811 resultados para crystallographic screening
Resumo:
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
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Hemicelluloses are polysaccharides of low molecular weight containing 100 to 200 glycosidic residues. In plants, the xylans or the hemicelluloses are situated between the lignin and the collection of cellulose fibers underneath. The xylan is the most common hemicellulosic polysaccharide in cell walls of land plants, comprising a backbone of xylose residues linked by beta-1,4-glycosidic bonds. So, xylanolytic enzymes from microorganism have attracted a great deal of attention in the last decade, particularly because of their biotechnological characteristics in various industrial processes, related to food, feed, ethanol, pulp, and paper industries. A microbial screening of xylanase producer was carried out in Brazilian Cerrado area in Selviria city, Mato Grosso do Sul State, Brazil. About 50 bacterial strains and 15 fungal strains were isolated from soil sample at 35 A degrees C. Between these isolated microorganisms, a bacterium Lysinibacillus sp. and a fungus Neosartorya spinosa as good xylanase producers were identified. Based on identification processes, Lysinibacillus sp. is a new species and the xylanase production by this bacterial genus was not reported yet. Similarly, it has not reported about xylanase production from N. spinosa. The bacterial strain P5B1 identified as Lysinibacillus sp. was cultivated on submerged fermentation using as substrate xylan, wheat bran, corn straw, corncob, and sugar cane bagasse. Corn straw and wheat bran show a good xylanase activity after 72 h of fermentation. A fungus identified as N. spinosa (strain P2D16) was cultivated on solid-state fermentation using as substrate source wheat bran, wheat bran plus sawdust, corn straw, corncob, cassava bran, and sugar cane bagasse. Wheat bran and corncobs show the better xylanase production after 72 h of fermentation. Both crude xylanases were characterized and a bacterial xylanase shows optimum pH for enzyme activity at 6.0, whereas a fungal xylanase has optimum pH at 5.0-5.5. They were stable in the pH range 5.0-10.0 and 5.5-8.5 for bacterial and fungal xylanase, respectively. The optimum temperatures were 55C and 60 A degrees C for bacterial and fungal xylanase, respectively, and they were thermally stable up to 50 A degrees C.
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CONTEXTO E OBJETIVO: A falta de consenso sobre os protocolos de rastreamento e diagnóstico do diabetes gestacional, associada às dificuldades na realização do teste oral simplificado do diabete gestacional (o teste de tolerância a 100 g de glicose, considerado padrão-ouro) justificam a comparação com alternativas. O objetivo deste trabalho é comparar o teste padrão-ouro a dois testes de rastreamento: associação de glicemia de jejum e fatores de risco (GJ + FR) e o teste oral simplificado de tolerância a 50 g de glicose (TTG 50 g), com o teste de tolerância a 100 g de glicose (TTG 100 g). TIPO DE ESTUDO E LOCAL: Estudo de coorte longitudinal, prospectivo, realizado no Serviço de Ginecologia e Obstetrícia do Hospital Universitário da Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. MÉTODOS: 341 gestantes foram submetidas aos três testes. Calcularam-se os índices de sensibilidade (S), especificidade (E), valores preditivos (VPP e VPN), razões de probabilidade (RPP e RPN) e resultados falsos (FP e FN), positivos e negativos da associação GJ + FR e do TTG 50 g em relação ao TTG 100 g. Compararam-se as médias das glicemias de uma hora pós-sobrecarga (1hPS) com 50 e 100 g. Na análise estatística, empregou-se o teste t de Student, com limite de significância de 5%. RESULTADOS: A associação GJ + FR encaminhou mais gestantes (53,9%) para a confirmação diagnóstica que o TTG 50 g (14,4%). Os dois testes foram equivalentes nos índices de S (86,4 e 76,9%), VPN (98,7 e 98,9%), RPN (0,3 e 0,27) e FN (15,4 e 23,1%). As médias das glicemias 1hPS foram semelhantes, 106,8 mg/dl para o TTG 50 g e 107,5 mg/dl para o TTG 100 g. CONCLUSÕES: Os resultados da eficiência diagnóstica associados à simplicidade, praticabilidade e custo referendaram a associação GJ + FR como o mais adequado para o rastreamento. A equivalência das glicemias de 1hPS permitiram a proposição de um novo protocolo de rastreamento e diagnóstico do diabete gestacional, com menores custo e desconforto.
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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
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OBJETIVO: O objetivo geral foi detectar fatores ambliopigênicos em uma população de pré-escolares, utilizando exames refratométricos e o PhotoScreenerTM (PS) e o objetivo específico foi verificar se a avaliação feita com o PS é útil como método de triagem em campanhas de prevenção de ambliopia em crianças. MÉTODOS: Foi realizado um estudo observacional, prospectivo, de janeiro a dezembro de 2007, avaliando-se 227 crianças pré-escolares, com o intuito de detectar, através da aplicação de um questionário, exames refratométricos e fotografias utilizando o PS, a presença de fatores causadores de ambliopia na população de estudo. Todas as crianças foram avaliadas pelo PS. em seguida, todas as crianças foram submetidas à cicloplegia , sendo avaliadas usando refrator automático Shin Nippon®. As crianças detectadas como portadoras de problemas oculares receberam prescrição óptica, segundo os critérios: hipermetropia maior que +1,50 D, miopia maior que -1,00 D e astigmatismo maior que 1,00 D. Analisaram-se os dados através do teste de concordância de Goodman, estatística descritiva e estudo da especificidade e sensibilidade ao emprego do PS, comparando os resultados com ele obtidos, com os resultados dos outros métodos de avaliação oftalmológica. RESULTADOS: A distribuição entre os sexos foi semelhante, sendo que a maioria das crianças apresentava quatro ou cinco anos de idade. A sensibilidade (S) do PS, comparando-se o resultado obtido neste aparelho com o autorrefrator sob cicloplegia, foi de 50,9%. Já a especificidade foi de 78,9%; valor preditivo positivo 70%; valor preditivo negativo 62,5% e acurácia 65,1%. CONCLUSÕES: Das 101 crianças cujas fotografias tiradas através do PS puderam ser analisadas satisfatoriamente, trinta e seis apresentavam erro refrativo que necessitou de correção. O PS, quando comparado com equivalente esférico do autorrefrator sob cicloplegia, é um método razoável de triagem, embora a sensibilidade não seja boa. Um ponto positivo a ser ressaltado é o considerável valor de especificidade.
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Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)
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Os objetivos do presente estudo foram avaliar a correlação entre a contagem eletrônica de células somáticas (eCCS) com o Somaticell® sob diferentes níveis de contagem de células somáticas (CCS) do leite e patógenos causadores de mastites, além de calcular a sensibilidade, especificidade e valores preditivos do Somaticell® utilizando diferentes limites de CCS estabelecidos pelos diferentes países. Trezentos e quarenta amostras de leite foram coletadas assepticamente após realização do California Mastitis Test (CMT). O Somaticell® e a eCCS foram realizados em todas as amostras de leite. A correlação entre o Somaticell® e a contagem eletrônica foi determinada de acordo com o CMT, patógeno isolado e escore de eCCS. de acordo com os escores de CCS estabelecidos, 26,5% das amostras de leite apresentaram escore 1 (69-166 x10³células mL-1), 26,8% escore 2 (167-418x10³células mL-1), 27,4% escore 3 (419-760x10³células mL-1) e 19,4% escore 4 (761 to 1970x10³células mL-1). A eCCS e o Somaticell® apresentaram correlação positiva em quase todos os escores estudados (exceto escore 2 e 3). O valor de r obtido entre CCS e o Somaticell® foi de 0,32. Observou-se que, quando o limite de CCS estabelecido aumentou, a sensibilidade decresceu e os valores de especificidade aumentaram. Os valores preditivos apresentaram-se constantes em todos os limites. Quando o limite de CCS era baixo (<760,000 células mL-1), Somaticell® forneceu resultados consistentemente mais elevados que os valores de CCS. Já para amostras com CCS elevada, Somaticell® resultou em menores contagens que a eCCS. A correlação entre os dois métodos permaneceu relativamente constante em todas as condições e os valores de sensibilidade e especificidade do teste são altamente dependentes do limite estabelecido. Os resultados deste trabalho sugerem que o Somaticell® não é útil para avaliar a CCS do leite, pois seus resultados são significativamente diferentes da eCCS, no entanto, pode ser utilizado como método de triagem, tal como o CMT, para a detecção do aumento da CCS do leite.
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The fragile X syndrome (FXS), the most common cause of hereditary mental retardation, is caused by expansions of CGG repeats in the FMR1 gene. The gold-standard method to diagnose FXS is the Southern blot (SB). Because SB is laborious and costly, some adaptations in the polymerase chain reaction (PCR) method have been utilized for FXS screening. A previous PCR-based screening method for FXS identification utilizing small amounts of DNA was reported as simple and efficient. The aim of this study was to reproduce the mentioned PCR-based screening method for identification of expanded alleles of the FMR1 gene in Brazilian individuals and to investigate the efficiency of this method in comparison with SB. Utilizing the enzyme Expand Long Template PCR System, 78 individuals were investigated by that PCR-based screening method for FXS identification. Conclusive results were obtained for 75 samples. Considering all the allelic forms of FXS (normal [NL], premutation [PM], and full-mutation [FM]), the comparison of the PCR-based screening method with SB demonstrated 100% of accuracy, sensitivity, and specificity. However, when the PM and the FM were analyzed separately from each other, but together with the NL allele, the accuracy, sensitivity, and specificity decreased (to 42.9%-97.4%). We concluded that the PCR-based screening method was reproducible and capable of identifying all different FXS alleles, but because the differentiation between the PM and the FM alleles was not accurate, SB is still the gold-standard method for the molecular diagnosis of FXS.
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For the first time, a complete X-ray diffraction data set has been collected from a myotoxic Asp49-phospholipase A(2) (Asp49-PLA(2)) with low catalytic activity (BthTX-II from Bothrops jararacussu venom) and a molecular-replacement solution has been obtained with a dimer in the asymmetric unit. The quaternary structure of BthTX-II resembles the myotoxin Asp49-PLA(2) PrTX-III (piratoxin III from B. pirajai venom) and all non-catalytic and myotoxic dimeric Lys49-PLA(2)s. In contrast, the oligomeric structure of BthTX-II is different from the highly catalytic and non-myotoxic BthA-I (acidic PLA(2) from B. jararacussu). Thus, comparison between these structures should add insight into the catalytic and myotoxic activities of bothropic PLA(2)s.
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Crotoxin B is a basic phospholipase A(2) found in the venom of Crotalus durissus terrificus and is one of the subunits that constitute crotoxin. This heterodimeric toxin, which is the main component of C. d. terrificus venom, is completed by an acidic, nontoxic and non-enzymatic component (crotoxin A) and is involved in important envenomation effects, such as neurological disorders, myotoxicity and renal failure. Although crotoxin was first crystallized in 1938, no crystal structure is currently available for crotoxin, crotoxin A or crotoxin B. In this work, the crystallization, X-ray diffraction data collection to 2.28 angstrom resolution and molecular-replacement solution of a novel tetrameric complex formed by two dimers of crotoxin B isoforms (CB1 and CB2) is presented.
Resumo:
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
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Even being a bacterial purine nucleoside phosphorylase (PNP), which normally shows hexameric folding, the Mycobacterium tuberculosis PNP (MtPNP) resembles the mammalian trimeric structure. The crystal structure of the MtPNP apoenzyme was solved at 1.9 Angstrom resolution. The present work describes the first structure of MtPNP in complex with phosphate. In order to develop new insights into the rational drug design, conformational changes were profoundly analyzed and discussed. Comparisons over the binding sites were specially studied to improve the discussion about the selectivity of potential new drugs. (C) 2004 Elsevier B.V. All rights reserved.