Simulação numérica da interação de ondas com um quebra-mar poroso utilizando o código OpenFoam

O principal objetivo desta dissertação é explorar o potencial do código OpenFoam, no estudo de problemas de engenharia costeira, mais especificamente a interação de ondas com quebra-mares porosos. Neste sentido, inicialmente é realizada a validação do código numérico porousInterFoam, onde é estudada a dependência de malha e de modelos de turbulência. Conclui-se que os resultados numéricos obtidos apresentam uma boa correlação com os experimentais. Em seguida é feita uma comparação com outros códigos numéricos, nomeadamente o porousWaveFoam e o IHFOAM onde se verificam resultados idênticos. Por fim, é realizada uma simulação através do porousWaveFoam, da interação de uma onda regular com um quebra-mar poroso, e conclui-se, comparando os resultados obtidos com os resultados dos ensaios experimentais no Laboratório Nacional de Engenharia Civil (LNEC), que a elevação da superfície livre é bem modelada.

Comparison among three polymerase chain reaction assays on detection of DNA from Leishmania in biological samples from patients with american cutaneous leishmaniasis

INTRODUCTION: The study analyzed positivity of polymerase chain reaction (PCR) on detection of DNA from Leishmania in patients' samples. METHODS: Extracted DNA was submitted to L150/L152, 13Y/13Z, and seminested PCR (snPCR). RESULTS: Results were evidenced by bands of approximately 120, 720, and 670 bp for L150/L152, 13Y/13Z, and snPCR, respectively. L150/L152, 13Y/13Z, and snPCR positivity indexes were 76.9, 56.4, and 9.2 (p>0.05), respectively, for suspected and 93.7, 68.7, and 84.4 (p<0.05), respectively, for confirmed. CONCLUSIONS: Preliminary results showed that these assays, mainly L150/L152 and snPCR, can detect Leishmania DNA and carry potential on laboratory diagnosis of leishmaniasis.

Desenvolvimento de formulações de elementos finitos para barras sujeitas a cargas transitórias

Com o presente trabalho pretende-se formular, implementar e validar duas classes de elementos finitos não-convencionais para problemas elastoestáticos e elastodinâmicos (harmónicos e transitórios) envolvendo barras solicitadas por cargas axiais. O desempenho numérico dos elementos não convencionais é estudado para uma larga gama de situações de interesse prático e comparado com o dos elementos finitos conformes de deslocamento (convencionais). A resolução de problemas transitórios envolve a integração no tempo e no espaço das equações diferenciais governativas, bem como a imposição das respetivas condições iniciais e de fronteira. A metodologia de integração no tempo adotada neste trabalho é baseada no método de Newmark. A resolução de problemas estáticos e harmónicos não carece de integração no tempo, ou a mesma é feita de forma trivial. Concluída a discretização no tempo, a segunda fase da resolução envolve a integração no espaço de cada uma das equações discretizadas, nomeadamente através do método dos elementos finitos. Para esse efeito, apresentam-se as formulações relativas aos elementos finitos convencionais, híbridos e híbridos-Trefftz. As três formulações têm como ponto de partida a forma fraca da equação diferencial de Navier, que é imposta utilizando o método de Galerkin. A principal diferença entre os elementos convencionais e não-convencionais prende-se com a maneira como são impostas as condições de fronteira de Dirichlet e as condições de compatibilidade nas fronteiras interiores. Os elementos não convencionais são implementados numa plataforma computacional desenvolvida de raiz no ambiente Matlab. A implementação é feita de maneira a permitir uma definição muito geral e flexível da estrutura e das respetivas ações, bem como das discretizações no tempo e no espaço e das bases de aproximação, que podem ser diferentes para cada elemento finito. Por fim, efetuam-se testes numéricos com o objetivo de analisar os resultados obtidos com os elementos não convencionais e de os comparar com as respetivas soluções analíticas (caso existam), ou com os resultados obtidos utilizando elementos convencionais. É especialmente focada a convergência das soluções aproximadas sob refinamentos da malha (h), no espaço e no tempo, e das funções de aproximação (p), sendo que o uso simultâneo dos dois refinamentos parece conduzir mais rapidamente a soluções próximas da solução exata. Analisam-se também problemas complexos, envolvendo propagação de ondas de choque, com o fim de se efetuar uma comparação entre os elementos convencionais, disponíveis no programa comercial SAP2000, e os elementos não convencionais fornecidos pela plataforma computacional desenvolvida neste trabalho.

A comparison of four DNA extraction protocols for the analysis of urine from patients with visceral leishmaniasis

Introduction Polymerase chain reaction (PCR) may offer an alternative diagnostic option when clinical signs and symptoms suggest visceral leishmaniasis (VL) but microscopic scanning and serological tests provide negative results. PCR using urine is sensitive enough to diagnose human visceral leishmaniasis (VL). However, DNA quality is a crucial factor for successful amplification. Methods A comparative performance evaluation of DNA extraction methods from the urine of patients with VL using two commercially available extraction kits and two phenol-chloroform protocols was conducted to determine which method produces the highest quality DNA suitable for PCR amplification, as well as the most sensitive, fast and inexpensive method. All commercially available kits were able to shorten the duration of DNA extraction. Results With regard to detection limits, both phenol: chloroform extraction and the QIAamp DNA Mini Kit provided good results (0.1 pg of DNA) for the extraction of DNA from a parasite smaller than Leishmania (Leishmania) infantum (< 100fg of DNA). However, among 11 urine samples from subjects with VL, better performance was achieved with the phenol:chloroform method (8/11) relative to the QIAamp DNA Mini Kit (4/11), with a greater number of positive samples detected at a lower cost using PCR. Conclusion Our results demonstrate that phenol:chloroform with an ethanol precipitation prior to extraction is the most efficient method in terms of yield and cost, using urine as a non-invasive source of DNA and providing an alternative diagnostic method at a low cost.

O código de ser no Jornalismo: o jornalista como observador do mundo e as estórias como valorização da experiência humana

A passagem para o mundo digital não só reformulou as abordagens tradicionais dos media como reivindicou o olhar e a voz do jornalista, como ferramentas criativas e enriquecedoras dos conteúdos. A arte aproxima-se do jornalismo pelo elogio à atividade humana e pelo reconhecimento do poder simultaneamente documental e sensorial da imagem. A imparcialidade do jornalista e a superficialidade dos assuntos são compreendidas como um dos motivos do afastamento da sociedade pelo consumo de informação. Face a estas problemáticas, a cooperativa Bagabaga Studios propõe uma estrutura multidisciplinar, uma visão “divergente” e as “estórias como solução”. São analisadas as práticas criativas da cooperativa e do jornal Público, reconhecendo a “diferença” como característica indispensável do jornalista e solução da pobreza visual e homogeneidade do jornalismo atual.

Detection of Leishmania (Viannia) DNA in leucocytes from the blood of patients with cutaneous leishmaniasis

ABSTRACTINTRODUCTION:Cutaneous leishmaniasis (CL) is a serious and global public health issue, with the potential of developing a mucosal form, occurring as subclinical cases, and showing recurrence despite previous treatment.METHODS:Polymorphonuclear and mononuclear DNA obtained from 49 patients was subjected to polymerase chain reaction for detection of Leishmania (Viannia).RESULTS:DNA was detected in mononuclear cells from two patients with active primary lesions positive for CL, with infection periods of 3 and 6 months, respectively.CONCLUSIONS:The DNA of Leishmania (Viannia) indicates probable parasite dissemination possibly explaining subclinical case emergence, lesion recurrence, and mucosal lesion appearance.

Single-tube nested PCR assay with in-house DNA extraction for Mycobacterium tuberculosis detection in blood and urine

Abstract: INTRODUCTION : Molecular analyses are auxiliary tools for detecting Koch's bacilli in clinical specimens from patients with suspected tuberculosis (TB). However, there are still no efficient diagnostic tests that combine high sensitivity and specificity and yield rapid results in the detection of TB. This study evaluated single-tube nested polymerase chain reaction (STNPCR) as a molecular diagnostic test with low risk of cross contamination for detecting Mycobacterium tuberculosis in clinical samples. METHODS: Mycobacterium tuberculosis deoxyribonucleic acid (DNA) was detected in blood and urine samples by STNPCR followed by agarose gel electrophoresis. In this system, reaction tubes were not opened between the two stages of PCR (simple and nested). RESULTS: STNPCR demonstrated good accuracy in clinical samples with no cross contamination between microtubes. Sensitivity in blood and urine, analyzed in parallel, was 35%-62% for pulmonary and 41%-72% for extrapulmonary TB. The specificity of STNPCR was 100% in most analyses, depending on the type of clinical sample (blood or urine) and clinical form of disease (pulmonary or extrapulmonary). CONCLUSIONS: STNPCR was effective in detecting TB, especially the extrapulmonary form for which sensitivity was higher, and had the advantage of less invasive sample collection from patients for whom a spontaneous sputum sample was unavailable. With low risk of cross contamination, the STNPCR can be used as an adjunct to conventional methods for diagnosing TB.

Estudo numérico da interação de ondas com um quebra-mar poroso utilizando o código IHFOAM

A presente dissertação tem como principal objetivo a validação da ferramenta IHFOAM do código OpenFOAM para problemas de interação de ondas com estruturas costeiras porosas, concretamente a interação de ondas com o quebra-mar poente do porto de pesca de Albufeira. Numa primeira parte deste trabalho analisa-se o comportamento do código com malhas de diferentes tipos, mais especificamente, estuda-se os efeitos sobre o escoamento de uma malha não estruturada no meio poroso em relação a uma malha estruturada. Isto é de extrema importância, devido ao tempo dispensado na construção de uma malha estruturada com elementos rectangulares. É ainda estudada a dependência da simulação numérica com o modelo de turbulência. O estudo mostra que os efeitos dos diferentes tipos de malha na zona porosa influenciam pouco o escoamento, sendo aceitável o recurso a malhas não estruturadas na zona porosa, em contraste com a escolha do modelo de turbulência que se mostra muito importante para a simulação. Numa segunda parte, são calibrados os parâmetros do meio poroso usados pelo modelo numérico. Apresenta-se o método utilizado para a calibração dos parâmetros e são estudados os seus efeitos sobre o comportamento hidráulico da estrutura. O estudo é realizado com duas alturas de ondas, uma altura de onda que não gera galgamento e uma altura de onda que gera galgamento. Foram colocadas várias sondas numéricas ao longo de um canal de ondas que medem a elevação de superfície livre simulada. Para os ensaios com galgamento, mediu-se a altura da água galgada e o volume galgado, podendo-se assim estudar os efeitos dos parâmetros do meio poroso do quebra-mar sobre o galgamento. A calibração sequencial dos parâmetros mostrou-se muito eficaz, gerando resultados muito bons. Ao longo do estudo entende-se a forte dependência do comportamento hidrodinâmico da estrutura, dos parâmetros e a necessidade de os calibrar, para cada caso estudado. Conclui-se que o IHFOAM é muito interessante para o estudo numérico de interação de onda-estrutura porosa, obtendo resultados satisfatórios para a superfície livre dentro e fora do quebra-mar. O galgamento, sendo um processo muito rápido, foi razoavelmente simulado e captado pelo código.

Extraction of Trypanosoma cruzi DNA from food: a contribution to the elucidation of acute Chagas disease outbreaks

Abstract: INTRODUCTION: Before 2004, the occurrence of acute Chagas disease (ACD) by oral transmission associated with food was scarcely known or investigated. Originally sporadic and circumstantial, ACD occurrences have now become frequent in the Amazon region, with recently related outbreaks spreading to several Brazilian states. These cases are associated with the consumption of açai juice by waste reservoir animals or insect vectors infected with Trypanosoma cruzi in endemic areas. Although guidelines for processing the fruit to minimize contamination through microorganisms and parasites exist, açai-based products must be assessed for quality, for which the demand for appropriate methodologies must be met. METHODS: Dilutions ranging from 5 to 1,000 T. cruzi CL Brener cells were mixed with 2mL of acai juice. Four Extraction of T. cruzi DNA methods were used on the fruit, and the cetyltrimethyl ammonium bromide (CTAB) method was selected according to JRC, 2005. RESULTS: DNA extraction by the CTAB method yielded satisfactory results with regard to purity and concentration for use in PCR. Overall, the methods employed proved that not only extraction efficiency but also high sensitivity in amplification was important. CONCLUSIONS: The method for T. cruzi detection in food is a powerful tool in the epidemiological investigation of outbreaks as it turns epidemiological evidence into supporting data that serve to confirm T. cruzi infection in the foods. It also facilitates food quality control and assessment of good manufacturing practices involving acai-based products.

O processo sumário e a reforma do Código do Processo Penal de 2013

The present work aims to develop the theme "The summary procedure and the reform of 2013". The purpose of its analysis serves the interest to understand the virtues and disadvantages of the changes introduced by Act n.º 20/2013 to our Code of Criminal Procedure, and the main focus of the present reflection is to further the impact of the measures taken by the legislator to the summary proceedings. The opening of the most serious crimes to summary procedure is a reform measure duly highlighted because it is a true innovation in the Portuguese penal system. Therefore, it urges to analyse not only the consequences of this measure, as well as if the objectives of its introduction in the summary procedure system are met. It should be noted that the legislator intends to promote speedy trial, and at the same time, ensure compliance with the Constitutional rights associated to the accused. At this point it is important to realize if there is a restriction of the accused essential guarantees. On the other hand, it should be noted that the typical characteristics of summary proceedings might have been invariably modified, due to the innovative aspect of the reform. That said, the changes might have fostered a mischaracterization of the typical format of the summary procedure, both in terms of the nature of the proceedings and in terms of its space and objectives within the penal system. Reflecting on the above will provide a deeper understanding of the volatile balance between the Portuguese governing prosecution efficiency and the Constitution, as well as the future of the criminal policy in Portugal.

"A testemunha-vítima e o dieito de recusa de depoimento, no Código de Processo Penal

Study of the problems involved in the application of the right of refusal to testify (Article 134. º CPP) to criminal charges of domestic violence, namely in situations of violence between spouses. Drawing attention, to some of the contingencies of the exercise of the right of refusal in such proceedings, a matter never before examined under Portuguese law, and also to the need to reconsider, based on the North American experience, the application of the law in these cases.

Human identification and analysis of DNA in bones

The introduction of molecular biology techniques, especially of DNA analysis, for human identification is a recent advance in legal medicine. Substantial effort has continuously been made in an attempt to identify cadavers and human remains after wars, socio-political problems and mass disasters. In addition, because of the social dynamics of large cities, there are always cases of missing people, as well as unidentified cadavers and human remains that are found. In the last few years, there has also been an increase in requests for exhumation of human remains in order to determine genetic relationships in civil suits and court action. The authors provide an extensive review of the literature regarding the use of this new methodology for human identification of ancient or recent bones.

A descoberta da Dupla Hélice do DNA: contributo para possíveis narrativas

Até ao final dos anos 40, o DNA não era reconhecido como portador da informação genética. Era uma molécula demasiado simples, difícil de isolar e incompatível com os métodos de análise da química orgânica e da biologia. Quando alguns cientistas começam a acreditar na importância do DNA, percebem que são incapazes, tecnicamente, de determinar a sua estrutura. É nesse espírito que James Watson vai para a Europa e, na primavera de 1951, ao assistir à conferência de Maurice Wilkins, da King’s College, onde vê uma fotografia do padrão de difração de raios X, percebe que será esta a técnica chave para a determinação da estrutura do DNA e, subsequentemente, dos segredos da vida. É este o início de uma das possíveis narrativas sobre uma das principais descobertas científicas do séc. XX que muitas vezes se reduz a: “A dupla hélice do DNA foi descoberta em 1953 por Watson e Crick”. Esta dissertação propõe-se a demonstrar que, apesar de em termos estritos, se tratar de uma afirmação verdadeira, não é suficiente para garantir uma experiência pedagógica significativa, nem fazer jus ao que é o funcionamento da ciência, com todas as implicações humanas, contextuais, éticas, consequências e impacto.

Development of computational tools for the integrated analysis of DNA microarray data with applications in cancer research

The MAP-i Doctoral Program of the Universities of Minho, Aveiro and Porto