Context-dependent dual role of SKI8 homologs in mRNA synthesis and turnover.

Eukaryotic mRNA transcription and turnover is controlled by an enzymatic machinery that includes RNA polymerase II and the 3' to 5' exosome. The activity of these protein complexes is modulated by additional factors, such as the nuclear RNA polymerase II-associated factor 1 (Paf1c) and the cytoplasmic Superkiller (SKI) complex, respectively. Their components are conserved across uni- as well as multi-cellular organisms, including yeast, Arabidopsis, and humans. Among them, SKI8 displays multiple facets on top of its cytoplasmic role in the SKI complex. For instance, nuclear yeast ScSKI8 has an additional function in meiotic recombination, whereas nuclear human hSKI8 (unlike ScSKI8) associates with Paf1c. The Arabidopsis SKI8 homolog VERNALIZATION INDEPENDENT 3 (VIP3) has been found in Paf1c as well; however, whether it also has a role in the SKI complex remains obscure so far. We found that transgenic VIP3-GFP, which complements a novel vip3 mutant allele, localizes to both nucleus and cytoplasm. Consistently, biochemical analyses suggest that VIP3-GFP associates with the SKI complex. A role of VIP3 in the turnover of nuclear encoded mRNAs is supported by random-primed RNA sequencing of wild-type and vip3 seedlings, which indicates mRNA stabilization in vip3. Another SKI subunit homolog mutant, ski2, displays a dwarf phenotype similar to vip3. However, unlike vip3, it displays neither early flowering nor flower development phenotypes, suggesting that the latter reflect VIP3's role in Paf1c. Surprisingly then, transgenic ScSKI8 rescued all aspects of the vip3 phenotype, suggesting that the dual role of SKI8 depends on species-specific cellular context.

Toward Synchronous Extensible Dependency Grammar

Extensible Dependency Grammar (XDG; Debusmann, 2007) is a flexible, modular dependency grammarframework in which sentence analyses consist of multigraphs and processing takes the form of constraint satisfaction. This paper shows how XDGlends itself to grammar-driven machine translation and introduces the machinery necessary for synchronous XDG. Since the approach relies on a shared semantics, it resembles interlingua MT.It differs in that there are no separateanalysis and generation phases. Rather, translation consists of the simultaneousanalysis and generation of a single source-target sentence.

Phosphorylation by casein kinase 2 facilitates rRNA gene transcription by promoting dissociation of TIF-IA from elongating RNA polymerase I.

The protein kinase casein kinase 2 (CK2) phosphorylates different components of the RNA polymerase I (Pol I) transcription machinery and exerts a positive effect on rRNA gene (rDNA) transcription. Here we show that CK2 phosphorylates the transcription initiation factor TIF-IA at serines 170 and 172 (Ser170/172), and this phosphorylation triggers the release of TIF-IA from Pol I after transcription initiation. Inhibition of Ser170/172 phosphorylation or covalent tethering of TIF-IA to the RPA43 subunit of Pol I inhibits rDNA transcription, leading to perturbation of nucleolar structure and cell cycle arrest. Fluorescence recovery after photobleaching and chromatin immunoprecipitation experiments demonstrate that dissociation of TIF-IA from Pol I is a prerequisite for proper transcription elongation. In support of phosphorylation of TIF-IA switching from the initiation into the elongation phase, dephosphorylation of Ser170/172 by FCP1 facilitates the reassociation of TIF-IA with Pol I, allowing a new round of rDNA transcription. The results reveal a mechanism by which the functional interplay between CK2 and FCP1 sustains multiple rounds of Pol I transcription.

Pituusleikkurin turvaväylät ja koneturvallisuus

Turvallisuuteen liittyvän ohjausjärjestelmän tehtävänä on siirtää ja käsitellä turvallisuuskriittistä tietoa. Esimerkiksi anturin (turvalaitteen) havaitessa vaaravyöhykkeelle pyrkivän ihmisen tulee ensimmäisenä tiedon välittyä ohjausjärjestelmään. Ohjausjärjestelmän on muodostettava saapuneen tiedon perusteella käsky tehonohjauselimille. Tehonohjauselimillä säädellään koneen käyttöenergian syöttöä ja sitä kautta on mahdollista pysäyttää koneen liike ennen mahdollisen vahingon sattumista. Perinteiset turvaratkaisut ovat perustuneet pakkotoimintaisiin releisiin ja kahdennuksiin. Tällämenetelmällä on toteutettu varmatoimintaisia turvaratkaisuja, joissa yksittäiset viat ovat paljastuneet. Nykyisin on kuitenkin yhä enemmän tarvetta integroida turvatoiminnot automaatiojärjestelmään ja toteuttaa turvaratkaisut hajautetuillajärjestelmillä. Hajautetut järjestelmät sisältävät osittain ohjelmoitavien järjestelmien etuja ja haittoja, mutta tuovat mukanaan myös uudenlaisia vikoja. Työn tarkoitus oli selvittää, millaisia rajoituksia koneturvallisuus asettaa paperiteollisuuden pituusleikkurien turvallisuuteen liittyville ohjausjärjestelmille, sekä selvittää turvallisuuteen liittyvien järjestelmien rakennetta ja ominaisuuksia. Tässä työssä tutkittiin AS-i, EsaLan ja ProfiSafe turvajärjestelmiä teknisten tietojen perusteella. Tutkitut järjestelmät ovat erilaisia ja soveltuvat tämän vuoksi hieman erilaisiin kohteisiin. Kaikilla näillä järjestelmillä on kuitenkin mahdollista toteuttaa pituusleikkurin turvaväyläjärjestelmässä riittävä turvallisuuden taso koneturvallisuuden näkökulmasta. Tämä edellyttää oikein tehtyä riskianalyysiä ja oikeita suunnittelumenetelmiä. Teknisten tietojen perusteella otettiin testattavaksi AS-i safety at workja EsaLan:in Compact järjestelmät, joille suoritettiin sähkömagneettiseen yhteensopivuuteen (EMC) ja toiminnallisuuteen liittyviä testejä.

Climate change and future scenarios for palisade grass production in the state of São Paulo, Brazil

The objective of this work was to analyze future scenarios for palisade grass yield subjected to climate change for the state of São Paulo, Brazil. An empirical crop model was used to estimate yields, according to growing degree-days adjusted by one drought attenuation factor. Climate data from 1963 to 2009 of 23 meteorological stations were used for current climate conditions. Downscaled outputs of two general circulation models were used to project future climate for the 2013-2040 and 2043-2070 periods, considering two contrasting scenarios of temperature and atmospheric CO2 concentration increase (high and low). Annual dry matter yield should be from 14 to 42% higher than the current one, depending on the evaluated scenario. Yield variation between seasons (seasonality) and years is expected to increase. The increase of dry matter accumulation will be higher in the rainy season than in the dry season, and this result is more evident for soils with low-water storage capacity. The results varied significantly between regions (<10% to >60%). Despite their higher climate potential, warmer regions will probably have a lower increase in future forage production.

Protein contamination on Klason lignin contents in tropical grasses and legumes

The objective of this work was to evaluate the extent of protein contamination on Klason lignin (KL) in tropical grasses and legumes, and to propose an equation to estimate the protein-free content of Klason lignin (KLp). Five grass (30 samples) and 12 legume species (31 samples) were evaluated. Legumes had higher KL contents. Protein contamination was significant in both grasses and legumes, but greater in legume samples. The model to predict KLp was based on KL and crude protein (CP) contents, as follows: KLp = 0.8807KL - 0.0938KL x D - 0.00338CP (R2=0.935), in which D=0, for grasses, and D=1 for legumes.

Reinforcement learning utilizes proxemics: an avatar learns to manipulate the position of people in immersive virtual reality

A reinforcement learning (RL) method was used to train a virtual character to move participants to a specified location. The virtual environment depicted an alleyway displayed through a wide field-of-view head-tracked stereo head-mounted display. Based on proxemics theory, we predicted that when the character approached within a personal or intimate distance to the participants, they would be inclined to move backwards out of the way. We carried out a between-groups experiment with 30 female participants, with 10 assigned arbitrarily to each of the following three groups: In the Intimate condition the character could approach within 0.38m and in the Social condition no nearer than 1.2m. In the Random condition the actions of the virtual character were chosen randomly from among the same set as in the RL method, and the virtual character could approach within 0.38m. The experiment continued in each case until the participant either reached the target or 7 minutes had elapsed. The distributions of the times taken to reach the target showed significant differences between the three groups, with 9 out of 10 in the Intimate condition reaching the target significantly faster than the 6 out of 10 who reached the target in the Social condition. Only 1 out of 10 in the Random condition reached the target. The experiment is an example of applied presence theory: we rely on the many findings that people tend to respond realistically in immersive virtual environments, and use this to get people to achieve a task of which they had been unaware. This method opens up the door for many such applications where the virtual environment adapts to the responses of the human participants with the aim of achieving particular goals.

Proxemics with multiple dynamic characters in an immersive virtual environment

An experiment was carried out to examine the impact on electrodermal activity of people when approached by groups of one or four virtual characters at varying distances. It was premised on the basis of proxemics theory that the closer the approach of the virtual characters to the participant, the greater the level of physiological arousal. Physiological arousal was measured by the number of skin conductance responses within a short time period after the approach, and the maximum change in skin conductance level 5 s after the approach. The virtual characters were each either female or a cylinder of human size, and one or four characters approached each subject a total of 12 times. Twelve male subjects were recruited for the experiment. The results suggest that the number of skin conductance responses after the approach and the change in skin conductance level increased the closer the virtual characters approached toward the participants. Moreover, these response variables were inversely correlated with the number of visits, showing a typical adaptation effect. There was some evidence to suggest that the number of characters who simultaneously approached (one or four) was positively associated with the responses. Surprisingly there was no evidence of a difference in response between the humanoid characters and cylinders on the basis of this physiological data. It is suggested that the similarity in this quantitative arousal response to virtual characters and virtual objects might mask a profound difference in qualitative response, an interpretation supported by questionnaire and interview results. Overall the experiment supported the premise that people exhibit heightened physiological arousal the closer they are approached by virtual characters.

Toimintasuunnitelman laatiminen ohutlevytuotteita ja hitsauskokoonpanoja valmistavalle yritykselle

Tämän diplomityön tavoitteena oli luoda ohutlevytuotteita ja hitsauskokoonpanoja valmistavalle yritykselle kokonaisvaltainen toimintasuunnitelma ja esitellä erilaisia tuotantomalleja case-esimerkkien avulla. Työn aikana kartoitettiin yrityksennykytilannetta ja ongelmakohtia, pohdittiin nykyistä konekantaa ja löytyneitä pullonkauloja. Lisäksi suunniteltiin korjaustoimenpiteitä ja mitä tulisi tehdä, kun tulevaisuudessa yrityksen liikevaihto tulee kasvamaan ja yritystä tullaan laajentamaan. Pääpaino oli myös laskelmilla, joissa selvitettiinmahdollisten investointien tuntihintaa. Tuntihinnan avulla laadittiin taulukoita, joiden avulla ulosmyyntihinta on helppo määrittää. Tuntihinta kytkettiin sijoitetulle pääomalle haluttuun tuottoprosenttiin.

Intracellular trafficking of interleukin-1 receptor I requires Tollip.

Interleukin-1 receptor (IL-1RI) is a master regulator of inflammation and innate immunity. When triggered by IL-1beta, IL-1RI aggregates with IL-1R-associated protein (IL-1RAcP) and forms a membrane proximal signalosome that potently activates downstream signaling cascades. IL-1beta also rapidly triggers endocytosis of IL-1RI. Although internalization of IL-1RI significantly impacts signaling, very little is known about trafficking of IL-1RI and therefore about precisely how endocytosis modulates the overall cellular response to IL-1beta. Upon internalization, activated receptors are often sorted through endosomes and delivered to lysosomes for degradation. This is a highly regulated process that requires ubiquitination of cargo proteins as well as protein-sorting complexes that specifically recognize ubiquitinated cargo. Here, we show that IL-1beta induces ubiquitination of IL-1RI and that via these attached ubiquitin groups, IL-1RI interacts with the ubiquitin-binding protein Tollip. By using an assay to follow trafficking of IL-1RI from the cell surface to late endosomes and lysosomes, we demonstrate that Tollip is required for sorting of IL-1RI at late endosomes. In Tollip-deficient cells and cells expressing only mutated Tollip (incapable of binding IL-1RI and ubiquitin), IL-1RI accumulates on late endosomes and is not efficiently degraded. Furthermore, we show that IL-1RI interacts with Tom1, an ubiquitin-, clathrin-, and Tollip-binding protein, and that Tom1 knockdown also results in the accumulation of IL-1RI at late endosomes. Our findings suggest that Tollip functions as an endosomal adaptor linking IL-1RI, via Tom1, to the endosomal degradation machinery.

Ohutlevy-yrityksen mekaanisen valmistuksen tehostaminen

Diplomityön tavoitteena on tehostaa ohutlevytuotteita valmistavan yrityksen toimintaa ja parantaa tuotannon ohjattavuutta. Tuotannon tehostamisessa keskitytään minimoimaan asetusajat, pienentämään eräkokoja ja investoimaan valmistusta helpottaviin työkoneisiin tai -laitteisiin. Tuotannon ohjattavuutta kehitetään helpottamalla visuaalista seurantaa, layout-muutoksilla ja FiFo-ohjauksen käyttöönotolla. Kaikilla kehitystoimenpiteillä pyritään lyhentämään tuotannon läpimenoaikaa ja vähentämään keskeneräisen tuotannon määrää. Tavoitteena on luoda pohja Lean-valmistukselle. Kehitystoimenpiteet keskitetään useimmiten pullonkauloiksi muodostuville osastoille. Kapeikkojen avaamisessa hyödynnetään CIM-projektin mukaisesti tehtäviä investointeja. Uudella robottisärmäysyksiköllä mahdollistetaan litistäminen ja särmääminen yhdellä asetuksella. Kokoonpano-osaston sijaintia muutettiin ja osaston layoutista tehtiin linjamainen. Tuotannonohjauksen kehittämiseksi luotiin yksinkertainen kolmen askeleen kehitysmalli.

Luotettavuuskeskeisen kunnossapidon soveltaminen vaneriteollisuuden koneille

Diplomityön tarkoituksena on tutkia luotettavuuskeskeisen kunnossapidon soveltamista Raute Oyj:n vanerikoneille. Työn tavoitteena on luoda suunnitelma luotettavuuskeskeisen kunnossapidon soveltamiseksi Raute Oyj:llä. Tavoitteena on myös kehittää malli ennakkohuoltosuunnitelmien sekä kriittisten huoltojen ja varaosien määrittelyyn päälinjoille. Kunnossapitoliiketoiminta on Rautella voimakkaasti kasvava liiketoiminta-alue. Voimakkaan kasvun seurauksena on yritykseen syntynyt kunnossapitotoimintojen kehitystarve. Luotettavuuskeskeistä kunnossapitoa hyödyntämällä on tarkoitus kehittää vanerikoneiden kunnossapitoa ja luoda Rautelle kunnossapitotuotteita. Työssä on tutkittu luotettavuuskeskeisen kunnossapidon soveltamista va-neriteollisuuden koneille laitevalmistajan näkökulmasta. Työssä on käsitelty kirjallisuuden pohjalta vanerin valmistusprosessia, vanerikoneita, kunnossapitoa sekä luotettavuuskeskeistä kunnossapitoa. Lisäksi on selvitetty vanerikoneiden kunnossapidon nykytilaa Raute Oyj:llä ja sen asiakkaiden vaneritehtaissa. Työn tuloksena syntyi toimintaehdotus luotettavuuskeskeisen kunnossapidon soveltamiseksi Rauten tuotteille. Ennakkohuoltosuunnitelmien luomiseen ja kehittämiseen työssä syntyi kunnossapitomalli, jonka pohjalta työssä luotiin xy-pöllinkeskittäjälle luotettavuuskeskeiseen kunnossapitoon perustuva ennakkohuoltosuunnitelma sekä määritettiin kriittiset varaosat.

Puunkäsittelykoneen simulointi ja mekaaniset häviöt

Diplomityö on osa Savonia-amk:n koneosaston TOVI-projektia, jossa metsä-konevalmistaja Ponsse Oyj on mukana. Työssä tutkittiin Ponsse Oyj:n metsäkoneen harvesteripäätä. Tavoitteena oli harvesteripään puun syöttöliikkeessä syntyvien mekaanisten häviöiden selvittäminen. Mekaanisilla häviöillä tarkoitamme karsintaterien kitkavoimia ja syöttörullien vierintävastusta.Edellisten lisäksi tavoitteena oli tutkia puun syöttöliikkeen simuloitavuutta monikappaledynamiikkaan perustuvalla simu-lointiohjelmistolla. Työ toteutettiin mittaamalla harvesteripään hydraulisten toimilaitteiden paineita, puun syötön aikana. Mittasimme myös puun ja harvesteripään välistä liikematkaa, nopeutta, kiihtyvyyttä, sekä puun paksuutta. Mittausten lisäksi harvesteripäästä rakennettiin simulointimalli. Mitattujen paineiden avulla laskettiin vastaavien toimilaitteiden synnyttämät voimat ja momentit. Simulointimallilla toistettiin mittaustapahtumat, käyttäen mittausten avulla laskettuja voimia ja momentteja. Mallin kitkakertoimien ja vierintävastusten avulla simuloidut ja mitatut liikematkat haettiin yhteneviksi. Toisin sanoen, simulointimalli verifioitiin todellisuutta vastaavaksi, jolloin simulointimallista voitiin lukea syntyneet häviöt.

Kustannustehokkuuteen tähtäävä alihankinnan kehittäminen

Työn tavoitteena oli kehittää metalliteollisuusyrityksen tarpeisiin menetelmä jolla alihankintaa kehitetään kustannustehokkuustavoitteita vastaavaksi. Selkeillä ja avoimilla toimintaperiaatteilla pyritään luomaan edellytykset alihankintaverkoston yritysten kehitykselle ja tehokkaalle osto- ja tuotantopäätöstoiminnalle. Tarve kehittää konepajayrityksen alihankintana teetettävää osavalmistusta on syntynyt kasvu- ja tulostavoitteista. Työn toimeksiantaja, metsäteollisuuden koneenrakennuksen lopputuotevalmistaja, pyrkii selkeyttämään sisäistä tuotantoaan ja nostamaan kapasiteettiaan valmiiden tuotteiden osalta. Näihin tavoitteisiin olennaisena osana kuuluu ydinosaamiseen keskittyminen ja alihankinnan suhteellinen lisääminen. Näin ollen alihankintaprosesseja on kehitettävä toimiviksi ja tehokkaiksi. Työssä on laadittu yrityksen tarpeisiin soveltuva toimintamalli, tavoiteasetannan mukaiseen alihankinnan kehittämiseen. Alihankinnan keskittäminen tuoteryhmittäin on pitkällä aikavälillä molempia osapuolia hyödyttävä valinta. Mallin toimenpiteiden avulla alihankinnan keskittämisellä saavutetaan etuja kustannustehokkuudessa, joustavuudessa sekä alihankintakentän selkeytymisessä.

Pienten tuotekehityshankkeiden erityispiirteet konepajateollisuuden yrityksessä

Tutkimuksessa on tarkasteltu pienten tuotekehityshankkeiden tehokkuutta suuressa paperikoneita valmistavassa yrityksessä. Tutkimuksen osana on selvitetty sisäisen lanseerauksen kehitystarpeita oman myyntihenkilöstön aktivoinnissa, joka onolennainen osa uuden tuotteen onnistunutta markkinalanseerausta. Tuotekehityksen ja projektin johtamisen teoreettisen tutkimuksen esittelyn jälkeen tutkimuksessa on selvitetty liiketoimintaympäristön asettamia vaatimuksia yrityksen pienille tuotekehityshankkeille. Luodun teoreettisen viitekehikon avulla on tarkasteltu neljää tuotekehitysprojektia ja niiden onnistumiseen vaikuttaneita fundamentteja. Paras kilpailukyky case-liiketoiminnassa saavutetaan korkean teknologian tuotteilla, joiden kehittäminen yrityksen sisällä on strategisesti perusteltua. Matalan teknologian tuotteet tulisi hankkia pienemmiltä kilpailijoilta. Pienten kehitysprojektien nopeampi läpivienti tuoteyksiköissä vaatii yhtenäistä osaamista vaativien tuoteryhmien muodostamista sekä nykyistä selkeämpiä rooleja tuotteiden ja tuotekehityshenkilöstön välille. Organisaatiomuutoksesta johtuen tuoteyksiköiden tulee kehittää kontaktit Service-liiketoimintalinjan alaiseen myyntiverkostoon myynnin tukemiseksi. Sisäisen lanseerauksen laajuus tulee heijastaa uuden tuotteen monimutkaisuutta. Lisäksi tuotetietomyyntiverkostossa ei ole halutulla tasolla ja vaatii kehitystoimenpiteitä jatkossa.