Biochemical and physiological characteristics of actinomycetes isolated from high altitude shola soils of tropical Montane forest

Actinomycetes are gram-positive, free-living, saprophytic bacteria widely distributed in soil, water and colonizing plants showing marked chemical and morphological diversity. They are potential source of many bioactive compounds, which have diverse clinical effects and important applications in human medicine. In the present work, we have studied some of the physiological and biochemical characteristics of 36 actinomycete strains isolated from the shola soils of tropical montane forest; a relatively unexplored biodiversity hotspot. Ability of actinomycetes isolates to ferment and produce acids from various carbohydrate sources such as innositol, mannose, sorbitol, galactose, mannitol, xylose, rhamnose, arabinose, lactose and fructose were studied. Almost all the carbon compounds were utilized by one or other actinomycete isolates. The most preferred carbon sources were found to be xylose (94.44%) followed by fructose and mannose (91.66%). Only 41.76% of the isolates were able to ferment lactose. The ability of actinomycetes isolates to decompose protein and amino acid differ considerably. 72.22% of the isolates were able to decompose milk protein casein and 61.11% of the isolates decompose tyrosine. Only 8.33% of the strains were able to decompose amino acid hypoxanthine and none of them were able to decompose amino acid xanthine. Potential of the actinomycetes isolates to reduce esculin, urea and hippurate and to resist lysozyme was also checked. 91.66% of the isolates showed ability to decompose esculin and 63.88% of the isolates had the capacity to produce urease and to decompose urea. Only 25% of the isolate were able to decompose hippurate and 94.44% showed lysozyme resistance

Changes in Biochemical Composition in Indian Major Carps in Relation to size

Total biochemical composition of freshwater major carps, Labeo rohita -(r9hu); Catla catla (catla); Cirrltinus tnrigala (mrigal), in relation to size was evaluated . The water soluble nitrogen fraction constituted about 21% of the tota l nitro gen . Salt so luble fraction constituted 55 - 60% of the total nitrogen. Non-protein nitrogen represented 12% of the total nit rogen in all the cases except mri gal of small size (9.36%). The insoluble connec tive tissu e contributed to 2-3 per cent of tota l nitrogen . The monounsaturated fatty acid s (MUFA) formed 31-39% of the total fatty acids and 60-68% of the MUFA in freshwat er carps was CI 8:1. The esse ntial amino acids contributed to 41 to 51% of the total amino acid s in freshwater major carps. Arom atic amino acid content was sligh tly higher compared to marine fishe s while the proportion of proline was less. Varia tions in compos ition in rela tion to size are discu ssed . The autolytic activi ty was significantly higher in small fish in all the three species

Biochemical effects of cadmium, salinity and temperature on the catabolism of proteins and purines in oreochromis mossambicus (Peters)

In the present investigation, three important stressors: cadmium ion (Cd++), salinity and temperature were selected to study their effects on protein and purine catabolism of O. mossambicus. Cadmium (Cd) is a biologically nonessential metal that can be toxic to aquatic animals. Cadmium is a trace element which is a common constituent of industrial effluents. It is a non-nutrient metal and toxic to fish even at low concentrations. Cadmium ions accumulate in sensitive organs like gills, liver, and kidney of fish in an unregulated manner . Thus; the toxic effects of cadmium are related to changes in natural physiological and biochemical processes in organism. The mechanics of osmoregulation (i.e. total solute and water regulation) are reasonably well understood (Evans, 1984, 1993), and most researchers agree that salinities that differ from the internal osmotic concentration of the fish must impose energetic regulatory costs for active ion transport. There is limited information on protein and purine catabolism of euryhaline fish during salinity adaptation. Within a range of non-lethal temperatures, fishes are generally able to cope with gradual temperature changes that are common in natural systems. However, rapid increases or decreases in ambient temperature may result in sub lethal physiological and behavioral responses. The catabolic pathways of proteins and purines are important biochemical processes. The results obtained signifies that O. mossambicus when exposed to different levels of cadmium ion, salinity and temperature show great variation in the catabolism of proteins and purines. The organism is trying to attain homeostasis in the presence of stressors by increasing or decreasing the activity of certain enzymes. The present study revealed that the protein and purine catabolism in O. mossambicus is sensitive to environmental stressors.

Actinomycete Isolates from Arabian Sea and Bay of Bengal: Biochemical, Molecular and Functional Characterization

The thesis is comprised of seven chapters. Chapter 1 gives a general introduction to marine actinomycetes; Chapter 2 gives an account on the morphological, biochemical and physiological characterization of marine actinomycetes. Comprehensive description of molecular identification and phylogenetic analysis of actinomycetes is dealt with in Chapter 3. The antimicrobial property with special reference to antivibrio activity is described in Chapter 4. Chapter 5 explores the melanin production ability of marine actinomycetes, characterization of melanin and evaluation of its bioactivity. Chapter 6 illustrates the study on chitinolytic Streptomyces as antifungal and insecticidal agents. Summary and Conclusion of the study is presented in Chapter 7, followed by References and Appendices.The present study provides an insight into the various actinomycetes occurring in the sediments of Arabian Sea and Bay of Bengal. Streptomyces was found to be the dominant group followed by Nocardiopsis. Eventhough generic level identification is possible by traditional phenotypic methods, species level identification necessitate a polyphasic approach including both phenotypic and genotypic characterization. Antibiotic production coupled with biogranulation property helped in the effective utilization of the actinomycetes for the control of vibrios. Melanin from Streptomyces bikiniensis was proved to be a promising antioxidant and photoprotectant. Marine actinomycetes were found to be a good source of hydrolytic enzymes and the chitinolytic isolates could be explored as biocontrol agents in terms of antifungal and insecticidal property. The present study explored the potential of marine actinomycetes especially Streptomycetes as a promising source of bioactive molecules for application in aquaculture and pharmaceutical industry.

Biochemical Characterization and Bio-evaluation of Collagen and Collagen Peptides Extracted and Purified from Fish Skin: In vitro and In vivo Studies on Antiarthritic and Wound Healing Properties

In fish processing plants, there is huge amount of skin that is left as the waste. When this skin is taken and processed into fish collagen, it will save large amount of money that is used for extraction of collagen from other animal s.Fish collagen can be used as an alternative to replace mammalian collagen, especially collagen extracted from bovine, when we consider the outbreak of bovine spongiform encephalopathy (BSE), transmissible spongiform encephalopathy (TSE) and the foot - and-mouth disease (FMD) issues. BSE and TSE are progressive neurological disorders affecting cattles caused by proteinacious infectious particles called prions.The study aims in producing collagen that has been extracted from fish skin to replace other animal collagen so as to overcome the problem of other animal collagen issues. Also the study utilized the abandoned fish waste produced by fish processing industry since bone, skin, fin and scales of fish can be a useful source of collagen.

On the use of principal components in contemporany population genetics: a case study

In human Population Genetics, routine applications of principal component techniques are often required. Population biologists make widespread use of certain discrete classifications of human samples into haplotypes, the monophyletic units of phylogenetic trees constructed from several single nucleotide bimorphisms hierarchically ordered. Compositional frequencies of the haplotypes are recorded within the different samples. Principal component techniques are then required as a dimension-reducing strategy to bring the dimension of the problem to a manageable level, say two, to allow for graphical analysis. Population biologists at large are not aware of the special features of compositional data and normally make use of the crude covariance of compositional relative frequencies to construct principal components. In this short note we present our experience with using traditional linear principal components or compositional principal components based on logratios, with reference to a specific dataset

Tamizaje neonatal para fibrosis quística en una muestra de la ciudad de Bogotá

La Fibrosis Quística es la enfermedad autosómica recesiva mas frecuente en caucásicos. En Colombia no se conoce la incidencia de la enfermedad, pero investigaciones del grupo de la Universidad del Rosario indican que podría ser relativamente alta. Objetivo: Determinar la incidencia de afectados por Fibrosis Quística en una muestra de recién nacidos de la ciudad de Bogotá. Metodología: Se analizan 8.297 muestras de sangre de cordón umbilical y se comparan tres protocolos de tamizaje neonatal: TIR/TIR, TIR/DNA y TIR/DNA/TIR. Resultados: El presente trabajo muestra una incidencia de 1 en 8.297 afectados en la muestra analizada. Conclusiones: Dada la relativamente alta incidencia demostrada en Bogotá, se justifica la implementación de Tamizaje Neonatal para Fibrosis Quística en Colombia.

PAPP-A y β-hCG libre como predictores de preeclampsia y bajo peso al nacer en una población latina

Introducción: La Preeclampsia ocurre entre el 2-7% de los embarazos. Previos estudios han sugerido la asociación entre los niveles alterados de PAPP-A y la β-hCG libre con el desarrollo de Preeclampsia (PE) y/o Bajo Peso al Nacer (BPN). Metodología: El diseño del estudio es de Prueba Diagnóstica con enfoque de casos y controles. Las mediciones séricas de PAPP-A y la β-hCG libre, fueron realizadas entre la semana 11-13.6 días durante 2 años. Resultados: La cohorte incluyó 399 pacientes, la incidencia de PE fue de 2,26% y de BPN fue de 14.54%. El punto de corte del percentil 10 fue MoM PAPP-A: 0,368293 y MoM β-hCG libre: 0,412268; la especificidad en PE leve fue de 90,5 y para BPN de 90. Los MoM de la β-hCG libre, la edad y el peso materno se comportan como factores de riesgo, mientras que mayores valores de MoM de la PAPP-A y mayor número de partos factores de protección. Para el BPEG severo la edad materna y la paridad se comportan como factores de riesgo, mientras que un aumento promedio de los valores de los MoM de la PAPP-A y la β-hCG libre, como factores de protección en el desarrollo de BPEG Severo. Conclusiones: Existe una relación significativa entre los valores alterados de PAPP-A y de β-hCG libre, valorados a la semana 11 a 13 con la incidencia de Preeclampsia y de Bajo Peso al nacer en fetos cromosómicamente normales, mostrando unos niveles significativamente más bajos a medida que aumentaba la severidad de la enfermedad.

Functional studies of the deubiquitinating enzymes USP19, USP4 and UCH-L1

El marcaje de proteínas con ubiquitina, conocido como ubiquitinación, cumple diferentes funciones que incluyen la regulación de varios procesos celulares, tales como: la degradación de proteínas por medio del proteosoma, la reparación del ADN, la señalización mediada por receptores de membrana, y la endocitosis, entre otras (1). Las moléculas de ubiquitina pueden ser removidas de sus sustratos gracias a la acción de un gran grupo de proteasas, llamadas enzimas deubiquitinizantes (DUBs) (2). Las DUBs son esenciales para la manutención de la homeostasis de la ubiquitina y para la regulación del estado de ubiquitinación de diferentes sustratos. El gran número y la diversidad de DUBs descritas refleja tanto su especificidad como su utilización para regular un amplio espectro de sustratos y vías celulares. Aunque muchas DUBs han sido estudiadas a profundidad, actualmente se desconocen los sustratos y las funciones biológicas de la mayoría de ellas. En este trabajo se investigaron las funciones de las DUBs: USP19, USP4 y UCH-L1. Utilizando varias técnicas de biología molecular y celular se encontró que: i) USP19 es regulada por las ubiquitin ligasas SIAH1 y SIAH2 ii) USP19 es importante para regular HIF-1α, un factor de transcripción clave en la respuesta celular a hipoxia, iii) USP4 interactúa con el proteosoma, iv) La quimera mCherry-UCH-L1 reproduce parcialmente los fenotipos que nuestro grupo ha descrito previamente al usar otros constructos de la misma enzima, y v) UCH-L1 promueve la internalización de la bacteria Yersinia pseudotuberculosis.

Búsqueda de selección en el polimorfismo 677C>T (c.665C>T) del gen de la metilentetrahidrofolato reductasa (MTHFR) en una población Colombiana

Se realizó un estudio genético – poblacional en dos grupos etarios de población colombiana con la finalidad de evaluar las diferencias genéticas relacionadas con el polimorfismo MTHFR 677CT en busca de eventos genéticos que soporten la persistencia de este polimorfismo en la especie humana debido que este ha sido asociado con múltiples enfermedades. De esta manera se genotipificaron los individuos, se analizaron los genotipos, frecuencias alélicas y se realizaron diferentes pruebas genéticas-poblacionales. Contrario a lo observado en poblaciones Colombianas revisadas se identificó la ausencia del Equilibrio Hardy-Weinberg en el grupo de los niños y estructuras poblacionales entre los adultos lo que sugiere diferentes historias demográficas y culturales entre estos dos grupos poblacionales al tiempo, lo que soporta la hipótesis de un evento de selección sobre el polimorfismo en nuestra población. De igual manera nuestros datos fueron analizados junto con estudios previos a nivel nacional y mundial lo cual sustenta que el posible evento selectivo es debido a que el aporte de ácido fólico se ha incrementado durante las últimas dos décadas como consecuencia de las campañas de fortificación de las harinas y suplementación a las embarazadas con ácido fólico, por lo tanto aquí se propone un modelo de selección que se ajusta a los datos encontrados en este trabajo se establece una relación entre los patrones nutricionales de la especie humana a través de la historia que explica las diferencias en frecuencias de este polimorfismo a nivel espacial y temporal.  

Escala para valoración cliníca de fotoenvejecimiento cutáneo en la cara

Introducción: el fotoenvejecimiento cutáneo es causado principalmente por la exposición crónica y acumulativa a los rayos ultravioleta. Las clasificaciones y escalas existentes evalúan el envejecimiento cutáneo de forma global y no existe un instrumento que valore exclusivamente el fotoenvejecimiento cutáneo. Objetivo: Construir y realizar la validación de contenido, de una escala para valoración clínica del fotoenvejecimiento cutáneo en la cara. Materiales y métodos: Estudio de validez de contenido, de una escala para valoración clínica del fotoenvejecimiento cutáneo en cara, construida a partir del marco conceptual, y evaluada por 15 expertos con especialidades médicas que manejan el fotoenvejecimiento. Los datos obtenidos se analizaron así: porcentaje de la pertinencia; la media; coeficiente de variación (CV) e índice de validez de contenido por ítem (CVIi) de cada ítem incluido en la escala. Resultados: Para el grupo de 15 expertos evaluadores, la pertinencia de los 6 ítems incluidos en los criterios clínicos, arrojo una media de 4,2/5 con CVIi entre 73,3% y 100% y con CV por debajo del 20%; el ítem de surcos tuvo un CV de 26,93%; la pertinencia de los 5 ítems incluidos en los antecedentes, arrojo una media de 3,9/5, un CVIi entre 73,3% y 80% y un CV entre 33,67% y 39,84%. Discusión y conclusiones: La validez de contenido de los criterios clínicos de la escala cumplió en un nivel alto con la pertinencia, lo que indica que miden adecuada y exclusivamente las dimensiones del grado clínico de fotoenvejecimiento cutáneo en cara evaluado por los expertos.

Análisis del gen adra2a receptor alfa 2a adrenergico en pacientes con trastorno de hiperactividad y déficit de atención

El trastorno de hiperactividad y déficit de atención (THDA), es definido clínicamente como una alteración en el comportamiento, caracterizada por inatención, hiperactividad e impulsividad. Estos aspectos son clasificados en tres subtipos, que son: Inatento, hiperactivo impulsivo y mixto. Clínicamente se describe un espectro amplio que incluye desordenes académicos, trastornos de aprendizaje, déficit cognitivo, trastornos de conducta, personalidad antisocial, pobres relaciones interpersonales y aumento de la ansiedad, que pueden continuar hasta la adultez. A nivel global se ha estimado una prevalencia entre el 1% y el 22%, con amplias variaciones, dadas por la edad, procedencia y características sociales. En Colombia, se han realizado estudios en Bogotá y Antioquia, que han permitido establecer una prevalencia del 5% y 15%, respectivamente. La causa específica no ha sido totalmente esclarecida, sin embargo se ha calculado una heredabilidad cercana al 80% en algunas poblaciones, demostrando el papel fundamental de la genética en la etiología de la enfermedad. Los factores genéticos involucrados se relacionan con cambios neuroquímicos de los sistemas dopaminérgicos, serotoninérgicos y noradrenérgicos, particularmente en los sistemas frontales subcorticales, corteza cerebral prefrontal, en las regiones ventral, medial, dorsolateral y la porción anterior del cíngulo. Basados en los datos de estudios previos que sugieren una herencia poligénica multifactorial, se han realizado esfuerzos continuos en la búsqueda de genes candidatos, a través de diferentes estrategias. Particularmente los receptores Alfa 2 adrenérgicos, se encuentran en la corteza cerebral, cumpliendo funciones de asociación, memoria y es el sitio de acción de fármacos utilizados comúnmente en el tratamiento de este trastorno, siendo esta la principal evidencia de la asociación de este receptor con el desarrollo del THDA. Hasta la fecha se han descrito más de 80 polimorfismos en el gen (ADRA2A), algunos de los cuales se han asociado con la entidad. Sin embargo, los resultados son controversiales y varían según la metodología diagnóstica empleada y la población estudiada, antecedentes y comorbilidades. Este trabajo pretende establecer si las variaciones en la secuencia codificante del gen ADRA2A, podrían relacionarse con el fenotipo del Trastorno de Hiperactividad y el Déficit de Atención.

Prevalencia de enfermedad de Fabry en pacientes en lista de trasplante y posttrasplante renal en fundación cardioinfantil Bogotá

Introducción: La Enfermedad de Fabry (EF), es una enfermedad multisistémica de almacenamiento lisosomal ligada al cromosoma X que afecta principalmente a hombres, pero también puede causar significativa morbilidad en las mujeres heterocigotas (1–5). La deficiencia de la enzyma α-galactosidaseA (α-Gal A,) provoca acumulación de glicosfingolipidos que afectan diferentes tipos celulares entre ellos el endotelio vascular en vasos de pequeño calibre, células epiteliales y Músculo liso en el sistema cardiovascular (cardiomiocitos), sistema nervioso y células epiteliales tubulares del riñón (6,7). Complicaciones como la falla renal es la causa de muerte más frecuente en la EF (7,8). La incidencia se ha calculado en 1 de cada 117.000 nacidos vivos. (9). Objetivos: Determinar la prevalencia de la Enfermedad de Fabry en pacientes con Insuficiencia renal terminal que se encuentren en lista de trasplante y Post-trasplante Renal en Fundación Cardioinfantil Bogotá. Materiales y Métodos: Se realizó un estudio observacional en donde se evaluó la prevalencia de la EF en todos los sujetos mayores de 18 años que se encuentren en lista de trasplante y post-trasplante renal. Resultados: La prevalencia de Enfermedad de Fabry en 98 pacientes con enfermedad renal crónica fue de 7.1% para la muestra general y 12.9% para la muestra con etiología idiopática Conclusiones: La Enfermedad de Fabry es una importante casusa de Enfermedad Renal Crónica Terminal principalmente en el grupo de etiología idiopática. Palabras Clave: Enfermedad de Fabry (FA)

Cell division and genetics.

Este título pertenece a una serie que ofrece en profundidad una visión de las células en todo el mundo vivo, su estructura y los procesos en que se basa la vida en la Tierra. Explica lo que ocurre cuando las células se dividen. La división celular es la manera en que los organismos crecen. Aun cuando es un organismo totalmente desarrollado, algunas células continúan dividiendse para sustituir a aquellas que han envejecido o se han dañado. Explora la relación entre los cromosomas, los genes y el ADN. A continuación, examina la forma especial de la división celular que participa en la reproducción, sus características y cómo se transmiten de una generación a otra. Se analizan cuestiones éticas relacionadas con la investigación con células. Tiene índice, glosario, referencias bibliográficas y un cuadro con código genético.