Accelerated digestion for high-throughput proteomics analysis of whole bacterial proteomes.

In bottom-up proteomics, rapid and efficient protein digestion is crucial for data reliability. However, sample preparation remains one of the rate-limiting steps in proteomics workflows. In this study, we compared the conventional trypsin digestion procedure with two accelerated digestion protocols based on shorter reaction times and microwave-assisted digestion for the preparation of membrane-enriched protein fractions of the human pathogenic bacterium Staphylococcus aureus. Produced peptides were analyzed by Shotgun IPG-IEF, a methodology relying on separation of peptides by IPG-IEF before the conventional LC-MS/MS steps of shotgun proteomics. Data obtained on two LC-MS/MS platforms showed that accelerated digestion protocols, especially the one relying on microwave irradiation, enhanced the cleavage specificity of trypsin and thus improved the digestion efficiency especially for hydrophobic and membrane proteins. The combination of high-throughput proteomics with accelerated and efficient sample preparation should enhance the practicability of proteomics by reducing the time from sample collection to obtaining the results.

Initial results on in vivo human coronary MR angiography at 7 T.

Seven tesla (T) MR imaging is potentially promising for the morphologic evaluation of coronary arteries because of the increased signal-to-noise ratio compared to lower field strengths, in turn allowing improved spatial resolution, improved temporal resolution, or reduced scanning times. However, there are a large number of technical challenges, including the commercial 7 T systems not being equipped with homogeneous body radiofrequency coils, conservative specific absorption rate constraints, and magnified sample-induced amplitude of radiofrequency field inhomogeneity. In the present study, an initial attempt was made to address these challenges and to implement coronary MR angiography at 7 T. A single-element radiofrequency transmit and receive coil was designed and a 7 T specific imaging protocol was implemented, including significant changes in scout scanning, contrast generation, and navigator geometry compared to current protocols at 3 T. With this methodology, the first human coronary MR images were successfully obtained at 7 T, with both qualitative and quantitative findings being presented.

Pientalon asiakaskeskeisenLVI-teknisen laatusuunnittelujärjestelmän kehittäminen

Tämä opinnäytetyö on tehty SkinnAir Oy:lle, ja se käsittelee pientalojen LVI-teknistä suunnittelua pienen suunnitteluyrityksen näkökulmasta. Nykyinen kiivas rakentamistyyli, kasvaneet asumisviihtyvyydenvaatimukset, asennusammattilaisten puute sekä jatkuvasti kohoavat vaatimukset rakennusten energiatehokkuuden parantamiseksi vaativat yhä parempia ja laadukkaampia suunnitelmia pientalojen LVI-teknisten ratkaisujen toteuttamiseksi. Suunnittelusta saatavan heikon tuottavuuden johdosta monet suunnittelutoimistot eivät ole kiinnostuneita pientalojen LVI-suunnittelusta. Tässä työssä pyritään etsimään niitä menetelmiä, joilla erityisesti pieni suunnitteluyritys kykenee parantamaankannattavuuttaan ja nostamaan palvelun laatua kyseisellä suunnittelun osa-alueella. Työ on toteutettu perehtymällä yksityiskohtaisesti suunnitteluprosessin eri vaiheisiin sekä analysoimalla näistä vaiheista saadut tulokset Työssä tunnistetaan erilaiset asiakastyypit sekä heidän tarpeensa. Asiakastarpeiden perusteellasaadaan määritettyä oikeat lähtötiedot kohteen LVI-suunnittelua varten. Työn keskeinen osa on suunnitteluprosessin etenemisen sekä suunnittelutyöhön kuuluvien tehtävien tarkastelu. Tämän tarkastelun avulla pyritään löytämään keinot, joillakyetään tehostamaan suunnitteluprosessin eri vaiheisiin liittyviä toimintoja, parantamaan palvelun laatua sekä lisäksi minimoimaan suunnitteluprosessin aikaisia kustannuksia yrityksen kannattavuuden parantamiseksi. LVI-suunnittelutyön eteneminen painottuu asiakas- ja lähtötietojen keräämiseen sekä eri välivaiheiden hyväksyttämiseen tilaajalla. Suunnittelutyöhön vaikuttavat tekijät saadaan selville jatkuvassa, ennalta hyvin aikataulutetussa asiakaskontaktissa. Asiakkaan huomioiminen suunnitteluprosessin eri vaiheissa parantaa kokonaisvaltaista asiakaspalvelua. Näin asiakkaan saama vastine rahoilleen kasvaa. Suunnittelijan kannalta turhat muutostyöt vähenevät, koska asiakas on selvillä suunnittelutyön etenemisestä. Johtopäätöksenä voidaan todeta, että hyvän suunnitteluprosessin edellytyksenä on yksityiskohtaisten lähdetietojen käyttö. Työn tuloksena ilmeni, että valmiiden, ennalta hyvin laadittujen lomakkeiden käyttäminen parantaa selkeästi suunnittelutyön tehokkuutta. Lopputuloksena syntyi jatkokehittelyä vaativa lomakepohja asiakastarpeisiin perustuvalle lähtötietolomakkeelle. Lisäksi yrityksen käyttöön on tarkoitus laatia tarvittavat tietokannat sekä valmiit asennuspiirrokset. Lopullinen tavoite on rakentaa tässä työssä kuvatuista menetelmistä kattava tietotekninen järjestelmä parantamaan sekä yrityksen kannattavuutta että suunnittelutyön laatua. Lisäksi voidaan todeta, että rakennettava järjestelmä mahdollistaa myös vaativan suunnittelutyön tuotteistamisen.

Allianssit metsä- ja ICT -sektoreilla vuosina 1990-2005 - globaalin kehityksen analyysi

Pro gradu -tutkielman tavoitteena on tarkastella metsä- ja ICT-sektorin allianssien kehitystä vuosina 1990-2005. Lisäksi tarkoituksena on tutkia, voidaanko osoittaa yhteys allianssien ja yrityksen taloudellisen menestymisen välillä. Yhteyden testaamissa käytetään lineaarista regressiota. Aineisto perustuu SDC Platinum -tietokannasta haettuihin allianssitietoihin sekä Thomson One Banker -tietokannan tilinpäätöstietoihin, jotka koskevat 70 liikevaihdoltaan maailman suurinta metsäyritystä ja 43 liikevaihdoltaanmaailman suurinta ICT-yritystä. Hypoteesit vahvistuivat osittain. Toimialan kehitysvaihetta ja alliansseja koskevat hypoteesit vahvistuivat kahta lukuun ottamatta, eli toimialan luonne ja kehitysvaihe vaikuttavat allianssimääriin ja -laatuun. Allianssien ja taloudellisen menestymisen yhteyttä koskevat hypoteesit vahvistuivat osittain. Testauksessa löydettiin positiivinen, tilastollisesti merkitsevä yhteys allianssien ja liikevaihdon välillä sekä sijoitetunpääoman tuoton väliltä. Allianssien yhteismäärä vaikutti positiivisesti liikevaihdon kasvuprosenttiin ICT- ja yhdistelmäaineistossa. Uusien allianssien osuus vaikutti positiivisesti vain sijoitetun pääoman tuottoon. Strategisten allianssien osalta saatiin vain ristiriitaisia tuloksia. Metsäaineistossa ne vaikuttivat negatiivisesti liikevaihdon kasvuun, mutta yhdistelmäaineistossa löydettiin positiivinen yhteys. Liiketuottoprosentin ja allianssien välillä ei voitu osoittaa lainkaan yhteyttä.

The Effect of Family Ownership on Firm Performance: Empirical Evidence from Norway

Tutkimuksen tavoitteena on selvittää, onko perheomistajuus, eli yksityisomistus, kannattavampi omistusmuoto kuin institutionaalinen omistajuus ja, onko yrityksen iällä ja koolla vaikutusta perheyritysten menestymiseen. Aikaisempaan tutkimustietoon tukeutuen, tutkimuksen aluksi käydään myös läpi perheomistajuuteen yleisesti liitettyjä ominaispiirteitä sekä perheyritysten menestymistä verrattuna ei-perheyrityksiin. Empiirinen analyysi perheomistajuuden vaikutuksista yrityksen kannattavuuteen sekä yrityksen iän ja koon vaikutuksista perheyritysten menestymiseen toteutetaan kahden otoksen avulla, jotka koostuvat listaamattomista norjalaisista pienistä ja keskisuurista yrityksistä (pk-yrityksistä). Näin ollen satunnaisotos ja päätoimialaotos, johon listaamattomat pk-yritykset on valittu satunnaisesti Norjan tärkeimmiltä toimialoilta, analysoidaan erikseen. Analyysi toteutetaan käyttäen lineaarista regressioanalyysia. Vaikka satunnaisotoksen perusteella perheyritykset eivät näytä olevan ei-perheyrityksiä kannattavampia, päätoimialaotos osoittaa, että listaamattomissa pk-yrityksissä perhe- eli yksityisomistajuus on merkittävästi institutionaalista omistajuutta kannattavampi omistusmuoto. Eritoten nuoret ja pienet yritykset vastaavat perheyritysten paremmasta kannattavuudesta.

Ammattipienkoneiden jakelumallit Suomessa Case.Oy Husqvarna Ab

Tutkimuksen tavoitteena on selvittää ammattipienkoneiden asiakkaiden näkökulmasta taustatekijöitä ammattipienkoneiden jakelumallin perustaksi. Samalla tutkitaan jakelukanavia ja hankintaan liittyviä asiakastyytyväisyystekijöitä sekä jälkimarkkinoinnin merkitystä. Tutkimuksen empiirisessä osassa selvitetään ammattipienkoneiden käyttö, käytetyt merkit ja hankintapaikat. Lisäksi selvitetään hankintaan ja markkinointiin/jälkimarkkinointiin liittyviä asiakastyytyväisyystekijöitä. Lopuksi tutkitaan ammattipienkoneiden käyttäjien tulevaisuuden arvostuksia koskien hankintapaikkaa, markkinointia ja ostokriteerejä. Tutkimusmenetelmänä käytettiin kvantitatiivista tutkimusotetta. Tutkimus suoritettiin joulukuussa 2006 postikyselynä. Perusjoukkona olivat Suomen ammattipienkonekäyttäjät, jotka koostuivat kaupunkien ja kuntien palveluksessa olevista, kiinteistönhuoltoyhtiöiden palveluksessa olevista ja alan yksityisyrittäjistä. Otos oli systemaattinen eli tasaväliotanta. Perusjoukko oli 1650 ihmistä ja otos 465 ihmistä. Vastausprosentiksi tuli 27,1 %. Tutkimuksen tulokseksi saatiin, että ammattipienkoneasiakkaat hankkivat jo tänä päivänä ja haluavat hankkia tulevaisuudessakin tuotteet lähinnä erikoispienkoneliikkeistä. Jälleenmyyjän varaosapalvelukyky, ammattitaito ja palveluhalukkuus sekä liikkeen yhteydessä oleva huolto ovat tärkeimpiä asiakastyytyväisyyteen johtavia tekijöitä. Johtopäätöksenä tästä voidaan todeta, että ammattipienkonemaahantuojien kannattaa tulevaisuudessakin panostaa erikoisliikkeisiin tuotteiden jakelussa. Markkinoinnissa kannattaa mainonnan sijasta kouluttaa ja opastaa jälleenmyyjää, koska hän on tärkein tiedon hankinnan lähde tulevaisuudessa ammattipienkoneasiakkaille.  

Evolution based on domain combinations: the case of glutaredoxins

Background: Protein domains represent the basic units in the evolution of proteins. Domain duplication and shuffling by recombination and fusion, followed by divergence are the most common mechanisms in this process. Such domain fusion and recombination events are predicted to occur only once for a given multidomain architecture. However, other scenarios may be relevant in the evolution of specific proteins, such as convergent evolution of multidomain architectures. With this in mind, we study glutaredoxin (GRX) domains, because these domains of approximately one hundred amino acids are widespread in archaea, bacteria and eukaryotes and participate in fusion proteins. GRXs are responsible for the reduction of protein disulfides or glutathione-protein mixed disulfides and are involved in cellular redox regulation, although their specific roles and targets are often unclear. Results: In this work we analyze the distribution and evolution of GRX proteins in archaea,bacteria and eukaryotes. We study over one thousand GRX proteins, each containing at least one GRX domain, from hundreds of different organisms and trace the origin and evolution of the GRX domain within the tree of life. Conclusion: Our results suggest that single domain GRX proteins of the CGFS and CPYC classes have, each, evolved through duplication and divergence from one initial gene that was present in the last common ancestor of all organisms. Remarkably, we identify a case of convergent evolution in domain architecture that involves the GRX domain. Two independent recombination events of a TRX domain to a GRX domain are likely to have occurred, which is an exception to the dominant mechanism of domain architecture evolution.

Generating highly balanced sudoku problems as hard problems

Sudoku problems are some of the most known and enjoyed pastimes, with a never diminishing popularity, but, for the last few years those problems have gone from an entertainment to an interesting research area, a twofold interesting area, in fact. On the one side Sudoku problems, being a variant of Gerechte Designs and Latin Squares, are being actively used for experimental design, as in [8, 44, 39, 9]. On the other hand, Sudoku problems, as simple as they seem, are really hard structured combinatorial search problems, and thanks to their characteristics and behavior, they can be used as benchmark problems for refining and testing solving algorithms and approaches. Also, thanks to their high inner structure, their study can contribute more than studies of random problems to our goal of solving real-world problems and applications and understanding problem characteristics that make them hard to solve. In this work we use two techniques for solving and modeling Sudoku problems, namely, Constraint Satisfaction Problem (CSP) and Satisfiability Problem (SAT) approaches. To this effect we define the Generalized Sudoku Problem (GSP), where regions can be of rectangular shape, problems can be of any order, and solution existence is not guaranteed. With respect to the worst-case complexity, we prove that GSP with block regions of m rows and n columns with m = n is NP-complete. For studying the empirical hardness of GSP, we define a series of instance generators, that differ in the balancing level they guarantee between the constraints of the problem, by finely controlling how the holes are distributed in the cells of the GSP. Experimentally, we show that the more balanced are the constraints, the higher the complexity of solving the GSP instances, and that GSP is harder than the Quasigroup Completion Problem (QCP), a problem generalized by GSP. Finally, we provide a study of the correlation between backbone variables – variables with the same value in all the solutions of an instance– and hardness of GSP.

Hakevirrasta otettavan näytteen luotettavuus ja näytteenottimen kehittäminen

Työn tavoitteena oli saada tietoa yleisesti partikkelivirtauksessa tapahtuvasta näytteenotosta ja näytteenottomenetelmistä. Työssä tutkittiin UPM-Kymmenen Kaukaan tehtaan nykyisen ostohakkeen automaattisen näytteenottimen toimintaa sekä sen ottamien näytteiden luotettavuutta kokeellisesti ja tilastollisesti. Lopuksi tutkimuksessa ideoitiin uusi näytteenottimen konstruktio. Uuden konstruktion suunnittelun lähtökohtana oli, että näytteenottimen konstruktiolla tulisi voida ottaa toistuvasti ja turvallisesti luotettavia hakenäytteitä aiheuttamatta muulle vastaanottoaseman toiminnalle häiriöitä Tutkimusta varten tehtiin eri haketoimittajien kanssa koenäytteenottoja. Hakenäytteet otettiin kolmessa eri haketoimituksen vaiheessa niiden keskinäistä vertailua varten. Hakenäytteistä määritettiin kuiva-ainepitoisuus ja laatuanalyysin tekoa varten palakokojakauma koeseulonnoilla. Palakokojakauma-analyysistä saatuja jakaumapainoprosenttiosuuksien ja niistä laskettujen laatuarvojen pohjalta tutkittiin automaattisen näytteenottimen ottaman näytteen luotettavuutta ja näytteenottimen toimintaa. Konstruointityössä noudatettiin pääpiirteittäin ohjeistoa VDI 2221. Uuden näytteenottimen suunnittelutyön tavoitteet määriteltiin tutkimuksessa tehtyjen päätelmien ja kokeiden pohjalta. Uudelle näytteenottimen konstruktiolle etsittiin toteutuskelpoisia ratkaisuja jo olemassa olevista laitteistoista ja uusista ideoista. Uudet konstruktiovaihtoehdot suunniteltiin noudattamaan näytteenottoteoriaa ja sijoituspaikan asettamia vaatimuksia.

Influence of Gilbert's syndrome on the formation of ethyl glucuronide.

A drinking experiment with participants suffering from Gilbert's syndrome was performed to study the possible influence of this glucuronidation disorder on the formation of ethyl glucuronide (EtG). Gilbert's syndrome is a rather common and, in most cases, asymptomatic congenital metabolic aberration with a prevalence of about 5 %. It is characterized by a reduction of the enzyme activity of the uridine diphosphate glucuronosyltransferase (UGT) isoform 1A1 up to 80 %. One of the glucuronidation products is EtG, which is formed in the organism following exposure to ethanol. EtG is used as a short-term marker for ethyl alcohol consumption to prove abstinence in various settings. After 2 days of abstinence from ethanol and giving a void urine sample, 30 study participants drank 0.1 L of sparkling wine (9 g ethanol). 3, 6, 12, and 24 h after drinking, urine samples were collected. 3 hours after drinking, an additional blood sample was taken, in which liver enzyme activities, ethanol, hematological parameters, and bilirubin were measured. EtG and ethyl sulfate (EtS), another short-term marker of ethanol consumption, were determined in the urine samples using liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS); creatinine was measured photometrically. In all participants, EtG and EtS were detected in concentrations showing a wide range (EtG: 3 h sample 0.5-18.43 mg/L and 6 h sample 0.67-13.8 mg/L; EtS: 3 h sample 0.87-6.87 mg/L and 6 h sample 0.29-4.48 mg/L). No evidence of impaired EtG formation was found. Thus, EtG seems to be a suitable marker for ethanol consumption even in individuals with Gilbert's syndrome.

COMPARISON OF RNA EXTRACTION METHODS FOR Passiflora edulis SIMS LEAVES

ABSTRACT Functional genomic analyses require intact RNA; however, Passiflora edulis leaves are rich in secondary metabolites that interfere with RNA extraction primarily by promoting oxidative processes and by precipitating with nucleic acids. This study aimed to analyse three RNA extraction methods, Concert™ Plant RNA Reagent (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA), TRIzol® Reagent (Invitrogen) and TRIzol® Reagent (Invitrogen)/ice -commercial products specifically designed to extract RNA, and to determine which method is the most effective for extracting RNA from the leaves of passion fruit plants. In contrast to the RNA extracted using the other 2 methods, the RNA extracted using TRIzol® Reagent (Invitrogen) did not have acceptable A260/A280 and A260/A230 ratios and did not have ideal concentrations. Agarose gel electrophoresis showed a strong DNA band for all of the Concert™ method extractions but not for the TRIzol® and TRIzol®/ice methods. The TRIzol® method resulted in smears during electrophoresis. Due to its low levels of DNA contamination, ideal A260/A280 and A260/A230 ratios and superior sample integrity, RNA from the TRIzol®/ice method was used for reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR), and the resulting amplicons were highly similar. We conclude that TRIzol®/ice is the preferred method for RNA extraction for P. edulis leaves.

A new formula for calculating standard liver volume for living donor liver transplantation without using body weight.

BACKGROUND & AIMS: The standard liver volume (SLV) is widely used in liver surgery, especially for living donor liver transplantation (LDLT). All the reported formulas for SLV use body surface area or body weight, which can be influenced strongly by the general condition of the patient. METHODS: We analyzed the liver volumes of 180 Japanese donor candidates and 160 Swiss patients with normal livers to develop a new formula. The dataset was randomly divided into two subsets, the test and validation sample, stratified by race. The new formula was validated using 50 LDLT recipients. RESULTS: Without using body weight-related variables, age, thoracic width measured using computed tomography, and race independently predicted the total liver volume (TLV). A new formula: 203.3-(3.61×age)+(58.7×thoracic width)-(463.7×race [1=Asian, 0=Caucasian]), most accurately predicted the TLV in the validation dataset as compared with any other formulas. The graft volume for LDLT was correlated with the postoperative prothrombin time, and the graft volume/SLV ratio calculated using the new formula was significantly better correlated with the postoperative prothrombin time than the graft volume/SLV ratio calculated using the other formulas or the graft volume/body weight ratio. CONCLUSIONS: The new formula derived using the age, thoracic width and race predicted both the TLV in the healthy patient group and the SLV in LDLT recipients more accurately than any other previously reported formulas.

Suorituskyvyn kehittäminen ja niiden menetelmät suomalaisessa teollisuudessa

Viimeisien vuosikymmenien aikana teknologinen kehitys on muuttanut yritysten toimintaympäristöä suuresti. Yritysten käyttöön on tullut lukuisia teorioita ja menetelmiä, joilla yrityksen suorituskykyä voidaan mitata, kehittää ja vertailla. Näin myös erilaisten johtamisen menetelmien ja käytäntöjen rooli on korostunut yritysten johtamisjärjestelmissä. Myös yritysten suorituskykyä on tutkittu monella eri tavoin viimeisien vuosien aikana. Näiden tutkimusten tavoitteena on ollut löytää vertailtavuutta globaalien toimijoiden välillä. Tämä tutkimus lähestyy suorituskykyä aivan uudenlaisesta näkökulmasta ja tarkastelee tuloksia vertailuoppimisen, osaamisen ja tiedon johtamisen näkökulmasta. Oleellista on ollut luoda uusi näkökulma aikaisempiin tutkimuksiin, jotka ovat keskittyneet vertailemaan yrityksien operatiivista ja liiketoiminnan suorituskykyä sekä sitä, kuinka hyvin ne ovat pystyneet hyödyntämään parhaita käytäntöjä toiminnassaan. Tutkimuksen teoreettisen tarkastelun tavoite on selkeyttää koko strategisen johtamisen mallia. Tutkimus lähti liikkeelle analysoimalla aikaisemmista yritysten suorituskykyyn tehtyjä tutkimuksia. Tästä tehtiin havainto, että osaamisen johtamista ja kehittämistä on tutkittu varsin vähän yritysten suorituskyvyn kehittymiseen liittyen. Luotiin teoreettinen viitekehys, joka avulla henkilöstön osaaminen liitettiin osaksi strategian toteutumisen prosessia. Tämän tutkimuksen tulokset ja johtopäätökset perustuvat vuosina 1993 ja 2003 Made in Finland tutkimuksessa kerättyyn yritysten suorituskykyä tarkastelevaan aineistoon. Se perustuu 23 yrityksen haastatteluihin. Aineistosta valittiin kaikki ne tulokset, joilla katsottiin olevan merkitystä osaamisen johtamisen ja kehittämisen kannalta. Tutkittujen yritysten suorituskyvyssä oli kymmenen vuoden seurantajakson aikana tapahtunut selvää kehittymistä. Työn joustavuus ja työntekijöiden sitoutuminen on lisääntynyt ja vertailuoppimista on hyödynnetty. Tuotannon prosesseja on kehitetty ja näin uusien tuotteiden markkinoille tuloaikaa on saatu nopeutetuksi. Merkillepantavaa on, että satsaukset koulutukseen eivät ole lisääntyneet vaan osissa tutkituissa yrityksissä satsaukset ovat jopa vähentyneet. Tulokset tavoitteisiin nähden ovat hyvin ristiriitaisia. Toiminnan tehostumista odotetaan kaikilla osa-alueilla. Kuitenkin osaamiseen ei olla valmiita satsaamaan, eikä yritysten johdossa nähdä osaamisen kehittämistä tärkeänä tavoitteiden saavuttamiseksi. Suurimpana esteenä tavoitteen saavuttamiseksi yritysten johto näkee pätevän henkilökunnan saatavuuden. Vaikka moni yrityksistä käyttää tasapainotettua mittaristoa strategisen johtamisen työkaluna, ei sen kaikkia osa-alueita ja niiden tasapainon merkitystä ole selvästi ymmärretty.

MYC-IG rearrangements are negative predictors of survival in DLBCL patients treated with immunochemotherapy: a GELA/LYSA study.

Diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) with MYC rearrangement (MYC-R) carries an unfavorable outcome. We explored the prognostic value of the MYC translocation partner gene in a series of MYC-R de novo DLBCL patients enrolled in first-line prospective clinical trials (Groupe d'Etudes des Lymphomes de l'Adulte/Lymphoma Study Association) and treated with rituximab-anthracycline-based chemotherapy. A total of 774 DLBCL cases characterized for cell of origin by the Hans classifier were analyzed using fluorescence in situ hybridization with BCL2, BCL6, MYC, immunoglobulin (IG)K, and IGL break-apart and IGH/MYC, IGK/MYC, and IGL/MYC fusion probes. MYC-R was observed in 51/574 (8.9%) evaluable DLBCL cases. MYC-R cases were predominantly of the germinal center B-cell-like subtype 37/51 (74%) with no distinctive morphologic and phenotypic features. Nineteen cases were MYC single-hit and 32 cases were MYC double-hit (MYC plus BCL2 and/or BCL6) DLBCL. MYC translocation partner was an IG gene in 24 cases (MYC-IG) and a non-IG gene (MYC-non-IG) in 26 of 50 evaluable cases. Noteworthy, MYC-IG patients had shorter overall survival (OS) (P = .0002) compared with MYC-negative patients, whereas no survival difference was observed between MYC-non-IG and MYC-negative patients. In multivariate analyses, MYC-IG predicted poor progression-free survival (P = .0051) and OS (P = .0006) independently from the International Prognostic Index and the Hans classifier. In conclusion, we show in this prospective randomized trial that the adverse prognostic impact of MYC-R is correlated to the MYC-IG translocation partner gene in DLBCL patients treated with immunochemotherapy. These results may have an important impact on the clinical management of DLBCL patients with MYC-R who should be routinely characterized according to MYC partner gene. These trials are individually registered at www.clinicaltrials.gov as #NCT00144807, #NCT01087424, #NCT00169143, #NCT00144755, #NCT00140660, #NCT00140595, and #NCT00135499.

Microscopy of Fission Yeast Sexual Lifecycle.

The fission yeast Schizosaccharomyces pombe has been an invaluable model system in studying the regulation of the mitotic cell cycle progression, the mechanics of cell division and cell polarity. Furthermore, classical experiments on its sexual reproduction have yielded results pivotal to current understanding of DNA recombination and meiosis. More recent analysis of fission yeast mating has raised interesting questions on extrinsic stimuli response mechanisms, polarized cell growth and cell-cell fusion. To study these topics in detail we have developed a simple protocol for microscopy of the entire sexual lifecycle. The method described here is easily adjusted to study specific mating stages. Briefly, after being grown to exponential phase in a nitrogen-rich medium, cell cultures are shifted to a nitrogen-deprived medium for periods of time suited to the stage of the sexual lifecycle that will be explored. Cells are then mounted on custom, easily built agarose pad chambers for imaging. This approach allows cells to be monitored from the onset of mating to the final formation of spores.