Grammatica graeca, 1763

Bound volume containing a handwritten Greek grammar compiled by Joseph Drury beginning in 1763. The last sixteen pages contain a historical poem beginning, “Mason might once assert a Poets Claim. / But he must needs write.” The poem contains references to the “Great Patriot P—,“ the Roman conquest of Gall, Caeser, Versailles, and includes the verses, “How the King doth all his Cooks excel / Besides he longs to kiss his P / Saving your presence Louis keeps a whore.”

Sermons : manuscript, 1709-1722

64 sermons on verses from John, Proverbs, Revelations, Matthew, and other books of the Bible, with notation of dates and places delivered in and around Boston.

The invention of letters annotated by Charles Pinckney Sumner, ca. 1795-1796

Interleaved second-edition copy of Robert Treat Paine's poem "The Invention of Letters" with handwritten excerpts of 18th century poetry copied by Charles Pinckney Sumner. The excerpts appear to be verses alluded to, or emulated, by Paine in the poem. For example, Paine's verse includes "Beneath the shade, which Freedom's oak displays" and Sumner on the opposite page quoted Alexander Pope's poetry, "Beneath the shade a spreading beech displays." The excerpts include poetry by Alexander Pope, James Thompson, Robert Dodsley, William Falconer, William Hayley, Samuel Rogers, Richard Brinsley Sheridan, Thomas Gray, and John Denham.

Şerh-i Kaside-yi Bürde : manuscript, 1627

Translation and commentary on el-Būṣīrī's "Qaṣīdat Burda". Commentator first provides the verse in Arabic followed by a literal translation into Turkish and commentary.

El-cildü's-sânī min Şerhi'l-Mesnevî / lil-Şem'î : manuscript, 1616

A Turkish commentary on "Mas̲navī maʻnavī" of Jalāladdīn Rūmī commissioned by Sultan Murad III (982-1003 AH /1574-95 AD).

Zeylü's-Siyer : manuscript, 1698

Continuation of Veysî's Dürretü't-tâc fi sîreti sâhibi'l-mi'râc: first biography of the Prophet Muḥammad divided into sections on Mecca and Medina.

İbret-nâme : manuscript, 1572

A work in two parts on legendary accounts of holy persons and stories with moral significance.

[ Book of predictions] : manuscript, 1785-1812

Book of yearly predictions about the sultan, his family, ministers, grand mufti, etc. Records for years 1199-1227 AH [1785-1812 AD]. Year run from nevrūz to nevrūz (beginning of spring). Predictions concern political affairs and state of health of various individuals. Predictions about weather conditions and the eclipses also included. Separate section at end of each year's entry breaks down predictions into months. Manuscript apparently the author's working copy and probably the sole copy.

Ahlâk-ı alâ'î : manuscript, undated

A work on morals, completed on 25 Safer 973 AH [21 Sept. 1565 AD], while the author was serving as judge in Damascus. First section is on personnal morals, second on family morals and third on political morals and art of governance.

Mevâhibü'l-hallâk fî merâtibi'l-ahlâk : manuscript, undated

Work on ethics accompanied by exemplary anecdotes from Islamic history.

Hall-i ebyat-ı müşkilat-ı Celaleddin Rumî / li'ş-Şeyh el-ârif billah Seyyid Emir Buharî : manuscript, [1827]

Commentary on Persian verses composed by Jalāladdīn Rūmī and translation of and commentary on a Greek poem by Rūmī.

Sat:veṇī [niñḍhī] : manuscript, 1890?

Foreign wove paper; watermark: made in Belgium for Nuzzurally Heptoolabhoy, Bombay.

Particulars of the trial and execution of George Partridge, aged 21: who was executed at Bury-St.-Edmund's, on Monday last, for the wilful murder of George Ansell, aged 9 years, within a few miles of Polstead, the late scene of Maria Martin's murder. Also, the prisoner's confession

Date of imprint from execution date, April 13, 1829 -- Capital Punishment UK site via WWW, viewed December 14, 2007.

Children's Postures While Playing at Computer Workstations

There has been a significant increase in the incidence of musculoskeletal disorders (MSD) and the costs associated with these are predicted to increase as the popularity of computer use increases at home, school and work. Risk factors have been identified in the adult population but little is known about the risk factors for children and youth. Research has demonstrated that they are not immune to this risk and that they are self reporting the same pain as adults. The purpose of the study was to examine children’s postures while working at computer workstations under two conditions. One was at an ergonomically adjusted children’s workstation while the second was at an average adult workstation. A Polhemus Fastrak™ system was used to record the children’s postures and joint and segment angles were quantified. Results of the study showed that children reported more discomfort and effort at the adult workstation. Segment and joint angles showed significant differences through the upper limb at the adult workstation. Of significance was the strategy of shoulder abduction and flexion that the children used in order to place their hand on the mouse. Ulnar deviation was also greater at the adult workstation as was neck extension. All of these factors have been identified in the literature as increasing the risk for injury. A comparison of the children’s posture while playing at the children’s workstation verses the adult workstation, showed that the postural angles assumed by the children at an adult workstation exceeded the Occupational Safety and Health Association (OSHA) recommendations. Further investigation is needed to increase our knowledge of MSD in children as their potential for long term damage has yet to be determined.

Desempenho comparativo do BLAST e do mpiBLAST

Em Bioinformática são frequentes problemas cujo tratamento necessita de considerável poder de processamento/cálculo e/ou grande capacidade de armazenamento de dados e elevada largura de banda no acesso aos mesmos (de forma não comprometer a eficiência do seu processamento). Um exemplo deste tipo de problemas é a busca de regiões de similaridade em sequências de amino-ácidos de proteínas, ou em sequências de nucleótidos de DNA, por comparação com uma dada sequência fornecida (query sequence). Neste âmbito, a ferramenta computacional porventura mais conhecida e usada é o BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) [1]. Donde, qualquer incremento no desempenho desta ferramenta tem impacto considerável (desde logo positivo) na atividade de quem a utiliza regularmente (seja para investigação, seja para fins comerciais). Precisamente, desde que o BLAST foi inicialmente introduzido, foram surgindo diversas versões, com desempenho melhorado, nomeadamente através da aplicação de técnicas de paralelização às várias fases do algoritmo (e. g., partição e distribuição das bases de dados a pesquisar, segmentação das queries, etc. ), capazes de tirar partido de diferentes ambientes computacionais de execução paralela, como: máquinas multi-core (BLAST+ 2), clusters de nós multi-core (mpiBLAST3J e, mais recentemente, co-processadores aceleradores como GPUs" ou FPGAs. É também possível usar as ferramentas da família BLAST através de um interface/sítio WEB5, que permite, de forma expedita, a pesquisa de uma variedade de bases de dados conhecidas (e em permanente atualização), com tempos de resposta suficientemente pequenos para a maioria dos utilizadores, graças aos recursos computacionais de elevado desempenho que sustentam o seu backend. Ainda assim, esta forma de utilização do BLAST poderá não ser a melhor opção em algumas situações, como por exemplo quando as bases de dados a pesquisar ainda não são de domínio público, ou, sendo-o, não estão disponíveis no referido sitio WEB. Adicionalmente, a utilização do referido sitio como ferramenta de trabalho regular pressupõe a sua disponibilidade permanente (dependente de terceiros) e uma largura de banda de qualidade suficiente, do lado do cliente, para uma interacção eficiente com o mesmo. Por estas razões, poderá ter interesse (ou ser mesmo necessário) implantar uma infra-estrutura BLAST local, capaz de albergar as bases de dados pertinentes e de suportar a sua pesquisa da forma mais eficiente possível, tudo isto levando em conta eventuais constrangimentos financeiros que limitam o tipo de hardware usado na implementação dessa infra-estrutura. Neste contexto, foi realizado um estudo comparativo de diversas versões do BLAST, numa infra-estrutura de computação paralela do IPB, baseada em componentes commodity: um cluster de 8 nós (virtuais, sob VMWare ESXi) de computação (com CPU Í7-4790K 4GHz, 32GB RAM e 128GB SSD) e um nó dotado de uma GPU (CPU Í7-2600 3.8GHz, 32GB RAM, 128 GB SSD, 1 TB HD, NVIDIA GTX 580). Assim, o foco principal incidiu na avaliação do desempenho do BLAST original e do mpiBLAST, dado que são fornecidos de base na distribuição Linux em que assenta o cluster [6]. Complementarmente, avaliou-se também o BLAST+ e o gpuBLAST no nó dotado de GPU. A avaliação contemplou diversas configurações de recursos, incluindo diferentes números de nós utilizados e diferentes plataformas de armazenamento das bases de dados (HD, SSD, NFS). As bases de dados pesquisadas correspondem a um subconjunto representativo das disponíveis no sitio WEB do BLAST, cobrindo uma variedade de dimensões (desde algumas dezenas de MBytes, até à centena de GBytes) e contendo quer sequências de amino-ácidos (env_nr e nr), quer de nucleótidos (drosohp. nt, env_nt, mito. nt, nt e patnt). Para as pesquisas foram 'usadas sequências arbitrárias de 568 letras em formato FASTA, e adoptadas as opções por omissão dos vários aplicativos BLAST. Salvo menção em contrário, os tempos de execução considerados nas comparações e no cálculo de speedups são relativos à primeira execução de uma pesquisa, não sendo assim beneficiados por qualquer efeito de cache; esta opção assume um cenário real em que não é habitual que uma mesma query seja executada várias vezes seguidas (embora possa ser re-executada, mais tarde). As principais conclusões do estudo comparativo realizado foram as seguintes: - e necessário acautelar, à priori, recursos de armazenamento com capacidade suficiente para albergar as bases de dados nas suas várias versões (originais/compactadas, descompactadas e formatadas); no nosso cenário de teste a coexistência de todas estas versões consumiu 600GBytes; - o tempo de preparação (formataçâo) das bases de dados para posterior pesquisa pode ser considerável; no nosso cenário experimental, a formatação das bases de dados mais pesadas (nr, env_nt e nt) demorou entre 30m a 40m (para o BLAST), e entre 45m a 55m (para o mpiBLAST); - embora economicamente mais onerosos, a utilização de discos de estado sólido, em alternativa a discos rígidos tradicionais, permite melhorar o tempo da formatação das bases de dados; no entanto, os benefícios registados (à volta de 9%) ficam bastante aquém do inicialmente esperado; - o tempo de execução do BLAST é fortemente penalizado quando as bases de dados são acedidas através da rede, via NFS; neste caso, nem sequer compensa usar vários cores; quando as bases de dados são locais e estão em SSD, o tempo de execução melhora bastante, em especial com a utilização de vários cores; neste caso, com 4 cores, o speedup chega a atingir 3.5 (sendo o ideal 4) para a pesquisa de BDs de proteínas, mas não passa de 1.8 para a pesquisa de BDs de nucleótidos; - o tempo de execução do mpiBLAST é muito prejudicado quando os fragmentos das bases de dados ainda não se encontram nos nós do cluster, tendo que ser distribuídos previamente à pesquisa propriamente dita; após a distribuição, a repetição das mesmas queries beneficia de speedups de 14 a 70; porém, como a mesma base de dados poderá ser usada para responder a diferentes queries, então não é necessário repetir a mesma query para amortizar o esforço de distribuição; - no cenário de teste, a utilização do mpiBLAST com 32+2 cores, face ao BLAST com 4 cores, traduz-se em speedups que, conforme a base de dados pesquisada (e previamente distribuída), variam entre 2 a 5, valores aquém do máximo teórico de 6.5 (34/4), mas ainda assim demonstradores de que, havendo essa possibilidade, compensa realizar as pesquisas em cluster; explorar vários cores) e com o gpuBLAST, realizada no nó com GPU (representativo de uma workstation típica), permite aferir qual a melhor opção no caso de não serem possíveis pesquisas em cluster; as observações realizadas indicam que não há diferenças significativas entre o BLAST e o BLAST+; adicionalmente, o desempenho do gpuBLAST foi sempre pior (aproximadmente em 50%) que o do BLAST e BLAST+, o que pode encontrar explicação na longevidade do modelo da GPU usada; - finalmente, a comparação da melhor opção no nosso cenário de teste, representada pelo uso do mpiBLAST, com o recurso a pesquisa online, no site do BLAST5, revela que o mpiBLAST apresenta um desempenho bastante competitivo com o BLAST online, chegando a ser claramente superior se se considerarem os tempos do mpiBLAST tirando partido de efeitos de cache; esta assunção acaba por se justa, Já que BLAST online também rentabiliza o mesmo tipo de efeitos; no entanto, com tempos de pequisa tão reduzidos (< 30s), só é defensável a utilização do mpiBLAST numa infra-estrutura local se o objetivo for a pesquisa de Bds não pesquisáveis via BLAS+ online.