Non-coding RNAs in schistosomes: an unexplored world

Non-coding RNAs (ncRNAs) were recently given much higher attention due to technical advances in sequencing which expanded the characterization of transcriptomes in different organisms. ncRNAs have different lengths (22 nt to >1, 000 nt) and mechanisms of action that essentially comprise a sophisticated gene expression regulation network. Recent publication of schistosome genomes and transcriptomes has increased the description and characterization of a large number of parasite genes. Here we review the number of predicted genes and the coverage of genomic bases in face of the public ESTs dataset available, including a critical appraisal of the evidence and characterization of ncRNAs in schistosomes. We show expression data for ncRNAs in Schistosoma mansoni. We analyze three different microarray experiment datasets: (1) adult worms' large-scale expression measurements; (2) differentially expressed S. mansoni genes regulated by a human cytokine (TNF-α) in a parasite culture; and (3) a stage-specific expression of ncRNAs. All these data point to ncRNAs involved in different biological processes and physiological responses that suggest functionality of these new players in the parasite's biology. Exploring this world is a challenge for the scientists under a new molecular perspective of host-parasite interactions and parasite development.

Rapid detection of bovine coronavirus by a semi-nested RT-PCR

Bovine coronavirus (BCoV) is a member of the group 2 of the Coronavirus (Nidovirales: Coronaviridae) and the causative agent of enteritis in both calves and adult bovine, as well as respiratory disease in calves. The present study aimed to develop a semi-nested RT-PCR for the detection of BCoV based on representative up-to-date sequences of the nucleocapsid gene, a conserved region of coronavirus genome. Three primers were designed, the first round with a 463bp and the second (semi-nested) with a 306bp predicted fragment. The analytical sensitivity was determined by 10-fold serial dilutions of the BCoV Kakegawa strain (HA titre: 256) in DEPC treated ultra-pure water, in fetal bovine serum (FBS) and in a BCoV-free fecal suspension, when positive results were found up to the 10-2, 10-3 and 10-7 dilutions, respectively, which suggests that the total amount of RNA in the sample influence the precipitation of pellets by the method of extraction used. When fecal samples was used, a large quantity of total RNA serves as carrier of BCoV RNA, demonstrating a high analytical sensitivity and lack of possible substances inhibiting the PCR. The final semi-nested RT-PCR protocol was applied to 25 fecal samples from adult cows, previously tested by a nested RT-PCR RdRp used as a reference test, resulting in 20 and 17 positives for the first and second tests, respectively, and a substantial agreement was found by kappa statistics (0.694). The high sensitivity and specificity of the new proposed method and the fact that primers were designed based on current BCoV sequences give basis to a more accurate diagnosis of BCoV-caused diseases, as well as to further insights on protocols for the detection of other Coronavirus representatives of both Animal and Public Health importance.

The mitochondrial genome of the phytopathogenic basidiomycete Moniliophthora perniciosa is 109 kb in size and contains a stable integrated plasmid

We present here the sequence of the mitochondrial genome of the basidiomycete phytopathogenic hemibiotrophic fungus Moniliophthora perniciosa, causal agent of the Witches` Broom Disease in Theobroma cacao. The DNA is a circular molecule of 109103 base pairs, with 31.9 % GC, and is the largest sequenced so far. This size is due essentially to the presence of numerous non-conserved hypothetical ORFs. It contains the 14 genes coding for proteins involved in the oxidative phosphorylation, the two rRNA genes, one ORF coding for a ribosomal protein (rps3), and a set of 26 tRNA genes that recognize codons for all amino acids. Seven homing endonucleases are located inside introns. Except atp8, all conserved known genes are in the same orientation. Phylogenetic analysis based on the cox genes agrees with the commonly accepted fungal taxonomy. An uncommon feature of this mitochondrial genome is the presence of a region that contains a set of four, relatively small, nested, inverted repeats enclosing two genes coding for polymerases with an invertron-type structure and three conserved hypothetical genes interpreted as the stable integration of a mitochondrial linear plasmid. The integration of this plasmid seems to be a recent evolutionary event that could have implications in fungal biology. This sequence is available under GenBank accession number AY376688. (c) 2008 The British Mycological Society. Published by Elsevier Ltd. All rights reserved.

Detecção do vírus Epstein-Barr em tonsilites recorrentes

As tonsilites recorrentes têm sido objeto de muitos estudos. Eventos considerados na predisposição e causa incluem a utilização errônea de antibióticos em crises agudas, alterações da microflora, mudanças estruturais nas criptas epiteliais tonsilares e infecções virais. A infecção pelo vírus Epstein-Barr (EBV) ocorre freqüentemente na infância persistindo em linfócitos de tonsilas, podendo causar tonsilites recorrentes. Pouco se conhece sobre a persistência e reativação do EBV em pacientes imunocompetentes. Alguns métodos como a hibridização in situ, a reação em cadeia da polimerase (PCR) e a imuno-histoquímica têm sido utilizados no estudo da patogenia do vírus. OBJETIVO: Para caracterizar a associação do vírus Epstein-Barr com tonsilites recorrentes examinamos a presença do EBV pela PCR e por imuno-histoquímica usando como alvo a proteína viral LMP-1. FORMA DE ESTUDO: Estudo transversal com análise de prevalência amostral. MATERIAL E MÉTODOS: Foram selecionados 24 blocos parafinados de tonsilas, provenientes do Serviço de Anatomia Patológica, removidas de crianças de 2 a 12 anos com diagnóstico de tonsilite recorrente. Resultados: O genoma do EBV foi detectado em 13 (54,1%) e a LMP-1 em 9 (37,5%) dos casos. CONCLUSÃO: As tonsilas das crianças podem ser colonizadas pelo EBV e este pode estar associado à patogenia das tonsilites recorrentes.

Doenças mitocondriais: síndrome da depleção do mtDNA

As citopatias mitocondriais constituem um importante grupo de doenças metabólicas de expressão clínica heterogénea, para as quais não existe uma terapia eficaz. A maioria destas doenças é causada por uma disfunção ao nível da fosforilação oxidativa (OXPHOS), originando consequentemente uma deficiente produção de energia. O correto funcionamento da OXPHOS resulta de uma interação coordenada entre o genoma nuclear e mitocondrial. Assim, as doenças mitocondriais podem ser causadas por defeitos moleculares no genoma mitocondrial, no nuclear, ou em ambos, originando as doenças da comunicação intergenómica, que resultam na perda ou na instabilidade do DNA mitocondrial (mtDNA), e podem causar quer deleções múltiplas, quer depleção do genoma mitocondrial. A síndrome da depleção do mtDNA constitui um grupo de doenças raras, autossómicas recessivas, que se manifestam maioritariamente após o nascimento, causando a morte de muitos doentes durante a infância ou início da adolescência devido a uma redução acentuada do número de cópias do mtDNA. Trata-se de uma síndrome fenotipicamente heterogénea, apresentando-se sob três apresentações clínicas: hepatocerebral, miopática e encefalomiopática. A caracterização molecular destes doentes é importante não só para permitir a realização de aconselhamento genético e diagnóstico pré-natal adequados, mas também para melhorar a compreensão da fisiopatologia da doença e as opções terapêuticas.

Problemas na padronização da reação em cadeia da polimerase para diagnóstico da tuberculose pulmonar

OBJETIVO: Padronizar reação em cadeia da polimerase para diagnóstico de tuberculose pulmonar, comparando os resultados obtidos com as técnicas microbiológicas clássicas, e analisar seu uso numa região de alta prevalência da tuberculose. MÉTODOS: Foram descontaminadas, após a baciloscopia, 42 amostras de escarro de pacientes. Em seguida, procedeu-se ao cultivo em Lowenstein-Jensen e à reação em cadeia da polimerase com "primers" que amplificam um fragmento de 123 pares de base do genoma do Mycobacterium tuberculosis. RESULTADOS: Das 42 amostras de escarro, 10 apresentaram cultura positiva para M. tuberculosis. Dez foram positivas à baciloscopia e 16 mostraram-se positivas na reação em cadeia da polimerase. A sensibilidade e especificidade do teste em relação à cultura foi de 90% e 81%, respectivamente. CONCLUSÕES: A reação em cadeia da polimerase tem sensibilidade comparável à da cultura e pode ser realizada em apenas um dia, resultando em tratamento precoce e melhor controle da doença. A padronização e avaliação de técnicas de biologia molecular no diagnóstico da tuberculose no Brasil é imprescindível na discussão da implantação deste exame na rotina diagnóstica em centros de referência.

O pensamento epidemiológico evolutivo sobre as infecções

O objetivo do trabalho é analisar os principais aspectos dos conhecimentos epidemiológicos atuais sobre o estado evolutivo das infecções. Os organismos que constituem a biosfera formam sistemas dinâmicos que abrangem todo o planeta. Tais relacionamentos podem ser variáveis em intensidade. Alguns limitam-se à superfície orgânica, enquanto outros chegam à intimidade do genoma. Portanto, há de se concluir que o parasitismo constitui fenômeno muito comum na natureza. Os parasitos infectantes comunicam-se mediante mecanismos variados. Entre eles, reconhece-se a existência de intercâmbio gênico mediante a troca de segmentos de DNA. Assim, as comunidades parasitárias não vivem isoladamente, mas estabelecem interconexões. O processo de internação objetiva a entrada do parasito no meio intracelular. E isso dá-se desde a fagocitose, manipulada pelos agentes infecciosos, até meios mais sofisticados como a elaboração de pilli. Para abandonar esse ambiente intracelular, alguns recorrem à apoptose. Este fenômeno, de comando genético, chega à especialização de destruir os macrófagos. Aceita-se, atualmente, que o DNA, sob a forma molecular, poderá circular na corrente sangüínea constituindo os denominados infectrons. Isso permite criar a hipótese sobre a existência de redes que, formadas principalmente por estes elementos, permitem a co-adaptabilidade entre o parasito e o organismo parasitado. Concluiu-se que há uma co-evolução entre o organismo hospedeiro e o do parasito, propiciando o surgimento de novas entidades mórbidas.

Prevalência, fatores de risco e genótipos da hepatite C entre usuários de drogas

OBJETIVO: Estimar a prevalência e fatores associados à infecção pelo vírus da hepatite C em usuários de drogas e identificar os genótipos e subtipos virais circulantes. MÉTODOS: Estudo realizado com 691 usuários de drogas de 26 centros de tratamento de uso de drogas filantrópicos, particulares e públicos de Goiânia (GO) e Campo Grande (MS), entre 2005 e 2006. Dados sociodemográficos e fatores de risco para infecção pelo HCV foram obtidos por meio de entrevistas. Amostras sangüíneas foram testadas para a detecção de anticorpos para o HCV. As amostras positivas foram submetidas à detecção do RNA-HCV pela reação em cadeia da polimerase com iniciadores complementares às regiões 5' NC e NS5B do genoma viral e genotipadas pelo line probe assay (LiPA) e por seqüenciamento direto, seguido de análise filogenética. Prevalência e odds ratio foram calculados com intervalo de 95% de confiança. Os fatores de risco com p<0,10 pela análise univariada foram analisados por regressão logística hierárquica. Valores de p<0,05 foram considerados estatisticamente significantes. RESULTADOS: A prevalência para anti-HCV foi 6,9% (IC 95%: 5,2;9,2). A análise multivariada de fatores de risco indicou que idade superior a 30 anos e uso injetável de drogas se mostraram associados à infecção pelo HCV. O RNA-HCV foi detectado em 85,4% (41/48) das amostras anti-HCV positivas. Trinta e três amostras foram do genótipo 1 pelo LiPA, subtipos 1a (63,4%) e 1b (17,1%), e 8 (19,5%) do genótipo 3, subtipo 3a. A análise filogenética da região NS5B mostrou que 17 (68%), 5 (20%) e 3 (12%) amostras foram dos subtipos 1a, 3a e 1b, respectivamente. CONCLUSÕES: Os resultados mostram uma prevalência elevada da infecção e do subtipo 1a do HCV em usuários de drogas, sendo o uso injetável de drogas o principal fator de risco para essa infecção.

Prevalência de subtipos do HIV-1 em amostra de pacientes de um centro urbano no sul do Brasil

OBJETIVO: Estimar a prevalência dos subtipos do HIV-1 e analisar fatores associados. MÉTODOS: Foi realizado um estudo transversal com amostra de conveniência de 80 pacientes adultos HIV-positivos atendidos em serviço especializado em DST/Aids em Canoas, RS, no período de julho de 2008 a janeiro de 2009. A determinação dos subtipos do HIV foi realizada por amplificação de fragmento do genoma viral pela reação em cadeia da polimerase seguida do seqüenciamento dos fragmentos amplificados. Variáveis sociodemográficas, clínicas e comportamentais foram coletadas em questionário estruturado. Foi realizada análise estatística univariada utilizando os testes de qui-quadrado e t de Student. RESULTADOS: Foi observada uma prevalência maior do subtipo C (43,8%; IC 95%: 32,9;54,6), seguida pelo CRF31_BC (35,0%; IC 95%: 24,6;45,5) e subtipos B (18,8%; IC 95%: 10,2;27,3) e F (2,4%; IC 95%: 0;5,9). Outros subtipos de HIV-1 não foram observados. Pacientes infectados com CRF31_BC apresentaram diagnóstico mais recente do que os pacientes infectados com o subtipo B (p < 0,05). Observou-se também maior freqüência de co-infecção com outros vírus (hepatites B e C e T-linfotrópicos humanos) nos indivíduos portadores do CRF31_BC do que nos demais subtipos. Com relação aos aspectos sociodemográficos, não foram observadas diferenças na distribuição dos subtipos e formas recombinantes quanto ao sexo e práticas sexuais. CONCLUSÕES: Os resultados obtidos indicam uma freqüência maior do subtipo C e do CRF31_BC nesse centro urbano do sul do Brasil, com possíveis vias de transmissão diferentes.

Clonagem funcional como metodologia na identificação de marcadores de virulência de Leishmania (Viannia) braziliensis

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Biotecnologia.

Diagnóstico molecular da tuberculose bovina

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Estudo da actividade de lisinas codificadas por bacteriófagos que infectam Enterococcus sp

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Tolerância à vancomicina em Enterococcus faecalis: papel de proteínas hipotéticas

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Exposição profissional a citostáticos: caracterização da exposição em unidades hospitalares portuguesas

Os citotóxicos constituem um grupo farmacoterapêutico que interfere por vários mecanismos de ação com o DNA, levando à destruição celular. Estes agentes terapêuticos são preparados diariamente em Unidades Hospitalares Portuguesas, e utilizados no tratamento de várias doenças, nomeadamente neoplasias. Dependendo do mecanismo de ação, estes fármacos podem ser agrupados em vários subgrupos: agentes alquilantes, antibióticos, antimetabolitos, geradores de radicais livres e inibidores mitóticos (Despacho nº 21 844/2004). Os agentes alquilantes interagem diretamente com o DNA de células tumorais; os antibióticos interferem com a transcrição de DNA; os antimetabolitos bloqueiam a síntese de DNA e RNA; os geradores de radicais livres produzem radicais livres reactivos que se ligam ao DNA e, finalmente, os inibidores mitóticos actuam no mecanismo mitótico necessário à cariocinese. Os fármacos antineoplásicos são cada vez mais utilizados quer na terapêutica de doenças malignas quer com intuitos profiláticos (terapêutica adjuvante) e num espetro crescente de patologia benigna (doenças autoimunes, doenças inflamatórias crónicas do foro gastroenterológico ou reumatológico, entre outras). Têm em comum o facto de poderem lesar o genoma celular (efeito genotóxico). Idealmente, deveriam afetar apenas as células neoplásicas; os fármacos disponíveis, no entanto, embora afetem preferencialmente as células malignas, são relativamente inespecíficos, afetando simultaneamente o genoma das células normais e condicionando assim efeitos adversos para a saúde quer dos doentes tratados quer dos profissionais de saúde a eles expostos. Neste contexto importa aprofundar o saber em 3 vertentes essenciais: a caracterização das exposições, os critérios de avaliação das repercussões sobre o organismo e os processos de organização dos programas preventivos. O estudo que se apresenta visou, assim, desenvolver conhecimento nas 3 vertentes assinaladas, designadamente, a exposição, a monitorização biológica e a programação da prevenção. Julgámos relevante o seu desenvolvimento face a dois grandes aspectos, designadamente a atualidade do estudo científico e a inexistência de estudos sobre esta realidade em hospitais portugueses. O estudo que se propôs pretendeu contribuir para a caracterização da exposição a citotóxicos num contexto profissional específico (salas limpas da Farmácia Hospitalar e Hospitais de Dia), identificando os fatores que a condicionam e os eventuais efeitos para a saúde dos trabalhadores decorrentes dessa exposição.

Tipificação de Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC e detecção da sua aderência a células epiteliais pulmonares

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia