Inovação do método MIA-QSAR: aplicação para doenças tropicais negligenciadas

Multivariate image analysis applied to the quantitative structure-activity relationships (MIA-QSAR) is a 2D QSAR technique that has been presenting promising outcomes for the development of new drug candidates, due to its simplicity, rapidity and low cost. In this way, the present study aims at introducing, consolidating and improving the new dimensions named aug-MIA-QSAR and aug-MIA-QSARcolor, as well as applying them to the study of neglected diseases, in order to obtain new drug targets using chemico-biological interpretation of the MIA molecular descriptors. Four compound data sets with experimental bioactivities against Chagas disease, malaria, dengue and schistosomiasis were evaluated using three approaches: MIA-QSARt, aug-MIA-QSAR and aug-MIA-QSARcolor. In general, representations of atoms as spheres with different colors and sizes proportional to the corresponding van der Waals radii (aug-MIA approaches) improved the predictive ability and interpretability in all data sets. The use of colors proportional to the Pauling´s electronegativity showed that MIA descriptors are capable of identifying periodic properties relevant for the studied activity. Finally, solid colors instead of spotlighted atoms allowed a correct identification of atoms by means of pixel values in the studies for malaria, dengue and schistosomiasis, which were, subsequently, useful for the chemical interpretation related to the bioactivity. It can be inferred that semicarbazones and thiosemicarbazones derivative with a tri-substituted ring in R1 group and a trifluoro methyl group in the R 3 position instead of a chlorine antitripanossoma resulted in higher activity. The antimalarial activity of quinolon-4(1H)imines can be improved if: 1) R1 and R2 are electron donor groups, 2) R3 has long aminoalkyl chains, and 3) R4 possesses substituents with big atomic volume. In the study for dengue, it was found that tetrapeptides with unbranched small size amino acids in the A1 and A4 positions can increase the substrate affinity (Km) to the NS3 protein, and when in A1 and A2 positions, the substrate cleavage rate (kcat). On the other hand, acidic amino acids in the A2 and A4 positions were found to be related with low substrate affinity to the NS3 protein and when present in A1, with low substrate cleavage rate. Finally, the presence of metoxy substituents in R1 (or R2) and R5 in the neolignan backbone can favor their antischistosomal activity.

MIA – Musings in appreciation

Stuart Cunningham has been a regular contributor to MIA since 1987, and was one of the six editors appointed to manage MIA after Henry Mayer’s death in 1991.

Cryptic AUG is important for 48S ribosomal assembly during internal initiation of translation of coxsackievirus B3 RNA

We have investigated the possible role of a conserved cis-acting element, the cryptic AUG, present in the 5' UTR of coxsackievirus B3 (CVB3) RNA. CVB3 5' UTR contains multiple AUG codons upstream of the initiator AUG, which are not used for the initiation of translation. The 48S ribosomal assembly takes place upstream of the cryptic AUG. We show here that mutation in the cryptic AUG results in reduced efficiency of translation mediated by the CVB3 IRES; mutation also reduces the interaction of mutant IRES with a well characterized IRES trans-acting factor, the human La protein. Furthermore, partial silencing of the La gene showed a decrease in IRES activity in the case of both the wild-type and mutant. We have demonstrated here that the interaction of the 48S ribosomal complex with mutant RNA was weaker compared with wild-type RNA by ribosome assembly analysis. We have also investigated by chemical and enzymic modifications the possible alteration in secondary structure in the mutant RNA. Results suggest that the secondary structure of mutant RNA was only marginally altered. Additionally, we have demonstrated by generating compensatory and non-specific mutations the specific function of the cryptic AUG in internal initiation. Results suggest that the effect of the cryptic AUG is specific and translation could not be rescued. However, a possibility of tertiary interaction of the cryptic AUG with other cis-acting elements cannot be ruled out. Taken together, it appears that the integrity of the cryptic AUG is important for efficient translation initiation by the CVB3 IRES RNA.

Human la protein interaction with GCAC near the initiator AUG enhances hepatitis C virus RNA replication by promoting linkage between 5 ` and 3 ` untranslated regions

Human La protein has been implicated in facilitating the internal initiation of translation as well as replication of hepatitis C virus (HCV) RNA. Previously, we demonstrated that La interacts with the HCV internal ribosome entry site (IRES) around the GCAC motif near the initiator AUG within stem-loop IV by its RNA recognition motif (RRM) (residues 112 to 184) and influences HCV translation. In this study, we have deciphered the role of this interaction in HCV replication in a hepatocellular carcinoma cell culture system. We incorporated mutation of the GCAC motif in an HCV monocistronic subgenomic replicon and a pJFH1 construct which altered the binding of La and checked HCV RNA replication by reverse transcriptase PCR (RT-PCR). The mutation drastically affected HCV replication. Furthermore, to address whether the decrease in replication is a consequence of translation inhibition or not, we incorporated the same mutation into a bicistronic replicon and observed a substantial decrease in HCV RNA levels. Interestingly, La overexpression rescued this inhibition of replication. More importantly, we observed that the mutation reduced the association between La and NS5B. The effect of the GCAC mutation on the translation-to-replication switch, which is regulated by the interplay between NS3 and La, was further investigated. Additionally, our analyses of point mutations in the GCAC motif revealed distinct roles of each nucleotide in HCV replication and translation. Finally, we showed that a specific interaction of the GCAC motif with human La protein is crucial for linking 5' and 3' ends of the HCV genome. Taken together, our results demonstrate the mechanism of regulation of HCV replication by interaction of the cis-acting element GCAC within the HCV IRES with human La protein.

Panama Canal Twenty-fifth anniversary 1914 - Aug. 15 -1939

Leonard Carpenter Panama Canal Collection. Photographs: Views of Panama and the Canal. [Box 1] from the Special Collections & Area Studies Department, George A. Smathers Libraries, University of Florida. Booklet dedication: Published under the direction of a committee appointed by Brigadier General Clarence S. Ridley, Governor of The Panama Canal, to arrange suitable ceremonies, as authorized in Public Resolution No.5, 76th Congress, approved March 28, 1939, to celebrate the twenty-fifth anniversary of the opening of the Panama Canal to commerce. Prepared by Rufus Hardy, Executive Department, The Panama Canal. (120 page document)

Caminhos de Mia Couto: estratégias narrativas em torno da paisagem moçambicana

A obra romanesca de Mia Couto é o objeto da investigação desta tese, ponto de partida para tentar compreender a contribuição do autor na afirmação do romance africano e na reconstrução da identidade de seu país, Moçambique. Para tanto, o estudo discute a importância da revelação de uma paisagem oculta ao leitor, de matriz cultural e complexo entendimento. O capítulo que traz esta análise mostra como a obra retrata as condições históricas e políticas de dominação, desigualdade, identificando aqui e lá um tom levemente engajado na escrita miacoutiana, tanto quanto suas posições ideológicas, suas denúncias. Entre os temas mais destacados na obra está o animismo africano que dá origem a uma série de circunstâncias sobrenaturais nos enredos, como uma lembrança constante: em África, os espíritos estão por toda a parte, mantendo intensa relação com os vivos. Em torno da questão, a tese discute o fato de parte da crítica classificar a obra por gêneros como o Realismo Mágico, o Maravilhoso e o Fantástico. Também são investigadas as estratégias narrativas deste autor, suas opções regulares na composição de enredos, personagens, nomes de personagens e epígrafes. Com base nessas marcas e em outros traços comuns a todos os seus romances talvez presentes igualmente em seus contos descobre-se a adequação entre a criação de um sistema de pensamento dicotômico, que atravessa a obra, e estruturas frasais que revelam algo significativo: os romances de Mia Couto são propositivos, especialmente quando convidam o leitor ao movimento constante de questionamento de suas próprias certezas

Vinte e zinco, de Mia Couto: mito e maravilhoso na construção da identidade nacional moçambicana

Este trabalho apresenta uma leitura das manifestações do insólito ficcional, a partir de mitos e do maravilhoso moçambicano, em Vinte e zinco, de Mia Couto. Essas manifestações podem ser vistas como pertencentes ao Realismo Maravilhoso, Mágico ou Animista, uma vez que podem ser observadas através da representação literária de mitos que perpassam o continente africano como um todo, permitindo, assim, repensar a origem de lendas, crenças, folclore, religiosidade e tradições nacionais. Dessa forma, os eventos insólitos presentes em Vinte e zinco são utilizados por Mia Couto com a intenção, explicitada em seus artigos de opinião, de resgatar e recuperar aspectos dispersos da mosaica e híbrida identidade moçambicana, contribuindo para sua construção na contemporaneidade, ultrapassadas as guerras de descolonização -frente a Portugal - e civil -entre os próprios moçambicanos

Novas insólitas veredas: leitura de A varanda do frangipani, de Mia Couto, pelas sendas do fantástico

A presente pesquisa percorre os interiores de uma fortaleza colonial, cenário de A varanda do frangipani, do escritor moçambicano Mia Couto. Nessa obra, o autor estabelece com o leitor um pacto ficcional (ECO, 1994) e o convida a iluminar-se com as diversas micro-narrativas que traçam um paralelo entre o ontem e o hoje de uma varanda que protege e aprisiona. O narrador convoca o narratário e relata a história de personagens que vivem uma realidade paradoxal, transitando entre as visões de dentro e de fora, racional e irracional. Em um mundo fragmentado, os componentes ficcionais se conjugam para compor uma narrativa que promove profundas reflexões através da palavra, pois palavras valem a pena se nos esperam encantamentos (COUTO, 2007, p. 112)

No coração da tempestade: uma reflexão sobre o insólito em Vinte e zinco, de Mia Couto

Em Vinte e zinco, o escritor moçambicano Mia Couto, recorrendo ao universo telúrico de seu país, tenta recuperar, ficcionalmente, um período cronológico que perpassa dias imediatamente anteriores e posteriores à Revolução dos Cravos em Portugal, quando se deu a queda do regime salazarista, no 25 de Abril de 1974, iniciando a narrativa em 19 de Abril e concluindo-a no dia 30. O escritor vale-se de recursos lúdicos inerentes à produção ficcional, somados às possibilidades estéticas oferecidas ao longo do processo de resgate sociocultural dos valores da terra. Assim, conta uma história em que elementos do maravilhoso são legíveis como comuns à realidade quotidiana. A narrativa apresenta a função da Casa dos Castro os integrantes da família e suas relações com África e das demais personagens que transitam ao seu redor seja na figura de negros, seja na de alguns brancos, estes, assimilados ao avesso ou não. Essas personagens juntas mesmo que estejam, em determinados momentos, em lados opostos caminham, como representação da dualidade colonial, em direção à apoteótica cena insólita em que se dão a ascensão do Napolo e a tempestade que cai ao final, manchando a terra às vésperas do 25 de Abril. Mia Couto, em um universo cercado de mitos, crenças e tradições, torna visível o invisível, espelhando, no plano da diegese, a realidade desse cenário, e recupera, pela via das trocas culturais ao longo dos séculos, estratégias de construção narrativa ficcional desenvolvidas nas literaturas latino-americanas a fim de representar Moçambique em sua obra. Assim, apropria-se dos preceitos do Real Maravilhoso, em sua vertente africana aqui chamada de Real Animismo miacoutiano para apresentar essa mestiçagem cultural com imagens plurivalentes do real

Mar me quer, de Mia Couto, entre as literaturas do insólito e juvenil

Mar me quer, do escritor moçambicano Mia Couto, é uma narrativa cuja edição que se tem disponível para compra no mercado editorial 24,5cm de altura por 17,3cm de largura; capa dura, em fundo verde vibrante, com ilustração colorida; oito ilustrações de João Nasi Pereira, ao longo de seus oito capítulos; sessenta e oito páginas totais, contando, dentre elas, as páginas de ilustrações e as em branco inscreve-se, desde sua apresentação física, no entrelugar da literatura destinada ao público infantil ou juvenil. Ao seu formato dissimulador, acresce a manifestação, em variados momentos e em diferentes categorias da narrativa ações, personagens, espaços e tempos , do insólito ficcional traço desestabilizador da mimeses realista, comprometida com a realidade empírica, senso comum , realçando um caráter fantasista de ordenação metaempírica da realidade, no plano do discurso ficcional que permite situar a obra tanto no universo já prenunciado das literaturas infantil ou juvenil, quanto no seio das vertentes literárias do fantástico sentido lato. Um percurso pelos fios das histórias de Zeca Perpétuo e Luarmina, personagens centrais da narrativa, conduz a um passeio pelos mares dessas literaturas em que irrompe o insólito, levando a que leiam as tensões emergentes de um mundo repleto de mitos, lendas e crenças, terra telúrica de África, Moçambique

Integrated Chest Image Analysis System "BU-MIA"

We introduce "BU-MIA," a Medical Image Analysis system that integrates various advanced chest image analysis methods for detection, estimation, segmentation, and registration. BU-MIA evaluates repeated computed tomography (CT) scans of the same patient to facilitate identification and evaluation of pulmonary nodules for interval growth. It provides a user-friendly graphical user interface with a number of interaction tools for development, evaluation, and validation of chest image analysis methods. The structures that BU-MIA processes include the thorax, lungs, and trachea, pulmonary structures, such as lobes, fissures, nodules, and vessels, and bones, such as sternum, vertebrae, and ribs.

Present, imagination and memory in Zakes Mda and Mia Couto

Apesar de marcadas por contextos históricos e culturais distintos, é possível observar nas obras de dois dos autores mais significativos da África do Sul e de Moçambique, Zakes Mda e Mia Couto respectivamente, perspectivas semelhantes no que diz respeito à recuperação das memórias históricoculturais e à sua contribuição para a construção e compreensão das identidades pós-coloniais. Através da ficção, Zakes Mda e Mia Couto combinam a ligação da História a factos concretos com a necessidade de revelação associada à memória, criando assim espaços importantes para a discussão de algumas das mais complexas questões colocadas às identidades pós-coloniais. Para além dos contextos políticos, culturais e históricos que caracterizam e distinguem as literaturas sul-africana e moçambicana, tanto Zakes Mda como Mia Couto assumem nas suas obras a necessidade de analisar as identidades pós-coloniais contemporâneas dos dois países através da recuperação das suas memórias históricas.

Realismo e lirismo em Terra sonâmbula, de Mia Couto, e Chuva braba, de Manuel Lopes

«Realismo e Lirismo em Terra Sonâmbula e Chuva Braba» é um trabalho de leitura que reflecte a nossa percepção em relação a dois mundos particulares que se constroem a partir das obras dos dois escritores africanos. Com efeito, optamos por uma estrutura pragmática do estudo, centrando a nossa atenção na leitura e interpretação dos romances, sem incluirmos um capítulo específico de referências teóricas. Tal estratégia permitiu cruzar o quadro conceptual com as informações textuais resultantes do processo de análise e interpretação do «corpus» do trabalho. As duas obras estabelecem pontos de intersecção no domínio linguístico e cultural como consequência de partilha de um passado histórico, político e social. A localização geográfica de Cabo Verde, a fome prolongada, por um lado, e a guerra catastrófica que abalou Moçambique entre 1976 e 1992, por outro, permitiram extrapolar recorrências temáticas inspiradas em impressões e experiências dos autores, relacionadas com práticas e vivências que, no trato literário, ganharam uma dimensão lírico-realista de grande valor hermenêutico. A insularidade e a continentalidade que opõem Cabo Verde e Moçambique, assim como a fome e a guerra que os caracterizam respectivamente, a procura de um espaço literário a partir das marcas de crioulidade e moçambicanidade compõem um conjunto de valores estéticos que configuram o imaginário cultural dos dois países africanos de língua portuguesa. Esta tese pesquisa as imagens e os aspectos fundamentais ínsitos nos dois romances, procurando mostrar até que ponto, a partir de temáticas de fome e guerra se pode construir narrativas lírico-realistas. O estudo permitiu observar que as imagens de sofrimento, desolação e desassossego constituem, geralmente, o paradigma estético da escrita lírica e realista de Mia Couto e Manuel Lopes.

Da criatividade linguística à tradução : uma abordagem das unidades polilexicais em Mia Couto

Tese de doutoramento, Linguística (Linguística Aplicada), Universidade de Lisboa, Faculdade de Letras, 2015