Constraint-based modeling of minimum set covering: application to species differentation

Work presented in the context of the European Master in Computational Logics, as partial requisit for the graduation as Master in Computational Logics

Database repairs with answer set programming

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock

RESUMO:Os microrganismos reagem à súbita descida de temperatura através de uma resposta adaptativa específica que assegura a sua sobrevivência em condições desfavoráveis. Esta adaptação inclui alterações na composição da membrana, na maquinaria de tradução e transcrição. A resposta ao choque térmico pelo frio induz uma repressão da transcrição. No entanto, a descida de temperatura induz a produção de um grupo de proteínas específicas que ajudam a ajustar/re-ajustar o metabolismo celular às novas condições ambientais. Em E. coli o processo de adaptação demora apenas quatro horas, no qual um grupo de proteínas específicas são induzidas. Depois desde período recomeça lentamente a produção de proteínas.A ribonuclease R, uma das proteínas induzidas durante o choque térmico pelo frio, é uma das principais ribonucleases em E. coli envolvidas na degradação do RNA. É uma exoribonuclease que degrada RNA de cadeia dupla, possui funções importantes na maturação e “turnover” do RNA, libertação de ribossomas e controlo de qualidade de proteínas e RNAs. O nível celular desta enzima aumenta até dez vezes após exposição ao frio e estabiliza em células na fase estacionária. A capacidade de degradar RNA de dupla cadeia é importante a baixas temperaturas quando as estruturas de RNA estão mais estáveis. No entanto, este mecanismo é desconhecido. Embora a resposta específica ao “cold shock” tenha sido descoberta há mais de duas décadas e o número de proteínas envolvidas sugerirem que esta adaptação é rápida e simples, continuamos longe de compreender este processo. No nosso trabalho pretendemos descobrir proteínas que interactuem com a RNase R em condições ambientais diferentes através do método “TAP-tag” e espectrometria de massa. A informação obtida pode ser utilizada para deduzir algumas das novas funções da RNase R durante a adaptação bacteriana ao frio e durante a fase estacionária. Mais importante ainda, RNase R poderá ser recrutada para um complexo de proteínas de elevado peso molecular durante o “cold-shock”.------------ABSTRACT:Microorganisms react to the rapid temperature downshift with a specific adaptative response that ensures their survival in unfavorable conditions. Adaptation includes changes in membrane composition, in translation and transcription machinery. Cold shock response leads to overall repression of translation. However, temperature downshift induces production of a set of specific proteins that help to tune cell metabolism and readjust it to the new environmental conditions. For Escherichia coli the adaptation process takes only about four hours with a relatively small set of specifically induced proteins involved. After this time, protein production resumes, although at a slower rate. One of the cold inducible proteins is RNase R, one of the main E. coli ribonucleases involved in RNA degradation. RNase R is an exoribonuclease that digest double stranded RNA, serves important functions in RNA maturation and turnover, release of stalled ribosomes by trans-translation, and RNA and protein quality control. The level of this enzyme increases about ten-fold after cold induction, and it is also stabilised in cells growing in stationary phase. The RNase R ability to digest structured RNA is important at low temperatures where RNA structures are stabilized but the exact role of this mechanism remains unclear. Although specific bacterial cold shock response was discovered over two decades ago and the number of proteins involved suggests that this adaptation is fast and simple, we are still far from understanding this process. In our work we aimed to discover the proteins interacting with RNase R in different environmental conditions using TAP tag method and mass spectrometry analysis. The information obtained can be used to deduce some of the new functions of RNase R during adaptation of bacteria to cold and in stationary growth phase. Most importantly RNase R can be recruited into a high molecular mass complex of protein in cold shock.

Disposable immunosensor using a simple method for oriented antibody immobilization for label-free real-time detection of an oxidative stress biomarker implicated in cancer diseases

This work proposes a novel approach for a suitable orientation of antibodies (Ab) on an immunosensing platform, applied here to the determination of 8-hydroxy-2′-deoxyguanosine (8OHdG), a biomarker of oxidative stress that has been associated to chronic diseases, such as cancer. The anti-8OHdG was bound to an amine modified gold support through its Fc region after activation of its carboxylic functions. Non-oriented approaches of Ab binding to the platform were tested in parallel, in order to show that the presented methodology favored Ab/Ag affinity and immunodetection of the antigen. The immunosensor design was evaluated by quartz-crystal microbalance with dissipation, atomic force microscopy, electrochemical impedance spectroscopy (EIS) and square-wave voltammetry. EIS was also a suitable technique to follow the analytical behavior of the device against 8OHdG. The affinity binding between 8OHdG and the antibody immobilized in the gold modified platform increased the charge transfer resistance across the electrochemical set-up. The observed behavior was linear from 0.02 to 7.0 ng/mL of 8OHdG concentrations. The interference from glucose, urea and creatinine was found negligible. An attempt of application to synthetic samples was also successfully conducted. Overall, the presented approach enabled the production of suitably oriented Abs over a gold platform by means of a much simpler process than other oriented-Ab binding approaches described in the literature, as far as we know, and was successful in terms of analytical features and sample application.

Fractional order describing functions

This paper addresses limit cycles and signal propagation in dynamical systems with backlash. The study follows the describing function (DF) method for approximate analysis of nonlinearities and generalizes it in the perspective of the fractional calculus. The concept of fractional order describing function (FDF) is illustrated and the results for several numerical experiments are analysed. FDF leads to a novel viewpoint for limit cycle signal propagation as time-space waves within system structure.

Effects of dual-task training on balance and executive functions in Parkinson's disease: A pilot study

The aim of this study was to analyze the efficacy of cognitive-motor dual-task training compared with single-task training on balance and executive functions in individuals with Parkinson's disease. Fifteen subjects, aged between 39 and 75 years old, were randomly assigned to the dual-task training group (n = 8) and single-task training group (n = 7). The training was run twice a week for 6 weeks. The single-task group received balance training and the dual-task group performed cognitive tasks simultaneously with the balance training. There were no significant differences between the two groups at baseline. After the intervention, the results for mediolateral sway with eyes closed were significantly better for the dual-task group and anteroposterior sway with eyes closed was significantly better for the single-task group. The results suggest superior outcomes for the dual-task training compared to the single-task training for static postural control, except in anteroposterior sway with eyes closed.

Effects of Exercise on Physical and Mental Health, and Cognitive and Brain Functions in Schizophrenia: Clinical and Experimental Evidence

Exercise promotes several health benefits, such as cardiovascular, musculoskeletal and cardiorespiratory improvements. It is believed that the practice of exercise in individuals with psychiatric disorders, e.g. schizophrenia, can cause significant changes. Schizophrenic patients have problematic lifestyle habits compared with general population; this may cause a high mortality rate, mainly caused by cardiovascular and metabolic diseases. Thus, the aim of this study is to investigate changes in physical and mental health, cognitive and brain functioning due to the practice of exercise in patients with schizophrenia. Although still little is known about the benefits of exercise on mental health, cognitive and brain functioning of schizophrenic patients, exercise training has been shown to be a beneficial intervention in the control and reduction of disease severity. Type of training, form of execution, duration and intensity need to be better studied as the effects on physical and mental health, cognition and brain activity depend exclusively of interconnected factors, such as the combination of exercise and medication. However, one should understand that exercise is not only an effective nondrug alternative, but also acts as a supporting linking up interventions to promote improvements in process performance optimization. In general, the positive effects on mental health, cognition and brain activity as a result of an exercise program are quite evident. Few studies have been published correlating effects of exercise in patients with schizophrenia, but there is increasing evidence that positive and negative symptoms can be improved. Therefore, it is important that further studies be undertaken to expand the knowledge of physical exercise on mental health in people with schizophrenia, as well as its dose-response and the most effective type of exercise.

A filter algorithm: comparison with NLP solvers

The purpose of this work is to present an algorithm to solve nonlinear constrained optimization problems, using the filter method with the inexact restoration (IR) approach. In the IR approach two independent phases are performed in each iteration—the feasibility and the optimality phases. The first one directs the iterative process into the feasible region, i.e. finds one point with less constraints violation. The optimality phase starts from this point and its goal is to optimize the objective function into the satisfied constraints space. To evaluate the solution approximations in each iteration a scheme based on the filter method is used in both phases of the algorithm. This method replaces the merit functions that are based on penalty schemes, avoiding the related difficulties such as the penalty parameter estimation and the non-differentiability of some of them. The filter method is implemented in the context of the line search globalization technique. A set of more than two hundred AMPL test problems is solved. The algorithm developed is compared with LOQO and NPSOL software packages.

Crowdsourcing innovation intermediaries functions

Open innovation is a hot topic in innovation management. Its basic premise is open up the innovation process. The innovation process, in general sense, may be seen as the process of designing, developing and commercializing a novel product or service to improve the value added of a company. The development of Web 2.0 tools facilitates this kind of contributions, opening space to the emergence of crowdsourcing innovation initiatives. Crowdsourcing is a form of outsourcing not directed to other companies but to the crowd by means of an open call mostly through an Internet platform. Innovation intermediaries, in general sense, are organizations that work to enable innovation, that just act as brokers or agents between two or more parties. Usually, they are also engaged in other activities like inter-organizational networking and technology development and related activities. A crowdsourcing innovation intermediary is an organization that mediates the communication and relationship between the seekers – companies that aspire to solve some problem or to take advantage of any business opportunity – with a crowd that is prone to give ideas based on their knowledge, experience and wisdom. This paper identifies and analyses the functions to be performed by an intermediary of crowdsourcing innovation through grounded theory analyses from literature. The resulting model is presented and explained. The resulting model summarizes eight main functions that can be performed by a crowdsourcing process, namely, diagnoses, mediation, linking knowledge, community, evaluation, project management, intellectual property governance and marketing and support. These functions are associated with a learning cycle process which covers all the crowdsourcing activities that can be realized by the broker.

A comunicação entre o diretor e os professores no agrupamento X

A comunicação é essencial nas relações interpessoais, quer ao nível das organizações em geral, quer na organização escolar em particular. As funções de administração, como planeamento, organização, liderança e controle, são levadas a cabo com sucesso, dentro de uma organização quando apoiadas num processo de comunicação eficaz. O objectivo deste estudo foi procurar soluções para a ineficácia relativa do processo de comunicação entre o Diretor e os professores no Agrupamento X. Metodologicamente desenvolveu-se um estudo de caso, de natureza qualitativa, onde se recorreu a instrumentos de recolha de dados como entrevistas e ‘focus group’. Desta forma identificou-se e descreveu-se o processo de comunicação adotado no Agrupamento X entre o Diretor e os professores, bem como se recolheram as opiniões dos docentes e do Diretor sobre a comunicação e a gestão da informação no Agrupamento. Este estudo permitiu reconhecer que a fraca internalização de alguns conceitos e mecanismos do processo comunicacional por parte dos atores contribui para ineficácia relativa deste processo. Na criação do plano de ação retomámos e valorizamos a ideia de que um modelo de comunicação assente nas principais funções da comunicação poderá ser a chave para o maior envolvimento dos docentes na consecução dos objetivos do Projeto Educativo do Agrupamento, ou seja, é dada a resposta à pergunta partida deste projeto – como melhorar o processo de comunicação entre o Diretor e os professores no Agrupamento X?

Spectral and homogenization problems

Dissertation for the Degree of Doctor of Philosophy in Mathematics

Definição Preliminar das Afluências Indevidas ao Subsistema de Gaia Litoral

O problema das afluências indevidas exerce um impacto considerável, não apenas sobre os sistemas de drenagem de águas residuais, mas também sobre o meio ambiente e as populações e infraestruturas presentes nas áreas de influência. Trata-se de um problema com consequências de dimensões técnica/estrutural, ambiental, social, económico-financeira e de saúde pública. Assim, a minimização das afluências indevidas deve constituir uma preocupação da gestão dos sistemas, visto que a mesma permite que a capacidade de transporte e tratamento instalada seja utilizada para as funções inicialmente planeadas (drenagem e tratamento das águas residuais domésticas) e inclui os benefícios de diminuir os custos associados, melhorar a eficiência dos serviços prestados e rentabilizar as infraestruturas existentes. Do ponto de vista económico, há a possibilidade de intervenção nos casos em que o custo de transporte e/ou tratamento do caudal associado às afluências indevidas é superior ao custo da sua eliminação. Neste sentido, um dos objetivos a atingir pela entidade gestora deverá ser o da redução gradual de afluências indevidas, numa perspetiva de custo-benefício. Neste contexto, o objetivo do presente trabalho - a definição preliminar das afluências indevidas ao Subsistema de Gaia Litoral (incluindo a estimativa dos custos associados) - assume uma importância elevada no controlo e redução dos caudais em excesso, visto que a mesma é parte integrante do plano de minimização de afluências indevidas. No decorrer do trabalho, foram implementados os métodos mais adequados ao tipo e natureza da informação utilizada, de forma a cumprir os objetivos estabelecidos inicialmente. Os resultados obtidos permitiram formular uma definição das afluências indevidas assente em volumes em excesso e seus custos, parâmetros de avaliação e indicadores de desempenho.

Quadros Elétricos Inteligentes-Smart Panels

Na sociedade atual, a preocupação com o ambiente, por um lado, e com o conforto e a segurança, por outro, faz com que a sustentabilidade energética se assuma como uma forma de intervenção adequada às exigências de qualidade de vida e à eficiência no âmbito da economia. Nesta conformidade, é incontornável a mais-valia do Smart Panel, um quadro elétrico inteligente criado com vista à consecução daqueles desideratos, o que motivou o tema do presente trabalho. Assim, pretende-se demonstrar as potencialidades do Smart Panel, um novo conceito de quadro elétrico que visa a otimização da sua funcionalidade na gestão dinâmica e pragmática das instalações elétricas, nomeadamente no que respeita ao controlo, monitorização e atuação sobre os dispositivos, quer in loco quer, sobretudo, à distância. Para a consecução deste objetivo, concorrem outros que o potenciam, designadamente a compreensão do funcionamento do quadro elétrico (QE) tradicional, a comparação deste com o Smart Panel e a demonstração das vantagens da utilização desta nova tecnologia. A grande finalidade do trabalho desenvolvido é, por um lado, colocar a formação académica ao serviço de um bom desempenho profissional futuro, por outro ir ao encontro da tendência tecnológica inerente às necessidades que o homem, hoje, tem de controlar. Deste modo, num primeiro momento, é feita uma abordagem geral ao quadro eléctrico tradicional a fim de ser compreendido o seu funcionamento, aplicações e potencialidades. Para tanto, a explanação inclui a apresentação de conceitos teóricos subjacentes à conceção, produção e montagem do QE. São explicitados os diversos componentes que o integram e funções que desempenham, bem como as interações que estabelecem entre si e os normativos a que devem obedecer, para conformidade. Houve a preocupação de incluir imagens coadjuvantes das explicações, descrições e procedimentos técnicos. No terceiro capítulo é abordada a tecnologia Smart Panel, introduzindo o conceito e objetivos que lhe subjazem. Explicita-se o modo de funcionamento deste sistema que agrupa proteção, supervisão, controlo, armazenamento e manutenção preventiva, e demonstra-se de que forma a capacidade de leitura de dados, de comunicação e de comando do quadro elétrico à distância se afigura uma revolução tecnológica facilitadora do cumprimento das necessidades de segurança, conforto e economia da vida moderna. Os capítulos quarto, quinto e sexto versam uma componente prática do trabalho. No capítulo quarto é explanado um suporte formativo e posterior demonstração do kit de ensaio, que servirá de apoio à apresentação da tecnologia Smart Panel aos clientes. Além deste suporte de formação, no quinto capítulo é elaborada uma lista de procedimentos de verificação a serem executados aos componentes de comunicação que integram o Smart Panel, para fornecimento ao quadrista. Por fim, no sexto capítulo incluem-se dois casos de estudo: o estudo A centra-se na aplicação da tecnologia Smart Panel ao projeto de um QE tradicional, que implica fazer o levantamento de toda a aparelhagem existente e, de seguida, proceder à transposição para a tecnologia Smart Panel por forma a cumprir os requisitos estabelecidos pelo cliente. O estudo de caso B consiste na elaboração de um projeto de um quadro eléctrico com a tecnologia Smart Panel em função de determinados requisitos e necessidades do cliente, por forma a garantir as funções desejadas.

Spatial point pattern analysis of gorilla nest sites in the Kagwene Sanctuary, Cameroon: Towards understanding the nesting behavior of a critically endangered subspecies

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.