CpG islands or CpG clusters: how to identify functional GC-rich regions in a genome?

Background: CpG islands (CGIs), clusters of CpG dinucleotides in GC-rich regions, are often located in the 5' end of genes and considered gene markers. Hackenberg et al. ( 2006) recently developed a new algorithm, CpGcluster, which uses a completely diffe

人类基因同义密码子偏好的特征以及与基因GC含量的关系

对人类的728个基因，按其编码区中GC的含量分成四组（从GC < 0.43到GC > 0.58），分别考察了这四组样本对同义密码子偏好的特征，发现在全部样本中都呈现NTG（N代表四种碱其中的任一种）特爱偏爱和NCG尽量避免的特征。基因环境中GC含量与C3／G3含量（密码子第三位C和G的含量）的相关分析，以及四组本对密码子的偏好都支持以C线的密码子在编码中有特殊的优势，这种优势有利于保证翻译的准确性。还考察了各种氨基酸含量随编码区GC含量不同而变化的趋势。

The features of synonymous codon bias and GC-content relationship in human genes

728 human genes were divided to four groups according to the GC contents of their coding sequences (from GC<0.43 to GC>0.58). Examination of synonymous-codon bias in the 4 groups show that NTG (N represents any base of T, A, C, G) is most favored and NCG

利用HS-SPME-GC技术分析环境水样中超痕量的六氯苯,DDT及其代谢产物

利用顶空固相微萃取(HSSPME)和气相色谱检测技术,通过对三种不同的SPME萃取头(PDMS,PMPVS,PA)实验条件的优化,并参照液液萃取的方法,对水相中六氯苯,DDT及其代谢产物的萃取效果进行了比较.结果表明,SPME方法比液液萃取方法在检测限和回收率上有很大的提高,其中PDMS对检测六氯苯,DDT及其代谢产物的效果较其它两种萃取头好.

湖北栀子花挥发油的GC/MS分析

利用水蒸气蒸馏法从湖北栀子花鲜花中提取栀子花挥发油。通过 DB 5弹性石英毛细管柱 GC MS分析所得栀子花挥发油 ,共鉴定了 4 0个化合物并测定了其相对含量。湖北栀子花挥发油的主要成分为芳樟醇 ( 1 7 92 %)、茉莉内酯 ( 9 1 1 %)和惕各酸顺 3 己烯酯( 6 5 4 %)

除臭大蒜口服液的GC/MS分析

应用GC/MS联用技术,对除臭大蒜口服液进行了检测,定性鉴定了25种含硫有机化合物。二烯丙基硫醚、甲基烯丙基三硫醚、3-乙烯基-1,2-二硫杂-5-环己烯、2-乙烯基-1,3-二硫杂-5-环己烯和二烯丙基三硫醚是主要组分;二烯丙基四硫醚、烯丙基四硫化氢、2-和3-(2’,3’-二硫杂-5’-己烯基)-3,4-二氢-2H-噻喃、2-(2’-[3’,4’-二氢-2H噻喃基])-1,3-二硫杂-5-环己烯和3-(2’-[3’,4’-二氢-2H-噻喃基])-1,2-二硫杂-5-环己烯是次要组分。最后4种次要组分在

湖泊沉积物中邻苯二甲酸酯类的GC／MS分析

东湖沉积物阴干后用二氯甲烷溶剂萃取，用ＤＢ－５弹性石英毛细管柱ＧＣ／ＭＳ分离鉴定，并结合ｍ／ｚ１４９质量色谱图，确证东湖沉积物中含有９种邻苯二甲酸酯类化合物，它们是邻苯二甲酸二乙酯、二异丁酯、二正丁酯、二己酯、己基辛基酯、二－（２－乙基己基）酯、二辛酯、己基癸基酯和辛基癸基酯，其特征离子及峰度见表１。

自来水中非挥发性氯化产物的GC／MS分析

本文采用ＸＡＤ－２和ＸＡＤ－８（１：１）混合树脂现场富集采样，循环提取器提取，毛细管ＧＣ／ＭＳ定性的方法，通过对冬夏两季的采样分析，初步分析了某地自来（饮用）水中非挥发性有机氯化产物。从夏天自来水中检测出了２８种有机氯化合物。从冬天自来水中只检出了１种有机氯化合物。

湖北大蒜油的GC/MS研究

<正> 1 简介与实验大蒜(Allium sativun L.)系石蒜科葱属植物,世界各地均有栽培,大蒜作为民间药物广泛应用于世界各地。我国用大蒜作为药物有悠久的历史,大蒜在临床上的重要作用引起了广大化学家的重视,对大蒜的分析国内外均有报道。Stoll 等人认为大蒜的主要成分是大蒜辣素(Allicm),其结构式为 CH_2=

珍稀水生动物白暨豚油中脂肪酸的GC/MS分析

白暨豚是一种珍稀水生动物.本文报道了运用 Dexsil-300GC 毛细管柱色质联用仪,对白(?)豚油中脂肪酸进行了分析鉴定,并检测到了22种脂肪酸,其中主要脂肪酸是十四碳烯酸、十六碳烯酸和十八碳烯酸.

Fatty-acids and their C-13 signatures in seep carbonates from hydrocarbon seeps on the upper (GC 185) and lower (AC 645) continental slope of the Gulf of Mexico

Here we reported the fatty-acids and their δ 13C values in seep carbonates collected from Green Canyon lease block 185 (GC 185; Sample GC-F) at upper continental slope (water depth: ∼540 m), and Alaminos Canyon lease block 645 (GC 645; Sample AC-E) at lower continental slope (water depth: ∼2200 m) of the Gulf of Mexico. More than thirty kinds of fatty acids were detected in both samples. These fatty acids are maximized at C16. There is a clear even-over-odd carbon number predominance in carbon number range. The fatty acids are mainly composed of n-fatty acids, iso-/anteiso-fatty acids and terminally branched odd-numbered fatty acids (iso/anteiso). The low δ 13C values (−39.99‰ to.32.36‰) of n-C12:0, n-C13:0, i-C14:0and n-C14:0 suggest that they may relate to the chemosynthetic communities at seep sites. The unsaturated fatty acids n-C18:2 and C18:1Δ9 have the same δ 13C values, they may originate from theBeggiatoa/Thioploca. Unlike other fatty acids, the terminally branched fatty acids (iso/anteiso) show lowerδ 13C values (as low as −63.95‰) suggesting a possible relationship to sulfate reducing bacteria, which is common during anaerobic oxidation of methane at seep sites.

稀土离子在硼铝酸盐及相关基质中的VUV-Vis范围发光性质

PDP(等离子平板显示器)是一种最有前途的大屏幕壁挂式彩电,而它需要VUV激发下的高效荧光粉,同时由于VUV荧光粉也是无汞荧光灯的需求,所以研究VUV激发的稀土激活的荧光粉是实际应用的需要.对于光谱分析该工作采用了理论计算与光谱数据分析相结合的方法,对所测光谱各个谱峰进行了详细的指认.得到了以下的结论和成果:1.得到了大量的含氧酸盐中稀土离子的VUV光谱数据.2.首次系统地应用两种方法预测了三价稀土离子的f-d跃迁位置,并首次系统地通过计算预测了三价稀土离子在含氧酸盐中的电荷迁移带的位置.3.首次实验观察到Ce<'3+>的电荷迁移带,观察到了Tb<'3+>的电荷迁移带.4.在所有含Dy<'3+>的样品中都观察到Dy<'3+>的f-d跃迁.5.LaPO<,4>和ABLa(PO<,4>)<,2>(A=K,Na;B=Mg,Zn)基质中,观察到了Ce<'3+>的5个f-d跃迁,指认了Tb<'3+>的5个f-d跃迁,指认了掺杂Ce、Tb的VUV光谱中的所有谱峰.6.对所研究基质中的稀土离子的f-d跃迁和电荷迁移带进行了系统地预测和指认.7.通过总结不同稀土离子在相同基质中的VUV光谱,并参考文献的相关报导,总结了所研究基质的基质吸收位置.8.通过Eu<'3+>的灾光探针作用和ce<'3+>的发射光谱等,确证三价稀土离子在La<,2>CaB<,10>O<,19>基质中同时取代了八配位的Ca<'2+>和十配位的La<'3+>,占据了两种格位.9.合成了一种新型绿色长余辉材料,具有亮度高,余辉时间长,可用日光激发等优点.10.合成了一种UV激发下性能优异的掺Eu<'3+>的红色荧光粉,亮度可以跟商业红粉Y<,2>O<,3>:Eu相比拟,而基质材料与Y<,2>O<,3>相比降低了成本.

药物分子与DNA相互作用机理的研究

脱氧核糖核酸（DNA）是生物体的重要遗传物质。许多药物，尤其是抗肿瘤药物，以DNA为作用靶，研究它们与DNA之间的相互作用，使人们从分子水平上理解某些疾病的致病机理，并通过分子设计寻找更为有效的治疗药物。由于药物的药理活性及毒副作用与药物的分子结构及与DNA的结合位点、序列选择性密切相关，本论文对硫荃（TH）、1，4-二氢毗陡（1，4-DHP）、毗咯并苯并咪哇（PBI）三类药物分子与DNA的结合方式、序列选择性及药物的分子结构对与DNA相互作用的影响进行了研究，并着重对1，4-DHP衍生物C一4取代基、PBI衍生物C一3取代基结构与药物活性的构效关系进行了研究。主要研究内容及结论如下：一、用电化学及光谱方法研究TH与小牛胸腺DNA（CT-DNA）相互作用的方式及序列选择性。当PH＞6．8时，TH与CT-DNA作用后，其氧化还原峰峰电位正移及峰电流降低、UV-vis吸收峰峰位红移和吸光度降低、荧光被强烈碎灭，说明它们的相互作用具有嵌插结合特征。溶液酸度对两者的作用方式有影响，当pH＜6．8时，作用方式则以静电结合为主。通过比较与不同碱基序列作用后，TH的UV-vis吸收光谱、荧光光谱以及核磁共振光谱的变化，表明TH与DNA的作用具有序列选择性，与GC碱基序列的作用比与AT碱基序列强。此外，圆二色谱（CD）实验表明，DNA三级结构由于TH嵌插结合发生了构象变化，使双螺旋链由较紧密螺旋态变为松散态。二、用电化学和光谱方法研究了1，4-DHP衍生物C-4取代基吸电子能力及空间结构对1，4-DHP衍生物氧化过程、与DNA作用方式以及对DNA构象的影响。C-4取代基吸电子能力越强，1，4-DHP衍生物氧化峰峰电位越正，氧化反应越不易进行。与DNA的作用方式与1，4-DHP衍生物结构有关，C-4位被H-取代或被烷基取代的1，4-DHP衍生物与CT-DNA的作用方式为嵌插结合方式，C-4位被芳环取代基所取代的1，4-DHP衍生物，只能部分嵌入CT-DNA双螺旋链中，还通过沟结合特异性地与DNA大沟或小沟中的AT碱基序列结合。DNA的构象在与1，4-DHP衍生物作用后发生了不同程度的变化，C-4位芳香取代的1，4-DHP衍生物引起DNA的构象变化大，因而也具有更高的药物活性。三、用UV-vis吸收光谱、荧光光谱对几种C-3、C-4取代基不同的PB工衍生物与DNA的作用方式及序列选择性进行了研究。结果表明，PBI衍生物与DNA共价交联结合，使DNA烷基化并产生裂解。PBI衍生物C-3氰基取代基与DNA大沟中腺嗓吟上氨基之间的氢键作用对PBI衍生物与DNA的结合起到关键作用。C-4取代基的空间效应对PBI衍生物与DNA作用有一定影响。DNA与PBI衍生物作用后的CD光谱变化表明，两者之间的结合不仅使DNA三级结构发生了构象变化，还可能存在CT-DNA双螺旋链断链的结构变化。