Biodiversity and molecular evolution of malacostraca

No actual cenário de perda acelerada de biodiversidade, o nosso conhecimento dos ecossistemas marinhos, apesar da sua extensão e complexidade, continua muito inferior ao dos ecossistemas terrestres. A classe Malacostraca (Arthropoda, Crustacea), um grupo dos mais representativos nos ecossistemas marinhos, apresenta um elevado nível de diversidade morfológica e ecológica, mas difícil sua identificação ao nível de espécie requer frequentemente a ajuda de especialistas em taxonomia. A utilização recente do “barcoding” (código de barras do ADN), revelou ser um método rápido e eficaz para a identificação de espécies em diversos grupos de metazoários, incluindo os Malacostraca. No âmbito desta tese foi construída uma base de dados de código de barras de ADN envolvendo 132 espécies de Malacostraca vários locais de amostragem no Atlântico Nordeste e Mediterrâneo. As sequências de ADN mitocondrial provenientes de 601 espécimes formaram, em 95% dos casos, grupos congruentes com as identificações baseadas em características morfológicas. No entanto, foi detectado polimorfismo em seis casos e a divergência intra-específica foi elevada em exemplares pertencentes a duas espécies morfológicas, sugerindo, neste caso, a ocorrência de especiação críptica. Este estudo confirma a utilidade do código de barras de ADN para a identificação de Malacostraca marinhos. Apesar do sucesso obtido, este método apresenta alguns problemas, como por exemplo a possível amplificação de pseudogenes. A ocorrência de pseudogenes e as possíveisabordagens para a detecção e resolução deste tipo de problemas são discutidas com base em casos de estudo: análises dos códigos de barras ADN na espécie Goneplax rhomboides (Crustacea, Decapoda). A análise dos códigos de barras ADN revelou ainda grupos prioritários de decápodes para estudos taxonómicos e sistemáticos, nomeadamente os decápodes dos géneros Plesionika e Pagurus. Neste âmbito são discutidas as relações filogenéticas entre espécies seleccionadas dos géneros Plesionika e Pagurus. Este trabalho aponta para várias questões no âmbito da biodiversidade e evolução molecular da classe Malacostraca que carecem de um maior esclarecimento, podendo ser considerado como a base para estudo futuros. Análises filogenéticas adicionais integrando dados morfológicos e moleculares de um maior número de espécies e de famílias deverão certamente conduzir a uma melhor avaliação da biodiversidade e da evolução dentro da classe.

Biodiversity and conservation of subterranean fauna of Portuguese karst

As regiões cársicas de Portugal ocupam uma parte considerável do território e albergam mais de 2000 grutas, que são habitadas por animais subterrâneos com características adaptativas únicas. Estes animais estão entre os mais raros, ameaçados e desprotegidos a nível mundial, comummente pelo simples fato de serem desconhecidos, o que associado à relativa inacessibilidade do seu habitat, constitui um desafio para o seu estudo. O presente trabalho centra-se no estudo da biodiversidade subterrânea do carso de Portugal, de forma a contribuir para a sua conservação. Os invertebrados subterrâneos têm sido ignorados no que concerne à sua proteção, sobretudo porque o conhecimento era escasso e desorganizado. Este trabalho começa por apresentar uma revisão de todas as fontes bibliográficas sobre fauna subterrânea em Portugal, incluindo um catálogo de espécies troglóbias e estigóbias, acompanhado das respetivas localizações, para congregar, pela primeira vez, o estado do conhecimento da riqueza específica, biogeografia e conservação das áreas estudadas. Para compreender os padrões de biodiversidade subterrânea, foi realizado um ano de trabalho de campo intenso e padronizado em mais de 40 cavidades de 14 unidades cársicas. Deste esforço resultou a descoberta e descrição de nove novos taxa, compreendendo três novos géneros e seis novas espécies para a ciência. Utilizando sistemas de informação geográfica foram mapeadas as distribuições das espécies subterrâneas do carso de Portugal e a sua riqueza foi comparada com a de outras áreas do mundo. Para explicar a sua riqueza específica subterrânea, foram testados vários fatores ambientais e efetuada a estimativa de espécies subterrâneas, numa escala regional. A evapotranspiração e consequentemente a produtividade primária ao nível da superfície poderão ser fatores importantes na variação da riqueza específica nas diferentes unidades cársicas, mas a profundidade e as características geológicas únicas de cada maciço parecem desempenhar um papel determinante nos padrões de biodiversidade subterrânea. Com o intuito de avaliar a sensibilidade de organismos subterrâneos à contaminação, foram testados os efeitos letais de dois tóxicos em crustáceos estigóbios com diferentes graus de troglomorfismo. Foram igualmente abordados aspectos gerais de ecotoxicologia de águas subterrâneas e perspectivas de futuro. Os principais problemas relacionados com a conservação dos habitats subterrâneos em Portugal estão associados à destruição direta do habitat e à sua contaminação. Estes carecem de proteção específica, o que implica a gestão adequada à superfície e a criação de áreas prioritárias de conservação. Integrando toda a informação gerada, o presente estudo estabelece uma hierarquização de locais prioritários para a conservação da fauna subterrânea em zonas cársicas de Portugal.

Effect of light on ex situ production of symbiotic corals

The increasing interest in coral culture for biotechnological applications, to supply the marine aquarium trade, or for reef restoration programs, has prompted researchers to optimize coral culture protocols, with emphasis to ex situ production. When cultured ex situ, the growth performance of corals can be influenced by several physical, chemical and biological parameters. For corals harbouring zooxanthellae, light is one of such key factors, as it can influence the photosynthetic performance of these endosymbionts, as well as coral physiology, survival and growth. The economic feasibility of ex situ coral aquaculture is strongly dependent on production costs, namely those associated with the energetic needs directly resulting from the use of artificial lighting systems. In the present study we developed a versatile modular culture system for experimental coral production ex situ, assembled solely using materials and equipment readily available from suppliers all over the world; this approach allows researchers from different institutions to perform truly replicated experimental set-ups, with the possibility to directly compare experimental results. Afterwards, we aimed to evaluate the effect of contrasting Photosynthetically Active Radiation (PAR) levels, and light spectra emission on zooxanthellae photochemical performance, through the evaluation of the maximum quantum yield of PSII (Fv/Fm) (monitored non-invasively and non-destructively through Pulse Amplitude Modulation fluorometry, PAM), chlorophyll a content (also determined non-destructively by using the spectral reflectance index Normalized Difference Vegetation Index, NDVI), photosynthetic and accessory pigments, number of zooxanthellae, coral survival and growth. We studied two soft coral species, Sarcophyton cf. glaucum and Sinularia flexibilis, as they are good representatives of two of the most specious genera in family Alcyoniidae, which include several species with interest for biotechnological applications, as well as for the marine aquarium trade; we also studied two commercially important scleractinian corals: Acropora formosa and Stylophora pistillata. We used different light sources: hydrargyrum quartz iodide (HQI) lamps with different light color temperatures, T5 fluorescent lamps, Light Emitting Plasma (LEP) and Light Emitting Diode (LED). The results achieved revealed that keeping S. flexibilis fragments under the same light conditions as their mother colonies seems to be photobiologically acceptable for a short-term husbandry, notwithstanding the fact that they can be successfully stocked at lower PAR intensities. We also proved that low PAR intensities are suitable to support the ex situ culture S. cf. glaucum in captivity at lower production costs, since the survival recorded during the experiment was 100%, the physiological wellness of coral fragments was evidenced, and we did not detect significant differences in coral growth. Finally, we concluded that blue light sources, such as LED lighting, allow a higher growth for A. formosa and S. pistillata, and promote significant differences on microstructure organization and macrostructure morphometry in coral skeletons; these findings may have potential applications as bone graft substitutes for veterinary and/or other medical uses. Thus, LED technology seems to be a promising option for scleractinian corals aquaculture ex situ.

Dias inventados: o romance-diário na ficção portuguesa contemporânea

O presente trabalho pretende contribuir para a definição de um paradigma teórico para o estudo do romance-diário em Portugal, assim como reconstituir a sua linhagem e incidência na narrativa portuguesa contemporânea. Apresenta-se, num primeiro momento, uma cartografia diacrónica da emergência e implantação do subgénero no campo literário português, desde finais do século XIX até à contemporaneidade, destacando os processos complementares de imitação e variação genológicas. Num segundo momento, partindo de um corpus constituído por cinco romances portugueses publicados nas últimas décadas do século XX, pretende-se averiguar algumas das modulações contemporâneas do romance-diário, por forma a demonstrar a capacidade de sobrevivência e renovação proteica da ficção diarística.

Os cadernos de escrita como mediadores da produção de textos por alunos do 1º CEB

O actual paradigma inclusivo associado a um enquadramento sociocultural da investigação em Didáctica reposiciona a escrita por iniciativa própria num referencial mais amplo, no qual o aprender a escrever se cruza com a relação com o (saber) escrever de todos os alunos. Neste enquadramento, torna-se possível conjugar a centralidade que a escrita ocupa (i) nos percursos escolares dos alunos, (ii) na definição das opções metodológicas dos professores e (iii) nas orientações programáticas estabelecidas para todo o ensino básico, confrontando-a com as características dos suportes de escrita utilizados em contexto escolar. Tais suportes são elementos essenciais porque constituem uma memória que viabiliza a partilha, a reformulação e a reflexão. É também nesse sentido que interpretamos o Programa de Língua Portuguesa para o 1.º Ciclo Ensino Básico quando propõe que cada aluno tenha «um caderno onde possa fazer tentativas de escrita, escrever como souber, o que quiser, quando quiser». Daí, a nossa opção por realizar uma investigação de cariz interpretativo centrada nas opções metodológicas do(s) professor(es) e na relação com a escrita subjacente às produções dos alunos, questionando os sentidos e as práticas perceptíveis na utilização de cadernos individuais de escrita no 1.º Ciclo do Ensino Básico. Os resultados obtidos junto de três turmas, ao longo do terceiro e quarto anos de escolaridade, destacam a diversidade de dinâmicas passíveis de serem estabelecidas em cada grupo e a expansão da gama de géneros de textos que, claramente, surge associada a uma crescente afirmação intencional do lugar dos alunos enquanto sujeitos que querem e sabem dizer de si, reflectindo acerca do seu próprio agir, entre pares.

Escrever para aprender: estratégias, textos e práticas

Partindo da importância de que se reveste a escrita para construção e explicitação do conhecimento, e da necessidade de os professores fazerem uma mediação da aprendizagem desta vertente da escrita, procurámos analisar e perceber de que modo as práticas de escrita que os professores implementam influenciam a qualidade dos textos que os alunos produzem. No sentido de dar resposta à questão enunciada, definimos um objetivo geral: avaliar se um dispositivo didático, o MDG, construído com base no conhecimento das propriedades dos géneros e dos textos, implementado de forma explícita e intencional pelos professores, pode refletir-se, e a que níveis, na qualidade dos textos que os alunos produzem. O estudo foi realizado no contexto de um programa de formação que envolveu 14 professores dos três ciclos do ensino básico, para o qual definimos três fases distintas: (i) caracterização das práticas de escrita dos professores dos três ciclos do ensino básico antes da planificação do MDG; ii) caracterização das práticas de escrita dos alunos de uma turma do 4.º ano de escolaridade antes da implementação do MDG, e (iii) avaliação das práticas de escrita dos alunos depois de implementado o MDG pelos professores. Os dados foram recolhidos através da análise qualitativa e quantitativa das planificações dos professores e dos textos dos alunos. Os resultados evidenciam que nas fases prévias à implementação do MDG há a ausência de critérios específicos de avaliação dos textos e a utilização de instruções de escrita demasiado vagas, pouco orientadoras da produção do texto do género por parte dos alunos. Por sua vez, estes revelaram dificuldades quer na seleção de informação, ao nível da escolha dos conteúdos pertinentes, quer na produção do género pedido, já que o texto final configura uma colagem de partes de textos lidos, sem qualquer configuração adaptada ao género. Já na fase 3, e depois de planificado e implementado o MDG, os alunos demonstraram um melhor desempenho na seleção de informação e na escrita do texto. No entanto, foi também possível identificar alguns aspetos em que não apresentaram mudança ou que essa mudança não foi significativa.

Obras para voz e piano de Frederico de Freitas: a vocalidade entre fado e canção

Durante a sua vida Frederico de Freitas abordou praticamente todos os géneros musicais, demonstrando uma imensa e notória versatilidade tanto na música erudita como na não erudita. O repertório para canto e piano representa uma parte substancial da sua obra vocal e, apesar de menos divulgado, não pode deixar de se considerar de grande importância. É precisamente neste género que mais se evidencia a versatilidade do seu estilo composicional. Este repertório abrange, assim, os géneros erudito e ligeiro, ou popular, pelo que as suas canções refletem a facilidade com que se movia de um meio para outro. Enquanto investigador, os estudos que realizou sobre música medieval portuguesa, o número elevadíssimo de recolhas de melodias tradicionais portuguesas que fez ao longo da vida e as investigações que realizou sobre o fado deram origem, paralelamente à composição de canções eruditas, a harmonizações de melodias medievais, a arranjos de temas na música tradicional e à composição de fados. Do ponto de vista interpretativo, a diversidade de estilos presentes nas canções de Frederico de Freitas exige do cantor lírico uma versatilidade e capacidade de se adaptar, ainda que mantendo a matiz da sua formação erudita, ao estilo próprio de cada canção. Com vista a uma interpretação estilística e vocalmente adequada, e por representarem um universo tão diferenciado, esta tese de doutoramento centra a sua atenção na problemática da vocalidade das suas canções.

Describing vocal performance of Portuguese cantadeiras of Alto Minho

Portugal has strong musical traditions, which have been perpetrated by decades through folkloristic activities. In folk groups from Alto Minho (north of Portugal), folk singing is mostly performed by cantadeiras, amateur female solo singers who learn this style orally. Their vocal characteristics are distinctive when compared with other regions of the country; however, deep understanding of these vocal practices is still missing. The present work aims at studying Alto Minho cantadeira’s vocal performance in a multidimensional perspective, envisioning social, cultural and physiological understanding of this musical style. Thus, qualitative and quantitative data analyses were carried out, to: (i) describe current performance practices, (ii) explore existent perceptions about most relevant voice features in this region, (iii) investigate physiological and acoustic properties of this style, and (iv) compare this style of singing with other non-classical singing styles of other countries. Dataset gathered involved: 78 groups whose members were telephone interviewed, 13 directors who were asked to fill in a questionnaire on performance practices, 1 cantadeira in a pilot study, 16 cantadeiras in preliminary voice recordings, 77 folk group members in listening tests, and 10 cantadeiras in multichannel recordings, including audio, ELG, air flow and intra-oral pressure signals. Data were analysed through thematic content analysis, descriptive and inferential statistics, hierarchical principal components, and multivariate linear regression models. Most representative voices have a high pitched and loud voice, with a bright timbre, predominance of chest register without excessive effort, and good text intelligibility with regional accent. High representativeness levels were obtained by few cantadeiras; these sing with high levels of subglottal pressure and vocal fold contact quotient, predominance of high spectrum energy and vocal loudness, corroborating indications of prevalence of pressed phonation. These vocal characteristics resemble belting in musical theatre and share similarities with country (USA) and ojikanje (Croatia) singing. Strategies that may contribute to the preservation of this type of singing and the vocal health of current cantadeiras are discussed, pointing at the direction of continuous education among folk groups, following practices that are already adopted elsewhere in Europe.

Development of infrared spectroscopy for assessing bacterial quality in foods

Rapid and specific detection of foodborne bacteria that can cause food spoilage or illness associated to its consumption is an increasingly important task in food industry. Bacterial detection, identification, and classification are generally performed using traditional methods based on biochemical or serological tests and the molecular methods based on DNA or RNA fingerprints. However, these methodologies are expensive, time consuming and laborious. Infrared spectroscopy is a reliable, rapid, and economic technique which could be explored as a tool for bacterial analysis in the food industry. In this thesis it was evaluated the potential of IR spectroscopy to study the bacterial quality of foods. In Chapter 2, it was developed a calibration model that successfully allowed to predict the bacterial concentration of naturally contaminated cooked ham samples kept at refrigeration temperature during 8 days. In this part, it was developed the methodology that allowed the best reproducibility of spectra from bacteria colonies with minimal sample preparation, which was used in the subsequent work. Several attempts trying different resolutions and number of scans in the IR were made. A spectral resolution of 4 cm-1, with 32 scans were the settings that allowed the best results. Subsequently, in Chapter 3, it was made an attempt to identify 22 different foodborne bacterial genera/species using IR spectroscopy coupled with multivariate analysis. The principal component analysis, used as an exploratory technique, allowed to form distinct groups, each one corresponding to a different genus, in most of the cases. Then, a hierarchical cluster analysis was performed to further analyse the group formation and the possibility of distinction between species of the same bacterial genus. It was observed that IR spectroscopy not only is suitable to the distinction of the different genera, but also to differentiate species of the same genus, with the simultaneous use of principal component analysis and cluster analysis techniques. The utilization of IR spectroscopy and multivariate statistical analysis were also investigated in Chapter 4, in order to confirm the presence of Listeria monocytogenes and Salmonella spp. isolated from contaminated foods, after growth in selective medium. This would allow to substitute the traditional biochemical and serological methods that are used to confirm these pathogens and that delay the obtainment of the results up to 2 days. The obtained results allowed the distinction of 3 different Listeria species and the distinction of Salmonella spp. from other bacteria that can be mistaken with them. Finally, in chapter 5, high pressure processing, an emerging methodology that permits to produce microbiologically safe foods and extend their shelf-life, was applied to 12 foodborne bacteria to determine their resistance and the effects of pressure in cells. A treatment of 300 MPa, during 15 minutes at room temperature was applied. Gram-negative bacteria were inactivated to undetectable levels and Gram-positive showed different resistances. Bacillus cereus and Staphylococcus aureus decreased only 2 logs and Listeria innocua decreased about 5 logs. IR spectroscopy was performed in bacterial colonies before and after HPP in order to investigate the alterations of the cellular compounds. It was found that high pressure alters bands assigned to some cellular components as proteins, lipids, oligopolysaccharides, phosphate groups from the cell wall and nucleic acids, suggesting disruption of the cell envelopes. In this work, bacterial quantification and classification, as well as assessment of cellular compounds modification with high pressure processing were successfully performed. Taking this into account, it was showed that IR spectroscopy is a very promising technique to analyse bacteria in a simple and inexpensive manner.

Caracterização do comportamento reprodutivo do cavalo-marinho de focinho comprido (Hippocampus guttulatus, Cuvier 1928)

Dissertação de Mestrado, Biologia Marinha, Especialização em Pescas e Aquacultura, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2009

Controlo e análise do processo de produção de aguardente de medronho da Serra do Caldeirão

Dissertação de mest., Tecnologia dos Alimentos, Instituto Superior de Engenharia, Univ. do Algarve, 2010

Da memória do povo - Recolha de literatura popular da tradição oral do Concelho de Portimão

Margarida Tengarrinha oferece - nos, nesta obra, um leque bastante diversificado do património, adentro das “artes da fala”, correndo nas memórias do povo do concelho de Portimão. O fruto da sua recolecção, os “textos” que recebeu, transcreveu e estudou, é aqui editado com uma valência, cremos,, primeiro que tudo pedagógica. Assim, os textos agrupam - se por “manchas de leitura” com uma coerência interna aglutinadora, aparecendo ordenados sob uma classificação entre formal — segundo os “géneros”, como “contos” , “lendas”, “romances”, “orações”, por exemplo — e temática — por “fundos de sentido” semantizados nas comunicações: “bruxas e bruxedos”, “benzeduras, mezinhas, maldições e superstições”, “poesias maliciosas”, por exemplo.

A poesia popularizante de Vitorino Nemésio

Publicado em 1950, Festa Redonda é um livro de poeta proteiforme, extasiado com a substância telúrica e literária da sua terra natal. A força apelativa dos poemas coligidos nesta obra provém em grande parte da literatura de transmissão oral, à qual a criatividade nemesiana dá o cunho de poesia individual e original. A euforia do telurismo e da oralidade artística de Festa Redonda interage com as características da poesia moderna que percorrem grande parte da poesia de Vitorino Nemésio: a austeridade e a ideia obsidiante de vazio. A poesia de Festa Redonda, radicada nas fontes remotas da iniciação humana e literária de Vitorino Nemésio (quadras e outros géneros literários orais, com os quais ele conviveu desde a infância), é, numa palavra, um macrodiscurso festivo que nunca deixará de o acompanhar enquanto poeta de expressão e de conteúdos múltiplos e versáteis. Ler estes textos é por isso entrar de algum modo na individualidade de um espírito criador que demanda e constrói a sua própria (uni)diversidade idiossincrásica em comunhão com a oralidade literária da sua comunidade.

Evolução paleoambiental holocénica dos estuários dos rios Guadiana e Arade com base nas associações fósseis de foraminíferos bentónicos

Dissertação de mest., Estudos Marinhos e Costeiros, Faculdade de Ciências do Mar e do Ambiente, Univ. do Algarve, 2004

Ocorrências de endemismos em países africanos - dados para a aplicação de medidas de conservação: caso de estudo das famílias Leguminosae e Capparaceae S.L. em Angola

Dissertação de mest., Gestão e Conservação da Natureza, Faculdade de Ciências do Mar e do Ambiente, Univ. do Algarve, 2010