Mirando al futuro: conexión directa con la investigación biomédica

Los estudios de Ciencias Biomédicas tienen una fuerte carga experimental y conexión con el mundo de la investigación que a muchos alumnos les cuesta reconocer, especialmente entre los de primer curso. Por ello, los autores hemos diseñado una actividad práctica integrada y evaluable para la asignatura Bioquímica II del Grado de Medicina, impartida en primer curso. Se pretendía conectar la asignatura con el mundo profesional de la investigación en Ciencias Biomédicas. El trabajo de los alumnos consistió en buscar la máxima información sobre el grupo que les hubiera correspondido, preparar una entrevista para realizar al investigador responsable del laboratorio y analizar su publicación más relevante, centrándose en la parte de su investigación que tiene que ver con nuestros estudios. El resultado ha sido satisfactorio a todos los niveles: los alumnos han obtenido buenas calificaciones y han valorado la actividad con un 3 sobre 4, los investigadores puntuaron mayoritariamente con la máxima calificación a los alumnos y los profesores estamos satisfechos con el aprovechamiento de los alumnos así como con la interacción con los investigadores y la integración con el resto de nuestros compañeros docentes. Entendemos que la actividad debe mejorarse de cara al futuro, sobre todo en relación al ítem peor valorado por los alumnos: la conexión entre lo explicado en clase y lo aprendido en el laboratorio.

Investigación en Biomedicina : encendiendo luces en las penumbras de la vida humana

El dolor y las enfermedades del hombre nos han acompañado en el pasado y nos seguirán acompañando en el futuro. La Medicina intenta encender luces para aliviar ¿con su arte y su ciencia? los males que aquejan la salud de la humanidad. La Ciencia robustece con su calidad y rigurosidad la respuesta a esos interrogantes. Quienes formamos parte de la población de investigadores de la Medicina recorremos un difícil camino de oscuridades y dudas. Nuestros escudos son el cultivo de actitudes, aptitudes y destrezas para saber preguntarnos sobre los fenómenos de la naturaleza humana y encontrar respuestas acertadas. Sabemos que estas respuestas necesitan el permanente contraste con la realidad. Sabemos también que el resultado de nuestro esfuerzo investigativo no nos pertenece, sino que forma parte del conocimiento universal. Recordemos que las múltiples tecnologías utilizadas en el descubrimiento de los fenómenos biomédicos tienen un faro, un único destino final: la PERSONA HUMANA

Desigualdades de género en la investigación en salud pública y epidemiología en España (2007-2014)

Objetivo: Analizar las desigualdades de género en investigación en salud pública y epidemiología en España, en el periodo 2007-2014. Método: Estudio descriptivo según sexo de posiciones de liderazgo del Centro de Investigación Biomédica en Red (CIBER), especialmente en el área temática de epidemiología y salud pública (CIBERESP) en 2014; de sociedades científicas de salud pública (SESPAS) y epidemiología (SEE), 2009-2014; y de proyectos de investigación solicitados (13.320) y financiados (4699), e importes de convocatorias de Acción Estratégica en Salud (AES), 2007-2013. Resultados: Existe una clara infrarrepresentación de mujeres líderes y contratadas en investigación de excelencia en salud pública (CIBERESP), con predominio de los hombres en puestos de decisión. Aunque los proyectos de investigación de la Acción Estratégica en Salud (AES) liderados por mujeres han crecido ligeramente entre 2007 y 2013, entre los solicitados no alcanzan el 50%, con excepción de los de la Comisión de Salud Pública. La brecha de género es aún mayor en proyectos financiados. Los proyectos liderados por hombres tienen mayor probabilidad de obtener financiación, alcanzando el 29% en los de salud pública. Persiste una segregación horizontal de género en posiciones de reconocimiento científico en congresos de SESPAS y SEE. Conclusiones: La sobrerrepresentación de líderes masculinos en la investigación en salud pública en España debe entenderse como indicador y consecuencia del androcentrismo en las sociedades científicas y los grupos profesionales. Esta situación sexista pone en riesgo la existencia de productos y servicios innovadores desde la perspectiva de género que den respuestas a necesidades y demandas de toda la sociedad. Se necesitan más mujeres en investigación que tengan incorporada esta perspectiva.

Métodos de análisis de las comunidades de clientes mediante la relación estratégica comunitaria y el marketing.

En este proyecto analizaremos como las organizaciones se relacionan con el medio y marketing. La idea es determinar cuáles son los métodos de análisis de las comunidades de clientes mediante la relación estratégica comunitaria y el marketing. Por medio del mercadeo se puede conocer el entorno y determinar qué métodos de análisis utilizar para conocer a la comunidad de clientes. Las personas de mercadeo se ocupan de todo lo que ocurre en el entorno, de estar al tanto para saber cuándo hay oportunidades que puedan ser provechosas para la organización o por otro lado cuando hay amenazas de las que debe tener cuidado. Dependiendo del entorno, la organización diseña sus actividades de mercadeo enfocadas en satisfacer las necesidades del consumidor. Las actividades del consumidor se conceptualizan en producto, precio, promoción y plaza que se definen y diseñan basados en la comunidad en la que este inmersa la organización. Es importante buscar información confiable sobre el grupo objetivo al cual se le va ofrecer el producto o servicio, ya que toca analizarlos y comprender a estas personas para diseñar una buena oferta que satisfaga sus necesidades y deseos. Esta persona que recibe el producto o servicio por parte de la organización es el cliente. Los clientes son las personas que llegan a una organización en búsqueda de satisfacer necesidades a través de los bienes y servicios que las empresas ofrecen. Es esencial determinar que los clientes viven en comunidad, es decir comparten ideas por la comunicación tan estrecha que tienen y viven en conjunto bajo las mismas costumbres. Debido a estos es que hoy en día, los consumidores se conglomeran en comunidades de clientes, y para saberles llegar a estos clientes, toca analizarlos por medio de diversos métodos. El uso de las estrategias comunitarias es necesario ya que por medio del marketing se analiza el entorno y se buscan los métodos para analizar a la comunidad de clientes, que comparten características y se analizan en conjunto no por individuo. Es necesario identificar los métodos para relacionarse con la comunidad de clientes, para poder acercarnos a estos y conocerlos bien, saber sus necesidades y deseos y ofrecerles productos y servicios de acuerdo a éstos. En la actualidad estos métodos no son muy comunes ni conocidos, es por esto que nuestro propósito es indagar e identificar estos métodos para saber analizar a las comunidades. En este proyecto se utilizara una metodología de estudio tipo teórico-conceptual buscando las fuentes de información necesarias para llevar a cabo nuestra investigación. Se considera trabajar con El Grupo de Investigación en Perdurabilidad Empresarial y se escogió la línea de gerencia ya que permite entrar en la sociedad del conocimiento, siendo capaces de identificar oportunidades gerenciales en el entorno. Es interesante investigar sobre estos métodos, ya que los clientes esperan un servicio excelente, atento y que se preocupe por ellos y sus necesidades.

Condiciones para preservar e valor moral del consentimiento informado en medicina

El consentimiento informado (CI) en medicina corre el riesgo de quedar reducido a un formalismo legal sin valor moral; esto puede suceder por dos cosas: 1) como consecuencia de que el paciente no comprenda con suficiencia el concepto de autonomía y 2) debido a la disminución de la autonomía práctica del paciente por efecto de la autoridad del personal médico o de las instituciones de salud. Este artículo tiene como fin mostrar bajo qué condiciones se puede evitar la reducción del CI a un formalismo legal desprovisto de valor moral. Para servir a este propósito, se considera el concepto de autonomía relacional como eje articulador que pone en relación al paciente con su comunidad moral y con el médico, lo que impulsa al personal de la salud a proporcionar las condiciones para tal fin. Así, se afirma que la valía moral del CI puede conservarse, primero, a partir de una concepción relacional de la autonomía y, segundo, mediante la aplicación, por parte del médico y de la institución, de un protocolo que disminuya la posibilidad de choque entre la autonomía y la autoridad.

Genética, riesgo y derecho penal: una aproximación interdisciplinaria

Este texto presenta un estudio científico y jurídico sobre la genética y el derecho penal, con el objeto de realizar un pequeño aporte para la superación de la polarización política y moral de los debates sobre la genética y el derecho, que sólo ha conducido a una desafortunada paralización de la regulación sobre el tema que aumenta los riesgos para la salud humana y el equilibrio de los ecosistemas. Ante una problemática tan compleja, el derecho moderno no plantea una solución unitaria, sino una metodología a través de la cual cada sociedad democráticamente pueda adoptar sus propias decisiones frente a la salvaguarda de su patrimonio genético.

Percepción del riesgo biológico en el personal asistencial en un hospital de alta complejidad de la ciudad de Bogotá.

OBJETIVOS: Identificar la percepción del riesgo biológico de los trabajadores asistenciales del Hospital Central de la Policía Nacional en la ciudad de Bogotá. METODOS: se realizó un estudio analítico de corte transversal para describir la percepción acerca del riesgo biológico en 159 trabajadores asistenciales de un hospital de alta complejidad en la ciudad de Bogotá (Colombia), la información se recolectó por medio de la utilización de la encuesta validada nota técnica 578 (Portell M, Solé M, 2001). Se realizó la caracterización de la población por variables de sexo, edad, tiempo de experiencia y servicio al cual pertenece y se promediaron las respuestas obtenidas para cada ítem encuestado, obteniendo una clasificación para cada dimensión de percepción de riesgo baja (1 a 3), media (4 a 5) o alta (6 a 7). Resultados: De los 159 trabajadores asistenciales encuestados el 80.4% eran de género femenino, el 22.2% pertenecían al servicio de urgencias, el 16,5% al servicio de medicina interna y el 9.5% al servicio de pediatría, de los encuestados el 62.9% fueron auxiliares de enfermería, el 21,4% enfermeras jefes y el 6.9% médicos. Se obtuvo una percepción de riesgo alta (media aritmética mayor de 5) para todas las variables incluidas en la encuesta, demostrando conocimiento de todo el personal acerca de la alta exposición a accidentes de tipo biológico. No se encontró asociación entre la labor desempeñada y la percepción del riesgo biológico, sin embargo, se encontró una asociación entre el tiempo de experiencia del trabajador y una disminución en la magnitud del riesgo percibido (Chi cuadrado de asociación, p=0.042). Conclusiones: Los trabajadores asistenciales identifican la magnitud del riesgo biológico al que se encuentran expuestos en sus labores del día a día, sin embargo, es necesaria una mayor participación por parte del personal directivo y de los responsables de la prevención en temas de reacción ante accidentes y en la valoración del riesgo, especialmente en personas que llevan mucho tiempo desempeñando la labor.

Prevalencia de síntomas musculo-esqueléticos en trabajadores de una institución de educación superior en el departamento de Arauca, Colombia, 2015

Introducción Los desórdenes musculo esqueléticos representan uno de los problemas de salud ocupacional más comunes de trabajadores, lo cual genera ausentismo laboral y aumento en los costos de enfermedades laborales. Objetivo Estimar la prevalencia de síntomas osteomusculares y su relación con factores de riesgo ocupacional, en personal docente y administrativo de una institución de educación superior en el Departamento de Arauca para el año 2015. Métodos Estudio analítico de corte transversal en una muestra de 116 trabajadores. Se utilizaron dos instrumentos: “La Encuesta Nacional de Condiciones de Trabajo” del Instituto Nacional de Seguridad e Higiene en el Trabajo de España (INSHT) y el “Cuestionario Ergopar”, validados al Español. Se obtuvo previa autorización del Comité de ética de la Universidad del Rosario. El análisis estadístico se realizó con el IBM SPSS Statistics versión 20.0. Resultados: Los síntomas osteomusculares con mayor prevalencia fueron en cuello (86,2%), espalda lumbar (61,2%), manos muñecas (59,5%) y pies (52,6%); no se observaron diferencias estadísticamente significantes entre administrativos e instructores. En el lugar de trabajo los factores de riesgo con mayor prevalencia fueron exposición a temperaturas extremas (48,3%), aberturas y huecos desprotegidos, escaleras, plataformas, desniveles (44%) significativamente mayor en instructores (52,6%) que en personal administrativo (27,5%) (p= 0,010). Conclusiones: Los síntomas osteomusculares más prevalentes fueron aquellos propios de la actividad docente: cuello, espalda lumbar, manos muñecas y pies. El personal de la institución en especial los docentes está expuesto a factores de riesgo físico, químico y ergonómico. Las condiciones de trabajo son adecuadas. No se encontró asociación estadística entre exposición a factores de riesgo en el puesto de trabajo y prevalencia de síntomas osteomusculares. Se debe establecer acciones dirigidas a evitar lesiones musculo esqueléticas en la población.

Análisis crítico de la controversia del uso de animales en las investigaciones científicas biomédicas

En los últimos años, se ha generado una enconada discusión por parte de grupos proteccionistas y entidades científicas vigentes respecto al uso de animales en el laboratorio. Si bien es cierto, que bajo la perspectiva actual la historia ha mostrado abusos y acciones denigrantes hacia los animales en la sociedad humana, el progreso de los conocimientos y el desarrollo de la bioética, ha generado actitudes más humanitarias con respecto a este tema. Los reclamos de estos grupos defensores de los animales han generado ideas distorsionadas respecto al uso de ellos en la investigación científica, en gran parte por el carácter dogmático de sus argumentos y por una visión limitada y en extremo estereotipada de la actividad científica de investigación. En la presente revisión, se consideran aspectos históricos de la relación hombre-animal; discusión del entorno y creencias de épocas remotas y su posterior evolución en el tiempo; análisis crítico de la publicación de Rusell y Burch como hito en la investigación científica humanizada a través de sus 3 R y la presentación de argumentos tan básicamente razonables que resulta hasta innecesaria cualquier justificación sobre la existencia de la actividad científica biológica en la humanidad.

Modelo de mediación semántica para la integración de fuentes de datos heterogéneas

Los avances logrados en la última década en los métodos y técnicas para la obtención de información mediante secuenciación genética de muestras orgánicas han supuesto una revolución en el área de la investigación biomédica. La disponibilidad de nuevas fuentes de datos abre vías novedosas de trabajo para investigadores que ya están dando sus frutos con técnicas mejoradas de diagnóstico y nuevos tratamientos para enfermedades como el cáncer. El cambio ha sido tan drástico que, por contra, los métodos empleados para acceder a la información han quedado obsoletos. Para remediar esta situación se ha realizado un gran esfuerzo en el campo de la informática biomédica con el objetivo de desarrollar herramientas adecuadas para este reto tecnológico. Así, la “revolución” genética ha ido acompañada de un importante esfuerzo en el desarrollo de sistemas de integración de datos heterogéneos cada vez más sofisticados. Sin embargo, los sistemas construidos han utilizado a menudo soluciones “ad hoc” para cada problema. Aún cuando existen arquitecturas y estándares bien establecidos en esta área, cada sistema es diseñado y construido desde cero ante cada nueva situación. Asimismo, los sistemas desarrollados no son, en general, válidos para problemas diferentes o para un conjunto distinto de requisitos. Ha faltado por tanto un verdadero esfuerzo por estandarizar este tipo de sistemas. En esta tesis doctoral se propone un modelo genérico de sistemas de integración de datos heterogéneos que facilite el diseño de los mismos. Se aporta asimismo una metodología basada en dicho modelo y destinada a hacer más eficientes los procesos de implementación y despliegue de estos sistemas. El modelo presentado se basa en un análisis exhaustivo de las características inherentes de los sistemas de integración de datos. La metodología propuesta, por su parte, hace uso de los estándares y tecnologías más extendidos hoy en día en el ámbito de acceso, gestión y compartición de información de carácter biomédico. Asimismo, dicha metodologia se basa en el uso de modelos ontológicos como paradigma de caracterización de la información, dado su uso mayoritario en este campo. Se persigue de esta manera ofrecer un marco estándar de diseño y desarrollo de sistemas de integración que evite las implementaciones redundantes tan comunes en esta área. Se lograría así un avance importante en el área del desarrollo de herramientas de integración de datos heterogéneos al proporcionar un marco para el diseño e implementación de estos sistemas. El trabajo de esta tesis doctoral se ha llevado a cabo en el marco de un proyecto europeo de investigación, que ha servido a su vez de entorno de pruebas y validación del modelo y metodología propuestos.

Implementación del modelo RIM de HL7 v3 en orientación a objetos y su uso en procesos de interoperabilidad semántica

El trabajo ha sido realizado dentro del marco de los proyectos EURECA (Enabling information re-Use by linking clinical REsearch and Care) e INTEGRATE (Integrative Cancer Research Through Innovative Biomedical Infrastructures), en los que colabora el Grupo de Informática Biomédica de la UPM junto a otras universidades e instituciones sanitarias europeas. En ambos proyectos se desarrollan servicios e infraestructuras con el objetivo principal de almacenar información clínica, procedente de fuentes diversas (como por ejemplo de historiales clínicos electrónicos de hospitales, de ensayos clínicos o artículos de investigación biomédica), de una forma común y fácilmente accesible y consultable para facilitar al máximo la investigación de estos ámbitos, de manera colaborativa entre instituciones. Esta es la idea principal de la interoperabilidad semántica en la que se concentran ambos proyectos, siendo clave para el correcto funcionamiento del software del que se componen. El intercambio de datos con un modelo de representación compartido, común y sin ambigüedades, en el que cada concepto, término o dato clínico tendrá una única forma de representación. Lo cual permite la inferencia de conocimiento, y encaja perfectamente en el contexto de la investigación médica. En concreto, la herramienta a desarrollar en este trabajo también está orientada a la idea de maximizar la interoperabilidad semántica, pues se ocupa de la carga de información clínica con un formato estandarizado en un modelo común de almacenamiento de datos, implementado en bases de datos relacionales. El trabajo ha sido desarrollado en el periodo comprendido entre el 3 de Febrero y el 6 de Junio de 2014. Se ha seguido un ciclo de vida en cascada para la organización del trabajo realizado en las tareas de las que se compone el proyecto, de modo que una fase no puede iniciarse sin que se haya terminado, revisado y aceptado la fase anterior. Exceptuando la tarea de documentación del trabajo (para la elaboración de esta memoria), que se ha desarrollado paralelamente a todas las demás. ----ABSTRACT--- The project has been developed during the second semester of the 2013/2014 academic year. This Project has been done inside EURECA and INTEGRATE European biomedical research projects, where the GIB (Biomedical Informatics Group) of the UPM works as a partner. Both projects aim is to develop platforms and services with the main goal of storing clinical information (e.g. information from hospital electronic health records (EHRs), clinical trials or research articles) in a common way and easy to access and query, in order to support medical research. The whole software environment of these projects is based on the idea of semantic interoperability, which means the ability of computer systems to exchange data with unambiguous and shared meaning. This idea allows knowledge inference, which fits perfectly in medical research context. The tool to develop in this project is also "semantic operability-oriented". Its purpose is to store standardized clinical information in a common data model, implemented in relational databases. The project has been performed during the period between February 3rd and June 6th, of 2014. It has followed a "Waterfall model" of software development, in which progress is seen as flowing steadily downwards through its phases. Each phase starts when its previous phase has been completed and reviewed. The task of documenting the project‟s work is an exception; it has been performed in a parallel way to the rest of the tasks.

Herramienta basada en vistas para la generación automática de anotaciones de fuentes RDF

Durante los últimos años, el imparable crecimiento de fuentes de datos biomédicas, propiciado por el desarrollo de técnicas de generación de datos masivos (principalmente en el campo de la genómica) y la expansión de tecnologías para la comunicación y compartición de información ha propiciado que la investigación biomédica haya pasado a basarse de forma casi exclusiva en el análisis distribuido de información y en la búsqueda de relaciones entre diferentes fuentes de datos. Esto resulta una tarea compleja debido a la heterogeneidad entre las fuentes de datos empleadas (ya sea por el uso de diferentes formatos, tecnologías, o modelizaciones de dominios). Existen trabajos que tienen como objetivo la homogeneización de estas con el fin de conseguir que la información se muestre de forma integrada, como si fuera una única base de datos. Sin embargo no existe ningún trabajo que automatice de forma completa este proceso de integración semántica. Existen dos enfoques principales para dar solución al problema de integración de fuentes heterogéneas de datos: Centralizado y Distribuido. Ambos enfoques requieren de una traducción de datos de un modelo a otro. Para realizar esta tarea se emplean formalizaciones de las relaciones semánticas entre los modelos subyacentes y el modelo central. Estas formalizaciones se denominan comúnmente anotaciones. Las anotaciones de bases de datos, en el contexto de la integración semántica de la información, consisten en definir relaciones entre términos de igual significado, para posibilitar la traducción automática de la información. Dependiendo del problema en el que se esté trabajando, estas relaciones serán entre conceptos individuales o entre conjuntos enteros de conceptos (vistas). El trabajo aquí expuesto se centra en estas últimas. El proyecto europeo p-medicine (FP7-ICT-2009-270089) se basa en el enfoque centralizado y hace uso de anotaciones basadas en vistas y cuyas bases de datos están modeladas en RDF. Los datos extraídos de las diferentes fuentes son traducidos e integrados en un Data Warehouse. Dentro de la plataforma de p-medicine, el Grupo de Informática Biomédica (GIB) de la Universidad Politécnica de Madrid, en el cuál realicé mi trabajo, proporciona una herramienta para la generación de las necesarias anotaciones de las bases de datos RDF. Esta herramienta, denominada Ontology Annotator ofrece la posibilidad de generar de manera manual anotaciones basadas en vistas. Sin embargo, aunque esta herramienta muestra las fuentes de datos a anotar de manera gráfica, la gran mayoría de usuarios encuentran difícil el manejo de la herramienta , y pierden demasiado tiempo en el proceso de anotación. Es por ello que surge la necesidad de desarrollar una herramienta más avanzada, que sea capaz de asistir al usuario en el proceso de anotar bases de datos en p-medicine. El objetivo es automatizar los procesos más complejos de la anotación y presentar de forma natural y entendible la información relativa a las anotaciones de bases de datos RDF. Esta herramienta ha sido denominada Ontology Annotator Assistant, y el trabajo aquí expuesto describe el proceso de diseño y desarrollo, así como algunos algoritmos innovadores que han sido creados por el autor del trabajo para su correcto funcionamiento. Esta herramienta ofrece funcionalidades no existentes previamente en ninguna otra herramienta del área de la anotación automática e integración semántica de bases de datos. ---ABSTRACT---Over the last years, the unstoppable growth of biomedical data sources, mainly thanks to the development of massive data generation techniques (specially in the genomics field) and the rise of the communication and information sharing technologies, lead to the fact that biomedical research has come to rely almost exclusively on the analysis of distributed information and in finding relationships between different data sources. This is a complex task due to the heterogeneity of the sources used (either by the use of different formats, technologies or domain modeling). There are some research proyects that aim homogenization of these sources in order to retrieve information in an integrated way, as if it were a single database. However there is still now work to automate completely this process of semantic integration. There are two main approaches with the purpouse of integrating heterogeneous data sources: Centralized and Distributed. Both approches involve making translation from one model to another. To perform this task there is a need of using formalization of the semantic relationships between the underlying models and the main model. These formalizations are also calles annotations. In the context of semantic integration of the information, data base annotations consist on defining relations between concepts or words with the same meaning, so the automatic translation can be performed. Depending on the task, the ralationships can be between individuals or between whole sets of concepts (views). This paper focuses on the latter. The European project p-medicine (FP7-ICT-2009-270089) is based on the centralized approach. It uses view based annotations and RDF modeled databases. The data retireved from different data sources is translated and joined into a Data Warehouse. Within the p-medicine platform, the Biomedical Informatics Group (GIB) of the Polytechnic University of Madrid, in which I worked, provides a software to create annotations for the RDF sources. This tool, called Ontology Annotator, is used to create annotations manually. However, although Ontology Annotator displays the data sources graphically, most of the users find it difficult to use this software, thus they spend too much time to complete the task. For this reason there is a need to develop a more advanced tool, which would be able to help the user in the task of annotating p-medicine databases. The aim is automating the most complex processes of the annotation and display the information clearly and easy understanding. This software is called Ontology Annotater Assistant and this book describes the process of design and development of it. as well as some innovative algorithms that were designed by the author of the work. This tool provides features that no other software in the field of automatic annotation can provide.

Recuperación cruzada de información pública clínico-genómica a partir de consultas sobre repositorios clínicos privados

Parte de la investigación biomédica actual se encuentra centrada en el análisis de datos heterogéneos. Estos datos pueden tener distinto origen, estructura, y semántica. Gran cantidad de datos de interés para los investigadores se encuentran en bases de datos públicas, que recogen información de distintas fuentes y la ponen a disposición de la comunidad de forma gratuita. Para homogeneizar estas fuentes de datos públicas con otras de origen privado, existen diversas herramientas y técnicas que permiten automatizar los procesos de homogeneización de datos heterogéneos. El Grupo de Informática Biomédica (GIB) [1] de la Universidad Politécnica de Madrid colabora en el proyecto europeo P-medicine [2], cuya finalidad reside en el desarrollo de una infraestructura que facilite la evolución de los procedimientos médicos actuales hacia la medicina personalizada. Una de las tareas enmarcadas en el proyecto P-medicine que tiene asignado el grupo consiste en elaborar herramientas que ayuden a usuarios en el proceso de integración de datos contenidos en fuentes de información heterogéneas. Algunas de estas fuentes de información son bases de datos públicas de ámbito biomédico contenidas en la plataforma NCBI [3] (National Center for Biotechnology Information). Una de las herramientas que el grupo desarrolla para integrar fuentes de datos es Ontology Annotator. En una de sus fases, la labor del usuario consiste en recuperar información de una base de datos pública y seleccionar de forma manual los resultados relevantes. Para automatizar el proceso de búsqueda y selección de resultados relevantes, por un lado existe un gran interés en conseguir generar consultas que guíen hacia resultados lo más precisos y exactos como sea posible, por otro lado, existe un gran interés en extraer información relevante de elevadas cantidades de documentos, lo cual requiere de sistemas que analicen y ponderen los datos que caracterizan a los mismos. En el campo informático de la inteligencia artificial, dentro de la rama de la recuperación de la información, existen diversos estudios acerca de la expansión de consultas a partir de retroalimentación relevante que podrían ser de gran utilidad para dar solución a la cuestión. Estos estudios se centran en técnicas para reformular o expandir la consulta inicial utilizando como realimentación los resultados que en una primera instancia fueron relevantes para el usuario, de forma que el nuevo conjunto de resultados tenga mayor proximidad con los que el usuario realmente desea. El objetivo de este trabajo de fin de grado consiste en el estudio, implementación y experimentación de métodos que automaticen el proceso de extracción de información trascendente de documentos, utilizándola para expandir o reformular consultas. De esta forma se pretende mejorar la precisión y el ranking de los resultados asociados. Dichos métodos serán integrados en la herramienta Ontology Annotator y enfocados a la fuente de datos de PubMed [4].---ABSTRACT---Part of the current biomedical research is focused on the analysis of heterogeneous data. These data may have different origin, structure and semantics. A big quantity of interesting data is contained in public databases which gather information from different sources and make it open and free to be used by the community. In order to homogenize thise sources of public data with others which origin is private, there are some tools and techniques that allow automating the processes of integration heterogeneous data. The biomedical informatics group of the Universidad Politécnica de Madrid cooperates with the European project P-medicine which main purpose is to create an infrastructure and models to facilitate the transition from current medical practice to personalized medicine. One of the tasks of the project that the group is in charge of consists on the development of tools that will help users in the process of integrating data from diverse sources. Some of the sources are biomedical public data bases from the NCBI platform (National Center for Biotechnology Information). One of the tools in which the group is currently working on for the integration of data sources is called the Ontology Annotator. In this tool there is a phase in which the user has to retrieve information from a public data base and select the relevant data contained in it manually. For automating the process of searching and selecting data on the one hand, there is an interest in automatically generating queries that guide towards the more precise results as possible. On the other hand, there is an interest on retrieve relevant information from large quantities of documents. The solution requires systems that analyze and weigh the data allowing the localization of the relevant items. In the computer science field of the artificial intelligence, in the branch of information retrieval there are diverse studies about the query expansion from relevance feedback that could be used to solve the problem. The main purpose of this studies is to obtain a set of results that is the closer as possible to the information that the user really wants to retrieve. In order to reach this purpose different techniques are used to reformulate or expand the initial query using a feedback the results that where relevant for the user, with this method, the new set of results will have more proximity with the ones that the user really desires. The goal of this final dissertation project consists on the study, implementation and experimentation of methods that automate the process of extraction of relevant information from documents using this information to expand queries. This way, the precision and the ranking of the results associated will be improved. These methods will be integrated in the Ontology Annotator tool and will focus on the PubMed data source.

Alterations in energy metabolism, neuroprotection and visual signal transduction in the retina of parkinsonian, MPTP-treated monkeys

Parkinson disease is mainly characterized by the degeneration of dopaminergic neurons in the central nervous system, including the retina. Different interrelated molecular mechanisms underlying Parkinson disease-associated neuronal death have been put forward in the brain, including oxidative stress and mitochondrial dysfunction. Systemic injection of the proneurotoxin 1-methyl-4-phenyl-1,2,3,6-tetrahydropyridine (MPTP) to monkeys elicits the appearance of a parkinsonian syndrome, including morphological and functional impairments in the retina. However, the intracellular events leading to derangement of dopaminergic and other retinal neurons in MPTP-treated animal models have not been so far investigated. Here we have used a comparative proteomics approach to identify proteins differentially expressed in the retina of MPTP-treated monkeys. Proteins were solubilized from the neural retinas of control and MPTP-treated animals, labelled separately with two different cyanine fluorophores and run pairwise on 2D DIGE gels. Out of >700 protein spots resolved and quantified, 36 were found to exhibit statistically significant differences in their expression levels, of at least ±1.4-fold, in the parkinsonian monkey retina compared with controls. Most of these spots were excised from preparative 2D gels, trypsinized and subjected to MALDI-TOF MS and LC-MS/MS analyses. Data obtained were used for protein sequence database interrogation, and 15 different proteins were successfully identified, of which 13 were underexpressed and 2 overexpressed. These proteins were involved in key cellular functional pathways such as glycolysis and mitochondrial electron transport, neuronal protection against stress and survival, and phototransduction processes. These functional categories underscore that alterations in energy metabolism, neuroprotective mechanisms and signal transduction are involved in MPTPinduced neuronal degeneration in the retina, in similarity to mechanisms thought to underlie neuronal death in the Parkinson’s diseased brain and neurodegenerative diseases of the retina proper.