Draft genome of a commonly misdiagnosed multidrug resistant pathogen Candida auris

Background: Candida auris is a multidrug resistant, emerging agent of fungemia in humans. Its actual global distribution remains obscure as the current commercial methods of clinical diagnosis misidentify it as C. haemulonii. Here we report the first draft genome of C. auris to explore the genomic basis of virulence and unique differences that could be employed for differential diagnosis. Results: More than 99.5 % of the C. auris genomic reads did not align to the current whole (or draft) genome sequences of Candida albicans, Candida lusitaniae, Candida glabrata and Saccharomyces cerevisiae; thereby indicating its divergence from the active Candida clade. The genome spans around 12.49 Mb with 8527 predicted genes. Functional annotation revealed that among the sequenced Candida species, it is closest to the hemiascomycete species Clavispora lusitaniae. Comparison with the well-studied species Candida albicans showed that it shares significant virulence attributes with other pathogenic Candida species such as oligopeptide transporters, mannosyl transfersases, secreted proteases and genes involved in biofilm formation. We also identified a plethora of transporters belonging to the ABC and major facilitator superfamily along with known MDR transcription factors which explained its high tolerance to antifungal drugs. Conclusions: Our study emphasizes an urgent need for accurate fungal screening methods such as PCR and electrophoretic karyotyping to ensure proper management of fungemia. Our work highlights the potential genetic mechanisms involved in virulence and pathogenicity of an important emerging human pathogen namely C. auris. Owing to its diversity at the genomic scale; we expect the genome sequence to be a useful resource to map species specific differences that will help develop accurate diagnostic markers and better drug targets.

Mutations in the nucleotide binding and hydrolysis domains of Helicobacter pylori MutS2 lead to altered biochemical activities and inactivation of its in vivo function

Background: Helicobacter pylori MutS2 (HpMutS2), an inhibitor of recombination during transformation is a non-specific nuclease with two catalytic sites, both of which are essential for its anti-recombinase activity. Although HpMutS2 belongs to a highly conserved family of ABC transporter ATPases, the role of its ATP binding and hydrolysis activities remains elusive. Results: To explore the putative role of ATP binding and hydrolysis activities of HpMutS2 we specifically generated point mutations in the nucleotide-binding Walker-A (HpMutS2-G338R) and hydrolysis Walker-B (HpMutS2-E413A) domains of the protein. Compared to wild-type protein, HpMutS2-G338R exhibited similar to 2.5-fold lower affinity for both ATP and ADP while ATP hydrolysis was reduced by similar to 3-fold. Nucleotide binding efficiencies of HpMutS2-E413A were not significantly altered; however the ATP hydrolysis was reduced by similar to 10-fold. Although mutations in the Walker-A and Walker-B motifs of HpMutS2 only partially reduced its ability to bind and hydrolyze ATP, we demonstrate that these mutants not only exhibited alterations in the conformation, DNA binding and nuclease activities of the protein but failed to complement the hyper-recombinant phenotype displayed by mutS2-disrupted strain of H. pylori. In addition, we show that the nucleotide cofactor modulates the conformation, DNA binding and nuclease activities of HpMutS2. Conclusions: These data describe a strong crosstalk between the ATPase, DNA binding, and nuclease activities of HpMutS2. Furthermore these data show that both, ATP binding and hydrolysis activities of HpMutS2 are essential for the in vivo anti-recombinase function of the protein.

Asymptotic behaviour of approximate Bayesian estimators

Although approximate Bayesian computation (ABC) has become a popular technique for performing parameter estimation when the likelihood functions are analytically intractable there has not as yet been a complete investigation of the theoretical properties of the resulting estimators. In this paper we give a theoretical analysis of the asymptotic properties of ABC based parameter estimators for hidden Markov models and show that ABC based estimators satisfy asymptotically biased versions of the standard results in the statistical literature.

Parameter Estimation for Hidden Markov Models with Intractable Likelihoods

Approximate Bayesian computation (ABC) is a popular technique for analysing data for complex models where the likelihood function is intractable. It involves using simulation from the model to approximate the likelihood, with this approximate likelihood then being used to construct an approximate posterior. In this paper, we consider methods that estimate the parameters by maximizing the approximate likelihood used in ABC. We give a theoretical analysis of the asymptotic properties of the resulting estimator. In particular, we derive results analogous to those of consistency and asymptotic normality for standard maximum likelihood estimation. We also discuss how sequential Monte Carlo methods provide a natural method for implementing our likelihood-based ABC procedures.

Temas de historia argentina y americana, 2005, n° 6 (número completo)

Imágenes de la periferia. Las exploraciones de Juan Francisco de Aguirre y su historia y geografía de las Provincias del Río de la Plata / Liliana M. Brezzo -- Las exposiciones internacionales en la ciudad de Buenos Aires durante los festejos del Centenario / Florencia Casiraghi de Pryor -- Raúl A. Molina y la historia de la Virgen de Luján / Jorge Juan Cortabarría -- Las visitas a la provincia carmelitana de San Alberto de México en el siglo XVII / María de Lourdes Lascurain de Doucet -- Sobre marinos y funcionarios en el Río de la Plata, conflictos y necesidades (1760-1800) / Guillermo Andrés Oyarzábal -- La Revolución Mexicana y la diplomacia argentina (1910-1913). Los prolegómenos de la mediación del ABC / Ricardo Weinmann -- Documentos -- Necrológicas -- Reseñas Bibliográficas

Filtering via approximate Bayesian computation

Approximate Bayesian computation (ABC) has become a popular technique to facilitate Bayesian inference from complex models. In this article we present an ABC approximation designed to perform biased filtering for a Hidden Markov Model when the likelihood function is intractable. We use a sequential Monte Carlo (SMC) algorithm to both fit and sample from our ABC approximation of the target probability density. This approach is shown to, empirically, be more accurate w.r.t.~the original filter than competing methods. The theoretical bias of our method is investigated; it is shown that the bias goes to zero at the expense of increased computational effort. Our approach is illustrated on a constrained sequential lasso for portfolio allocation to 15 constituents of the FTSE 100 share index.

El refugio de la delincuencia señorial. Torres y casas fuertes en el País Vasco: el ejemplo de la Torre de Berna

[ES]A finales de la Edad Media la nobleza rural del País Vasco desarrolló actividades violentas y delictivas como medio para superar los efectos de la crisis. Dentro de este contexto las torres y casas fuertes desempeñaron un papel capital. Todo ello se analiza a través del ejemplo de la torre del señor de Berna, en la Vizcaya del siglo XV.

Elementu anaforikoak eskolako testuetan

[EU]Artikulu honetan, eskolan eukeraz erabiltzen diren azalpenezko testu idatziaetan agetzen diren elementu anaforikoak aztertzen ditu egileak. Natur Zientzietako hiru testuliburetako unitate didaktiko batean erabilitako azalpenak aztertu ondoren, multzo bakoitzean ikusitako ezaugarri nagusienak eta bien artean dauden zenbait ezberdintasuni buruzko hausnarketak bildu dira lan honetan

Sistemas de avaliação da educação básica no Brasil

Avalia a educação básica brasileira quanto à qualidade do ensino. São usados para avaliar um ou mais níveis da educação básica brasileira: o SAEB (Sistema Nacional de Avaliação da Educação Básica), o IDEB (Índice de Desenvolvimento da Educação Básica), o ENEM (Exame Nacional do Ensino Médio, logo, restrito ao ensino médio), o ENCCEJA (Exame Nacional de Certificacao de Competências de Jovens e Adultos), a Prova ABC (Prova Brasileira do Final do Ciclo de Alfabetização) e o PISA (Programme for International Student Assessment - Programa Internacional de Avaliação de Estudantes), que é um exame internacional.

Pharmacology and pore-forming domains of the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator

The cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) is a chloride channel member of the ATP-binding cassette (ABC) superfamily of membrane proteins. CFTR has two homologous halves, each consisting of six transmembrane spanning domains (TM) followed by a nucleotide binding fold, connected by a regulatory (R) domain. This thesis addresses the question of which domains are responsible for Cl^- selectivity, i.e., which domains line the channel pore.

To address this question, novel blockers of CFTR were characterized. CFTR was heterologously expressed in Xenopus oocytes to study the mechanism of block by two closely related arylaminobenzoates, diphenylamine-2-carboxylic acid (DPC) and flufenamic acid (FFA). Block by both is voltage-dependent, with a binding site ≈ 40% through the electric field of the membrane. DPC and FFA can both reach their binding site from either side of the membrane to produce a flickering block of CFTR single channels. In addition, DPC block is influenced by Cl^- concentration, and DPC blocks with a bimolecular forward binding rate and a unimolecular dissociation rate. Therefore, DPC and FFA are open-channel blockers of CFTR, and a residue of CFTR whose mutation affects their binding must line the pore.

Screening of site-directed mutants for altered DPC binding affinity reveals that TM-6 and TM-12 line the pore. Mutation of residue 5341 in TM-6 abolishes most DPC block, greatly reduces single-channel conductance, and alters the direction of current rectification. Additional residues are found in TM-6 (K335) and TM-12 (T1134) whose mutations weaken or strengthen DPC block; other mutations move the DPC binding site from TM-6 to TM-12. The strengthened block and lower conductance due to mutation T1134F is quantitated at the single-channel level. The geometry of DPC and of the residues mutated suggest α-helical structures for TM-6 and TM-12. Evidence is presented that the effects of the mutations are due to direct side-chain interaction, and not to allosteric effects propagated through the protein. Mutations are also made in TM-11, including mutation S1118F, which gives voltage-dependent current relaxations. The results may guide future studies on permeation through ABC transporters and through other Cl^- channels.

Adaptaciones literarias dirigidas al público infanto-juvenil. El caso del Lazarillo de Tormes.

[SPA] Múltiples son las formas en las que se materializa la intertextualidad, entendida como el conjunto de relaciones que se establecen entre obras diferentes. Una de estas expresiones intertextuales es la adaptación literaria de los clásicos, que transforma textos originariamente dirigidos al público adulto en obras para el joven lector. Tomando como ejemplo diversas versiones infantiles del Lazarillo de Tormes, se han analizado las estrategias empleadas en su adaptación y se ha reflexionado sobre las profundas modificaciones a las que se somete el hipotexto. La exploración de esta temática ha permitido hacer visible la imagen desfigurada que, de forma consciente o inconsciente, la Literatura Infantil y Juvenil transmite en ocasiones de los clásicos universales.

Remediação de solos e lençóis freáticos em postos de gasolina via processo de fenton: estudo de caso

Alguns cientistas ambientais prevêem que a poluição dos solos será um dos maiores legados com grandes impactos para as gerações futuras, pois atualmente ainda existe desconhecimento das fontes poluidoras e da sua extensão. O Brasil, devido a sua extensão territorial, suas bacias hidrográficas, número de postos de abastecimentos e controles ambientais ainda ineficazes, está muito exposto a esse tipo de poluição. Atualmente, há no Brasil mais de 34.300 postos de combustíveis, com volume de 65.000.000 m3 de gasolina e diesel consumidos anualmente, conforme dados da Agência Nacional do Petróleo Gás Natural e Biocombustíveis , ANP, em 2008. Sendo assim, a exposição e contaminação dos solos e dos lençóis freáticos com constituintes aromáticos do diesel e gasolina torna-se um sério problema ambiental. Dentro deste grupo, encontram-se o benzeno, tolueno, xileno, conhecido como BTEX e os hidrocarbonetos policíclicos aromáticos, conhecido como PAH. Este trabalho tem como objetivo estudar a remediação in-situ de um posto de combustíveis na região do ABC Paulista, no Estado de São Paulo. Aplicando-se a técnica de Processo Oxidativo Avançado via reagente de Fenton (H2O2 + Fe2+ → Fe3+ + OH- + OH . ), o radical hidroxila gerado mineraliza compostos aromáticos, decompondo-os definitivamente. Amostras de água do posto em estudo apresentavam elevados teores de BTEX e PAH, 2,58 mg.L-1 e 0,298 mg.L-1 respectivamente, estando em níveis não tolerados pelo órgão ambiental paulista CETESB sendo necessária a intervenção para tratamento da área. Com os níveis de poluentes e o perfil hidrogeológico identificados, a remediação foi iniciada com injeções no solo de peróxido de hidrogênio a 8%v.v, FeSO4 a 0,40 mg.L-1 e solução à base de NPK (nitrogênio, fósforo e nitrogênio) a 100 mg.L-1 como nutrientes para os microorganismos do solo. Estes valores são provenientes de experimentos anteriores e tratamentos já realizados. Foram conduzidas campanhas de injeção trimestrais com 100 litros desta solução completa como reagente , e medições trimestrais de BTEX, PAH e outros parâmetros de controle, que foram indicando o sucesso do tratamento. Após 18 meses o local foi considerado tratado pelo órgão ambiental, onde monitoramentos semestrais estão em continuidade para garantir o resultado do tratamento e das ações corretivas. Assim, o estudo real da remediação de solos contaminados com os poluentes orgânicos via processo de Fenton, com concentração de H2O2 a 8%v/v, e FeSO4 a 0,40 mg.L-1 demonstrou-se uma técnica de sucesso. O entendimento dos resultados da remediação, mesmo sujeitos aos fenômenos naturais, como intempéries e chuvas, é uma experiência grande, pois por mais reais que simulações em laboratório possam ser, é muito difícil incluir nestes sistemas, as variações que um tratamento real está exposto

Cuando el miedo invade la ficción. Análisis de Perdidos (Lost) y de otros quality dramas de la era Post 11S.

521 p.

A implantação do sistema gerencial de custos (SISCUSTOS) desenvolvido pelo Exército Brasileiro: estudo de caso na 1 Inspetoria de Contabilidade e Finanças do Exército

A implantação de sistemas de custos no setor público tem sido apontada como uma necessidade gerencial primordial para se alcançar as dimensões dos princípios da eficiência, eficácia e efetividade na administração pública, fato que proporcionaria a otimização do uso dos escassos recursos disponíveis. Com o advento da Lei de Responsabilidade Fiscal entrou em evidência a discussão sobre o tema no cenário nacional, sendo mais recentemente criada no governo federal uma comissão interministerial de custos com objetivo de elaborar estudos e propor diretrizes, métodos e procedimentos para subsidiar a implantação de Sistemas de Custos na Administração Pública Federal. Tendo em vistas essas necessidades, o presente trabalho tem por objetivo principal verificar a adequabilidade do Sistema Gerencial de Custos (SISCUSTOS) implantado no Exército Brasileiro permite a apuração de custos sob a ótica da teoria contábil e complementarmente analisar se o sistema de custos adequasse as metodologias do custeio ABC e fornece subsídios para a tomada de decisões. Para isso realizou-se um estudo de caso de natureza qualitativa, coletando-se dados de fontes primárias e secundárias, além de entrevistas com os servidores responsáveis pelo desenvolvimento, implantação e operacionalização do sistema. O resultado verificado foi que as funcionalidades disponibilizadas pelo SISCUSTOS vislumbram a aderência do sistema com o plano teórico, permitindo que as informações extraídas da contabilidade governamental contemporânea sejam ajustadas, para uma possível aproximação da contabilidade orçamentária com a contabilidade patrimonial, necessitando apenas de alguns ajustes para itens aqui denominados como peculiares da contabilidade governamental. No caso do método de custeio ABC observou-se que a metodologia está sendo subtilizada, e que o grau desejado em extrair todas as contribuições disponibilizadas pelo ABC somente virá com a maturidade da gestão de custos, sendo que, para atingir tais objetivos haverá a necessidade de se fixar como atributos cognitivos os 4C - Cultura de Custos, Comprometimento, Competição e Confiabilidade - entre os usuários do sistema e a alta administração.

Diseño y caracterización de sistemas nanoestructurados a partir de copolímeros SBM

215 p.