Reconstructing transcriptional regulatory networks using data integration and text mining

Transcriptional Regulatory Networks (TRNs) are powerful tool for representing several interactions that occur within a cell. Recent studies have provided information to help researchers in the tasks of building and understanding these networks. One of the major sources of information to build TRNs is biomedical literature. However, due to the rapidly increasing number of scientific papers, it is quite difficult to analyse the large amount of papers that have been published about this subject. This fact has heightened the importance of Biomedical Text Mining approaches in this task. Also, owing to the lack of adequate standards, as the number of databases increases, several inconsistencies concerning gene and protein names and identifiers are common. In this work, we developed an integrated approach for the reconstruction of TRNs that retrieve the relevant information from important biological databases and insert it into a unique repository, named KREN. Also, we applied text mining techniques over this integrated repository to build TRNs. However, was necessary to create a dictionary of names and synonyms associated with these entities and also develop an approach that retrieves all the abstracts from the related scientific papers stored on PubMed, in order to create a corpora of data about genes. Furthermore, these tasks were integrated into @Note, a software system that allows to use some methods from the Biomedical Text Mining field, including an algorithms for Named Entity Recognition (NER), extraction of all relevant terms from publication abstracts, extraction relationships between biological entities (genes, proteins and transcription factors). And finally, extended this tool to allow the reconstruction Transcriptional Regulatory Networks through using scientific literature.

Perspectivas sobre info-exclusão no ciberespaço lusófono

Os países de língua oficial portuguesa revelam, no seu conjunto, uma heterogeneidade económica, social, educativa e geográfica que afecta o modo como se efectiva o acesso à internet e à escolarização nestes países. Nesta comunicação, pretende-se reflectir sobre duas questões centrais que se colocam quando se discute o conceito de infoexclusão. Por um lado, questiona-se se estarão criadas as condições culturais, infraestruturais e sociais que permitam o acesso e a utilização informada dos serviços de internet nestes países; por outro lado, interroga-se sobre a existência, nos países da Comunidade dos Países de Língua Portuguesa (CPLP), de condições materiais e culturais que lhes permita desfrutar das potencialidades do mundo digital. Pretende-se apresentar, neste trabalho, alguns dados relativos aos índices de desenvolvimento humano nestes países, aos níveis de escolaridade e de literacia, reflectindo sobre os mesmos, apresentando também os dados disponíveis respeitantes ao número de utilizadores e subscritores dos serviços de internet. Os dados analisados indicam que existem grandes assimetrias no que diz respeito ao nível de desenvolvimento humano nestes países. Observam-se profundas desigualdades ligadas à pobreza e à educação, que contribuem de modo significativo para a presença de baixos níveis de desenvolvimento humano em alguns países da CPLP.

Perplexidades e incertezas da regulação dos media na Europa

A regulação dos media tem ganho relevo nas agendas nacionais e internacionais mas nem sempre a utilização corrente do conceito é consistente, correndo o risco de significar tudo e nada em simultâneo. Independentemente do intenso e profícuo debate concetual que o tema suscita na comunidade académica, julgamos pertinente o estudo das estruturas de regulação mediática que operam no terreno da União Europeia. Este trabalho reflete sobre as entidades de regulação mediática que atuam na defesa do interesse público, ainda que existam as mais diversas modalidades de enunciação e de defesa desse interesse pelos vários estados, e decorre de um esforço de investigação coletivo, enquadrado no projeto “Regulação dos Media em Portugal: O Caso da ERC”, que agregou elementos sobre os organismos reguladores dos media na Europa.

Investor sentiment and the cross-section of stock returns in the French stock market

Dissertação de mestrado em Finanças

The Portuguese programme ‘one laptop per child’ and its impact on families: a study on parents’ and children’s perspectives

This paper intends to present and reflect upon some of the findings emerging from a research project entitled “Navigating with ‘Magalhães’: Study on the Impact of Digital Media on Schoolchildren” that was conducted at the Communication and Society Research Centre at the University of Minho, Braga, Portugal. The project focused on the politics of the governmental programme “One Laptop per Child” part of the Portuguese Technological Plan for Education, and the uses of the “Magalhães” computer, and other media, by children aged 8-10 years. This paper analyses the impact of this particular public policy on digital literacy of young children based mostly on the perspectives of parents and their modes of mediation. It also debates parents’ and children’s perspectives on parental rules on computer and Internet usage. It ends by concluding that the impact of this programme occurred mainly at the level of access rather than the social and educational uses and practices. It also highlights the importance of family in the way children access and use ICT.

As políticas tecnológicas para a educação e a literacia digital: o caso do programa governamental ‘e.escolinha’

Em 2008, o Governo português anunciou a iniciativa ‘e.escolinha’ que contemplou a distribuição de computadores ‘Magalhães’ aos alunos do 1º ciclo do ensino básico, durante três anos letivos consecutivos. Atualmente suspenso, o programa foi bandeira do XVII Governo Constitucional, liderado por José Sócrates, mas alvo de controvérsias por parte da oposição política e da comunidade escolar, sobretudo pela aparente tónica no acesso à tecnologia em vez de uma maior preocupação com a formação e as práticas pedagógicas. Ao abrigo do Plano Tecnológico da Educação, o ‘e.escolinha’ inseria-se numa política mais ampla para o desenvolvimento de uma economia competitiva e dinâmica, através das metas estabelecidas pela União Europeia na Estratégia de Lisboa 2000. A iniciativa foi apresentada ao país com objetivos ambiciosos, no que diz respeito às esperadas mudanças ao nível das práticas pedagógicas dos professores, do processo de aprendizagem das crianças e do sucesso escolar em geral. Porém, a face mais visível da política, embora possa compreender outros matizes, poderá ter ficado reduzida à questão do acesso, apostando pouco nas outras dimensões da literacia digital. Com base em entrevistas realizadas a atores-chave envolvidos no processo de conceção e implementação do ‘e.escolinha’, e nos documentos oficiais que enquadram o programa, o presente artigo pretende dar a conhecer a forma como decisores políticos e empresas enunciam e avaliam os objetivos desta iniciativa. Pretende-se, em particular, conhecer se partilham a ideia de uma deriva tecnológica desta medida governamental ou se entreveem, na mesma, objetivos de literacia digital. Este trabalho decorre do projeto de investigação “Navegando com o Magalhães: Estudo sobre o Impacto dos Media Digitais nas Crianças”, em curso no Centro de Estudos de Comunicação e Sociedade da Universidade do Minho, financiado pela Fundação para a Ciência e Tecnologia ((PTDC/CCI-COM/101381/2008) ) e co-financiado pelo FEDER (COMPETE: FCOMP-01-0124-FEDER-009056).

Searching for therapeutic strategies in a mouse modelo of Machado-Joseph disease: targeting proteostases

Tese de Doutoramento em Ciências da Saúde

Digital literacy, technology and social inclusion: making sense of one-to-one computer programmes around the world

This book was produced in the scope of a research project entitled “Navigating with ‘Magalhães’: Study on the Impact of Digital Media in Schoolchildren”. This study was conducted between May 2010 and May 2013 at the Communication and Society Research Centre, University of Minho, Portugal and it was funded by the Portuguese Foundation for Science and Technology (PTDC/CCI-COM/101381/2008).

Introduction [to Digital literacy, technology and social inclusion: making sense of one-to-one computer programmes around the world]

This book was produced in the scope of a research project entitled “Navigating with ‘Magalhães’: Study on the Impact of Digital Media in Schoolchildren”. This study was conducted between May 2010 and May 2013 at the Communication and Society Research Centre, University of Minho, Portugal and it was funded by the Portuguese Foundation for Science and Technology (PTDC/CCI-COM/101381/2008). As we shall explain in more detail later in this book, the main objective of that research project was to analyse the impact of the Portuguese government programme named ´e-escolinha´ launched in 2008 within the Technological Plan for Education. This Plan responds to the principles of the Lisbon Strategy signed in 2000 and rereleased in the Spring European Council of 2005.

The Portuguese programme one laptop per child: political, educational and social impact

In 2008, the XVII Portuguese Constitutional Government launched the ‘e.escolinha’ programme, within the Technological Plan for Education, which set out the distribution of a computer, called ‘Magalhães’, designed for chil-dren attending the 1st cycle of basic education. Suspended in 2011 by the XIX Government, this programme has allowed, however, almost 500 000 children to have access to a personal computer. It was expected that this political measure would “revolutionise” the national education system by bringing changes to the pedagogical practices of teachers and the learning processes of children and by achieving educational success, in general. Based on documental analysis and on a set of interviews with key decision-makers in conceiving, implementing and monitoring this governmental initiative, the fi rst part of this chapter presents and analyses the ‘e.escolinha’ initiative and the policies be-hind that governmental programme, seeking to disassemble those objectives and provide some insights into the relationship between discourses, rhetoric, and reality. After that, the chapter focuses on children’s uses and practices with the ‘Magalhães’ laptop, at school and at home. Based on the results of questionnaires fi lled in by approximately 1500 children from 32 First Cycle public schools of the municipality of Braga (north of Portugal) and also from questionnaires applied to their parents and teachers, this chapter intends to analyse the real impact of this initiative for children, family and school. It also seeks to discuss the contribution of this educational policy to children’s digital literacy and also to their own and their families’ social and digital inclusion. To understand if it represented an added value to teachers’ pedagogical practice is another of its aims. The fi ndings point out a major focus on technology and access rather than on uses and competences or even on social, educational and cultural change. In fact, a major conclusion is the existence of a strong gap between the policy and the practices, typical of a top-down policy design. This study is an integrant part of a research project titled “Navigating with ‘Magalhães’: Study on the Impact of Digital Media in Schoolchildren” conducted at the University of Minho, Portugal, financed by the Portuguese Foundation for Science and Technology [PTDC/CCI-COM/101381/2008] and co-funded by the European Regional Development Fund [COMPETE: FCOMP-01-0124-FEDER-009056].

Mulheres (in)visíveis: que "género" de comentadores no horário nobre da televisão?

Dissertação de mestrado em Ciências da Comunicação (área de especialização em Informação e Jornalismo)

Participação em processos de consulta pública: Percepções dos cidadãos e recomendações para autoridades responsáveis

Este  relatório  inscreve-­‐se  no  projecto  COMPOLIS  –  Comunicação  e  Envolvimento  Político com Questões Ambientais, financiado pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia  com  a  referência  EXPL/IVC-­COM/1717/2012.  O  projecto  foi  desenvolvido  entre 1 de Julho de 2013 e 31 de Dezembro de 2014, tendo sido Anabela Carvalho, membro do Centro de Estudos de Comunicação e Sociedade (CECS) da Universidade do  Minho,  a  investigadora  responsável.  O  relatório  dá  conta  de  conclusões  de  membros da equipa do projecto, que as apresentam a tal título, e não em nome da Universidade do Minho. Um dos objetivos do projecto COMPOLIS era analisar as experiências e percepções dos  cidadãos  sobre  processos  de  participação  pública  relacionados  com  questões  ambientais. Um dos casos estudados foi o do processo de consulta pública relativo ao projecto  de  instalação  de  uma  linha  de  transporte  de  energia  elétrica  de  muita  alta tensão entre Vila do Conde e a Rede Elétrica de Espanha, a 400Kv, cujo traçado previsto  atravessa  freguesias  dos  distritos  de  Viana  do  Castelo,  Braga  e  Porto.

Percursos do movimento de transição em Portugal: Relatório produzido pela equipa do projeto COMPOLIS-Comunicação e Envolvimento Político com Questões Ambientais

No âmbito do projeto de investigação “COMPOLIS – Comunicação e Envolvimento Político com Questões Ambientais”, que decorreu entre agosto de 2013 e dezembro de 2014, procurou-se compreender a relação entre as práticas de comunicação e o envolvimento com questões ambientais. Especificamente, analisou-se a forma como as alterações climáticas e outros problemas ambientais são tratados e debatidos nos documentos políticos oficiais, nos media, nos movimentos sociais e também pelos próprios cidadãos. No presente relatório focar-nos-emos na tarefa 3 do projeto, que se centrou no estudo do envolvimento no Movimento de Transição em Portugal. De forma geral, o Movimento de Transição visa capacitar as comunidades para lidar com as alterações climáticas e o pico do petróleo, através da diminuição do uso de combustíveis fósseis e da construção de resiliência ecológica nas comunidades (Hopkins, 20081). O Movimento de Transição surgiu em 2006, em Totnes, no Reino Unido, e desde então tem vindo a expandir-se internacionalmente. A rede internacional denominada de Transition Network (TN) (www.transitionnetwork.org) reportava a existência de 1196 Iniciativas de Transição (ITs), a novembro de 2014. Em Portugal, o Movimento começou a dar os primeiros passos em 2010, e à semelhança do panorama internacional, tem tido um crescimento significativo em termos de número de ITs. A primeira IT surgiu no distrito do Porto, em Paredes, e foi registada na TN em Abril de 2010. Em Maio de 2015, o número de Iniciativas inscritas na TN era de 22 (TN, 2015).

Relatório final de projeto - A Regulação dos Média em Portugal: o caso da ERC

É largamente consensual que os media desempenham um papel relevante na formação de conceitos, imagens e crenças que os cidadãos usam para interpretar o mundo em que vivem. Contudo, há uma forte controvérsia quanto à melhor abordagem para assegurar as funções positivas (independentemente da forma como são definidas) do seu desempenho e para reduzir as consequências sociais negativas das suas ações e omissões dos meios de comunicação. Embora de formas diversas, espera-se que as entidades reguladoras dos media concorram para a qualificação dos sistemas mediáticos e, consequentemente, contribuam para o incremento das responsabilidades sociais dos meios de comunicação públicos e privados. A relação entre progresso social e a regulação mediática é tão relevante que académicos especializados em desenvolvimento internacional, consideram o estudo da regulação dos media um indicador válido do desenvolvimento nacional. Uma vez que os media são efetivamente um pilar fundamental dos regimes democráticos, devem ser monitorizados e responsabilizados. Nas sociedades democráticas avançadas, os estados estabelecem normalmente uma (ou mais) entidade(s) de regulação mediática nacional e Portugal não é exceção. Se a regulação dos media é financiada com dinheiros públicos, estas entidades devem desenvolver um trabalho de alto nível e contribuir de forma efetiva para a qualificação global dos sistema mediáticos.

Os postais ilustrados: para uma sócio-semiótica da imagem e do imaginário - Relatório final da componente científica

desenvolveram um papel relevante na história da vida social do século XIX em diante, constituíam objectivos do projecto os seguintes propósitos: 1) estudar a construção do imaginário popular; 2) construir o enquadramento de uma espécie de sócio-semiótica da imagem; 3) perceber como é que a tecnologia determina a nossa experiência do mundo e constrói a nossa identidade; 4) contribuir para uma teoria da imagem e do imaginário, criando um quadro teórico no campo das artes visuais; 5) estudar a história dos postais ilustrados e a sua importância como original meio de publicidade; 6) fazer o retrato sociológico das representações identitárias dos povos em diferentes regiões de Portugal Continental; 7) construir (eventualmente em parceria com a Biblioteca Nacional), uma base de dados que permita servir a memória deste meio de comunicação e disponibilizá-la para consulta on-line em site a criar na Internet; 8) promover o interesse pelas diferentes regiões do país, no que concerne à identidade etnográfica e à divulgação turística associada às imagens dos postais ilustrados.