Diseño e implementación de un algoritmo para la detección de la negación de textos clínicos en español

Vivimos en una época en la que cada vez existe una mayor cantidad de información. En el dominio de la salud la historia clínica digital ha permitido digitalizar toda la información de los pacientes. Estas historias clínicas digitales contienen una gran cantidad de información valiosa escrita en forma narrativa que sólo podremos extraer recurriendo a técnicas de procesado de lenguaje natural. No obstante, si se quiere realizar búsquedas sobre estos textos es importante analizar que la información relativa a síntomas, enfermedades, tratamientos etc. se puede refererir al propio paciente o a sus antecentes familiares, y que ciertos términos pueden aparecer negados o ser hipotéticos. A pesar de que el español ocupa la segunda posición en el listado de idiomas más hablados con más de 500 millones de hispano hablantes, hasta donde tenemos de detección de la negación, probabilidad e histórico en textos clínicos en español. Por tanto, este Trabajo Fin de Grado presenta una implementación basada en el algoritmo ConText para la detección de la negación, probabilidad e histórico en textos clínicos escritos en español. El algoritmo se ha validado con 454 oraciones que incluían un total de 1897 disparadores obteniendo unos resultado de 83.5 %, 96.1 %, 96.9 %, 99.7% y 93.4% de exactitud con condiciones afirmados, negados, probable, probable negado e histórico respectivamente. ---ABSTRACT---We live in an era in which there is a huge amount of information. In the domain of health, the electronic health record has allowed to digitize all the information of the patients. These electronic health records contain valuable information written in narrative form that can only be extracted using techniques of natural language processing. However, if you want to search on these texts is important to analyze if the relative information about symptoms, diseases, treatments, etc. are referred to the patient or family casework, and that certain terms may appear negated or be hypothesis. Although Spanish is the second spoken language with more than 500 million speakers, there seems to be no method of detection of negation, hypothesis or historical in medical texts written in Spanish. Thus, this bachelor’s final degree presents an implementation based on the ConText algorithm for the detection of negation, hypothesis and historical in medical texts written in Spanish. The algorithm has been validated with 454 sentences that included a total of 1897 triggers getting a result of 83.5 %, 96.1 %, 96.9 %, 99.7% and 93.4% accuracy with affirmed, negated, hypothesis, negated hypothesis and historical respectively.

Optimización y paralelización de algoritmo de búsqueda aleatoria para su aplicación en la búsqueda de fuentes MEG

El problema inverso de la búsqueda de fuentes MEG consiste en la obtención de la distribución de los dipolos de corriente (fuentes) en el interior de la cabeza de un paciente a partir de las mediciones de campo electromagnético obtenidas en la superficie (magnetoencefalograma, MEG). Para obtener estos datos, en el ámbito científico se utiliza el algoritmo beamforming, comúnmente aceptado, cuyos resultados ofrecen un pequeño margen de error debido a la naturaleza del problema. Esta memoria desarrolla el trabajo realizado para optimizar un algoritmo de búsqueda aleatoria, Solis-Wets, utilizado para investigar la posibilidad de su aplicación en el ámbito científico, en sustitución del anteriormente mencionado, beamforming. También se estudiará la acción de encadenar ambos algoritmos, tomando como datos de entrada del algoritmo Solis-Wets aquellos proporcionados como solución por el algoritmo beamforming con objeto de minimizar el error en el que éste incurre. Esta optimización es necesaria para que la alternativa sea viable debido al tiempo necesario en su ejecución, e incluye el uso de bibliotecas auxiliares, así como la paralelización del código. Para la evaluación del algoritmo se han medido tanto la velocidad de generación de soluciones como el error de la mejor solución tras un número determinado de soluciones generadas. Como variables para esta evaluación se han tomado distintos compiladores, distintas soluciones de partida, precisión de los datos, así como el uso de distintas bibliotecas matemáticas disponibles.

Un algoritmo de replanificación en tiempo real basado en un índice de estabilidad de Lyapunov para líneas de metro

(SPA) En este trabajo, se propone un nuevo índice basado en el método directo de Lyapunov para el diseño de un algoritmo de reprogramación en tiempo real para líneas de metro. En este estudio se utiliza una versión modificada de un modelo de espacio de estados en tiempo real discreto, que considera los efectos de saturación en la línea de metro. Una vez que el modelo de espacio de estados se ha obtenido, el método directo de Lyapunov se aplica con el fin de analizar la estabilidad del sistema de la línea de metro. Como resultado de este análisis no sólo se propone un nuevo índice de estabilidad, sino también la creación de tres zonas de estabilidad para indicar el estado actual del sistema. Finalmente, se presenta un nuevo algoritmo que permite la reprogramación del calendario de los trenes en tiempo real en presencia de perturbaciones medianas. (ENG) A new Lyapunov-based index for designing a rescheduling algorithm in real time for metro lines has been proposed in this paper. A modified real time discrete space state model which considers saturation effects in the metro line has been utilized in this study. Once the space state model has been obtained, the direct method of Lyapunov is applied in order to analyze the stability of the metro line system. As a result of this analysis not only a new stability index is proposed, but also the establishment of three stability zones to indicate the current state of the system. Finally, a new algorithm which allows the rescheduling of the timetable in the real time of the trains under presence of medium disturbances has been presented.

Algoritmo para la estimación de trayectorias en glorieta

Las glorietas se han convertido en los últimos años en un tipo de intersección muy popular. Un apartado esencial del diseño de glorietas es la seguridad de circulación, aspecto muy relacionado con la distribución de velocidades. La geometría debe limitar las diferentes posibilidades de trayectoria de tal forma que los conductores moderen su velocidad y exista una adecuada consistencia de velocidades. Las guías de diseño tradicionalmente han propuesto una serie de indicadores geométricos (radio de entrada de la trayectoria, radio de la deflexión y ángulo ?, entre los principales) suponiendo que unos valores adecuados para estos indicadores favorecen el control de la velocidad y la seguridad en la intersección. Un enfoque más moderno, se basa en modelar las trayectorias de los vehículos y analizar el perfil de velocidades. En cualquier caso, siguiendo los indicadores denominados tradicionales o los enfoques más modernos, se requiere establecer las trayectorias con mayor o menor detalle. Esto define una tarea compleja, laboriosa y no exenta de cierta subjetividad. Para su definición no existe consenso internacional en cuanto a la metodología a emplear. En la presente investigación se propone una nueva metodología para abordar el cálculo de trayectorias. El modelo se centra en glorietas de un carril con cualquier configuración en las alineaciones de acceso. El dato básico es la geometría de la glorieta. A partir de ella, y en base a la definición de una serie de retranqueos respecto de los bordes de calzada, se han desarrollado una serie de construcciones geométricas que permiten establecer de forma automática las trayectorias aproximadas de los vehículos más rápidos.

Desarrollo de un algoritmo de decisión multicriterio para la gestión de listas de espera en la solicitud de Holter

Las listas de espera son un problema para la mayor parte de los países que cuentan con un Sistema Nacional de Salud. El presente trabajo propone analizar el problema de las listas de espera desde una perspectiva de Decisión Multicriterio. Tras un análisis de las diferentes metodologías existentes, hemos elaborado un modelo de decisión basado en el método AHP (Analytic Hierarchy Process) para la gestión de listas de espera y lo hemos aplicado a un Hospital de la Comunidad de Madrid. La decisión multicriterio MCDM (Multiple Criteria Decision Making) es la teoría que estudia y analiza los problemas de decisión que involucran diferentes criterios. La MCDM enmarca con precisión problemas reales de toma de decisiones, planteados usualmente haciendo uso de varios criterios en conflicto; en los cuales, no será posible obtener en general una solución que asigne a todos los criterios su mejor valor sino que el decisor, aplicando distintas técnicas, deberá decidir la mejor solución a escoger del conjunto de soluciones factibles. El fundamento del AHP radica en descomponer problemas complejos en otros más sencillos y agregar las soluciones de los mismos. Según la propuesta de Saaty, el primer paso para la aplicación de este método es estructurar jerárquicamente el problema en niveles con distintos nodos interconectados. El primer nivel de la jerarquía corresponde al propósito del problema, el nivel/niveles intermedios a los criterios/subcriterios en base a los cuales se forma la decisión y el último corresponde a las alternativas o soluciones factibles del problema. La aplicación del método AHP requiere: -Realizar comparaciones por pares entre los entes de cada nivel jerárquico, en base a la importancia que presentan para el nodo del nivel superior de la jerarquía al que están ligados. Los resultados de estas comparaciones se recogen en forma de matrices de comparación por pares. -Obtener los vectores de prioridad correspondientes a cada una de las matrices de comparación por pares. -Calcular la contribución de cada alternativa al propósito del problema, mediante una agregación multiplicativa entre los niveles jerárquicos y en función de estos valores, ordenar las alternativas y seleccionar lo más conveniente como solución del problema. Como último paso en la metodología AHP debemos señalar que, cualquiera que sea el método empleado para sintetizar la información de dichas matrices para determinar los vectores de prioridad de los entes que se comparan, es posible realizar un análisis de sensibilidad del resultado alcanzado, visualizando y analizando otras posibles soluciones a obtener haciendo cambios en los juicios de valor emitidos por la unidad decisora al construir dichas matrices. El software Expert-Choice permite realizar el análisis de sensibilidad de 5 formas diferentes. En estos análisis se realizan variaciones en el valor de un peso o prioridad y se observa numérica y gráficamente como este cambio afecta a la puntuación de las alternativas.

Nuevo algoritmo de compresión multimedia: codificación por saltos logaritmicos

Quizás el Código Morse, inventado en 1838 para su uso en la telegrafía, es uno de los primeros ejemplos de la utilización práctica de la compresión de datos [1], donde las letras más comunes del alfabeto son codificadas con códigos más cortos que las demás. A partir de 1940 y tras el desarrollo de la teoría de la información y la creación de los primeros ordenadores, la compresión de la información ha sido un reto constante y fundamental entre los campos de trabajo de investigadores de todo tipo. Cuanto mayor es nuestra comprensión sobre el significado de la información, mayor es nuestro éxito comprimiéndola. En el caso de la información multimedia, su naturaleza permite la compresión con pérdidas, alcanzando así cotas de compresión imposibles para los algoritmos sin pérdidas. Estos “recientes” algoritmos con pérdidas han estado mayoritariamente basados en transformación de la información al dominio de la frecuencia y en la eliminación de parte de la información en dicho dominio. Transformar al dominio de la frecuencia posee ventajas pero también involucra unos costes computacionales inevitables. Esta tesis presenta un nuevo algoritmo de compresión multimedia llamado “LHE” (Logarithmical Hopping Encoding) que no requiere transformación al dominio de la frecuencia, sino que trabaja en el dominio del espacio. Esto lo convierte en un algoritmo lineal de reducida complejidad computacional. Los resultados del algoritmo son prometedores, superando al estándar JPEG en calidad y velocidad. Para ello el algoritmo utiliza como base la respuesta fisiológica del ojo humano ante el estímulo luminoso. El ojo, al igual que el resto de los sentidos, responde al logaritmo de la señal de acuerdo a la ley de Weber. El algoritmo se compone de varias etapas. Una de ellas es la medición de la “Relevancia Perceptual”, una nueva métrica que nos va a permitir medir la relevancia que tiene la información en la mente del sujeto y en base a la misma, degradar en mayor o menor medida su contenido, a través de lo que he llamado “sub-muestreado elástico”. La etapa de sub-muestreado elástico constituye una nueva técnica sin precedentes en el tratamiento digital de imágenes. Permite tomar más o menos muestras en diferentes áreas de una imagen en función de su relevancia perceptual. En esta tesis se dan los primeros pasos para la elaboración de lo que puede llegar a ser un nuevo formato estándar de compresión multimedia (imagen, video y audio) libre de patentes y de alto rendimiento tanto en velocidad como en calidad. ABSTRACT The Morse code, invented in 1838 for use in telegraphy, is one of the first examples of the practical use of data compression [1], where the most common letters of the alphabet are coded shorter than the rest of codes. From 1940 and after the development of the theory of information and the creation of the first computers, compression of information has been a constant and fundamental challenge among any type of researchers. The greater our understanding of the meaning of information, the greater our success at compressing. In the case of multimedia information, its nature allows lossy compression, reaching impossible compression rates compared with lossless algorithms. These "recent" lossy algorithms have been mainly based on information transformation to frequency domain and elimination of some of the information in that domain. Transforming the frequency domain has advantages but also involves inevitable computational costs. This thesis introduces a new multimedia compression algorithm called "LHE" (logarithmical Hopping Encoding) that does not require transformation to frequency domain, but works in the space domain. This feature makes LHE a linear algorithm of reduced computational complexity. The results of the algorithm are promising, outperforming the JPEG standard in quality and speed. The basis of the algorithm is the physiological response of the human eye to the light stimulus. The eye, like other senses, responds to the logarithm of the signal according with Weber law. The algorithm consists of several stages. One is the measurement of "perceptual relevance," a new metric that will allow us to measure the relevance of information in the subject's mind and based on it; degrade accordingly their contents, through what I have called "elastic downsampling". Elastic downsampling stage is an unprecedented new technique in digital image processing. It lets take more or less samples in different areas of an image based on their perceptual relevance. This thesis introduces the first steps for the development of what may become a new standard multimedia compression format (image, video and audio) free of patents and high performance in both speed and quality.

Programación en lenguaje Java de algoritmo Zig-Zag para procesado de archivos MIDI

El siguiente proyecto versa sobre la programación en lenguaje java del algoritmo de humanización MIDI desarrollado por Jorge Grundman en su tesis La Humanización de la Interpretación Virtual: Tres ejemplos significativos de la obra de Chopin. Este algoritmo, denominado Zig-Zag tiene como finalidad lograr que una partitura interpretada por un ordenador tenga unas características similares a la lectura a primera vista de la misma por un pianista. Para ello, basa su funcionamiento en una aleatorización del tempo en base a una serie de parámetros, a una modificación de la dinámica acorde a la modificación de tempo y a una segunda aleatorización para cada figura de la partitura. Este algoritmo tiene un gran campo de aplicación como complemento a los diversos secuenciadores y editores de partituras que existen en la actualidad, proporcionando nuevas características a los mismos. La programación del algoritmo se ha llevado a cabo empleando el Java SDK (Standard Developement Kit) 7 y las herramientas que proporciona esta plataforma para el manejo y modificación de los mensajes MIDI. ABSTRACT. The next project is about the programming in Java language of the MIDI humanization algorithm developed by Jorge Grundman in his thesis La Humanización de la Interpretación Virtual: Tres ejemplos significativos de la obra de Chopin. This algorithm, called Zig-Zag aims to have similar characteristics in a score performed by a computer than in the sight reading by a pianist. To this end, it bases its process in a randomization of the tempo from several parameters, a modification of the dynamic according to the change of tempo and a second randomization for each figure in the score. This algorithm has a big scope of application as complement for the different sequencers and score editors that already exist, providing new features to them. The algorithm has been programmed using the Java SDK (Standard Development Kit) 7 and the tools that this platform provides to handle and modify MIDI messages.

PRIM: Proximity imaging of green fluorescent protein-tagged polypeptides

We report a serendipitous discovery that extends the impressive catalog of reporter functions performed by green fluorescent protein (GFP) or its derivatives. When two GFP molecules are brought into proximity, changes in the relative intensities of green fluorescence emitted upon excitation at 395 vs. 475 nm result. These spectral changes provide a sensitive ratiometric index of the extent of self-association that can be exploited to quantitatively image homo-oligomerization or clustering processes of GFP-tagged proteins in vivo. The method, which we term proximity imaging (PRIM), complements fluorescence resonance energy transfer between a blue fluorescent protein donor and a GFP acceptor, a powerful method for imaging proximity relationships between different proteins. However, unlike fluorescence resonance energy transfer (which is a spectral interaction), PRIM depends on direct contact between two GFP modules, which can lead to structural perturbations and concomitant spectral changes within a module. Moreover, the precise spatial arrangement of the GFP molecules within a given dimer determines the magnitude and direction of the spectral change. We have used PRIM to detect FK1012-induced dimerization of GFP fused to FK506-binding protein and clustering of glycosylphosphatidylinositol-anchored GFP at cell surfaces.

Análise de acetona em ar exalado: desenvolvimento de método eletroanalítico e algoritmo para processamento de sinais

Propõe-se método novo e completo para análise de acetona em ar exalado envolvendo coleta com pré-concentração em água, derivatização química e determinação eletroquímica assistida por novo algoritmo de processamento de sinais. Na literatura recente a acetona expirada vem sendo avaliada como biomarcador para monitoramento não invasivo de quadros clínicos como diabetes e insuficiência cardíaca, daí a importância da proposta. Entre as aminas que reagem com acetona para formar iminas eletroativas, estudadas por polarografia em meados do século passado, a glicina apresentou melhor conjunto de características para a definição do método de determinação por voltametria de onda quadrada sem a necessidade de remoção de oxigênio (25 Hz, amplitude de 20 mV, incremento de 5 mV, eletrodo de gota de mercúrio). O meio reacional, composto de glicina (2 mol·L-1) em meio NaOH (1 mol·L-1), serviu também de eletrólito e o pico de redução da imina em -1,57 V vs. Ag|AgCl constituiu o sinal analítico. Para tratamento dos sinais, foi desenvolvido e avaliado um algoritmo inovador baseado em interpolação de linha base por ajuste de curvas de Bézier e ajuste de gaussiana ao pico. Essa combinação permitiu reconhecimento e quantificação de picos relativamente baixos e largos sobre linha com curvatura acentuada e ruído, situação em que métodos convencionais falham e curvas do tipo spline se mostraram menos apropriadas. A implementação do algoritmo (disponível em http://github.com/batistagl/chemapps) foi realizada utilizando programa open source de álgebra matricial integrado diretamente com software de controle do potenciostato. Para demonstrar a generalidade da extensão dos recursos nativos do equipamento mediante integração com programação externa em linguagem Octave (open source), implementou-se a técnica da cronocoulometria tridimensional, com visualização de resultados já tratados em projeções de malha de perspectiva 3D sob qualquer ângulo. A determinação eletroquímica de acetona em fase aquosa, assistida pelo algoritmo baseado em curvas de Bézier, é rápida e automática, tem limite de detecção de 3,5·10-6 mol·L-1 (0,2 mg·L-1) e faixa linear que atende aos requisitos da análise em ar exalado. O acetaldeído, comumente presente em ar exalado, em especial, após consumo de bebidas alcoólicas, dá origem a pico voltamétrico em -1,40 V, contornando interferência que prejudica vários outros métodos publicados na literatura e abrindo possibilidade de determinação simultânea. Resultados obtidos com amostras reais são concordantes com os obtidos por método espectrofotométrico, em uso rotineiro desde o seu aperfeiçoamento na dissertação de mestrado do autor desta tese. Em relação à dissertação, também se otimizou a geometria do dispositivo de coleta, de modo a concentrar a acetona num volume menor de água gelada e prover maior conforto ao paciente. O método completo apresentado, englobando o dispositivo de amostragem aperfeiçoado e o novo e efetivo algoritmo para tratamento automático de sinais voltamétricos, está pronto para ser aplicado. Evolução para um analisador portátil depende de melhorias no limite de detecção e facilidade de obtenção eletrodos sólidos (impressos) com filme de mercúrio, vez que eletrodos de bismuto ou diamante dopado com boro, entre outros, não apresentaram resposta.

Desenvolvimento de algoritmo de controle de tração para regeneração de energia metroviária - ACTREM: melhoria da eficiência energética de sistemas de tração metroviária.

Esta tese propõe um modelo de regeneração de energia metroviária, baseado no controle de paradas e partidas do trem ao longo de sua viagem, com o aproveitamento da energia proveniente da frenagem regenerativa no sistema de tração. O objetivo é otimizar o consumo de energia, promover maior eficiência, na perspectiva de uma gestão sustentável. Aplicando o Algoritmo Genético (GA) para obter a melhor configuração de tráfego dos trens, a pesquisa desenvolve e testa o Algoritmo de Controle de Tração para Regeneração de Energia Metroviária (ACTREM), usando a Linguagem de programação C++. Para analisar o desempenho do algoritmo de controle ACTREM no aumento da eficiência energética, foram realizadas quinze simulações da aplicação do ACTREM na linha 4 - Amarela do metrô da cidade de São Paulo. Essas simulações demonstraram a eficiência do ACTREM para gerar, automaticamente, os diagramas horários otimizados para uma economia de energia nos sistemas metroviários, levando em consideração as restrições operacionais do sistema, como capacidade máxima de cada trem, tempo total de espera, tempo total de viagem e intervalo entre trens. Os resultados mostram que o algoritmo proposto pode economizar 9,5% da energia e não provocar impactos relevantes na capacidade de transporte de passageiros do sistema. Ainda sugerem possíveis continuidades de estudos.

Historia militar y política del General Juan Prim, Marqués de los Castillejos, Marqués de los Castillejos ... enlazada con la particular de la guerra civil en Cataluña y con la de África /

Mode of access: Internet.

Quaestio medica, cardinalitiis disputationibus manè discutienda, in scholis medicorum, die Jovis vegesimâ-primâ mensis Aprilis, Anno domini MDCCLIII /

Mode of access: Internet.

Christiani Thomasii Introductio ad philosophiam aulicam seu lineæ primæ libri de Prudentia cogitandi et ratiocinandi : ubi ostenditur media inter præjudicia cartesianorum ... inveniendi via.

Errata on p. [1] at end.

Compēdium Michlól : hoc est, absolutiss. grammatices Dauidis Chimhi, nunc primò editum /

At head of title: Kotser ha-ḥeleḳ rishon ha-mikhlol.

Ctesiae Cnidii Quae supersunt; nunc prim seorsum emendatius atque auctius edita.

Greek title at head.