DNA Sequence Representation methods

DNA sequence representation methods are used to denote a gene structure effectively and help in similarities/dissimilarities analysis of coding sequences. Many different kinds of representations have been proposed in the literature. They can be broadly classified into Numerical, Graphical, Geometrical and Hybrid representation methods. DNA structure and function analysis are made easy with graphical and geometrical representation methods since it gives visual representation of a DNA structure. In numerical method, numerical values are assigned to a sequence and digital signal processing methods are used to analyze the sequence. Hybrid approaches are also reported in the literature to analyze DNA sequences. This paper reviews the latest developments in DNA Sequence representation methods. We also present a taxonomy of various methods. A comparison of these methods where ever possible is also done

Interface issues in the ESCHER visual database editor

Presentation at the 1997 Dagstuhl Seminar "Evaluation of Multimedia Information Retrieval", Norbert Fuhr, Keith van Rijsbergen, Alan F. Smeaton (eds.), Dagstuhl Seminar Report 175, 14.04. - 18.04.97 (9716). - Abstract: This presentation will introduce ESCHER, a database editor which supports visualization in non-standard applications in engineering, science, tourism and the entertainment industry. It was originally based on the extended nested relational data model and is currently extended to include object-relational properties like inheritance, object types, integrity constraints and methods. It serves as a research platform into areas such as multimedia and visual information systems, QBE-like queries, computer-supported concurrent work (CSCW) and novel storage techniques. In its role as a Visual Information System, a database editor must support browsing and navigation. ESCHER provides this access to data by means of so called fingers. They generalize the cursor paradigm in graphical and text editors. On the graphical display, a finger is reflected by a colored area which corresponds to the object a finger is currently pointing at. In a table more than one finger may point to objects, one of which is the active finger and is used for navigating through the table. The talk will mostly concentrate on giving examples for this type of navigation and will discuss some of the architectural needs for fast object traversal and display. ESCHER is available as public domain software from our ftp site in Kassel. The portable C source can be easily compiled for any machine running UNIX and OSF/Motif, in particular our working environments IBM RS/6000 and Intel-based LINUX systems. A porting to Tcl/Tk is under way.

Pre-Attentive Segmentation in the Primary Visual Cortex

Stimuli outside classical receptive fields have been shown to exert significant influence over the activities of neurons in primary visual cortexWe propose that contextual influences are used for pre-attentive visual segmentation, in a new framework called segmentation without classification. This means that segmentation of an image into regions occurs without classification of features within a region or comparison of features between regions. This segmentation framework is simpler than previous computational approaches, making it implementable by V1 mechanisms, though higher leve l visual mechanisms are needed to refine its output. However, it easily handles a class of segmentation problems that are tricky in conventional methods. The cortex computes global region boundaries by detecting the breakdown of homogeneity or translation invariance in the input, using local intra-cortical interactions mediated by the horizontal connections. The difference between contextual influences near and far from region boundaries makes neural activities near region boundaries higher than elsewhere, making boundaries more salient for perceptual pop-out. This proposal is implemented in a biologically based model of V1, and demonstrated using examples of texture segmentation and figure-ground segregation. The model performs segmentation in exactly the same neural circuit that solves the dual problem of the enhancement of contours, as is suggested by experimental observations. Its behavior is compared with psychophysical and physiological data on segmentation, contour enhancement, and contextual influences. We discuss the implications of segmentation without classification and the predictions of our V1 model, and relate it to other phenomena such as asymmetry in visual search.

Visual Speech Synthesis by Morphing Visemes

We present MikeTalk, a text-to-audiovisual speech synthesizer which converts input text into an audiovisual speech stream. MikeTalk is built using visemes, which are a small set of images spanning a large range of mouth shapes. The visemes are acquired from a recorded visual corpus of a human subject which is specifically designed to elicit one instantiation of each viseme. Using optical flow methods, correspondence from every viseme to every other viseme is computed automatically. By morphing along this correspondence, a smooth transition between viseme images may be generated. A complete visual utterance is constructed by concatenating viseme transitions. Finally, phoneme and timing information extracted from a text-to-speech synthesizer is exploited to determine which viseme transitions to use, and the rate at which the morphing process should occur. In this manner, we are able to synchronize the visual speech stream with the audio speech stream, and hence give the impression of a photorealistic talking face.

Dynamic graphics of parametrically linked multivariate methods used in compositional data analysis

Many multivariate methods that are apparently distinct can be linked by introducing one or more parameters in their definition. Methods that can be linked in this way are correspondence analysis, unweighted or weighted logratio analysis (the latter also known as "spectral mapping"), nonsymmetric correspondence analysis, principal component analysis (with and without logarithmic transformation of the data) and multidimensional scaling. In this presentation I will show how several of these methods, which are frequently used in compositional data analysis, may be linked through parametrizations such as power transformations, linear transformations and convex linear combinations. Since the methods of interest here all lead to visual maps of data, a "movie" can be made where where the linking parameter is allowed to vary in small steps: the results are recalculated "frame by frame" and one can see the smooth change from one method to another. Several of these "movies" will be shown, giving a deeper insight into the similarities and differences between these methods

El efecto de los anti inflamatorios no esteroideos sobre el espesor retiniano, inflamación y agudeza visual posterior a la extracción de catarata: un estudio prospectivo comparando nepafenac y dexametasona

Objetivos: Comparar el volumen macular total (VMT) y espesor retiniano, la agudeza visual mejor corregida (AVCC) y la incidencia de edema macular post cirugía de catarata, en ojos tratados con nepafenac 0.1%, dexametasona 0.1% o la combinación de los dos. Métodos: En una estudio prospectivo, aleatorizado, controlado y ciego para el observador, se aleatorizaron 147 ojos con catarata para recibir dexametasona 0.1% cada 6 horas por 12 días de forma postoperatoria, nepafenac 0.1% cada 8 horas antes de cirugía y por 15 días postoperatorios o la combinación de los dos. Los desenlaces medidos fueron presión intraocular a la primera y sexta semana, AVCC, VMT (medido por OCT), espesor foveal y perifoveal, y la presencia o ausencia de edema macular (espesor foveal > 240 micras, medido por OCT) a las 6 semanas. Resultados: En la primera semana, la presión intraocular fue significativamente mayor en el Grupo de dexametasona (p<0.05), y luego fue similar entre grupos a la sexta semana. No se presentaron diferencias significativas en agudeza visual. El espesor perifoveal fue significativamente menor en el grupo de nepafenac (p<0.05). La incidencia de edema macular medido por OCT fue de 7.5% (11 ojos); de estos 5 pertenecían al grupo dexametasona, tres al Grupo de Nepafenac y 3 ojos al Grupo de la combinación (p>0.05) Conclusión:. Los resultados demuestran que el nepafenac es por lo menos igual de efectivo para evitar la inflamación postoperatoria al compararlo con dexametasona, y adicionalmente podría ser útil para evitar el edema macular post cirugía de catarata.

Factores pronósticos en la agudeza visual final de pacientes con oclusión venosa retiniana tratados con terapia antiangiogénica

Objetivo: determinar los diferentes factores clínicos y de imagen pronósticos para la agudeza visual final a los 3, 6 y 12 meses en los pacientes con oclusiones venosas retinianas tratados con terapia antiangiogénica. Material y métodos: estudio longitudinal de una cohorte de 60 pacientes con oclusión venosa retiniana tratados con terapia antiangiogénica intravitrea con ranibizumab y bevacizumab tomados retrospectivamente entre 2010 y 2012. Posteriormente se realizó un estudio analítico de cohorte retrospectiva, para establecer la asociación y predicción de los cambios de la agudeza visual. Resultados: se encontró una diferencia estadísticamente significativa entre la línea base, 3, 6 y 12 meses post tratamiento. (p < 0.001, prueba de Friedman). En el modelo explicativo de los cambios de la agudeza visual a los 3, 6 y 12 meses con la línea base, se encontró asociación significativa la presencia de IS/OS a los 3 meses con los cambios de la agudeza visual a los 6 meses (r2=.232, p< 0.001) y a los 12 meses (r2=.506, p< 0.001), en este último también se encontró asociado el género masculino (r2=.277 p< 0.001). Tomando los valores de la agudeza visual a los 3,6 y 12 meses y como covariable la agudeza visual inicial se encontró asociación significativa en los tres momentos, 3 meses (r2=0.697, p< 0.001), 6 meses (r2=745, p< 0.001) y 12 meses y (r2=786, p< 0.001), se encontró asociación significativa el presentar oclusión venosa de rama comparada con oclusión central con los cambios de la agudeza visual a los 6 meses (r2=.662, p=0.04) Conclusión: la presencia de IS/OS a los 3 meses y la agudeza visual inicial tienen una alta capacidad predictora de la agudeza visual a los 6 y 12 meses, el género masculino tiene relación con mejoría de la agudeza visual final y la oclusión de rama tiene relación con la mejoría de la agudeza visual a 6 meses.

Hiperautofluorescencia foveal como factor predictor de recuperación visual en pacientes con desprendimiento regmatógeno de retina

Introducción: una de las causas de pobre ganancia visual luego de un tratamiento exitoso de desprendimiento de retina, sin complicaciones, es el daño de los fotoreceptores, reflejada en una disrupción de la capa de la zona elipsoide y membrana limitante externa (MLE). En otras patologías se ha demostrado que la hiperautofluorescencia foveal se correlaciona con la integridad de la zona elipsoide y MLE y una mejor recuperación visual. Objetivos: evaluar la asociación entre la hiperautofluorescencia foveal, la integridad de la capa de la zona elipsoide y recuperación visual luego de desprendimiento de retina regmatógeno (DRR) exitosamente tratado. Evaluar la concordancia inter-evaluador de estos exámenes. Metodología: estudio de corte transversal de autofluorescencia foveal y tomografía óptica coherente macular de dominio espectral en 65 pacientes con DRR evaluados por 3 evaluadores independientes. La concordancia inter-evaluador se estudio mediante Kappa de Cohen y la asociación entre las diferentes variables mediante la prueba chi cuadrado y pruebas Z para comparación de proporciones. Resultados: La concordancia de la autofluorescencia fue razonable y la de la tomografía óptica coherente macular buena a muy buena. Sujetos que presentaron hiperautofluorescencia foveal asociada a integridad de la capa de la zona elipsoide tuvieron 20% más de posibilidad de recuperar agudeza visual final mejor a 20/50 que los que no cumplieron éstas características. Conclusión: Existe una asociación clínicamente importante entre la hiperautofluorescencia foveal, la integridad de la capa de zona elipsoide y la mejor agudeza visual final, sin embargo ésta no fue estadísticamente significativa (p=0.39)

Factores asociados a recuperación visual deficiente después de cirugía exitosa para desprendimiento de retina regmatógeno

Introducción: Varias características pueden afectar el pronóstico visual después de resolver quirúrgicamente el desprendimiento de retina. Existen características no observables por el ojo humano por si solo pero si por tomografía óptica coherente que se relacionan con la recuperación visual. Objetivo: Describir las características clínicas y topográfica en los periodos pre y postquirúrgico de ojos que ha sufrido DR regmatógeno con compromiso macular y su relación con la calidad de recuperación visual después de una cirugía considerada exitosa desde el punto de vista anatómico. Materiales y métodos: Estudio descriptivo en el que se comparan algunas características en tres periodos perioeperatorios, uno antes y dos después de cirugía (3 y 6 meses) de 24 ojos con DRregmatógeno y compromiso macular intervenidos mediante retinopexia combinada con vitrectomía pars plana. Resultados: La recuperación visual mejor o igual que logMAR 0,397 (20/50) se dió en 41,7% de ojos y 16,7%. alcanzaron agudeza visual logMAR 0,301 (20/40). Cinco ojos no alcanzaron una ganancia de líneas de visión mayor a cinco. El líquido submacular ausente se observó en la mayoría de ojos que recuperaron más de cinco líneas al igual que aquellos con elipsoide conservado. La regularidad del neuroepitelio y el edema en el periodo posquirúrgico no mostraron comportamientos claros respecto a recuperación visual al igual que la altura del desprendimiento y el número de cuadrantes afectados. Una mejor recuperación visual fue más frecuente en aquellos con menos de cinco semanas de desprendimiento de retina. Conclusiones: El retraso menor a cinco semanas en la resolución del desprendimiento de retina, la conservación del elipsoide y la ausencia de líquido submacular en el periodo postquirúrgico se observó más frecuentemente en ojos con mejor recuperación visual.

Correlación de las condiciones de iluminación, ángulo visual, agudeza visual y contraste con y síntomas visuales en trabajadores de un call center en Bogotá, Colombia

Objetivo: Establecer la correlación entre condiciones de iluminación, ángulo visual, discriminación de contrastes y agudeza visual en la aparición de síntomas visuales en operarios de computador. Materiales y métodos: Estudio de corte transversal y correlación en muestra de 136 trabajadores administrativos de un “call center” perteneciente a una entidad de salud en la ciudad de Bogotá, utilizando un cuestionario con el que se evaluaron las variables sociodemográficas y ocupacionales; aplicando la escala de síntomas visión – computador (CVSS17), realizando evaluación médica y midiendo iluminación y distancia operario pantalla de computador y con los datos recolectados se realizó un análisis estadístico bivariado y se estableció la correlación entre las condiciones de iluminación, ángulo visual, discriminación de contrataste y agudeza visual; frente a la aparición de síntomas visuales asociados con el uso del computador. El análisis se llevó a cabo con medidas de tendencia central y dispersión y con el coeficiente de correlación paramétrico de Pearson o no-paramétrico de Spearman, previamente se evaluó la normalidad con la prueba de Shapiro-Wilk. Las pruebas estadísticas se evaluarán a un nivel de significancia del 5% (p<0.05). Resultados: El promedio de edad de los participantes en el estudio fue de 36,3 años con un rango entre los 22 y 57 años y en donde el género predominante fue el femenino con el 79,4%. Se encontraron síntomas visuales asociados al uso de pantalla de computador del 59,6%, siendo los más frecuentes la epifora (70,6%), fotofobia (67,6%) y ardor ocular (54,4%). Se reportó una correlación inversa significativa entre niveles de iluminación y manifestación de fotofobia (p=0.02; r= 0,262). Por otra parte no se encontró correlación significativa entre los síntomas referidos con ángulo de visión y agudeza visual y discriminación de contrastes. Conclusión: Las condiciones laborales de iluminación del grupo de estudio están relacionadas con la manifestación de fotofobia, Se encontró asociación entre síntomas visuales y variables sociodemográficas, específicamente con el género, fotofobia a pantalla, fatiga visual y fotofobia

The modelling of electrical current NDT methods and its application to weld testing

Discussion of the numerical modeling of NDT methods based on the potential drop and the disruption of power lines to describe the nature, importance and application of modeling. La 1ère partie est consacrée aux applications aux contrôles par courants de Foucault. The first part is devoted to applications for inspection by eddy currents.

The effect of colored lenses on the visual evoked response in children with visual stress

Purpose. Some children with visual stress and/or headaches have fewer symptoms when wearing colored lenses. Although subjective reports of improved perception exist, few objective correlates of these effects have been established. Methods. In a pilot study, 10 children who wore Intuitive Colorimeter lenses, and claimed benefit, and two asymptomatic children were tested. Steady-state potentials were measured in response to low contrast patterns modulating at a frequency of 12 Hz. Four viewing conditions were compared: 1) no lens; 2) Colorimeter lens; 3) lens of complementary color; and 4) spectrally neutral lens with similar photopic transmission. Results. The asymptomatic children showed little or no difference between the lens and no lens conditions. When all the symptomatic children were tested together, a similar result was found. However, when the symptomatic children were divided into two groups depending on their symptoms, an interaction emerged. Children with visual stress but no headaches showed the largest amplitude visual evoked potential response in the no lens condition, whereas those children whose symptoms included severe headaches or migraine showed the largest amplitude visual evoked potential response when wearing their prescribed lens. Conclusions. The results suggest that it is possible to measure objective correlates of the beneficial subjective perceptual effects of colored lenses, at least in some children who have a history of migraine or severe headaches.

The DREAM Framework: using a network of scalable ontologies for intelligent indexing and retrieval of visual content

There are still major challenges in the area of automatic indexing and retrieval of digital data. The main problem arises from the ever increasing mass of digital media and the lack of efficient methods for indexing and retrieval of such data based on the semantic content rather than keywords. To enable intelligent web interactions or even web filtering, we need to be capable of interpreting the information base in an intelligent manner. Research has been ongoing for a few years in the field of ontological engineering with the aim of using ontologies to add knowledge to information. In this paper we describe the architecture of a system designed to automatically and intelligently index huge repositories of special effects video clips, based on their semantic content, using a network of scalable ontologies to enable intelligent retrieval.

Semantic-associative visual content labelling and retrieval: A multimodal approach

A novel framework referred to as collaterally confirmed labelling (CCL) is proposed, aiming at localising the visual semantics to regions of interest in images with textual keywords. Both the primary image and collateral textual modalities are exploited in a mutually co-referencing and complementary fashion. The collateral content and context-based knowledge is used to bias the mapping from the low-level region-based visual primitives to the high-level visual concepts defined in a visual vocabulary. We introduce the notion of collateral context, which is represented as a co-occurrence matrix of the visual keywords. A collaborative mapping scheme is devised using statistical methods like Gaussian distribution or Euclidean distance together with collateral content and context-driven inference mechanism. We introduce a novel high-level visual content descriptor that is devised for performing semantic-based image classification and retrieval. The proposed image feature vector model is fundamentally underpinned by the CCL framework. Two different high-level image feature vector models are developed based on the CCL labelling of results for the purposes of image data clustering and retrieval, respectively. A subset of the Corel image collection has been used for evaluating our proposed method. The experimental results to-date already indicate that the proposed semantic-based visual content descriptors outperform both traditional visual and textual image feature models. (C) 2007 Elsevier B.V. All rights reserved.

Motion detection and motion verbs: language affects low-level visual perception

Recent theories propose that semantic representation and sensorimotor processing have a common substrate via simulation. We tested the prediction that comprehension interacts with perception, using a standard psychophysics methodology.While passively listening to verbs that referred to upward or downward motion, and to control verbs that did not refer to motion, 20 subjects performed a motion-detection task, indicating whether or not they saw motion in visual stimuli containing threshold levels of coherent vertical motion. A signal detection analysis revealed that when verbs were directionally incongruent with the motion signal, perceptual sensitivity was impaired. Word comprehension also affected decision criteria and reaction times, but in different ways. The results are discussed with reference to existing explanations of embodied processing and the potential of psychophysical methods for assessing interactions between language and perception.