Enlarging a training set for genomic selction by imputation of un-genotyped animals in populations of varying genetic architecture

Background: The most common application of imputation is to infer genotypes of a high-density panel of markers on animals that are genotyped for a low-density panel. However, the increase in accuracy of genomic predictions resulting from an increase in the number of markers tends to reach a plateau beyond a certain density. Another application of imputation is to increase the size of the training set with un-genotyped animals. This strategy can be particularly successful when a set of closely related individuals are genotyped. ----- Methods: Imputation on completely un-genotyped dams was performed using known genotypes from the sire of each dam, one offspring and the offspring’s sire. Two methods were applied based on either allele or haplotype frequencies to infer genotypes at ambiguous loci. Results of these methods and of two available software packages were compared. Quality of imputation under different population structures was assessed. The impact of using imputed dams to enlarge training sets on the accuracy of genomic predictions was evaluated for different populations, heritabilities and sizes of training sets. ----- Results: Imputation accuracy ranged from 0.52 to 0.93 depending on the population structure and the method used. The method that used allele frequencies performed better than the method based on haplotype frequencies. Accuracy of imputation was higher for populations with higher levels of linkage disequilibrium and with larger proportions of markers with more extreme allele frequencies. Inclusion of imputed dams in the training set increased the accuracy of genomic predictions. Gains in accuracy ranged from close to zero to 37.14%, depending on the simulated scenario. Generally, the larger the accuracy already obtained with the genotyped training set, the lower the increase in accuracy achieved by adding imputed dams. ----- Conclusions: Whenever a reference population resembling the family configuration considered here is available, imputation can be used to achieve an extra increase in accuracy of genomic predictions by enlarging the training set with completely un-genotyped dams. This strategy was shown to be particularly useful for populations with lower levels of linkage disequilibrium, for genomic selection on traits with low heritability, and for species or breeds for which the size of the reference population is limited.

Caimanes and the Water - Infinite Legal Struggles about a Finite Good

This report is intended to shed more light on the ongoing water struggle in Caimanes, a small urban area in the central northern area of Chile, neighbouring Latin America’s biggest tailings dam. Undoubtedly, the water in Caimanes is running out and the conflict between the opponents of the dam and its owner, a multinational copper enterprise, is getting more and more attention by the national and also international media. In the discussion a judgment of the Chilean Supreme Court from last October plays a central role, because it is said to have granted the people from Caimanes their right to water. After a short introduction with some details about Camaines and the tailings from the dam El Mauro, the key points of this judgment shall be outlined. The final part of the report is dedicated to various institutional problems of the Chilean resources law and policy that can become virulent for the water supply and the environmental well-being of many other urban areas in the industrialized north of Chile.

River ecosystems at risk

Worldwide water managers are increasingly challenged to allocate sufficient and affordable water supplies to different water use sectors without further degrading river ecosystems and their valuable services to mankind. Since 1950 human population almost tripled, water abstractions increased by a factor of four, and the number of large dam constructions is about eight times higher today. From a hydrological perspective, the alteration of river flows (temporally and spatially) is one of the main consequences of global change and further impairments can be expected given growing population pressure and projected climate change. Implications have been addressed in numerous hydrological studies, but with a clear focus on human water demands. Ecological water requirements have often been neglected or addressed in a very simplistic manner, particularly from the large-scale perspective. With his PhD thesis, Christof Schneider took up the challenge to assess direct (dam operation and water abstraction) and indirect (climate change) impacts of human activities on river flow regimes and evaluate the consequences for river ecosystems by using a modeling approach. The global hydrology model WaterGAP3 (developed at CESR) was applied and further developed within this thesis to carry out several model experiments and assess anthropogenic river flow regime modifications and their effects on river ecosystems. To address the complexity of ecological water requirements the assessment is based on three main ideas: (i) the natural flow paradigm, (ii) the perception that different flows have different ecological functions, and (iii) the flood pulse concept. The thesis shows that WaterGAP3 performs well in representing ecologically relevant flow characteristics on a daily time step, and therefore justifies its application within this research field. For the first time a methodology was established to estimate bankfull flow on a 5 by 5 arc minute grid cell raster globally, which is a key parameter in eFlow assessments as it marks the point where rivers hydraulically connect to adjacent floodplains. Management of dams and water consumption pose a risk to floodplains and riparian wetlands as flood volumes are significantly reduced. The thesis highlights that almost one-third of 93 selected Ramsar sites are seriously affected by modified inundation patterns today, and in the future, inundation patterns are very likely to be further impaired as a result of new major dam initiatives and climate change. Global warming has been identified as a major threat to river flow regimes as rising temperatures, declining snow cover, changing precipitation patterns and increasing climate variability are expected to seriously modify river flow regimes in the future. Flow regimes in all climate zones will be affected, in particular the polar zone (Northern Scandinavia) with higher river flows during the year and higher flood peaks in spring. On the other side, river flows in the Mediterranean are likely to be even more intermittent in the future because of strong reductions in mean summer precipitation as well as a decrease in winter precipitation, leading to an increasing number of zero flow events creating isolated pools along the river and transitions from lotic to lentic waters. As a result, strong impacts on river ecosystem integrity can be expected. Already today, large amounts of water are withdrawn in this region for agricultural irrigation and climate change is likely to exacerbate the current situation of water shortages.

La Participació dels i de les estudiants en l'organització de la 2a edició de la Fira de la Ciència: una reflexió centrada en la tutorització i el voluntariat

Aquesta comunicació té com a objectiu exposar una experiència docent innovadora en els estudis de mestre de la Universitat de Girona basada en la participació dels estudiants en el disseny, realització i avaluació de tallers de ciència per a nens i nenes d’Infantil i Primària en el marc del projecte d'educació científica 'Pol·len', concretament en la 2a edició de la Fira de la Ciència. Aquesta experiència es basa per una banda en el treball pràctic inclòs dins de dues assignatures dels estudis de mestre en educació infantil i d'educació primària. Per altra banda, una part essencial de l'experiència rau en la col·laboració voluntària d'estudiants de 2n i 3r curs dels estudis de mestre en educació infantil, desenvolupant tasques molt diverses durant tot el curs acadèmic i més específicament i de manera concreta en la Fira de la Ciència. L’objectiu principal de la innovació docent i del programa de voluntariat que es presenten és doble, per una banda es volen potenciar algunes competències que creiem indispensables pels futurs mestres (autogestió de l’aprenentatge, treball en equip i competència científica) i per altra banda es pretén enfortir el lligam entre la Universitat i la comunitat educativa de les etapes d’educació infantil i primària, creant espais comuns d’intercanvi i treball col·laboratiu. La descripció i la reflexió que segueixen a continuació es centren en el primer objectiu de l’experiència. Concretament, l’anàlisi realitzat posa l’èmfasi en l’acció tutorial i en l'autogestió dels estudiants i es realitza des dels dos punts de vista implicats de manera prioritària: el del professorat i el de l'estudiantat. Per aquesta raó, s’han utilitzat diferents instruments per recollir les dades que són objecte d’anàlisi i també volem destacar que entre els autors de la comunicació, a més a més del professor i professores implicades en la innovació, també ha participat de manera molt activa un estudiant del grup de voluntaris de 2n curs d’educació infantil

Comentaris a la intervenció del professor Ken Bain: S'aprèn res estudiant a la universitat? = Comentarios a la intervención del profesor Ken Bain: Se aprende algo estudiando en la universidad? = Comments on professor Ken Bain's lecutre: Do we learn anything at university?

Comentaris a la videoconferència de Kenneth Bain sobre l'aprenentatge universitari

Habilidades matem??ticas y funcionamiento ejecutivo de ni??os con trastorno por d??ficit

Resumen tomado de la publicaci??n

Consell d'Estudiants, un òrgan per als estudiants

Breu repàs de la situació del Consell d'Estudiants, a l'espera dels resultats de les passades eleccions

La construcción de sentido del inicio de un cambio estratégico en las organizaciones: el caso de la Universidad del Rosario

A través de un caso de estudio se explora cómo la construcción de sentido de un grupo de directivos, bajo una misma inspiración, generó el inicio de un cambio estratégico en una prestigiosa y reconocida universidad colombiana, la Universidad del Rosario. Una institución que en un momento determinado notó que estaba siendo percibida dentro del sector de la educación superior como pequeña, estática en el avance de algunas disciplinas del conocimiento y conservadora; en otras palabras, que estaba perdiendo el reconocimiento que usualmente la había acompañado. A través del estudio de este caso se utilizó la técnica de análisis de discurso para comprender la construcción de sentido del inicio de un cambio estratégico en las organizaciones. Esta técnica permitió analizar la información cualitativa derivada de las entrevistas que se realizaron en profundidad a la cúpula de directivos de la institución y a algunos destacados representantes del sector de la Educación Superior en Colombia. Los resultados sugieren que se hicieron presentes, efectivamente, algunas condiciones específicas que marcaron el inicio de un cambio estratégico en la institución y un viraje en su identidad e imagen. Hechos que se sustentaron en los miembros de un equipo que procuró interpretar y comprender los cambios existentes en el entorno global y local, y asimilar, igualmente, algunos destacados retos que se planteaban por aquella época, al interior de la propia Universidad

Análisis del Dilema de Seguridad entre Estados Unidos y la Federación Rusa a partir del control de la carrera armamentista. Periodo: 1991 - 2010

La aparición de las armas nucleares hacia los años ’40 ha cambiado la forma en que ciertos Estados desarrollan sus relaciones bilaterales en materia de seguridad, debido a que la obtención de estas garantiza capacidad militar que no se tiene con las armas de carácter convencional. Tanto Estados Unidos como la Unión Soviética procuraron la producción de las armas nucleares a gran escala, lo cual conllevó a la consolidación de una carrera armamentista entre ambos que fue regulada por tratados bilaterales: esta situación generó un Dilema de Seguridad entre ambos Estados. Con la disolución de la Unión Soviética y el surgimiento de la Federación Rusa en el inicio de la década del ’90, el Sistema Internacional que se había configurado durante la Guerra Fría se alteró debido a que, si bien se había acabado el conflicto que existía en el periodo bipolar, aún existían las armas nucleares con las que se garantizaba la continuación del Dilema de Seguridad que había surgido en los años anteriores. Con la presente monografía pretende analizar el Dilema de Seguridad durante el periodo comprendido entre 1991 y 2010 entre Estados Unidos y la Federación Rusa.

Data-Driven Text Generation using Neural Networks & Provenance is Complicated and Boring — Is there a solution?

Title: Data-Driven Text Generation using Neural Networks Speaker: Pavlos Vougiouklis, University of Southampton Abstract: Recent work on neural networks shows their great potential at tackling a wide variety of Natural Language Processing (NLP) tasks. This talk will focus on the Natural Language Generation (NLG) problem and, more specifically, on the extend to which neural network language models could be employed for context-sensitive and data-driven text generation. In addition, a neural network architecture for response generation in social media along with the training methods that enable it to capture contextual information and effectively participate in public conversations will be discussed. Speaker Bio: Pavlos Vougiouklis obtained his 5-year Diploma in Electrical and Computer Engineering from the Aristotle University of Thessaloniki in 2013. He was awarded an MSc degree in Software Engineering from the University of Southampton in 2014. In 2015, he joined the Web and Internet Science (WAIS) research group of the University of Southampton and he is currently working towards the acquisition of his PhD degree in the field of Neural Network Approaches for Natural Language Processing. Title: Provenance is Complicated and Boring — Is there a solution? Speaker: Darren Richardson, University of Southampton Abstract: Paper trails, auditing, and accountability — arguably not the sexiest terms in computer science. But then you discover that you've possibly been eating horse-meat, and the importance of provenance becomes almost palpable. Having accepted that we should be creating provenance-enabled systems, the challenge of then communicating that provenance to casual users is not trivial: users should not have to have a detailed working knowledge of your system, and they certainly shouldn't be expected to understand the data model. So how, then, do you give users an insight into the provenance, without having to build a bespoke system for each and every different provenance installation? Speaker Bio: Darren is a final year Computer Science PhD student. He completed his undergraduate degree in Electronic Engineering at Southampton in 2012.

Functional studies of the deubiquitinating enzymes USP19, USP4 and UCH-L1

El marcaje de proteínas con ubiquitina, conocido como ubiquitinación, cumple diferentes funciones que incluyen la regulación de varios procesos celulares, tales como: la degradación de proteínas por medio del proteosoma, la reparación del ADN, la señalización mediada por receptores de membrana, y la endocitosis, entre otras (1). Las moléculas de ubiquitina pueden ser removidas de sus sustratos gracias a la acción de un gran grupo de proteasas, llamadas enzimas deubiquitinizantes (DUBs) (2). Las DUBs son esenciales para la manutención de la homeostasis de la ubiquitina y para la regulación del estado de ubiquitinación de diferentes sustratos. El gran número y la diversidad de DUBs descritas refleja tanto su especificidad como su utilización para regular un amplio espectro de sustratos y vías celulares. Aunque muchas DUBs han sido estudiadas a profundidad, actualmente se desconocen los sustratos y las funciones biológicas de la mayoría de ellas. En este trabajo se investigaron las funciones de las DUBs: USP19, USP4 y UCH-L1. Utilizando varias técnicas de biología molecular y celular se encontró que: i) USP19 es regulada por las ubiquitin ligasas SIAH1 y SIAH2 ii) USP19 es importante para regular HIF-1α, un factor de transcripción clave en la respuesta celular a hipoxia, iii) USP4 interactúa con el proteosoma, iv) La quimera mCherry-UCH-L1 reproduce parcialmente los fenotipos que nuestro grupo ha descrito previamente al usar otros constructos de la misma enzima, y v) UCH-L1 promueve la internalización de la bacteria Yersinia pseudotuberculosis.

La gestión del agua: el desafío chino. Iniciativas medio ambientales chinas y el manejo del río Mekong. Periodo de estudio: 1980 - 2010

El propósito de la presente investigación es evaluar la incidencia regional de las iniciativas chinas a favor de la gestión del agua del Río Mekong como elementos que contribuyen en la construcción de la percepción favorable para el gigante asiático. Producto del conjunto de reformas aplicadas desde 1978, China fue objeto de un crecimiento económico exponencial que algunos académicos denominan milagroso; sin embargo, dicho proceso involucró un impacto negativo sobre el medio ambiente y en particular sobre el agua del Estado. El deterioro ambiental chino implicó, por un lado, el desarrollo de medidas internas que pretenden reversar los efectos descritos en el marco de las diferentes cumbres mundiales sobre medio ambiente y por otro, la participación en iniciativas de carácter subregional que denotan cierto grado de pro-actividad del gigante asiático en materia ambiental.

Utilidad de la relación estratégica comunitaria y el marketing en las empresas del sector agrícola

Los conceptos relacionados con el término comunidad y las relaciones estratégicas comunitarias en el sector agrícola son abordados en este documento. El énfasis que se hace es respecto a la posible unión entre los objetivos de las agroindustrias y de las comunidades donde estas operan. Se propone que las diferentes estrategias comunitarias ya sean coalición, empoderamiento o liderazgo comunitario son implementadas por empresas del sector agrícola para asegurar tanto desarrollo comunitario como la perdurabilidad de la empresa. A través de un estudio descriptivo y tomando una empresa del sector como unidad de análisis se estudiaron las relaciones estratégicas comunitarias implementadas por dicha empresa buscando encontrar la utilidad de las estrategias y el marketing en el sector. Se encontró que la información referente al sector es insuficiente, sin embargo al evaluar la empresa seleccionada como unidad de análisis fue posible percibir como las estrategias de coalición, liderazgo comunitario y empoderamiento permiten no solo el desarrollo de la comunidad local sino que aseguran la permanencia de una empresa competitiva en el mercado. Las estrategias comunitarias lograron una vinculación de valores, cultura e historia entre la empresa y la comunidad que a su vez permitió la unión de intereses y la responsabilidad compartida para el logro de los mismos. Además, hubo una transformación positiva del entorno social donde desempeña las operaciones la empresa del sector agrícola.

La estrategia de liderazgo regional de la India a través de la cooperación sur-sur (2003-2012)

La presente investigación tiene como objetivo analizar en qué medida la estrategia de liderazgo regional de la India ha sido impulsada a través de los programas y proyectos de cooperación sur-sur ofrecidos por este país en el periodo de 2003-2012. De igual forma se pretende indagar sobre el papel histórico que ha jugado la India en el establecimiento y posterior evolución de esta nueva forma de cooperación que ha sido vista por la mayoría de los académicos como un complemento de la cooperación norte-sur, y que responde a una serie de intereses particulares. En este caso en particular, la cooperación sur-sur ha sido utilizada por India como una herramienta para incrementar sus capacidades de poder que le permitan consolidarse como líder regional.

Ablación cardiaca en niños y adolescentes: experiencia en la Fundación Cardioinfantil-IC años 2010 -2013

Introducción: Se ha demostrado que la técnica de radiofrecuencia en ablación cardiaca es altamente efectiva en el tratamiento de arritmias cardiacas en pediatría, además de tener un mínimo de complicaciones. En este estudio se exponen los resultados de este procedimiento en un grupo de pacientes pediátricos en la Fundación Cardioinfantil. Población y Métodos: Entre enero de 2010 y diciembre de 2013 se realizaron un total de 231 ablaciones cardiacas. Al aplicar criterios de inclusión y exclusión se obtienen 192 pacientes, de los cuales 58% eran de sexo masculino y 42% de sexo femenino, 43.2% pertenecían a un rango de edad entre 11-15 años. Resultados: La ablación fue exitosa en 185/192 pacientes (Tasa de éxito global 96.3%). Pérdidas durante el seguimiento al primer día 0%, tasa de éxito 100% con cero recurrencias. Control de los 30 días: pérdidas del 8.3%, tasa de éxito del 90.6% y dos recurrencias. Control de los 90 días se tuvieron pérdidas de 30.2%, tasa de éxito de 95.4% y seis recurrencias, finalmente a los 180 días con un porcentaje de pérdidas de 51.5% y siete recurrencias, la tasa de éxito es de 92.5%. En el seguimiento se encontraron 7 recurrencias, las cuales fueron llevadas a un segundo procedimiento que fue efectivo en 7/7 (100)%. No hubo complicaciones ni muertes. Conclusiones: Los resultados obtenidos no difieren de los resultados de estudios de ablación pediátrica en el mundo, definiéndose así como un procedimiento seguro y eficaz en la Fundación Cardioinfantil.