Data mining framework for fatty liver disease classification in ultrasound: a hybrid feature extraction paradigm

PURPOSE: Fatty liver disease (FLD) is an increasing prevalent disease that can be reversed if detected early. Ultrasound is the safest and ubiquitous method for identifying FLD. Since expert sonographers are required to accurately interpret the liver ultrasound images, lack of the same will result in interobserver variability. For more objective interpretation, high accuracy, and quick second opinions, computer aided diagnostic (CAD) techniques may be exploited. The purpose of this work is to develop one such CAD technique for accurate classification of normal livers and abnormal livers affected by FLD. METHODS: In this paper, the authors present a CAD technique (called Symtosis) that uses a novel combination of significant features based on the texture, wavelet transform, and higher order spectra of the liver ultrasound images in various supervised learning-based classifiers in order to determine parameters that classify normal and FLD-affected abnormal livers. RESULTS: On evaluating the proposed technique on a database of 58 abnormal and 42 normal liver ultrasound images, the authors were able to achieve a high classification accuracy of 93.3% using the decision tree classifier. CONCLUSIONS: This high accuracy added to the completely automated classification procedure makes the authors' proposed technique highly suitable for clinical deployment and usage.

Chronic liver disease staging classification based on ultrasound, clinical and laboratorial data

In this work the identification and diagnosis of various stages of chronic liver disease is addressed. The classification results of a support vector machine, a decision tree and a k-nearest neighbor classifier are compared. Ultrasound image intensity and textural features are jointly used with clinical and laboratorial data in the staging process. The classifiers training is performed by using a population of 97 patients at six different stages of chronic liver disease and a leave-one-out cross-validation strategy. The best results are obtained using the support vector machine with a radial-basis kernel, with 73.20% of overall accuracy. The good performance of the method is a promising indicator that it can be used, in a non invasive way, to provide reliable information about the chronic liver disease staging.

Diffuse liver disease classification from ultrasound surface characterization, clinical and laboratorial data

In this work liver contour is semi-automatically segmented and quantified in order to help the identification and diagnosis of diffuse liver disease. The features extracted from the liver contour are jointly used with clinical and laboratorial data in the staging process. The classification results of a support vector machine, a Bayesian and a k-nearest neighbor classifier are compared. A population of 88 patients at five different stages of diffuse liver disease and a leave-one-out cross-validation strategy are used in the classification process. The best results are obtained using the k-nearest neighbor classifier, with an overall accuracy of 80.68%. The good performance of the proposed method shows a reliable indicator that can improve the information in the staging of diffuse liver disease.

Modulation of translation factor's gene expression by histone deacetylase inhibitors in breast cancer cells

The histone deacetylase inhibitors sodium butyrate (NaBu) and trichostatin A (TSA) exhibit anti-proliferative activity by causing cell cycle arrest and apoptosis. The mechanisms by which NaBu and TSA cause apoptosis and cell cycle arrest are not yet completely clarified, although these agents are known to modulate the expression of several genes including cell-cycle- and apoptosis-related genes. The enzymes involved in the process of translation have important roles in controlling cell growth and apoptosis, and several of these translation factors have been described as having a causal role in the development of cancer. The expression patterns of the translation mechanism, namely of the elongation factors eEF1A1 and eEF1A2, and of the termination factors eRF1 and eRF3, were studied in the breast cancer cell line MCF-7 by real-time quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction after a 24-h treatment with NaBu and TSA. NaBu induced inhibition of translation factors' transcription, whereas TSA caused an increase in mRNA levels. Thus, these two agents may modulate the expression of translation factors through different pathways. We propose that the inhibition caused by NaBu may, in part, be responsible for the cell cycle arrest and apoptosis induced by this agent in MCF-7 cells.

eTourismGUI - Adaptative Interface

Mestrado em Engenharia Informática. Área de Especialização em Tecnologias do Conhecimento e Decisão.

Comparing the content of instruments assessing environmental factors using the International Classification of Functioning, Disability and Health

Purpose: To describe and compare the content of instruments that assess environmental factors using the International Classification of Functioning, Disability and Health (ICF). Methods: A systematic search of PubMed, CINAHL and PEDro databases was conducted using a pre-determined search strategy. The identified instruments were screened independently by two investigators, and meaningful concepts were linked to the most precise ICF category according to published linking rules. Results: Six instruments were included, containing 526 meaningful concepts. Instruments had between 20% and 98% of items linked to categories in Chapter 1. The highest percentage of items from one instrument linked to categories in Chapters 2–5 varied between 9% and 50%. The presence or absence of environmental factors in a specific context is assessed in 3 instruments, while the other 3 assess the intensity of the impact of environmental factors. Discussion: Instruments differ in their content, type of assessment, and have several items linked to the same ICF category. Most instruments primarily assess products and technology (Chapter 1), highlighting the need to deepen the discussion on the theory that supports the measurement of environmental factors. This discussion should be thorough and lead to the development of methodologies and new tools that capture the underlying concepts of the ICF.

Comorbidity adjustment index for the international classification of diseases, 10

OBJECTIVE: To develop a Charlson-like comorbidity index based on clinical conditions and weights of the original Charlson comorbidity index. METHODS: Clinical conditions and weights were adapted from the International Classification of Diseases, 10th revision and applied to a single hospital admission diagnosis. The study included 3,733 patients over 18 years of age who were admitted to a public general hospital in the city of Rio de Janeiro, southeast Brazil, between Jan 2001 and Jan 2003. The index distribution was analyzed by gender, type of admission, blood transfusion, intensive care unit admission, age and length of hospital stay. Two logistic regression models were developed to predict in-hospital mortality including: a) the aforementioned variables and the risk-adjustment index (full model); and b) the risk-adjustment index and patient's age (reduced model). RESULTS: Of all patients analyzed, 22.3% had risk scores >1, and their mortality rate was 4.5% (66.0% of them had scores >1). Except for gender and type of admission, all variables were retained in the logistic regression. The models including the developed risk index had an area under the receiver operating characteristic curve of 0.86 (full model), and 0.76 (reduced model). Each unit increase in the risk score was associated with nearly 50% increase in the odds of in-hospital death. CONCLUSIONS: The risk index developed was able to effectively discriminate the odds of in-hospital death which can be useful when limited information is available from hospital databases.

Correcção automática de respostas de texto livre para a aplicação UNI_NET-Classroom

Ao longo dos tempos foi possível constatar que uma grande parte do tempo dos professores é gasta na componente de avaliação. Por esse facto, há já algumas décadas que a correcção automática de texto livre é alvo de investigação. Sendo a correcção de exercícios efectuada pelo computador permite que o professor dedique o seu tempo em tarefas que melhorem a aprendizagem dos alunos. Para além disso, cada vez mais as novas tecnologias permitem o uso de ferramentas com bastante utilidade no ensino, pois para além de facilitarem a exposição do conhecimento também permitem uma maior retenção da informação. Logo, associar ferramentas de gestão de sala de aula à correcção automática de respostas de texto livre é um desafio bastante interessante. O objectivo desta dissertação foi a realização de um estudo relativamente à área de avaliação assistida por computador em que este trabalho se insere. Inicialmente, foram analisados alguns correctores ortográficos para seleccionar aquele que seria integrado no módulo proposto. De seguida, foram estudadas as técnicas mais relevantes e as ferramentas que mais se enquadram no âmbito deste trabalho. Neste contexto, a ideia foi partir da existência de uma ferramenta de gestão de sala de aula e desenvolver um módulo para a correcção de exercícios. A aplicação UNI_NET-Classroom, que foi a ferramenta para a qual o módulo foi desenvolvido, já continha um componente de gestão de exercícios que apenas efectuava a correcção para as respostas de escolha múltipla. Com este trabalho pretendeu-se acrescentar mais uma funcionalidade a esse componente, cujo intuito é dar apoio ao professor através da correcção de exercícios e sugestão da cotação a atribuir. Por último, foram realizadas várias experiências sobre o módulo desenvolvido, de forma a ser possível retirar algumas conclusões para o presente trabalho. A conclusão mais importante foi que as ferramentas de correcção automática são uma mais-valia para os professores e escolas.

Transacção de componentes multimédia suportada por agentes

O objectivo do projecto descrito nesta dissertação é o desenvolvimento da interface entre as empresas e a plataforma Business-to-Business (B2B) de negociação automática de anúncios em construção. A plataforma, no seu todo, deve garantir que os intervalos da programação são preenchidos com um alinhamento de anúncios compatível com os interesses expressos e o perfil construído dos espectadores. A plataforma funciona como um mercado electrónico de negociação automática destinado a agências de publicidade (empresas produtoras) e empresas provedoras de conteúdos e serviços multimédia aos consumidores finais (empresas distribuidoras). As empresas, uma vez registadas na plataforma, passam a ser representadas por agentes que negoceiam automaticamente os itens submetidos com o comportamento especificado. Do ponto de vista da arquitectura, a plataforma consiste num sistema multiagente organizado em três camadas compostas por: (i) agentes de interface com as empresas; (ii) agentes de modelação das empresas; e (iii) agentes delegados, de duração efémera, exclusivamente criados para participar em negociações específicas de conteúdos multimédia. Cada empresa representada na plataforma possui, para além de um número indeterminado de delegados envolvidos em negociações específicas, dois agentes: (i) o agente de interface com a empresa, que expõe um conjunto de operações de interface ao exterior através de um serviço Web, localizado na primeira camada; e (ii) o agente que modela a empresa na plataforma, que expõe através de um serviço Web um conjunto de operações aos agentes das restantes camadas da plataforma, residente na camada intermédia. Este projecto focou-se no desenvolvimento da camada superior de interface da plataforma com as empresas e no enriquecimento da camada intermédia. A realização da camada superior incluiu a especificação da parte da ontologia da plataforma que dá suporte às operações de interface com o exterior, à sua exposição como serviços Web e à criação e controlo dos agentes de interface. Esta camada superior deve permitir às empresas carregar e descarregar toda informação relevante de e para a plataforma, através de uma interface gráfica ou de forma automática, e apresentar de forma gráfica e intuitiva os resultados alcançados, nomeadamente, através da apresentação da evolução das transacções. Em relação à camada intermédia, adicionou-se à ontologia da plataforma a representação do conhecimento de suporte às operações de interface com a camada superior, adoptaram-se taxonomias de classificação de espectadores, anúncios e programas, desenvolveu-se um algoritmo de emparelhamento entre os espectadores, programas e anúncios disponíveis e, por fim, procedeu-se ao armazenamento persistente dos resultados das negociações. Do ponto de vista da plataforma, testou-se o seu funcionamento numa única plataforma física e assegurou-se a segurança e privacidade da comunicação entre empresa e plataforma e entre agentes que representam uma mesma empresa.

Tags de opinião

As tags podem ser utilizadas com diferentes propósitos, entre os quais organizar os recursos para fins pessoais e partilhar informação potencialmente relevante com outros utilizadores. Este trabalho conjuga diversas áreas de conhecimento e explora a utilização de tags, debruçando-se numa categoria em particular que engloba as tags de opinião. Estas podem ser usadas para expressar sentimentos ou opiniões sobre os recursos. Foram realizadas análises sobre a utilização de tags na loja online Amazon. Recolhida uma amostra de dados, as tags foram classificadas e analisadas segundo diversos aspectos, inclusive quanto à sua polaridade. Além da atribuição de tags, na Amazon é possível atribuir pontuações (de 1 a 5) aos recursos. Neste trabalho compararam-se ainda as duas formas referidas de classificação de recursos, verificando a existência de alguma correspondência entre ambas, com significado estatístico. Adicionalmente, foi desenvolvido um classificador semi-automático que tem como objectivo classificar as tags atribuídas aos recursos para proporcionar uma classificação rápida e eficiente da polaridade das tags que considera também a informação disponível sobre os recursos durante o processo.

Automatic email organization

Introdução Actualmente, as mensagens electrónicas são consideradas um importante meio de comunicação. As mensagens electrónicas – vulgarmente conhecidas como emails – são utilizadas fácil e frequentemente para enviar e receber o mais variado tipo de informação. O seu uso tem diversos fins gerando diariamente um grande número de mensagens e, consequentemente um enorme volume de informação. Este grande volume de informação requer uma constante manipulação das mensagens de forma a manter o conjunto organizado. Tipicamente esta manipulação consiste em organizar as mensagens numa taxonomia. A taxonomia adoptada reflecte os interesses e as preferências particulares do utilizador. Motivação A organização manual de emails é uma actividade morosa e que consome tempo. A optimização deste processo através da implementação de um método automático, tende a melhorar a satisfação do utilizador. Cada vez mais existe a necessidade de encontrar novas soluções para a manipulação de conteúdo digital poupando esforços e custos ao utilizador; esta necessidade, concretamente no âmbito da manipulação de emails, motivou a realização deste trabalho. Hipótese O objectivo principal deste projecto consiste em permitir a organização ad-hoc de emails com um esforço reduzido por parte do utilizador. A metodologia proposta visa organizar os emails num conjunto de categorias, disjuntas, que reflectem as preferências do utilizador. A principal finalidade deste processo é produzir uma organização onde as mensagens sejam classificadas em classes apropriadas requerendo o mínimo número esforço possível por parte do utilizador. Para alcançar os objectivos estipulados, este projecto recorre a técnicas de mineração de texto, em especial categorização automática de texto, e aprendizagem activa. Para reduzir a necessidade de inquirir o utilizador – para etiquetar exemplos de acordo com as categorias desejadas – foi utilizado o algoritmo d-confidence. Processo de organização automática de emails O processo de organizar automaticamente emails é desenvolvido em três fases distintas: indexação, classificação e avaliação. Na primeira fase, fase de indexação, os emails passam por um processo transformativo de limpeza que visa essencialmente gerar uma representação dos emails adequada ao processamento automático. A segunda fase é a fase de classificação. Esta fase recorre ao conjunto de dados resultantes da fase anterior para produzir um modelo de classificação, aplicando-o posteriormente a novos emails. Partindo de uma matriz onde são representados emails, termos e os seus respectivos pesos, e um conjunto de exemplos classificados manualmente, um classificador é gerado a partir de um processo de aprendizagem. O classificador obtido é então aplicado ao conjunto de emails e a classificação de todos os emails é alcançada. O processo de classificação é feito com base num classificador de máquinas de vectores de suporte recorrendo ao algoritmo de aprendizagem activa d-confidence. O algoritmo d-confidence tem como objectivo propor ao utilizador os exemplos mais significativos para etiquetagem. Ao identificar os emails com informação mais relevante para o processo de aprendizagem, diminui-se o número de iterações e consequentemente o esforço exigido por parte dos utilizadores. A terceira e última fase é a fase de avaliação. Nesta fase a performance do processo de classificação e a eficiência do algoritmo d-confidence são avaliadas. O método de avaliação adoptado é o método de validação cruzada denominado 10-fold cross validation. Conclusões O processo de organização automática de emails foi desenvolvido com sucesso, a performance do classificador gerado e do algoritmo d-confidence foi relativamente boa. Em média as categorias apresentam taxas de erro relativamente baixas, a não ser as classes mais genéricas. O esforço exigido pelo utilizador foi reduzido, já que com a utilização do algoritmo d-confidence obteve-se uma taxa de erro próxima do valor final, mesmo com um número de casos etiquetados abaixo daquele que é requerido por um método supervisionado. É importante salientar, que além do processo automático de organização de emails, este projecto foi uma excelente oportunidade para adquirir conhecimento consistente sobre mineração de texto e sobre os processos de classificação automática e recuperação de informação. O estudo de áreas tão interessantes despertou novos interesses que consistem em verdadeiros desafios futuros.

Hyperspectral subspace identification

Signal subspace identification is a crucial first step in many hyperspectral processing algorithms such as target detection, change detection, classification, and unmixing. The identification of this subspace enables a correct dimensionality reduction, yielding gains in algorithm performance and complexity and in data storage. This paper introduces a new minimum mean square error-based approach to infer the signal subspace in hyperspectral imagery. The method, which is termed hyperspectral signal identification by minimum error, is eigen decomposition based, unsupervised, and fully automatic (i.e., it does not depend on any tuning parameters). It first estimates the signal and noise correlation matrices and then selects the subset of eigenvalues that best represents the signal subspace in the least squared error sense. State-of-the-art performance of the proposed method is illustrated by using simulated and real hyperspectral images.

Resposta contextual automática a mensagens electrónicas

A evolução tecnológica, associada às mudanças sociais a que temos assistido, nomeadamente nas últimas décadas, originou mudanças significativas na forma como os utentes interagem com as instituições, passando a privilegiar a utilização de meios electrónicos, tais como as mensagens de correio electrónico, em detrimento de formas mais tradicionais, como a carta e o telefone. Neste contexto, sendo o ISEP uma instituição de ensino superior que alberga milhares de alunos e recebe centenas de novos alunos todos os anos, necessita de ter condições para que possa responder de forma atempada às inúmeras mensagens de correio electrónico que recebe. Esta necessidade fez com que surgisse um projecto, de nome SiRAC, que servisse para auxiliar na resposta a essas mensagens. O SiRAC tem como objectivo responder a mensagens de correio electrónico de forma automática. De salientar que se admite não ser possível responder a todas as mensagens, privilegiando-se aquelas que são recorrentemente colocadas à Divisão Académica. Assim será possível encurtar o tempo de comunicação entre os diversos intervenientes, criando uma relação mais próxima entre o ISEP e o público que o contacta. O SiRAC analisa as mensagens e procura responder de forma automática sempre que o seu conteúdo possa ser classificado como fazendo parte de um conjunto de questões previamente identificadas pelos recursos humanos da Divisão Académica como recorrentes e para as quais já exista uma resposta tipo. As questões constantes da mensagem são identificadas através de palavras e expressões normalmente associadas aos diferentes tipos de questão. O envio da resposta pressupõe a identificação correcta dos tipos associados e de acordo com requisitos mínimos definidos, de forma a evitar enviar uma resposta errada a uma mensagem. A implementação do SiRAC permite a libertação de recursos humanos da Divisão Académica que anteriormente estavam afectas à resposta de mensagens para o desempenho de outras funções.

Automatic synthesis of VHDL Hardware Components from IOPT Petri Net models

Conferência: 39th Annual Conference of the IEEE Industrial-Electronics-Society (IECON), Vienna, Austria, Nov 10-14, 2013

Orchestration of e-learning services for automatic evaluation of programming exercises

Managing programming exercises require several heterogeneous systems such as evaluation engines, learning objects repositories and exercise resolution environments. The coordination of networks of such disparate systems is rather complex. These tools would be too specific to incorporate in an e-Learning platform. Even if they could be provided as pluggable components, the burden of maintaining them would be prohibitive to institutions with few courses in those domains. This work presents a standard based approach for the coordination of a network of e-Learning systems participating on the automatic evaluation of programming exercises. The proposed approach uses a pivot component to orchestrate the interaction among all the systems using communication standards. This approach was validated through its effective use on classroom and we present some preliminary results.