Using a NPWE model observer to assess suitable image quality for a digital mammography quality assurance programme.

A method of objectively determining imaging performance for a mammography quality assurance programme for digital systems was developed. The method is based on the assessment of the visibility of a spherical microcalcification of 0.2 mm using a quasi-ideal observer model. It requires the assessment of the spatial resolution (modulation transfer function) and the noise power spectra of the systems. The contrast is measured using a 0.2-mm thick Al sheet and Polymethylmethacrylate (PMMA) blocks. The minimal image quality was defined as that giving a target contrast-to-noise ratio (CNR) of 5.4. Several evaluations of this objective method for evaluating image quality in mammography quality assurance programmes have been considered on computed radiography (CR) and digital radiography (DR) mammography systems. The measurement gives a threshold CNR necessary to reach the minimum standard image quality required with regards to the visibility of a 0.2-mm microcalcification. This method may replace the CDMAM image evaluation and simplify the threshold contrast visibility test used in mammography quality.

Analyzing complexity in foreign language monologic oral production in a CLIL context

The study tested three analytic tools applied in SLA research (T-unit, AS-unit and Idea-unit) against FL learner monologic oral data. The objective was to analyse their effectiveness for the assessment of complexity of learners' academic production in English. The data were learners' individual productions gathered during the implementation of a CLIL teaching sequence on Natural Sciences in a Catalan state secondary school. The analysis showed that only AS-unit was easily applicable and highly effective in segmenting the data and taking complexity measures

Institucions polítiques de Catalunya : creació de materials docents en suport digital que fomentin la interacció amb l'estudiant a partir de la visualització de conceptes

Amb una plantilla, hem elaborat uns materials docents -l'objecte d'estudi dels quals és l’Estatut d'Autonomia de Catalunya de 2006, des d'una perspectiva jurídica -, que corresponen fonamentalment a l’assignatura “Institucions Polítiques de Catalunya” de 4rt. curs de la llicenciatura de Dret de la UAB. Els materials s’han penjat al web http://www.institucionspolitiques.com. L' objectiu de l’acció docent ha estat consolidar una eina interactiva, que fomenti la creativitat i el treball cooperatiu de l’estudiant, que permeti un rol més actiu del professorat, i finalment, es faciliti l’adaptació docent a l’espai europeu d’educació superior. L’experiència s'ha completat amb l’ús del mètode bimodal -campus virtual de la UAB -, amb visites a institucions públiques i amb l’assistència periòdica com a públic a programes de televisió de continguts relacionats amb la matèria. La plantilla per a desenvolupar els diversos temes del programa ha estat la següent: 1.- Redacció del tema; 2.- Visualització de conceptes: quadres sinòptics, esquemes, gràfics; 3.-Bibliografia bàsica. 4.-Legislació i jurisprudència. 5.-Text reproduït. 6.-Qüestions.7.-Temes per al debat. 8.-Test. 9.-Materials complementaris audiovisuals. 10.-Enllaços útils a la xarxa. L'experiència s’ha desenvolupat els dos darrers cursos acadèmics: 2006/07 i 2007/08, i ha girat entorn de l'elaboració i aplicació dels materials elaborats. Ha estat teòrica i pràctica a la vegada. S'ha prestat especial atenció a la feina de l'alumnat fora de l'aula, amb el conseqüent estudi previ i col·laboració en l’elaboració de materials. Cal destacar també que hem aconseguit augmentar la participació de l'alumnat a l’aula, i d'aquesta manera el rol del professor ha esdevingut més dinàmic. Els materials han permès un fàcil i ràpid accés dels estudiants, amb l’objectiu de gaudir d’unes sessions presencials més interactives, i s'ha connectat la Universitat amb la societat, a més de desenvolupar actituds cíviques o de consciència de país en una matèria tan sensible com és l'estudi del dret públic de Catalunya.

Statmedia 3 : activitats on-line individualitzades d'estadística i matemàtiques als ensenyaments de Ciències Experimentals i Socials

El projecte Statmedia 3 ha consolidat definitivament la proposta de les assignatures Bioestadística de Biologia, Anàlisi de dades de Ciències Ambientals i d’Estadística Matemàtica de la Diplomatura renovant una part del material creat amb Statmedia 2. S’han inclòs a més Matemàtiques d’Ambientals i Introducció a la Probabilitat del Grau d’Estadística. L’anterior MQD abastava només pràctiques mentre que aquest projecte permet una oferta diversa d’activitats individualitzades. La individualització consisteix en que cada estudiant rep una proposta de cas personalitzada amb dades diferents. Les activitats poden ser programades presencialment o no, però la clau de l’èxit de l’activitat és que l’alumne obtingui reconeixement del seu treball en l’avaluació continuada. La valoració que fan als alumnes de Statmedia és molt bo, i observem que es produeix una millora en els resultats acadèmics. Statmedia 3 ha implicat un important esforç en la vessant informàtica del projecte, la barreja de tecnologies que utilitzem son punteres: Ajax, servlets i applets Java... Hem posat a punt un assistent on-line per dissenyar documents i planificar activitats que facilita la tasca dels professors. La nostre participació en primera línea del procés de convergència a l’EEES ens ha permès anticipar alguns canvis, i s’ha traduït en que el claustre del Departament d’Estadística assumís que Statmedia és una metodologia essencial dels seus plans docents. El projecte continua en un quart projecte MQD consecutiu, on desplegarem la nova tecnologia implementada. L’objectiu principal serà dotar a les assignatures dels 7 graus on participa el departament d’activitats individualitzades en forma de casos pràctics, problemes i proves diverses. La col·lecció de material emmagatzemada en la nostra biblioteca, forjada després de quasi deu anys de treball continuat, juntament amb l’experiència acumulada de com utilitzar Statmedia de la forma més eficient han començat a ser explotades en els nous graus aquest mateix curs 2009-2010.

Sistema integral d’anàlisi i avaluació d’un format general d’assignatura específic dels estudis de les arts

En el període 2006-2008, l'equip investigador de l'Observatori sobre la Didàctica de les Arts (ODAS) s'ha concentrat en la innovació i la investigació en el camp de la didàctica aplicada als estudis universitaris de les arts. Des del punt de vista propi de la investigació-acció, la finalitat ha estat la de plantejar i explorar una revisió integral de l'organització del treball a peu d'aula que fos extensible a d'altres assignatures i matèries. Així, prenent com a eix l'aprenentatge dels estudiants, les accions escomeses es fonamentaren en sis premisses: integració —de sessions de treball i activitats d'aprenentatge—, diversitat —d'escenaris, recursos i materials didàctics—, equilibri —entre coneixements i habilitats específiques i transversals—, modularitat —de les parts constitutives de la innovació proposada—, aplicabilitat —a d'altres assignatures i matèries— i progressió en la seva posada en marxa. I sobre aquestes bases, hom va establir cinc línies de treball: l'organització del treball a l'aula i del treball guiat de l'estudiant en diferents tipus de sessions, l'organització del treball autònom de l'alumne des dels pressupòsits d'una avaluació continuada, la incorporació de les TIC com autèntics recursos d'ensenyament-aprenentatge, la col·laboració amb d'altres unitats de la Universitat de Barcelona que tinguessin entre els seus objectius l'impuls de l'aprenentatge, i el seguiment del procés d'implantació de la iniciativa didàctica i l'anàlisi regular dels seus resultats. Pel que fa a aquest darrer punt, en aquest primer període, hom ha prioritzat l'estudi de les dades quantitatives i quasi-quantitatives derivades del judici dels alumnes que participaren en la nova proposta didàctica. En conseqüència, la investigació va acomplir una primera funció diagnòstica de la innovació docent duta a terme, i es va enquadrar en la categoria dels estudis descriptius transversals a través d'enquestes amb mostres probabilístiques.

Bioinformática: identificar genes en una interfaz gráfica vía web para la comparación de genomas

Este trabajo desarrolla el proceso de diseño e implementación de una interfaz web que permite la exploración en detalle de las relaciones entre genomas completos. La interfaz permite la comparación simultánea de nueve genomas, representando en cada gráfica las relaciones entre cada par de genomas junto los genes identificados de cada uno de ellos. Es capaz de trabajar con genomas del dominio Eukaryota y se adapta a la capacidad de cómputo de la máquina cliente. La información representada son MUMs (Maximal Unique Matching, secuencia máxima y única encontrada en ambos genomas) y SuperMUMs (agrupación de MUMs mediante Approximate String Matching). Los datos son previamente calculados y accesibles desde un servidor web.

MR MAQ: algorisme de Read Mapping utilitzant la plataforma Hadoop

L’èxit del Projecte Genoma Humà (PGH) l’any 2000 va fer de la “medicina personalitzada” una realitat més propera. Els descobriments del PGH han simplificat les tècniques de seqüenciació de tal manera que actualment qualsevol persona pot aconseguir la seva seqüència d’ADN complerta. La tecnologia de Read Mapping destaca en aquest tipus de tècniques i es caracteritza per manegar una gran quantitat de dades. Hadoop, el framework d’Apache per aplicacions intensives de dades sota el paradigma Map Reduce, resulta un aliat perfecte per aquest tipus de tecnologia i ha sigut l’opció escollida per a realitzar aquest projecte. Durant tot el treball es realitza l’estudi, l’anàlisi i les experimentacions necessàries per aconseguir un Algorisme Genètic innovador que utilitzi tot el potencial de Hadoop.

The role of basalt replenishment in the generation of basaltic andesites of the ongoing activity at Arenal volcano, Costa Rica: evidence from clinopyroxene and spinel

The bulk composition of magma erupted from Volcan Arenal has remained nearly constant (SiO2 = 53.6-54.9 wt%; MgO = 5.0-4.5 wt%) during almost 30 years of continuous activity (1969-1996). None the less, clinopyroxene (cpx) phenocrysts and their spinel inclusions record a much more complex open-system evolution in which steady-state production of the erupted basaltic andesitic magma is linked to episodic injections of basalt into Arenal's magma conduit/reservoir system. High-resolution major element zoning profiles (electron microprobe) on a large number of phenocrysts (>14,000 analyses), tied to back-scattered electron (BSE) images, have been used to assess the compositional characteristics of the magmatic end members as well as the timing and dynamics of magma replenishment events. No two cpx phenocrysts have exactly the same zoning profile. The vast majority of our analyses record the crystallization of cpx (Cr2O3 < 0.12 wt%; Mg# = 65-79; Al/Ti = 2-7) from a liquid comparable to or more evolved than erupted magma compositions. However, half of all cpx grains are cored by high-Cr cpx (Cr2O3 = 0.2-0.72 wt%) or contain similar basaltic compositions as abrupt growth bands in phenocrysts with and without high-Cr cores; phenocrysts with high-Cr cpx occur throughout the ongoing activity. In a few cases, high-Cr cpx occurs very near the outer margin of the grain without an apparent growth hiatus, particularly in 1968/69 and 1992/93. The main conclusions are: (1) all basaltic andesitic lavas erupted at Arenal during the ongoing activity that began in July, 1968, are the products of magma mixing, (2) clinopyroxenes record multiple replenishment events of basaltic magma in contrast to the near constancy of erupted bulk compositions, (3) some phenocrysts preserve records of multiple interactions with basaltic magmas requiring magmatic processes to operate on time-scales shorter than residence times of some phenocrysts, (4) multiple occurrences of clinopyroxene with high-Cr rims suggest that basalt replenishment events have occurred with sub-decadal frequency and may predate eruption by months or less. From this we infer that Arenal volcano is underlain by a continuously active, small-volume magmatic reservoir maintained in quasi-steady state by basalt recharge over several decades. The monotony of erupting Arenal magmas implies that fractionation, recharge, ascent, and eruption are well balanced in order for magmas to be essentially uniform while containing phenocrysts with vastly different growth histories at the time of eruption.

The de facto independence of regulatory agencies and its consequences for policy making and regulatory outcomes

This dissertation focuses on the practice of regulatory governance, throughout the study of the functioning of formally independent regulatory agencies (IRAs), with special attention to their de facto independence. The research goals are grounded on a "neo-positivist" (or "reconstructed positivist") position (Hawkesworth 1992; Radaelli 2000b; Sabatier 2000). This perspective starts from the ontological assumption that even if subjective perceptions are constitutive elements of political phenomena, a real world exists beyond any social construction and can, however imperfectly, become the object of scientific inquiry. Epistemologically, it follows that hypothetical-deductive theories with explanatory aims can be tested by employing a proper methodology and set of analytical techniques. It is thus possible to make scientific inferences and general conclusions to a certain extent, according to a Bayesian conception of knowledge, in order to update the prior scientific beliefs in the truth of the related hypotheses (Howson 1998), while acknowledging the fact that the conditions of truth are at least partially subjective and historically determined (Foucault 1988; Kuhn 1970). At the same time, a sceptical position is adopted towards the supposed disjunction between facts and values and the possibility of discovering abstract universal laws in social science. It has been observed that the current version of capitalism corresponds to the golden age of regulation, and that since the 1980s no government activity in OECD countries has grown faster than regulatory functions (Jacobs 1999). Following an apparent paradox, the ongoing dynamics of liberalisation, privatisation, decartelisation, internationalisation, and regional integration hardly led to the crumbling of the state, but instead promoted a wave of regulatory growth in the face of new risks and new opportunities (Vogel 1996). Accordingly, a new order of regulatory capitalism is rising, implying a new division of labour between state and society and entailing the expansion and intensification of regulation (Levi-Faur 2005). The previous order, relying on public ownership and public intervention and/or on sectoral self-regulation by private actors, is being replaced by a more formalised, expert-based, open, and independently regulated model of governance. Independent regulation agencies (IRAs), that is, formally independent administrative agencies with regulatory powers that benefit from public authority delegated from political decision makers, represent the main institutional feature of regulatory governance (Gilardi 2008). IRAs constitute a relatively new technology of regulation in western Europe, at least for certain domains, but they are increasingly widespread across countries and sectors. For instance, independent regulators have been set up for regulating very diverse issues, such as general competition, banking and finance, telecommunications, civil aviation, railway services, food safety, the pharmaceutical industry, electricity, environmental protection, and personal data privacy. Two attributes of IRAs deserve a special mention. On the one hand, they are formally separated from democratic institutions and elected politicians, thus raising normative and empirical concerns about their accountability and legitimacy. On the other hand, some hard questions about their role as political actors are still unaddressed, though, together with regulatory competencies, IRAs often accumulate executive, (quasi-)legislative, and adjudicatory functions, as well as about their performance.

Caffeine intake and CYP1A2 variants associated with high caffeine intake protect non-smokers from hypertension.

The 15q24.1 locus, including CYP1A2, is associated with blood pressure (BP). The CYP1A2 rs762551 C allele is associated with lower CYP1A2 enzyme activity. CYP1A2 metabolizes caffeine and is induced by smoking. The association of caffeine consumption with hypertension remains controversial. We explored the effects of CYP1A2 variants and CYP1A2 enzyme activity on BP, focusing on caffeine as the potential mediator of CYP1A2 effects. Four observational (n = 16 719) and one quasi-experimental studies (n = 106) including European adults were conducted. Outcome measures were BP, caffeine intake, CYP1A2 activity and polymorphisms rs762551, rs1133323 and rs1378942. CYP1A2 variants were associated with hypertension in non-smokers, but not in smokers (CYP1A2-smoking interaction P = 0.01). Odds ratios (95% CIs) for hypertension for rs762551 CC, CA and AA genotypes were 1 (reference), 0.78 (0.59-1.02) and 0.66 (0.50-0.86), respectively, P = 0.004. Results were similar for the other variants. Higher CYP1A2 activity was linearly associated with lower BP after quitting smoking (P = 0.049 and P = 0.02 for systolic and diastolic BP, respectively), but not while smoking. In non-smokers, the CYP1A2 variants were associated with higher reported caffeine intake, which in turn was associated with lower odds of hypertension and lower BP (P = 0.01). In Mendelian randomization analyses using rs1133323 as instrument, each cup of caffeinated beverage was negatively associated with systolic BP [-9.57 (-16.22, -2.91) mmHg]. The associations of CYP1A2 variants with BP were modified by reported caffeine intake. These observational and quasi-experimental results strongly support a causal role of CYP1A2 in BP control via caffeine intake.

Uncovering a role for micro-RNAs in sleep homeostasis and energy metabolism

Micro-RNAs (miRNAs) are key, post-transcriptional regulators of gene expression and have been implicated in almost every cellular process investigated thus far. However, their role in sleep, in particular the homeostatic aspect of sleep control, has received little attention. We here assessed the effects of sleep deprivation on the brain miRNA transcriptome in the mouse. Sleep deprivation affected miRNA expression in a brain-region specific manner. The forebrain expression of the miRNA miR-709 was affected the most and in situ analyses confirmed its robust increase throughout the brain, especially in the cerebral cortex and the hippocampus. The hippocampus was a major target of the sleep deprivation affecting 37 miRNAs compared to 52 in the whole forebrain. Moreover, independent from the sleep deprivation condition, miRNA expression was highly region-specific with 45% of all expressed miRNAs showing higher expression in hippocampus and 55% in cortex. Next we demonstrated that down-regulation of miRNAs in Com/c2o-expressing neurons of adult mice, through a conditional and inducible Dicer knockout mice model (cKO), results in an altered homeostatic response after sleep deprivation eight weeks following the tamoxifen-induced recombination. Dicer cKO mice showed a larger increase in the electro-encephalographic (EEG) marker of sleep pressure, EEG delta power, and a reduced Rapid Eye Movement sleep rebound, compared to controls, highlighting a functional role of miRNAs in sleep homeostasis. Beside a sleep phenotype, Dicer cKO mice developed an unexpected, severe obesity phenotype associated with hyperphagia and altered metabolism. Even more surprisingly, after reaching maximum body weight 5 weeks after tamoxifen injection, obese cKO mice spontaneously started losing weight as rapidly as it was gained. Brain transcriptome analyses in obese mice identified several obesity-related pathways (e.g. leptin, somatostatin, and nemo-like kinase signaling), as well as genes involved in feeding and appetite (e.g. Pmch, Neurotensin). A gene cluster with anti-correlated expression in the cerebral cortex of post-obese compared to obese mice was enriched for synaptic plasticity pathways. While other studies have identified a role for miRNAs in obesity, we here present a unique model that allows for the study of processes involved in reversing obesity. Moreover, our study identified the cortex as a brain area important for body weight homeostasis. Together, these observations strongly suggest a role for miRNAs in the maintenance of homeostatic processes in the mouse, and support the hypothesis of a tight relationship between sleep and metabolism at a molecular - Les micro-ARNS (miARNs) sont des régulateurs post-transcriptionnels de l'expression des gènes, impliqués dans la quasi-totalité des processus cellulaires. Cependant, leur rôle dans la régulation du sommeil, et en particulier dans le maintien de l'homéostasie du sommeil, n'a reçu que très peu d'attention jusqu'à présent. Dans cette étude, nous avons étudié les conséquences d'une privation de sommeil sur l'expression cérébrale des miARNs chez la souris, et observé des changements dans l'expression de nombreux miARNs. Dans le cerveau antérieur, miR-709 est le miARN le plus affecté par la perte de sommeil, en particulier dans le cortex cérébral et l'hippocampe. L'hippocampe est la région la plus touchée avec 37 miARNs changés comparés à 52 dans le cerveau entier. Par ailleurs, indépendamment de la privation de sommeil, certains miARNs sont spécifiquement enrichis dans certaines aires cérébrales, 45% des miARNs étant surexprimés dans l'hippocampe contre 55% dans le cortex. Dans une seconde étude, nous avons observé que la délétion de DICER, enzyme essentielle à la biosynthèse des miARNs, et la perte subséquente des miARNs dans les neurones exprimant la protéine CAMK2a altère la réponse homéostatique à une privation de sommeil, 8 semaines après l'induction de la recombinaison génétique par le tamoxifen. Les souris sans Dicer (cKO) ont une plus large augmentation de l'EEG delta power, le principal marqueur électro-encéphalographique du besoin de sommeil, comparée aux contrôles, ainsi qu'un rebond en sommeil paradoxal plus petit. De façon surprenante, les souris Dicer cKO développent une obésité rapide, sévère et transitoire, associée à de l'hyperphagie et une altération de leur métabolisme énergétique. Après avoir atteint un pic maximal d'obésité, les souris cKO entrent spontanément dans une période de perte de poids rapide. L'analyse du transcriptome cérébral des souris obèses nous a permis d'identifier des voies associées à l'obésité (leptine, somatostatine et nemo-like kinase), et à la prise alimentaire (Pmch, Neurotensin), tandis que celui des souris post-obèses a révélé un groupe de gènes liés à la plasticité synaptique. Au-delà des nombreux modèles d'obésité existant chez la souris, notre étude présente un modèle unique permettant d'étudier les mécanismes sous-jacent la perte de poids. De plus, nous avons mis en évidence un rôle important du cortex cérébral dans le maintien de la balance énergétique. En conclusion, toutes ces observations soutiennent l'idée que les miARNs sont des régulateurs cruciaux dans le maintien des processus homéostatiques et confortent l'hypothèse d'une étroite relation moléculaire entre le sommeil et le métabolisme.

Evaluation of subsidies programs to sell green cars: Impact on prices, quantities and efficiency

During the recent period of economic crisis, many countries have introduced scrappage schemes to boost the sale and production of vehicles, particularly of vehicles designed to pollute less. In this paper, we analyze the impact of a particular scheme in Spain (Plan2000E) on vehicle prices and sales figures as well as on the reduction of polluting emissions from vehicles on the road. We considered the introduction of this scheme an exogenous policy change and because we could distinguish a control group (non-subsidized vehicles) and a treatment group (subsidized vehicles), before and after the introduction of the Plan, we were able to carry out our analysis as a quasi-natural experiment. Our study reveals that manufacturers increased vehicle prices by the same amount they were granted through the Plan (1,000 €). In terms of sales, econometric estimations revealed an increase of almost 5% as a result of the implementation of the Plan. With regard to environmental efficiency, we compared the costs (inverted quantity of money) and the benefits of the program (reductions in polluting emissions and additional fiscal revenues) and found that the Plan would only be beneficial if it boosted demand by at least 30%.

Impacte del tractament quimioteràpic en terceres línies i posteriors en el mesotelioma pleural maligne

La baixa incidència del mesotelioma maligne dificulta la realització d’estudis clínics que aportin coneixement de la millor seqüència de tractaments a administrar. No existeix consens més enllà de la primera línea de quimioteràpia basada en la combinació de cisplatí i pemetrexed. S’ha recollit una mostra de pacients diagnosticats a l’Hospital Germans Trias i Pujol entre els anys 2003 i 2010. S’han avaluat les característiques dels pacients així com la seva supervivència. S’ha realitzat un subanàlisi en el subgrups de malalts que han rebut tres o més línies de tractament quimioteràpic.

Disseny i desenvolupament d’una aplicació web basada en software lliure per a la gestió d’incidències de les Vies Verdes de Girona

El present document és la memòria descriptiva dels treballs realitzats per la Laura Vergoñós Pascual durant el projecte final del Màster en Tecnologies de la Informació Geogràfica, 12a edició, durant el transcurs del conveni de col·labració entre el Departament de Geografia i el SIGTE (Servei d’Informació Geogràfica i Teledetecció). S’hi exposen la seqüència de tasques realitzades durant el desenvolupament d’una aplicació web basada en software lliure per a la gestió d’incidències de les Vies Verdes de Girona. Processos: construcció de la base de dades, disseny i anàlisi de requeriments de l’aplicació, solució de programació, resultats

Desenvolupament del sistema d’informació geogràfica corporatiu SIG_L

El present document és la memòria descriptiva dels treballs realitzats per Xavier Serra i Sellarès durant el projecte final del Màster en Tecnologies de la Informació Geogràfica, 12a edició, durant el transcurs del conveni de col·laboració entre el Departament de Geografia i Zona Litoral (i la seva marca, Litoral Consult S.L.). S’hi exposen la seqüència de tasques realitzades durant el desenvolupament d’un Sistema d’Informació Geogràfica (SIG) corporatiu que doni resposta als requeriments de l’empresa col·laboradora en el marc de la gestió del litoral català. Processos: construcció de la base de dades, descripció i refinament de la informació, càrrega i resultats