Vis-á-Vis-á-Vis. The Three-dimensional and artistic view of a problem

ANPO (A Non-predefined Outcome) is an an art-making methodology that employs structuralist theory of language (Saussure, Lacan, Foucault) combined with Hegel’s dialectic and the theory of creation of space by Lefebvre to generate spaces of dialogue and conversation between community members and different stakeholders. These theories of language are used to find artistic ways of representing a topic that community members have previously chosen. The topic is approached in a way that allows a visual, aural, performative and gustative form. To achieve this, the methodology is split in four main steps: step 1 ‘This is not a chair’, Step 2 ‘The topic’, Step 3 ‘ Vis-á-vis-á-vis’ and step 4. ‘Dialectical representation’ where the defined topic is used to generate artistic representations.The step 1 is a warm up exercise informed by the Rene Magritte painting ‘This is not a Pipe’. This exercise aims to help the participants to see an object as something else than an object but as a consequence of social implications. Step 2, participants choose a random topic and vote for it. The artist/facilitator does not predetermine the topic, participants are the one who propose it and choose it. Step 3, will be analysed in this publication and finally step 4, the broken down topic is taken to be represented and analysed in different ways. 

Isolation of epithelial stem cells from dermis by a three-dimensional culture system

Skin is a representative self-renewing tissue containing stem cells. Although many attempts have been made to define and isolate skin-derived stem cells, establishment of a simple and reliable isolation procedure remains a goal to be achieved. Here, we report the isolation of cells having stem cell properties from mouse embryonic skin using a simple selection method based on an assumption that stem cells may grow in an anchorage-independent manner. We inoculated single cell suspensions prepared from mouse embryonic dermis into a temperature-sensitive gel and propagated the resulting colonies in a monolayer culture. The cells named dermis-derived epithelial progenitor-1 (DEEP) showed epithelial morphology and grew rapidly to a more than 200 population doubling level over a period of 250 days. When the cells were kept confluent, they spontaneously formed spheroids and continuously grew even in spheroids. Immunostaining revealed that all of the clones were positive for the expression of cytokeratin-8, -18, -19, and E-cadherin and negative for the expression of cytokeratin-1, -5, -6, -14, -20, vimentin, nestin, a ckit. Furthermore, they expressed epithelial stem cell markers such as p63, integrin beta1, and S100A6. On exposure to TGFbeta in culture, some of DEEP-1 cells expressed alpha-smooth muscle actin. When the cells were transplanted into various organs of adult SCID mice, a part of the inoculated cell population acquired neural, hepatic, and renal cell properties. These results indicate that the cells we isolated were of epithelial stem cell origin and that our new approach is useful for isolation of multipotent stem cells from skin tissues.

Negative Silence: The unspoken future of Northern Ireland

The premise for finding common ground between unionism and nationalism in Northern Ireland in the 1998 Agreement centred on an accepted compromise regarding what the future of the province might be: continued union within the UK was assured but could be changed if unity with the Republic of Ireland was the will of the majority. In this way, Northern Ireland was suspended as if on a see-saw between the ‘two traditions’. As a consequence, the very success of power-sharing has made it difficult for parties to articulate a shared vision of Northern Ireland’s future. This paper identifies a ‘negative silence’ regarding the outlook for Northern Ireland and seeks to uncover some of its implications by analysing three of its constitutive elements. First, how the aspirational discourse of the four largest political parties has remained largely entrenched in oppositional gullies. Second, how the debate around the Shared Future framework and Cohesion, Sharing and Integration programme ironically embodies deep differences in political visions of a ‘shared’ future for Northern Ireland. Finally, interview-based reflections on how an inability to articulate a future for Northern Ireland affects the young ‘Agreement generation’ and their (dis)empowerment as citizens. The paper concludes that the thicker the fog of silence grows over the subject of Northern Ireland’s future, the bleaker this future is likely to be

The phase diagram of water at negative pressures: Virtual ices

The phase diagram of water at negative pressures as obtained from computer simulations for two models of water, TIP4P/2005 and TIP5P is presented. Several solid structures with lower densities than ice Ih, so-called virtual ices, were considered as possible candidates to occupy the negative pressure region of the phase diagram of water. In particular the empty hydrate structures sI, sII, and sH and another, recently proposed, low-density ice structure. The relative stabilities of these structures at 0 K was determined using empirical water potentials and density functional theory calculations. By performing free energy calculations and Gibbs-Duhem integration the phase diagram of TIP4P/2005 was determined at negative pressures. The empty hydrates sII and sH appear to be the stable solid phases of water at negative pressures. The phase boundary between ice Ih and sII clathrate occurs at moderate negative pressures, while at large negative pressures sH becomes the most stable phase. This behavior is in reasonable agreement with what is observed in density functional theory calculations.

A markerless deletion method for genetic manipulation of Burkholderia cenocepacia and other multidrug-resistant gram-negative bacteria

Genetic manipulation of multidrug-resistant bacteria is often difficult and hinders progress in understanding their physiology and pathogenesis. This book chapter highlights advances in genetic manipulation of Burkholderia cenocepacia, which are also applicable to other members of the Burkholderia cepacia complex and multidrug-resistant gram-negative bacteria of other genera. The method detailed here is based on the I-SceI homing endonuclease system, which can be efficiently used for chromosomal integration, deletion, and genetic replacement. This system creates markerless mutations and insertions without leaving a genetic scar and thus can be reused successively to generate multiple modifications in the same strain.

Analysis of a three-dimensional flow generated by a linear aerospike

Linear aerospike nozzles are envisaged as a possible means to improve launcher engine performance. One of the most interesting properties of these nozzles is the possibility of a good integration with the vehicle. To improve the knowledge of the flow-field and performance of aerospike nozzles, they are studied numerically, with particular attention to the differences between the basic two-dimensional nozzle, usually considered in the design phase, and the more realistic three-dimensional nozzle. The study considers also the effect of flight condition, which cannot be neglected because of the characteristic external expansion of aerospike nozzles.

Development of a Piggybac based direct reprogramming system for derivation of integration free induced pluripotent stem cells

Induced pluripotent stem cells (iPSc) have great potential for applications in regenerative medicine, disease modeling and basic research. Several methods have been developed for their derivation. The original method of Takahashi and Yamanaka involved the use of retroviral vectors which result in insertional mutagenesis, presence in the genome of potential oncogenes and effects of residual transgene expression on differentiation bias of each particular iPSc line. Other methods have been developed, using different viral vectors (adenovirus and Sendai virus), transient plasmid transfection, mRNA transduction, protein transduction and use of small molecules. However, these methods suffer from low efficiencies; can be extremely labor intensive, or both. An additional method makes use of the piggybac transposon, which has the advantage of inserting its payload into the host genome and being perfectly excised upon re-expression of the transposon transposase. Briefly, a policistronic cassette expressing Oct4, Sox2, Klf4 and C-Myc flanked by piggybac terminal repeats is delivered to the cells along with a plasmid transiently expressing piggybac transposase. Once reprogramming occurs, the cells are re-transfected with transposase and subclones free of tranposon integrations screened for. The procedure is therefore very labor intensive, requiring multiple manipulations and successive rounds of cloning and screening. The original method for reprogramming with the the PiggyBac transposon was created by Woltjen et al in 2009 (schematized here) and describes a process with which it is possible to obtain insert-free iPSc. Insert-free iPSc enables the establishment of better cellular models of iPS and adds a new level of security to the use of these cells in regenerative medicine. Due to the fact that it was based on several low efficiency steps, the overall efficiency of the method is very low (<1%). Moreover, the stochastic transfection, integration, excision and the inexistence of an active way of selection leaves this method in need of extensive characterization and screening of the final clones. In this work we aime to develop a non-integrative iPSc derivation system in which integration and excision of the transgenes can be controlled by simple media manipulations, avoiding labor intensive and potentially mutagenic procedures. To reach our goal we developed a two vector system which is simultaneously delivered to original population of fibroblasts. The first vector, Remo I, carries the reprogramming cassette and GFP under the regulation of a constitutive promoter (CAG). The second vector, Eneas, carries the piggybac transposase associated with an estrogen receptor fragment (ERT2), regulated in a TET-OFF fashion, and its equivalent reverse trans-activator associated with a positive-negative selection cassette under a constitutive promoter. We tested its functionality in HEK 293T cells. The protocol is divided in two the following steps: 1) Obtaining acceptable transfection efficiency into human fibroblasts. 2) Testing the functionality of the construct 3) Determining the ideal concentration of DOX for repressing mPB-ERT2 expression 4) Determining the ideal concentration of TM for transposition into the genome 5) Determining the ideal Windows of no DOX/TM pulse for transposition into the genome 6) 3, 4 and 5) for transposition out of the genome 7) Determination of the ideal concentration of GCV for negative selection We successfully demonstrated that ENEAS behaved as expected in terms of DOX regulation of the expression of mPB-ERT2. We also demonstrated that by delivering the plasmid into 293T HEK cells and manipulating the levels of DOX and TM in the medium, we could obtain puromycin resistant lines. The number of puromycin resistant colonies obtained was significantly higher when DOX as absent, suggesting that the colonies resulted from transposition events. Presence of TM added an extra layer of regulation, albeit weaker. Our PCR analysis, while not a clean as would be desired, suggested that transposition was indeed occurring, although a background level of random integration could not be ruled out. Finally, our attempt to determine whether we could use GVC to select clones that had successfully mobilized PB out of the genome was unsuccessful. Unexpectedly, 293T HEK cells that had been transfected with ENEAS and selected for puromycin resistance were insensitive to GCV.

Analysis of pesticide residues in strawberries and soils by GC-MS/MS, LC-MS/MS and two-dimensional GC-timeof- flight MS comparing organic and integrated pest management farming

This study analysed 22 strawberry and soil samples after their collection over the course of 2 years to compare the residue profiles from organic farming with integrated pest management practices in Portugal. For sample preparation, we used the citrate-buffered version of the quick, easy, cheap, effective, rugged, and safe (QuEChERS) method. We applied three different methods for analysis: (1) 27 pesticides were targeted using LC-MS/MS; (2) 143 were targeted using low pressure GC-tandem mass spectrometry (LP-GC-MS/MS); and (3) more than 600 pesticides were screened in a targeted and untargeted approach using comprehensive, two-dimensional gas chromatography time-of-flight mass spectrometry (GC × GC-TOF-MS). Comparison was made of the analyses using the different methods for the shared samples. The results were similar, thereby providing satisfactory confirmation of both similarly positive and negative findings. No pesticides were found in the organic-farmed samples. In samples from integrated pest management practices, nine pesticides were determined and confirmed to be present, ranging from 2 μg kg−1 for fluazifop-pbutyl to 50 μg kg−1 for fenpropathrin. Concentrations of residues in strawberries were less than European maximum residue limits.

X-ray diffraction of a gram-negative bacterial membrane mimetic

This thesis applies x-ray diffraction to measure he membrane structure of lipopolysaccharides and to develop a better model of a LPS bacterial melilbrane that can be used for biophysical research on antibiotics that attack cell membranes. \iVe ha'e Inodified the Physics department x-ray machine for use 3.'3 a thin film diffractometer, and have lesigned a new temperature and relative humidity controlled sample cell.\Ve tested the sample eel: by measuring the one-dimensional electron density profiles of bilayers of pope with 0%, 1%, 1G :VcJ, and 100% by weight lipo-polysaccharide from Pse'udo'lTwna aeTuginosa. Background VVe now know that traditional p,ntibiotics ,I,re losing their effectiveness against ever-evolving bacteria. This is because traditional antibiotic: work against specific targets within the bacterial cell, and with genetic mutations over time, themtibiotic no longer works. One possible solution are antimicrobial peptides. These are short proteins that are part of the immune systems of many animals, and some of them attack bacteria directly at the membrane of the cell, causing the bacterium to rupture and die. Since the membranes of most bacteria share common structural features, and these featuret, are unlikely to evolve very much, these peptides should effectively kill many types of bacteria wi Lhout much evolved resistance. But why do these peptides kill bacterial cel: '3 , but not the cells of the host animal? For gramnegative bacteria, the most likely reason is that t Ileir outer membrane is made of lipopolysaccharides (LPS), which is very different from an animal :;ell membrane. Up to now, what we knovv about how these peptides work was likely done with r !10spholipid models of animal cell membranes, and not with the more complex lipopolysa,echaricies, If we want to make better pepticies, ones that we can use to fight all types of infection, we need a more accurate molecular picture of how they \vork. This will hopefully be one step forward to the ( esign of better treatments for bacterial infections.

Writing : a concrete strategy to facilitate the integration of conflicting identities into the self

Je reconnais l’aide financière du Centre d’études ethniques des Universités montréalaises (CEETUM), du Ministère de l’Éducation – Aide Financières au Études (AFE), et ainsi que de l’Université de Montréal (Département de psychologie et Faculté des études supérieures) dans la réalisation de ce mémoire.

La propension des gestionnaires envers les évaluations participatives

Davantage d’évaluations de projets internationaux dans les pays en développement se réalisent pour informer les décisions sur la base de données probantes. L’utilisation des résultats d’évaluation est remise en cause et pour y remédier des évaluations participatives qui incluent à certaines étapes du processus évaluatif des acteurs non évaluateurs sont proposées. Parmi celles-ci, les évaluations participatives pratiques visent principalement à améliorer l’utilisation du processus et des résultats des évaluations. Ces évaluations participatives pratiques seraient obstruées par des attitudes individuelles négatives, ou résistance individuelle au changement, et favorisées par des attitudes individuelles positives, ou propension. Cette thèse propose d’étudier la propension individuelle des gestionnaires envers les évaluations participatives pratiques d’intervention (EPP), les éléments influençant cette propension, et de caractériser des niveaux de propension des individus envers les EPP. Tout d’abord une revue de littérature a proposé une définition multidimensionnelle de la propension envers les EPP comme étant une attitude favorable envers la pratique des EPP qui se décline à chaque étape d’une évaluation sous les volets affectif et cognitif. Les dimensions identifiées théoriquement étaient : apprentissage, travail en groupe, emploi de méthodes systématiques, usage de l’esprit critique. Ces dimensions ont servi de cadre pour la partie empirique de la thèse. Une étude de cas multiples avec les gestionnaires d’une institution de santé en Haïti a été menée pour contextualiser la propension et identifier les éléments d’influence. Les données ont été recueillies à l’aide d’entrevues semi-structurées et de sources documentaires. L’analyse des données concernant l’apprentissage a révélé une prédominance des formes d’apprentissage par l’action et par l’observation. Le travail en groupe se retrouve ancré dans la pratique des gestionnaires administratifs et des gestionnaires cliniques. Les méthodes systématiques se reflètent principalement dans la consultation de plusieurs acteurs ayant de l’intérêt pour la problématique immédiate à solutionner plutôt que par l’outillage méthodologique. L’emploi de méthodes systématiques prend généralement la forme de consultation élargie d’avis pour régler une situation ou prend la forme de tentative de validation des informations reçues. L’esprit critique se déclenche sous stimulation lorsque l’image individuelle, professionnelle, corporative ou organisationnelle est touchée ou lors de suggestions jugées constructives. En plus de contextualiser quatre composantes de la propension individuelle envers les EPP, les gestionnaires se sont positionnés par rapport à la propension de leurs collègues sur la base de la réactivité, plus ou moins réactif vis-à-vis des composantes de la propension individuelle. Ainsi, la propension étudiée empiriquement a laissé émerger deux axes : un axe formalisation et un axe réactivité. L’axe formalisation reprend la contextualisation des quatre composantes de la propension individuelle envers les EPP, soit la forme d’expression des composantes. L’axe réactivité reprend le niveau d’activité déployé dans chaque composante de la propension individuelle, de réactif à plus proactif. De plus, des profils d’individus ayant différents niveaux de propension envers les EPP ont été développés. Des influences favorables et défavorables au niveau de propension envers les EPP ont été identifiées. L’originalité de cette thèse tient dans le fait de se positionner dans un courant récent de réflexion autour de la résistance aux changements et aux évaluations avec un regard positif et d’avoir défini théoriquement et appliqué empiriquement le concept pluridimensionnel de propension individuelle aux EPP. Des profils de niveau de propension individuelle aux EPP et les éléments d’influence favorables et défavorables associés peuvent servir d’outil de diagnostic aux types d’évaluation possibles, servir d’ajustement à la mise en place d’évaluations selon les interlocuteurs, permettre le suivi des changements de niveaux de propension pendant une EPP et servir de sources d’informations pour ajuster les plans d’évaluations participatives.

Modélisation bayésienne des changements aux niches écologiques causés par le réchauffement climatique

Cette thèse présente des méthodes de traitement de données de comptage en particulier et des données discrètes en général. Il s'inscrit dans le cadre d'un projet stratégique du CRNSG, nommé CC-Bio, dont l'objectif est d'évaluer l'impact des changements climatiques sur la répartition des espèces animales et végétales. Après une brève introduction aux notions de biogéographie et aux modèles linéaires mixtes généralisés aux chapitres 1 et 2 respectivement, ma thèse s'articulera autour de trois idées majeures. Premièrement, nous introduisons au chapitre 3 une nouvelle forme de distribution dont les composantes ont pour distributions marginales des lois de Poisson ou des lois de Skellam. Cette nouvelle spécification permet d'incorporer de l'information pertinente sur la nature des corrélations entre toutes les composantes. De plus, nous présentons certaines propriétés de ladite distribution. Contrairement à la distribution multidimensionnelle de Poisson qu'elle généralise, celle-ci permet de traiter les variables avec des corrélations positives et/ou négatives. Une simulation permet d'illustrer les méthodes d'estimation dans le cas bidimensionnel. Les résultats obtenus par les méthodes bayésiennes par les chaînes de Markov par Monte Carlo (CMMC) indiquent un biais relatif assez faible de moins de 5% pour les coefficients de régression des moyennes contrairement à ceux du terme de covariance qui semblent un peu plus volatils. Deuxièmement, le chapitre 4 présente une extension de la régression multidimensionnelle de Poisson avec des effets aléatoires ayant une densité gamma. En effet, conscients du fait que les données d'abondance des espèces présentent une forte dispersion, ce qui rendrait fallacieux les estimateurs et écarts types obtenus, nous privilégions une approche basée sur l'intégration par Monte Carlo grâce à l'échantillonnage préférentiel. L'approche demeure la même qu'au chapitre précédent, c'est-à-dire que l'idée est de simuler des variables latentes indépendantes et de se retrouver dans le cadre d'un modèle linéaire mixte généralisé (GLMM) conventionnel avec des effets aléatoires de densité gamma. Même si l'hypothèse d'une connaissance a priori des paramètres de dispersion semble trop forte, une analyse de sensibilité basée sur la qualité de l'ajustement permet de démontrer la robustesse de notre méthode. Troisièmement, dans le dernier chapitre, nous nous intéressons à la définition et à la construction d'une mesure de concordance donc de corrélation pour les données augmentées en zéro par la modélisation de copules gaussiennes. Contrairement au tau de Kendall dont les valeurs se situent dans un intervalle dont les bornes varient selon la fréquence d'observations d'égalité entre les paires, cette mesure a pour avantage de prendre ses valeurs sur (-1;1). Initialement introduite pour modéliser les corrélations entre des variables continues, son extension au cas discret implique certaines restrictions. En effet, la nouvelle mesure pourrait être interprétée comme la corrélation entre les variables aléatoires continues dont la discrétisation constitue nos observations discrètes non négatives. Deux méthodes d'estimation des modèles augmentés en zéro seront présentées dans les contextes fréquentiste et bayésien basées respectivement sur le maximum de vraisemblance et l'intégration de Gauss-Hermite. Enfin, une étude de simulation permet de montrer la robustesse et les limites de notre approche.

Modeling High-Dimensional Audio Sequences with Recurrent Neural Networks

Cette thèse étudie des modèles de séquences de haute dimension basés sur des réseaux de neurones récurrents (RNN) et leur application à la musique et à la parole. Bien qu'en principe les RNN puissent représenter les dépendances à long terme et la dynamique temporelle complexe propres aux séquences d'intérêt comme la vidéo, l'audio et la langue naturelle, ceux-ci n'ont pas été utilisés à leur plein potentiel depuis leur introduction par Rumelhart et al. (1986a) en raison de la difficulté de les entraîner efficacement par descente de gradient. Récemment, l'application fructueuse de l'optimisation Hessian-free et d'autres techniques d'entraînement avancées ont entraîné la recrudescence de leur utilisation dans plusieurs systèmes de l'état de l'art. Le travail de cette thèse prend part à ce développement. L'idée centrale consiste à exploiter la flexibilité des RNN pour apprendre une description probabiliste de séquences de symboles, c'est-à-dire une information de haut niveau associée aux signaux observés, qui en retour pourra servir d'à priori pour améliorer la précision de la recherche d'information. Par exemple, en modélisant l'évolution de groupes de notes dans la musique polyphonique, d'accords dans une progression harmonique, de phonèmes dans un énoncé oral ou encore de sources individuelles dans un mélange audio, nous pouvons améliorer significativement les méthodes de transcription polyphonique, de reconnaissance d'accords, de reconnaissance de la parole et de séparation de sources audio respectivement. L'application pratique de nos modèles à ces tâches est détaillée dans les quatre derniers articles présentés dans cette thèse. Dans le premier article, nous remplaçons la couche de sortie d'un RNN par des machines de Boltzmann restreintes conditionnelles pour décrire des distributions de sortie multimodales beaucoup plus riches. Dans le deuxième article, nous évaluons et proposons des méthodes avancées pour entraîner les RNN. Dans les quatre derniers articles, nous examinons différentes façons de combiner nos modèles symboliques à des réseaux profonds et à la factorisation matricielle non-négative, notamment par des produits d'experts, des architectures entrée/sortie et des cadres génératifs généralisant les modèles de Markov cachés. Nous proposons et analysons également des méthodes d'inférence efficaces pour ces modèles, telles la recherche vorace chronologique, la recherche en faisceau à haute dimension, la recherche en faisceau élagué et la descente de gradient. Finalement, nous abordons les questions de l'étiquette biaisée, du maître imposant, du lissage temporel, de la régularisation et du pré-entraînement.

Solitons and their resonances on two-dimensional superfluid films

The dynamics of saturated two-dimensional superfluid4He films is shown to be governed by the Kadomtsev-Petviashvili equation with negative dispersion. It is established that the phenomena of soliton resonance could be observed in such films. Under the lowest order nonlinearity, such resonance would happen only if two dimensional effects are taken into account. The amplitude and velocity of the resonant soliton are obtained.