Sequencing of a 17.6 kb segment on the right arm of yeast chromosome VII reveals 12 ORFs, including CCT, ADE3 and TR-I genes, homologues of the yeast PMT and EF1G genes, of the human and bacterial electron-transferring flavoproteins (beta-chain) and of the Escherichia coli phosphoserine phosphohydrolase, and five new ORFs.

A 17.6 kb DNA fragment from the right arm of chromosome VII of Saccharomyces cerevisiae has been sequenced and analysed. The sequence contains twelve open reading frames (ORFs) longer than 100 amino acids. Three genes had already been cloned and sequenced: CCT, ADE3 and TR-I. Two ORFs are similar to other yeast genes: G7722 with the YAL023 (PMT2) and PMT1 genes, encoding two integral membrane proteins, and G7727 with the first half of the genes encoding elongation factors 1gamma, TEF3 and TEF4. Two other ORFs, G7742 and G7744, are most probably yeast orthologues of the human and Paracoccus denitrificans electron-transferring flavoproteins (beta chain) and of the Escherichia coli phosphoserine phosphohydrolase. The five remaining identified ORFs do not show detectable homology with other protein sequences deposited in data banks. The sequence has been deposited in the EMBL data library under Accession Number Z49133.

Caratterizzazione di un rivelatore MCP-PMT per misure di risoluzione temporale e spaziale.

Questa tesi descrive una prima serie di misure effettuate per caratterizzare le prestazioni di un rivelatore di fotoni MCP-PMT a multi anodo, con particolare enfasi sulla risoluzione temporale e spaziale. I risultati sono stati confrontati con quelli relativi a tre ulteriori rivelatori (un MCP-PMT a singolo anodo e due fotomoltiplicatori a silicio). Le misure sono state effettuate presso i Laboratori dell’Istituto Nazionale di Fisica Nucleare (INFN - Sezione di Bologna) per conto del Dipartimento di Fisica dell’Università di Bologna. La rivelazione della luce ha sempre occupato un posto fondamentale nella Fisica Nucleare e Subnucleare. Il principio base della rivelazione consiste nel trasformare la luce incidente in un segnale elettrico misurabile e i primi strumenti storicamente utilizzati furono i fotomoltiplicatori. Successivamente furono introdotti dei nuovi rivelatori di fotoni chiamati Micro Channel Plates, composti da un array di canali di dimensioni microscopiche, ciascuno in grado di moltiplicare gli elettroni prodotti per effetto fotoelettrico dai fotoni incidenti. Questo nuovo modello presenta ottime prestazioni in particolare per quanto riguarda la risoluzione temporale, e questa insieme ad altre caratteristiche (come la segmentazione degli anodi, che permette una risoluzione spaziale migliore), ha spinto a studiarne il funzionamento.

Diver's view of PMT's [Photomultiplier tubes]

IMB (Irvine, Michigan, Brookline), a collaboration between the University of Michigan, the University of California at Irvine, and the U.S. Department of Energy, was an experiment designed to determine the ultimate stability of matter. IMB construction image. Underwater view along bottom of "pool" showing PMT's [photomultiplier tubes] on bottom and opposite wall.

Fundações de construções submetidas a esforços de tração em solo de alta porosidade da região de Campinas - SP

This paper presents the behavior of three bored piles conducted in diabasic soil submitted to uplift forces. The piles were built at the site for Experimental Studies in Soil Mechanics and Foundations of UNICAMP, located in the city of Campinas, Brazil. Field tests have already been conducted at the site (SPT, CPT, DMT and PMT), as well as laboratory tests by using sample soils taken from a well up to 17 m deep. The water table is not checked until a depth of 17 m. In order to check the behavior of the piles when submitted to uplift forces, slow static load tests were carried out as the recommendations of NBR 12131. The carrying capacity of these piles was also provided by means of theoretical methods, appropriate for uplift forces, and through semi-empirical methods appropriate for compression forces, considering only the portion of lateral resistance. The values estimated by using the considered methods were compared to those obtained by means of load tests. One of the tested piles was extracted from the soil to be the subject of a study on its geometry.

Influência do preparo inicial sobre a estrutura do solo quando da adoção do sistema plantio direto, avaliada por meio da pressão de preconsolidação

Os efeitos do tráfego e do tipo de preparo sobre a estrutura dos solos agrícolas, quando da adoção do sistema plantio direto na região dos Cerrados, têm sido pouco pesquisados. Os estudos desenvolvidos são apenas qualitativos e utilizam-se, geralmente, de propriedades, tais como: a densidade do solo e a resistência do solo à penetração, as quais não possibilitam predizer quanto de pressão o solo pode receber de forma que, em manejos futuros, a compactação possa ser evitada. Este trabalho teve como objetivo avaliar a influência do preparo inicial do solo quando da adoção do sistema plantio direto sobre a estrutura de um Latossolo Vermelho distrófico por meio da pressão de preconsolidação (sigmap). Os valores de sigmap foram obtidos a partir da elaboração de modelos de compressibilidade, os quais consideraram a influência dos seguintes fatores: (1) preparo inicial do solo: arado de aivecas (AA), arado de discos (AD), grade aradora (GA) e vibrosubsolador (VS); (2) manejo: sistema plantio convencional (PC), o qual foi utilizado como testemunha para avaliar a influência dos preparos e (3) profundidade: superficial (SP - 0,00 a 0,05 m) e profundidade média de trabalho dos implementos (PMT- 0,24 a 0,27 m). Os resultados evidenciaram que a sigmap mostrou-se eficiente na avaliação da influência do preparo inicial sobre a estrutura do solo quando da instalação do sistema plantio direto no Latossolo Vermelho distrófico, tendo o seu valor variado entre preparos e profundidades estudados. A sigmap evidenciou maior resistência mecânica e, portanto, maior consolidação da estrutura do solo na profundidade SP dos tratamentos da área sob plantio direto. Verificou-se, também, que os preparos iniciais avaliados reduziram a resistência mecânica do solo na profundidade PMT, quando comparados à do sistema plantio convencional. Todavia, são o vibrosubsolador e o arado de discos os implementos recomendados para alívio dessa resistência, isto é, para a melhoria da estrutura do solo nas profundidades SP e PMT, respectivamente, quando da adoção do sistema plantio direto.

O tráfego de máquinas agrícolas e as propriedades físicas, hídricas e mecânicas de um Latossolo dos Cerrados

No Brasil, o tráfego contínuo e inadequado de rodados de máquinas e a ação da soleira dos implementos sobre áreas agrícolas na região dos Cerrados têm provocado alterações dos atributos físicos e mecânicos dos solos. Com este entendimento, este estudo teve por objetivo avaliar a influência do rodado traseiro e da soleira de implementos agrícolas, usualmente utilizados na região dos Cerrados, sobre a compressibilidade de um Latossolo Vermelho distrófico típico. Os ensaios foram realizados em parcelas preparadas com arado de discos, arado de aivecas, grade aradora e semeadora/adubadora, que, desde novembro de 1994 até à data da amostragem, novembro de 1999, estiveram sob o sistema plantio direto. As alterações na compressibilidade foram avaliadas pela quantificação das pressões de preconsolidação, assim como por algumas propriedades físicas e hídricas (densidade do solo, porosidade e condutividade hidráulica do solo saturado) no momento do preparo e depois da colheita. No momento do preparo, logo depois da passada do rodado e antes que o implemento mobilizasse o solo, o solo foi avaliado em superfície (SP - 0,00 a 0,05 m) e na profundidade média de trabalho (PMT - 0,24 a 0,27 m). A influência da soleira dos implementos foi avaliada logo depois do corte, na profundidade de trabalho abaixo da soleira de cada implemento (PT-SI). Depois da colheita, as amostragens foram repetidas, o que permitiu verificar a influência dos tráfegos subseqüentes. A intensidade de tráfego do rodado e a ação da soleira dos implementos alteraram a compressibilidade, a densidade do solo, a porosidade e condutividade hidráulica do solo saturado do Latossolo Vermelho distrófico nas profundidades: superficial (SP), profundidade média de trabalho (PMT) e profundidade de corte dos implementos (PT-SI). De maneira geral, a passada do rodado traseiro aumentou os valores de pressão de preconsolidação (sigmap) do solo na superfície (SP), enquanto o tráfego subseqüente, necessário ao cultivo, elevou esses valores em subsuperfície, tanto na PMP como em PT-SI. A passada do rodado elevou e reduziu a densidade do solo (Ds) e a macroporosidade, respectivamente, tendo sido o arado de aivecas o implemento que mais modificou essas propriedades. As soleiras dos órgãos ativos do arado de discos e da grade aradora foram as que mais elevaram a pressão de preconsolidação (sigmap), consolidando, portanto, a estrutura do solo na profundidade PT-SI. Com exceção da semeadora/adubadora, a soleira dos órgãos ativos dos demais implementos avaliados reduziram significativamente a condutividade hidráulica do solo saturado (Ks) na profundidade PT-SI, tendo o arado de aivecas se mostrado o implemento mais impactante, seguido da grade aradora e arado de discos.

Synthesis of a non-peptidic PET tracer designed for α5β1 integrin receptor.

Arginine-glycine-aspartic acid (RGD)-containing peptides have been traditionally used as PET probes to noninvasively image angiogenesis, but recently, small selective molecules for α5 β1 integrin receptor have been developed with promising results. Sixty-one antagonists were screened, and tert-butyl (S)-3-(2-((3R,5S)-1-(3-(1-(2-fluoroethyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)propanoyl)-5-((pyridin-2-ylamino)methyl)pyrrolidin-3-yloxy)acetamido)-2-(2,4,6-trimethylbenzamido)propanoate (FPMt) was selected for the development of a PET tracer to image the expression of α5 β1 integrin receptors. An alkynyl precursor (PMt) was initially synthesized in six steps, and its radiolabeling was performed according to the azide-alkyne copper(II)-catalyzed Huisgen's cycloaddition by using 1-azido-2-[(18)F]fluoroethane ([(18)F]12). Different reaction conditions between PMt and [(18)F]12 were investigated, but all of them afforded [(18)F]FPMt in 15 min with similar radiochemical yields (80-83%, decay corrected). Overall, the final radiopharmaceutical ([(18)F]FPMt) was obtained after a synthesis time of 60-70 min in 42-44% decay-corrected radiochemical yield.

Suomalaisen rakennusyrityksen projektihallinnan apuvälineistön implementointi Venäjälle

Työn tavoitteena on selvittää, miten suomalainen rakennusyritys saa implementoitua projektihallinnan apuvälineistönsä Venäjälle. Lisäksi työn aikana laaditaan perusrakenne apuvälineistölle. Apuvälineistön avulla varmistetaan yhdenmukainen toiminta yrityksen projekteissa Venäjällä, sekä hallitaan näihin kohdistuvia riskejä. Työn toteutusmenetelmänä on konstruktiivinen tutkimusote, jossa lopputulos pohjautuu aikaisempaan teoriaan ja empiirisiin löydöksiin. Haastattelujen avulla rakennetaan näkemys apuvälineistölle ja apuvälineiden sisällölle asetettavista vaateista. Työssä esitetyt ratkaisut pohjautuvat teoriaan, haastatteluihin ja yrityksen sisäiseen materiaaliin. Rakennusprojektit ovat toteutustavaltaan yhtäläisiä maasta riippumatta, jonka vuoksi Suomessa käytössä oleva apuvälineistön rakenne toimii myös Venäjällä. Yksittäisten apuvälineiden eroavuudet johtuvat pääasiassa lainsäädännön sekä toimintatapojen eroavuudesta. Työn pohjalta havaittiin implementoinnin onnistumisen vaativan kolmen elementin toteutumisen. Nämä ovat toimivat apuvälineet, laadukas johtaminen sekä apuvälineistön käyttöönottosuunnitelman mukainen toiminta. Työn konstruktio kulminoituu käyttöönottosuunnitelmaan, mikä koostuu kolmesta mekanismista. Mekanismeilla huomioidaan apuvälineiden sovittamisen, apuvälineistön käyttöönoton sekä muutosjohtamisen vaateet.

Time to volume through efficient multi-site ramp-up

The aim of this thesis was to create a process for all multi-site ramp-up (MSRU) projects in the case company in order to have simultaneous ramp-ups early in the market. The research was done through case study in one company and semi-structured interviews. There are already processes, which are now in use in MSRU-cases. Interviews of 20 ramp-up specialists revealed topics to be improved. Those were project team set up, roles and responsibilities and recommended project organization, communication, product change management practices, competence and know how transfer practices and support model. More R&D support and involvement is needed in MSRU-projects. DCM’s role is very important in the MSRU-projects among PMT-team; he should be the business owner of the project. Recommendation is that product programs could take care of the product and repair training of new products in volume factories. R&D’s participation in competence transfers is essential important in MSRU-projects. Communication in projects could be shared through special intranet commune. Blogging and tweeting could be considered in the communication plan. If hundreds of change notes are open in ramp-up phase, it should be considered not to approve the product into volume ramp-up. PMTs’ supports are also important and MSRU-projects should be planned, budgeted and executed together. Finally a new MSRU-process is presented in this thesis to be used in all MSRU-projects.

A Study of Privacy Preserving Queries with Bloom Filters

This thesis focuses on the private membership test (PMT) problem and presents three single server protocols to resolve this problem. In the presented solutions, a client can perform an inclusion test for some record x in a server's database, without revealing his record. Moreover after executing the protocols, the contents of server's database remain secret. In each of these solutions, a different cryptographic protocol is utilized to construct a privacy preserving variant of Bloom filter. The three suggested solutions are slightly different from each other, from privacy perspective and also from complexity point of view. Therefore, their use cases are different and it is impossible to choose one that is clearly the best between all three. We present the software developments of the three protocols by utilizing various pseudocodes. The performance of our implementation is measured based on a real case scenario. This thesis is a spin-off from the Academy of Finland research project "Cloud Security Services".

Aikaerotteisesti fluoresenssia mittaavan reaaliaikaisen PCR-laitteen kehitys

Kvantitatiivinen reaaliaikainen polymeraasiketjureaktio (engl. polymerase chain reaction, PCR) on osoittautunut käyttäjäystävällisimmäksi menetelmäksi nukleiinihapposekvenssien kvantitoimisessa. Tätä menetelmää voidaan herkistää pienempien DNA-pitoisuuksien havaitsemiseen käyttämällä hyväksi aikaerotteista fluorometriaa (engl. time-resolved fluorometry, TRF) ja luminoivia lantanidileimoja, joiden fluoresenssin pitkän eliniän ansiosta emission mittaus voidaan suorittaa vasta hetki virittävän valopulssin jälkeen, jolloin lyhytikäinen taustasäteily ehtii sammua. Tuloksena saadaan korkea signaali-taustasuhde. Tämän diplomityön tarkoituksena oli rakentaa TRF:än pystyvä reaaliaikainen PCR-laite, sillä tällaista laitetta ei ole markkinoilla tarjolla. Laite rakennettiin kehittämällä lämpökierrätin ja yhdistämällä se valmiiseen TRF:än kykenevään mittapäähän. Mittapään ja lämpökierrättimen hallitsemiseksi kehitettiin myös tietokoneohjelma. Valon tuottamiseksi ja mittaamiseksi haluttiin käyttää edullisia komponentteja, joten työssä käytettiin valmiin mittapään optiikkaa, jossa viritys tapahtuu hohtodiodilla (engl. light-emitting diode, LED) ja lantanidileiman emission mittaus fotodiodilla (engl. photodiode, PD) tai valomonistinputkella (engl. photomultiplier tube, PMT). Myös mittapään suorituskykyä tutkittiin. Työtä varten kehitettiin lämpökierrätin, joka koostui Peltier-elementillä lämmitettävästä PCR-putkitelineestä ja lämpökannesta. Mittalaitteen suorituskyvyn tutkimiseen käytettiin kelaattikomplementaatioon perustuvaa PCR-tuotteen havaitsemismenetelmää. Kelaattikomplementaatio perustuu kahteen erilliseen oligonukleotidimolekyyliin, joista toiseen on sidottu lantanidi-ioni ja toiseen valoa absorboiva ligandirakenne, jotka yhdessä muodostavat fluoresoivan kokonaisuuden. Kehitetyn lämpökierrättimen todettiin olevan tarpeeksi tarkka sekä tehokas ja sen lämmitys- ja jäähdytysnopeuden maksimeiksi saatiin 2,6 °C/sekunti. Detektorina käytetyn PD:n ei todettu olevan tarpeeksi herkkä emission havainnoimiseksi ja se korvattiin laitteessa PMT:llä. Käytetyllä PCR-määrityksellä kynnyssykleiksi (engl. threshold cycle, Ct) sekä kehitetylle että referenssilaitteelle saatiin 28,4 käyttämällä samaa 100 000 kopion DNA:n aloitusmäärää. Työssä osoitettiin, että on mahdollista kehittää edullisia komponentteja käyttävä, TRF:än pystyvä, reaaliaikainen PCR-laite, joka kykenee vastaavaan Ct-arvoon kuin vertailulaite. PD:n herkkyys ei kuitenkaan riittänyt. Tulokset olivat lupaavia, sillä LED- ja PD-teknologiat kehittyvät ja markkinoille on tullut myös muita komponentteja, joiden avulla on tulevaisuudessa mahdollista kehittää vielä herkempi laite.

Informe de seguimiento No. 4 Construcción Troncales de Transmilenio Fase III

Gestión del conocimiento

Informe de seguimiento No. 5 Construcción Troncales de Transmilenio Fase III

Gestión del conocimiento

Genetic Analysis of Taste in Homo Sapiens

There are many known taste receptors specific to each taste attribute. This thesis examines the relationship between single nucleotide polymorphisms (SNPs) and copy number variations (CNVs) in known taste and taste pathway receptors TAS2R38, Gustin, and TRPM5 and for PROP (6-n-propylthiouracil) taster status (PTS), thermal taster status (TTS), and orosensory sensation intensity ratings. PTS is a proxy for general taste responsiveness, and the ability to taste PROP classifies individuals into three phenotypes: super (PST), medium (PMT), and non-tasters (PNT). Another taste phenotype, also serving as a proxy for general taste responsiveness, is TTS, classifying individuals as thermal tasters (TTs) or thermal non-tasters (TnTs). DNA extractions from buccal cells obtained from 60 individuals were performed and analysis of TAS2R38, Gustin, and TRPM5 variations were conducted through Polymerase Chain Reaction (PCR), sequencing for SNPs, and upQMPSF for CNV analysis of TRPM5. Among the SNPs and CNVs studied, only TAS2R38 was found to be significantly associated with PTS and intensity ratings for sweet, bitter, and sour taste as well as astringency. However, not all PROP phenotypic differences can be explained by the variations at these three SNP sites in TAS2R38, suggesting the involvement of additional genes. No association was found between TTS and TAS2R38 or Gustin, confirming that PTS and TTS are not genetically associated. The examined TRPM5 SNPs and CNVs did not correlate with TTS. Therefore, further research is necessary into other factors contributing to PTS and TTS.

L’adoption intrafamiliale réalisée en Haïti par des Haïtiens québécois vivant à Montréal

La protection des enfants dans les pays en développement constitue encore aujourd’hui une problématique qui continue à alimenter la préoccupation et des débats sur l’avenir des enfants à l’échelle nationale et internationale. En dépit des interventions répétées des organismes internationaux œuvrant dans le domaine de la protection des enfants à travers le monde, les conditions socioéconomiques de millions d’enfants ne cessent d’empirer, laissant ainsi leur avenir dans une incertitude accablante. Le souci de secourir ces enfants a ouvert la voie à l’amplification du phénomène d’adoption internationale qui témoigne d’une forme de «solidarité» internationale en faveur des enfants à travers le monde mais qui finit par s’imposer comme une forme de protection sociale qui transcende les frontières nationales. En Haïti, la précarité des conditions de vie a permis la mise en action d’un ensemble de stratégies d’entraide se reposant sur des liens communautaires forts qui se veut une sorte de soupape pour amortir les impacts sur les membres de la famille, mais qui s’étend parfois sur toute la communauté. Dans cette dynamique, l’enfant bénéficie d’une attention soutenue. Ainsi, certains membres de la diaspora haïtienne en Amérique du Nord, plus précisément à Montréal ont procédé à l’adoption dans leur famille élargie en Haïti. L’objectif de cette recherche est donc de dégager une appréhension de l’adoption intrafamiliale en Haïti, plus particulièrement celle réalisée par des haïtiens vivants à Montréal. Mais de manière spécifique, nous visons à : 1) comprendre la nature des décisions d’adopter et sa spécificité en contexte d’adoption intrafamiliale chez les adoptants québécois originaires d’Haïti, 2) établir les étapes et le contexte des démarches d’adoption qui caractérisent les projets des adoptants haïtiens québécois et 3) comprendre dans quelle mesure la protection des enfants fait partie du désir d’adopter chez ces adoptants en dégageant leur point de vue. Cette recherche nous a permis de comprendre que l’adoption intrafamiliale en Haïti est marquée par une grande diversité de motivations tels que le désir d’enfants, le sauvetage des enfants, la redevance sociale, la réussite sociale de l’enfant, l’accès à l’éducation, le désengagement social, le souci de maintenir à distance l’esprit de clan et le don d’enfants. Si ces motifs visent pour la plupart à la protection de l’enfant, ils sont aussi en lien avec la culture haïtienne qui voit dans celui-ci une véritable lueur d’espoir pour l’amélioration des conditions de vie des parents dans leurs vieux jours.