Uma Análise da Utilização da Lei do Bem nas Micro e Pequenas Empresas (MPE)de Base Tecnológica Incubadas no Vale da Eletrônica, em Santa Rita do Sapucaí (MG)

A presente pesquisa objetiva analisar a utilização da Lei n 11.195/05, a Lei do Bem, por micro e pequenas empresas de base tecnológica - EBTs incubadas localizadas no polo tecnológico de Santa Rita do Sapucaí (MG), considerando para isto a interação da hélice tríplice, ou seja, a interação entre universidade-empresa-governo. Com intuito específico, objetiva identificar os principais motivos para a utilização da Lei do Bem, assim como dos motivos determinantes para a utilização ou não dos benefícios fiscais por ela proporcionados. A referida Lei proporciona benefícios fiscais voltados para a inovação e desenvolvimento de tecnologia, incluindo vantagens para a contratação de pesquisadores e na aquisição de equipamentos e maquinário para essas finalidades, entre outros. A pesquisa foi realizada pelo intermédio de uma estudo de campo na cidade de Santa Rita do Sapucaí (MG), que possibilitou a coleta dos dados mediante entrevistas estruturadas de maneira semiaberta com os empresários e órgão e instituições de apoio da região, possibilitando assim uma maior liberdade aos entrevistados para responderem dentro do roteiro estabelecido. O roteiro abrangia, de forma resumida, perguntas referentes à inovação, estrutura da região e do conhecimento e utilização da Lei do Bem. A análise dos dados coletados nas entrevistas constatou que o Arranjo Produtivo Local (APL) em que as empresas se encontram possui estrutura para a inovação e o desenvolvimento de tecnologia, entretanto, a interação entre os atores da hélice tríplice apresentou restrições em relação à utilização de financiamentos, fomentos e da utilização dos benefícios fiscais, em específico na dificuldade da utilização da Lei do Bem pelas empresas da região. Constatou-se nas as empresas pesquisadas, dificuldade para utilização de fomentos específicos para a inovação. Os fatores determinantes da dificuldade do uso da Lei do Bem apontados pela pesquisa foram o desconhecimento da Lei pelos empresários, falta de informação sobre a Lei e, o regime tributário escolhido. Esse estudo pode contribuir para aumentar o alcance da Lei do Bem às Micro e Pequenas Empresas (MPEs), e pela análise da citada Lei ao longo dos seus oito anos de vigência, sendo sete deles já reportados pelo Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI), que resultou em uma lista com 1456 empresas que já se utilizaram dos benefícios proporcionados pela Lei do Bem de 2006 a 2012.

Efeitos genotóxicos e indução do SOS em mutantes derivados de Escherichia coli K-12 durante o processo de interação com superfícies bióticas e abióticas

A célula epitelial é o primeiro contato entre os micro-organismos e o hospedeiro. Essa interação pode levar a produção de diversas citocinas, quimiocinas, moléculas inflamatórias e também estimular a geração de espécies reativas de oxigênio (ERO). Neste trabalho avaliamos se a interação com as células HEp-2 poderia ser genotóxica para os mutantes derivados de Escherichia coli K-12 deficientes em algumas enzimas que fazem parte do sistema de reparo por excisão de base (BER). Além disto, avaliamos a expressão do sistema SOS, que é induzido pela presença de danos no genoma bacteriano. Os resultados obtidos mostraram a presença de filamentos, na interação com células HEp-2, principalmente, no mutante xthA (BW9091) e no triplo mutante xthA nfo nth (BW535). Quando a interação foi quantificada na ausência da D-manose, observamos um aumento das bactérias aderidas. Além disto, a quantidade e o tamanho dos filamentos também aumentaram, mostrando que as adesinas manose-sensíveis estavam envolvidas na filamentação bacteriana. Para comprovar se o aumento da filamentação observada neste ensaio foram uma consequência da indução do sistema SOS, desencadeada pela interação com as células HEp-2, quantificamos a expressão do SOS, na presença e na ausência da D-manose. De fato, observamos que a indução do SOS na ausência da D-manose foi maior, quando comparada, com o ensaio realizado na presença de D-manose. Além disto, observamos que a ausência de xthA foi importante para o aumento da filamentação observada na ausência de D-manose. Diante destes resultados, verificamos se a resposta de filamentação ocorreria quando as bactérias interagiam com uma superfície abiótica como o vidro. Observamos também inúmeros filamentos nos mutantes BER, BW9091 e BW535, quando comparados a cepa selvagem AB1157. Essa filamentação foi associada à indução do SOS, em resposta a interação das bactérias com o vidro. Em parte a filamentação e a indução do SOS observadas na interação ao vidro, foram associadas à produção de ERO. Quantificamos também o número de bactérias aderidas e observamos que as nossas cepas formavam biofilmes moderados. Contudo, a formação de biofilme dependia da capacidade da bactéria induzir o sistema SOS, tanto em aerobiose como em anaerobiose. A tensão do oxigênio foi importante para interação dos mutantes BER, uma vez que os mutantes BW9091 e BW535 apresentaram uma quantidade de bactérias aderidas menor em anaerobiose. Contudo, a diminuição observada não estava vinculada a morte dos mutantes BER. Também realizamos microscopia de varredura na cepa selvagem e nos mutantes, BW9091 e BW535 e confirmamos que as três cepas formavam biofilmes tanto em aerobiose como em anaerobiose. Observamos uma estrutura sugestiva de matriz extracelular envolvendo os biofilmes da cepa selvagem AB1157 e do mutante BW9091. No entanto, a formação desta estrutura por ambas as cepas dependia da tensão de oxigênio, pois nos biofilmes formados em anaerobiose essa estrutura estava ausente. Em conclusão, mostramos que na interação das bactérias com a superfície biótica e abiótica, ocorreu lesão no genoma, com indução do SOS e a resposta de filamentação associada.

Custo-efetividade da Terapia Tripla para pacientes adultos portadores do genótipo 1 da hepatite C crônica.

As ações de prevenção, diagnóstico e tratamento da hepatite C crônica integram as agendas das políticas de saúde do Brasil e do mundo, pois se trata de uma doença com grande número de acometidos, com alto custo tratamento e que ocasiona graves desfechos e incapacidade, o que acaba por onerar seu custo social. Os protocolos clínicos e diretrizes terapêuticas demonstram os esforços de inúmeras entidades no combate da hepatite C, pois informam aos profissionais de saúde, pacientes e familiares e cidadãos em geral, qual seria a melhor forma, comprovada cientificamente, de se proceder frente a uma infecção desta natureza. Realizouse uma análise de custoefetividade, sob a perspectiva do SUS, das estratégias: tratamento e retratamento com a terapia dupla, tratamento com a terapia dupla e retratamento com a terapia tripla e tratamento com a terapia tripla. Através de modelo de simulação baseado em cadeias Markov foi criada uma coorte hipotética de 1000 indivíduos adultos, acima de 40 anos, de ambos os sexos, sem distinção declasse socioeconômica, com diagnóstico confirmado para hepatite C crônica, monoinfectados pelo genótipo 1 do VHC e com ausência de comorbidades. A simulação foi iniciada com todos os indivíduos portando a forma mais branda da doença, tida como a classificação histológica F0 ou F1 segundo a escala Metavir. Os resultados demonstram que as duas opções, ou seja, a terapia dupla/tripla e a terapia tripla estão abaixo do limiar de aceitabilidade para incorporação de tecnologia proposto pela OMS (2012) que é de 72.195 (R$/QALY) (IBGE, 2013; WHO, 2012). Ambas são custoefetivas, visto que o ICER da terapia dupla/tripla em relação alinha de base foi de 7.186,3 (R$/QALY) e o da terapia tripla foi de 59.053,8 (R$/QALY). Entretanto o custo incremental de terapia tripla em relação à dupla/tripla foi de 31.029 e a efetividade incremental foi de 0,52. Em geral, quando as intervenções analisadas encontramse abaixo do limiar, sugerese a adoção do esquema de maior efetividade. A terapia tripla, apesar de ter apresentado uma efetividade um pouco acima da terapia dupla/tripla, apresentou custo muito superior. Assim, como seria coerente a adoção de uma ou da outra para utilização no SUS, visto que este sistema apresenta recursos limitados, indicase a realização de um estudo de impacto orçamentário para obterse mais um dado de embasamento da decisão e assim poder apoiar o protocolo brasileiro existente ou sugerir a confecção de novo documento.

Efeito do Sistema de Secreção do Tipo VI de Pseudomonas aeruginosa em modelo murino de pneumonia aguda

O Sistema de Secreção do Tipo VI (SST6), o mais recente maquinário de secreção descrito em bactérias Gram-negativas, é amplamente distribuído entre as diversas espécies deste grupo de microrganismos. Esse aparato de secreção é capaz de injetar efetores proteicos em células alvo, eucarióticas e procarióticas. Estudos sobre o papel do SST6 na virulência microbiana revelaram que este sistema secretório participa ativamente do estabelecimento de infecções, contribuindo para a sobrevivência das bactérias no interior de fagócitos. O genoma da cepa PAO1 de Pseudomonas aeruginosa apresenta três loci que codificam aparatos de SST6, denominados de H1-SST6, H2-SST6 e H3-SST6, Porém, pouco se sabe sobre a participação do SST6 na patogênese de infecções por P. aeruginosa. Assim, o presente estudo investigou o papel de H1-SST6, H2-SST6 e H3-SST6 durante a infecção pulmonar aguda de camundongos. Para isso, camundongos C57/BL6 foram infectados com diferentes doses de bactérias da cepa selvagem PAO1 ou das cepas mutantes PAO1∆H1, PAO1∆H2, PAO1∆H3 ou PAO1∆H1∆H2∆H3. Após 24 horas, os lavados broncoalveolares (LBAs) de animais controle e infectados foram recuperados para a contagem de leucócitos totais e polimorfonucleares e para a quantificação, por ELISA, da quimiocina para neutrófilos, KC, e das citocinas pró-inflamatórias IL-1β e TNF-α. Em outros experimentos, os pulmões, fígados, baços e rins dos animais foram macerados para a pesquisa da carga bacteriana e da disseminação sistêmica das bactérias. A citotoxicidade do SST6 foi determinada, in vitro, em neutrófilos humanos, pela marcação com iodeto de propídeo (PI) e anexina-V seguida da análise em citometria de fluxo. Os resultados mostraram que a inativação dos três SST6 reduziu significativamente a concentração de neutrófilos nos LBAs quando os animais foram infectados com 10⁷ Unidades Formadoras de Colônias de P. aeruginosa. Nesta dose, foi observado que as medianas do número de bactérias detectadas nos animais infectados com as mutantes no SST6 foram menores do que as detectadas nos animais infectados com a cepa parental PAO1. As mutações no SST6 não afetaram a disseminação sistêmica da bactéria. A pesquisa da secreção de citocinas pró-inflamatórias mostrou que, embora tenha sido observada uma redução nas medianas das concentrações de TNF-α nos LBAs de camundongos infectados com a cepa PAO1∆H1∆H2∆H3, em relação aos LBAs de camundongos infectados com a cepa parental, essa diferença não foi significativa. Como a pesquisa de IL-1β e KC não contribuiu para a elucidação dos mecanismos envolvidos na redução da concentração de neutrófilos nos LBAs dos camundongos infectados pela cepa tripla mutante, foi pesquisado o possível efeito do SST6 na morte de neutrófilos humanos. Os resultados mostraram que não houve diferenças significativas quando as diferentes amostras de células infectadas foram comparedas entre si. Em conclusão, os resultados do presente estudo mostraram que o SST6 pode interferir na resposta de neutrófilos durante a pneumonia aguda, mas estudos adicionais são necessários para determinar o papel deste mecanismo de secreção na patogênese de P. aeruginosa.

Ensino de história da educação nas universidades estaduais do Paraná: institucionalização, saberes e agentes (1962-1998)

Ao considerar a disciplina História da Educação na circunstância e na experiência do ensino emergiu a pergunta Que História é essa?, um disparador que provocou a proposta da pesquisa apresentada no doutorado em educação. Procurou-se analisar o arranjo disciplinar, considerando as circunstâncias na composição do currículo de formação dos professores. Foi elaborado um conjunto de interrogações-guia, a saber: Como a História da Educação foi constituída em saber escolar? Quais referências implicaram sua composição? Como a disciplina foi desenvolvida? Que tipos de práticas foram favorecidas no seu desenvolvimento? Que sujeitos foram responsáveis por sua oferta? O problema da constituição histórica da disciplina História da Educação configurou a arquitetura do trabalho de tese, que assumiu a experiência particular de organização da disciplina História da Educação na Universidade Estadual de Londrina, entre 1962 e 1998, assumida aqui, como referência para uma análise local e geral desse dispositivo no campo da Historiografia da Educação. A trama tecida nessa pesquisa se entrelaça na rede de reflexões e debates sobre o tema em âmbito local e nacional. Como chave para análise do problema, operou-se com uma tripla dimensão, a saber; a dimensão institucional, a dimensão dos sujeitos e a dimensão dos saberes. Essa chave se configurou como recurso metodológico, entendendo que tais dimensões não encontram-se separadas e sim implicadas, configurando trama histórica a ser considerada e interrogada, integrantes de uma rede, interdependentes. A investigação particularizada de cada dimensão visou facilitar o tratamento das séries documentais e a análise dos discursos e fontes selecionados. Ao mesmo tempo possibilitou o tratamento das articulações, das regularidades e das variações no período estabelecido. Postas em relação, tornaram possível delinear a constituição da formação docente como desafio institucional, as soluções locais e principalmente o modo como se deu o processo de disciplinarização da História da Educação no âmbito do projeto em análise, considerando a própria genealogia do saber e as soluções marcadas pelas configurações institucionais e agenciamento dos professores que ministraram a disciplina em situações bem determinadas. O conjunto documental organizado em séries homogêneas, a partir do qual pôde-se definir relações, foi constituído da experiência histórica representada, ou seja, registrada. O trabalho se deu considerando então a História Serial, sendo organizado e recortado temporalmente pela e na circunstância dos documentos localizados e selecionados. As séries foram constituídas por programas e diários de classe da UEL, UEPG e UEM, depoimentos de professores, registros e documentos institucionais, material didático, catálogos de curso, propostas curriculares, trabalhos acadêmicos. No movimento de aproximação aos questionamentos apresentados, uma trama narrativa foi tecida no conjunto de quatro capítulos. Este estudo incidiu sobre uma problemática ainda marginal no campo da história da educação, o ensino de História da Educação. A análise das séries documentais apontou para a rede de relações tecidas na configuração da disciplina HE: com experiências internacionais (Europa e Estados Unidos), com a elaboração de bibliografia na área, com os círculos acadêmicos e de formação dos professores colocando à vista a relação entre a tradição e o exercício de criação das formas, recortes e conteúdos da(s) História(s) da Educação ensinada(s). Deste modo, ao examinar o aparato institucional, a ordem dos saberes que instaura a história da educação e o modo como determinados professores conduziram a disciplina, investiu-se no estudo do ordinário da história da educação visibilizando elementos para os quais ainda não se confere a legitimidade e importância que a disciplina e seu ensino podem vir a ter.

Direct growth of horizontally aligned carbon nanotubes between electrodes and its application to field-effect transistors

This paper presents direct growth of horizontally aligned carbon nanotubes (CNTs) between two predefined various inter-spacing up to tens of microns of electrodes (pads) and its use as CNT field-effect transistors (CNT-FETs). The catalytic metals were prepared, consisting of iron (Fe), aluminum (Al) and platinum (Pt) triple layers, on the thermal silicon oxide substrate (Pt/Al/Fe/SiO2). Scanning electron microscopy measurements of CNT-FETs from the as-grown samples showed that over 80% of the nanotubes are grown across the catalytic electrodes. Moreover, the number of CNTs across the catalytic electrodes is roughly controllable by adjusting the growth condition. The Al, as the upper layer on Fe electrode, not only plays a role as a barrier to prevent vertical growth but also serves as a porous medium that helps in forming smaller nano-sized Fe particles which would be necessary for lateral growth of CNTs. Back-gate field effect transistors were demonstrated with the laterally aligned CNTs. The on/off ratios in all the measured devices are lower than 100 due to the drain leakage current. ©2010 IEEE.

Ultrasound elastography as an adjuvant to conventional ultrasound in the preoperative assessment of axillary lymph nodes in suspected breast cancer: a pilot study.

AIMS: To compare the performance of ultrasound elastography with conventional ultrasound in the assessment of axillary lymph nodes in suspected breast cancer and whether ultrasound elastography as an adjunct to conventional ultrasound can increase the sensitivity of conventional ultrasound used alone. MATERIALS AND METHODS: Fifty symptomatic women with a sonographic suspicion for breast cancer underwent ultrasound elastography of the ipsilateral axilla concurrent with conventional ultrasound being performed as part of triple assessment. Elastograms were visually scored, strain measurements calculated and node area and perimeter measurements taken. Theoretical biopsy cut points were selected. The sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV), and negative predictive values (NPV) were calculated and receiver operating characteristic (ROC) analysis was performed and compared for elastograms and conventional ultrasound images with surgical histology as the reference standard. RESULTS: The mean age of the women was 57 years. Twenty-nine out of 50 of the nodes were histologically negative on surgical histology and 21 were positive. The sensitivity, specificity, PPV, and NPV for conventional ultrasound were 76, 78, 70, and 81%, respectively; 90, 86, 83, and 93%, respectively, for visual ultrasound elastography; and for strain scoring, 100, 48, 58 and 100%, respectively. There was no significant difference between any of the node measurements CONCLUSIONS: Initial experience with ultrasound elastography of axillary lymph nodes, showed that it is more sensitive than conventional ultrasound in detecting abnormal nodes in the axilla in cases of suspected breast cancer. The specificity remained acceptable and ultrasound elastography used as an adjunct to conventional ultrasound has the potential to improve the performance of conventional ultrasound alone.

Cándido López.

Esta serie tiene como propósito mostrar diferentes expresiones artísticas relacionadas con la Ictiología nacional, generadas en diferentes épocas y que surgen por diversas motivaciones personales que, en algún caso, muestran casi con exactitud a los modelos que inspiraron la obra, en otras, por lo contrario, responden a la imaginación y creatividad del autor. Nuestra primera contribución toma una imagen del artista Cándido López, quién a través de sus pinturas, de alguna manera , fuera un “corresponsal de guerra” de la fratricida Guerra de la Triple Alianza. En este caso contamos con la colaboración de la joven artista plástica Jimena López Miquelarena, quién aportó sus conocimientos sobre el tema central de esta serie. Sólo me resta invitar a quienes quieran sumarse a esta iniciativa, se acerquen con sus aportes para consolidar esta idea, ya que podría ser otro instrumento de difusión del conocimiento de nuestra disciplina a los diferentes estamentos de la sociedad.

Effects of iso-nitrogenous fertilizers as nutrient sources on carp polyculture in Bangladesh

A 120-day long experiment was conducted to find out the effects of urea plus triple super phosphate (UT), cow manure (CM) and poultry manure (PM) having iso-nil:rogen content on pond productivity and fish yield. Three fertilizer treatments, with three replicates each, were randomly assigned into nine earthen ponds of 100 m2 each. The stocking fish were rohu (Labeo ruhita), catla ( Catla catla) and mrigal ( Cirrhinus mrigala) in each treatment pond at the rate of 10000/ha with the ratio of 1:1:1. All ponds were fertilized fortnightly at the rate of 125 kg/ha urea plus 100 kg TSP/ha, 7000 kg/ha cow manure and 3500 kg/ha poultry manure for the treatment of UT, CM and PM, respectively, having an iso-nitrogen content of 56 kg in each. Though the physicochemical water quality parameters were more or less similar in all treatment ponds, the chlorophyll-a content and abundance of total plankton were significantly higher (P < 0.05) in the ponds receiving the treatment PM. Final growth as well as per unit production of fish was significantly higher (p

Effect of phosphorous supplementation in the formulated fish feed on carcass quality of Nile tilapia Oreochromis niloticus L.

A study was conducted to evaluate the effect of phosphorus supplementation in the formulated fish diet on carcass quality of Nile tilapia in net-cages suspended in fertilized earthen ponds. In the experiment 3% di-calcium phosphate (DCP), 3% triple supper phosphate (TSP) and 7% 16:20 inorganic fertilizer were added as phosphorous sources to three diets containing fish meal as main protein ingredient. Feeding tilapia in net-cages with these diets significantly (p

Effects of iso-nitrogenous and iso-phosphorus fertilizers as nutrient sources on carp polyculture in Bangladesh

A 120 day long experiment was conducted to find out the effects of cow manure with urea and triple super phosphate (CUT), poultry manure with urea and triple super phosphate (PUT) and cow manure with poultry manure (CP) having similar quantities of nitrogen and phosphorus on pond productivity and fish yield. The stocking fish were rohu (Labeo rohita), catla ( Catla catla) and mrigal ( Cirrhinus mrigala) in each treatment pond at the rate of 10000/ha. All ponds were fertilized fortnightly at the rate of 4000 kg/ha cow manure with 62 kg/ha urea and 65 kg/ha TSP, 2700 kg/ha poultry manure with 62 kg/ha urea and 16 kg/ha TSP, and 4000kg/ha cow manure with 2700 kg/ha poultry manure for the treatment CUT, PUT and CP respectively. Each treatment contained an iso-nitrogen and iso-phosphorus of 56 kg and 46 kg respectively. Though the physico-chemical parameters were more or less similar in all ponds, the chlorophyll-a content and abundance of total plankton were significantly higher (P< 0.05) in the ponds receiving the fertilizer treatment of PUT than those of other treatments. Final growth as well as per unit production of fish of treatment PUT (1773 kg/ha) was significantly higher (P< 0.05) than that of treatment CP (1528 kg/ha) followed by that of treatment CUT (1336 kg/ha). The over all results showed that poultry manure with urea and triple super phosphate proved to be superior to cow manure with urea and triple super phosphate, and poultry manure with cow manure, even when nitrogen and phosphorus content was similar, in carp polyculture system under prevailing conditions.

Alternative phosphorus sources for formulated fish feed

An experiment was conducted to evaluate the possibility of using inorganic fertilizer triple super phosphate (TSP), inorganic fertilizer 16:20 (a 16:20 grade fertilizer contains 16 percent N and 20 percent P20 5), rice-bran and duck-manure as phosphorus sources in formulated fish feed for Nile tilapia ( Oreochromis niloticus). Experiment was conducted for a period of 2 months in net-cages suspended in fertilized earthen ponds and all male sex-reversed Nile tilapia (9.39- 10.37 g) were used in the experiment. Seven treatments including one non-feed treatment were used in this experiment. Treatment 1 (non-feed), treatment 2 (-P) where fish fed with phosphorus non-supplemented diet acted as control 1 and treatment 3, 4, 5, 6 and 7 where fish fed with 3% di-calcium phosphate (DCP), 3% triple supper phosphate (TSP), 7% 16:20 inorganic fertilizer, 30% rice-bran and 30% duck-manure supplemented diet, respectively. Results showed that the TSP and 16:20 grade inorganic fertilizer supplementation in diets as phosphorus sources were equivalent to DCP (Di-calcium phosphate) supplementation in terms of growth performance, feed utilization efficiency and final body composition of Nile tilapia. Ricebran and duck-manure were not found as good phosphorus sources.

Dissecting Arabidopsis thaliana DICER function in small RNA processing, gene silencing and DNA methylation patterning.

Small RNAs have several important biological functions. MicroRNAs (miRNAs) and trans-acting small interfering RNAs (tasiRNAs) regulate mRNA stability and translation, and siRNAs cause post-transcriptional gene silencing of transposons, viruses and transgenes and are important in both the establishment and maintenance of cytosine DNA methylation. Here, we study the role of the four Arabidopsis thaliana DICER-LIKE genes (DCL1-DCL4) in these processes. Sequencing of small RNAs from a dcl2 dcl3 dcl4 triple mutant showed markedly reduced tasiRNA and siRNA production and indicated that DCL1, in addition to its role as the major enzyme for processing miRNAs, has a previously unknown role in the production of small RNAs from endogenous inverted repeats. DCL2, DCL3 and DCL4 showed functional redundancy in siRNA and tasiRNA production and in the establishment and maintenance of DNA methylation. Our studies also suggest that asymmetric DNA methylation can be maintained by pathways that do not require siRNAs.

MicroRNAs and other small RNAs enriched in the Arabidopsis RNA-dependent RNA polymerase-2 mutant.

The Arabidopsis genome contains a highly complex and abundant population of small RNAs, and many of the endogenous siRNAs are dependent on RNA-Dependent RNA Polymerase 2 (RDR2) for their biogenesis. By analyzing an rdr2 loss-of-function mutant using two different parallel sequencing technologies, MPSS and 454, we characterized the complement of miRNAs expressed in Arabidopsis inflorescence to considerable depth. Nearly all known miRNAs were enriched in this mutant and we identified 13 new miRNAs, all of which were relatively low abundance and constitute new families. Trans-acting siRNAs (ta-siRNAs) were even more highly enriched. Computational and gel blot analyses suggested that the minimal number of miRNAs in Arabidopsis is approximately 155. The size profile of small RNAs in rdr2 reflected enrichment of 21-nt miRNAs and other classes of siRNAs like ta-siRNAs, and a significant reduction in 24-nt heterochromatic siRNAs. Other classes of small RNAs were found to be RDR2-independent, particularly those derived from long inverted repeats and a subset of tandem repeats. The small RNA populations in other Arabidopsis small RNA biogenesis mutants were also examined; a dcl2/3/4 triple mutant showed a similar pattern to rdr2, whereas dcl1-7 and rdr6 showed reductions in miRNAs and ta-siRNAs consistent with their activities in the biogenesis of these types of small RNAs. Deep sequencing of mutants provides a genetic approach for the dissection and characterization of diverse small RNA populations and the identification of low abundance miRNAs.

Tandem repeats upstream of the Arabidopsis endogene SDC recruit non-CG DNA methylation and initiate siRNA spreading.

Plants use siRNAs to target cytosine DNA methylation to both symmetrical CG and nonsymmetrical (CHG and CHH) sequence contexts. DNA methylation and siRNA clusters most frequently overlap with transposons in the Arabidopsis thaliana genome. However, a significant number of protein-coding genes also show promoter DNA methylation, and this can be used to silence their expression. Loss of the majority of non-CG DNA methylation in drm1 drm2 cmt3 triple mutants leads to developmental phenotypes. We identified the gene responsible for these phenotypes as SUPPRESSOR OF drm1 drm2 cmt3 (SDC), which encodes an F-box protein and possesses seven promoter tandem repeats. The SDC repeats show a unique silencing requirement for non-CG DNA methylation directed redundantly by histone methylation and siRNAs, and display spreading of siRNAs and methylation beyond the repeated region. In addition to revealing the complexity of DNA methylation control in A. thaliana, SDC has important implications for how plant genomes utilize gene silencing to repress endogenous genes.