The evolution of controlled multitasked gene networks: The role of introns and other noncoding RNAs in the development of complex organisms

Eukaryotic phenotypic diversity arises from multitasking of a core proteome of limited size. Multitasking is routine in computers, as well as in other sophisticated information systems, and requires multiple inputs and outputs to control and integrate network activity. Higher eukaryotes have a mosaic gene structure with a dual output, mRNA (protein-coding) sequences and introns, which are released from the pre-mRNA by posttranscriptional processing. Introns have been enormously successful as a class of sequences and comprise up to 95% of the primary transcripts of protein-coding genes in mammals. In addition, many other transcripts (perhaps more than half) do not encode proteins at all, but appear both to be developmentally regulated and to have genetic function. We suggest that these RNAs (eRNAs) have evolved to function as endogenous network control molecules which enable direct gene-gene communication and multitasking of eukaryotic genomes. Analysis of a range of complex genetic phenomena in which RNA is involved or implicated, including co-suppression, transgene silencing, RNA interference, imprinting, methylation, and transvection, suggests that a higher-order regulatory system based on RNA signals operates in the higher eukaryotes and involves chromatin remodeling as well as other RNA-DNA, RNA-RNA, and RNA-protein interactions. The evolution of densely connected gene networks would be expected to result in a relatively stable core proteome due to the multiple reuse of components, implying,that cellular differentiation and phenotypic variation in the higher eukaryotes results primarily from variation in the control architecture. Thus, network integration and multitasking using trans-acting RNA molecules produced in parallel with protein-coding sequences may underpin both the evolution of developmentally sophisticated multicellular organisms and the rapid expansion of phenotypic complexity into uncontested environments such as those initiated in the Cambrian radiation and those seen after major extinction events.

Melhoria do processo de fabrico de esterilizadores

Mestrado em Engenharia Mecânica. Gestão de Processos e Operações.

Uma perspetiva Lean Seis Sigma na melhoria contínua de um sistema logístico de produção

A globalização da indústria leva a ambientes industriais cada vez mais competitivos em que a redução de desperdícios e melhoria dos sistemas produtivos e logísticos tornam-se fatores críticos para o sucesso e sustentabilidade de uma organização. Desta forma, a presente dissertação tem como âmbito a melhoria contínua em sistemas logísticos de produção através de uma perspetiva Lean Seis Sigma (modelo híbrido) testado e implementado na Visteon Portuguesa Lda. Neste modelo proposto serão identificadas oportunidades de melhoria no fluxo logístico de produção, no sistema de armazenamento e no processo produtivo e a sua implementação. Estas serão identificadas com base na elaboração do Value Stream Mapping (VSM) do processo produtivo do cluster B299 High. Posteriormente, serão aplicados métodos e ferramentas Lean e Seis Sigma que permitirão atingir o objetivo estipulado para cada uma. A nível do fluxo logístico de produção, foi introduzido o Systematic Layout Planning (SLP) de forma a estudar a configuração existente e as suas restrições, bem como a existência de um rearranjo na mesma que seja vantajoso para a redução do tempo despendido em transporte de materiais entre zonas da configuração. Com o intuito de minimizar o manuseamento dos materiais foi desenvolvido e proposto um novo sistema de transporte. Para a melhoria do sistema de armazenagem, foram criados armazéns distintos dependendo do tipo de material armazenado, e uma análise ABC para identificar quais os produtos com maior número de movimentações e assim, definir qual a melhor configuração das localizações nas racks. Para o abastecimento dos materiais, torna-se também necessário a conceção e implementação de um sistema order picking, tendo como objetivo a agilização do sistema de armazenagem. Por último, foi desenvolvido um estudo DMAIC para melhorar o processo produtivo, com o intuito de aumentar a performance do mesmo através da redução de scrap.

Análise e melhoria dos processos de gestão de armazém numa empresa de produtos elétricos

Dissertação de mestrado integrado em Engenharia e Gestão Industrial

Computerized advice on drug dosage to improve prescribing practice.

BACKGROUND: Maintaining therapeutic concentrations of drugs with a narrow therapeutic window is a complex task. Several computer systems have been designed to help doctors determine optimum drug dosage. Significant improvements in health care could be achieved if computer advice improved health outcomes and could be implemented in routine practice in a cost effective fashion. This is an updated version of an earlier Cochrane systematic review, by Walton et al, published in 2001. OBJECTIVES: To assess whether computerised advice on drug dosage has beneficial effects on the process or outcome of health care. SEARCH STRATEGY: We searched the Cochrane Effective Practice and Organisation of Care Group specialized register (June 1996 to December 2006), MEDLINE (1966 to December 2006), EMBASE (1980 to December 2006), hand searched the journal Therapeutic Drug Monitoring (1979 to March 2007) and the Journal of the American Medical Informatics Association (1996 to March 2007) as well as reference lists from primary articles. SELECTION CRITERIA: Randomized controlled trials, controlled trials, controlled before and after studies and interrupted time series analyses of computerized advice on drug dosage were included. The participants were health professionals responsible for patient care. The outcomes were: any objectively measured change in the behaviour of the health care provider (such as changes in the dose of drug used); any change in the health of patients resulting from computerized advice (such as adverse reactions to drugs). DATA COLLECTION AND ANALYSIS: Two reviewers independently extracted data and assessed study quality. MAIN RESULTS: Twenty-six comparisons (23 articles) were included (as compared to fifteen comparisons in the original review) including a wide range of drugs in inpatient and outpatient settings. Interventions usually targeted doctors although some studies attempted to influence prescriptions by pharmacists and nurses. Although all studies used reliable outcome measures, their quality was generally low. Computerized advice for drug dosage gave significant benefits by:1.increasing the initial dose (standardised mean difference 1.12, 95% CI 0.33 to 1.92)2.increasing serum concentrations (standradised mean difference 1.12, 95% CI 0.43 to 1.82)3.reducing the time to therapeutic stabilisation (standardised mean difference -0.55, 95%CI -1.03 to -0.08)4.reducing the risk of toxic drug level (rate ratio 0.45, 95% CI 0.30 to 0.70)5.reducing the length of hospital stay (standardised mean difference -0.35, 95% CI -0.52 to -0.17). AUTHORS' CONCLUSIONS: This review suggests that computerized advice for drug dosage has some benefits: it increased the initial dose of drug, increased serum drug concentrations and led to a more rapid therapeutic control. It also reduced the risk of toxic drug levels and the length of time spent in the hospital. However, it had no effect on adverse reactions. In addition, there was no evidence to suggest that some decision support technical features (such as its integration into a computer physician order entry system) or aspects of organization of care (such as the setting) could optimise the effect of computerised advice.

Aine- ja tarvikevarastojen varasto-ohjauksen ja raportoinnin

Työn tavoitteena oli selvittää OMG Kokkola Chemicals Oy:n aine- ja tarvike varastojen materiaalin ohjauksen sekä raportoinnin nykytila, analysoida saatuja tuloksia ja pohtia keinoja hankintatoimintaan ja raportointiin liittyvien menetelmien parantamiseksi. Pääpaino materiaalin ohjauksen kehittämistoimenpiteiden osalta oli varastoihin sitoutuneiden pääomien vapauttaminen ja palvelutason parantaminen. Raportoinnin osalta työssä keskityttiin varaston valvonnan kehittämiseen. Varastojärjestelmä Matekista saatuja ABC-analyysejä käytettiin apuna painopisteiden määrittämisessä nimikkeistön nykytilan tarkastelussa. Vuosi käytöltään merkittävimpiä nimikkeitä tarkasteltiin yksityiskohtaisesti. Matekin vakituisen käytön ulkopuolisia raportointiominaisuuksia tarkasteltiin tekemällä koeajoja sekä lisäksi tutkittiin Cognos Impromptu-ohjelman tuomia lisä mahdollisuuksia raportointiin. Työssä esitettiin keinot tilauspistejärjestelmän parametrien määrittämiseksi. Valituille nimikkeille laskettiin varmuusvarastotasot, hälytysrajat ja täydennys eräkoot sekä esitettiin laskelmat saavutettavista pääomakustannussäästöistä vanhan järjestelmän parametreihin verrattuna. Tuotannon ja oston välisen yhteistyön avulla saavutettavia säästöjä varastokustannustenosalta tarkasteltiin materiaali tarvelaskennan avulla. Ostostrategiantarkastelun ja kehittämisen työkaluna käytettiin ostosalkkuanalyysiä. Säännöllisten raporttien lisäksi esitettiin käyttöön otettaviksi uusia raportteja, joiden avulla voidaan seurata nimikkeistön hinnanmuutoksia ja epäkurantin osuutta varastossa. Raporttien laatimisen lähtökohdat Cognos Impromptulla käytiin läpi ja esitettiin menetelmän avulla saavutettavat hyödyt ja esiintyneet ongelmat.

Puheohjatun keräilyn hyödyntäminen logistiikkayrityksen keräilyn tehostamisessa

Tutkimuksen tavoitteena on ollut kartoittaa millä tavoin voidaan logistiikkayrityksen keräilyn tehokkuutta lisätä puheohjatun keräilyn avulla sekä pyrkiä ennustamaan kuinka suuria tehokkuuden muutoksia puheohjatun keräilynavulla voidaan saavuttaa toimeksiantajayrityksen keräilyssä. Tutkimus sisältää sekä teoreettisen että empiirisen osan. Teoreettisessa osassa tutkittiin tuottavuuden, varastoinnin ja keräilyn teoriaa kirjallisuuden ja artikkeleiden avulla. Puheohjatun keräilyn mahdollistamien tehokkuuden lisäysten suuruuden arvioimiseksi selvitettiin, minkälaisia tuloksia puheohjatun keräilyn avulla on saavutettu muissa, sitä aikaisemmin hyödyntämään siirtyneissä yrityksissä sekä millainen onollut toimeksiantajayrityksen keräilyn tehokkuus ennen puheohjattuun keräilyyn siirtymistä. Tutkimuksessa saatiin selvitettyä puheohjatun keräilyn tärkeimmät keräilyn tehokkuuteen vaikuttavat ominaisuudet. Puheohjatulla keräilyllä todettiin voitavan vaikuttaa sekä keräilyn tuottavuuteen että virheettömyyteen. Myös toimeksiantajayrityksen keräilyn tehokkuuden kehittymisestä puheohjatun keräilyn avulla saatiin luotua ennuste.

Tilauspisteen ja tilauseräkoon määrittäminen osana ostoprosessin kehittämistä tukkukaupassa

Varastojen hallinta sisältää yksinkertaisimmillaan varastotasojen, tilauspisteiden ja tilauseräkokojen määrittämiseen liittyviä päätöksiä ja toimenpiteitä. Perinteisesti näitä päätöksiä on tarkasteltu ainoastaan yhden ohjauspisteen sisäisestä näkökulmasta. Ostoprosessin ja siihen liittyvien toimittajasuhteiden kehittämisen merkitystä varastojen hallinnassa ei ole sen sijaan täysin ymmärretty. Tässä työssä tarkastellaan sekä perinteisiä varastonohjausjärjestelmiä että ostoprosessin kehittämistä teoreettisen viitekehyksen ja empiirisen case-tutkimuksen kautta. Tutkimuksen päätarkoitus on esittää varastonimikkeiden tilausajankohdan ja –eräkoon määrittämiseen liittyviä menetelmiä. Tutkimuksen teoriaosassa muodostetaan viitekehys tuotteiden luokitteluun perustuville varastojen hallinnan menettelytavoille. Varastojen hallinnan päätöksiin vaikuttavia tekijöitä ovat mm. ostoprosessin vaiheiden operatiivinen kehittäminen, toimittajayhteistyön parantaminen toimitusketjun hallinnan ja partnership-suhteiden kautta sekä nimikkeiden kysynnän, toimitusaikojen, varastojen hallinnan kustannusten ja mittarien määrittäminen. Lisäksi kuvataan tukkukauppaan liittyviä erityispiirteitä em. seikkojen osalta. Empiirisessä osassa tarkastellaan ensin terästuotteiden tukkukaupan Oy Kontino Ab:n ostotoiminnan ja varastojen hallinnan nykytilaa. Haastatteluaineiston perusteella esitetään optimaalisia varastotäydennysmenetelmiä luokitelluille nimikkeille. Tutkimuksen mukaan varaston palvelukyvyn mittaaminen on välttämätöntä optimaalisen tilauspisteen ja –eräkoon määrittämisessä. Tukkukaupan varastojen hallintaan soveltuu parhaiten kiinteän tilausvälin järjestelmä, jossa tilaushetki on kiinteä ja eräkoko sekä tilauspiste vaihtelevat. Tutkimuksesta voidaan päätellä, että myös tukkukaupan on pyrittävä varastotasojen alentamiseen parantaakseen varastoinnin tehokkuutta ja palvelukykyä. Parannukset voidaan toteuttaa vain ymmärtämällä varastojen hallinnan ja ostoprosessin välinen läheinen yhteys ja kehittämällä strategista toimittajayhteistyötä.

Päivittäistavaravaraston keräystyön simulointi

Varastotuotannon keskeinen osa on keräystyö, joka edustaa joissain tapauksissa jopa 50 % logistiikan kustannuksista. Jo pienelläkin tehostamisella päästään huomattaviin säästöihin. Keräystyö on kuitenkin yksinkertaisesta perusajatuksesta huolimatta usein monimutkaisen prosessin osa, joka on vahvasti riippuvainen tietojärjestelmistä ja toimintamalleista. Tässä diplomityössä rakennetaan kaupan alan logistiikkapalvelujen tuottajalle simulaatio-ohjelmisto, jolla on mahdollista tutkia tietojärjestelmän tiettyjen parametrien ja varaston layoutin ja artikkelinsijoittelun vaikutuksia keräystyöhön. Työssä tarkastellaan myös tilaajayrityksen varaston uudelleen organisoinnin yhteydessä tehtyjen simulaatioiden tuloksia ja verrataan niitä käytännön toteutuneeseen tilanteeseen. Varaston uudelleen organisoinnin yhteydessä tehdyt simulaatiot osoittavat, että simulaatio-ohjelmistolla voidaan simuloida tilaajayrityksen varaston keräyseriä ja -lenkkejä kohtalaisen tarkasti, kun varaston artikkeleja siirretään keräysalueelta toiselle. Simulaattorilla oli mahdollista arvioida keräyserien tunnuslukujen muutosta ja keräysmatkojen muutoksia. Työn tilaajayrityksessä tehtiin simulaation tuottamien keräyserän rakenteiden ja suoritteiden muutosten pohjalta päätös kahden eri artikkelisijoittelu vaihtoehdon välillä. Muutoksen jälkeen mitatut tulokset osoittautuivat keräysaluekohtaisesti hyvin samansuuntaisiksi, kuin simulaattorin tuottamat tulokset.

Materiaalitoimintojen kehittäminen kokoonpano-osastolla

Työn tavoitteena oli yhtenäisen toimintamallin luominen kohdeyrityksen materiaalitoiminnoille tuotannon kokoonpano-osastolla ja kokoonpanoa palvelevissa varastoissa. Toimintamallin tuli kattaa nimikkeiden siirrot ja siirtoihin liittyvät toimet toiminnanohjausjärjestelmässä. Lisäksi toimintamallin tuli vähentää saldovirheitä ja niistä johtuvia osapuutteita ja inventaarioepäselvyyksiä. Nykytilan kartoituksella yksilöitiin oleellisimmat kehityskohteet saldovirheiden eliminoimiseksi. Myös yrityksen lean-implementoinnin vaatimukset materiaalitoimintojen luotettavuudelle oli huomioitava. Kehityskohteiden tehostustoimista luotiin materiaalitoimintojen malli, joka yhtenäistää käytäntöjä ja vähentää operatiivisia saldojen hallinnan haasteita.

The radio frequency identification technology in the supply chain management: a case of a big logistics company

Nowadays global business trends force the adoption of innovative ICTs into the supply chain management (SCM). Particularly, the RFID technology is on high demand among SCM professionals due to its business advantages such as improving of accuracy and veloc-ity of SCM processes which lead to decrease of operational costs. Nevertheless, a question of the RFID technology impact on the efficiency of warehouse processes in the SCM re-mains open. The goal of the present study is to experiment the possibility of improvement order picking velocity in a warehouse of a big logistics company with the use of the RFID technology. In order to achieve this goal the following objectives have been developed: 1) Defining the scope of the RFID technology applications in the SCM; 2) Justification of the RFID technology impact on the SCM processes; 3) Defining a place of the warehouse order picking process in the SCM; 4) Identification and systematization of existing meth-ods of order picking velocity improvement; 5) Choosing of the study object and gathering of the empirical data about number of orders, number of hours spent per each order line daily during 5 months; 6) Processing and analysis of the empirical data; 7) Conclusion about the impact of the RFID technology on the speed of order picking process. As a result of the research it has been found that the speed of the order picking processes has not been changed as time has gone after the RFID adoption. It has been concluded that in order to achieve a positive effect in the speed of order picking process with the use of the RFID technology it is necessary to simultaneously implement changes in logistics and organizational management in 3PL logistics companies. Practical recommendations have been forwarded to the management of the company for further investigation and procedure.

Evaluación de intervención de alertas para riesgo cardiovascular por diclofenaco en afiliados al régimen contributivo 2014 -2015

El objetivo fue evaluar la intervención de las alertas en la prescripción de diclofenaco. Estudio observacional, comparativo, post intervención, de un antes después, en pacientes con prescripción de diclofenaco. Se evaluó la intervención de las alertas restrictivas antes y después de su implementación en los pacientes prescritos con diclofenaco y que tenían asociado un diagnóstico de riesgo cardiovascular según CIE 10 o eran mayores de 65 años. Un total de 315.135 transacciones con prescripción de diclofenaco, en 49.355 pacientes promedio mes. El 94,8% (298.674) de las transacciones fueron prescritas por médicos generales.

A model for comparative analysis of inventory costs of JIT and EOQ purchasing in the ready mixed concrete industry

A model for comparing the inventory costs of purchasing under the economic order quantity (EOQ) system and the just-in-time (JIT) order purchasing system in existing literature concluded that JIT purchasing was virtually always the preferable inventory ordering system especially at high level of annual demand. By expanding the classical EOQ model, this paper shows that it is possible for the EOQ system to be more cost effective than the JIT system once the inventory demand approaches the EOQ-JIT cost indifference point. The case study conducted in the ready-mixed concrete industry in Singapore supported this proposition.

Robust eigenstructure assignment in quadratic matrix polynomials: nonsingular case

Feedback design for a second-order control system leads to an eigenstructure assignment problem for a quadratic matrix polynomial. It is desirable that the feedback controller not only assigns specified eigenvalues to the second-order closed loop system but also that the system is robust, or insensitive to perturbations. We derive here new sensitivity measures, or condition numbers, for the eigenvalues of the quadratic matrix polynomial and define a measure of the robustness of the corresponding system. We then show that the robustness of the quadratic inverse eigenvalue problem can be achieved by solving a generalized linear eigenvalue assignment problem subject to structured perturbations. Numerically reliable methods for solving the structured generalized linear problem are developed that take advantage of the special properties of the system in order to minimize the computational work required. In this part of the work we treat the case where the leading coefficient matrix in the quadratic polynomial is nonsingular, which ensures that the polynomial is regular. In a second part, we will examine the case where the open loop matrix polynomial is not necessarily regular.

Rossby number expansions, slaving principles, and balance dynamics

We consider the problem of constructing balance dynamics for rapidly rotating fluid systems. It is argued that the conventional Rossby number expansion—namely expanding all variables in a series in Rossby number—is secular for all but the simplest flows. In particular, the higher-order terms in the expansion grow exponentially on average, and for moderate values of the Rossby number the expansion is, at best, useful only for times of the order of the doubling times of the instabilities of the underlying quasi-geostrophic dynamics. Similar arguments apply in a wide class of problems involving a small parameter and sufficiently complex zeroth-order dynamics. A modified procedure is proposed which involves expanding only the fast modes of the system; this is equivalent to an asymptotic approximation of the slaving relation that relates the fast modes to the slow modes. The procedure is systematic and thus capable, at least in principle, of being carried to any order—unlike procedures based on truncations. We apply the procedure to construct higher-order balance approximations of the shallow-water equations. At the lowest order quasi-geostrophy emerges. At the next order the system incorporates gradient-wind balance, although the balance relations themselves involve only linear inversions and hence are easily applied. There is a large class of reduced systems associated with various choices for the slow variables, but the simplest ones appear to be those based on potential vorticity.