Méthodologie pour la synthèse combinatoire d’azapeptides: application à la synthèse d’analogues aza-GHRP-6 en tant que ligands du récepteur CD36

Les azapeptides sont des mimes peptidiques où le carbone alpha d’un ou de plusieurs acides aminés est remplacé par un atome d’azote. Cette modification tend à stabiliser une conformation en repliement beta en raison de la répulsion électronique entre les paires d’électrons libres des atomes d’azote adjacents et de la géométrie plane de l’urée. De plus, le résidu semicarbazide a une meilleure résistance face aux protéases en plus d’être chimiquement plus stable qu’une liaison amide. Bien que les propriétés des azapeptides en fassent des mimes peptidiques intéressants, leurs méthodes de synthèses font appel à la synthèse laborieuse d’hydrazines substituées en solution. Le peptide sécréteur d’hormone de croissance 6 (GHRP-6, His-D-Trp-Ala-Trp-D-Phe-Lys-NH2) est un hexapeptide synthétique qui possède une affinité pour deux récepteurs distincts: les récepteurs GHS-R1a et CD36. Les travaux effectués au cours de mon doctorat qui seront détaillés dans cet ouvrage visent à atteindre deux objectifs: (1) le développement d’analogues du peptide GHRP-6 sélectif à un seul récepteur et (2) la mise au point d’une nouvelle méthodologie pour la synthèse combinatoire d’azapeptides. En réponse au premier objectif, la synthèse parallèle de 49 analogues aza-GHRP-6 a été effectuée et certains candidats sélectifs au récepteur CD36 ont été identifiés. L’étude de leurs propriétés anti-angiogéniques, effectuée par nos collaborateurs, a également permis d’identifier des candidats intéressants pour le traitement potentiel de la dégénérescence maculaire liée à l’âge. Une nouvelle approche pour la synthèse combinatoire d’azapeptides, faisant appel à l’alkylation et la déprotection chimiosélective d’une sous-unité semicarbazone ancrée sur support solide, a ensuite été développée. La portée de cette méthodologie a été augmentée par la découverte de conditions permettant l’arylation régiosélective de cette sous-unité semicarbazone, donnant accès à treize nouveaux dérivés aza-GHRP-6 possédant des résidus aza-arylglycines aux positions D-Trp2 et Trp4. L’élaboration de conditions propices à l’alkylation et la déprotection chimiosélective de la semicarbazone a donné accès à une variété de chaînes latérales sur l’acide aminé « aza » préalablement inaccessibles. Nous avons, entre autres, démontré qu’une chaîne latérale propargyl pouvait être incorporée sur l’acide aminé « aza ». Tenant compte de la réactivité des alcynes, nous avons ensuite élaboré des conditions réactionnelles permettant la formation in situ d’azotures aromatiques, suivie d’une réaction de cycloaddition 1,3-dipolaire sur support solide, dans le but d’obtenir des mimes de tryptophane. Sept analogues du GHRP-6 ont été synthétisés et testés pour affinité au récepteur CD36 par nos collaborateurs. De plus, nous avons effectué une réaction de couplage en solution entre un dipeptide possédant un résidu aza-propargylglycine, du paraformaldehyde et une variété d’amines secondaires (couplage A3) afin d’accéder à des mimes rigides d’aza-lysine. Ces sous-unités ont ensuite été incorporées sur support solide afin de générer sept nouveaux azapeptides avec des dérivés aza-lysine à la position Trp4 du GHRP-6. Enfin, une réaction de cyclisation 5-exo-dig a été développée pour la synthèse de N-amino imidazolin-2-ones en tant que nouveaux mimes peptidiques. Leur fonctionnalisation par une série de groupements benzyliques à la position 4 de l’hétérocycle a été rendue possible grâce à un couplage Sonogashira précédant la réaction de cyclisation. Les propriétés conformationnelles de cette nouvelle famille de composés ont été étudiées par cristallographie aux rayons X et spectroscopie RMN d’un tétrapeptide modèle. L’activité biologique de deux mimes peptidiques, possédant un résidu N-amino-4-méthyl- et 4-benzyl-imidazolin-2-one à la position Trp4 du GHRP-6, a aussi été examinée. L’ensemble de ces travaux devrait contribuer à l’avancement des connaissances au niveau des facteurs structurels et conformationnels requis pour le développement d’azapeptides en tant que ligands du récepteur CD36. De plus, les résultats obtenus devraient encourager davantage l’utilisation d’azapeptides comme peptidomimétiques grâce à leur nouvelle facilité de synthèse et la diversité grandissante au niveau de la chaîne latérale des acides aminés « aza ».

Les festivals francophones en Ontario : vecteurs de la vitalité culturelle d’une communauté minoritaire – une étude de cas multiples

Cette recherche consiste en un examen du rôle du festival dans une communauté linguistique en contexte minoritaire confrontée à des enjeux spécifiques tels que l’assimilation, l’exogamie, la diglossie, l’inégal accès aux services dans sa langue, de même que l’accès limité aux produits culturels de son groupe linguistique. Le cas des festivals francophones en milieu minoritaire sert à interroger concrètement et empiriquement les possibilités, les conditions, les limites et les contraintes de cette forme particulière d’événement en tant que vecteur de la vitalité culturelle d’une communauté minoritaire. Le festival est aussi exploré en lien aux grandes finalités de développement culturel et de démocratie culturelle, soit des mécanismes culturels à la source des politiques culturelles modernes, ainsi qu’en lien à son rôle aux niveaux de l’affirmation et de la consolidation identitaires. Une étude de cas multiples a été menée afin de comparer et d’analyser trois festivals francophones en milieu minoritaire ontarien qui sont mis sur pied dans différentes régions, et ont des objectifs à la fois similaires et différenciés : 1) La Nuit sur l’étang (Sudbury) ; 2) le Festival franco-ontarien (Ottawa) ; et 3) le Festival du Loup (Lafontaine-Penetanguishene). En focalisant sur chaque cas étudié, nous sommes en mesure de donner une vue d’ensemble du phénomène « festival » dans un tel contexte. Cette recherche présente, par le biais de sources documentaires, d’observations sur le terrain et d’entretiens auprès des organisateurs, des festivaliers et des artistes de ces événements, les perceptions qu’en ont et l’utilisation qu’en font ces différentes catégories d’acteurs impliqués. Elle fait plus précisément état de la contribution du festival au niveau des mécanismes culturels proposés ci-dessus. En outre, elle permet de déterminer si les acteurs directement impliqués dans ce type d’événement le perçoivent comme un enjeu important pour la francité. Bref, l’ensemble des contributions qu’apportent les festivals francophones en Ontario montrent en quoi ces événements agissent comme des vecteurs de la vitalité culturelle d’une communauté minoritaire.

Savoir chercher, citer et rédiger : une expertise à partager avec les scientifiques de demain

Au fil des ans, la Bibliothèque de la santé de l'Université de Montréal s'est graduellement intégrée au programme de B. Sc. en Sciences biomédicales, dans le cadre du cours SBM2006 – Analyse de la communication scientifique. Les étudiants de ce cours bénéficient de cinq heures de formation documentaire réparties en deux volets : 1) la recherche avancée dans la base de données PubMed ; et 2) la gestion des références bibliographiques avec le logiciel EndNote. L'évaluation de ces deux activités de formation axées sur la pratique représente 10% de la note finale du cours. Aussi, quatre questions de l'examen de mi-session portent sur la création de bibliographies. L'accès en écriture au site du cours dans l'environnement numérique d'apprentissage StudiUM permet à une bibliothécaire d'y déposer de la documentation utile. De plus, la collaboration étroite avec le professeur a entraîné l'ajout d'hyperliens vers des ressources de la bibliothèque dans le plan de cours et les notes de cours. En outre, une bibliothécaire est responsable de la correction d'affiches produites par les étudiants à partir des données d'une publication scientifique et comptant pour 25% de la note finale du cours. Finalement, un guide en ligne sur la communication scientifique réunit des ressources utiles à la rédaction et à la soumission de publications scientifiques. Une section compile notamment les principaux outils de citation et de profils de chercheurs.

Citoyenneté, identité et mobilisation communautaire autour du VIH dans une organisation de travailleuses du sexe au Karnataka, en Inde

Ce mémoire interroge les possibilités présentes et futures d’actions concertées pour remettre en question les structures sociales d’exclusion qui affectent des groupes désignés à risque, entre autres en les rendant plus vulnérables à l’infection au VIH. En Inde, l’attention grandissante portée aux travailleuse(r)s du sexe (TS) par la santé publique dans les interventions contre le VIH contribue à façonner l’identité des groupes ciblés en les associant à l’épidémie du VIH et à sa prévention. L’acceptation et la réorganisation de cette catégorie servent de base d’organisation d’efforts collectifs pour un groupe de TS de Mysore, dans l’état du Karnataka. Les membres de ce collectif, nommé Ashodaya, déploient des actions concertées pour remettre en question les limites de catégories qui leur sont assignées (avec des tentatives pour désamorcer certaines dynamiques d’exclusion sociale -en limitant la stigmatisation), et s’imposer comme un groupe de citoyennes à part entière en s’incluant dans des sphères civiles comme citoyens, comme représentants d’une occupation et non comme individus marginalisés ou « représentants » d’une maladie. L’inclusion d’Ashodaya dans les efforts de prévention du VIH offre un accès à des ressources humaines et matérielles qui lui seraient autrement inaccessibles, mais limitent les possibilités d’actions du groupe en restreignant sa participation à la prévention. Le contexte particulier de l’engagement et du programme d’Avahan, branche indienne de la Bill and Melinda Gates souligne la fragilité des acquis de groupes comme Ashodaya.

Les carrefours de la composition. De la musique comme art de la scène.

La version intégrale de cette thèse est disponible uniquement pour consultation individuelle à la Bibliothèque de musique de l’Université de Montréal (www.bib.umontreal.ca/MU).

Loquit, ridet, et vincit : l’intégration du toscan dans la commedeja pe ‘mmuseca et sa mise en musique : une forme de résistance contre la domination étrangère

La version intégrale de ce mémoire est disponible uniquement pour consultation individuelle à la Bibliothèque de musique de l’Université de Montréal (www.bib.umontreal.ca/MU).

Bilgamesh, un ballet-opéra en deux actes. Symbiose d’un genre oublié, une mythologie archaïque et une langue morte

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La médiation musicale. Le cas de la note de programme et de l'intervention orale

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Composer avec le volume : tentative de systématisation du Traité de l'orchestration de Koechlin et application à la composition.

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Conception, synthèse et diversification de l'azaGly-Pro : un mime de tour beta, outil d'étude structure-activité : application au développement d'un nouvel agent tocolytique

Les accouchements prématurés constituent un problème médical majeur en constante augmentation et ce, malgré tous les efforts mis en œuvre afin de contrer le déclenchement des contractions avant terme. Cette thèse relate du ''design'' rationnel d'un nouvel agent thérapeutique (i.e., tocolytique) qui serait capable de 1) arrêter les contractions, et 2) prolonger la gestation. Pour ce faire, une nouvelle cible, la prostaglandine F2α et son récepteur ont été sélectionnés et le peptidomimétisme a été choisi afin de résoudre cette problématique. L'introduction contient un historique rapide de la conception à la synthèse (''drug design'') du peptide parent, le PDC113, premier peptide a avoir démontré des aptitudes tocolytiques suffisantes pour faire du peptidomimétisme. La deuxième partie de l'introduction présente les concepts du peptidomimétisme appliqués au PDC113 qui ont permis d'accéder au PDC113.824, inhibiteur allostérique du récepteur de la prostaglandine F2α, et explique comment ce mime nous a permis d'élucider les mécanismes de signalisation intracellulaire impliqués dans la contraction musculaire lisse. Cette thèse présente la conception, la synthèse et l'étude structure-activité de mimes de repliement de tour β au sein du mime peptidique original (PDC113.824) dans lequel nous avons remplacé l'azabicycloalkane central (l'indolizidin-2-one) par une série d'autres azabicycloalcanes connus et des acides aza-aminés dont nous avons élaboré la synthèse. Dans un premier temps, une nouvelle stratégie de synthèse en solution de l'aza-glycyl-proline à partir de la diphényle hydrazone et du chloroformate de p-nitrophényle a été réalisée. Cette stratégie a permis d'éliminer les réactions secondaires de cyclisation intramoléculaires communément obtenues lors de l'introduction d'acides aza-aminés avec les protections traditionnelles de type carbamate en présence de phosgène, mais aussi de faciliter l'accès en une étape à des dérivés peptidiques du type aza-glycyle. L'élongation de l'aza-glycyl-proline en solution nous a permis d'accéder à un nouveau mime tetrapeptidique du Smac, un activateur potentiel de l'apoptose au sein de cellules cancéreuses. Par la suite, nous avons développé une stratégie de diversification sélective de l'azote α du résidu azaglycine en utilisant différents types d'halogénures d'alkyle en présence de tert-butoxyde de potassium. Afin de valider le protocole d'alkylation de l'aza-dipeptide, différents halogénures d'alkyle ont été testés. Nous avons également démontré l'utilité des aza-dipeptides résultants en tant que ''building block'' afin d'accéder à une variété d'azapeptides. En effet, l'aza-dipeptide a été déprotégée sélectivement soit en N-terminal soit en C-terminal, respectivement. D'autre part, la libération de l'amine de l'ester méthylique de l'aza-alkylglycyl-proline a conduit à une catégorie de composés à potentiel thérapeutique, les azadicétopipérazines (aza-DKP) par cyclisation intramoléculaire. Enfin, notre intérêt quant au développement d'un nouvel agent tocolytique nous a amené à développer une nouvelle voie de synthèse en solution du PDC113.824 permettant ainsi d'élucider les voies de signalisation intracellulaires du récepteur de la prostaglandine F2α. Afin de valider l'importance de la stéréochimie et d'étudier la relation structure/ activité du mime, nous avons remplacé l'indolizidin-2-one (I2aa) centrale du PDC113.824 par une série d'autres azabicycloalcanes et azadipeptides. Les azabicycloalcanes D-I2aa, quinolizidinone, et indolizidin-9-one ont été synthétisés et incorporés au sein du dit peptide ne donnant aucune activité ni in vitro ni ex vivo, validant ainsi l'importance du tour β de type II' pour le maintien de l'activité biologique du PDC113.824. Finalement, l'insertion d'une série de dérivés aza(alkyl)glycyl-prolyles a mené à de nouveaux inhibiteurs allostériques du récepteur de la PGF2α, l'un contenant l'azaglycine et l'autre, l'azaphénylalanine. Cette thèse a ainsi contribué, grâce à la conception et l'application de nouvelles méthodes de synthèse d'aza-peptides, au développement de nouveaux composés à potentiel thérapeutique afin d'inhiber le travail prématuré.

La dimension subjective dans l'expérience de guérison de pratiquants du yoga Sivananda

Ce mémoire explore le parcours de guérison de pratiquants du Yoga Sivananda dans un contexte de réenchantement du monde. Les répondants ont été recrutés à l'ashram Sivananda de Val-Morin (Québec) qui a été défini comme un territoire transnational et cosmopolite favorisant l'hybridité religieuse et l'accès à des ressources symboliques et thérapeutiques multiples. À travers une approche phénoménologique qui privilégie la subjectivité de l'individu, nous proposons d'identifier les facteurs-clés de guérison propres à chacun des répondants et d'observer comment ils composent avec les univers de sens et les diverses représentations du corps, de la maladie et de la guérison qui circulent dans la société. Nous définirons la place qu'occupe la ressource spirituelle à l'intérieur de ce parcours et comment la ressource biomédicale s'ancre à l'intérieur de la ressource spirituelle. Nous verrons comment les personnes bricolent leur propre système de représentations et s'arrangent pour donner un sens à la maladie et la réinscrire dans une dimension holiste, tout en profitant pour la plupart de la technologie du système biomédical, ceci pour multiplier les chances de guérison. Il a été présumé que le déclenchement des mécanismes de guérison dépend de la subjectivité de la personne et que celle-ci contient – au moins en partie – les clés de sa guérison. Ces clés sont propres à chacun et la recherche démontre que chaque parcours est unique. Aussi, en faisant référence à cette subjectivité, la question principale de ce mémoire est-elle de savoir à quoi les répondant attribuent leur guérison.

Le studio d’enregistrement comme lieu d’expérimentation, outil créatif et vecteur d’internationalisation : Stonetree Records et la paranda garifuna en Amérique centrale

La version intégrale de cette thèse est disponible uniquement pour consultation individuelle à la Bibliothèque de musique de l’Université de Montréal (www.bib.umontreal.ca/MU).

Les besoins des proches, des intervenants et des personnes ayant un traumatisme craniocérébral: comparaison du Québec et de la France.

Ce projet a été réalisé au Québec et en France et vise à évaluer empiriquement la complémentarité des services de soins en lien avec les besoins exprimés par les personnes ayant un TCC, leurs proches et le point de vue des professionnels de la santé. Il vise spécifiquement à identifier   les   éléments   de   convergence   et   de   divergence   entre   l’offre   de   services   québécoise   et   française   et   la   perception   des   acteurs   de   ces   réseaux   quant   à   l’adéquation   entre   les   besoins   des   personnes ayant un TCC et de leurs proches et les services offerts. Pour ce faire, des personnes ayant un TCC ainsi que des proches ont été invités à identifier leurs besoins au moment du traumatisme crânien et tout au long du processus de réadaptation et d’intégration   sociale.     Les   intervenants   devaient   partager   leur   perception   des   besoins ressentis par les personnes et les proches. Dans cette étude, les résultats obtenus en France et au Québec seront comparés afin d’identifier  les  éléments  de  convergence  et  de  divergence  entre  l’offre  de  services  québécoise  et   française   et   la   perception   des   acteurs   de   ces   réseaux   quant   à   l’adéquation   entre   les   besoins   des   usagers et les services offerts.

La reconnaissance des aidants informels : care, justice et vulnérabilité dans la famille

Doctorat réalisé en cotutelle avec l’Université Paris I- Panthéon Sorbonne.

Quantification de la relation séquence-activité de l’ARN par prédiction de structure tridimensionnelle

Dans un premier temps, nous avons modélisé la structure d’une famille d’ARN avec une grammaire de graphes afin d’identifier les séquences qui en font partie. Plusieurs autres méthodes de modélisation ont été développées, telles que des grammaires stochastiques hors-contexte, des modèles de covariance, des profils de structures secondaires et des réseaux de contraintes. Ces méthodes de modélisation se basent sur la structure secondaire classique comparativement à nos grammaires de graphes qui se basent sur les motifs cycliques de nucléotides. Pour exemplifier notre modèle, nous avons utilisé la boucle E du ribosome qui contient le motif Sarcin-Ricin qui a été largement étudié depuis sa découverte par cristallographie aux rayons X au début des années 90. Nous avons construit une grammaire de graphes pour la structure du motif Sarcin-Ricin et avons dérivé toutes les séquences qui peuvent s’y replier. La pertinence biologique de ces séquences a été confirmée par une comparaison des séquences d’un alignement de plus de 800 séquences ribosomiques bactériennes. Cette comparaison a soulevée des alignements alternatifs pour quelques unes des séquences que nous avons supportés par des prédictions de structures secondaires et tertiaires. Les motifs cycliques de nucléotides ont été observés par les membres de notre laboratoire dans l'ARN dont la structure tertiaire a été résolue expérimentalement. Une étude des séquences et des structures tertiaires de chaque cycle composant la structure du Sarcin-Ricin a révélé que l'espace des séquences dépend grandement des interactions entre tous les nucléotides à proximité dans l’espace tridimensionnel, c’est-à-dire pas uniquement entre deux paires de bases adjacentes. Le nombre de séquences générées par la grammaire de graphes est plus petit que ceux des méthodes basées sur la structure secondaire classique. Cela suggère l’importance du contexte pour la relation entre la séquence et la structure, d’où l’utilisation d’une grammaire de graphes contextuelle plus expressive que les grammaires hors-contexte. Les grammaires de graphes que nous avons développées ne tiennent compte que de la structure tertiaire et négligent les interactions de groupes chimiques spécifiques avec des éléments extra-moléculaires, comme d’autres macromolécules ou ligands. Dans un deuxième temps et pour tenir compte de ces interactions, nous avons développé un modèle qui tient compte de la position des groupes chimiques à la surface des structures tertiaires. L’hypothèse étant que les groupes chimiques à des positions conservées dans des séquences prédéterminées actives, qui sont déplacés dans des séquences inactives pour une fonction précise, ont de plus grandes chances d’être impliqués dans des interactions avec des facteurs. En poursuivant avec l’exemple de la boucle E, nous avons cherché les groupes de cette boucle qui pourraient être impliqués dans des interactions avec des facteurs d'élongation. Une fois les groupes identifiés, on peut prédire par modélisation tridimensionnelle les séquences qui positionnent correctement ces groupes dans leurs structures tertiaires. Il existe quelques modèles pour adresser ce problème, telles que des descripteurs de molécules, des matrices d’adjacences de nucléotides et ceux basé sur la thermodynamique. Cependant, tous ces modèles utilisent une représentation trop simplifiée de la structure d’ARN, ce qui limite leur applicabilité. Nous avons appliqué notre modèle sur les structures tertiaires d’un ensemble de variants d’une séquence d’une instance du Sarcin-Ricin d’un ribosome bactérien. L’équipe de Wool à l’université de Chicago a déjà étudié cette instance expérimentalement en testant la viabilité de 12 variants. Ils ont déterminé 4 variants viables et 8 létaux. Nous avons utilisé cet ensemble de 12 séquences pour l’entraînement de notre modèle et nous avons déterminé un ensemble de propriétés essentielles à leur fonction biologique. Pour chaque variant de l’ensemble d’entraînement nous avons construit des modèles de structures tertiaires. Nous avons ensuite mesuré les charges partielles des atomes exposés sur la surface et encodé cette information dans des vecteurs. Nous avons utilisé l’analyse des composantes principales pour transformer les vecteurs en un ensemble de variables non corrélées, qu’on appelle les composantes principales. En utilisant la distance Euclidienne pondérée et l’algorithme du plus proche voisin, nous avons appliqué la technique du « Leave-One-Out Cross-Validation » pour choisir les meilleurs paramètres pour prédire l’activité d’une nouvelle séquence en la faisant correspondre à ces composantes principales. Finalement, nous avons confirmé le pouvoir prédictif du modèle à l’aide d’un nouvel ensemble de 8 variants dont la viabilité à été vérifiée expérimentalement dans notre laboratoire. En conclusion, les grammaires de graphes permettent de modéliser la relation entre la séquence et la structure d’un élément structural d’ARN, comme la boucle E contenant le motif Sarcin-Ricin du ribosome. Les applications vont de la correction à l’aide à l'alignement de séquences jusqu’au design de séquences ayant une structure prédéterminée. Nous avons également développé un modèle pour tenir compte des interactions spécifiques liées à une fonction biologique donnée, soit avec des facteurs environnants. Notre modèle est basé sur la conservation de l'exposition des groupes chimiques qui sont impliqués dans ces interactions. Ce modèle nous a permis de prédire l’activité biologique d’un ensemble de variants de la boucle E du ribosome qui se lie à des facteurs d'élongation.