"Mutações no gene OCT4 em células eritroleucêmicas humanas: implicações sobre o fenótipo de resistência a múltiplas drogas (MDR)”

O fator de transcrição OCT4 é um importante marcador de células tronco e tem sido relacionado com o conceito de células tronco tumorais (CTTs). Recentemente, ele tem sido também relacionado ao fenótipo de resistência a múltiplas drogas (MDR). O objetivo deste trabalho foi testar se o OCT4 está ligado ao fenótipo MDR em células eritroleucêmicas derivadas da linhagem LMC-K562. Para isso, foi realizada a análise de expressão de genes associados à superfamília de transportadores ABC (ATP Binding Cassette) e, também, de fatores de transcrição relacionados a células tronco. Os primeiros resultados apontaram uma relação direta entre OCT4 e transportadores ABC na linhagem MDR derivada de K562 (Lucena). O sequenciamento de promotores ABC não revelou qualquer mutação que pudesse explicar a expressão diferenciada do OCT4 na linhagem MDR. Posteriormente, o sequenciamento da região contendo o domínio homeobox do gene OCT4 de ambas as linhagens celulares evidenciou, pela primeira vez, que este fator de transcrição é alvo de mutações que podem estar relacionados com o fenótipo MDR. As mutações encontradas implicam substituições de vários aminoácidos em ambas as linhagens celulares. K562 teve sete substituições (três exclusivas), enquanto Lucena teve 13 (nove exclusivas). Além disso, um busca in silico por motivos de fosforilação dentro da sequência de aminoácidos comparada, revelou que o OCT4 humano normal possui sete motivos potenciais de fosforilação. Entretanto, K562 perdeu um motivo e Lucena dois deles. Moléculas com diferentes padrões de fosforilação podem ter sua função modificada. Estes resultados indicam o OCT4 com uma alvo potencial para o tratamento do câncer, especialmente aqueles resistentes à quimioterapia.

Método para reconhecimento de vogais e extração de parâmetros acústicos para analises forenses

Forensic speaker comparison exams have complex characteristics, demanding a long time for manual analysis. A method for automatic recognition of vowels, providing feature extraction for acoustic analysis is proposed, aiming to contribute as a support tool in these exams. The proposal is based in formant measurements by LPC (Linear Predictive Coding), selectively by fundamental frequency detection, zero crossing rate, bandwidth and continuity, with the clustering being done by the k-means method. Experiments using samples from three different databases have shown promising results, in which the regions corresponding to five of the Brasilian Portuguese vowels were successfully located, providing visualization of a speaker’s vocal tract behavior, as well as the detection of segments corresponding to target vowels.

Metamorfoses musicais em concerto

Uma transcrição musical consiste numa composição adaptada de uma obra original para outra instrumentação, que não a inicialmente definida pelo compositor. Nestas, o conteúdo original tende a permanecer o mais fiel possível (De Vente, 2005). A partir do século XIX esta prática tornou-se corrente e prolífica. Atualmente, o uso de transcrições é bastante comum, especialmente quando destinado a instrumentos musicais com uma história recente devido à sua falta de repertório canónico. Um instrumento característico deste último grupo é o saxofone para o qual se tem transcrito uma grande quantidade de obras com especial ênfase nos períodos barroco e romântico. Nesta monografia detalho uma abordagem metodológica à transcrição musical que visa expandir o repertório para saxofone para além dos períodos barroco e romântico, assim como instrumentações e desafios diversos no processo de adaptação tais como: adaptar obras polifónicas para um instrumento monofónico, transcrever gestos técnicos e específicos de um instrumento de corda e criar continuidades sonoras típicas do uso do pedal no piano no saxofone. O processo de transcrição descrito nesta monografia impõe uma metamorfose timbrica às obras originais e oferece ao ouvinte uma perspectiva diferente sobre o conteúdo musical assim como questiona conceitos de autenticidade e autoria. Quatro composições que seguem a atual proposta de transcrição são apresentadas e documentadas. De ressaltar a diversidade de escolhas do repertório transcrito em termos de estilo, e instrumentação que se traduzem num grande desafio na adaptação ao saxofone, entre estas: Dream, John Cage, Chaccone em Sol menor, Tomaso Vitali, Fratres, Arvo Pärt e o Inverno das Quatro Estações, Antonio Vivaldi.

Caracterização transcricional dos genes CTR1 e ATP7B no peixe Poecilia vivipara: efeitos do cobre e da salinidade

Em peixes, o cobre (Cu) é absorvido a partir da água, via branquial, e pela ingestão de água e alimento, via gastrintestinal. Para evitar reações não específicas prejudiciais e suprir proteínas dependentes de Cu, existem transportadores específicos, como as proteínas de absorção de alta afinidade ao Cu (CTR1) e as Cu-ATPases (ATP7), que auxiliam na translocação intracelular do metal. No presente estudo, os genes CTR1 e ATP7B foram identificados em Poecilia vivipara e os seus transcritos foram quantificados por RT-qPCR nas brânquias, no fígado e no intestino de guarús expostos (96 h) ao Cu (0, 5, 9 e 20 µg/L) em água doce e salgada (salinidade 24). Foram identificadas novas sequências nucleotídicas dos genes CTR1 (1560 pb, completa) e ATP7B (617 pb, parcial), as quais tiveram altos valores de identidade com as descritas para Fundulus heteroclitus (CTR1=81%) e Sparus aurata (ATP7B=81%). A análise por RT-qPCR indicou níveis de transcrição para CTR1 e ATP7B em todos os tecidos analisados. Em guarús na água doce, a maior expressão da CTR1 e da ATP7B se deu no fígado. Em guarús na água salgada, a maior expressão da CTR1 ocorreu no intestino, enquanto a da ATP7B se deu no fígado e intestino. Na água doce, a exposição ao Cu aumentou o conteúdo branquial e hepático de Cu, diminuiu os transcritos de CTR1 e ATP7B nas brânquias e aumentou os transcritos destes genes no fígado, sem alterar o conteúdo corporal de Cu. Na água salgada, a exposição ao Cu aumentou o conteúdo de Cu e diminuiu o transcrito de ATP7B no intestino, sem alterar o conteúdo corporal de Cu nos P. vivipara. Estes resultados indicam que a homeostasia do Cu em P. vivipara envolve a redução da expressão do CTR1 e ATP7B nas brânquias (água doce) e intestino (água salgada) para limitar a absorção do Cu e o aumento da expressão destes genes no fígado (água doce) para facilitar o armazenamento e desintoxicação do Cu.

Resposta de Chromobacterium Violaceum cultivada em alta concentração de ferro

The Chromobacterium violaceum is a β-proteobacterium Gram-negative widely found in tropical and subtropical regions, whose genome was sequenced in 2003 showing great metabolic versatility and biotechnological and pharmaceutical potential. Given the large number of ORFs related to iron metabolism described in the genome of C. violaceum, the importance of this metal for various biological processes and due to lack of data about the consequences of excess of iron in free-living organisms, it is important to study the response mechanism of this bacterium in a culture filled with iron. Previous work showed that C. violaceum is resistant to high concentrations of this metal, but has not yet been described the mechanism which is used to this survival. Thus, to elucidate the response of C. violaceum cultured in high concentrations of iron and expecting to obtain candidate genes for use in bioremediation processes, this study used a shotgun proteomics approach and systems biology to assess the response of C. violaceum grown in the presence and absence of 9 mM of iron. The analysis identified 531 proteins, being 71 exclusively expressed by the bacteria grown in the presence of the metal and 100 just in the control condition. The increase in expression of proteins related to the TCA cycle possibly represents a metabolic reprogramming of the bacteria caused by high concentration of iron in the medium. Moreover, we observed an increase in the activity assay of superoxide dismutase and catalase as well as in Total Antioxidant Activity assay, suggesting that the metal is inducing oxidative stress in C. violaceum that increases the levels of violacein and antioxidant enzymes to better adapt to the emerging conditions. Are also part of the adaptive response changes in expression of proteins related to transport, including iron, as well as an increased expression of proteins related to chemotaxis response, which would lead the bacteria to change the direction of its movement away from the metal. Systems Biology results, also suggest a metabolic reprogramming with mechanisms coordinated by bottleneck proteins involved in transcription (GreA), energy metabolism (Rpe and TpiA) and methylation (AhcY)

Análise proteômica de Chromobacterium violaceum: acúmulo estacionário e diferencial após exposição à luz UVC

Chromobacterium violaceum is a free-living bacillus, Gram-negative commonly found in water and sand of tropical and subtropical regions. One of its main characteristic it's the ability to produce the purple pigment named violacein, that shows countless biological activities. In 2003, the genome of this organism was totally sequenced and revealed important informations about the physiology of this bacteria. However, few post-genomics studies had been accomplished. This work evaluated the protein profile of C. violaceum cultivated in LB medium at 28ºC that allowed the identification and characterization of proteins related to a possible secretion system that wasn't identified and characterized yet in C. violaceum, to the quorum sensing system, to regulatory process of transcription and translation, stress adaptation and biotechnological potential. Moreover, the response of the bacteria to UVC radiation was evaluated. The comparison of the protein profile, analyzed through 2-D electrophoresis, of the control group versus the treatment group allowed the identification of 52 proteins that arose after stress induction. The obtained results enable the elaboration of a stress response pathway in C. violaceum generated by the UVC light. This pathway, that seems to be a general stress response, involves the expression of proteins related to cellular division, purine and pirimidine metabolism, heat chock or chaperones, energy supply, regulation of biofilm formation, transport, regulation of lytic cycle of bacteriophages, besides proteins that show undefined function. Despite the response present similarities with the classic SOS response of E. coli, we still cannot assert that C. violaceum shows a SOS-like response, mainly due to the absence of characterization of a LexA-like protein in this organism

Proteômica diferencial da Chromobacterium violaceum em resposta ao estresse oxidativo induzido por peróxido de hidrogênio

The β-proteobacterium Chromobacterium violaceum is a Gram-negative, free-living, saprophytic and opportunistic pathogen that inhabits tropical and subtropical ecosystems among them, in soil and water of the Amazon. It has great biotechnological potential, and because of this potential, its genome was completely sequenced in 2003. Genome analysis showed that this bacterium has several genes with functions related to the ability to survive under different kinds of environmental stresses. In order to understand the physiological response of C. violaceum under oxidative stress, we applied the tool of shotgun proteomics. Thus, colonies of C. violaceum ATCC 12472 were grown in the presence and absence of 8 mM H2O2 for two hours, total proteins were extracted from bacteria, subjected to SDS-PAGE, stained and hydrolysed. The tryptic peptides generated were subjected to a linear-liquid chromatography (LC) followed by mass spectrometer (LTQ-XL-Orbitrap) to obtain quantitative and qualitative data. A shotgun proteomics allows to compare directly in complex samples, differential expression of proteins and found that in C. Violaceum, 131 proteins are expressed exclusively in the control condition, 177 proteins began to be expressed under oxidative stress and 1175 proteins have expression in both conditions. The results showed that, under the condition of oxidative stress, this bacterium changes its metabolism by increasing the expression of proteins capable of combating oxidative stress and decreasing the expression of proteins related processes bacterial growth and catabolism (transcription, translation, carbon metabolism and fatty acids). A tool with of proteomics as an approach of integrative biology provided an overview of the metabolic pathways involved in the response of C. violaceum to oxidative stress, as well as significantly amplified understanding physiological response to environmental stress. Biochemical and "in silico" assays with the hypothetical ORF CV_0868 found that this is part of an operon. Phylogenetic analysis of superoxide dismutase, protein belonging to the operon also showed that the gene is duplicated in genome of C. violaceum and the second copy was acquired through a horizontal transfer event. Possibly, not only the SOD gene but also all genes comprising this operon were obtained in the same manner. It was concluded that C. violaceum has complex, efficient and versatile mechanisms in oxidative stress response

Sistemas de gerenciamento de bibliotecas: riscos decorrentes do processo de migração de dados

This work aims to analyze risks related to information technology (IT) in procedures related to data migration. This is done considering ALEPH, Integrated Libray System (ILS) that migrated data to the Library Module present in the software called Sistema Integrado de Gestão de Atividades Acadêmicas (SIGAA) at the Zila Mamede Central Library at the Federal University of Rio Grande do Norte (UFRN) in Natal/Brazil. The methodological procedure used was of a qualitative exploratory research with the realization of case study at the referred library in order to better understand this phenomenon. Data collection was able once there was use of a semi-structured interview that was applied with (11) subjects that are employed at the library as well as in the Technology Superintendence at UFRN. In order to examine data Content analysis as well as thematic review process was performed. After data migration the results of the interview were then linked to both analysis units and their system register with category correspondence. The main risks detected were: data destruction; data loss; data bank communication failure; user response delay; data inconsistency and duplicity. These elements point out implication and generate disorders that affect external and internal system users and lead to stress, work duplicity and hassles. Thus, some measures were taken related to risk management such as adequate planning, central management support, and pilot test simulations. For the advantages it has reduced of: risk, occurrence of problems and possible unforeseen costs, and allows achieving organizational objectives, among other. It is inferred therefore that the risks present in data bank conversion in libraries exist and some are predictable, however, it is seen that librarians do not know or ignore and are not very worried in the identification risks in data bank conversion, their acknowledge would minimize or even extinguish them. Another important aspect to consider is the existence of few empirical research that deal specifically with this subject and thus presenting the new of new approaches in order to promote better understanding of the matter in the corporate environment of the information units

Transcription of alternative oxidase (AOX) and plastid terminal oxidase (PTOX) during stress-regulated root tissue growth in Daucus carota L. - An approach to identify functional marker candidates for breeding on carrot yield stability

A presente tese explora a hipótese de utilização dos genes da oxidase alternativa (AOX) e da oxidase terminal da plastoquinona (PTOX) como genes-alvo para o desenvolvimento de marcadores funcionais (MF) para avaliar a performance do crescimento em cenoura, fator determinante da produtividade. Para avaliar se os referidos genes estão associados com o crescimento da cenoura procedeu—se ao seu isolamento e posterior análise dos seus perfis de transcrição em diversos sistemas biológicos. O sistema in vitro selecionado, denominado sistema de culturas primárias, permitiu avaliar alterações na quantidade de transcritos desses genes durante os processos de reprogramação celular e crescimento. Ao nível da planta foi também estudado o efeito do frio na expressão precoce dos genes AOX. Ambos os genes DcAOX1 e DcAOX2a revelaram uma resposta rápida e um padrão semelhante apos stresse (inoculação in vitro e resposta ao frio). Foi igualmente verificado um incremento na expressão do gene DcPTOX durante a fase inicial do processo de reprogramação celular. Estudos de expressão dos genes AOX durante o desenvolvimento da raiz da cenoura revelaram que o gene DcAOX2a será potencialmente o gene mais envolvido neste processo. De modo a avaliar a hipótese de envolvimento do gene DcPTOX no crescimento da raíz procederam—se a estudos de expressão ao nível do tecido meristemático. Todavia, para um mais completo entendimento da ligação entre DcPTOX e o crescimento secundário e/ou acumulação de carotenos, a expressão do gene DcPTOX foi também avaliada em raízes de cenoura durante o desenvolvimento, utilizando cultivares caracterizadas por distintos conteúdos de carotenos. Os resultados obtidos demonstraram a associação do gene DcPTOX a ambos os processos. O envolvimento da PTOX no crescimento adaptativo da raiz foi analisado com um ensaio que permitiu identificar, no tecido meristemático, uma resposta precoce do gene DcPTOX face a uma diminuição da temperatura. Adicionalmente, foi efetuada a seleção de genes de referência para uma analise precisa da expressão génica por RT-qPCR em diversos sistemas biológicos de cenoura, e a importância do seu estudo ao nível do sistema biológico foi realçada. Os resultados desta tese são encorajadores para prosseguir os estudos de utilização dos genes AOX e PTOX como MF no melhoramento da performance do crescimento adaptativo em cenoura, fator determinante para a produtividade; ABSTRACT: This thesis explores the hypothesis of using the alternative oxidase (AOX) and theplastid terminal oxidase (PTOX) as target genes for functional marker (FM) development for yield-determining growth performance in carrot. To understand if these genes are associated to growth, different AOX gene family members and the single PTOX gene were isolated, and their expression patterns evaluated in diverse carrot plant systems. An in-vitro primary culture system was selected to study AOX and PTOX transcript changes during cell reprogramming and growth performance. At plant level, a putative early response of AOX to chilling was also evaluated. In fact, both DcAOXl and DcAOXZa were early responsive and showed similar patterns under stress conditions (in vitro inoculation and chilling). A role for DcPTOX during earliest events of cell reprogramming was also suggested. Next, the expression profiles of AOX gene family members during carrot tap root development were investigated. DcAOXZa was identified as the most responsive gene to root development. In order to evaluate if DcPTOX is associated with carrot tap root growth performance, DcPTOX transcript levels were measured in the central root meristem. To further understand whether DcPTOX is associated with secondary growth and/or carotenoids accumulation, DcPTOX expression was also studied in deveIOping carrot tap roots in cultivars with different carotenoids contents. The results indicated that DcPTOX associates to both carotenoid biosynthesis and secondary growth during storage root development. To obtain further insights into the involvement of PTOX on adaptive growth, the early effects of temperature decrease were explored in the root meristem, where a short—term early response in DcPTOX was found, probably associated with adaptive growth. Furthermore, a selection of the most suitable reference genes for accurate RT—qPCR analysis in several carrot experimental systems was performed and discussed. The present research provides the necessary toolbox for continuing studies in carrot AOX and PTOX genes as promising resources for FM candidates in order to assist breeding on yield—determining adaptive growth performance.

Contributos para a construção de um texto foneticamente equilibrado para o português-europeu.

Objectivo: o objectivo deste estudo consiste na criação de um Texto Foneticamente Equilibrado para o Português-Europeu (PE) designado “O Sol”. Método: quatro sujeitos da região de Setúbal, entre [21-49] anos (dois do sexo feminino e dois do masculino) leram em voz alta o texto “O Sol”. As gravações realizadas com Olympus (VN- 240PC e VN- 2100PC com microfones integrados) serviram para a contabilização dos fonemas produzidos. Os procedimentos foram: 1) a comparação entre as frequências relativas dos fonemas do “O Sol” e as frequências relativas descritas no PF_fone, através do coeficiente de correlação de Pearson e do teste de Mann-Whitney; 2) a comparação entre a transcrição larga e a estreita, verificando-se os fenómenos de coarticulação; e 3) a análise dos formatos silábicos. Resultados: a análise estatística demonstrou que as frequências relativas de ocorrência dos fonemas do texto “O Sol” têm uma correlação forte com as do PF_fone (r = 0,924). As medianas das frequências relativas de ocorrência dos fonemas do texto foram significativamente iguais às do PF_fone (p<.05). Conclusão: o texto “O Sol” está próximo de um texto foneticamente equilibrado ideal, uma vez que se verificaram os pressupostos pré-definidos. Fonologicamente, apresenta os formatos silábicos mais frequentes no PE, verificou-se ainda uma diminuição na frequência relativa de fonemas na transcrição estreita, devido a fenómenos de coarticulação. Futuros trabalhos incidirão no aumento da amostra.

Contribución al atlas prosódico de Canarias (AMPER-Can) : declarativas e interrogativas de La Gomera (Islas Canarias)

AMPER (Atlas Multimedia de Prosodia del Espacio Románico), nacido en el año 2002 en Francia, pretende realizar un atlas de prosodia de las lenguas y variedades lingüísticas del ámbito románico y hacer estudios descriptivos que permitan la comparación entre ellas. Dentro de este macroproyecto se sitúa AMPERCan, subproyecto que se ocupa del estudio geolingüístico de la prosodia del español de Canarias para contribuir a la confección del Atlas con la aportación de los datos prosódicos de este punto de España. En este marco, la presente tesis doctoral pretende describir las características fonéticas y fonológicas de un conjunto de oraciones declarativas neutras con sentido completo e interrogativas absolutas extraídas de un corpus experimental y espontáneo emitido por informantes de la isla canaria de La Gomera. El análisis acústico se realizó con MatLab y Praat y los valores absolutos de F0, duración e intensidad obtenidos fueron relativizados para determinar su importancia perceptiva a partir del umbral diferencial de 1,5 semitonos (F0), 36% (duración) y 3 dB (intensidad). El objetivo de este estudio es doble: 1) En primer lugar, trataremos de comprobar si la entonación de esta variedad canaria dista sustancialmente de la descrita para el español de las otras islas, estableciendo las posibles diferencias entre las variables lingüísticas y extralingüísticas consideradas. Desde el punto de vista lingüístico el habla gomera presenta rasgos más conservadores y, asimismo, afines al español de América debido a la confluencia de determinados factores históricos. 2) En segundo lugar, contribuiremos a la confección del Atlas completando seis fases de estudio correspondientes a la isla objeto de investigación distribuidas en dos puntos de encuesta: San Sebastián y Valle Gran Rey.

Docência online na educação superior

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Educação, Programa de Pós-graduação em Educação, 2015.

A contribuição de Cited2 na reprogramação de fibroblastos primários de ratinho em células pluripotentes

Dissertação de Mestrado, Engenharia Biológica, , 2016

Differentiation of human pluripotent stem cells to the neuronal dopaminergic fate

Dissertação de Mestrado, Ciências Biomédicas, Departamento de Ciências Biomédicas e Medicina, Universidade do Algarve, 2013

Cited2 in mouse embryonic fibroblasts reprogramming

Dissertação de Mestrado, Ciências Biomédicas, Departamento de Ciências Biomédicas e Medicina, Universidade do Algarve, 2014