Development and application of polymerase chain reaction test for detection of Conidiobolus lamprauges

Conidiobolomycosis is a granulomatous disease caused by the fungus Conidiobolus spp. in humans and animals. Traditional technique for diagnosis of the disease is isolation of the agent associated with the presence of typical clinical signs and pathological conditions. The aim of this study was to describe the development of a specific polymerase chain reaction (PCR) test for Conidiobolus lamprauges to detect the fungus in clinical samples. Samples from suspected animals were collected and submitted to isolation, histopathological analysis and amplification by PCR. DNA from tissues was subjected to PCR with fungi universal primers 18S rDNA gene, and specific primers were designed based on the same gene in C. lamprauges that generated products of about 540 bp and 222 bp respectively. The culture was positive in 26.6% of clinical samples. The PCR technique for C. lamprauges showed amplification of DNA from fresh tissues (80%) and paraffin sections (44.4%). In conclusion, the PCR technique described here demonstrated a high sensitivity and specificity for detection of fungal DNA in tissue samples, providing a tool for the rapid diagnosis of C. lamprauges.

Molecular diagnosis of Anaplasma marginale in cattle: quantitative evaluation of a real-time PCR (Polymerase Chain Reaction) based on msp5 gene

The rickettsia Anaplasma marginale is considered the main agent of bovine anaplasmosis. Due the nonspecific clinical signs of the anaplasmosis, the diagnosis of infection depends of laboratory confirmation. In recent years, molecular diagnostic methods have been used to detect A. marginale in cattle. However, the existence of a large number of assays of different sensitivity and cost makes the choice of an appropriate test difficult. In the present study, a real-time Polymerase Chain Reaction (PCR) based on the msp5 target gene was quantitatively assessed and compared to an end point PCR. Both reactions were subjected to sensitivity and specificity evaluation using plasmid DNA and samples from cattle experimentally infected with A. marginale. A comparative field trial of the tests was carried out using samples of cattle from a stable enzootic area for A. marginale. The real-time PCR showed a higher sensitivity than the end point PCR. This reaction (i.e. real-time PCR) was able to detect one copy of the msp5 gene in 100 ηg of plasmidial DNA, and more than 80% of its results were positive among experimentally infected animals seven days after infection. In addition, based on in silico analysis, the real-time PCR evaluated in the present study appears to be useful for the detection of A. ovis.

E-business solutions as a part of a customer service portfolio

Tässä työssä tutkittiin sähköisen liiketoiminnan palveluiden tarvetta kartonkiteollisuudessa. Palveluiden tarvetta ja sisältöä tutkittiin suomalaisessa metsäteollisuusyrityksessä. Tutkimus suoritettiin teemahaastatteluin ja sitä täydennettiin tekemällä yritys case. Tutkimuksen pohjana toimi esiselvitys, jossa muutamia sähköisen liiketoiminnan palveluita oli tunnistettu. Sähköisen liiketoiminnan palveluiden on havaittu lisääntyneen merkittävästi yritystenvälisessä liiketoiminnassa. Kuluttajakaupassa sähköisen liiketoiminnan palvelut ovat olleet jo pitkään käytössä. Sähköisen kaupankäynnin lisääntyminen on ajanut yrityksiä perustamaan sähköisiä kauppapaikkoja, modernisoimaan toimitusmallejaan tai palvelukonseptejaan sekä huomioimaan sähköisen tiedonvaihdon vaikutuksia liiketoimissaan. Tutkimuksen tulokset johtivat kolmeen johtopäätökseen. Tutkimus osoitti, että sähköisen liiketoiminnan palvelut ovat osa nykyaikaista yritystenvälistä liiketoimintaa. Palveluita on olemassa ja niitä on tarjolla yrityksen kilpailijoiden toimesta maailmanlaajuisesti. Toiseksi tutkimus osoitti, että toimitusketjun tulevaisuus on palveluiden kehittämisessä ja niiden rakentamisessa. Kartonkituotteet lähenevät toisiaan laadullisesti kokoajan, sähköiset palvelut voivat tuoda kilpailuetua ja niiden avulla voidaan erottua markkinoilla. Kolmanneksi, sähköiseen liiketoimintaan on panostettava ja palveluita on rakennettava toimitusmalleja tukevaksi. Palveluiden sisällön on huomioitava asiakastarpeet.

The effects of location, feedstock availability, and supply-chain logistics on the greenhouse gas emissions of forest-biomass energy utilization in Finland

Forest biomass represents a geographically distributed feedstock, and geographical location affects the greenhouse gas (GHG) performance of a given forest-bioenergy system in several ways. For example, biomass availability, forest operations, transportation possibilities and the distances involved, biomass end-use possibilities, fossil reference systems, and forest carbon balances all depend to some extent on location. The overall objective of this thesis was to assess the GHG emissions derived from supply and energy-utilization chains of forest biomass in Finland, with a specific focus on the effect of location in relation to forest biomass’s availability and the transportation possibilities. Biomass availability and transportation-network assessments were conducted through utilization of geographical information system methods, and the GHG emissions were assessed by means of lifecycle assessment. The thesis is based on four papers in which forest biomass supply on industrial scale was assessed. The feedstocks assessed in this thesis include harvesting residues, smalldiameter energy wood and stumps. The principal implication of the findings in this thesis is that in Finland, the location and availability of biomass in the proximity of a given energyutilization or energy-conversion plant is not a decisive factor in supply-chain GHG emissions or the possible GHG savings to be achieved with forest-biomass energy use. Therefore, for the greatest GHG reductions with limited forest-biomass resources, energy utilization of forest biomass in Finland should be directed to the locations where most GHG savings are achieved through replacement of fossil fuels. Furthermore, one should prioritize the types of forest biomass with the lowest direct supply-chain GHG emissions (e.g., from transport and comminution) and the lowest indirect ones (in particular, soil carbon-stock losses), regardless of location. In this respect, the best combination is to use harvesting residues in combined heat and power production, replacing peat or coal.

Diagnosis of Leishmania infantum infection by Polymerase Chain Reaction in wild mammals

Visceral leishmaniasis is a chronic infectious disease caused by Leishmania infantum (synonym: Leishmania chagasi) and transmitted by the sandfly Lutzomyia longipalpis in Brazil. It is an endemic zoonosis in several regions of the country, including Belo Horizonte (State of Minas Gerais). In urban areas, the domestic dog is susceptible and considered the most important animal reservoir. However, L. infantum has been previously diagnosed in other species, including captive primates and canids. This study aimed to evaluate the presence of the agent DNA in captive animals as well as some free ranging animals from the Zoo-Botanical Foundation of Belo Horizonte by Polymerase Chain Reaction. Eighty one blood samples from primates, carnivores, ruminants, edentates, marsupial, and a monogastric herbivore were analyzed. Three primates Alouatta guariba (brown howler monkey), and two canids Speothos venaticus (bush dog) were positive, demonstrating the importance of leishmaniasis control in endemic areas for preservation of wildlife species in captivity.

Plasmodium spp. and Haemoproteus spp. infection in birds of the Brazilian Atlantic Forest detected by microscopy and polymerase chain reaction

In recent years haemosporidian infection by protozoa of the genus Plasmodium and Haemoproteus, has been considered one of the most important factors related to the extinction and/or population decline of several species of birds worldwide. In Brazil, despite the large avian biodiversity, few studies have been designed to detect this infection, especially among wild birds in captivity. Thus, the objective of this study was to analyze the prevalence of Plasmodium spp. and Haemoproteus spp. infection in wild birds in captivity in the Atlantic Forest of southeastern Brazil using microscopy and the polymerase chain reaction. Blood samples of 119 different species of birds kept in captivity at IBAMA during the period of July 2011 to July 2012 were collected. The parasite density was determined based only on readings of blood smears by light microscopy. The mean prevalence of Plasmodium spp. and Haemoproteus spp. infection obtained through the microscopic examination of blood smears and PCR were similar (83.19% and 81.3%, respectively), with Caracara plancus and Saltator similis being the most parasitized. The mean parasitemia determined by the microscopic counting of evolutionary forms of Plasmodium spp. and Haemoproteus spp. was 1.51%. The results obtained from this study reinforce the importance of the handling of captive birds, especially when they will be reintroduced into the wild.

Effects of intramammary infection on whey proteinograms of sheep during lactation

The study aimed to identify potential biomarkers of mammary gland infection in Santa Inês sheep. Commercial flocks of sheep provided the same hygiene, sanitary, and nutritional management under semi-intensive production systems were monitored during the lactation stage-and assessed 15, 30, 60, and 90 days after delivery (through the end of lactation and weaning). The California Mastitis Test (CMT) was performed on the mammary glands. Milk was collected for bacterial examination and protein analysis. Bacterial culture and biochemical characterization of the samples were performed. Forty-two milk samples from healthy glands (negative CMT and bacterial testing) and 43 milk samples from infected glands (positive CMT and bacterial testing) taken at the predefined time points were assessed. A rennin solution was used to obtain the whey. The proteins analysis was performed using sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE), which allowed for the quantification of nine whey proteins produced in healthy glands: serum albumin, lactoferrin, IgA, IgG heavy-chain (IgG HC), IgG light-chain (IgG LC), total IgG (IgG HC + IgG LC), α-lactalbumin, β-lactoglobulin, protein with MW 15.000 Da, protein with MW 29.000 Da and eleven whey proteins secreted by infected glands, including haptoglobin and α-1-acid glycoprotein. A comparison of whey proteins between healthy and infected glands showed increases (P<0.05) in the secreted and total contents of all proteins, except for IgG LC and α-lactoalbumin. The most significant changes were observed in α-1-acid glycoprotein, lactoferrin and haptoglobin, which showed three-, five-, and seven-fold increases in secretion, respectively. This study showed that haptoglobin, α-1-acid glycoprotein, lactoferrin, albumin, and the IgA and IgG immunoglobulins may serve as potential biomarkers for mammary gland infection in sheep.

Assessment of purchasing maturity in spare parts supply chain

To describe the change of purchasing moving from administrative to strategic function academics have put forward maturity models which help practitioners to compare their purchasing activities to industry top performers and best practices. However, none of the models aim to distinguish the purchasing maturity from the after-sales point of view, even though after-sales activities are acknowledged as a relevant source of revenue, profit and competitive advantage in most manufacturing firms. The maturity of purchasing and supply management practices have a large impact to the overall performance of the spare parts supply chain and ultimately to the value creation and relationship building for the end customer. The research was done as a case study for a European after-sales organization which is part of a globally operating industrial firm specialized in heavy machinery. The study mapped the current state of the purchasing practices in the case organization and also distinguished the relevant areas for future development. The study was based on the purchasing maturity model developed by Schiele (2007) and investigated also how applicable is the maturity model in the spare parts supply chain context. Data for the assessment was gathered using five expert interviews inside the case organization and other parties involved in the company’s spare parts supply chain. Inventory management dimension was added to the original maturity model in order to better capture the important areas in a spare parts supply chain. The added five questions were deduced from the spare parts management literature and verified as relevant areas by the case organization’s personnel. Results indicate that largest need for development in the case organization are: better collaboration between sourcing and operative procurement functions, use of installed base information in the spare parts management, training plan development for new buyers, assessment of aligned KPI’s between the supply chain parties and better defining the role of after-sales sourcing. The purchasing maturity model used in this research worked well in H&R Leading, Controlling and Inventory Management dimensions. The assessment was more difficult to conduct in the Supplier related processes, Process integration and Organizational structure –dimensions, mainly because the assessment in these sections would for some parts require more company-wide assessment. Results indicate also that the purchasing maturity model developed by Schiele (2007) captures the relevant areas in the spare parts supply as well.

Improving the Supply Chain Performance Management System in a Finnish paper mill

This Master’s Thesis studies performance management system and its benefits, risks and costs. Objective of the thesis is to describe and evaluate currently used supply chain performance management system (SCPMS) in a Finnish paper mill and its interfaces with its business unit’s SCPMS. As a result, the host company has improvement road map for improving its SCPMS. Used SCPMS in the host company and its interfaces to business unit’s SCPMS are described based on interviews held in the host company and the business unit. Evaluation of the host company’s SCPMS is based on literature study. For improvement road map, three areas in need of improvements are chosen. The study shows the need of high level top management commitment in successful performance management system implementation and usage, especially when the system is deployed to lower levels in the organization.

Tilaus-toimitusprosessin kehittäminen materiaaliteollisuus yrityksessä.

Toimintaympäristön muutokset ja monipuolistuneet asiakasvaatimukset asettavat organisaatioille vaatimuksia oman toimintansa tarkasteluun. Asiakastyytyväisyys on saavutettava kiristyvässä kilpailussa tuottamalla asiakkaalle arvoa. Organisaation tuottama lisäarvo muodostuu tehtävien ja toimintojen sarjassa – prosesseissa. Menestyäkseen organisaation on hallittava ja kehitettävä prosessejaan. Tilaus-toimitusprosessi kuuluu organisaation ydinprosesseihin, jossa aikaansaadaan asiakkaan tarpeet tyydyttävä tuote tai palvelu. Prosessijohtaminen auttaa ymmärtämään kuinka organisaation suorituskyky syntyy. Prosessijohtamisen avulla prosessien kehitystoimet voidaan kohdistaa oikein. Prosessien kehittämisessä on olennaista ymmärtää toiminnan nykytila ennen kuin kehitystoimiin voidaan ryhtyä. Nykytilamallinnuksen jälkeen toimintaa tulee analysoida, jotta löydetään suorituskykyä edistävät tai estävät tekijät. Analyysin perusteella tehdään mahdolliset kehitystoimet eli muutokset prosessiin. Suoritettujen toimenpiteiden vaikutuksia toimintaan tulee myös seurata. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli case-organisaation tilaus-toimitusprosessin mallintaminen, analysointi ja kehityskohteiden tunnistaminen sekä kehitysehdotusten luonti. Lisäksi tutkimus pyrki selvittämään mitä case-organisaation tilaus-toimitusprosessissa tulisi kehittää. Analyysiä varten liiketoimintaprosessi mallinnettiin. Prosessin suorituskykyyn vaikuttavia tekijöitä pyrittiin löytämään haastatteluiden ja havainnoinnin perusteella. Tutkimuksen tulokset osoittivat, että kohdeyrityksen tulee kiinnittää huomiota palvelutarjonta ja asiakaskohderyhmä valintoihin, jotta yrityksen resurssit sitoutuisivat vain arvoa tuottavien asiakkaiden palvelemiseen. Resurssien jakautumien aiheuttaa myös palvelunlaadun vaihtelua, mikä vaikeuttaa asiakastyytyväisyyden saavuttamista. Tuloksia analysoimalla tunnistettiin myös muita pienempiä kehityskohteita. Kehityskohteille annettiin lopuksi toimenpidesuositukset.

Kysyntä-toimitusketjun synkronointi epävarman kysynnän ja tarjonnan toimintaympäristössä

Kysynnän ja tarjonnan epävarmuudet ovat nykyisin arkipäivää useilla toimialoilla. Elämme epävarmuuden suhteen ennen näkemättömiä aikoja, minkä on arvioitu jatkuvan myös tulevaisuudessa. Yritysten tilauskannat ovat lyhyitä, ja tilaukset viivästyvät tai peruuntuvat kokonaan. Toisaalta tarjonnan epävarmuudet aiheuttavat asiakasyrityksille haasteita esimerkiksi toimitusmyöhästymisten muodossa. Tuotannon ollessa hajaantunut verkostoihin yksittäisten yritysten toiminta ja päätökset vaikuttavat toisten verkostoyritysten toimintaan. Tämän takia epävarmuuden aiheuttamista muutoksista ja poikkeamista tulisi tiedottaa kumppaniyrityksiä, jotta kaikki pysyisivät samalla kellotaajuudella. Operatiivisen ja taktisen tiedon jakaminen on nykyisissä toimitusketjuissa jo arkipäivää, mutta yritysten välisistä rajapinnoista löytyy edelleen kehitettävää. Riittävästä ei kiinnitetä huomiota vastaanottajan kykyyn ja tapaan hyödyntää informaatiota – varsinkaan muutostilanteissa. Ajan/nopeuden ollessa yhä tärkeämpi kilpailutekijä informaation ajoituksella on kriittinen merkitys kysyntä-toimitusketjujen kokonaissuorituskykyyn. Toisin sanoen, millä ajanhetkellä tietoa tulisi jakaa, jotta kumppani pystyisi hyödyntämään saamaansa tietoa mahdollisimman hyvin. Kysyntä-toimitusketjun synkronoinnilla tarkoitetaan tässä väitöstutkimuksessa nimenomaan aikatekijään keskittymistä yritysten välisessä päätöksenteossa ja informaation jakamisessa toimitusketjun kokonaissuorituskyvyn parantamiseksi. Tutkimus kytkeytyy toimitusketjukoordinoinnin tieteelliseen keskusteluun. Koordinointiteorian keskeinen osa ovat riippuvuussuhteet, joita johdetaan koordinointimekanismien avulla. Kysyntätoimitusketjun synkronointia on mallinnettu aikaisemmin VOP-OPP-mallin (Value Offering Point – Order Penetration Point) ja sen johdannaisten avulla. Näissä malleissa asiakasyrityksen kysyntäketju ja toimittajayrityksen toimitusketju ovat keskinäisessä riippuvuussuhteessa, jota johdetaan päätöksenteon synkronoinnin ja informaation jakamisen koordinointimekanismeilla. VOP-OPP-malli johdannaisineen eivät kuitenkaan huomioi epävarman toimintaympäristön vaikutuksia synkronointiin. Näissä malleissa informaation ainoana laatudimensiona tarkasteltava aikatekijä on liian kapea-alainen näkökulma synkronointiin epävarmassa ympäristössä. Lisäksi nämä mallit keskittyvät vain yksisuuntaiseen, kysyntälähtöiseen, synkronointiin jättäen huomioimatta tarjontalähtöisen synkronoinnin. Aikatekijä- ja kokonaissuorituskykypainotustensa takia VOP-OPP-malli tarjosi kuitenkin hyvän lähtöfilosofian uusien synkronointimallien kehittämiseen. Väitöstutkimus toteutettiin hypoteettis-deduktiivisena tapaustutkimuksena, jossa ensin luotiin kirjallisuuden perusteella uudet teoreettiset synkronointimalliehdotukset. Tämän jälkeen ehdotusten toimivuutta arvioitiin käytännön kysyntä-toimitusketjuissa. Tutkimuksen uutuusarvo liittyy kysyntä-toimitusketjun synkronoinnin keskeisten piirteiden systeemiseen mallintamiseen epävarmassa toimintaympäristössä. Kontribuutiona esitetään kysyntä-toimitusketjun synkronoinnin moniulotteinen kokonaismalli, joka sisältää koordinointimekanismeina päätöksenteon synkronoinnin, informaation läpinäkyvyyden sekä asiakas- ja toimittajapään joustot. Tiedon vaihtoa mallissa tarkastellaan kaksisuuntaisesti – kysyntä- ja tarjontalähtöisesti. Informaation laatudimensioina mallissa ovat informaation ajoitus, luotettavuus ja tarkkuus. Kokonaismalli sisältää kolme alimallia: Demand Visibility Point – Demand Penetration Point (DVP-DPP) on kysyntälähtöisen synkronoinnin malli, Supply Visibility Point – Supply Information Penetration Point (SVP-SIPP) on tarjontalähtöisen synkronoinnin malli ja Integroitu DVP-DPP - SVP-SIPP-malli kytkee edellä mainitut mallit toisiinsa. Näissä alimalleissa informaation eri luokkia ovat tilausta edeltävä, tilaukseen liittyvä, tilauksen jälkeinen ja sovitun toimitusajankohdan jälkeinen kysyntä- ja tarjontatieto. Käytännön hyödyntämisen näkökulmasta mallit toimivat ns. mentaalitason koordinointimekanismeina, joiden tarkoitus on herättää toimitusketjukumppanit tavoittelemaan kokonaissuorituskyvyn parantamista oman edun tavoittelemisen sijasta. Tutkimuksen päärajoitteena on sen keskittyminen ainoastaan kahdenvälisiin yhteistyösuhteisiin, mikä tarjoaa nykyisessä verkostoituneessa toimintaympäristössä varsin kapean kuvan käytännön synkronointihaasteisiin.

Cesarean section - short term maternal complications related to the mode of delivery

Cesarean section (CS) is the most common major surgery performed on women worldwide. CS can save the life of the mother or the fetus, but is associated with the typical complications of any major surgery: hemorrhage, infection, venous thromboembolism and complications of anesthesia, sometimes leading to maternal death. Recently there have been several reports from well resourced countries on increased severe maternal morbidity and even mortality. Increased rates of CS, obesity and older mothers may explain this rise. The aim of this thesis is to study the rates and risk factors of short term maternal complications associated with CS. Also, we compared maternal morbidity by mode of delivery and over time. The complication rates were assessed in a prospective study involving 2496 CS performed in the 12 largest delivery units in Finland in 2005. The rates of severe complications were studied by mode of delivery in a register-based study comparing national cohorts in 1997 and 2002. The impact of several risk factors on severe maternal morbidity by mode of delivery was studied in a register-based study of all singleton deliveries in 2007-2011. In the prospective study, 27% of the women who underwent CS had one or more intraoperative or postoperative complications during their hospital stay, and 10% had a severe complication. In the register-based study the incidence of life-threatening maternal complications was 7.6 in 1000 deliveries. The incidence was lowest for vaginal delivery (VD), followed by instrumental VD and elective CS, and highest in emergency CS. An attempt of VD, including the risks associated with emergency CS, seems to be the safest mode of delivery, even for most high-risk women.

Building Dynamic Data Centers for Fast Delivery of New Data and Data Updates

Poster at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Self-deposit, discovery, and delivery of scientific GIS datasets using GeoHydra

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014