The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock

RESUMO:Os microrganismos reagem à súbita descida de temperatura através de uma resposta adaptativa específica que assegura a sua sobrevivência em condições desfavoráveis. Esta adaptação inclui alterações na composição da membrana, na maquinaria de tradução e transcrição. A resposta ao choque térmico pelo frio induz uma repressão da transcrição. No entanto, a descida de temperatura induz a produção de um grupo de proteínas específicas que ajudam a ajustar/re-ajustar o metabolismo celular às novas condições ambientais. Em E. coli o processo de adaptação demora apenas quatro horas, no qual um grupo de proteínas específicas são induzidas. Depois desde período recomeça lentamente a produção de proteínas.A ribonuclease R, uma das proteínas induzidas durante o choque térmico pelo frio, é uma das principais ribonucleases em E. coli envolvidas na degradação do RNA. É uma exoribonuclease que degrada RNA de cadeia dupla, possui funções importantes na maturação e “turnover” do RNA, libertação de ribossomas e controlo de qualidade de proteínas e RNAs. O nível celular desta enzima aumenta até dez vezes após exposição ao frio e estabiliza em células na fase estacionária. A capacidade de degradar RNA de dupla cadeia é importante a baixas temperaturas quando as estruturas de RNA estão mais estáveis. No entanto, este mecanismo é desconhecido. Embora a resposta específica ao “cold shock” tenha sido descoberta há mais de duas décadas e o número de proteínas envolvidas sugerirem que esta adaptação é rápida e simples, continuamos longe de compreender este processo. No nosso trabalho pretendemos descobrir proteínas que interactuem com a RNase R em condições ambientais diferentes através do método “TAP-tag” e espectrometria de massa. A informação obtida pode ser utilizada para deduzir algumas das novas funções da RNase R durante a adaptação bacteriana ao frio e durante a fase estacionária. Mais importante ainda, RNase R poderá ser recrutada para um complexo de proteínas de elevado peso molecular durante o “cold-shock”.------------ABSTRACT:Microorganisms react to the rapid temperature downshift with a specific adaptative response that ensures their survival in unfavorable conditions. Adaptation includes changes in membrane composition, in translation and transcription machinery. Cold shock response leads to overall repression of translation. However, temperature downshift induces production of a set of specific proteins that help to tune cell metabolism and readjust it to the new environmental conditions. For Escherichia coli the adaptation process takes only about four hours with a relatively small set of specifically induced proteins involved. After this time, protein production resumes, although at a slower rate. One of the cold inducible proteins is RNase R, one of the main E. coli ribonucleases involved in RNA degradation. RNase R is an exoribonuclease that digest double stranded RNA, serves important functions in RNA maturation and turnover, release of stalled ribosomes by trans-translation, and RNA and protein quality control. The level of this enzyme increases about ten-fold after cold induction, and it is also stabilised in cells growing in stationary phase. The RNase R ability to digest structured RNA is important at low temperatures where RNA structures are stabilized but the exact role of this mechanism remains unclear. Although specific bacterial cold shock response was discovered over two decades ago and the number of proteins involved suggests that this adaptation is fast and simple, we are still far from understanding this process. In our work we aimed to discover the proteins interacting with RNase R in different environmental conditions using TAP tag method and mass spectrometry analysis. The information obtained can be used to deduce some of the new functions of RNase R during adaptation of bacteria to cold and in stationary growth phase. Most importantly RNase R can be recruited into a high molecular mass complex of protein in cold shock.

Estudo do comportamento dinâmico de um reservatório hidropneumático

Dissertação para obtenção de Grau de Mestre em Engenharia Mecânica

Órgão de governação de topo do hospital público português : estrutura e constituição

RESUMO - Pretende-se com este projecto fazer uma reflexão sobre a problemática dos modelos de governação na gestão pública de hospitais e sobre a forma de incrementar a capacidade estratégica da gestão, contextualizando a governação dos hospitais num quadro mais amplo e comunitário, integrando os interesses e expectativas dos diversos interessados no funcionamento dos hospitais públicos. Sinteticamente, a questão fundamental de investigação é: Como conseguirá o sistema de governação de um hospital público incorporar os interesses de todos os seus stakeholders e shareholders? A resposta a esta questão integra duas fases, uma primeira dedicada ao estudo de um novo modelo de configuração para o órgão de governação de topo do hospital público e uma segunda fase dedicada à construção de um questionário para discussão e validação do modelo proposto através da técnica Delphi. A metodologia utilizada passou pela condução prévia de entrevistas exploratórias a informadores privilegiados e pela divisão do projecto em duas partes – uma primeira parte de enquadramento que segue a metodologia clássica da revisão bibliográfica e uma segunda parte prática que segue a metodologia Delphi, precedida de um levantamento das questões críticas para integrar no questionário que servirá de base à discussão dos peritos. Como resultado, o actual modelo pareceu-nos dificultar a consideração das expectativas e dos interesses dos proprietários/accionistas e dos stakeholders em geral do hospital público, concluindo-se pela necessidade de um novo modelo que estabeleça, inequivocamente, os papéis e as funções inerentes ao órgão de governação, garantindo a internalização da perspectiva de todos os interessados. -------------------------------ABSTRACT - The objective of this project is to reflect on the problematic of models of governance in the public management of hospitals and on the means for incrementing strategic management capacity. It does so by contextualizing the governance of public hospitals on a more ample community–wide scale, integrating the interests and expectations of different parties. The main research question is: how can the system of governance of a public hospital incorporate the interests of all its stakeholders and shareholders? The answer to this question involves two phases, one dedicated to the study of the configuration of the top-level governing body of the public hospital and, a second, dedicated to the construction of a questionnaire for discussion and validation of the proposed model by means of a Delphi technique. The methodology involved, first of all, exploratory interviews with key- informants and by the structuring of the project in two parts – the first, dedicated to contextualization by means of a standard literature review and the second, essentially practical by means of the Delphi technique, preceded by the raising of critical questions that integrate the questionnaire that will form the basis of expert discussion. The present model of public hospital governance appears to limit the possibility of integrating the expectations and interests of stakeholders and owner/shareholders. It is concluded that a new model is needed, one that establishes unequivocally the roles and functions of the top- level governing body, thereby

Microestrutura do EEG no plano tempo-frequência na transição para a crise epiléptica

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Biomédica

A Resposta da EDP ao desafio das Alterações Climáticas – Uma Experiência Profissional na Direcção para a Gestão Integrada dos Assuntos Ambientais da EDP – Gestão da Produção de Energia, S. A.

Relatório de Estágio apresentado à Faculdade de Ciências Sociais e Humanas para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Ciência Política e Relações Internacionais com Especialização em Globalização e Ambiente

Revisão no Correio da Manhã e respectivas revistas

Relatório de Estágio de Mestrado em Edição de Texto

Modelos de análise factorial dinâmica: uma abordagem no domínio da frequência

O objectivo deste trabalho é o de apresentar as ferramentas teóricas necessárias para compreender o funcionamento dos modelos em Factores Dinâmicos. Dar-se-á ênfase às metodologias que utilizam conceitos ligados à Análise Espectral. A ideia fundamental subjacente à análise no domínio da frequência é de que qualquer processo estacionário pode ser visto como a soma de um número infinito de componentes periódicas não correlacionadas. A análise no domínio da frequência permite-nos estudar a relação entre as componentes periódicas das variáveis associadas e uma determinada frequência.

A ideia de forma lógica e a sua aplicação ao estudo das linguagens naturais

A linguagem é, para os humanos, um órgão privilegiado de comunicação e de conhecimento. Como é que este órgão realiza essa sua dupla função, comunicar e conhecer, é uma questão difícil e fascinante, cuja resposta envolve inúmeros aspectos. Destes aspectos, a Lógica apenas fornece elementos para esclarecer aqueles que dependem das noções de verdade, consistência e conseqüência, ou de noções derivadas destas. E mesmo relativamente a estas noções, a Lógica apenas determina a relação que elas têm com a forma lógica das frases (ver §2). Apesar da contribuição da Lógica para a questão de saber como é que a linguagem realiza as suas funções de comunicar e conhecer ser, assim, restrita, ela não é menor. A Lógica é uma disciplina científica, formulável como uma teoria sistematizada, teoria cujas propriedades são (na sua maioria) conhecidas através de resultados demonstrados.

Arranjo musical e pedagógico na sala de aula: problemáticas, estratégias e sugestões de trabalho (uma abordagem focada na metodologia Orff)

Relatório apresentado para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Ensino de Educação Musical no 2º e 3º Ciclo do Ensino Básico

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Relatório de Atividade Profissional apresentado para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Gestão do Território, Área de Especialização em Planeamento e Ordenamento do Território

Análise do comportamento dinâmico em pontes pedonais

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Civil - Perfil Estruturas

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