Construction of a global map of human gene expression : the process, tools and analysis

This thesis studies human gene expression space using high throughput gene expression data from DNA microarrays. In molecular biology, high throughput techniques allow numerical measurements of expression of tens of thousands of genes simultaneously. In a single study, this data is traditionally obtained from a limited number of sample types with a small number of replicates. For organism-wide analysis, this data has been largely unavailable and the global structure of human transcriptome has remained unknown. This thesis introduces a human transcriptome map of different biological entities and analysis of its general structure. The map is constructed from gene expression data from the two largest public microarray data repositories, GEO and ArrayExpress. The creation of this map contributed to the development of ArrayExpress by identifying and retrofitting the previously unusable and missing data and by improving the access to its data. It also contributed to creation of several new tools for microarray data manipulation and establishment of data exchange between GEO and ArrayExpress. The data integration for the global map required creation of a new large ontology of human cell types, disease states, organism parts and cell lines. The ontology was used in a new text mining and decision tree based method for automatic conversion of human readable free text microarray data annotations into categorised format. The data comparability and minimisation of the systematic measurement errors that are characteristic to each lab- oratory in this large cross-laboratories integrated dataset, was ensured by computation of a range of microarray data quality metrics and exclusion of incomparable data. The structure of a global map of human gene expression was then explored by principal component analysis and hierarchical clustering using heuristics and help from another purpose built sample ontology. A preface and motivation to the construction and analysis of a global map of human gene expression is given by analysis of two microarray datasets of human malignant melanoma. The analysis of these sets incorporate indirect comparison of statistical methods for finding differentially expressed genes and point to the need to study gene expression on a global level.

TCP Performance in Heterogeneous Wireless Networks

The TCP protocol is used by most Internet applications today, including the recent mobile wireless terminals that use TCP for their World-Wide Web, E-mail and other traffic. The recent wireless network technologies, such as GPRS, are known to cause delay spikes in packet transfer. This causes unnecessary TCP retransmission timeouts. This dissertation proposes a mechanism, Forward RTO-Recovery (F-RTO) for detecting the unnecessary TCP retransmission timeouts and thus allow TCP to take appropriate follow-up actions. We analyze a Linux F-RTO implementation in various network scenarios and investigate different alternatives to the basic algorithm. The second part of this dissertation is focused on quickly adapting the TCP's transmission rate when the underlying link characteristics change suddenly. This can happen, for example, due to vertical hand-offs between GPRS and WLAN wireless technologies. We investigate the Quick-Start algorithm that, in collaboration with the network routers, aims to quickly probe the available bandwidth on a network path, and allow TCP's congestion control algorithms to use that information. By extensive simulations we study the different router algorithms and parameters for Quick-Start, and discuss the challenges Quick-Start faces in the current Internet. We also study the performance of Quick-Start when applied to vertical hand-offs between different wireless link technologies.

Computational Methods for Locating and Analyzing Conserved Gene Regulatory DNA Elements

This thesis presents methods for locating and analyzing cis-regulatory DNA elements involved with the regulation of gene expression in multicellular organisms. The regulation of gene expression is carried out by the combined effort of several transcription factor proteins collectively binding the DNA on the cis-regulatory elements. Only sparse knowledge of the 'genetic code' of these elements exists today. An automatic tool for discovery of putative cis-regulatory elements could help their experimental analysis, which would result in a more detailed view of the cis-regulatory element structure and function. We have developed a computational model for the evolutionary conservation of cis-regulatory elements. The elements are modeled as evolutionarily conserved clusters of sequence-specific transcription factor binding sites. We give an efficient dynamic programming algorithm that locates the putative cis-regulatory elements and scores them according to the conservation model. A notable proportion of the high-scoring DNA sequences show transcriptional enhancer activity in transgenic mouse embryos. The conservation model includes four parameters whose optimal values are estimated with simulated annealing. With good parameter values the model discriminates well between the DNA sequences with evolutionarily conserved cis-regulatory elements and the DNA sequences that have evolved neutrally. In further inquiry, the set of highest scoring putative cis-regulatory elements were found to be sensitive to small variations in the parameter values. The statistical significance of the putative cis-regulatory elements is estimated with the Two Component Extreme Value Distribution. The p-values grade the conservation of the cis-regulatory elements above the neutral expectation. The parameter values for the distribution are estimated by simulating the neutral DNA evolution. The conservation of the transcription factor binding sites can be used in the upstream analysis of regulatory interactions. This approach may provide mechanistic insight to the transcription level data from, e.g., microarray experiments. Here we give a method to predict shared transcriptional regulators for a set of co-expressed genes. The EEL (Enhancer Element Locator) software implements the method for locating putative cis-regulatory elements. The software facilitates both interactive use and distributed batch processing. We have used it to analyze the non-coding regions around all human genes with respect to the orthologous regions in various other species including mouse. The data from these genome-wide analyzes is stored in a relational database which is used in the publicly available web services for upstream analysis and visualization of the putative cis-regulatory elements in the human genome.

Määrittelyvaiheen vaatimusten vaikutukset käyttöliittymään

Tässä työssä tutkitaan, miten vaatimusmäärittelydokumenttiin kirjatut vaatimukset kiinnittävät myöhemmissä ohjelmistokehitysprosessin vaiheissa tehtäviä käyttöliittymäratkaisuja. Lisäksi tutkitaan, jääkö käyttöliittymästä puuttumaan todellisissa käyttötilanteissa tarvittavia toimintoja, kun vaatimusmäärittely toteutetaan perinteisen vesiputousmallin mukaisesti. Tutkimuksessa tarkastellaan kahden Helsingin yliopiston ohjelmistotuotantoprojekti-kurssilla toteutetun opiskelijaprojektin tuotoksia. Tutkimuksessa selvitetään oppilaiden tuottamien käyttöliittymien keskeisimmät käyttöliittymäongelmat simulointitestaamalla käyttöliittymät. Testauksessa simuloitiin ohjelmiston kolme keskeisintä käyttötilannetta, jotka selvitettiin tekemällä kontekstuaalinen käyttäjähaastattelu yhdelle opettajatuutorille. Tämän jälkeen etsittiin, löytyvätkö ongelmien syyt ryhmien vaatimusmäärittelydokumentteihin kirjatuista käyttötapauskuvauksista tai muista vaatimuksista. Tämän työn keskeisimpinä tuloksina selvisi, että käyttötapaukset sitoivat aina toiminnon ja sen toteutuksen käyttöliittymässä, mutta vain pieni osa niistä kiinnitti käyttöliittymäratkaisuja haitallisesti. Vakavien tehokkuusongelmien ja järjestelmästä puuttuvan toiminnallisuuden syyt kuitenkin olivat nimenomaan vaatimusmäärittelydokumentin käyttötapauksissa. Muut vaatimukset kiinnittivät toimintoja niin korkealla tasolla, ettei niistä muodostunut ongelmallisia käyttöliittymäratkaisuja. Lisäksi havaittiin, että molemmista vaatimusmäärittelyistä oli jäänyt pois sellaisia toimintoja, joita oltaisiin tarvittu käyttötilanteen suorittamiseen tehokkaasti. Vaikuttaisi siltä, että vaatimusmäärittelyvaiheessa ei ole saatu selville käyttäjän todellisia käyttötilanteita, minkä seurauksena vaatimuksista on jäänyt pois oleellisia toimintoja.

Scrum-prosessimallin käyttöliittymäriskien minimointi simulointipohjaisella GDD-käyttöliittymäsuunnittelumenetelmällä

Scrum-prosessimalli jättää menettelyt ohjelmiston käyttöliittymän tuottamiseen auki ja käyttöliittymä syntyy pahimmillaan toimintolistan pohjalta ohjelmoinnin sivutuotteena. Näin syntynyt järjestelmä soveltuu suurella riskillä huonosti käyttötarkoitukseensa. Tässä tutkielmassa analysoitiin Scrum-prosessimallin käyttöliittymäriskikohtia, joita löytyi kolme: asiakkaan toivomat ominaisuudet päätyvät sellaisinaan ohjelmiston vaatimuksiksi, toimintolistan pohjalta syntyy käytettävyydeltään heikkoja käyttöliittymäratkaisuja ja käyttöliittymän arviointi sprintin katselmoinnissa tuottaa epäluotettavia tuloksia. Tutkielmassa käsitellään Scrum-prosessimallin käyttöliittymäriskien minimointia simulointipohjaisella GDD-käyttöliittymäsuunnittelulla. Riskien minimointia tarkastellaan esimerkkitapauksen avulla, jossa ohjelmistoyritys Reaktor toteutti ammattikorkeakoulun toiminnansuunnittelujärjestelmän vuosisuunnitteluosion. Esimerkkitapauksessa Scrumin käyttöliittymäriskit saatiin minimoitua selvittämällä loppukäyttäjien käyttötilanteet kontekstuaalisilla haastatteluilla, suunnittelemalla käyttöliittymä GDD-menetelmällä ja arvioimalla käyttöliittymää hyödyllisyysläpikäynneillä. Alkuperäisessä Scrumissa liiketoiminnallisesta kannattavuudesta vastaava tuotteen omistaja ja toteutustiimi ottavat vastuulleen myös käyttöliittymän toimintalogiikan. GDD:n myötä vastuu toimintalogiikasta siirretään käyttöliittymäsuunnittelijalle, jolloin Scrumin roolit muuttuvat. Tässä työssä käsitellään GDD-käyttöliittymäsuunnittelun tuomat muutokset Scrumin rooleihin ja käytäntöihin. Scrumin käyttöliittymäriskien minimoinnin jälkeen toteutusvaiheeseen jää vielä Scrumista riippumattomia käyttöliittymäriskejä. Tämän työn esimerkkitapauksessa keskeisin näistä oli käyttöliittymätoteutukseen päätyneet puutteelliset interaktiot. Riski eliminoitiin hyväksymismenettelyllä, jossa ohjelmoija antaa toteutetun ominaisuuden käyttöliittymäsuunnittelijalle tarkistettavaksi. Hyväksymismenettelyn avulla projektin työnjako selkiytyi, toteutustyön laatu parani ja toteutustiimin ja käyttöliittymäsuunnittelijoiden välinen kommunikaatio tehostui.

Testaus Scrum-prosessimallissa

Testaus ketterissä menetelmissä (agile) on kirjallisuudessa heikosti määritelty, ja yritykset toteuttavat laatu- ja testauskäytäntöjä vaihtelevasti. Tämän tutkielman tavoitteena oli löytää malli testauksen järjestämiseen ketterissä menetelmissä. Tavoitetta lähestyttiin keräämällä kirjallisista lähteistä kokemuksia, vaihtoehtoja ja malleja. Löydettyjä tietoja verrattiin ohjelmistoyritysten käytännön ratkaisuihin ja näkemyksiin, joita saatiin suorittamalla kyselytutkimus kahdessa Scrum-prosessimallia käyttävässä ohjelmistoyrityksessä. Kirjallisuuskatsauksessa selvisi, että laatusuunnitelman ja testausstrategian avulla voidaan tunnistaa kussakin kontekstissa tarvittavat testausmenetelmät. Menetelmiä kannattaa tarkastella ja suunnitella iteratiivisten prosessien aikajänteiden (sydämenlyönti, iteraatio, julkaisu ja strateginen) avulla. Tutkimuksen suurin löytö oli, että yrityksiltä puuttui laajempi ja suunnitelmallinen näkemys testauksen ja laadun kehittämiseen. Uusien laatu- ja testaustoimenpiteiden tarvetta ei analysoitu järjestelmällisesti, olemassa olevien käyttöä ei kehitetty pitkäjänteisesti, eikä yrityksillä ollut kokonaiskuvaa tarvittavien toimenpiteiden keskinäisistä suhteista. Lisäksi tutkimuksessa selvisi, etteivät tiimit kyenneet ottamaan vastuuta laadusta, koska laatuun liittyviä toimenpiteitä tehdään iteraatioissa liian vähän. Myös Scrum-prosessimallin noudattamisessa oli korjaamisen varaa. Yritykset kuitenkin osoittivat halua ja kykyä kehittää toimintaansa ongelmien tunnistamisen jälkeen. ACM Computing Classification System (CCS 1998): D.2.5 Testing and Debugging, D.2.9 Management, K.6.1 Project and People Management, K.6.3 Software Management

Navigaation rakentamisen ongelmat sisällönhallintajärjestelmässä

Tutkimuksessa perehdyttiin sisällönhallintajärjestelmän periaatteisiin ja navigaatioon. Perusteita hyödynnettiin käyttäjätutkimuksessa, jonka tavoitteena oli löytää ongelmakohtia sisällönhallintajärjestelmän navigaationrakennusprosessista. Menujen luominen osoittautui tulosten mukaan testikäyttäjille ongelmalliseksi.

Turvetuotannon luvallistaminen muuttuvassa ympäristössä

Työssä tutkitaan turvetuotannon luvallistamiskysymyksiä luonnonsuojelullisten ja luonnonvarojen käyttöä korostavien tavoitteiden kohtauspinnassa. Tutkielman metodiksi on valikoitunut avoin, keskustelukeskeinen lähestymistapa, joka osoittautui sopivan hyvin tieteellisen tutkimuksen välineeksi. Erityisiä oikeuslähdeopillisia kysymyksiä tarkastellaan tutkimuksessa vain niiltä osin kuin työn muut osat sitä vaativat. Siksi yksittäisiä oikeuslähdeopillisia kysymyksiä ei oteta esille tutkimuksessa kattavasti. Ensimmäisessä varsinaisessa tutkimusjaksossa keskistytään lainsäädäntöhistoriaan. Lainsäädäntöhistoriasta oli löydettävissä sekä luonnonsuojelua että luonnonvarojen käyttämistä tukevia argumentteja, joiden sisältö voidaan melkein suoraan siirtää nykyiseen keskusteluun. Ennen kuin työssä siirrytään varsinaiseen tuotannon luvallistamisen käsittelyyn, siinä luodaan lyhyt katsaus ympäristövaikutusten arviointimenettelyn asemaan. Menettelyllä ei ole laajaa käyttöä turveteollisuudessa. Turveteollisuuden luvallistamiskysymyksiä käsitellään tutkimuksessa kolmessa eri kokonaisuudessa. Ensimmäisessä näistä hahmotetaan luvallistamista alueellisena ja ajallisena kokonaisuutena. Hahmotustapa osoittautui käyttökelpoiseksi ja hyvin turveteollisuuden todellisia oikeudellisia ongelmakohtia vastaavaksi. Keskimmäisessä luvallistamiskysymyksiä tarkastelevista jaksoista keskitytään ajankohtaiseen ongelmaan ilmaston lämpenemisestä. Jaksossa tarkastellaan teoreettista mahdollisuutta huomioida lupamenettelyssä toiminnan vaikutukset ilmastonmuutokselle. Erityisesti tässä jaksossa painottuu tutkimuksen metodin soveltaminen, jonka avulla voidaan ratkaista suhtautuminen tuotannosta esitettyihin, jopa vastakohtaisiin luonnontieteellisiin väitteisiin. Tarkastelussa päädytään siihen, että yksi mahdollinen tulkinta voimassaolevan oikeuden sisällöstä on toiminnan ilmastovaikutusten huomioiminen ympäristölupaharkinnassa. Viimeisimmässä tuotannon luvallistamista käsittelevässä jaksossa tutkimuskohteena on joitain toiminnan osia, joille edellytetään vesilain mukaista lupaa. Tässä jaksossa tutkimuskohteen rajaaminen osoittautui erityisen tärkeäksi, koska vaihtoehtoja tutkimuskohteiksi oli tarjolla runsaasti. Tutkimusalueeseen kuuluvat luvallistamiskysymykset, jotka tulivat vahvimmin esille työn aluksi tehdyissä haastatteluissa. Rajaamalla tutkimuskohde tällä perusteella pysytellään mahdollisimman tiiviisti alkuperäisessä tutkimusasetelmassa. Työn lopuksi käsitellään luvallistamisen suhdetta kaavoitukseen, nimenomaan maakuntakaavoihin ja valtakunnallisiin alueidenkäyttötavoitteisiin, joilla pyritään sääntelemään tuotantoa. Lyhyen katsauksen perusteella päätelmänä on instrumenttien vähäinen tosiasiallinen merkitys.

Ympäristöluvan ja kasvihuonekaasujen päästöluvan yhdentäminen : Lupajärjestelmien oikeudellisen integroinnin tarkastelu

Ympäristönsuojeluoikeudellisessa sääntelyssä on sekä kansainvälisesti että kansallisesti viime vuosikymmeninä tavoiteltu lupajärjestelmien yhdentämistä. OECD:ssä esitettiin jäsenmaille suositus pilaantumiskontrollin lainsäädännölliseksi yhtenäistämiseksi vuonna 1991. Samaan aikaan EU:ssa alettiin valmistella ohjausvälinettä yhdennettyyn pilaantumisen ehkäisemisen ja vähentämisen sääntelyyn, IPPC- eli YPEV-direktiiviä (96/61/EY). Suomessa direktiivi saatettiin voimaan ympäristönsuojelulainsäädännön uudistuksen yhteydessä ympäristönsuojelulailla (86/2000, YSL). Sittemmin maailmanyhteisön keskiöön yltänyttä, YK:n ilmastopuitesopimukseen ja edelleen Kioton pöytäkirjaan pohjaavaa kasvihuonekaasupäästöjen vähentämistä säännellään EU:ssa erillisellä päästökauppadirektiivillä (2003/87/EY). Direktiivi on Suomessa implementoitu päästökauppalailla (683/2004, PKL). Mainitut direktiivit sisältävät kumpikin lupajärjestelmän: YPEV-direktiivi ympäristölupajärjestelmän ja päästökauppadirektiivi kasvihuonekaasujen päästölupajärjestelmän. Näiden synergistä koordinointia tai sovittamista toisiinsa painotetaan toistuvasti päästökauppadirektiivin valmisteluasiakirjoissa. Päästökauppadirektiivin 8 artiklassa säädetään lupajärjestelmien koordinoinnin ja samalla tämän työn kysymyksenasettelun kannalta keskeisesti direktiiveihin pohjaavien lupien keskinäisestä sovittamisesta. Ympäristölupasäännöstö ja kasvihuonekaasujen päästölupasäännöstö (päästöoikeussäännöstö) ilmentävät kuitenkin kahta perustaltaan erilaista päästökontrollin ohjausvälinettä. Ympäristölupajärjestelmä on osa perinteistä hallinnollista sääntelyjärjestelmää, jossa yksittäisillä laitoskohtaisilla lupapäätöksillä ja niihin sisältyvillä lupamääräyksillä ohjataan toimintojen ympäristöllisiä vaikutuksia. Päästöoikeussäännöstö puolestaan rakentuu uudemman, markkinapohjaisiin mekanismeihin pohjaavan sääntelyn varaan. Päästöoikeuslupa nähdään valvonnallisena ja informatiivisena hallinnollis-teknisenä lupana, joka ei itsessään sisällä päästörajoituksia, vaan edulliset ympäristövaikutukset välittyvät päästökauppajärjestelmässä säännellyn päästöoikeuksien kokonaismäärän kautta. Ympäristölupa ja kasvihuonekaasujen päästölupa ovat siten oikeudelliselta luonteeltaan varsin eriäviä. Tässä työssä on selvitetty oikeudellisen integroinnin näkökulmasta, miten mainittujen kahden lupajärjestelmän yhdentäminen ilmenee tai miten sen mahdollisesti tulisi ilmetä yhtäältä säädössystematiikassa ja toisaalta hallintotyön organisoinnissa. Eräänlaisena hypoteettisena lähtökohtana työssä on ollut integroinnin edullisuus, joka taas heijastuu integroidun päästösääntelyn ympäristön ja sen elementtien kokonaisuuden painotuksessa. Tutkimuskysymystä on käsitelty lainopillisesti ja oikeusvertailevasti, lisäksi on haastateltu ympäristö- ja päästökauppaviranomaisen edustajaa sekä toiminnanharjoittajatahon edustajaa. Kummankin lupajärjestelmän kansainvälistä, yhteisöoikeudellista ja kansallista säädöspohjaa on tarkasteltu. YSL:n ja PKL:n keskeisiä käsitteitä on analysoitu säädösten soveltamisalojen leikkauskohtien selvittämiseksi. Oikeusvertailevassa osuudessa on tutkittu Ruotsin, Saksan ja Alankomaiden ympäristölupa- ja päästökauppalainsäädäntöä. Vertailtavat maat on valittu siten, että käytetyt implementointiratkaisut edustavat tutkimuskysymyksen kannalta erilaisia vaihtoehtoja. Työn tulosten perusteella voidaan todeta, että lupajärjestelmien menettelyllinen integrointi on mahdollista. Käsiteanalyysissä ei tullut esille seikkoja, jotka estäisivät säännöstöjen yhdentämistä merkittävien soveltamisalaeroavaisuuksien takia, joskin katvealueitakin esiintyy. Tarkastelluista käsitteistä esimerkiksi toiminnanharjoittajan käsite oli likipitäen identtinen kummassakin normistossa, päästön käsite puolestaan määrittää molempia säännöstöjä, mutta sisällöllisesti kuitenkin eroavasti. Toimialakohtaisia eroavaisuuksia sitä vastoin tuli esiin; näihin on tosin vireillä muutoksia sekä yhteisössä että Suomessa. YPEV-säännöstössä niin keskeinen pilaantumisen käsite puuttuu päästökauppanormistosta. Asiantuntijahaastatteluista kävi ilmi, että kaikki tahot pitivät nykyisiä lupajärjestelmiä toimivina; tilanne voi muuttua jos päästökauppajärjestelmä tulevaisuudessa kattaa muita kasvihuonekaasuja. Vertailevan aineiston perusteella havaittiin, että Saksassa lupajärjestelmät on yhdennetty, kun taas Ruotsin eriytetty päästökauppalainsäädäntö vastaa jokseenkin kotimaista. Alankomaiden ratkaisu poikkeaa edellisistä siinä, että kasvihuonekaasujen päästökauppajärjestelmä on yhdistetty jo ennestään säänneltyyn typen oksidien kauppaan. Hollannissa näyttäisi lisäksi olevan valmisteilla mittava lupajärjestelmien uudistaminen, yhdentävään suuntaan. Lupajärjestelmät ovat siis menettelyllisesti yhdennettävissä, mutta aineelliseen integrointiin sen sijaan tarvittaisiin kokonaan uusi lupainstrumentti.

Tuomari virkamiehenä : Tuomarin asemaa koskevat valtiosääntöoikeudelliset periaatteet ja niiden virkamiesoikeudelliset takeet

Keskeisin tuomarin asemaa koskeva valtiosääntöoikeudellinen periaate on tuomiovallan riippumattomuuden periaate PL 3 §:n 3 momentissa. Tuomarin riippumattomuudella tavoitellaan erityisesti päätöksenteon riippumattomuutta nimenomaan yksilöiden ja yhteisöjen oikeusturvan takaamiseksi. Riippumattomuusvaatimuksen on todettu kattavan erityisesti yksittäisiin lainkäyttöasioihin puuttumisen ja normien tulkinnan. Tuomiovallan riippumattomuuden periaate valtiosääntöperiaatteena suojaa toisaalta tuomioistuinten ratkaisutoimintaa suhteessa toimeenpano- ja lainsäädäntövaltaan, mutta vastaavasti asettaa rajoituksia myös tuomiovallan puuttumiselle lainsäädäntö- ja hallintotehtäviin. Tuomiovallan riippumattomuus on periaatteena melko abstrakti; samoin kuin sitä koskeva perussäännös PL 3 §:n 3 momentissa, mutta periaatetta täsmentävät erityisesti PL 21 §:ssä säädetty perusoikeus sekä useat PL 9 luvun säännökset (PL 98–103 §). Tuomioistuinten riippumattomuus on liitettävissä erityisesti oikeudenmukaisen oikeudenkäynnin vaatimuksiin kansainvälisissä ihmisoikeussopimuksissa ja niitä koskevaan tulkintakäytäntöön. Kysymys on tällöin erityisesti luottamuksesta tuomioistuinten puolueettomuuteen eikä merkitystä ole annettu esimerkiksi vallanjaon periaatteelle sinänsä. YK:n ihmisoikeuskomitea on myös todennut, että riippumattomuuden vaatimus on pakottava. Eduskunnan perustuslakivaliokunnan PL 3 §:n 3 momenttia koskevissa tulkintakannanotoissa on todettu, että riippumattomuuden kannalta ongelmallista oli mm. veroviranomaisen mahdollisuus korvata tuomioistuimen ratkaisu omalla päätöksellään ja siten välillisesti muuttaa tuomioistuimen ratkaisua. Toisaalta PL 3 §:n kanssa ristiriidassa oli sääntely, jossa viranomaisen toimivallassa oli päättää, onko ylemmän oikeusasteen myöhemmällä ratkaisulla prejudikaattiarvoa suhteessa alemman tuomioistuimen päätökseen. Tuomioistuinten riippumattomuuden kannalta ei ole asianmukaista myöskään määritellä tuomioistuimelle menettelyllisiä vaatimuksia tai rajoituksia, jotka puuttuisivat oikeudenmukaisen oikeudenkäynnin edellytyksiin. Myös tuomarin asemaa turvaavat muut perustuslaintasoiset järjestelyt (tuomarin erityistä virassapysymisoikeutta koskeva säännös PL 103 §:ssä ja erityinen nimittämisjärjestelmä PL 58 §:ssä ja 102 §:ssä) johtuvat ennen muuta tuomiovallan riippumattomuuden periaatteesta. Tuomarin asema virkamiehenä on muita virkamiehiä turvatumpi PL 103 §:n säännöksen johdosta ja virkasuhteen pysyvyyden vaatimuksella voidaan perustella myös tuomareita koskevia virkamiesoikeudellisia erityisjärjestelyitä. Yksittäinen tuomari on tuomitsemistehtävässään riippumaton myös päällikkötuomarista. Häneen voidaan kuitenkin kohdistaa työnjohdollisia toimenpiteitä. Riippumattomuus ei myöskään suojaa tuomarin henkilökohtaisia näkemyksiä viranhoidon vaatimuksista esimerkiksi virkatehtävien toimittamisen tapaa, järjestystä ja niihin käytettävää aikaa koskevissa kysymyksissä. Valtion virkamieslakiin (750/1994) tulossa olevan muutoksen jälkeen (HE 33/2008 vp.) tuomarille voitaisiin antaa myös virkamieslain 24 §:n mukainen kirjallinen varoitus. Varoituksen antaminen ei kuitenkaan voi perustua näkemyseroihin laintulkinnasta vaan että sen perusteena tulee olla yksinomaan virkavelvollisuuksien laiminlyöminen tai muu niiden vastainen toiminta. Avainsanat – Nyckelord – Keywords Valtiosääntöoikeus, virkamiesoikeus, perustuslaki, valtion virkamieslaki, tuomioistuinlaitos, tuomioistuimet, tuomarit, riippumattomuus, virassapysymisoikeus Säilytyspaikka – Förvaringställe – Where deposited Muita tietoja – Övriga uppgifter – Additional information

Tila tilassa : Liturgian ja tilan dialogi alttarin äärellä

This study examines the organisation and transformation of altar space in the modern Evangelical Lutheran Church of Finland in liturgical and architectural perspective. The research data consists of 65 altar spaces in The Finnish Evangelical Lutheran church buildings. All of these were characterised in Church Government records as churches , built 1962 1999 and had been consecrated. The main data was collected by means of observation, photographing, and drawing sketches of altar spaces. The focus of this study concerns the organisation of modern Finnish Evangelical Lutheran altar spaces and, in particular, their changes also in relation to the liturgical movement. The challenge of this approach was especially in discovering the spatial identity of an altar space in terms of unequivocal boundaries. The analysis was realised in three stages. Interiors, the organisation of altar space, as well as architectonic qualities of altar spaces in terms of floor elevations, shapes of ceilings, lighting, and openings in the altar space were analysed. Moreover, attention was focused on furnishing and fixed versus movable pieces of furniture (such as the altar, altar rail, the pulpit, the baptismal font, and lectern). Finally, the potential qualitative and quantitative changes in altar space were examined. All in all, the majority of churches in the data featured elongated church halls with an altar at the end of the nave. To look at the data in chronological perspective, increasingly wide church halls had been built since the 1980s (yet there was only one central hall in which the altar was placed at the middle point of the church). Every third church altar was movable. As for the focal point of this study and the altar in particular, it was my aim to pay attention to the versus populum altar and its development in relation to the (Lutheran) liturgy. Hence, it was meaningful to determine, in terms of interior design, whether liturgists were able to celebrate facing the people attending the service. In the 1960s and 70s, a versus orientem altar featured in more than half of all new Finnish Lutheran churches, yet in 2000 two out of three churches featured a versus populum altar. For architectural and esthetic reasons (and not primarily due to liturgical ideas), also altars standing freely off the walls had been constructed. In terms of the liturgy, versus populum altars had been realised in expectation of increased communication between liturgist and worshippers. However, the analysis indicated that the altar could also become a divider of space. This aspect is a novel finding in relation to earlier and concurrent discussions concerning the liturgical movement. This study concluded, all in all, that altars had been increasingly constructed closer and closer to the worshiping parish and, accordingly, used increasingly often in the versus populum manner. Lecterns were often movable until the millennium this was the case in most altar spaces. Baptismal fonts did not have a permanent place in this data, and the data even included altar spaces with no baptismal fonts in the choir, nor the church hall. The position and status of fonts was generally weakened even if baptism in the Lutheran Church was regarded as one of the two sacraments together with the eucharist. The study concluded that even if baptism is regarded as a sacrament in the church, the position and status of baptismal fonts had weakened overall in newer church architecture. In other words, the tendency of the liturgical movement to emphasise the service and its celebration had obviously had its effect on the placement of baptismal fonts in the church hall. This research indicated that the pieces of furniture that mostly involved (many kinds of) visual and spatial changes included the altar and the lectern. In certain instances, fixed furnishings had been substituted by movable pieces or, moreover, new pieces of furniture and paraphernalia such as music instruments, pieces of art, tables, chairs and plants were brought in. In the Evangelical Lutheran Church of Finland, liturgical changes were principally inspired by the Catholic Church, in which liturgical changes are essentially based on Canon Law. Unlike Finnish Lutheranism, Catholicism provides detailed rules and principles even regarding the design of an altar space. According to this study, in the Finnish Lutheran Church, the primarily functional nature of given guidelines and instructions characterises several practical solutions in furnishing.

Variation in the Understanding of Lutheranism and Its Implications for Religious Education : Meaning Discernment of Students and Teachers in Finnish Upper Secondary Schools

The study investigated variation in the ways in which a group of students and teachers of Evangelical Lutheran religious education in Finnish upper secondary schools understand Lutheranism and searched for educational implications for learning in religious education. The aim of understanding the qualitative variation in understanding Lutheranism was explored through the relationship between the following questions, which correspond to the results reported in the following original refereed publications: 1) How do Finnish students understand Lutheranism? 2) How do Finnish teachers of religious education constitute the meaning of Lutheranism? 3) How could phenomenography and the Variation Theory of Learning contribute to learning about and from religion in the context of Finnish Lutheran Religious Education as compared to religious education in the UK? Two empirical studies (Hella, 2007; Hella, 2008) were undertaken from a phenomenographic research perspective (e.g., Marton, 1981) and the Variation Theory of Learning (e.g., Marton & Tsui et al. 2004) that developed from it. Data was collected from 63 upper secondary students and 40 teachers of religious education through written tasks with open questions and complementary interviews with 11 students and 20 teachers for clarification of meanings. The two studies focused on the content and structure of meaning discernment in students and teachers expressed understandings of Lutheranism. Differences in understandings are due to differences in the meanings that are discerned and focused on. The key differences between the ways students understand varied from understanding Lutheranism as a religion to personal faith with its core in mercy. The logical relationships between the categories that describe variation in understanding express a hierarchy of ascending complexity, according to which more developed understandings are inclusive of less developed ones. The ways the teachers understand relate to student s understandings in a sequential manner. Phenomenography and Variation Theory were discussed in the context of religious education in Finland and the UK in relation to the theoretical notion of learning about and from religion (Hella & Wright, 2008). The thesis suggests that variation theory enables religious educators to recognise the unity of learning about and from religion, as learning is always learning about something and involves simultaneous engagement with the object of learning and development as a person. The study also suggests that phenomenography and variation theory offer a means by which it is possible for academics, policy makers, curriculum designers, teachers and students to learn to discern different ways of understanding the contested nature of religions. Keywords: Lutheranism, understanding, variation, teaching, learning, phenomenography, religious education

Pilgrimage as a Lifestyle : A Contemporary Greek Nunnery as a Pilgrimage Site

The aim of this research is to present, interpret and analyze the phenomenon of pilgrimage in a contemporary, suburban Greek nunnery, and to elucidate the different functions that the present-day convent has for its pilgrims. The scope of the study is limited to a case nunnery, the convent of the Dormition of the Virgin, which is situated in Northern Greece. The main corpus of data utilized for this work consists of 25 interviews and field diary material, which was collected in the convent mainly during the academic year 2002-2003 and summer 2005 by means of participant observation and unstructured thematic interviewing. It must be noted that most Greek nunneries are not really communities of hermits but institutions that operate in complex interaction with the surrounding society. Thus, the main interest in this study is in the interaction between pilgrims and nuns. Pilgrimage is seen here as a significant and concrete form of interaction, which in fact makes the contemporary nunneries dynamic scenes of religious, social and sometimes even political life. The focus of the analysis is on the pilgrims’ experiences, reflected upon on the levels of the individual, the Church institution, and society in general. This study shows that pilgrimage in a suburban nunnery, such as the convent of the Dormition, can be seen as part of everyday religiosity. Many pilgrims visit the convent regularly and the visitation is a lifestyle the pilgrims have chosen and wish to maintain. Pilgrimage to a contemporary Greek nunnery should not be ennobled, but seen as part of a popular religious sentiment. The visits offer pilgrims various tools for reflecting on their personal life situations and on questions of identity. For them the full round of liturgical worship is a very good reason for going to the convent, and many see it as a way of maintaining their faith and of feeling close to God. Despite cultural developments such as secularization and globalization, pilgrims are quite loyal to the convent they visit. It represents the positive values of ‘Greekness’ and therefore they also trust the nuns’ approach to various matters, both personal and political. The coalition of Orthodoxy and nationalism is also visible in their attitudes towards the convent, which they see as a guardian of Hellenism and as nurturing Greek values both now and in the future.

Kansankirkko, uskonnonvapaus ja valtio : Suomen evankelis-luterilaisen kirkon kirkolliskokouksen tulkinta uskonnonvapaudesta 1963-2003

A national church, freedom of religion, and the state The interpretation of freedom of religion formulated by the Synod of the Evangelical Lutheran Church of Finland in reference to the relationship between the Church and the state from 1963 to 2003 This paper discusses the interpretation of freedom of religion formulated by the Synod of the Evangelical Lutheran Church of Finland during the years 1963-2003. The effect of these formulations and decisions made by the Synod on the relationship between the Church and the state is also discussed as the relationship has been a central issue in the debate about freedom of religion in Finland. Active co-operation with the state caused a dispute in the Church during this period. Another cause for concern for the Synod, a strong defender of the national church, was the weakening position of the Church in a society undergoing many changes. As the Synod of 1963 discussed the status of the Church, the Church began to reflect upon its identity as a national church, and to evaluate freedom of religion in the country, as well as the relationship between the Church and the state. Some of the radicals of the 1960s and 1970s presented the Church as an obstacle to freedom of religion. The Synod was keen to emphasize that, in accordance with international agreements on human rights, freedom of religion means the freedom to have and follow a religion, and also that freedom of religion was a right of the majority in Finnish society. As an active guardian of the rights of its members, the Synod defended such issues as the teaching of religion in schools. Throughout the dispute, the Church focused on its right to act freely and, according to its identity, to express spirituality in the society. At the end of the 1960s, several efforts to reform the law on the freedom of religion and the relationship between the Church and the state gained favour in the Synod. These formulations of the Church were the basis for the work of a parliamentary committee in the 1970s, but no significant changes resulted. Instead, freedom of religion in Finland was judged to be fairly good. The committee paper did, however, lead to preparations for greater independence of the Church. The Synod at the time chose to react to the changes presented to it, but it was not before the 1990s that the Synod became an active force of reform in these matters. Though the Synod, particularly from the 1970s onwards, began clearly to favour the improvement of the position of other religious communities in Finland, it felt it had reason to be cautious as each church and religious community had the freedom to decide individually its relationship with the state. Any changes that would have weakened the position of the Church in Finnish society were met with disapproval in the Synod. Even though some theological concerns regarding the national identity of the Church were raised, the Synod emphasized issues of church policy. Keen to preserve and protect its legal status in society, the Synod judged that this status supported the freedom of action enjoyed by the Church as well as the freedom of religion.

Mikä on ihme ja mitä ihmeistä voidaan tietää? : Keskustelu ihmeistä uusimmassa englanninkielisessä uskonnonfilosofiassa

What is a miracle and what can we know about miracles? A discussion of miracles in anglophone philosophy of religion literature since the late 1960s. The aim of this study is to systematically describe and philosophically examine the anglophone discussion on the subject of miracles since the latter half of the 1960s. The study focuses on two salient questions: firstly, what I will term the conceptual-ontological question of the extent to which we can understand miracles and, secondly, the epistemological question of what we can know about miracles. My main purpose in this study is to examine the various viewpoints that have been submitted in relation to these questions, how they have been argued and on what presuppositions these arguments have been based. In conducting the study, the most salient dimension of the various discussions was found to relate to epistemological questions. In this regard, there was a notable confrontation between those scholars who accept miracles and those who are sceptical of them. On the conceptual-ontological side I recognised several different ways of expressing the concept of miracle . I systematised the discussion by demonstrating the philosophical boundaries between these various opinions. The first and main boundary was related to ontological knowledge. On one side of this boundary I placed the views which were based on realism and objectivism. The proponents of this view assumed that miraculousness is a real property of a miraculous event regardless of how we can perceive it. On the other side I put the views which tried to define miraculousness in terms of subjectivity, contextuality and epistemicity. Another essential boundary which shed light on the conceptual-ontological discussion was drawn in relation to two main views of nature. The realistic-particularistic view regards nature as a certain part of reality. The adherents of this presupposition postulate a supernatural sphere alongside nature. Alternatively, the nominalist-universalist view understands nature without this kind of division. Nature is understood as the entire and infinite universe; the whole of reality. Other, less important boundaries which shed light on the conceptual-ontological discussion were noted in relation to views regarding the laws of nature, for example. I recognised that the most important differences between the epistemological approaches were in the different views of justification, rationality, truth and science. The epistemological discussion was divided into two sides, distinguished by their differing assumptions in relation to the need for evidence. Adherents of the first (and noticeably smaller) group did not see any epistemological need to reach a universal and common opinion about miracles. I discovered that these kinds of views, which I called non-objectivist, had subjectivist and so-called collectivist views of justification and a contextualist view of rationality. The second (and larger) group was mainly interested in discerning the grounds upon which to establish an objective and conclusive common view in relation to the epistemology of miracles. I called this kind of discussion an objectivist discussion and this kind of approach an evidentialist approach. Most of the evidentialists tried to defend miracles and the others attempted to offer evidence against miracles. Amongst both sides, there were many different variations according to emphasis and assumption over how they saw the possibilities to prove their own view. The common characteristic in all forms of evidentialism was a commitment to an objectivist notion of rationality and a universalistic notion of justification. Most evidentialists put their confidence in science in one way or another. Only a couple of philosophers represented the most moderate version of evidentialism; they tried to remove themselves from the apparent controversy and contextualised the different opinions in order to make some critical comments on them. I called this kind of approach a contextualising form of evidentialism. In the final part of the epistemological chapter, I examined the discussion about the evidential value of miracles, but nothing substantially new was discovered concerning the epistemological views of the authors.