Caracterização funcional do mutante da ORF XAC1008 de Xanthomonas citri subsp. citri (Xac)

Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV

Isolamento de sequências repetitivas do genoma de espécies do gênero Ancistrus (Siluriformes: Loricariidae)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Síntese e caracterização de materiais semicondutores nanoestruturados luminescentes à base de ZnS

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Mutagênese sítio-dirigida da ORF XAC0024 de Xanthomonas citri subsp. citri e suas implicações no desenvolvimento do cancro cítrico

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Potencial antibacteriano de cogumelos das espécies Lentinus edodes, Agaricus bisporus e Agaricus blazei com enfoque no Helicobacter pylori

A busca por novos agentes antimicrobianos é muito importante, uma vez que as bactérias possuem um alto potencial de recombinação genética, levando a um aumento de cepas resistentes aos fármacos antimicrobianos já existentes. Nesse contexto, os cogumelos podem ser uma alternativa, uma vez que extratos e constituintes químicos destes apresentam atividade frente a diversos isolados patogênicos e utilizados na medicina popular. Dentre as espécies de maior interesse estão o Agaricus blazei (cogumelo do sol), Agaricus bisporus (champignon de Paris) e Lentinus edodes (shitake). O Helicobacter pylori é responsável por doenças gastrointestinais de extrema importância para a saúde pública, como úlceras, gastrites até tumores malignos. O tratamento mais utilizado nos controles deste micro-organismo não é eficaz. Os cogumelos aparecem como alternativa para novas pesquisas neste ramo podendo vir a ser utilizados no desenvolvimento de novo fitoterápico ou mesmo como adjuvante deste tratamento. Existem diversos métodos para determinar a atividade antimicrobiana, entre eles a microdiluição. Esta técnica vem sendo muito utilizada principalmente devido à sua sensibilidade e pequena quantidade de reagentes e amostras, o que possibilita um maior número de réplicas, aumentando a confiabilidade dos resultados. Em continuidade ao estudo do nosso grupo de pesquisa este trabalho objetiva determinar o potencial anti-H. pylori de espécies de cogumelos comestíveis instigados pela possibilidade de encontrar uma alternativa para o tratamento desse micro-organismos dada a importância do mesmo na saúde pública. A atividade antibacteriana dos diferentes extratos de Lentinus edodes, Agaricus bisporus, obtidos por infusão, ultrassom e maceração e de extratos purificados de Agaricus blazei e da substância isolada β-glucana foi determinada pela técnica de microdiluição a fim de obter a concentração inibitória mínima (CIM) frente às...

Potencial antibacteriano de cogumelos das espécies Lentinus edodes, Agaricus bisporus e Agaricus blazei com enfoque no Helicobacter pylori

A busca por novos agentes antimicrobianos é muito importante, uma vez que as bactérias possuem um alto potencial de recombinação genética, levando a um aumento de cepas resistentes aos fármacos antimicrobianos já existentes. Nesse contexto, os cogumelos podem ser uma alternativa, uma vez que extratos e constituintes químicos destes apresentam atividade frente a diversos isolados patogênicos e utilizados na medicina popular. Dentre as espécies de maior interesse estão o Agaricus blazei (cogumelo do sol), Agaricus bisporus (champignon de Paris) e Lentinus edodes (shitake). O Helicobacter pylori é responsável por doenças gastrointestinais de extrema importância para a saúde pública, como úlceras, gastrites até tumores malignos. O tratamento mais utilizado nos controles deste micro-organismo não é eficaz. Os cogumelos aparecem como alternativa para novas pesquisas neste ramo podendo vir a ser utilizados no desenvolvimento de novo fitoterápico ou mesmo como adjuvante deste tratamento. Existem diversos métodos para determinar a atividade antimicrobiana, entre eles a microdiluição. Esta técnica vem sendo muito utilizada principalmente devido à sua sensibilidade e pequena quantidade de reagentes e amostras, o que possibilita um maior número de réplicas, aumentando a confiabilidade dos resultados. Em continuidade ao estudo do nosso grupo de pesquisa este trabalho objetiva determinar o potencial anti-H. pylori de espécies de cogumelos comestíveis instigados pela possibilidade de encontrar uma alternativa para o tratamento desse micro-organismos dada a importância do mesmo na saúde pública. A atividade antibacteriana dos diferentes extratos de Lentinus edodes, Agaricus bisporus, obtidos por infusão, ultrassom e maceração e de extratos purificados de Agaricus blazei e da substância isolada β-glucana foi determinada pela técnica de microdiluição a fim de obter a concentração inibitória mínima (CIM) frente às...

Synthetic biology: a novel approach for the construction of industrial microorganisms

The recent achievement of synthesising a functioning bacterial chromosome marks a coming of age for engineering living organisms. In the future this should allow the construction of novel organisms to help solve the problems facing the human race, including health care, food, energy and environmental protection. In this minireview, the current state of the field is described and the role of synthetic biology in biotechnology in the short and medium term is discussed. It is particularly aimed at the needs of food technologists, nutritionists and other biotechnologists, who might not be aware of the potential significance of synthetic biology to the research and development in their fields. The potential of synthetic biology to produce interesting new polyketide compounds is discussed in detail.

Genomic mosaicism in two strains of Dengue virus type 3

Recombination is a significant factor driving genomic evolution, but it is not well understood in Dengue virus. We used phylogenetic methods to search for recombination in 636 Dengue virus type 3 (DENV-3) genomes and unveiled complex recombination patterns in two strains, which appear to be the outcome of recombination between genotype II and genotype I parental DENV-3 lineages. Our findings of genomic mosaic structures suggest that strand switching during RNA synthesis may be involved in the generation of genetic diversity in dengue viruses.

Mecanismos e a influência de ferro lábil em processos nitrosativos intracelulares utilizando o indicador fluorescente 4,5 diamino fluoresceína

Neste trabalho foram investigados os mecanismos e o perfil cinético de processos nitrosativos do ponto de vista da nitrosação do indicador 4,5-diamino fluoresceina (DAF2) em células do tipo RAW 264.7. Também foi investigado o papel que ferro lábil (LIP) exerce em tais processos. O estudo cinético mostrou que a nitrosação do DAF2 é dependente de superóxido intracelular e se processa por dois mecanismos distintos denominados nitrosilação oxidativa e nitrosação. Observou-se que o perfil cinético da nitrosaçao do DAF2 sofre uma transição passando de dependente para independente com relação à concentração de NO, quando a concentração de NO se aproxima de 100-110nM. Este perfil está relacionado com a dinâmica de recombinação entre NO e O2¯ que dispara todo o processo de nitrosação do DAF2. No trabalho fica claro que processos nitrosativos que ocorrem pelos mesmos mecanismos podem apresentar perfis cinéticos completamente diferentes dependendo da localização onde ocorre a recombinação entre NO e O2¯. O ponto mais interessante foi a constatação de que quelantes permeáveis à membranas biológicas estimulam a nitrosação do DAF2 intracelular. Este efeito é decorrente da remoção de LIP intracelular que, surpreendementemente, apresenta papel antinitrosativo nas condições experimentais estudadas. O papel incomum antinitrosativo apresentado por LIP é analizado do ponto de vista da reação entre LIP e ONOO¯ que tem como produto nitrito, uma espécie não nitrosante. Estes resultados podem alterar a forma como LIP é visto em processos oxidativos e nitrosativos.

Análise da estrutura populacional e do desequilíbrio de ligação de um painel de acessos de sorgo: uma abordagem usando teoria da coalescência

A estrutura populacional e o desequilíbrio de ligação são dois processos fundamentais para estudos evolutivos e de mapeamento associativo. Tradicionalmente, ambos têm sido investigados por meio de métodos clássicos comumente utilizados. Tais métodos certamente forneceram grandes avanços no entendimento dos processos evolutivos das espécies. No entanto, em geral, nenhum deles utiliza uma visão genealógica de forma a considerar eventos genéticos ocorridos no passado, dificultando a compreensão dos padrões de variação observados no presente. Uma abordagem que possibilita a investigação retrospectiva com base no atual polimorfismo observado é a teoria da coalescência. Assim, o objetivo deste trabalho foi analisar, com base na teoria da coalescência, a estrutura populacional e o desequilíbrio de ligação de um painel mundial de acessos de sorgo (Sorghum bicolor). Para tanto, análises de mutação, migração com fluxo gênico e recombinação foram realizadas para cinco regiões genômicas relacionadas à altura de plantas e maturidade (Dw1, Dw2, Dw4, Ma1 e Ma3) e sete populações previamente selecionadas. Em geral, elevado fluxo gênico médio (Μ = m/μ = 41,78 − 52,07) foi observado entre as populações considerando cada região genômica e todas elas simultaneamente. Os padrões sugeriram intenso intercâmbio de acessos e história evolutiva específica para cada região genômica, mostrando a importância da análise individual dos locos. A quantidade média de migrantes por geração (Μ) não foi simétrica entre pares recíprocos de populações, de acordo com a análise individual e simultânea das regiões. Isso sugere que a forma pela qual as populações se relacionaram e continuam interagindo evolutivamente não é igual, mostrando que os métodos clássicos utilizados para investigar estrutura populacional podem ser insatisfatórios. Baixas taxas médias de recombinação (ρL = 2Ner = 0,030 − 0,246) foram observadas utilizando o modelo de recombinação constante ao longo da região. Baixas e altas taxas médias de recombinação (ρr = 2Ner = 0,060 − 3,395) foram estimadas utilizando o modelo de recombinação variável ao longo da região. Os métodos tradicional (r2) e via coalescência (E[r2 rhomap]) utilizados para a estimação do desequilíbrio de ligação mostraram resultados próximos para algumas regiões genômicas e populações. No entanto, o r2 sugeriu padrões descontínuos de desequilíbrio em várias ocasiões, dificultando o entendimento e a caracterização de possíveis blocos de associação. O método via coalescência (E[r2 rhomap]) forneceu resultados que pareceram ter sido mais consistentes, podendo ser uma estratégia eventualmente importante para um refinamento dos padrões não-aleatórios de associação. Os resultados aqui encontrados sugerem que o mapeamento genético a partir de um único pool gênico pode ser insuficiente para detectar associações causais importantes para características quantitativas em sorgo.

Caracterização elétrica de túnel-FET em estrutura de nanofio com fontes de SiGe e Ge em função da temperatura.

Este trabalho teve como objetivo estudar os transistores de tunelamento por efeito de campo em estruturas de nanofio (NW-TFET), sendo realizado através de analises com base em explicações teóricas, simulações numéricas e medidas experimentais. A fim de avaliar melhorar o desempenho do NW-TFET, este trabalho utilizou dispositivos com diferentes materiais de fonte, sendo eles: Si, liga SiGe e Ge, além da variação da espessura de HfO2 no material do dielétrico de porta. Com o auxílio de simulações numéricas foram obtidos os diagramas de bandas de energia dos dispositivos NW-TFET com fonte de Si0,73Ge0,27 e foi analisada a influência de cada um dos mecanismos de transporte de portadores para diversas condições de polarização, sendo observado a predominância da influência da recombinação e geração Shockley-Read-Hall (SRH) na corrente de desligamento, do tunelamento induzido por armadilhas (TAT) para baixos valores de tensões de porta (0,5V > VGS > 1,5V) e do tunelamento direto de banda para banda (BTBT) para maiores valores tensões de porta (VGS > 1,5V). A predominância de cada um desses mecanismos de transporte foi posteriormente comprovada com a utilização do método de Arrhenius, sendo este método adotado em todas as análises do trabalho. O comportamento relativamente constante da corrente dos NW-TFETs com a temperatura na região de BTBT tem chamado a atenção e por isso foi realizado o estudo dos parâmetros analógicos em função da temperatura. Este estudo foi realizado comparando a influência dos diferentes materiais de fonte. O uso de Ge na fonte, permitiu a melhora na corrente de tunelamento, devido à sua menor banda proibida, aumentando a corrente de funcionamento (ION) e a transcondutância do dispositivo. Porém, devido à forte dependência de BTBT com o campo elétrico, o uso de Ge na fonte resulta em uma maior degradação da condutância de saída. Entretanto, a redução da espessura de HfO2 no dielétrico de porta resultou no melhor acoplamento eletrostático, também aumentando a corrente de tunelamento, fazendo com que o dispositivo com fonte Ge e menor HfO2 apresentasse melhores resultados analógicos quando comparado ao puramente de Si. O uso de diferentes materiais durante o processo de fabricação induz ao aumento de defeitos nas interfaces do dispositivo. Ao longo deste trabalho foi realizado o estudo da influência da densidade de armadilhas de interface na corrente do dispositivo, demonstrando uma relação direta com o TAT e a formação de uma região de platô nas curvas de IDS x VGS, além de uma forte dependência com a temperatura, aumentando a degradação da corrente para temperaturas mais altas. Além disso, o uso de Ge introduziu maior número de impurezas no óxido, e através do estudo de ruído foi observado que o aumento na densidade de armadilhas no óxido resultou no aumento do ruído flicker em baixa frequência, que para o TFET, ocorre devido ao armadilhamento e desarmadilhamento de elétrons na região do óxido. E mais uma vez, o melhor acoplamento eletrostático devido a redução da espessura de HfO2, resultou na redução desse ruído tornando-se melhor quando comparado à um TFET puramente de Si. Neste trabalho foi proposto um modelo de ruído em baixa frequência para o NW-TFET baseado no modelo para MOSFET. Foram realizadas apenas algumas modificações, e assim, obtendo uma boa concordância com os resultados experimentais na região onde o BTBT é o mecanismo de condução predominante.

Análise genética com Y-SNPs de subgrupos populacionais residentes no Sul de Portugal

Tese de mestrado, Medicina Legal e Ciências Forenses, Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina, 2016

Otimização do controle do diagrama de radiação de radares de varredura para rastreio de foguetes usando o método GAMMC para o Caso Planar (GAMMC-P)

Launching centers are designed for scientific and commercial activities with aerospace vehicles. Rockets Tracking Systems (RTS) are part of the infrastructure of these centers and they are responsible for collecting and processing the data trajectory of vehicles. Generally, Parabolic Reflector Radars (PRRs) are used in RTS. However, it is possible to use radars with antenna arrays, or Phased Arrays (PAs), so called Phased Arrays Radars (PARs). Thus, the excitation signal of each radiating element of the array can be adjusted to perform electronic control of the radiation pattern in order to improve functionality and maintenance of the system. Therefore, in the implementation and reuse projects of PARs, modeling is subject to various combinations of excitation signals, producing a complex optimization problem due to the large number of available solutions. In this case, it is possible to use offline optimization methods, such as Genetic Algorithms (GAs), to calculate the problem solutions, which are stored for online applications. Hence, the Genetic Algorithm with Maximum-Minimum Crossover (GAMMC) optimization method was used to develop the GAMMC-P algorithm that optimizes the modeling step of radiation pattern control from planar PAs. Compared with a conventional crossover GA, the GAMMC has a different approach from the conventional one, because it performs the crossover of the fittest individuals with the least fit individuals in order to enhance the genetic diversity. Thus, the GAMMC prevents premature convergence, increases population fitness and reduces the processing time. Therefore, the GAMMC-P uses a reconfigurable algorithm with multiple objectives, different coding and genetic operator MMC. The test results show that GAMMC-P reached the proposed requirements for different operating conditions of a planar RAV.

O eterno retorno como paródia e como colagem na filosofia da diferença de Gilles Deleuze

Gilles Deleuze hás commented on many philosophers, but his relationship with Nietzsche plays a singular role in his thought: appropriating the concept of the “eternal return” to think the central axis of his thesis, Difference and repetition (1968). Terms “difference” and “repetition” appeared associated to eternal return in his Nietzsche and philosophy (1962). Our dissertation thesis analyzes the presentations of that concept in bothworks. Chapter one presents the style construction and critical, methodological aspects of Nietzschean philosophy, fundamental elements to understand Deleuze’s interpretation. It subsequently analyzes the first presentation of that concept, expressed in the following terms: the aesthetic existence, either innocent or justified from the figure of game. We will see how the image of game implies another concept of chance, that leads Deleuze to think of an affirmative philosophical “type”, capable of creating new values. Chapter two evaluates the existential, “ethical-selective”, “physicalcosmological” character of the concept of eternal return, as much as the difficulties it imposes upon Nietzsche’s interpreter. We present afterwards Deleuzian comprehension of eternal return as a “parody” or a “simulacrum of doctrine”. Chapter three analyzes that interpretive position as a transvaluation of values from a rearrange of perspectives in order to overcome the negative comprehensions of existence. We want to question the way Deleuze builds another image of thought from the concept of eternal return – an image that, by a sort of “colagem” and selective elimination of the negativity, proposes a historiographic work and unfolds a lineage of thinkers of immanence and difference, a detour from the thought of identity, the same and the similar. We want thus to understand Deleuze’s critique of “dogmatic image of thought”.

O eterno retorno como paródia e como colagem na filosofia da diferença de Gilles Deleuze

Gilles Deleuze hás commented on many philosophers, but his relationship with Nietzsche plays a singular role in his thought: appropriating the concept of the “eternal return” to think the central axis of his thesis, Difference and repetition (1968). Terms “difference” and “repetition” appeared associated to eternal return in his Nietzsche and philosophy (1962). Our dissertation thesis analyzes the presentations of that concept in bothworks. Chapter one presents the style construction and critical, methodological aspects of Nietzschean philosophy, fundamental elements to understand Deleuze’s interpretation. It subsequently analyzes the first presentation of that concept, expressed in the following terms: the aesthetic existence, either innocent or justified from the figure of game. We will see how the image of game implies another concept of chance, that leads Deleuze to think of an affirmative philosophical “type”, capable of creating new values. Chapter two evaluates the existential, “ethical-selective”, “physicalcosmological” character of the concept of eternal return, as much as the difficulties it imposes upon Nietzsche’s interpreter. We present afterwards Deleuzian comprehension of eternal return as a “parody” or a “simulacrum of doctrine”. Chapter three analyzes that interpretive position as a transvaluation of values from a rearrange of perspectives in order to overcome the negative comprehensions of existence. We want to question the way Deleuze builds another image of thought from the concept of eternal return – an image that, by a sort of “colagem” and selective elimination of the negativity, proposes a historiographic work and unfolds a lineage of thinkers of immanence and difference, a detour from the thought of identity, the same and the similar. We want thus to understand Deleuze’s critique of “dogmatic image of thought”.