丙型肝炎病毒(HCV)株的全基因组序列测定: 完成HCV 基因型6 全套17 个亚型基因组的测序

丙型肝炎病毒（Hepatitis C virus, HCV）的全基因组序列测定，曾经由于许多方面 的条件限制而难于完成。但是，其对于研究HCV 分子病毒学、流行病学、进化和致 病性却至关重要，特别是在临床应用中，不同序列的基因型决定α-干扰素治疗的不同 效果。在本研究完成之前，HCV 基因型6 仅有6 个亚型有其全基因组序列。因此， 本研究的主要目的在于，测定HCV 变异株代表基因型6 其余的11 个亚型和新亚型的 全基因组序列，并深入分析。 本研究从样品分别来自于中国、泰国，和在美国及加拿大生活的东南亚国家移民 的HCV 感染者。因为样品有限，改良传统的PCR 方法，摸索出“桥”和“岛”DNA 全序列扩增法，从每例样品100μl 血清或从100μl 血清中获得的cDNA 中测定了13 个HCV 全基因组核苷酸序列。 以来源于Genbank 的已知基因型6 的七个全长序列为参考对所测定的13 个亚型 全序列进行共同分析显示，这些全基因组核苷酸的两两比较相似率变化范围为 71.9%--82.7%，著地， 这四对序列间的相同率高于标准定义的HCV 基因亚型之间的 范围值75%-80%。为了进一步理解和证实这些亚型间的遗传相似性，本研究还测定 了代表这4 对亚型的病毒原型株的全基因序列，结果显示了相同的核苷酸水平上的变 异范围，这为HCV 基因亚型的分类提供了新的认识，亦强调了全长序列对于分类的 重要性。 从系统发育方面的分析证实，本研究所测得的13 个分离株都属于基因型6。在系 统发育树上，每个病毒株代表一个独立的枝。并形成了高度分化的HCV 基因型6 分 枝，从而清楚显示，各亚型的独立分布。本研究至此完成了基因型6 中17 个亚型的 全序列测定，而km41 和gz52557 因缺乏其临床上和流行病学上的多个感染病例的证 实，而继续保留其亚型未命名状态。结合来源于Los Alamos HCV database 的基因型6 的已知部分序列的变异株进一步分析，发现各相近亚型变异株均来自东南亚或东南亚国家移民，这提示了这些HCV 的相同感染源。 为了探讨HCV 夫妻间传播的可能性，本研究还测定了来自于泰国的两位感染 HCV 的献血员及其感染HCV 的配偶。这4 个基因序列C-0044 和C-0046 之间核苷 酸相同率为98.1%，而C-0185 和 C-0192 之间为97.8%。文献研究感染HCV 的夫妇 间的部分亚基因序列的相同率为96.3%至100%，本研究结果与此范围相符，并第一 次用全基因组序列提示了HCV 在夫妻间传播的可能性。 本研究还测定了基因型6 的另一个变异株的全基因组序列：HK6554，香港的某患 者，与上文中的GX004 一起，均为静脉吸毒者，并共同感染了HCV 和HIV-1。分析 结果还表明了一种趋势，即是在中国南方，基因亚型6e 有从以前的地方性传播方式 转为现有的流行性传播方式。这种转变可能由于静脉吸毒感染HCV 的人群的网络传 播而加快。 综上，本研究用传统PCR、简并引物结合链特异引物的方法有效地测定了共21 个病毒株的全基因序列。该方法也可用于其它分子流行病学的研究，特别在测定珍贵 的病毒序列然而样品量又受限时。本研究所测定的全基因组序列代表HCV 中最古老、 分化最多、地方性传播、又可能动物源性的基因型6 的全套17 个亚型。这有助于进 一步理解HCV 基因亚型的分类意义、更准确评价HCV 的进化和起源，亦有助于发 现HCV 新的变异株和提高临床诊断、治疗，为将来HCV 的流行及公众健康的预测、 预防和疫苗的制备奠定了坚实的分子遗传学基础。

Room-Temperature Continuous-Wave Operation of InGaN-Based Blue-Violet Laser Diodes with a Lifetime of 15.6 Hours

We report our recent progress of investigations on InGaN-based blue-violet laser diodes (LDs). The room-temperature (RT) cw operation lifetime of LDs has extended to longer than 15.6 h. The LD structure was grown on a c-plane free-standing (FS) GaN substrate by metal organic chemical vapor deposition (MOCVD). The typical threshold current and voltage of LD under RT cw operation are 78 mA and 6.8 V, respectively. The experimental analysis of degradation of LD performances suggests that after aging treatment, the increase of series resistance and threshold current can be mainly attributed to the deterioration of p-type ohmic contact and the decrease of internal quantum efficiency of multiple quantum well (MQW), respectively.

Fabrication of Silicon Crystal-Facet-Dependent Nanostructures by Electron-Beam Lithography

Silicon crystal-facet-dependent nanostructures have been successfully fabricated on a (100)-oriented silicon-on-insulator wafer using electron-beam lithography and the silicon anisotropic wet etching technique. This technique takes ad-vantage of the large difference in etching properties for different crystallographic planes in alkaline solution. The mini-mum size of the trapezoidal top for those Si nanostructures can be reduced to less than 10nm. Scanning electron microscopy(SEM) and atomic force microscopy (AFM) observations indicate that the etched nanostructures have controllable shapes and smooth surfaces.

InP基长波长光发射OEIC材料的MOCVD生长

为了生长制作器件所需的外延片,采用低压金属有机物化学气相沉积方法在半绝缘InP衬底上生长了InP/InGaAs异质结双极晶体管(HBT)结构、1.55μm多量子阱激光二极管以及两者集成的光发射光电集成电路材料结构.激光器结构的生长温度为655℃,有源区为5个周期的InGaAsP/ InGaAsP多量子阱(阱区λ＝1.6μm,垒区λ＝1.28μm);HBT结构则采用550℃低温生长,其中基区采用Zn掺杂,掺杂浓度约为2×1019cm-3.对生长的各种结构分别进行了X射线双晶衍射,光致发光谱和二次离子质谱仪的测试,结果表明所生长的材料结构已满足制作器件的要求.

RCE photodiodes at wavelength band of 1.06 μm

Resonant cavity enhancement (RCE) typed optical detector and modulator which operating at wavelength band of 1.06 μm is reported. The peak quantum efficiency of detector is reasonably high as 50% without bias, and the photocurrent contrast ratio of modulator is 3.6 times at -3.5 V as compared to 0 V. The incident angle dependence of RCE device's photoelectric response is investigated carefully.

Calculation of Valence Subband Structures for Strained Quantum-Wells by Plane Wave Expansion Method Within 6 * 6 Luttinger-Kohn Model

The valence subband energies and wave functions of a tensile strained quantum well are calculated by the plane wave expansion method within the 6 * 6 Luttinger-Kohn model. The effect of the number and period of plane-waves used for expansion on the stability of energy eigenvalues is examined. For practical calculation, it should choose the period large sufficiently to ensure the envelope functions vanish at the boundary and the number of plane waves large enough to ensure the energy eigenvalues keep unchanged within a prescribed range.

In_(0.4)Ga_(0.6)As/GaAs自组织量子点的光伏谱温度特性

采用无需在样品上制备电极的电容耦合的光伏谱方法,实验测量了In_(0.4)Ga_(0.6)As/GaAs自组织量子点在不同的温度下的光伏谱,对测量谱峰进行了指认,研究了量子点谱峰能量位置随温度的依赖关系。实验结果表明,量子点具有与体材料及二维体系不同的温度特性,对实验所测样品,其激子峰能量随温度增加而红移的速率约为GaAs体材料带隙变化的1.4倍。

GaAs/Al（0.4）Ga（0.6）As多量子肼红外探测器光吸收计算

于2010-11-23批量导入