Analysis of radiation induced DNA damage by LC-MS/MS in isolated and cellular DNA

Abstract: It is well established that ionizing radiation induces a variety of damage in DNA by direct effects that are mediated by one-electron oxidation and indirect effects that are mediated by the reaction of water radiolysis products, e.g., hydroxyl radicals (•OH). In cellular DNA, direct and indirect effects appear to have about an equal effect toward DNA damage. We have shown that ϒ-(gamma) ray irradiation of aqueous solutions of DNA, during which •OH is the major damaging ROS can lead to the formation several lesions. On the other hand, the methylation and oxidative demethylation of cytosine in CpG dinucleotides plays a critical role in the gene regulation. The C5 position of cytosine in CG dinucleotides is frequently methylated by DNA methyl transferees (DNMTs) and constitutes 4-5% of the total cytosine. Here, my PhD research work focuses on the analysis of oxidative base modifications of model compounds of methylated and non methylated oligonucleotides, isolated DNA (calf-thymus DNA) and F98 cultured cell by gamma radiation. In addition, we identified a series of modifications of the 2-deoxyribose moiety of DNA arising from the exposure of isolated and cellular DNA to ionizing radiation. We also studied one electron oxidation of cellular DNA in cultured human HeLa cells initiated by intense nanosecond 266 nm laser pulse irradiation, which produces cross-links between guanine and thymine bases (G*-T*). To achieve these goals, we developed several methods based on mass spectrometry to analyze base modifications in isolated DNA and cellular DNA.

Processos Oxidativos Avançados para Remediação de Águas Contaminadas por Pesticidas

Este trabalho teve como objectivo inicial o estudo de processos oxidativos avançados de forma a remediar e tratar águas contaminadas por pesticidas. No entanto, ao longo do trabalho experimental, constatou-se que os produtos resultantes da degradação de pesticidas são muitas vezes mais tóxicos do que os compostos que lhes deram origem e que, por isso, degradar um composto nem sempre é o melhor para o ambiente. Assim, neste trabalho, procurou-se estudar o processo de degradação com o objectivo de minimizar o impacto ambiental dos pesticidas na água e no ambiente em geral. A parte experimental deste trabalho foi dividida em duas etapas, sendo que, em ambas, a voltametria de onda quadrada e a espectrofotometria de UV/Vis foram os métodos de análise utilizados, para acompanhar o processo de fotodegradação. Na primeira etapa estudou-se a relação entre a estrutura química dos pesticidas MCPA, MCPP, 2.4-D e Dicloroprop e a sua fotodegradação. Soluções aquosas dos pesticidas enunciados foram submetidas a irradiação UV/vis, com incrementos variáveis de tempo de irradiação. Os resultados obtidos, nesta etapa, permitiram constatar diferenças na percentagem de degradação dos diferentes pesticidas. Dos pesticidas estudados verificou-se uma maior fotodegradação para o MCPA e MCPP seguido do Dicloroprop e finalmente o 2.4-D que se degradou menos. Os dados obtidos sugerem que a fotodegradação destes pesticidas está intimamente ligada com a estrutura das moléculas. A presença de um maior número de grupos cloro ligados ao anel aromático nos pesticidas 2,4-D e Dicloroprop faz com que estes sejam mais estáveis e por isso se degradam menos que o MCPA e o MCPP. Por outro lado, o facto de o 2,4-D apresentar um potencial de oxidação mais elevado do que o Dicloroprop, faz com que este seja mais difícil de degradar, o que justifica a diferença entre os dois. Desta forma, foi possível concluir que a estrutura dos pesticidas condiciona o processo de degradação, como esperado. Na segunda etapa, estudou-se a estabilização dos pesticidas MCPA e MCPP após encapsulação, com 2-hidroxipropil-β-ciclodextrina (HP-β-CD), em água desionizada e em água do rio. Para tal, submeteram-se as soluções aquosas dos pesticidas com e sem ciclodextrina, a irradiação UV/vis, também com incrementos variáveis de tempo. No caso do MCPA verificou-se que, tanto para água desionizada como para água do rio, que este herbicida encapsulado se degrada bastante menos do que o MCPA livre. O encapsulamento permitiu reduzir quase para metade a taxa de fotodegradação. Assim, confirmou-se que a HP-β-CD permite estabilizar este pesticida, tornando-o mais resistente à fotodegradação. Desta forma, originam-se menos produtos de degradação, os quais podem ser mais tóxicos, e reduz-se de o impacto ambiental deste herbicida. Verificou-se também que o MCPA livre se degrada mais em água do rio do que em água desionizada, provavelmente devido à matéria orgânica presente nesta água, que promove o processo de degradação. No que respeita ao MCPP também se constatou que este herbicida se degrada menos encapsulado do que livre, em água desionizada e em água do rio. Neste caso, conseguiu-se reduzir pouco a taxa de fotodegradação, mas, ainda assim se verifica uma estabilização deste pesticida através do encapsulamento. No entanto, tornou-se mais evidente a estabilização do MCPP após encapsulação em água do rio, já que apresenta uma taxa de fotodegradação menor. Este facto demonstra que a HP-β-CD permite estabilizar também este pesticida, tornando-o mais resistente à fotodegradação, e reduzindo seu impacto ambiental.

Toxic metal recovery from spent hydroprocessing catalyst

Spent hydroprocessing catalysts (HPCs) are solid wastes generated in refinery industries and typically contain various hazardous metals, such as Co, Ni, and Mo. These wastes cannot be discharged into the environment due to strict regulations and require proper treatment to remove the hazardous substances. Various options have been proposed and developed for spent catalysts treatment; however, hydrometallurgical processes are considered efficient, cost-effective and environmentally-friendly methods of metal extraction, and have been widely employed for different metal uptake from aqueous leachates of secondary materials. Although there are a large number of studies on hazardous metal extraction from aqueous solutions of various spent catalysts, little information is available on Co, Ni, and Mo removal from spent NiMo hydroprocessing catalysts. In the current study, a solvent extraction process was applied to the spent HPC to specifically remove Co, Ni, and Mo. The spent HPC is dissolved in an acid solution and then the metals are extracted using three different extractants, two of which were aminebased and one which was a quaternary ammonium salt. The main aim of this study was to develop a hydrometallurgical method to remove, and ultimately be able to recover, Co, Ni, and Mo from the spent HPCs produced at the petrochemical plant in Come By Chance, Newfoundland and Labrador. The specific objectives of the study were: (1) characterization of the spent catalyst and the acidic leachate, (2) identifying the most efficient leaching agent to dissolve the metals from the spent catalyst; (3) development of a solvent extraction procedure using the amine-based extractants Alamine308, Alamine336 and the quaternary ammonium salt, Aliquat336 in toluene to remove Co, Ni, and Mo from the spent catalyst; (4) selection of the best reagent for Co, Ni, and Mo extraction based on the required contact time, required extractant concentration, as well as organic:aqueous ratio; and (5) evaluation of the extraction conditions and optimization of the metal extraction process using the Design Expert® software. For the present study, a Central Composite Design (CCD) method was applied as the main method to design the experiments, evaluate the effect of each parameter, provide a statistical model, and optimize the extraction process. Three parameters were considered as the most significant factors affecting the process efficiency: (i) extractant concentration, (ii) the organic:aqueous ratio, and (iii) contact time. Metal extraction efficiencies were calculated based on ICP analysis of the pre- and post–leachates, and the process optimization was conducted with the aid of the Design Expert® software. The obtained results showed that Alamine308 can be considered to be the most effective and suitable extractant for spent HPC examined in the study. Alamine308 is capable of removing all three metals to the maximum amounts. Aliquat336 was found to be not as effective, especially for Ni extraction; however, it is able to separate all of these metals within the first 10 min, unlike Alamine336, which required more than 35 min to do so. Based on the results of this study, a cost-effective and environmentally-friendly solventextraction process was achieved to remove Co, Ni, and Mo from the spent HPCs in a short amount of time and with the low extractant concentration required. This method can be tested and implemented for other hazardous metals from other secondary materials as well. Further investigation may be required; however, the results of this study can be a guide for future research on similar metal extraction processes.

Quitosana imobilizada em suporte inerte para a adsorção de corantes alimentícios em coluna de leito fixo

O uso de corantes sintéticos na indústria de alimentos tem provocado transtornos à saúde humana e ao meio ambiente. A quitosana pode ser imobilizada em matrizes sólidas e aplicada na remoção de corantes em coluna de leito fixo. A análise da dinâmica de uma coluna de leito fixo é baseada na curva de ruptura, esta é dependente da geometria da coluna, das condições operacionais e dos dados de equilíbrio. Neste contexto, o objetivo deste trabalho foi estudar o recobrimento de esferas de vidro por quitosana e sua aplicação como adsorvente de corantes em coluna de leito fixo. No estudo do recobrimento avaliaram-se os efeitos da concentração de quitosana e dos métodos de cura. As esferas recobertas foram aplicadas em ensaios de adsorção estático e dinâmico. Inicialmente, avaliou-se o equilíbrio de adsorção através da construção de isotermas e ajuste de modelos, e após, avaliaram-se os efeitos do tipo de cura e do grau de desacetilação da quitosana. Em seguida, foram analisados os efeitos do tipo de corante e do pH, e o comportamento cinético da adsorção pela construção de curvas de ruptura e ajuste de modelos dinâmicos. A influência da altura do leito e da concentração inicial de corante sobre os parâmetros da adsorção em leito fixo foram analisados através da metodologia de superfície de resposta (MSR). Ao final, estudou-se a regeneração da coluna. Os resultados mostraram que os maiores percentuais de recobrimento foram obtidos pelos métodos físico e físico/químico, na concentração de quitosana de 0,5% (m/v). Nestas condições o percentual de recobrimento foi de 46%. Nas imagens da superfície das esferas (MEV) observou-se que as mesmas foram recobertas de forma homogênea pela quitosana. As isotermas de equilíbrio obtidas foram classificadas como do tipo V, sendo o modelo de Sips o mais adequado para representar os dados experimentais. As capacidades máximas de adsorção foram 337 mg g-1, 286 mg g-1 e 200 mg g-1 para os corantes amarelo tartrazina, amarelo crepúsculo e vermelho 40, respectivamente. A aplicação das esferas recobertas com quitosana em leito fixo mostrou-se mais adequada utilizando o método de cura físico/químico e quitosana com grau de desacetilação de 85%. A máxima capacidade de adsorção da coluna em função do corante e do pH variou de 13 a 108 mg g–1. Os modelos BDST (bed–depth–service–time), Thomas e Yoon–Nelson foram adequados para representar os dados experimentais. De acordo com a MSR, o melhor desempenho do leito foi com altura de 30 cm e concentração inicial de corante de 50 mg L-1. Nestas condições, obteve-se tempo de ruptura de 88 min, máxima capacidade da coluna de 108 mg g-1 e remoção de 86 %. Na regeneração da coluna observou-se que cerca de 75% da capacidade máxima da coluna foi mantida após cinco ciclos de adsorção–eluição. Diante do exposto, a coluna de leito fixo empacotada com esferas recobertas com quitosana mostrou-se promissora na remoção de corantes de soluções aquosas.

Síntese de sensores, funcionalização de nanopartículas e fibras óticas para reconhecimento de aniões

O trabalho descrito nesta dissertação envolve a síntese e caracterização de novos macrociclos tetrapirrólicos e afins com potencial aplicação como quimiossensores de aniões, tanto em solução como quando suportados em diferentes materiais. As porfirinas e ftalocianinas ocupam um lugar de destaque nesta dissertação, pelo que no primeiro capítulo, é feita uma revisão bibliográfica acerca das suas metodologias de síntese bem como das suas principais características e aplicações, nomeadamente como quimiossensores de aniões. No segundo capítulo é discutida a síntese e caracterização dos compostos porfirínicos e ftalocianinicos com grupos amina ou poliamina, posteriormente utilizados como hospedeiros de aniões. Descrevem-se, pormenorizadamente, os métodos de síntese, purificação e caracterização estrutural dos diversos compostos sintetizados. No terceiro capítulo realizaram-se os estudos de complexação com aniões em solução e determinaram-se as respetivas constantes de afinidade. Os compostos sintetizados apresentam capacidade de interagir com diferentes aniões. As porfirinas testadas apresentam elevadas constantes de afinidade para o anião di-hidrogenofosfato, mesmo em soluções aquosas quando testadas com cristais piezoelétricos. No caso das ftalocianinas verificou-se que estas interagem com vários aniões e apresentam propriedades cromogénicas, podendo mesmo distinguir aniões cianeto em soluções contendo água. No quarto capítulo estudou-se a imobilização dos quimiossensores, que demonstraram maior eficácia nos estudos de reconhecimento em solução, em diferentes materiais. Primeiro foi estudada a imobilização dos quimiossensores em nanopartículas de sílica (com e sem núcleo magnético) e testada a sua capacidade como sensor de aniões em solução. Numa segunda parte foi estudada a imobilização em fibras óticas. Estas, além das suas excecionais propriedades físico-químicas, têm a vantagem de poderem ser integradas em diferentes estruturas e/ou equipamentos de análise. Na ultima parte desta dissertação encontra-se a descrição da síntese e caracterização de novos conjugados porfirina-C60-OligoDNA com potencial aplicação em transferência eletrónica. Foram sintetizados e caracterizados novos compostos porfirina-OligoDNA e C60-OligoDNA. Esta parte do trabalho foi realizada no “Institute of Advanced Energy” na Universidade de Quioto, Japão.

Extraction and purification of theobromine using ionic liquids

Theobromine is an alkaloid present in cocoa and it is used in the treatment of atherosclerosis, hypertension, angina, among others. Due to its importance, the aim of this work consists on the development of an efficient and sustainable technology for the extraction of theobromine from cocoa beans. For the development of a purification technique for theobromine extracted from cocoa, aqueous biphasic systems (ABS) composed of ionic liquids (ILs) were initially studied to infer on the most promising systems. Cholinium-based ILs, based on a non-toxic and biocompatible cation, were used combined with two polymers (PPG 400 and PEG 400) and an inorganic salt (K3PO4). The respective phase diagrams at 298 K and atmospheric pressure were determined, as well as their extraction efficiencies for theobromine. The results obtained indicate that K3PO4 has a greater ability to induce the formation of ABS compared to PEG 400 and PPG 400. ABS consisting of K3PO4 also have a high potential for the extraction of theobromine, with extraction efficiencies ranging between 96.4 and 99.9 %. Based on the most promising ILs for the purification step, they were further used in aqueous solution to extract theobromine from cocoa beans, with extraction yields ranging between 4.5% and 6.5 wt%. Finally, ABS were applied to the aqueous solutions containing theobromine from the cocoa extract, with extraction efficiencies ranging between 96.7 and 99.0%.

Concentration of human pollution tracers with ionic liquids

The main objective of the present thesis consists on the development of an analytical preconcentration technology for the concomitant extraction and concentration of human pollution tracers from wastewater streams. Due to the outstanding tunable properties of ionic liquids (ILs), aqueous biphasic systems (ABS) composed of ILs can provide higher and more selective extraction efficiencies for a wide range of compounds, being thus a promising alternative to the volatile and hazardous organic solvents (VOCs) typically used. For that purpose, IL-based ABS were employed and adequately characterized as an one-step extraction and concentration technique. The applicability of IL-based ABS was verified by their potential to completely extract and concentrate two representative pharmaceutical pollution tracers, namely caffeine (CAF) and carbamazepine (CBZ), from wastewaters. The low concentration of these persistent pollutants (usually found in μg·dm-3 and ng·dm-3 levels, respectively) by conventional analytical equipment does not permit a proper detection and quantification without a previous concentration step. Preconcentration methods commonly applied are costly, timeconsuming, with irregular recoveries and make use of VOCs. In this work, the ABS composed of the IL tetrabutylammonium chloride ([N4444]Cl) and the salt potassium citrate (K3[C6H5O7]) was investigated while demonstrating to be able to completely extract and concentrate CAF and CBZ, in a single-step, overcoming thus the detection limit of the applied analytical equipment. Finally, the hydrotropic effect responsible for the ability of IL-based ABS to extract and concentrate a wide variety of compounds was also investigated. It was shown that the IL rules the hydrotropic mechanism in the solubility of CAF in aqueous solutions, with an increase in solubility up to 4-fold. Moreover, the proper selection of the IL enables the design of the system that leads to a more enhanced solubility of a given solute in the IL-rich phase, while allowing a better extraction and concentration. IL-based ABS are a promising and more versatile technique, and are straightforwardly envisaged as selective extraction and concentration routes of target micropollutants from wastewater matrices.

Degradation of compounds present in cork boiling water by gamma radiation

Cork boiling water is an aqueous and complex dark liquor with high concentration of phenolic compounds such as phenolic acids and tannins [1, 2], which are considered biorecalcitrants [2]. Ionizing radiation has been widely studied as an alternative technology for the degradation of organic contaminants without the addition of any other (e.g.: Fenton technologies). The aim of this work was to identify the compounds present in cork boiling water and further evaluate the resulting stable degradation products after gamma irradiation. The irradiation experiments of standard solutions were carried out at room temperature using a Co-60 experimental equipment. The applied absorbed doses were 20 and 50 kGy at a dose rate of 1.5 kGy/h, determined by routine dosimeters [3]. The identification of radiolytic products was carried out by HPLC-DAD-ESI/MS. The phenolic compounds were identified by comparing their retention times and UV–vis and mass spectra with those obtained from standard compounds, when available, as well as by comparing the obtained information with available data reported in the literature. Concerning the obtained results and the literature review, the main cork wastewater components are: quinic, gallic, protocatechuic, vanillic, syringic and ellagic acids. Based on this, we used protocatechuic, vanillic and syringic acids as model compounds to study their degradation by gamma radiation in order to identify the corresponding radiolytic products. Standard aqueous solutions were irradiated and the derivatives of each model compound are represented in figure 1. The obtained results seem to demonstrate that the derivatives of the parent compounds could also be phenolic acids, since it was observed the loss of 44 u (CO2) from the [M-H]- ions. Gallic and protocatechuic acids are identified as derivatives of vanillic and syringic acids, and gallic acid as a protocatechuic acid derivative. Compound 5 ([M-H]- at m/z 169) was tentatively identified as 2,4,6-trihydroxybenzoic acid, since its fragmentation pattern (m/z 151, 125 and 107) is similar to that previously reported in literature [4]. The structure of compound 7 was proposed based on the molecular ion and its fragmentation and compound 6 remains unknown.

Badanie metodą EPR funkcjonalizowanych nanocząstek magnetytu w surowicy i pełnej krwi ludzkiej

Wydział Fizyki

Solução semi-analítica para modelagem das condições inicial e de contorno aplicáveis ao ensaio de difusão pura

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Civil e Ambiental, 2015.

Biossorção do corante têxtil preto reafix super 2R com bagaço de malte

Na indústria têxtil grandes volumes de efluentes são gerados, os quais são caracterizados por serem coloridos e poluentes , devido à presença de corantes em sua composição. Com a necessidade de descontaminação, diferentes métodos são utilizados no tratamento, sendo um deles, a biossorção. Este consiste na remoção das substâncias tóxicas recorrendo a biossorventes obtidos a partir de resíduos agrícolas e sub-produtos de processos industriais. O objetivo principal deste trabalho foi estudar a remoção do corante Preto Reafix Super 2R em soluções aquosas por meio de biossorção com bagaço de malte. Baseando-se sobretudo no estudo da cinética e equilíbrio entre o biossorvente e o corante. Numa primeira fase foi estudada a influência dos parâmetros operacionais, como a influência do diâmetro médio das partículas do biossorvente, o pH da solução e a velocidade de agitação da solução. Sendo as condições ótimas de biossorção definidas a pH 2, velocidade de agitação de 150 rpm e biomassa sem peneiramento. Posteriormente, ajustaram-se os modelos cinéticos de Pseudo-primeira ordem, Pseudo-segunda ordem e de Difusão intrapartícula aos resultados experimentais obtidos pela cinética de adsorção avaliando também a influência da temperatura no tempo de contato para se alcançar o equilibrio. O modelo de Pseudo-segunda ordem conduziu ao melhor ajuste, com um coeficiente de correlação (R2) de apróximadamente 1. A partir dos testes de equilíbrio realizados com diferentes concentrações de corante, foram ajustadas as isotermas de Langmuir, Freundlich, Tempkin aos resultados experimentais tendo-se obtido parâmetros bastante significativos para o modelo Langmuir, cuja capacidade máxima de remoção (qmax) obtida foi de 40,16 mg.g-1. A análise dos parâmetros termodinâmicos permitiram avaliar que o processo de adsorção ocorre espontaneamente, sendo endotérmico e que ao longo do processo aumenta a aleatoriedade na interface sólido/solução, devido à desorganização do processo em virtude das interações que ocorrem.

Desenvolvimento e validação de metodologia analítica para quantificação de urânio em compostos do ciclo do combustível nuclear por espectroscopia no infravermelho com transformada de Fourier (FTIR)

Tese (Doutorado em Tecnologia Nuclear)

Studies on terpenes solubility in water and deep eutectic solvents diagrams for biomedical applications

The main objectives of this work are the measurement of terpenes solubility in water at different temperatures, and the formulation of Deep Eutectic Solvents based on choline chloride and polycarboxylic acids, that can be used as hydrotropes of aqueous solutions in terpenes, replacing conventional organic solvents. In this work a new experimental methodology was implemented, using dialysis membranes, for the measurement of terpenes solubility in water. Concerning the deep eutectic diagrams formulation, the determination of the melting points of the eutectic mixtures was performed using a visual method. The method used for determining solubilities was previously validated using a well-studied model compound, toluene. The experimental results of terpenes solubilities in water resulted in a very satisfactory coefficients of variation, always below 6%. The experimental solubility data were analysed and the temperature dependence is also studied in a thermodynamic perspective. The compound with the largest solubility dependence with the temperature is geraniol, while thymol presents the smallest. The phase diagrams of DES formulated were quite satisfactory, presenting always eutectic points below to 373.15 K. For some compositions, the systems composed by choline chloride and lactic, or malonic, or myristic acid were liquid at room temperature. In the case of monocarboxylic acids, eutectic is formed at 60% mol of the acid, to dicarboxylic acid is formed at 50% mol of the acid and for tricarboxylic acid these point is formed at 30% mol of the acid. In the future, it will be important to study the effect of DES as hydrotropes in aqueous solutions of terpenes. Furthermore, it would be interesting to study more terpenes in order to assess the effect of the size of the alkyl chain and the structures of the compounds.

Post consumer pet depolymerization by acid hydrolysis

The reaction of post-consumer poly(ethylene terephthalate) with aqueous solutions of sulfuric acid 7.5M was investigated in terms of temperature, time and particle size. The reaction extent reached 80% in four days at 100 degrees C and 90% in 5 hours at 135 degrees C. TPA obtained was purified and considered in the same level of quality of the commercial one after tests of elemental analysis, particle size and color. It was concluded that the hydrolysis occurred preferentially at the chain ends and superficially, having as controller mechanism the acid diffusion into the polymer structure. The shrinking-core model can explain the reaction kinetics.

Two-State Thermodynamics of Supercooled Water

Water has been called the “most studied and least understood” of all liquids, and upon supercooling its behavior becomes even more anomalous. One particularly fruitful hypothesis posits a liquid-liquid critical point terminating a line of liquid-liquid phase transitions that lies just beyond the reach of experiment. Underlying this hypothesis is the conjecture that there is a competition between two distinct hydrogen-bonding structures of liquid water, one associated with high density and entropy and the other with low density and entropy. The competition between these structures is hypothesized to lead at very low temperatures to a phase transition between a phase rich in the high-density structure and one rich in the low-density structure. Equations of state based on this conjecture have given an excellent account of the thermodynamic properties of supercooled water. In this thesis, I extend that line of research. I treat supercooled aqueous solutions and anomalous behavior of the thermal conductivity of supercooled water. I also address supercooled water at negative pressures, leading to a framework for a coherent understanding of the thermodynamics of water at low temperatures. I supplement analysis of experimental results with data from the TIP4P/2005 model of water, and include an extensive analysis of the thermodynamics of this model.