonctions biologiques de ce groupe de gènes par des délétlons ciblées et montrons que certaines d'entre elles empêchent le transfert de l'élément. Nous approfondissons la caractérlsatlon de I'orf8l655 en construisant une fusion transcrlptionnelle avec le gène codant pour la protéine fluorescente verte (egfp) (en utilisant le système minl-Tn5). L'expression de Vorf81655 dans des cellules individuelles est comparée au signal mesuré par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur le ARN messager du gène. En utilisant FISH, des délétlons du promoteur et de l'analyse directe de transcription, nous avons localisé la région promotrice du groupe de gènes. En outre, nous avons utilisé des mutations dirigées pour comprendre la bistabilité de cette région promotrice, caractérisée par une transcription très élevée et une traduction lente de l'ARN messager.  Dans le chapitre 4, nous nous efforçons de comprendre comment la bistabilité est générée au sein du régulon te de l'élément ICE c/c. Pour ce faire, nous avons tenté de reconstituer une expression bistable, dans un hôte qui ne présente pas de bistabilité naturellement, à partir d'éléments génétiques individuels. L'hôte choisi est Pseudomonas putida dans lequel nous avons introduit une copie unique de Pint, PinR ou PaipA fusionnés à la egfp, construits qui permettent d'observer l'apparition de bistabilité. Nous avons ensuite construit différents assemblages de composants génétiques de l'élément ICE c/c, en nous concentrant sur la région parA-inrR. En effet, nous avons pu démontrer qu'une expression bistable apparaît dans P. putida grâce à ces éléments en l'absence de l'élément ICE c/c complet. À noter que la plupart des construits génétiques activent PaipA ou P|,,R, mais qu'un seul recrée la bistabilité de Pint, ce qui suggère que la région parA-inrR permet à la fois d'engendrer la bistabilité et d'opérer la transition entre les promoteurs précoces et les promoteurs tardifs du régulon de la bistabilité. Dans le chapitre 5, nous concluons sur une discussion de la pertinence de nos résultats et sur de futures perspectives de recherche. -- The 103-kb self-transmissible integrative and conjugative element (ICE) of Pseudomonas knackmussii B13 (ICEc/c) confers the capacity to degrade 3- chlorobenzoate and 2-aminophenol. ICEc/c can be conjugated from strain B13 to a variety of Beta- and Gammaproteobacteria. Interestingly, ICE c/c transfer is observed in a subpopulatlon of cells (3-5%) only, the so-called 'transfer competent' cells. The formation of transfer competence (tc) is thought to be the consequence of a 'bistable' decision, which forces those cells to follow the developmental path which leads to ICEc/c transfer, whereas in others ICE c/c remains silent and does not transfer. So far, the mechanisms and molecular partners generating this bistable transfer activation in cells of P. knackmussii B13 remain mostly unidentified. This thesis aimed at understanding the extent of the tc bistability regulon and to dissect the molecular basis of bistabillty formation of ICEc/c in P. knackmussii. The first chapter is a general Introduction on horizontal gene transfer (HGT) with particular emphasis on ICEs and ICE c/c. The emphasis is made on the current knowledge about the HGT gene organization, regulation and specific integration and transfer aspects of the different ICEs models. Furthermore, I focus on the phenomena of phenotypic heterogeneity and bistability (the property of two distinguishable phenotypes existing within an isogenic population under homogeneous conditions), which may play a particular role in ICEc/c behaviour, since ICE activation and transfer only occurs in a very small subpopulation of cells. In Chapter Two, I focus on a global analysis of the different core promoters that might belong to the ICEc/c tc pathway regulon. We studied both expression patterns of ICEc/c promoters and, once being identified as "bistable", their temporal activation compared to that of intB13. In order to do this, we used promoter reporter fusions and tested blstability expression in P. knackmussii using epifluorescence microscopy. For the 6 promoters that showed bistable expression, we used time-lapse microscopy to study the timing of promoter expression in comparison to that of P,,,t or PlnR. We could establish two "early" and 3 "late" phase promoters in the process of transfer competence. In Chapter Three, I focused my attention on analysis of gene expression of one of the most highly transcribed gene clusters in the conserved core region of ICEc/c, a 14-kb gene cluster formed by the genes orf81655-orf68241. First we showed that this operon is part of the same bistability 'regulon' as intB13 and inrR, and analysed the genetic features that lead to high transcription. We studied the potential biological function of this cluster for ICE c/c by making specific gene deletions, showing that some interrupt ICEc/c transfer. We further analysed the orfdl655 promoter by constructing transcriptional egfp fusion reporter strains using the miniTn5 delivery system. Expression of the orf81655 promoter in single cells was compared to signals measured by Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) on orfSl655 mRNA. We localized the promoter region of the gene cluster using FISH, promoter deletions, and by direct transcript analysis. We further used site-directed mutagenesis to understand the bistability character of the promoter region and the extremely high transcription but low translation from this mRNA. In Chapter Four, we set out to understand how bistability is generated in the tc pathway of ICEc/c. For this we tried rebuilding bistable expression from ICEc/c individual gene components in a host, which normally does not display bistability. As host we used P. putida without ICEc/c but with a single copy Pint-, PlnR- or PalpA- egfp fusion that enabled us to verify bistability formation. Subsequently, we built different assemblages of ICEc/c gene components, focusing on the parA-inrR region. Indeed, we found that bistable expression can be build from those components in P. putida without ICEc/c. Interestingly, most genetic constructs activated PaipA or PlnR, but only one resulted in bistable activation of PinT. This suggests that the parA-inrR region acts as a bistability "generator", but also as a bistability "relay" from early to late promoters in the tc pathway hierarchy. In the final fifth chapter, we conclude with a discussion of the relevance of the present thesis and the resulting perspectives for future studies.

Error models in hydrogeology applications

Notre consommation en eau souterraine, en particulier comme eau potable ou pour l'irrigation, a considérablement augmenté au cours des années. De nombreux problèmes font alors leur apparition, allant de la prospection de nouvelles ressources à la remédiation des aquifères pollués. Indépendamment du problème hydrogéologique considéré, le principal défi reste la caractérisation des propriétés du sous-sol. Une approche stochastique est alors nécessaire afin de représenter cette incertitude en considérant de multiples scénarios géologiques et en générant un grand nombre de réalisations géostatistiques. Nous rencontrons alors la principale limitation de ces approches qui est le coût de calcul dû à la simulation des processus d'écoulements complexes pour chacune de ces réalisations. Dans la première partie de la thèse, ce problème est investigué dans le contexte de propagation de l'incertitude, oú un ensemble de réalisations est identifié comme représentant les propriétés du sous-sol. Afin de propager cette incertitude à la quantité d'intérêt tout en limitant le coût de calcul, les méthodes actuelles font appel à des modèles d'écoulement approximés. Cela permet l'identification d'un sous-ensemble de réalisations représentant la variabilité de l'ensemble initial. Le modèle complexe d'écoulement est alors évalué uniquement pour ce sousensemble, et, sur la base de ces réponses complexes, l'inférence est faite. Notre objectif est d'améliorer la performance de cette approche en utilisant toute l'information à disposition. Pour cela, le sous-ensemble de réponses approximées et exactes est utilisé afin de construire un modèle d'erreur, qui sert ensuite à corriger le reste des réponses approximées et prédire la réponse du modèle complexe. Cette méthode permet de maximiser l'utilisation de l'information à disposition sans augmentation perceptible du temps de calcul. La propagation de l'incertitude est alors plus précise et plus robuste. La stratégie explorée dans le premier chapitre consiste à apprendre d'un sous-ensemble de réalisations la relation entre les modèles d'écoulement approximé et complexe. Dans la seconde partie de la thèse, cette méthodologie est formalisée mathématiquement en introduisant un modèle de régression entre les réponses fonctionnelles. Comme ce problème est mal posé, il est nécessaire d'en réduire la dimensionnalité. Dans cette optique, l'innovation du travail présenté provient de l'utilisation de l'analyse en composantes principales fonctionnelles (ACPF), qui non seulement effectue la réduction de dimensionnalités tout en maximisant l'information retenue, mais permet aussi de diagnostiquer la qualité du modèle d'erreur dans cet espace fonctionnel. La méthodologie proposée est appliquée à un problème de pollution par une phase liquide nonaqueuse et les résultats obtenus montrent que le modèle d'erreur permet une forte réduction du temps de calcul tout en estimant correctement l'incertitude. De plus, pour chaque réponse approximée, une prédiction de la réponse complexe est fournie par le modèle d'erreur. Le concept de modèle d'erreur fonctionnel est donc pertinent pour la propagation de l'incertitude, mais aussi pour les problèmes d'inférence bayésienne. Les méthodes de Monte Carlo par chaîne de Markov (MCMC) sont les algorithmes les plus communément utilisés afin de générer des réalisations géostatistiques en accord avec les observations. Cependant, ces méthodes souffrent d'un taux d'acceptation très bas pour les problèmes de grande dimensionnalité, résultant en un grand nombre de simulations d'écoulement gaspillées. Une approche en deux temps, le "MCMC en deux étapes", a été introduite afin d'éviter les simulations du modèle complexe inutiles par une évaluation préliminaire de la réalisation. Dans la troisième partie de la thèse, le modèle d'écoulement approximé couplé à un modèle d'erreur sert d'évaluation préliminaire pour le "MCMC en deux étapes". Nous démontrons une augmentation du taux d'acceptation par un facteur de 1.5 à 3 en comparaison avec une implémentation classique de MCMC. Une question reste sans réponse : comment choisir la taille de l'ensemble d'entrainement et comment identifier les réalisations permettant d'optimiser la construction du modèle d'erreur. Cela requiert une stratégie itérative afin que, à chaque nouvelle simulation d'écoulement, le modèle d'erreur soit amélioré en incorporant les nouvelles informations. Ceci est développé dans la quatrième partie de la thèse, oú cette méthodologie est appliquée à un problème d'intrusion saline dans un aquifère côtier. -- Our consumption of groundwater, in particular as drinking water and for irrigation, has considerably increased over the years and groundwater is becoming an increasingly scarce and endangered resource. Nofadays, we are facing many problems ranging from water prospection to sustainable management and remediation of polluted aquifers. Independently of the hydrogeological problem, the main challenge remains dealing with the incomplete knofledge of the underground properties. Stochastic approaches have been developed to represent this uncertainty by considering multiple geological scenarios and generating a large number of realizations. The main limitation of this approach is the computational cost associated with performing complex of simulations in each realization. In the first part of the thesis, we explore this issue in the context of uncertainty propagation, where an ensemble of geostatistical realizations is identified as representative of the subsurface uncertainty. To propagate this lack of knofledge to the quantity of interest (e.g., the concentration of pollutant in extracted water), it is necessary to evaluate the of response of each realization. Due to computational constraints, state-of-the-art methods make use of approximate of simulation, to identify a subset of realizations that represents the variability of the ensemble. The complex and computationally heavy of model is then run for this subset based on which inference is made. Our objective is to increase the performance of this approach by using all of the available information and not solely the subset of exact responses. Two error models are proposed to correct the approximate responses follofing a machine learning approach. For the subset identified by a classical approach (here the distance kernel method) both the approximate and the exact responses are knofn. This information is used to construct an error model and correct the ensemble of approximate responses to predict the "expected" responses of the exact model. The proposed methodology makes use of all the available information without perceptible additional computational costs and leads to an increase in accuracy and robustness of the uncertainty propagation. The strategy explored in the first chapter consists in learning from a subset of realizations the relationship between proxy and exact curves. In the second part of this thesis, the strategy is formalized in a rigorous mathematical framework by defining a regression model between functions. As this problem is ill-posed, it is necessary to reduce its dimensionality. The novelty of the work comes from the use of functional principal component analysis (FPCA), which not only performs the dimensionality reduction while maximizing the retained information, but also allofs a diagnostic of the quality of the error model in the functional space. The proposed methodology is applied to a pollution problem by a non-aqueous phase-liquid. The error model allofs a strong reduction of the computational cost while providing a good estimate of the uncertainty. The individual correction of the proxy response by the error model leads to an excellent prediction of the exact response, opening the door to many applications. The concept of functional error model is useful not only in the context of uncertainty propagation, but also, and maybe even more so, to perform Bayesian inference. Monte Carlo Markov Chain (MCMC) algorithms are the most common choice to ensure that the generated realizations are sampled in accordance with the observations. Hofever, this approach suffers from lof acceptance rate in high dimensional problems, resulting in a large number of wasted of simulations. This led to the introduction of two-stage MCMC, where the computational cost is decreased by avoiding unnecessary simulation of the exact of thanks to a preliminary evaluation of the proposal. In the third part of the thesis, a proxy is coupled to an error model to provide an approximate response for the two-stage MCMC set-up. We demonstrate an increase in acceptance rate by a factor three with respect to one-stage MCMC results. An open question remains: hof do we choose the size of the learning set and identify the realizations to optimize the construction of the error model. This requires devising an iterative strategy to construct the error model, such that, as new of simulations are performed, the error model is iteratively improved by incorporating the new information. This is discussed in the fourth part of the thesis, in which we apply this methodology to a problem of saline intrusion in a coastal aquifer.

Analysis of SKI-1/S1P prodomain provides insight on maturation and activation of SKI-1/S1P zymogen

SKI-l/SlP protease is a member of the proprotein convertase family, with several functions in cellular metabolism and homeostasis. It is responsible for the processing of several cellular substrates, including ATF6, SREBPs, and GlcNAc-1- phosphotranspherase. Furthermore, SKI-1/SlP is also responsible for maturation of arenavirus surface glycoprotein into GP1 and GP2 subunits. This processing is a strict requirement in order to achieve fully mature and fusion-competent virions. Furthermore, SKI-1/SlP itself is synthesized as an inactive zymogen, requiring sequential autocatalytic processing at several sites (B'/B and C) in its prodomain in order to mature and become fully active. Our project focused on the analysis of SKI- 1/S1P prodomain in the biogenesis of the active enzyme. In this context we have additionally developed and characterized a novel cell-based sensor for assessment of cellular activity of the enzyme, with a potential application in screening for novel SKI- 1/S1P inhibitors. In a first aim we have analysed the relevance of cleavage motifs found in the enzyme prodomain. Using molecular and biochemistry tools we have identified and characterized a novel C' maturation site. Furthermore, we found that SKI-1/SlP autoprocessing results in intermediates whose catalytic domain remains associated with prodomain fragments of different lengths. Contrasting with other proprotein convertases, incompletely matured intermediates of SKI-1/SlP exhibit full catalytic activity toward selected substrates. In a second aim, we turned our attention to the structural basis of SKI-1/SlP N- terminus assisted folding. Studying the folding and activity of prodomain-truncated forms of the enzyme we found that a minimal folding unit is contained in the AB region. Deletion of the BC sequence affected auto-maturation but not folding, and partial activity was retained. However, the BC region seemed required for complete and full activity. Phylogenetic analyses showed that the AB sequence is highly conserved, while the BC fragment is variable in sequence and length. Specifically, replacement of the human prodomain with that of Drosophila, resulted in a fully mature and active chimeric enzyme, suggesting an evolution process of SKI-1/SlP prodomain towards a more complex arrangement and steps of activation. Overall, the additional data we have produced might provide fundamental knowledge crucial for the development of novel SKI-1/SlP inhibitors while also providing new SKI- 1/S1P variants with potential use in crystallization purpose. -- SKI-l/SlP est une protéase membre de la famille des proprotéines convertases (PCs), avec plusieurs fonctions dans le métabolisme cellulaire et de l'homéostasie. Il est responsable pour la maturation de plusieurs substrats cellulaires, y compris ATF6, SREBPs et GlcNAc-1-phosphotranspherase. SKI-l/SlP est également responsable pour la maturation de la glycoprotéine des arénavirus, une exigence stricte pour atteindre des virions infectieuse. Synthétisé comme un zymogène inactif, SKI-l/SlP nécessite d'un traitement autocatalytique séquentiel sur plusieurs sites (B'/B et C) de son prodomaine afin de devenir pleinement active. Notre projet était axé sur l'analyse de SKI-l/SlP prodomaine dans la biogenèse de l'enzyme. Dans ce contexte, nous avons développé un nouveau senseur-cellulaire pour l'évaluation de l'activité de l'enzyme. Ce dernier pourrait avoir une potentielle application dans l'identification de nouveaux inhibiteurs de SKI-l/SlP. Premièrement, nous avons analysé la pertinence des motifs de clivage trouvés dans le prodomaine de l'enzyme. En utilisant des outils moléculaires et biochimiques, nous avons identifié et caractérisé un nouveau site de maturation (C'). Aussi, nous avons constaté que la maturation de SKI-l/SlP a des intermédiaires dont le domaine catalytique reste associé à des fragments du prodomaine de différentes longueurs. Contrastant avec d'autres PCs, les intermédiaires partiellement matures de SKI-1 / SIP présentent une activité catalytique complète envers des substrats spécifiques. Dans un deuxième but nous avons tourné notre attention sur la base structurelle du pliage de SKI-l/SlP assisté par son N-terminus: En étudiant l'activité et pliage des formes tronquées dans le prodomaine de l'enzyme, nous avons constaté qu'une unité de pliage minimale est contenue dans la région de l'AB. La suppression de la séquence d'auto-BC affecte la maturation mais pas le pliage, et l'activité partielle est maintenue. Cependant, la région BC semble nécessaire pour une activité complète. Les analyses phylogénétiques ont montré que la séquence AB est fortement conservée, tandis que le fragment de BC est variable en longueur et en séquence. En particulier, le remplacement du prodomaine humain avec celui de la drosophile, a donné lieu à une enzyme chimérique complètement mature et active. Suggérant un processus d'évolution du prodomaine vers un arrangement et des mesures d'activation plus complexe. Globalement, ces donnees supplémentaires augment les connaissances fondamentales cruciales pour le développement de nouveaux inhibiteurs de SKI-1/ SIP, tout en offrant de nouvelles variantes SKI-1 / SIP dans le but d'obtenir la structure cristallographique de l'enzyme.

State of Logistics and Operations Management in Finnish and Swedish Companies – Survey Research Findings

In this research we are examining what is the status of logistics and operations management in Finnish and Swedish companies. Empirical data is based on the web based questionnaire, which was completed in the end of 2007 and early 2008. Our examination consists of roughly 30 answers from largest manufacturing (highest representation in our sample), trade and logistics/distribution companies. Generally it could be argued that these companies operate in complex environment, where number of products, raw materials/components and suppliers is high. However, usually companies rely on small amount of suppliers per raw material/component (highest frequency is 2), and this was especially the case among Swedish companies, and among those companies, which favoured overseas sourcing. Sample consisted of companies which mostly are operating in an international environment, and are quite often multinationals. Our survey findings reveal that companies in general have taken logistics and information technology as part of their strategy process; utilization of performance measures as well as system implementations have followed the strategy decisions. In the transportation mode side we identify that road transports dominate all transport flow classes (inbound, internal and outbound), followed by sea and air. Surprisingly small amount of companies use railways, but in general we could argue that Swedish companies prefer this mode over Finnish counterparts. With respect of operations outsourcing, we found that more traditional areas of logistics outsourcing are driving factors in company's performance measurement priority. In contrary to previous research, our results indicate that the scope of outsourcing is not that wide in logistics/operations management area, and companies are not planning to outsource more in the near future. Some support is found for more international operations and increased outsourcing activity. From the increased time pressure of companies, we find evidence that local as well as overseas customers expect deliveries within days or weeks, but suppliers usually supply within weeks or months. So, basically this leads into considerable inventory holding. Interestingly local and overseas sourcing strategy does not have that great influence on lead time performance of these particular sourcing areas - local strategy is anyway considerably better in responding on market changes due to shorter supply lead times. In the end of our research work we have completed correlation analysis concerning items asked with Likert scale. Our analysis shows that seeing logistics more like a process rather than function, applying time based management, favouring partnerships and measuring logistics within different performance dimensions results on preferred features and performance found in logistics literature.

Yhteistoiminnan ja tiedon jakamisen kehittäminen

Tässä tutkimustyössä on tavoitteena tutkia UPM-Kymmene Wood Oy:n vaneriliiketoimintaorganisaation lähtölogistiikka- ja myyntiosaston tiedon jakamisen ja yhteistoiminnan nykytilaa ja kartoittaa osastojen tiedontarpeita yhteistoimintaan liittyen. Työn tavoitteena on tämän jälkeen antaa kohdeosastoille ehdotuksia toimenpiteistä ja teknologisista ratkaisuista toiminnan parantamiseen. Työssä esitetään aluksi tietoon ja sen jakamiseen liittyviä käsitteitä. Tämän jälkeen tekstissä luodaan katsaus liiketoimintatietoon ja sen hallintaan. Lisäksi tutkimuksessa tarkastellaan tutkimuksen kohteena olevaa organisaatiota ja kohdeosastoja. Haastatteluiden ja havainnoinnin avulla kerätyn tutkimusaineiston perusteella kohdeosastojen välillä vaihdetaan nykytilassa paljon erilaista asiakkaisiin ja markkinoihin liittyvää tietoa. Tiedon jakaminen ja vaihto perustuu kuitenkin nykytilassa hyvin vahvasti säännöllisen yhteistoiminnan sijaan erillisesti ilmaistuihin tietotarpeisiin. Haastatteluiden perusteella kohdeosastoissa on havaittavissa myös parannustarpeita nykyiseen tiedonkulkuun ja tiedon jakamiseen verrattuna. Annetut kehitysehdotukset koskevat yhteistoiminnan muuntamista säännölliseksi ja keskustelevaksi, olemassa olevien tietojen tehokkaammasta jakamisesta ja nykyisten tietohallintajärjestelmien hyödyntämisestä yhteistoiminnassa uusien järjestelmien luomisen sijaan.

Lastaus- ja jakelutoiminnan kehittäminen paperitehtaalla

Stora Enso Oyj:n Anjalan paperitehdas on vuoden 2008 alussa muutosten keskellä; tehtaalla pysäytetään yksi paperikone, ja samalla kahden käyntiin jäävän paperikoneen tuoteportfoliota muutetaan. Näin ollen tehtaalla on tarve päivittää logistista strategiaa ja kehittää tehtaan lähtölogistiikan toimintoja. Tämän diplomityön tavoitteena oli määrittää Anjalan paperitehtaan lastausaseman resurssit tehtaalla toteutettavan rakennemuutoksen jälkeisessä tilanteessa sekä tuoda esille ja pohtia tehtaan lähtölogistiikan toimintojen mahdollisia kehitystoimenpiteitä. Työssä pohdittiin rakennemuutoksen vaikutuksia lastausaseman resursseihin niin auto- kuin junalastauksenkin osalta sekä käsiteltiin mahdollisia logististen järjestelyjen kehitystoimenpiteitä. Lastausaseman resurssit todettiin riittäviksi. Keskeisimmiksi ja tärkeimmiksi kehitystoimenpiteiksi työssä nähtiin tehdas-satama -toimituksissa käytettävien autokuljetusten määrän kasvattaminen, Stora Enson systeemiliikenteen junalastausten kehittäminen sekä Anjalan paperitehtaan ja Inkeroisten kartonkitehtaan yhteisen kuljetussuunnittelijan toimen käynnistäminen.