Comprehensive Genomic Characterization of Long Non-coding RNAs across Human Cancers.

The discovery of long non-coding RNA (lncRNA) has dramatically altered our understanding of cancer. Here, we describe a comprehensive analysis of lncRNA alterations at transcriptional, genomic, and epigenetic levels in 5,037 human tumor specimens across 13 cancer types from The Cancer Genome Atlas. Our results suggest that the expression and dysregulation of lncRNAs are highly cancer type specific compared with protein-coding genes. Using the integrative data generated by this analysis, we present a clinically guided small interfering RNA screening strategy and a co-expression analysis approach to identify cancer driver lncRNAs and predict their functions. This provides a resource for investigating lncRNAs in cancer and lays the groundwork for the development of new diagnostics and treatments.

Environmental control of the Pom1-dependent cell-size regulation pathway in fission yeast

Cells couple their growth and division rate in response to nutrient availability to maintain a constant size. This co-ordination happens either at the G1-S or the G2-M transition of the cell cycle. In the rod-shaped fission yeast, size regulation happens at the G2-M transition prior to mitotic commitment. Recent studies have focused on the role of the DYRK-family protein kinase Pom1, which forms gradients emanating from cell poles and inhibits the mitotic activator kinase Cdr2, present at the cell middle. Pom1 was proposed to inhibit Cdr2 until cells reached a critical size before division. However when and where Pom1 inhibits Cdr2 is not clear as medial Pom1 levels do not change during cell elongation. Here I show that Pom1 gradients are susceptible to environmental changes in glucose. Specifically, upon glucose limitation, Pom1 re-localizes from the poles to the cell sides where it delays mitosis through regulating Cdr2. This re-localization occurs due to microtubule de- stabilization and lateral catastrophes leading to transient deposition of the Pom1 gradient nucleator Tea4 along the cell cortex. As Tea4 localization to cell sides is sufficient to recruit Pom1, this explains the mechanism of Pom1 re-localization. Microtubule destabilization and consequently Tea4 and Pom1 spread depends on the activity of the cAMP-dependent Protein Kinase A (PKA/Pka1), as pka1 mutant cells have stable microtubules and retain polar Tea4 and Pom1 under limited glucose. PKA signaling negatively regulates the microtubule rescue factor CLASP/Cls1, thus reducing its ability to stabilize microtubules. Thus PKA signaling tunes CLASP activity to promote microtubule de-stabilization and Pom1 re-localization upon glucose limitation. I show that the side-localized Pom1 delays mitosis and balances the role of the mitosis promoting, mitogen-associated protein kinase (MAPK) protein Sty1. Thus Pom1 re-localization may serve to buffer cell size upon glucose limitation. -- Afin de maintenir une taille constante, les cellules régulent leur croissance ainsi que leur taux de division selon les nutriments disponibles dans le milieu. Dans la levure fissipare, cette régulation de la taille précède l'engagement mitotique et se fait à la transition entre les phases G2 à M du cycle cellulaire. Des études récentes se sont focalisées sur le rôle de la protéine Pom1, membre de la famille des DYRK kinase. Celle-ci forme un gradient provenant des pôles de la cellule et inhibe l'activateur mitotique Cdr2 présent au centre de la cellule. Le model propose que Pom1 inhibe Cdr2 jusqu'à atteindre une taille critique avant la division. Cependant quand et à quel endroit dans la cellulle Pom1 inhibe Cdr2 n'était pas clair car les niveaux médians de Pom1 ne changent pas au cours de la l'élongation des cellules. Dans cette étude, je montre que les gradients de Pom1 sont sensibles aux changements environnementaux du taux de glucose. Plus spécifiquement, en conditions limitantes de glucose, Pom1 se relocalise des pôles de la cellule pour se distribuer sur les côtés de celle-ci. Par conséquent, un délai d'entrée en mitose est observé dû à l'inhibition Cdr2 par Pom1. Cette délocalisation est due à la déstabilisation des microtubules qui va conduire à une déposition transitoire de Tea4, le nucléateur du gradient de Pom1, tout au long du cortex de la cellule. Comme la localisation de Tea4 sur les côtés de la cellule est suffisante pour recruter la protéine Pom1, ceci explique le mécanisme de relocalisation de celle-ci. La déstabilisation des microtubules et par conséquent la diffusion de Tea4 et Pom1 dépendent de l'activité de la protéine kinase A dépendante de l'AMP cyclique (PKA/Pka1). En absence de pka1, la stabilité des microtubules n'est pas affectée ce qui permet la rétention de Tea4 et Pom1 aux pôles de la cellule même en conditions limitantes de glucose. La signalisation via PKA régule négativement le facteur de sauvetage des microtubules CLASP/Cls1 et permet donc de réduire sa fonction de déstabilisation des microtubules. Ainsi la signalisation via PKA affine l'activité des CLASP pour promouvoir la déstabilisation des microtubules et la relocalisation de Pom1 en conditions limitantes de glucose. Je montre que la localisation sur les côtés retarde l'entrée en mitose et compense l'action de la protéine Sty1, connue pour être une MAPK qui induit l'entrée en mitose. Ainsi, la relocalisation de Pom1 pourrait servir à tamponner la taille de la cellule en condition limitantes de glucose. -- Various cell types in the environment such as bacterial, plant or animal cells have a distinct cellular size. Maintaining a constant cell size is important for fitness in unicellular organisms and for diverse functions in multicellular organisms. Cells regulate their size by coordinating their growth rate to their division rate. This coupling is important otherwise cells would get progressively smaller or larger after each successive cell cycle. In their natural environment cells may face fluctuations in the available nutrient supply. Thus cells have to coordinate their division rate to the variable growth rates shown under different nutrient conditions. During my PhD, I worked with a single-celled rod shaped yeast called the fission yeast. These cells are longer when the nutrient supply is abundant and shorter when the nutrient supply is scarce. A protein that senses changes in the external carbon source (glucose) is called Protein Kinase A (PKA). The rod shape of fission yeast cells is maintained thanks to a structural backbone called the cytoskeleton. One of the components of this backbone is called microtubules, which are small tube like structures spanning the length of the cell. They transport a protein called Tea4, which in turn is important for the proper localization of another protein Pom1 to the cell ends. Pom1 helps to maintain proper shape and size of these rod shaped yeast cells. My thesis work showed that upon reduction in the external nutrient (glucose) levels, microtubules become less stable and show an alteration in their organization. A significant percentage of the microtubules contact the side of the cell instead of touching only the cell tip. This leads to the spreading of the protein Pom1 away from the tips all around the cell periphery. This helps fission yeast cells to maintain the proper size required under these conditions of limited glucose supply. I further showed that the protein PKA regulates microtubule stability and organization and thus Pom1 spreading and maintenance of proper cell size. Thus my work led to the discovery of a novel pathway by which fission yeast cells maintain their size under limited supply of glucose. -- Divers types cellulaires dans l'environnement tels que les bactéries, les plantes ou les cellules animales ont une taille précise. Le maintien d'une taille cellulaire constante est importante pour le fitness des organismes unicellulaire ainsi que pour multiples fonctions dans les organismes multicellulaires. Les cellules régulent leur taille en coordonnant le taux de croissance avec le taux de division. Ce couplage est essentiel sinon les cellules deviendraient progressivement plus petites ou plus grandes après chaque cycle cellulaire. Dans leur habitat naturels les cellules peuvent faire face a des fluctuations dans le taux de nutriment disponible. Les cellules doivent donc coordonner leur taux de division aux taux variables de croissances perçus dans les différentes conditions nutritionnels. Pendant ma thèse, j'ai travaillée sur une levure unicellulaire, en forme de bâtonnet, nommé levure fissipare ou levure de fission. La taille de ces cellules est plus grande quand le taux de nutriments est grand et plus courte quand celui-ci est plus faible. Une protéine qui perçoit les changements dans le taux externe de la source de carbone (glucose) est nommée PKA pour protéine kinase A. La forme en bâtonnet de la cellule est due aux caractères structuraux du cytosquelette. Une composante importante de ce cytosquelette sont les microtubules, dont la structures ressemble à des petit tubes qui vont d'un bout à l'autre de la cellule. Ces microtubules transportent une protéine importante nommée Tea4 qui à leur tour importante pour la bonne localisation d'une autre protéine Pom1 aux extrémités de la cellule. La protéine Pom1 aide à maintenir la taille appropriée des levures fissipares. Mon travail de thèse a montré qu'en présence de taux faible de nutriments (glucose) les microtubules deviennent de moins en moins stables et montrent une désorganisation globale. Un pourcentage significatif des microtubules touche les côtés de la cellule aux lieu d'atteindre uniquement les extrémités. Ceci a pour conséquence une diffusion de Pom1 tout au long du cortex de la cellule. Ceci aide les levures fissipares à maintenir la taille appropriée pendant ce stress nutritionnel. De plus, je montre que PKA régule la stabilité et l'organisation des microtubules et par conséquent la diffusion de Pom1 et le maintien d'une taille constante. En conclusion, mon travail a conduit à la découverte d'un nouveau mécanisme par lequel la levure fissipare maintient sa taille dans des conditions limitantes en glucose.

Sähköisten kuljetustietojen vaikutukset päivittäistavarakaupan pitkässä arvoketjussa

Tutkielman tavoitteena on esittää kustannustehokkaita tapoja lähetystoimintojen ja kuljetustietojen käsittelyyn päivittäistavarakaupan logistiikkakeskuksessa. Tutkielmassa kuvataan case-yrityksen lähettämö- ja kuljetustoimintojen sekä lähtevän tavaravirran seurannan ja rahtilaskutuksen nykytilanne. Tutkimusmenetelmänä on käytetty case-yrityksen avainhenkilöiden teemahaastatteluja sekä erillistä haastattelututkimusta kahdeksalle suurimmalle case-yrityksen käyttämälle kuljetusliikkeelle. Työssä esitellään keskeisimpien kuljetustietojen ja lähettämötoimintojen sähköistämisen edellytyksiä sekä niiden toteutusmahdollisuuksia. Koska lähtevän tavaravirran käsittely manuaalisesti aiheuttaa ylimääräisiä virheitä ja tehottomuutta pitkän arvoketjun eri vaiheissa työllistäen lähettämön, kuljetusliikkeiden, terminaalien ja myymälöiden työntekijöitä, on tutkielmassa esitelty keskeisimmät keinot tehostaa ja automatisoida lähtevien kuljetusyksiköiden käsittelyä. Ratkaisut pohjautuvat lähtevien kuljetusyksiköiden yksilöintiin ja seurantaan. Yksiköiden käsittelyä tehostetaan automatisoimalla yksiköiden tunnistamista ja tiedonsiirtoa. Käytettäviksi työkaluiksi on valittu viivakoodit ja tarvittavat lukijat yksiköiden tunnistamiseen. Sähköisellä rahtikirjalla pyritään paperittomaan lähettämötoimintaan ja sitä kautta automatisoimaan rahtilaskutusta ottamalla käyttöön laskuton maksu. Kuljetustietojen sähköistämisellä voidaan saavuttaa mittavat kustannussäästöt pitkässä arvoketjussa.

Lastaus- ja jakelutoiminnan kehittäminen paperitehtaalla

Stora Enso Oyj:n Anjalan paperitehdas on vuoden 2008 alussa muutosten keskellä; tehtaalla pysäytetään yksi paperikone, ja samalla kahden käyntiin jäävän paperikoneen tuoteportfoliota muutetaan. Näin ollen tehtaalla on tarve päivittää logistista strategiaa ja kehittää tehtaan lähtölogistiikan toimintoja. Tämän diplomityön tavoitteena oli määrittää Anjalan paperitehtaan lastausaseman resurssit tehtaalla toteutettavan rakennemuutoksen jälkeisessä tilanteessa sekä tuoda esille ja pohtia tehtaan lähtölogistiikan toimintojen mahdollisia kehitystoimenpiteitä. Työssä pohdittiin rakennemuutoksen vaikutuksia lastausaseman resursseihin niin auto- kuin junalastauksenkin osalta sekä käsiteltiin mahdollisia logististen järjestelyjen kehitystoimenpiteitä. Lastausaseman resurssit todettiin riittäviksi. Keskeisimmiksi ja tärkeimmiksi kehitystoimenpiteiksi työssä nähtiin tehdas-satama -toimituksissa käytettävien autokuljetusten määrän kasvattaminen, Stora Enson systeemiliikenteen junalastausten kehittäminen sekä Anjalan paperitehtaan ja Inkeroisten kartonkitehtaan yhteisen kuljetussuunnittelijan toimen käynnistäminen.

The EXS Domain of PHO1 Participates in the Response of Shoots to Phosphate Deficiency via a Root-to-Shoot Signal.

The response of shoots to phosphate (Pi) deficiency implicates long-distance communication between roots and shoots, but the participating components are poorly understood. We have studied the topology of the Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) PHOSPHATE1 (PHO1) Pi exporter and defined the functions of its different domains in Pi homeostasis and signaling. The results indicate that the amino and carboxyl termini of PHO1 are both oriented toward the cytosol and that the protein spans the membrane twice in the EXS domain, resulting in a total of six transmembrane α-helices. Using transient expression in Nicotiana benthamiana leaf, we demonstrated that the EXS domain of PHO1 is essential for Pi export activity and proper localization to the Golgi and trans-Golgi network, although the EXS domain by itself cannot mediate Pi export. In contrast, removal of the amino-terminal hydrophilic SPX domain does not affect the Pi export capacity of the truncated PHO1 in N. benthamiana. While the Arabidopsis pho1 mutant has low shoot Pi and shows all the hallmarks associated with Pi deficiency, including poor shoot growth and overexpression of numerous Pi deficiency-responsive genes, expression of only the EXS domain of PHO1 in the roots of the pho1 mutant results in a remarkable improvement of shoot growth despite low shoot Pi. Transcriptomic analysis of pho1 expressing the EXS domain indicates an attenuation of the Pi signaling cascade and the up-regulation of genes involved in cell wall synthesis and the synthesis or response to several phytohormones in leaves as well as an altered expression of genes responsive to abscisic acid in roots.

Termodinâmica estatística de líquidos com o método de Monte Carlo. I. Metodologia

Statistical mechanics Monte Carlo simulation is reviewed as a formalism to study thermodynamic properties of liquids. Considering the importance of free energy changes in chemical processes, the thermodynamic perturbation theory implemented in the Monte Carlo method is discussed. The representation of molecular interaction by the Lennard-Jones and Coulomb potential functions is also discussed. Charges derived from quantum molecular electrostatic potential are also discussed as an useful methodology to generate an adequate set of partial charges to be used in liquid simulation.

Termodinâmica estatística de líquidos com o método de Monte Carlo. II. O líquido clorofórmio

Thermodynamic properties and radial distribution functions for liquid chloroform were calculated using the Monte Carlo method implemented with Metropolis algorithm in the NpT ensemble at 298 K and 1 atm. A five site model was developed to represent the chloroform molecules. A force field composed by Lennard-Jones and Coulomb potential functions was used to calculate the intermolecular energy. The partial charges needed to represent the Coulombic interactions were obtained from quantum chemical ab initio calculations. The Lennard-Jones parameters were adjusted to reproduce experimental values for density and enthalpy of vaporization for pure liquid. All thermodynamic results are in excelent agreement with experimental data. The correlation functions calculated are in good accordance with theoretical results avaliable in the literature. The free energy for solvating one chloroform molecule into its own liquid at 298 K and 1 atm was computed as an additional test of the potential model. The result obtained compares well with the experimental value. The medium effects on cis/trans convertion of a hypotetical solute in water TIP4P and chloroform solvents were also accomplished. The results obtained from this investigation are in agreement with estimates of the continuous theory of solvation.

Estudo da adsorção de hidrogênio e sulfeto na superfície de paládio: aspectos experimentais (eletroquímica) e teóricos (ab initio e Teoria do Funcional da Densidade)

The adsorption of H and S2- species on Pd (100) has been studied with ab initio, density-functional calculations and electrochemical methods. A cluster of five Pd atoms with a frozen geometry described the surface. The computational calculations were performed through the GAUSSIAN94 program, and the basis functions adapted to a pseudo-potential obtained by using the Generator Coordinate Method adapted to the this program. Using the cyclic voltammetry technique through a Model 283 Potentiostat/Galvanostat E.G.&G-PAR obtained the electrochemical results. The calculated chemisorption geometry has a Pd-H distance of 1.55Å, and the potential energy surface was calculated using the Becke3P86//(GCM/DFT/SBK) methodology. The adsorption of S2- ions on Pd surface obtained both through comparison between the experimental and theoretical results, at MP2 level, suggest a S2- absorption into the metallic cluster. The produced Pd-(S2-) system was show to be very stable under the employed experimental conditions. The paper has shows the powerful aid of computational methods to interpret adsorption experimental data.

Redes neurais e suas aplicações em calibração multivariada

Neural Networks are a set of mathematical methods and computer programs designed to simulate the information process and the knowledge acquisition of the human brain. In last years its application in chemistry is increasing significantly, due the special characteristics for model complex systems. The basic principles of two types of neural networks, the multi-layer perceptrons and radial basis functions, are introduced, as well as, a pruning approach to architecture optimization. Two analytical applications based on near infrared spectroscopy are presented, the first one for determination of nitrogen content in wheat leaves using multi-layer perceptrons networks and second one for determination of BRIX in sugar cane juices using radial basis functions networks.

Datanomiopiskelijat sosiaalisen median käyttäjinä

Tutkimukseni aiheena on tarkastella datanomiopiskelijoita sosiaalisen median käyttäjinä. Sosiaalisen median käyttö opetuksessa on nykypäivänä jo aika yleistä. Erilaisia sosiaalisen median keinoja käytetään jo kaikilla oppiasteilla. Opettajan on tärkeää tuntea eri palvelujen tarkoitukset ja soveltuvuus opetustilanteeseen. Työn tarkoitus on tutkia sosiaalisen median palveluja kuudesta eri näkökulmasta, jotka tukevat opetusta ja oppimista. Näitä ovat verkostoitumispalvelut, virtuaalimaailmat, sisällöllinen kirjoittaminen, verkko-oppimisympäristöt, videoverkkopalvelut ja verkkoviestintäpalvelut. Työssä tutkitaan Lappeenrannan Palvelualojen koulun datanomiopiskelijoiden sosiaalisen median palvelujen käyttämistä sekä kysytään käyttöaktiivisuutta ja mielipidettä palvelujen käyttämiseen opetuksessa. Tutkimustulokset antavat kuvan siitä, minkälaisia sosiaalisen median palveluja opiskelijat käyttävät. Tutkimus osoittaa, että datanomiopiskelijat käyttävät sosiaalisen median palveluja ahkerasti, erityisesti wikiä, blogia ja pikaviestimiä sekä Moodle-oppimisympäristöä. Tutkimuksen perusteella voidaan kehittää opetuksen laatua ja opetusmenetelmiä sosiaalisen median opetuskäyttöä tukevaksi. Opettajan rooli muuttuu sosiaalisen median palvelujen käytön myötä yhä enemmän ohjaavaksi ja tasa-arvoiseksi opiskelijoiden kanssa. Opetus muuttuu yhteisöllisemmäksi ja verkostoituneemmaksi. Opettajan ja opiskelijoiden vuorovaikutustaitojen merkitys korostuu. Myös tulevaisuuden haasteet ja ennen kaikkea mahdollisuudet nousevat esiin. Opetuksen suunnittelussa on hyvä pystyä huomioimaan uudet mahdollisuudet ja käyttää niitä kattavasti.

Síntese de enaminonas

The general term "enaminone" is applied to any compound bearing the conjugated system N-C=C-C=O. Enaminones are typical capto-dative ethylenes, showing particular properties due to pi-electron delocalization. Their reactivity can be predicted by structural patterns of substitution, conformation and configuration, making them versatile synthetic building blocks. In this review, a variety of methods for the synthesis of enaminones is described. The methods were divided into condensation of amines to beta-dicarbonyl compounds, addition of amines to a,b-unsaturated carbonyl compounds, condensation between carbonyl compounds and N-unsaturated functions and other methods, covering the period from 1993 to 2001.

Sampling in chemical analysis

The uncertainty of any analytical determination depends on analysis and sampling. Uncertainty arising from sampling is usually not controlled and methods for its evaluation are still little known. Pierre Gy’s sampling theory is currently the most complete theory about samplingwhich also takes the design of the sampling equipment into account. Guides dealing with the practical issues of sampling also exist, published by international organizations such as EURACHEM, IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry) and ISO (International Organization for Standardization). In this work Gy’s sampling theory was applied to several cases, including the analysis of chromite concentration estimated on SEM (Scanning Electron Microscope) images and estimation of the total uncertainty of a drug dissolution procedure. The results clearly show that Gy’s sampling theory can be utilized in both of the above-mentioned cases and that the uncertainties achieved are reliable. Variographic experiments introduced in Gy’s sampling theory are beneficially applied in analyzing the uncertainty of auto-correlated data sets such as industrial process data and environmental discharges. The periodic behaviour of these kinds of processes can be observed by variographic analysis as well as with fast Fourier transformation and auto-correlation functions. With variographic analysis, the uncertainties are estimated as a function of the sampling interval. This is advantageous when environmental data or process data are analyzed as it can be easily estimated how the sampling interval is affecting the overall uncertainty. If the sampling frequency is too high, unnecessary resources will be used. On the other hand, if a frequency is too low, the uncertainty of the determination may be unacceptably high. Variographic methods can also be utilized to estimate the uncertainty of spectral data produced by modern instruments. Since spectral data are multivariate, methods such as Principal Component Analysis (PCA) are needed when the data are analyzed. Optimization of a sampling plan increases the reliability of the analytical process which might at the end have beneficial effects on the economics of chemical analysis,

Compostos orgânicos voláteis na defesa induzida das plantas contra insetos herbívoros

The identification and manipulation of chemical compounds involved in vital activities of arthropods have the potential for developing less aggressive pest control strategies. Herbivory induces the emission of volatile organic compounds involved in the recruitment of natural enemies, plant-plant interactions and repellency of other herbivores. In this report, we review the main chemical groups of volatile organic compounds and their ecological functions, provide an overview of the signal transduction pathways activated upon herbivory, and review the current state of knowledge for practical applications in pest management. We conclude by proposing perspectives for future research.

Kustannukset ja kannattavuus RFID- ja toiminnanohjausjärjestelmien integrointiprojektissa

Maailmantalouden jyrkkä lasku vuonna 2008 ajoi yritykset säästökuurille. Säästöjä pyritään saamaan esimerkiksi automatisoimalla toimintoja. Yksi tapa luoda kustannussäästöjä on käyttää RFIDteknologiaa varastoinnin toimien tehostukseen. Tämän tutkimuksen pääasiallisena tavoitteena on ollut rakentaa yksinkertainen laskentamalli RFID- ja toiminnanohjausjärjestelmien integrointiprojektin kustannusten ja kannattavuuden laskemiseen. Toisena tavoitteena on ollut selvittää, mitkä tekijät vaikuttavat investoinnin kannattavuuteen. Tutkimus rajattiin tarkastelemaan varaston saapuvan tavaran vastaanoton prosessia ja sen toimintojen automatisointia RFID-järjestelmän avulla. Laskentamalli muodostuu kolmesta osasta: investoinnin kokonaiskustannusten arvioinnista, investoinnista saatavien kustannussäästöjen arvioinnista ja kannattavuuslaskelmista. Investointien kokonaiskustannusten arviointia varten rakennettiin luettelo yleisimmistä kustannuslajeista. Investoinnista saatavien kustannussäästöjen arviointi tehtiin analysoimalla nykyprosesseja ja etsimällä niistä toimintoja, jotka tehostuvat RFID-järjestelmän avulla. Varsinaisina kannattavuuslaskentamenetelminä käytettiin investoinnin takaisinmaksuajan menetelmää sekä pääoman tuottoasteen menetelmää. Tutkimuksen tuloksena todettiin rakennetun laskentamallin soveltuvan hyvin investoinnin kustannusten ja kannattavuuden arviointiin. Samalla havaittiin yrityksen toimialan, saapuvien lähetysten määrän ja lähetysten rivimäärän vaikuttavan merkittävästi RFID- jatoiminnanohjausjärjestelmän integrointiprojektin kannattavuuteen.

The role of selection in functional explanations

In this essay I will argue that natural selection is more important to functional explanations than what has been thought in some of the literature in philosophy of biology. I start by giving a brief overview of the two paradigms cases of functional explanations: etiological functions and causal-role functions. i then consider one particular attempt to conciliate both perspectives given by David Buller (1998). Buller's trial to conciliate both etiological functions and causal-role functions results in what he calls a weak etiological theory. I argue that Buller has not succeeded in his construal of the weak etiological theory: he underestimates the role that selective processes have in functional explanations and so his theory may not be classified as an etiologial theory. As an alternative, I consider the account of etiological functions given by Ruth Millikan (1984) and I argue that Millikan's theory is more comprehensive to assess contentious case in biology like exaptations. Finally, I conclude by analyzing where the adoption of Millikan's theory leave us. I argue, contrary to Millikan and others, that once we assume the importance of natural selection in functional explanations, there is no strong reason to resist a linguistic reform of the word function and hence that the attempts to conciliate both etiological functions and causal-role functions are misplaced.