Protein folding, metal ions and conformational states: the case of a di-cluster ferredoxin

Dissertation presented to obtain the PhD degree in Biochemistry at the Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Universidade Nova de Lisboa

Presentations for some monoids of injective partial transformations on a finite chain.

Communications in Algebra, 33 (2005), p. 587-604

Automorphisms of partial endomorphism semigroups

Publicationes Mathematicae Debrecen

Le Idee Politiche di dante dal "convivio' alla "monarchia"

pp. 25-41

Filosofi, uomini e bruti. Note per la storia di un'antropologia

pp. 105-125

L'"errore di erode" e la media in Giovanni da Parigi

pp. 169-184

Dalla cosmologia alla politíca(Osservazioni sulla "Monarchia" di dante III, XV)

pp. 285-302

Geodupa - a geography-driven partial membership algorithm

Trabalho apresentado no âmbito do Mestrado em Engenharia Informática, como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática

The role of Di-iron proteins in pathogen resistance

Dissertation presented to obtain the Ph.D. degree in Biochemistry

Partial Least Square – Path Modeling: metodologia, software e aplicação

Trabalho de Projeto apresentado como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Estatística e Gestão de Informação

Strategic Noise Mapping with GIS for the Universitat Jaume I Smart Campus: best methodology practices

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

La morte di Semiramide de Marcos de Portugal - Estudo, transcrição e edição crítica

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Ciências Musicais - Musicologia Histórica

Partial replication in distributed software transactional memory

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Racionalização do mecanismo de adição de compostos carbonílicos a vinil-mono e di-sulfonas, catalisada por aminas

As sulfonas são conhecidas pelos químicos orgânicos pela sua versatilidade sintética e actividade biológica, nomeadamente os fármacos conhecidos por sulfa drugs, extremamente importantes em química medicinal. As vinil-sulfonas constituem uma sub-família das sulfonas e têm demonstrado ao longo do tempo a sua capacidade de inibir diversos processos enzimáticos, introduzindo propriedades biológicas únicas. Do ponto de vista sintético, o método mais directo para obter estes compostos é via redução dos produtos de adição de Michael a vinil-di-sulfonas, o que não é favorável em termos de economia de átomos. Por outro lado, o mecanismo da reacção de adição de Michael de compostos carbonílicos a vinil-sulfonas tem levantado algumas dúvidas, devido à existência de dois possíveis mecanismos reacionais. O objectivo principal desta dissertação é racionalizar o mecanismo de adição de compostos carbonílicos a vinil-mono e di-sulfonas, recorrendo a estudos teóricos de DFT e experimentais, incluindo RMN. Foram considerados os mecanismos via intermediário enamina e via catálise básica, e através de estudos de RMN foi possível retirar conclusões sobre as velocidades relativas das reacções, bem como meio de comprovar a formação de alguns produtos. Os resultados teóricos obtidos revelam que, para as mono-sulfonas, o mecanismo via enamina é mais favorável energeticamente. No entanto, a existência de reacções competitivas de energia de activação mais baixa não permitem obter o produto desejado. Para eliminar estas reacções, utilizam-se aminas terciárias e a reacção segue um mecanismo via catálise básica. O estudo dos coeficientes da orbital HOMO dos compostos carbonílicos revelou que a localização do enol é um factor determinante para estas reacções. Por outro lado, os resultados obtidos revelaram que as di-sulfonas sendo extremamente reactivas, podem adoptar qualquer um dos caminhos reacionais, em função do catalisador escolhido, e não são sensíveis ao substrato. Neste caso, as reacções competitivas que ocorrem são reversíveis,e o produto de adição conjugada é sempre favorecido. Estudou-se ainda, teoricamente, a reacção de adição a mono-sulfonas de forma intramolecular, que apresenta claramente um mecanismo via enamina, cuja energia de activação é mais baixa que a respectiva adição competitiva.

Cohesion decay: quantitative analysis of partial sister chromatid cohesion

Cell division is a highly dynamic process where sister chromatids remain associated with each other from the moment of DNA replication until the later stages of mitosis, giving rise to two daughter cells with equal genomes. The “molecular glue” that links sister DNA molecules is called cohesin, a tripartite ring-like protein complex composed of two Structural Maintenance of Chromosome proteins (Smc1 and Smc3) bridged by a kleisin subunit Rad21/Scc1, that together prevent precocious sister chromatid separation. Accumulating evidence has suggested that cohesion decay may be the cause of segregation errors that underlie certain human pathologies. However it remains to be determined how much cohesin loss abolishes functional sister chromatid cohesion. To answer these questions, we have developed different experimental conditions aiming to titrate the levels of cohesin on mitotic chromosomes in a precise manner. Using these tools, we will determine the minimal amount of cohesin needed to confer functional cohesion. The approaches described here take advantage of a system in Drosophila melanogaster where the Tobacco Etch Virus (TEV) protease can cleave the Rad21 subunit of cohesin leading to precocious sister chromatid separation. Firstly, we tried to express different levels of TEV protease to obtain partial loss of cohesion. However, this approach has failed to produce systematic different levels of sister chromatid separation. Most of the work was therefore focused on a second strategy, for which we established strains with different levels of cohesin sensitive/cohesin resistant to TEV protease. Strains containing different amounts of functional cohesin (TEV resistant) were tested by in vitro cleavage and by in vivo injections in embryos for their ability to promote sister chromatid cohesion. Our results reveal that removal of half of the cohesin complexes does not impair chromosome segregation, implying that chromosome cohesion is less sensitive to cohesin amounts than previously anticipated.