Études d'ingénierie du ribozyme VS de Neurospora

Les ribozymes sont des ARN catalytiques fréquemment exploités pour le développement d’outils biochimiques et d’agents thérapeutiques. Ils sont particulièrement intéressants pour effectuer l’inactivation de gènes, en permettant la dégradation d’ARNm ou d’ARN viraux associés à des maladies. Les ribozymes les plus utilisés en ce moment pour le développement d’agents thérapeutiques sont les ribozymes hammerhead et hairpin, qui permettent la reconnaissance spécifique d’ARN simple brin par la formation de structures secondaires stables. In vivo, la majorité des ARN adoptent des structures secondaires et tertiaires complexes et les régions simples brins sont parfois difficiles d’accès. Il serait intéressant de pouvoir cibler des ARN repliés et un motif d’ARN intéressant à cibler est la tige-boucle d’ARN qui peut être importante dans le repliement global des ARN et pour accomplir des fonctions biologiques. Le ribozyme VS de Neurospora fait la reconnaissance de son substrat replié en tigeboucle de façon spécifique par une interaction kissing-loop, mais il n’a jamais été exploité pour faire la reconnaissance d’un ARN cible très différent de son substrat naturel. Le but des travaux présentés dans cette thèse est de déterminer si le ribozyme VS possède l’adaptabilité nécessaire pour l’ingénierie de ribozymes qui clivent des ARN cibles différents du substrat naturel. Dans le cadre de cette thèse, le ribozyme VS a été modifié pour l’adapter à différents substrats et des études de cinétiques ont été réalisées pour évaluer l’impact de ces modifications sur l’activité de clivage du ribozyme. Dans un premier temps, le ribozyme a été modifié pour faire la reconnaissance et le clivage de substrats possédant différentes longueurs de tiges Ib. Le ribozyme a été adapté avec succès à ces substrats de différentes longueurs de tige Ib, avec une activité qui est similaire à celle du ribozyme avec un substrat sans modification. Dans un deuxième temps, c’est l’interaction kissing-loop I/V du ribozyme qui a été substituée de façon rationnelle, dans le but de savoir si un ribozyme VS mutant peut reconnaitre et cliver un substrat ayant une boucle différente de celle de son substrat naturel. L’interaction kissing-loop I/V a été substituée pour les interactions kissing-loop TAR/TAR* de l’ARN du VIH-1 et L22/L88 de l’ARN 23S de Deinococcus radiodurans. La réaction de iii clivage des ribozymes comportant ces nouvelles interactions kissing-loop est toujours observée, mais avec une activité diminuée. Finalement, la sélection in vitro (SELEX) de ribozymes a été effectuée pour permettre un clivage plus efficace d’un substrat mutant avec une nouvelle boucle. Le SELEX a permis la sélection d’un ribozyme qui clive un substrat avec une boucle terminale mutée pour celle de l’ARN TAR du VIH-1 et cela avec une activité de clivage très efficace. L’ensemble de ces études démontre que le ribozyme VS peut être modifié de diverses façons pour la reconnaissance spécifique de différents substrats, tout en conservant une bonne activité de clivage. Ces résultats montrent le grand potentiel d’ingénierie du ribozyme VS et sont prometteurs pour la poursuite d’études d’ingénierie du ribozyme VS, en vue du clivage d’ARN cibles repliés en tige-boucle complètement différents du substrat naturel du ribozyme VS.

Études d'ingénierie du ribozyme VS de Neurospora

Les ribozymes sont des ARN catalytiques fréquemment exploités pour le développement d’outils biochimiques et d’agents thérapeutiques. Ils sont particulièrement intéressants pour effectuer l’inactivation de gènes, en permettant la dégradation d’ARNm ou d’ARN viraux associés à des maladies. Les ribozymes les plus utilisés en ce moment pour le développement d’agents thérapeutiques sont les ribozymes hammerhead et hairpin, qui permettent la reconnaissance spécifique d’ARN simple brin par la formation de structures secondaires stables. In vivo, la majorité des ARN adoptent des structures secondaires et tertiaires complexes et les régions simples brins sont parfois difficiles d’accès. Il serait intéressant de pouvoir cibler des ARN repliés et un motif d’ARN intéressant à cibler est la tige-boucle d’ARN qui peut être importante dans le repliement global des ARN et pour accomplir des fonctions biologiques. Le ribozyme VS de Neurospora fait la reconnaissance de son substrat replié en tigeboucle de façon spécifique par une interaction kissing-loop, mais il n’a jamais été exploité pour faire la reconnaissance d’un ARN cible très différent de son substrat naturel. Le but des travaux présentés dans cette thèse est de déterminer si le ribozyme VS possède l’adaptabilité nécessaire pour l’ingénierie de ribozymes qui clivent des ARN cibles différents du substrat naturel. Dans le cadre de cette thèse, le ribozyme VS a été modifié pour l’adapter à différents substrats et des études de cinétiques ont été réalisées pour évaluer l’impact de ces modifications sur l’activité de clivage du ribozyme. Dans un premier temps, le ribozyme a été modifié pour faire la reconnaissance et le clivage de substrats possédant différentes longueurs de tiges Ib. Le ribozyme a été adapté avec succès à ces substrats de différentes longueurs de tige Ib, avec une activité qui est similaire à celle du ribozyme avec un substrat sans modification. Dans un deuxième temps, c’est l’interaction kissing-loop I/V du ribozyme qui a été substituée de façon rationnelle, dans le but de savoir si un ribozyme VS mutant peut reconnaitre et cliver un substrat ayant une boucle différente de celle de son substrat naturel. L’interaction kissing-loop I/V a été substituée pour les interactions kissing-loop TAR/TAR* de l’ARN du VIH-1 et L22/L88 de l’ARN 23S de Deinococcus radiodurans. La réaction de iii clivage des ribozymes comportant ces nouvelles interactions kissing-loop est toujours observée, mais avec une activité diminuée. Finalement, la sélection in vitro (SELEX) de ribozymes a été effectuée pour permettre un clivage plus efficace d’un substrat mutant avec une nouvelle boucle. Le SELEX a permis la sélection d’un ribozyme qui clive un substrat avec une boucle terminale mutée pour celle de l’ARN TAR du VIH-1 et cela avec une activité de clivage très efficace. L’ensemble de ces études démontre que le ribozyme VS peut être modifié de diverses façons pour la reconnaissance spécifique de différents substrats, tout en conservant une bonne activité de clivage. Ces résultats montrent le grand potentiel d’ingénierie du ribozyme VS et sont prometteurs pour la poursuite d’études d’ingénierie du ribozyme VS, en vue du clivage d’ARN cibles repliés en tige-boucle complètement différents du substrat naturel du ribozyme VS.

Les cultes domestiques dans la Grèce antique : catalogue raisonné d’autels domestiques

Si la religion grecque a fait l’objet de nombreuses études, les informations concernant les rites domestiques se font plus discrètes. Nous avons donc tenté de présenter les traces archéologiques de ses cultes domestiques en nous concentrant sur un élément bien précis, les autels. Nous vous proposons donc dans ce mémoire de présenter un catalogue raisonné des autels domestiques de la Grèce antique. Celui-ci répertorie 140 autels domestiques, qu’ils soient de types fixes (construits) ou portatifs (arulae). Une analyse quantitative et qualitative des informations colligées dans le catalogue fait suite à ce dernier. Nous pouvons tirer quelques conclusions partielles suite à l’analyse de notre catalogue. Il est possible d’affirmer qu’il existe beaucoup plus d’autels portatifs que d’autels fixes. Les arulae n’ont pour la plupart pas été trouvés in situ, contrairement aux autels construits. La grande majorité des autels se trouvent dans la cour de la demeure ou contre un mur extérieur de la maison. Les autels portatifs, eux se retrouvent aussi dans diverses pièces de la maison, dont la pastas. La majorité des autels portatifs sont faits de terre-cuite, alors que les fixes sont tous faits de différentes pierres. Peu importe le type, la majorité des autels sont rectangulaires plutôt que circulaires. Très peu d’autels sont dédiés spécifiquement à un dieu et ceux attribués à Zeus Herkeios le sont seulement par leur position dans la cour de la demeure et non à cause d’un décor ou d’objets affiliés. Les autels autant portatifs que fixes peuvent porter un décor, allant d’une simple moulure à un riche décor rappelant les grands autels monumentaux des sanctuaires. Certains sont par contre nus et ont même des faces non travaillées. Nous détaillons dans la dernière section le cas de Zeus Ktésios et Zeus Kataibatès, comme nous possédons beaucoup d’informations pertinentes sur ces deux divinités et nous pouvons donc nous attarder sur leur culte. Il est par contre difficile de recréer des rites domestiques complets. Pour ce faire, il faudrait avoir accès aux catalogues complets des artéfacts retrouvés sur chaque site. Nous pourrions ainsi créer des assemblages et mettre en liens ces objets et les autels et tenter d’interpréter et de reconstituer ces différents rites domestiques.

Les cultes domestiques dans la Grèce antique : catalogue raisonné d’autels domestiques

Si la religion grecque a fait l’objet de nombreuses études, les informations concernant les rites domestiques se font plus discrètes. Nous avons donc tenté de présenter les traces archéologiques de ses cultes domestiques en nous concentrant sur un élément bien précis, les autels. Nous vous proposons donc dans ce mémoire de présenter un catalogue raisonné des autels domestiques de la Grèce antique. Celui-ci répertorie 140 autels domestiques, qu’ils soient de types fixes (construits) ou portatifs (arulae). Une analyse quantitative et qualitative des informations colligées dans le catalogue fait suite à ce dernier. Nous pouvons tirer quelques conclusions partielles suite à l’analyse de notre catalogue. Il est possible d’affirmer qu’il existe beaucoup plus d’autels portatifs que d’autels fixes. Les arulae n’ont pour la plupart pas été trouvés in situ, contrairement aux autels construits. La grande majorité des autels se trouvent dans la cour de la demeure ou contre un mur extérieur de la maison. Les autels portatifs, eux se retrouvent aussi dans diverses pièces de la maison, dont la pastas. La majorité des autels portatifs sont faits de terre-cuite, alors que les fixes sont tous faits de différentes pierres. Peu importe le type, la majorité des autels sont rectangulaires plutôt que circulaires. Très peu d’autels sont dédiés spécifiquement à un dieu et ceux attribués à Zeus Herkeios le sont seulement par leur position dans la cour de la demeure et non à cause d’un décor ou d’objets affiliés. Les autels autant portatifs que fixes peuvent porter un décor, allant d’une simple moulure à un riche décor rappelant les grands autels monumentaux des sanctuaires. Certains sont par contre nus et ont même des faces non travaillées. Nous détaillons dans la dernière section le cas de Zeus Ktésios et Zeus Kataibatès, comme nous possédons beaucoup d’informations pertinentes sur ces deux divinités et nous pouvons donc nous attarder sur leur culte. Il est par contre difficile de recréer des rites domestiques complets. Pour ce faire, il faudrait avoir accès aux catalogues complets des artéfacts retrouvés sur chaque site. Nous pourrions ainsi créer des assemblages et mettre en liens ces objets et les autels et tenter d’interpréter et de reconstituer ces différents rites domestiques.

Determinación experimental de g mediante un péndulo simple.

Una de las prácticas más sencillas es la de determinar la gravedad a través de un péndulo simple. Pero su realización exige afrontar la medida de dos magnitudes: tiempo y longitud que no son fáciles de medir con precisión. Es un método práctico, original y eficaz para medir el tiempo en un movimiento periódico que proporciona resultado muy concordantes y que admite ser empleado en casos en los que puedan realizarse sucesivas medidas del tiempo, como suele ser por ejemplo la comprobación de la uniformidad de un movimiento rectilíneo. Los resultados revelan muy claramente el peso que los errores de I y T tienen en el de una magnitud determinada indirectamente y a pesar del empeño el error es grande. I y T son dos péndulos utilizados con una pequeña variación en segundo. Finalmente, hemos deducido un valor de g. Para el lugar de la experiencia, aceptable. Aunque no hemos podido constatar que esta determinación haya sido realizada por otros autores en esta misma ciudad, no podemos comprobar nuestro valor frente a otros.

A simple syllogism-solving test: empirical findings and implications for g research

It has been reported that the ability to solve syllogisms is highly g-loaded. In the present study, using a self-administered shortened version of a syllogism-solving test, the BAROCO Short, we examined whether robust findings generated by previous research regarding IQ scores were also applicable to BAROCO Short scores. Five syllogism-solving problems were included in a questionnaire as part of a postal survey conducted by the Keio Twin Research Center. Data were collected from 487 pairs of twins (1021 individuals) who were Japanese junior high or high school students (ages 13–18) and from 536 mothers and 431 fathers. Four findings related to IQ were replicated: 1) The mean level increased gradually during adolescence, stayed unchanged from the 30s to the early 50s, and subsequently declined after the late 50s. 2) The scores for both children and parents were predicted by the socioeconomic status of the family. 3) The genetic effect increased, although the shared environmental effect decreased during progression from adolescence to adulthood. 4) Children's scores were genetically correlated with school achievement. These findings further substantiate the close association between syllogistic reasoning ability and g.

Reply to comment by A. G. J. Hilberts and P. A. Troch on "Influence of capillarity on a simple harmonic oscillating water table: Sand column experiments and modeling"

We thank Hilberts and Troch [2006] for their comment on our paper [Cartwright et al, 2005]. Before proceeding with our specific replies to the comments we would first like to clarify the definitions and meanings of equations (1)-(3) as presented by Hilberts and Troch [2006]. First, equation (1) is the fundamental definition of the (complex) effective porosity as derived by Nielsen and Perrochet [2000]. Equations (2) and (3), however, represent the linear frequency response function of the water table in the sand column responding to simple harmonic forcing. This function, which was validated by Nielsen and Perrochet [2000], provides an alternative method for estimating the complex effective porosity from the experimental sand column data in the absence of direct measurements of h_(tot) (which are required if equation (1) is to be used).

Evaluation of a simple hyphenated system for flow injection solid-phase pre-concentration and capillary electrophoresis

In this work, the development and evaluation of a hyphenated flow injection-capillary electrophoresis system with on-line pre-concentration is described. Preliminary tests were performed to investigate the influence of flow rates over the analytical signals. Results revealed losses in terms of sensitivity of the FIA-CE system when compared to the conventional CE system. To overcome signal decrease and to make the system more efficient, a lower flow rate was set and an anionic resin column was added to the flow manifold in order to pre-concentrate the analyte. The pre-concentration FIA-CE system presented a sensitivity improvement of about 660% and there was only a small increase of 8% in total peak dispersion. These results have confirmed the great potential of the proposed system for many analytical tasks especially for low concentration samples.

Development and validation of a simple and rapid capillary zone electrophoresis method for determination of nnrti nevirapine in pharmaceutical formulations

A simple and fast capillary zone electrophoresis (CZE) method has been developed and validated for quantification of a non-nucleoside reverse transcriptase inhibitor (NNRTI) nevirapine, in pharmaceuticals. The analysis was optimized using 10 mmol L-1 sodium phosphate buffer pH 2.5, +25 kV applied voltage, hydrodynamic injection 0.5 psi for 5 s and direct UV detection at 200 µm. Diazepam (50.0 µg mL-1) was used as internal standard. Under these conditions, nevirapine was analyzed in approximately less than 2.5 min. The analytical curve presented a coefficient of correlation of 0.9994. Limits of detection and quantification were 1.4 µg mL-1 and 4.3 µg mL-1, respectively. Intra- and inter-day precision expressed as relative standard deviations were 1.4% and 1.3%, respectively and the mean recovery was 100.81%. The active pharmaceutical ingredient was subjected to hydrolysis (acid, basic and neutral) and oxidative stress conditions. No interference of degradation products and tablet excipients were observed. This method showed to be rapid, simple, precise, accurate and economical for determination of nevirapine in pharmaceuticals and it is suitable for routine quality control analysis since CE offers benefits in terms of quicker method development and significantly reduced operating costs.

Entanglement and classical instabilities: Fingerprints of electron-hole-to-exciton phase transition in a simple model

We propose a schematic model to study the formation of excitons in bilayer electron systems. The phase transition is signalized both in the quantum and classical versions of the model. In the present contribution we show that not only the quantum ground state but also higher energy states, up to the energy of the corresponding classical separatrix orbit, ""sense"" the transition. We also show two types of one-to-one correspondences in this system: On the one hand, between the changes in the degree of entanglement for these low-lying quantum states and the changes in the density of energy levels; on the other hand, between the variation in the expected number of excitons for a given quantum state and the behavior of the corresponding classical orbit.

Simple analytic model for astrophysical S factors

We propose a physically transparent analytic model of astrophysical S factors as a function of a center-of-mass energy E of colliding nuclei (below and above the Coulomb barrier) for nonresonant fusion reactions. For any given reaction, the S(E) model contains four parameters [two of which approximate the barrier potential, U(r)]. They are easily interpolated along many reactions involving isotopes of the same elements; they give accurate practical expressions for S(E) with only several input parameters for many reactions. The model reproduces the suppression of S(E) at low energies (of astrophysical importance) due to the shape of the low-r wing of U(r). The model can be used to reconstruct U(r) from computed or measured S(E). For illustration, we parametrize our recent calculations of S(E) (using the Sao Paulo potential and the barrier penetration formalism) for 946 reactions involving stable and unstable isotopes of C, O, Ne, and Mg (with nine parameters for all reactions involving many isotopes of the same elements, e. g., C+O). In addition, we analyze astrophysically important (12)C+(12)C reaction, compare theoretical models with experimental data, and discuss the problem of interpolating reliably known S(E) values to low energies (E less than or similar to 2-3 MeV).

Green Chemistry-Sensitive Analytical Procedure for Photometric Determination of Orthophosphate in River and Tap Water by Use of a Simple LED-Based Photometer

In the current work a Green Analytical Chemistry (GAC) procedure for photometric determination of orthophosphate in river water at mu g L-1 concentration level is described. The flow system module and the LED-based photometer were assembled together to constitute a compact unit in order to allow that a flow cell with optical path-length of 100mm was coupled to them. The photometric procedure based on the molybdenum blue method was implemented employing the multicommuted flow injection analysis approach, which provided facilities to allow reduction of reagent consumption and as well as waste generation. Aiming to prove the usefulness of the system, orthophosphate in river and tap waters was determined. Accuracy was ascertained by spiking samples with orthophosphate solution yielding recoveries ranging from 96% up to 107%. Other profitable features such as a wide linear response range between 10 to 800 mu g L-1 [image omitted]; a detection limit (3 sigma criterion) of 2.4 mu g L-1 [image omitted]; a relative standard deviation (n=7) of 2% using a typical water sample with concentration of 120 mu g L-1 [image omitted]; reagent consumption of 3.0mg ammonium molybdate, 0.3mg hydrazine sulfate, and 0.03mg stannous chloride per determination; a waste generation of 2.4mL per determination; and a sampling throughput of 20 determination per hours were also achieved.

Simple and Efficient Access to 3-Ethoxycarbonylpyrroles, Benzofurans, and Naphthofurans

An efficient method was developed for the synthesis of pyrrole and furan derivatives from enamines, phenols, and naphthols. The key steps involve iodocyclization and alumina-induced dehydroiodination reactions.

Development and Validation of a Simple Method for Routine Analysis of Ractopamine Hydrochloride in Raw Material and Feed Additives by HPLC

A simple method was optimized and validated for determination of ractopamine hydrochloride (RAC) in raw material and feed additives by HPLC for use in quality control in veterinary industries. The best-optimized conditions were a C8 column (250 x 4.6 mm id, 5.0 mu m particle size) at room temperature with acetonitrile-100 mM sodium acetate buffer (pH 5.0; 75 + 25, v/v) mobile phase at a flow rate of 1.0 mL/min and UV detection at 275 nm. With these conditions, the retention time of RAC was around 5.2 min, and standard curves were linear in the concentration range of 160-240 mu g/mL (correlation coefficient >= 0.999). Validation parameters, such as selectivity, linearity, limit of detection (ranged from 1.60 to 2.05 mu g/mL), limit of quantification (ranged from 4.26 to 6.84 mu g/mL), precision (relative standard deviation <= 1.87%), accuracy (ranged from 96.97 to 100.54%), and robustness, gave results within acceptable ranges. Therefore, the developed method can be successfully applied for the routine quality control analysis of raw material and feed additives.

Determination of pindolol enantiomers in human plasma and urine by simple liquid-liquid extraction and high-performance liquid chromatography

A simple method for the measurement of pindolol enantiomers by HPLC is presented. Alkalinized serum or urine is extracted with ethyl acetate and the residue remaining after evaporation of the organic layer is then derivatised with (S)-(-)-alpha-methylbenzyl isocyanate. The diastereoisomers of derivatised pindolol and metoprolol (internal standard) are separated by high-performance liquid chromatography (HPLC) using a C-18 silica column and detected using fluorescence (excitation lambda: 215 nm, emission lambda: 320 nm). The assay displays reproducible linearity for pindolol enantiomers with a correlation coefficient of r(2) greater than or equal to 0.998 over the concentration range 8-100 ng ml(-1) for plasma and 0.1-2.5 mu g ml(-1) for urine. The coefficient of variation for accuracy and precision of the quality control samples for both plasma and urine are consistently