Redundant functions of TCF-1 and LEF-1 during T and NK cell development, but unique role of TCF-1 for Ly49 NK cell receptor acquisition.

Members of the TCF/LEF (T cell factor / lymphoid enhancer factor) family of DNA-binding factors play important roles during embryogenesis, the establishment and/or maintenance of self-renewing tissues such as the immune system and for malignant transformation. Specifically, it has been shown that TCF-1 is required for T cell development. A role for LEF-1 became apparent when mice harbored two hypomorphic TCF-1 alleles and consequently expressed low levels of TCF-1. Here we show that NK cell development is similarly regulated by redundant functions of TCF-1 and LEF-1, whereby TCF-1 contributes significantly more to NK cell development than LEF-1. Despite this role for NK cell development, LEF-1 is not required for the establishment of a repertoire of MHC class I-specific Ly49 receptors on NK cells. The proper formation of this repertoire depends to a large extent on TCF-1. These findings suggest common and distinct functions of TCF-1 and LEF-1 during lymphocyte development.

Ohjelmistotuotteen asiakasversioiden tuotannon ja hallinnan tehostaminen

Työssä tutkittiin menetelmiätehostaa ohjelmistotuotteen asiakasversioiden tuotantoa ja hallintaa. Työ toteutettiin ohjelmistoyrityksessä ja sen ohjelmistotuotteet olivat tutkimuksen ensisijaisena kohteena. Päätavoitteena työssä oli luoda järjestelmällinen menetelmä hallita tuotteisiin ja niiden asiakasversioihin liittyviä tietoja. Toissijaisena tavoitteena oli etsiä ratkaisuja haasteisiin, joita tuotteesta tehtävien asiakasversioiden tuottaminen ja ylläpitäminen aiheuttavat. Työssä todettiin, että tuotteen hallittavuuden ja laadun kannalta on äärimmäisen tärkeääkäyttää mahdollisimman paljon yhteisiä komponentteja tuotteen asiakasversioissa. Useissa tapauksissa asiakasversioiden väliset erot voidaan toteuttaa tekemällätuotteen komponenteista konfiguroitavia. Eri konfigurointitapoja ja -kohteita on esitelty. Työssä havaittiin muutostenhallintaprosessin tärkeyden kasvavan tuotteen asiakkaiden määrän kasvaessa. Ylläpidonaikaisten, usein toistuvien toimenpiteiden automatisointi ja ohjeistava dokumentointi huomattiin tärkeäksi tehostamiskeinoksi. Tuotteen asiakasversioiden välisten eroavaisuuksien dokumentoinnin havaittiin parantavan tuotteen hallittavuutta. Työssä toteutettiin järjestelmä tuotteisiin ja asiakkaisiin liittyvien tietojen ylläpitoa varten. Järjestelmän todettiin vähentävän hallintatoimenpiteisiin kuluvaa aikaa. Järjestelmän tarjoaman keskitetyn tiedonhallinnan havaittiin yhtenäistävän eri tuotteiden tiedonhallintaa ja parantavan tuotteiden laatua. Järjestelmä tukee toiminnallisuuksillaan asiakasversioiden toimitusten tekemistä vähentäen niiden aikana tapahtuvia virheitä. Tämä nostaa tuotteiden laatua. Järjestelmään toteutettiin tuotteiden konfigurointia tehostavia toiminnallisuuksia. Kyseisten toiminnallisuuksien todettiin vähentävän konfigurointiin kuluvaa aikaa ja parantavan tuotteidenlaatua.

Prosessinostureita valmistavan liiketoimintayksikön arvoverkoston kustannusrakenne

Työn tarkoituksena on tutkia prosessinosturiliiketoiminnan rajatun arvoketjun ja - verkoston kustannuksia. Tavoitteena on selvittää valittujen vaihtoehtoisten valmistuspaikkojen toimintojen pohjalta yleinen arvoketju kustannuskertymineen. Lisäksi tavoitteena on kehittää taulukkolaskentaohjelmistoon perustuva laskentamalli tai perustyökalu kustannusten kasautumisen arviointiin. Edelleen pyrkimyksenä on löytää rakennetusta mallin avulla kehitys- ja jatkotoimenpiteiden kohteita. Työssä perehdytään aluksi arvoketju -viitekehykseen ja niihin seikkoihin joista se muodostuu kirjallisuudesta löytyvän tiedon pohjalta. Arvoketjuajattelu on yksinkertaisimmillaan yrityksen toimintojen tarkastelua kilpailukyvyn ja -edun näkökulmasta. Liiketoiminnan kehittyminen verkostomaiseksi vaatii kuitenkin laajemman ¿ arvoverkosto - tarkastelunäkökulman. Toisaalta liiketoiminnan pidemmän aikavälin kilpailukyvyn suunnittelu edellyttää syvällisempää arvoketjujen ja toimintojen tarkastelua ja hallintaa, jolloin tarvitaan kehittyneempiä laskentatoimen menetelmiä ja kustannuslaskentajärjestelmiä. Tutkimuksen empiirisessä osiossa arvoketjuajattelua ja arvoverkostoviitekehystä sekä kustannuslaskentamenetelmiä sovelletaan käytännön tapauksiin. Tulokset osoittavat tutkimukseen valittujen neljän valmistuspaikan kustannuskertymän ja -rakenteen. Kustannuskertymältään alhaisimmaksi osoittautui tuotantolaitos Saudi-Arabiassa, kunloppuasiakkaan sijainti on Qatarissa. Puolalainen tehdas osoittautui puolestaankilpailukykyisimmäksi, kun nosturin toimitusosoite on Italian pohjoisosaan. Tulosten perusteella kustannusrakenteiden suurimmat kustannuserät ovat kuljetus-, teräsrakenteen valmistus- ja suunnittelutoiminnot.

Development of Paperboard Forming Tools with a Focus on Intelligent Manufacturing

Tämä diplomityö käsittelee kartonginmuovaukseen käytettävien puristintyökalujen kehittämistä. Työntavoitteina oli kehittää työkalutekniikan suunnittelua ja valmistusta edullisemmaksi, nopeammaksi ja työkaluja toiminnoiltaan tehokkaammiksi. Työn tuli sisältää myös ohjeet työkalujen suunnittelemiseksi ja valmistamiseksi jatkoa ajatellen. Työn aikana selvitettiin mahdollisia työkalurakennevaihtoehtoja, valmistusmateriaaleja sekä niiden käsittelymenetelmiä ja lastuamista sekä sen tarjoamia mahdollisuuksia valmistusmenetelmänä. Työkalupari suunniteltiin modulaariseksi siten, että uusia työkaluja varten vain osa komponenteista täytyy valmistaa uudelleen, samalla työkalun osien lukumäärää pienennettiin merkittävästi. Valmistusmateriaaliksi valittiin hyvin lastuttava työkaluteräs ja sen koneistaminen tapahtui vaakakaraisessa koneistuskeskuksessa. Työn loppuvaiheessa työkalukokonaisuudelle tehtiin kustannuslaskelma jaoteltuna eri työvaiheille sekä komponenteittain. Työkalu asennettiin puristimeen ja sille suoritettiin käyttötestaus. Työn aikana karttuneen kokemuksen sekä koekäytön perusteella tehtiin jatkokehitysehdotuksia.

Vaihto-omaisuuden merkitysja hallinta tukkukaupassa

Tutkielman päätavoitteena on tutkia vaihto-omaisuuden merkitystä ja hallintaa tukkukaupassa. Tutkielman alatavoitteena on selvittää ostotoiminnan arvostusta yrityksessä sekä myynti- ja ostotoimintojen yhteistyötä. Yrityksen toiminnanohjausjärjestelmien hyödyntäminen vaihto-omaisuuden hallinnassa ja tiedon välittäjänä on toinen tutkielman alatavoitteista. Tutkielmassa haetaan myös vastauksia myynnin ostotoiminnoille esittämään kysymykseen: miksi yrityksessä ei voida pitää reilusti tavaraa varastossa. Tutkimus on tyypiltään kvalitatiivinen ja metodologialtaan tapaustutkimus. Tutkimusmenettelynä on käytetty teoriaa, havainnointia sekä case-yrityksen ja case-tuotesarjan tutkimusta. Tutkimuksen tulosten mukaan ostotoimintojen asema tukkukaupassa on saanut suuremman merkityksen kiristyvän kilpailun vuoksi. Kilpailutilanteessa yritykset pyrkivät tehokkaaseen kustannuksien ja käyttöpääoman hallintaan ja sitä kautta parantamaan tulostaan. Vaihto-omaisuuden hallinnassa tämä tarkoittaa tehokkaasti ostettuja ja hinnaltaan kilpailukykyisiä tuotteita ja varastointikulujen minimoimista. Lisäksi myynti- ja ostotoimintojen yhteistyön kehittäminen on ensiarvoisen tärkeää.

Modelling the Knowledge Interface between Sales and Production Functions of a Company. Case: New Service Development Process.

Yrityksen sisäisten rajapintojen tunteminen mahdollistaa tiedonvaihdon hallinnan läpi organisaation. Idean muokkaaminen kannattavaksi innovaatioksi edellyttää organisaation eri osien läpi kulkevaa saumatonta prosessiketjua sekä tietovirtaa. Tutkielman tavoitteena oli mallintaa organisaation kahden toiminnallisesti erilaisen osan välinen tiedon vaihto. Tiedon vaihto kuvattiin rajapintana, tietoliittymänä. Kolmiulotteinen organisaatiomalli muodosti tutkimuksen pääteorian. Se kytkettiin yrityksen tuotanto- ja myyntiosiin, kuten myös BestServ-projektin kehittämään uuteen palvelujen kehittämisen prosessiin. Uutta palvelujen kehittämisen prosessia laajennettiin ISO/IEC 15288 standardin kuvaamalla prosessimallilla. Yritysarkkitehtuurikehikoita käytettiin mallintamisen perustana. Tietoliittymä nimenä kuvastaa näkemystä siitä, että tieto [tietämys] on olemukseltaan yksilöiden tai ryhmien välistä. Mallinnusmenetelmät eivät kuitenkaan vielä mahdollista tietoon [tietämykseen] liittyvien kaikkien ominaisuuksien mallintamista. Tietoliittymän malli koostuu kolmesta osasta, joista kaksi esitetään graafisessa muodossa ja yksi taulukkona. Mallia voidaan käyttää itsenäisesti tai osana yritysarkkitehtuuria. Teollisessa palveluliiketoiminnassa sekä tietoliittymän mallinnusmenetelmä että sillä luotu malli voivat auttaa konepajateollisuuden yritystä ymmärtämään yrityksen kehittämistarpeet ja -kohteet, kun se haluaa palvelujen tuottamisella suuremman roolin asiakasyrityksen liiketoiminnassa. Tietoliittymän mallia voidaan käyttää apuna organisaation tietovarannon ja tietämyksen mallintamisessa sekä hallinnassa ja näin pyrkiä yhdistämään ne yrityksen strategiaa palvelevaksi kokonaisuudeksi. Tietoliittymän mallinnus tarjoaa tietojohtamisen kauppatieteelliselle tutkimukselle menetelmällisyyden tutkia innovaatioiden hallintaa sekä organisaation uudistumiskykyä. Kumpikin tutkimusalue tarvitsevat tarkempaa tietoa ja mahdollisuuksia hallita tietovirtoja, tiedon vaihtoa sekä organisaation tietovarannon käyttöä.

Kustannuslaskennan kehittäminen työkoneyrityksessä

Yrityksen tärkein taloudellinen tehtävä on sen omistajien voiton maksimointi. Oikea ja tarkoituksenmukainen laskentajärjestelmä voi osaltaan olla apuna tuon tavoitteen saavuttamisessa. Tässä tutkimuksessa pureuduttiin erään työkoneyrityksen laskentajärjestelmän uudistamiseen. Tutkimuksen päätavoitteena oli kehittää työkoneyrityksen kustannuslaskenta konekohtaiseksi toimintolaskentaa hyväksikäyttäen sekä alatavoitteena selvittää antaisivatko tulokset aihetta mallin kokonaisvaltaiseen käyttöönottoon yrityksessä. Teoriaosan alatavoitteena oli tarkastella eri laskentajärjestelmiä yleisesti sekä toimintolaskentaa syvällisemmin. Tutkimus toteutettiin päätöksentekometodologisella tutkimusotteella ja oli luonteeltaan tapaustutkimus. Tuloksina saatiin selville kahdelle erikokoiselle työkoneelle tarkka tuntikustannus. Kävi myös ilmi, että konetyön tilaajalle suoritettavan palvelun täysipainoiseen suorittamiseen vaadittavat, vaikkakin varsinaiseen konetyöhön kuulumattomat, lisätoiminnot voivat muodostua konetyön suorittajalle kuviteltua kalliimmiksi.

Prosessijohtamisella konsernin taloushallintoprosessien kehittämiseen Case: Rakennesuunnittelualan asiantuntijakonsernin emoyritys

Tutkimuksen tarkoituksena on selvittää, miten konsernin taloushallintoprosesseja voidaan kehittää prosessijohtamisen avulla.Kehityksellä haetaan toimintojen tehokkuuden parantamista, kustannussäästöjä sekä yritysten välistä yhteneväisyyttä. Tutkimuksen tavoitteena on luoda kehittämismalli, jonka avulla konsernin taloushallintoprosessien kehittäminen ja yhtenäistäminen voidaan toteuttaa. Tutkimuksen teoria pohjautuu prosessijohtamiseen, jonka avulla tutkimuksen empirian kohteena olevat taloushallintoprosessit dokumentoidaan ja analysoidaan. Mittaamisen ja benchmarkingin jälkeen, ehdotetaan kehitysideoita kehittämään ja yhtenäistämään prosesseja. Tärkeimmät kehitysideat tulevat olemaan sähköinen ostolaskujärjestelmä, järjestelmien koulutus ja linkitykset,kontrollien ja käsikirjan luonti, tilikartan yhtenäistäminen ja raportoinnin kehittäminen.

Corporate governancen vaikutus osuustoiminnallisten yritysten riskienhallintaan

Tutkimuksen tarkoituksena on osallistua corporate governance -keskusteluun tuomalla esiin riskienhallinnan näkökulma osuustoiminnallisessa yritystoiminnassa. Tutkimuksen tavoitteena on kuvata corporate governancen vaikutuksia tuottajaosuustoiminnallisten yritysten riskienhallintaan, selvittää tuottajaosuustoiminnan riskienhallinnan tilaa ja toteutusta ja siihen vaikuttavia tekijöitä sekä tuoda esille näkökulmia riskienhallinnan kehittämiseksi tuottajaosuustoiminnallisissa yrityksissä. Tutkimus on luonteeltaan laadullinen tapaustutkimus. Tutkimuksen empiirinen aineisto kerättiin haastattelemalla kolmea osuustoiminnan asiantuntijaa ja seitsemää riskienhallinnan ja hallinnon vastuuhenkilöä. Haastattelut tehtiin vuoden 2006 kesän ja alkusyksyn aikana. Tutkimuksen perusteella corporate governancen vaikutus organisaatioiden riskienhallintaan on ollut rajallinen. Myös riskienhallintaan sidoksissa olevien toimi- ja hallintoelinten osalta suosituksilla on ollut vähäinen vaikutus. Huolimatta corporate governancen ja riskienhallinnan merkityksen lisääntymisestä tuottajaosuustoiminnallisissa yrityksissä, konkreettisella tasolla riskienhallinta ei toteudu corporate governance -periaatteiden edellyttämällä tavalla niin, että riskienhallintaa voisi kuvata kokonaisvaltaiseksi, periaatteiltaan määritellyksi ja suunnitelmalliseksi prosessiksi. Tutkimuksessa on myös pyritty nostamaan esiin riskienhallinnan eroja eri organisaatiomallien välillä. Tarkastelussaolleiden perusosuuskuntien sekä hybridimallien väliset erot liittyvät lähinnä yritysten resurssien ja koon vaikutuksista syntyviin eroihin riskienhallinnan toteutuksessa ja organisoinnissa. Merkittävään rooliin tuottajaosuustoiminnallistenyritysten riskienhallinnassa nousee erillisen riskienhallintatoiminnon osaaminen ja sen hyödyntäminen organisaatioiden riskienhallintatyössä.

Bandlimited Lipschitz functions

We study the space of bandlimited Lipschitz functions in one variable. In particular we provide a geometrical description of interpolating and sampling sequences for this space. We also give a description of the trace of such functions to sequences of critical density in terms of a cancellation condition.

Ranking-Dominance Relation for (Evolutionary) Multi-Objective Optimization

An alternative relation to Pareto-dominance relation is proposed. The new relation is based on ranking a set of solutions according to each separate objective and an aggregation function to calculate a scalar fitness value for each solution. The relation is called as ranking-dominance and it tries to tackle the curse of dimensionality commonly observedin evolutionary multi-objective optimization. Ranking-dominance can beused to sort a set of solutions even for a large number of objectives when Pareto-dominance relation cannot distinguish solutions from one another anymore. This permits search to advance even with a large number of objectives. It is also shown that ranking-dominance does not violate Pareto-dominance. Results indicate that selection based on ranking-dominance is able to advance search towards the Pareto-front in some cases, where selection based on Pareto-dominance stagnates. However, in some cases it is also possible that search does not proceed into direction of Pareto-front because the ranking-dominance relation permits deterioration of individual objectives. Results also show that when the number of objectives increases, selection based on just Pareto-dominance without diversity maintenance is able to advance search better than with diversity maintenance. Therefore, diversity maintenance is connive at the curse of dimensionality.

Comparaison objective de systèmes d'imagerie conventionnelle et numérique en mammographie

L'objectif de ce travail est le développement d'une méthode de caractérisation objective de la qualité d'image s'appliquant à des systèmes de mammographie analogique, utilisant un couple écran-film comme détecteur, et numérique, basé sur une technologie semi-conductrice, ceci en vue de la comparaison de leurs performances. La méthode développée tient compte de la gamme dynamique du détecteur, de la détectabilité de structures de haut contraste, simulant des microcalcifications, et de structures de bas contraste, simulant des opacités (nodules tumoraux). La méthode prend également en considération le processus de visualisation de l'image, ainsi que la réponse de l'observateur. Pour réaliser ceci, un objet-test ayant des propriétés proches de celles d'un sein comprimé, composé de différents matériaux équivalents aux tissus, allant du glandulaire à l'adipeux, et comprenant des zones permettant la simulation de structures de haut et bas contraste, ainsi que la mesure de la résolution et celle du bruit, a été développé et testé. L'intégration du processus de visualisation a été réalisée en utilisant une caméra CCD mesurant directement les paramètres de qualité d'image, à partir de l'image de l'objet-test, dans une grandeur physique commune au système numérique et analogique, à savoir la luminance arrivant sur l'oeil de l'observateur. L'utilisation d'une grandeur synthétique intégrant dans un même temps, le contraste, le bruit et la résolution rend possible une comparaison objective entre les deux systèmes de mammographie. Un modèle mathématique, simulant la réponse d'un observateur et intégrant les paramètres de base de qualité d'image, a été utilisé pour calculer la détectabilité de structures de haut et bas contraste en fonction du type de tissu sur lequel celles-ci se trouvent. Les résultats obtenus montrent qu'à dose égale la détectabilité des structures est significativement plus élevée avec le système de mammographie numérique qu'avec le système analogique. Ceci est principalement lié au fait que le bruit du système numérique est plus faible que celui du système analogique. Les résultats montrent également que la méthodologie, visant à comparer des systèmes d'imagerie numérique et analogique en utilisant un objet-test à large gamme dynamique ainsi qu'une caméra, peut être appliquée à d'autres modalités radiologiques, ainsi qu'à une démarche d'optimisation des conditions de lecture des images.<br/><br/>The goal of this work was to develop a method to objectively compare the performance of a digital and a screen-film mammography system in terms of image quality and patient dose. We propose a method that takes into account the dynamic range of the image detector and the detection of high contrast (for microcalcifications) and low contrast (for masses or tumoral nodules) structures. The method also addresses the problems of image visualization and the observer response. A test object, designed to represent a compressed breast, was constructed from various tissue equivalent materials ranging from purely adipose to purely glandular composition. Different areas within the test object permitted the evaluation of low and high contrast detection, spatial resolution, and image noise. All the images (digital and conventional) were captured using a CCD camera to include the visualization process in the image quality assessment. In this way the luminance reaching the viewer?s eyes can be controlled for both kinds of images. A global quantity describing image contrast, spatial resolution and noise, and expressed in terms of luminance at the camera, can then be used to compare the two technologies objectively. The quantity used was a mathematical model observer that calculates the detectability of high and low contrast structures as a function of the background tissue. Our results show that for a given patient dose, the detection of high and low contrast structures is significantly better for the digital system than for the conventional screen-film system studied. This is mainly because the image noise is lower for the digital system than for the screen-film detector. The method of using a test object with a large dynamic range combined with a camera to compare conventional and digital imaging modalities can be applied to other radiological imaging techniques. In particular it could be used to optimize the process of radiographic film reading.

Functions of the human papillomavirus type 16 E4 protein

1. Abstract Cervical cancer is thought to be the consequence of infection by human papillomaviruses (HPV). In the majority of cases, DNA from HPV type 16 (HPV16) is found in malignant cervical lesions. The initial steps leading to transformation of an infected cell are not clearly understood but in most cases, disruption and integration of the episomal viral DNA must take place. As a consequence, the E2 and E4 genes are usually not expressed whereas the E6 and E7 oncogenes are highly expressed. However, in a normal infection in which the viral DNA is maintained as an episome, all viral genes are expressed. The pattern according to which the viral proteins are made, and therefore the life cycle of the virus, is tightly linked to the differentiation process of the host keratinocyte. The study of the viral oncogenes E6 and E7 has revealed crucial functions in the process of malignant transformation such as degradation of the p53 tumor suppressor protein, deregulation of the Retinoblastoma protein pathway and activation of the telomerase ribonucleoprotein. All these steps are necessary for cancerous lesions to develop. However, the loss of the E2 gene product seems to be necessary for sufficient expression of E6 and E7 in order to achieve such effects. In normal infections, the E4 protein is made abundantly in the later stages of the viral life cycle. Though extensive amounts of work have been carried out to define the function of E4, it still remains unclear. In this study, several approaches have been used to try and determine the functions of E4. First, a cell-penetrating fusion protein was designed and produced in order to circumvent the chronic difficulties of expressing E4 in mammalian cells. Unfortunately, this approach was not successful due to precipitation of the purified fusion protein. Second, the observation that E4 accumulates in cells having modified their adhesion properties led to the hypothesis that E4 might be involved in the differentiation process of keratinocytes. Preliminary results suggest that E4 triggers differentiation. Last, as E4 has been reported to collapse the cytokeratin network of keratinocytes, a direct approach using atomic force microscopy has allowed us to test the potential modification of mechanical properties of cells harboring reorganized cytokeratin networks. If so, a potential role for E4 in viral particle release could be hypothesized. 2. Résumé Il a été établi que le cancer du col de l'utérus se développe essentiellement à la suite d'une infection par le virus du papillome humain (HPV). Dans la majorité des cas analysés, de l'ADN du HPV de type 16 (HPV16) est détecté. Les étapes initiales de la transformation d'une cellule infectée sont mal connues mais il semble qu'une rupture du génome viral, normalement épisomal, suivi d'une intégration dans le génome de la cellule hôte soient des étapes nécessaires dans la plupart des cas. Or il semble qu'il y ait une sélection pour les cas où l'expression des oncogènes viraux E6 et E7 soit favorisée alors que l'expression des gènes E2 et E4 est en général impossible. Par contre, dans une infection dite normale où le génome viral n'est pas rompu, il n'y pas développement de cancer et tous les gènes viraux sont exprimés. L'ordre dans lequel les protéines virales sont produites, et donc le cycle de réplication du virus, est intimement lié au processus de différentiation de la cellule hôte. L'étude des protéines oncogènes E6 et E7 a révélé des fonctions clés dans le processus de transformation des cellules infectées telles que la dégradation du suppresseur de tumeur p53, la dérégulation de la voie de signalisation Rb ainsi que l'activation de la télomérase. Toutes ces activités sont nécessaires au développement de lésions cancéreuses. Toutefois, il semble que l'expression du gène E2 doit être empêchée afin que suffisamment des protéines E6 et E7 soient produites. Lorsque le gène E2 est exprimé, et donc lorsque le génome viral n'est pas rompu, les protéines E6 et E7 n'entraînent pas de telles conséquences. Le gène E4, qui se trouve dans la séquence codante de E2, a aussi besoin d'un génome viral intact pour être exprimé. Dans une infection normale, le gène E4 est exprimé abondamment dans les dernières étapes de la réplication du virus. Bien que de nombreuses études aient été menées afin de déterminer la fonction virale à E4, aucun résultat n'apparaît évident. Dans ce travail, plusieurs approches ont été utilisées afin d'adresser cette question. Premièrement, une protéine de fusion TAT-E4 a été produite et purifiée. Cette protéine, pouvant entrer dans les cellules vivantes par diffusion au travers de la membrane plasmique, aurait permis d'éviter ainsi les problèmes chroniques rencontrés lors de l'expression de E4 dans les cellules mammifères. Malheureusement, cette stratégie n'a pas pu être utilisée à cause de la précipitation de la protéine purifiée. Ensuite, l'observation que E4 s'accumule dans les cellules ayant modifié leurs propriétés d'adhésion a suggéré que E4 pourrait être impliqué dans le procédé de différentiation des kératinocytes. Des résultats préliminaires supportent cette possibilité. Enfin, il a été montré que E4 pouvait induire une réorganisation du réseau des cytokératines. Une approche directe utilisant le microscope à force atomique nous a ainsi permis de tester une potentielle modification des propriétés mécaniques de cellules ayant modifié leur réseau de cytokératines en présence de E4. Si tel est le cas, un rôle dans la libération de particules virales peut être proposé pour E4.

Combined transcriptomic and proteomic studies reveal non-canonical signaling functions in the jasmonate pathway

Abstract Lipid derived signals mediate many stress and defense responses in multicellular eukaryotes. Among these are the jasmonates, potently active signaling compounds in plants. Jasmonic acid (JA) and 12-oxo-phytodienoic acid (OPDA) are the two best known members of the large jasmonate family. This thesis further investigates their roles as signals using genomic and proteomic approaches. The study is based on a simple genetic model involving two key genes. The first is ALLENE OXIDE SYNTHASE (AOS), encoding the most important enzyme in generating jasmonates. The second is CORONATINE INSENSITIVE 1 (COI1), a gene involved in all currently documented canonical signaling responses. We asked the simple question: do null mutations in AOS and COI1 have analogous effects on the transcriptome ? We found that they do not. If most COI1-dependent genes were also AOS-dependent, the expression of a zinc-finger protein was AOS-dependent but was unaffected by the coi1-1 mutation. We thus supposed that a jasmonate member, most probably OPDA, can alter gene expression partially independently of COI1. Conversely, the expression of at least three genes, one of these is a protein kinase, was shown to be COI1-dependent but did not require a functional AOS protein. We conclude that a non-jasmonate signal might alter gene expression through COIL Proteomic comparison of coi1-1 and aos plants confirmed these observations and highlighted probable protein degradation processes controlled by jasmonates and COI1 in the wounded leaf. This thesis revealed new functions for COI1 and for AOS-generated oxylipins in the jasmonate signaling pathway. Résumé Les signaux dérivés d'acides gras sont des médiateurs de réponses aux stress et de la défense des eucaryotes multicellulaires. Parmi eux, les jasmonates sont de puissants composés de sig¬nalisation chez les plantes. L'acide jasmonique (JA) et l'acide 12-oxo-phytodienoïc (OPDA) sont les deux membres les mieux caractérisés de la grande famille des jasmonates. Cette thèse étudie plus profondément leurs rôles de signalisation en utilisant des approches génomique et protéomique. Cette étude est basée sur un modèle génétique simple n'impliquant que deux gènes. Le premier est PALLENE OXYDE SYNTHASE (AOS) qui encode l'enzyme la plus importante pour la fabrication des jasmonates. Le deuxième est CORONATINE INSENSITIVE 1 (COI1) qui est impliqué dans la totalité des réponses aux jasmonates connues à ce jour. Nous avons posé la question suivante : est-ce que les mutations nulles dans les gènes AOS et COI1 ont des effets analogues sur le transcriptome ? Nous avons trouvé que ce n'était pas le cas. Si la majorité des gènes dépendants de COI1 sont également dépendants d'AOS, l'expression d'un gène codant pour une protéine formée de doigts de zinc n'est pas affectée par la mutation de COI1 tout en étant dépendante d'AOS. Nous avons donc supposé qu'un membre de la famille des jasmonates, probablement OPDA, pouvait modifier l'expression de certains gènes indépendamment de COI1. Inversement, nous avons montré que, tout en étant dépendante de COI1, l'expression d'au moins trois gènes, dont un codant pour une protéine kinase, n'était pas affectée par l'absence d'une protéine AOS fonctionnelle. Nous en avons conclu qu'un signal autre qu'un jasmonate devait modifier l'expression de certains gènes à travers COI1. La comparaison par protéomique de plantes aos et coi1-1 a confirmé ces observations et a mis en évidence un probable processus de dégradation de protéines contrôlé par les jasmonates et COU_ Cette thèse a mis en avant de nouvelles fonctions pour COI1 et pour des oxylipines générées par AOS dans le cadre de la signalisation par les jasmonates.