Torque teno -viruksen proteiinien tuotto ja puhdistus

Torque teno -virus (TTV, TT-virus) on uusimpia löydettyjä ihmisviruksia ja se on erittäin yleinen täysin terveissäkin ihmisissä. Sitä kantaa ihmisistä yli 80 % kantajan maantieteellisestä sijainnista tai iästä riippumatta. Vielä ei osata sanoa, aiheuttaako torque teno -virus tiettyjä tauteja vai onko se osa normaaliflooraa, mikä olisi viruksista puhuttaessa täysin uutta. Helsingin yliopiston virologian laitoksella Haartman instituutissa toimiva professori Klaus Hedmanin tutkimusryhmä on kehitellyt sopivia menetelmiä TT-viruksen proteiinien tuottoon ja puhdistamiseen. Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli optimoida näitä menetelmiä. Proteiinien tuottoon ja puhdistukseen valittiin mukaan TTV:n genomin koodittamista kuudesta proteiinista oletettavasti kapsidiproteiinina toimiva ORF1-Arg (ORF1-proteiini, josta on poistettu arginiinirikas alue) ja ei-rakenneproteiinina toimiva ORF2/2. Proteiinit tuotettiin Sf9- ja High Five -hyönteissoluissa, ja vektorina ekspressoinnissa oli baculovirus. Puhdistukseen käytettiin agaroosigeelielektroforeesia (AGE) ja vaihtoehtoisesti histidiiniaffiniteettikromatografiaa. Proteiinien tuotossa optimoitiin solujen infektiossa käytettävän baculoviruksen määrää ja selvitettiin, että proteiineja saatiin tuotettua suunnilleen yhtä paljon sekä Sf9- että High Five -soluissa. AGE-menetelmällä saatiin puhdistettua ORF2/2-proteiinia ja menetelmää yritettiin kehitellä niin, että saataisiin puhdistuksen yhteydessä enemmän proteiineja talteen. Histidiiniaffiniteettipuhdistusta ei ollut aikaisemmin käytetty hyönteissoluissa tuotettujen TTV:n proteiinien puhdistukseen. Menetelmällä saatiin tuotettua ORF1-proteiinia, mutta puhdistusmenetelmä vaatii vielä kehittelyä. Tämän opinnäytetyön avulla saatiin menetelmien kehitystyötä eteenpäin, ja havaittiin ongelmakohtia, joihin tulee kiinnittää jatkossa huomiota. Histidiiniaffiniteettipuhdistusta ei vielä saatu toimivaksi ja AGE:n kehittelyä täytyy myös vielä jatkaa. TTV:n puhdistettuja proteiineja tullaan käyttämään apuna määritettäessä TTV:n mahdollista patogeenisuutta ja biologista merkitystä. Proteiinien avulla kehitellään laboratoriomenetelmiä TTV:n virusinfektioiden ja sairauksien löytämiseen ja diagnosointiin mm. tuottamalla proteiinien avulla spesifisiä vasta-aineita TTV:tä vastaan. Opinnäytetyössä puhdistettuja ORF2/2-proteiineja käytettiin tutkimusryhmässä TTV-spesifisen T-soluimmuniteetin tutkimiseen.

Osakeyhtiön varsinaisen toiminnan loppuminen ja edullisin tapa saada kiinteistöomaisuudesta tuotto

Tutkimus on tehty tilaustyönä pienelle osakeyhtiölle, jonka varsinainen toiminta loppui vuoden 2007 lopussa. Yhtiö oli lopettaessaan toiminnan velaton ja omaisuus käsitti liiketilan, kaksi asuinhuoneistoa ja käteistä. Lisäksi yhtiöllä oli elinkeinoverolain alaisia tappioita, joita ei voitu käyttää ilman toimialan muuttamista. Tutkielman päätavoitteena oli selvittää edullisin tapa saada kiinteistöomaisuudesta tuotto, kun tutkittavan osakeyhtiön varsinainen toiminta on loppunut. Edullisinta tapaa mitataan yhtiön ja osakkaan maksamien verojen jälkeen jäävänä puhtaana tuottona osakkaalle. Tutkimuksen alussa on selvitetty eri toimintavaihtoehdot yhtiön varsinaisen toiminnan loppuessa. Päävaihtoehtoina on ollut toiminnan jatkaminen ennallaan osakeyhtiön muodossa, toimialan muuttaminen sijoitusyhtiöksi, yhtiön purkaminen ja osakekannan tai omaisuuden myyminen. Jokaisesta näistä vaihtoehdosta on tutkittu niiden veroseuraamukset yhtiön ja osakkaan kannalta sekä laskettu omistajan saama puhdas tuotto. Case-yhtiön omistajalle on kannattavinta vaihtaa yhtiön toimiala kiinteistösijoittamiseksi ja jatkaa toimintaa osakeyhtiönä, jolloin yhtiö saa käyttöönsä vanhat elinkeinoverolain alaiset tappionsa. Toimialan vaihtamisessa piilee verotuksellinen riski, jonka suuruuteen voidaan vaikuttaa. Yhtiön kannattaa jakaa joka vuosi yhtiön nettovarallisuudesta yhdeksän prosenttia osinkona, joka on osingonsaajalle verovapaata. Osinkona kannattaa pääsääntöisesti jakaa ensimmäisenä käteiset varat, seuraavana in natura –osinkona asuinhuoneistot ja viimeisenä liiketila. In natura –osinko kannattaa arvostaa alihintaan, jolloin yhtiö sekä omistaja säästävät veroissa.

Heterologisen geenin DNA-sekvenssin optimointi sekä Fab-fragmentin DNA-sekvenssin vaikutus Escherichia colin kasvuun ja tuotto-ominaisuuksiin

Synonyymisillä kodoneilla tarkoitetaan kodoneja, jotka ovat erilaisia, mutta koodaavat samaa aminohappoa. Synonyymisten mutaatioiden, eli kodonin vaihtaminen samaa aminohappoa koodaavaan toiseen kodoniin, on pitkään ajateltu olevan yhdentekeviä, mutta synonyymit muutokset DNA-sekvenssissä voivat kuitenkin vaikuttaa esimerkiksi proteiinin laskostumiseen ja proteiinin toimintaan solussa. Eri organismit käyttävät synonyymisiä kodoneja eri frekvensseillä. Tätä ilmiötä kutsutaan kodonikäytön poikkeamaksi. Kodonikäytön poikkeamien on osoitettu olevan tärkein yksittäinen prokaryoottien geeniekspressioon vaikuttava tekijä, ja usein proteiineja on hankala tuottaa vieraassa isännässä, jos kodonikäytön poikkeamat ovat liian suuria. Erilaisia kodonioptimointistrategioita on kehitetty näiden ongelmien ratkaisemiseksi. Kodonikäyttöä optimoitaessa on otettava huomioon lisäksi erilaiset paikalliset muuttujat, jotka lisäävät optimoinnin monimutkaisuutta. Työn lähtökohtana oli synteettinen ihmisen vasta-aineen Fab-fragmentin geeni. Geeni oli optimoitu kahdella eri strategialla, jotka tuottivat eri DNA-sekvenssit, mutta saman aminohapposekvenssin. Toinen varianteista tuotti aktiivista Fab-fragmenttia, toinen ei. DNA-sekvenssin vaikutuksen tutkimiseksi, toimivan geenin osia korvattiin toimimattoman variantin vastaavalla osalla. Kaikkiaan seitsemän geenivariantin kykyä ilmentää Fab-fragmenttia sekä liukoisena proteiinina että filamenttifaagin pinnalla vertailtiin. Lisäksi tutkittiin varianttien vaikutusta isäntäsolun kasvukinetiikkaan. Muunneltuja variantteja verrattiin alkuperäiseen toimivaan varianttiin. Faagituotossa havaittiin Fab-fragmentin kevyen ketjun DNA-sekvenssin synonyymisten muutosten vaikuttavan faagien immunoreaktiivisuuteen. Erityisen olennainen oli kevyen ketjun vakioisen alueen muuttaminen, joka myös aiheutti 45 % laskun faagien kokonaismäärässä ja 54 % laskun faagien immunoreaktiivisuudessa. Liukoista proteiinia tuotettaessa kevyen ketjun vakioisen alueen muutos laski Fab-määrän tasolle, jota ei voitu mitata. Tämän lisäksi, avoimen lukukehyksen alun kodonien synonyymiset mutaatiot aiheuttivat 48-kertaisen laskun aktiivisen liukoisen proteiinin määrässä verrattuna alkuperäiseen toimivaan varianttiin.

Balanced Scorecardin implementointi digimediahankkeessa

Tutkimuksessa perehdytään mediaosakeyhtiö Frantic Median hankkeisiin sekä niiden kannattavuuteen asiakkaalle. Tarkoituksena on luoda lähtökohdat, joiden perusteella asiakas lähtee sivustohankkeeseen ja osoittaa tälle hankkeen kannattavuus, sekä välillisesti että välittömästi. Hankkeen tuottavuutta tutkittiin Frantic Median asiakkaan A-lehtien avulla kautta. Tutkimuksessa kartoitettiin sivustohankkeen tuottoa sekä mallinnettiin tuottavuuden kasvua heidän tapauksessaan. Mallintamismenetelmänä ja työkaluna tutkimuksessa käytettiin Balanced Scorecard -mittaristoa. Mittariston avulla saatiin otettua mukaan taloudellisen näkökulman lisäksi myös yrityksen kolme muuta tärkeää näkökulmaa. Työssä rakennettiin BSC:n pohjalta kullekin osa-alueelle strategiakartat, jotka näin osaltaan osoittivat sijoitetun pääoman tuoton kasvun hankkeen eri osa-alueissa.

Paperikoneen käyttöönoton onnistumisen riippuvuus valmistelutyöstä

Paperikoneinvestointi toteutetaan projekteina, joista muodostuvaa ketjua kutsutaan projektien elinkaareksi. Toteutusketjun viimeinen lenkki on käynnistykseen huipentuva käyttöönotto. Hyvä käyttöönotto palvelee investointia. Käyttöönotoissa koetaan erilaisia ongelmatilanteita, joista osa on satunnaisesti tai usein toistuvia. Investoinnin onnistumisen ja aikataulun asettama paine luo tilanteiden selvittämiseen erityishaasteita. Aina ei selvitä ilman takaiskuja. Tutkimustavoitteena oli kartoittaa käyttöönoton yleiset ongelmat ja niiden yhteydet projektihistoriaan, sekä ne projektinhallinnan osa-alueet, joita parantamalla varmistetaan käyttöönoton ja investoinnin onnistuminen. Tutkimus pohjautuu erilaisistainvestointiprojekteista ja käyttöönotoista saatuihin kokemuksiin, haastatteluihin (3 kpl) ja kyselypalautteeseen (42 kpl). Investoinnin onnistumisedellytykset luodaan projektihistoriassa, käyttöönotossa ne viimeistellään. Onnistuminen mitataan tuotto-odotusten saavuttamisena aikataulussa, johon vaikuttavia tekijöitä ovat tuotannon hallinta, käyttövarmuus ja markkinat. Käyttöönoton onnistumista tulee arvioida käyttöönottotehtävistäsuoriutumisen pohjalta, ei pelkästään investoinnille asetettujen aikataulu- ja tuotantotavoitteiden (laatu, määrä, hallinta) saavuttamisena, kuten usein tapahtuu. Tulosten perusteella käyttöönoton merkittävimmät ongelmat ovat tiedonkulun puutteet, ohjelmallisten korjausten suuri määrä ja palautumisajan riittämättömyys. Tärkeimmät painotukset ovat laiterikkojen estäminen, ohjelmavirheiden korjaaminen ja henkilöstön osaamisen varmentaminen. Konelinjan vaikeimmin hallittava osa on radan päänvienti. Osapuolten poikkeavat näkökulmat sekä työn laadun merkitys testauksissa, koulutuksissa ja kenttätoiminnoissa nousee tuloksista myös vahvasti esiin. Tutkimus on selvittänyt sille asetetut tavoitteet. Käyttöönoton merkittävimmät ongelmat syntyvät sen lähihistoriassa: testauksissa, koulutuksessa ja kenttätoiminnoissa. Käyttöönoton onnistumiseksi tulee painotusprojektinhallinnassa keskittää käynnistysvaiheen suunnitteluun sekä kenttätoimintojen hallintaan.

Innovation Benchmark Study: Analysis of Innovation Processes in Finnish Companies

Liikevaihdon orgaaninen kasvu on ensisijainen tekijä ja haaste yritysjohdolle yrityksen omistaja-arvon kasvattamiseksi. Tutkimus tarkastelee suosivatko suomalaisyritykset pääasiallisesti olemassa olevaa liiketoimintaa palvelevia innovaatioita vai tukevatko nykyhetken toimintatavat myös uusia kasvua kiihdyttäviä radikaaleja innovaatioita. Lisäksi työ kartoitti suomalaisyritysten innovaatioprosessien kehitysalueita käyttäen itsearviointitutkimusta.Tulokset johtivat kolmeen johtopäätökseen. Tutkimus osoitti, että vastaajayritykset ovat keskittyneet innovaatiotoiminnassaan vahvasti ydinliiketoimintaansa, jättäen potentiaaliset kasvumahdollisuudet huomioimatta. Yritykset tavoittelevat maksimaalisia tuottoja keskittymällä tuotteidensa korkeaan suorituskykyyn. Lyhyen aikavälin epärealistiset tuotto-odotukset sekä projekteille suunnatut arviointikriteerit rajoittavat liiketoimintaa mullistavien radikaalien innovaatioiden kehittymistä organisaatiossa. Toiseksi, tutkimus osoitti, että suuri osa yrityksistä käyttää perinteisen projektien arviointi- ja kehitysprosessin lisäksi vaihtoehtoisia ja huonosti kontrolloitavissa olevia kehitysprosesseja, mikäli projektille annetaan kielteinen rahoituspäätös standardin prosessin sisällä. Kolmanneksi, suomalaisyritysten innovaatioprosesseissa paljastui merkittäviä puutteita mitattavien elementtien suhteen.

Elinkaarimallinnuksen periaatteisiin perustuva prosessimalli paperikoneelle

Pääoman tuottavuuden merkitys kasvaa metsäteollisuuden tuottavuuden ja kilpailukyvyn varmistamisessa.Tuottavuuteen vaikuttavat tuotannon määrä sekä tuotannosta saatava hinta johon osaltaan vaikuttaa tuotteen laatu. Näitä tekijöitä voidaan mitata käyttämällä esimerkiksi mallia tuotannon kokonaistehokkuudesta. Tämä työ tarkastelee tuotto-kustannus -mallin soveltuvuutta paperikoneprosessin tuloksentekokyvyn arviointiin. Lisäksi tutkimuksen kohde on elinkaarimallinnuksen periaatteisiin perustuvan mallin tiedontarpeiden arvioinnissa sekä mallilla tuotettavien tulosten selvittämisessä. Työssä käsitellyn mallinnusperiaatteen mukainen prosessimalli mahdollistaa kokonaisnäkemyksen paperikoneprosessin tuottoja ja kustannuksia aiheuttavista tekijöistä. Mallilla saatavien tuloksien tarkkuus riippuu käytettävissä olevista lähtötiedoista. Työn esimerkkimallinnus listaa vähimmäistiedot, joilla paperikoneen tuottoja ja kustannustekijöitä tarkasteleva malli voidaan toteuttaa. Työ osoittaa, että paperikoneella on paljon tuotantoaikaan vaikuttavia häiriötekijöitä, joiden merkittävyys on analysoitava tarkemman mallin rakentamiseksi. Mallin kohdentaminen olemassa olevalle paperikoneelle antaisi riittävästi mittaustietoa ja kokemusperäistä tietoa mallin tarpeisiin. Yksityiskohtaisemman mallin rakentamisella saataneen myös yleisesti paperikoneprosessin tuotantohäiriöihin liittyvää tietoa.