Desarrollo de una aplicación web orientada a la asistencia en el diseño de protocolos de biología sintética

Se plantea desarrollar una herramienta que ofrezca un soporte eficiente para la creación y el diseño de protocolos biológicos a los investigadores en biología sintética. Partiendo de este objetivo, se definen dos cometidos principales: Realizar un estudio de las herramientas existentes que ofrezcan soporte al diseño y aquellas pensadas para diseñar protocolos biológicos, el fin de este estudio es descubrir las funcionalidades que implementan estas herramientas para mejorarlas. Además, se ha de desarrollar una herramienta web que, mediante un lenguaje visual, permita diseñar y crear protocolos de biología sintética, guardándolos en un formato de archivo independiente del lenguaje. En este documento se encuentra, en primer lugar, la definición de objetivos y la descripción del método de desarrollo seguido durante la implementación del proyecto; después, el marco teórico, donde se exponen las herramientas estudiadas y las similitudes y diferencias con la idea que se tiene de la aplicación, y también las herramientas de desarrollo web con las que se va a implementar el proyecto. A continuación, se muestran los resultados obtenidos, mediante la definición de requisitos, así como una exposición de la propia herramienta. Por último, se encuentra la estrategia de validación que se ha seguido en el desarrollo del proyecto y se exponen las conclusiones obtenidas de estas validaciones; también se incluyen al final las conclusiones del proyecto y las líneas futuras de desarrollo.---ABSTRACT---It is planned to develop a tool that provides efficient support for the creation and design of biological protocols researchers in synthetic biology. Based on this goal, two main tasks are defined: Conduct a study of existing tools that provide design support and those intended to design biological protocols, the purpose of this study is to discover the functionalities that implement these tools to improve them. Furthermore, it has to develop a web tool that, through a visual language, allowing design and create synthetic biology protocols, storing them in an independent language file format. In this document is located, first, the definition of objectives and description of the development method followed during project implementation; then the theoretical framework where tools and studied the similarities and differences with the idea we have of the application are discussed, and development tools with which they will implement the project. Then the results obtained, by defining requirements as well as an exhibition of the own tool. Finally, the validation strategy that has been followed in the development of the project and the conclusions drawn from these validations are exposed; also, it is included at the end of the project conclusions and future lines of development.

Desarrollo de una plataforma de biología bajo demanda

La Biología bajo Demanda es un concepto novedoso, que está siendo abordado en la actualidad desde distintos enfoques, que serán expuestos en este documento. Dado este carácter innovador, se trata de un ámbito donde la investigación está muy presente en estos momentos. Las Tecnologías de la Información y Comunicación (TICs) llevan un tiempo aportando soluciones muy efectivas para algunos de los problemas a los que se enfrente actualmente la biología sintética. Una de estas soluciones son las plataformas de Cloud Computing, que aportan un entorno de trabajo escalable, flexible y seguro. Por ello, se ha empleado este tipo de tecnología en este trabajo fin de grado en el área de la biología sintética mediante el concepto de biología bajo demanda. Para desarrollar la plataforma de biología bajo demanda ha sido necesario analizar el estado de esta temática actualmente y sus avances. Además, ha sido estimable el estudio de las opiniones de los miembros del grupo de investigación. Todo ello ha permitido llevar a cabo una captura de requisitos adecuada para el ámbito de este proyecto. Se ha decidido que los servidores de aplicaciones web son la respuesta más adecuada a la hora de implementar las soluciones obtenidas para el desarrollo de la plataforma de biología bajo demanda. En concreto, por sus características, se ha decidido emplear JavaEE de Oracle. El modelo implementado emplea soluciones conocidas y fiables basadas en patrones de diseño software. Así, conseguimos cumplir con uno de los principales objetivos de este proyecto, que es lograr un sistema flexible y escalable. Por otro lado, debido a la incertidumbre que conlleva un área tan innovadora, se ha decidido optar por una metodología ágil. Esto supone un plan de trabajo centrado en reuniones semanales conjuntas con el director y los compañeros del grupo de trabajo, empleando prototipado rápido y programación extrema. Finalmente, se ha conseguido desarrollar una plataforma de biología bajo demanda que puede ser la base para el trabajo de los biólogos del ámbito de la biología sintética en un futuro próximo.---ABSTRACT---Biology on demand is a new concept, which is currently being addressed from different approaches, which will be presented in this document. Given this innovative character, it is an area where research is a main factor right now. Technologies of Information and Communication Technologies (ICTs) have provided very effective solutions to some of the problems that synthetic biology is currently facing. One of these solutions is cloud computing platforms, which provide an environment for scalable, flexible and secure work. Therefore, we have used this technology in this final project in the area of synthetic biology through the concept of biology on demand. To develop a biology-on-demand platform it has been necessary to analyze the state of art. The opinions of members of the research group have also been very influential. All this has allowed us to conduct a proper capture requirements for the scope of this project here developed. It was decided that web application servers are the best answer when it comes to implementing the solutions obtained for the development of biology-on-demand platform. In particular, by its main features, it was decided to use Oracle’s JavaEE. The implemented model uses known and reliable solutions based on software design patterns. So, we get to meet one of the main objectives of this project, which is to achieve a flexible and scalable system. On the other hand, due to the uncertainty involved in such an innovative area, it was appropriate to opt for an agile methodology. The work plan was focused on weekly meetings with the director and coworkers, using additive technology and extreme programming. Finally, this project has been successful in developing a biology-on-demand platform that can be the basis for the work of biologists in the field of synthetic biology in the near future.

Validation and aplication of Bioelectrical Impedance (BIA) method to determine body and carcass composition and nutrient retention of growing rabbits = Validación y aplicación de la técnica de la Impedancia Bioeléctrica (BIA) para determinar la composición corporal, de la canal y la retención de nutrientes de conejos en crecimiento

Los objetivos de esta tesis fueron 1) obtener y validar ecuaciones de predicción para determinar in vivo la composición corporal y de la canal de conejos en crecimiento de 25 a 77 días de vida utilizando la técnica de la Impedancia Bioeléctrica (BIA), y 2) evaluar su aplicación para determinar diferencias en la composición corporal y de la canal, así como la retención de nutrientes de animales alimentados con diferentes fuentes y niveles de grasa. El primer estudio se realizó para determinar y después validar, usando datos independientes, las ecuaciones de predicción obtenidas para determinar in vivo la composición corporal de los conejos en crecimiento. Se utilizaron 150 conejos a 5 edades distintas (25, 35, 49, 63 y 77 días de vida), con un rango de pesos entre 231 y 3138 g. Para determinar los valores de resistencia (Rs,) and reactancia (Xc,) se usó un terminal (Model BIA-101, RJL Systems, Detroit, MI USA) con cuatro electrodos. Igualmente se registró la distancia entre electrodos internos (D), la longitud corporal (L) y el peso vivo (PV) de cada animal. En cada edad, los animales fueron molidos y congelados (-20 ºC) para su posterior análisis químico (MS, grasa, proteína, cenizas y EB). El contenido en grasa y energía de los animales se incrementó, mientras que los contenidos en proteína, cenizas y agua de los animales disminuyeron con la edad. Los valores medios de Rs, Xc, impedancia (Z), L y D fueron 83.5 ± 23.1 , 18.2 ± 3.8 , 85.6 ± 22.9 , 30.6 ± 6.9 cm y 10.8 ± 3.1 cm. Se realizó un análisis de regresión lineal múltiple para determinar las ecuaciones de predicción, utilizando los valores de PV, L and Z como variables independientes. Las ecuaciones obtenidas para estimar los contenidos en agua (g), PB (g), grasa (g), cenizas (g) and EB (MJ) tuvieron un coeficiente de determinación de (R2) de 0.99, 0.99, 0.97, 0.98 y 0.99, y los errores medios de predicción relativos (EMPR) fueron: 2.79, 6.15, 24.3, 15.2 y 10.6%, respectivamente. Cuando el contenido en agua se expresó como porcentaje, los valores de R2 y EMPR fueron 0.85 and 2.30%, respectivamente. Al predecir los contenidos en proteína (%MS), grasa (%MS), cenizas (%MS) y energía (kJ/100 g MS), se obtuvieron valores de 0.79, 0.83, 0.71 y 0.86 para R2, y 5.04, 18.9, 12.0 y 3.19% para EMPR. La reactancia estuvo negativamente correlacionada con el contenido en agua, cenizas y PB (r = -0.32, P < 0.0001; r = -0.20, P < 0.05; r = -0.26, P < 0.01) y positivamente correlacionada con la grasa y la energía (r = 0.23 y r = 0.24; P < 0.01). Sin embargo, Rs estuvo positivamente correlacionada con el agua, las cenizas y la PB (r = 0.31, P < 0.001; r = 0.28, P < 0.001; r = 0.37, P < 0.0001) y negativamente con la grasa y la energía (r = -0.36 y r = -0.35; P < 0.0001). Igualmente la edad estuvo negativamente correlacionada con el contenido en agua, cenizas y proteína (r = -0.79; r = -0.68 y r = -0.80; P < 0.0001) y positivamente con la grasa y la energía (r = 0.78 y r = 0.81; P < 0.0001). Se puede concluir que el método BIA es una técnica buena y no invasiva para estimar in vivo la composición corporal de conejos en crecimiento de 25 a 77 días de vida. El objetivo del segundo estudio fue determinar y validar con datos independientes las ecuaciones de predicción obtenidas para estimar in vivo la composición de la canal eviscerada mediante el uso de BIA en un grupo de conejos de 25 a 77 días, así como testar su aplicación para predecir la retención de nutrientes y calcular las eficacias de retención de la energía y del nitrógeno. Se utilizaron 75 conejos agrupados en 5 edades (25, 35, 49, 63 y 77 días de vida) con unos pesos que variaron entre 196 y 3260 g. Para determinar los valores de resistencia (Rs, ) y reactancia (Xc, ) se usó un terminal (Model BIA-101, RJL Systems, Detroit, MI USA) con cuatro electrodos. Igualmente se registró la distancia entre electrodos internos (D), la longitud corporal (L) y el peso vivo (PV) del cada animal. En cada edad, los animales fueron aturdidos y desangrados. Su piel, vísceras y contenido digestivo fueron retirados, y la canal oreada fue pesada y molida para posteriores análisis (MS, grasa, PB, cenizas y EB). Los contenidos en energía y grasa aumentaron mientras que los de agua, cenizas y proteína disminuyeron con la edad. Los valores medios de Rs, Xc, impedancia (Z), L y D fueron 95.9±23.9 , 19.5±4.7 , 98.0±23.8 , 20.6±6.3 cm y 13.7±3.1 cm. Se realizó un análisis de regresión linear múltiple para determinar las ecuaciones de predicción, utilizando los valores de PV, L and Z como variables independientes. Los coeficientes de determinación (R2) de las ecuaciones obtenidas para estimar los contenidos en agua (g), PB (g), grasa (g), cenizas (g) and EB (MJ) fueron: 0.99, 0.99, 0.95, 0.96 y 0.98, mientras que los errores medios de predicción relativos (EMPR) fueron: 4.20, 5.48, 21.9, 9.10 y 6.77%, respectivamente. Cuando el contenido en agua se expresó como porcentaje, los valores de R2 y EMPR fueron 0.79 y 1.62%, respectivamente. Cuando se realizó la predicción de los contenidos en proteína (%MS), grasa (%MS), cenizas (%MS) y energía (kJ/100 g MS), los valores de R2 fueron 0.68, 0.76, 0.66 and 0.82, y los de RMPE: 3.22, 10.5, 5.82 and 2.54%, respectivamente. La reactancia estuvo directamente correlacionada con el contenido en grasa (r = 0.24, P < 0.05), mientras que la resistencia guardó una correlación positiva con los contenidos en agua, cenizas y proteína (r = 0.55, P < 0.001; r = 0.54, P < 0.001; r = 0.40, P < 0.005) y negativa con la grasa y la energía (r = -0.44 y r = -0.55; P < 0.001). Igualmente la edad estuvo negativamente correlacionada con los contenidos en agua, cenizas y PB (r = -0.94; r = -0.85 y r = -0.75; P < 0.0001) y positivamente con la grasa y la energía (r = 0.89 y r = 0.90; P < 0.0001). Se estudió la eficacia global de retención de la energía (ERE) y del nitrógeno (ERN) durante todo el periodo de cebo (35-63 d), Los valores de ERE fueron 20.4±7.29%, 21.0±4.18% and 20.8±2.79% en los periodos 35 a 49, 49 a 63 y 35 a 63 d, respectivamente. ERN fue 46.9±11.7%, 34.5±7.32% y 39.1±3.23% para los mismos periodos. La energía fue retenida en los tejidos para crecimiento con una eficiencia del 52.5% y la eficiencia de retención de la energía como proteína y grasa fue de 33.3 y 69.9% respectivamente. La eficiencia de utilización del nitrógeno para crecimiento fue cercana al 77%. Este trabajo muestra como el método BIA es técnica buena y no invasiva para determinar in vivo la composición de la canal y la retención de nutrientes en conejos en crecimiento de 25 a 77 días de vida. En el tercer estudio, se llevaron a cabo dos experimentos con el fin de investigar los efectos del nivel de inclusión y de la fuente de grasa, sobre los rendimientos productivos, la mortalidad, la retención de nutrientes y la composición corporal total y de la canal eviscerada de conejos en crecimiento de 34 a 63 d de vida. En el Exp. 1 se formularon 3 dietas con un diseño experimental factorial 3 x 2 con el tipo de grasa utilizada: Aceite de Soja (SBO), Lecitinas de Soja (SLO) y Manteca (L) y el nivel de inclusión (1.5 y 4%) como factores principales. El Exp. 2 también fue diseñado con una estructura factorial 3 x 2, pero usando SBO, Aceite de Pescado (FO) y Aceite de Palmiste como fuentes de grasa, incluidas a los mismos niveles que en el Exp. 1. En ambos experimentos 180 animales fueron alojados en jaulas individuales (n=30) y 600 en jaulas colectivas en grupos de 5 animales (n=20). Los animales alimentados con un 4% de grasa añadida tuvieron unos consumos diarios y unos índices de conversión más bajos que aquellos alimentados con las dietas con un 1.5% de grasa. En los animales alojados en colectivo del Exp. 1, el consumo fue un 4.8% más alto en los que consumieron las dietas que contenían manteca que en los animales alimentados con las dietas SBO (P = 0.036). La inclusión de manteca tendió a reducir la mortalidad (P = 0.067) en torno al 60% y al 25% con respecto a las dietas con SBO y SLO, respectivamente. La mortalidad aumentó con el nivel máximo de inclusión de SLO (14% vs. 1%, P < 0.01), sin observarse un efecto negativo sobre la mortalidad con el nivel más alto de inclusión de las demás fuentes de grasa utilizadas. En los animales alojados colectivo del Exp. 2 se encontró una disminución del consumo (11%), peso vivo a 63 d (4.8%) y de la ganancia diaria de peso (7.8%) con la inclusión de aceite de pescado con respecto a otras dietas (P < 0.01). Los dos últimos parámetros se vieron especialmente más reducidos cuando en las dietas se incluyó el nivel más alto de FO (5.6 y 9.5%, respectivamente, (P < 0.01)). Los animales alojados individualmente mostraron unos resultados productivos muy similares. La inclusión de aceite pescado tendió (P = 0.078) a aumentar la mortalidad (13.2%) con respecto al aceite de palmiste (6.45%), siendo intermedia para las dietas que contenían SBO (8.10%). La fuente o el nivel de grasa no afectaron la composición corporal total o de la canal eviscerada de los animales. Un incremento en el nivel de grasa dio lugar a una disminución de la ingesta de nitrógeno digestible (DNi) (1.83 vs. 1.92 g/d; P = 0.068 en Exp. 1 y 1.79 vs. 1.95 g/d; P = 0.014 en Exp. 2). Debido a que el nitrógeno retenido (NR) en la canal fue similar para ambos niveles (0.68 g/d (Exp. 1) y 0.71 g/d (Exp. 2)), la eficacia total de retención del nitrógeno (ERN) aumentó con el nivel máximo de inclusión de grasa, pero de forma significativa únicamente en el Exp. 1 (34.9 vs. 37.8%; P < 0.0001), mientras que en el Exp. 2 se encontró una tendencia (36.2 vs. 38.0% en Exp. 2; P < 0.064). Como consecuencia, la excreción de nitrógeno en heces fue menor en los animales alimentados con el nivel más alto de grasa (0.782 vs. 0.868 g/d; P = 0.0001 en Exp. 1, y 0.745 vs. 0.865 g/d; P < 0.0001 en Exp.2) al igual que el nitrógeno excretado en orina (0.702 vs. 0.822 g/d; P < 0.0001 en Exp. 1 y 0.694 vs. 0.7999 g/d; P = 0.014 en Exp.2). Aunque no hubo diferencias en la eficacia total de retención de la energía (ERE), la energía excretada en heces disminuyó al aumentar el nivel de inclusión de grasa (142 vs. 156 Kcal/d; P = 0.0004 en Exp. 1 y 144 vs. 154 g/d; P = 0.050 en Exp. 2). Sin embargo, la energía excretada como orina y en forma de calor fue mayor en el los animales del Exp. 1 alimentados con el nivel más alto de grasa (216 vs. 204 Kcal/d; P < 0.017). Se puede concluir que la manteca y el aceite de palmiste pueden ser considerados como fuentes alternativas al aceite de soja debido a la reducción de la mortalidad, sin efectos negativos sobre los rendimientos productivos o la retención de nutrientes. La inclusión de aceite de pescado empeoró los rendimientos productivos y la mortalidad durante el periodo de crecimiento. Un aumento en el nivel de grasa mejoró el índice de conversión y la eficacia total de retención de nitrógeno. ABSTRACT The aim of this Thesis is: 1) to obtain and validate prediction equations to determine in vivo whole body and carcass composition using the Bioelectrical Impedance (BIA) method in growing rabbits from 25 to 77 days of age, and 2) to study its application to determine differences on whole body and carcass chemical composition, and nutrient retention of animals fed different fat levels and sources. The first study was conducted to determine and later validate, by using independent data, the prediction equations obtained to assess in vivo the whole body composition of growing rabbits. One hundred and fifty rabbits grouped at 5 different ages (25, 35, 49, 63 and 77 days) and weighing from 231 to 3138 g were used. A four terminal body composition analyser was used to obtain resistance (Rs, ) and reactance (Xc, ) values (Model BIA-101, RJL Systems, Detroit, MI USA). The distance between internal electrodes (D, cm), body length (L, cm) and live BW of each animal were also registered. At each selected age, animals were slaughtered, ground and frozen (-20 ºC) for later chemical analyses (DM, fat, CP, ash and GE). Fat and energy body content increased with the age, while protein, ash, and water decreased. Mean values of Rs, Xc, impedance (Z), L and D were 83.5 ± 23.1 , 18.2 ± 3.8 , 85.6 ± 22.9 , 30.6 ± 6.9 cm and 10.8 ± 3.1 cm. A multiple linear regression analysis was used to determine the prediction equations, using BW, L and Z data as independent variables. Equations obtained to estimate water (g), CP (g), fat (g), ash (g) and GE (MJ) content had, respectively, coefficient of determination (R2) values of 0.99, 0.99, 0.97, 0.98 and 0.99, and the relative mean prediction error (RMPE) was: 2.79, 6.15, 24.3, 15.2 and 10.6%, respectively. When water was expressed as percentage, the R2 and RMPE were 0.85 and 2.30%, respectively. When prediction of the content of protein (%DM), fat (%DM), ash (%DM) and energy (kJ/100 g DM) was done, values of 0.79, 0.83, 0.71 and 0.86 for R2, and 5.04, 18.9, 12.0 and 3.19% for RMPE, respectively, were obtained. Reactance was negatively correlated with water, ash and CP content (r = -0.32, P < 0.0001; r = -0.20, P < 0.05; r = -0.26, P < 0.01) and positively correlated with fat and GE (r = 0.23 and r = 0.24; P < 0.01). Otherwise, resistance was positively correlated with water, ash and CP (r = 0.31, P < 0.001; r = 0.28, P < 0.001; r = 0.37, P < 0.0001) and negatively correlated with fat and energy (r = -0.36 and r = -0.35; P < 0.0001). Moreover, age was negatively correlated with water, ash and CP content (r = -0.79; r = -0.68 and r = -0.80; P < 0.0001) and positively correlated with fat and energy (r = 0.78 and r = 0.81; P < 0.0001). It could be concluded that BIA is a non-invasive good method to estimate in vivo whole body composition of growing rabbits from 25 to 77 days of age. The aim of the second study was to determine and validate with independent data, the prediction equations obtained to estimate in vivo carcass composition of growing rabbits by using the results of carcass chemical composition and BIA values in a group of rabbits from 25 to 77 days. Also its potential application to predict nutrient retention and overall energy and nitrogen retention efficiencies was analysed. Seventy five rabbits grouped at 5 different ages (25, 35, 49, 63 and 77 days) with weights ranging from 196 to 3260 g were used. A four terminal body composition analyser (Model BIA-101, RJL Systems, Detroit, MI USA) was used to obtain resistance (Rs, ) and reactance (Xc, ) values. The distance between internal electrodes (D, cm), body length (L, cm) and live weight (BW, g) were also registered. At each selected age, all the animals were stunned and bled. The skin, organs and digestive content were removed, and the chilled carcass were weighed and processed for chemical analyses (DM, fat, CP, ash and GE). Energy and fat increased with the age, while CP, ash, and water decreased. Mean values of Rs, Xc, impedance (Z), L and D were 95.9±23.9 , 19.5±4.7 , 98.0±23.8 , 20.6±6.3 cm y 13.7±3.1 cm. A multiple linear regression analysis was done to determine the equations, using BW, L and Z data as parameters. Coefficient of determination (R2) of the equations obtained to estimate water (g), CP (g), fat (g), ash (g) and GE (MJ) content were: 0.99, 0.99, 0.95, 0.96 and 0.98, and relative mean prediction error (RMPE) were: 4.20, 5.48, 21.9, 9.10 and 6.77%, respectively. When water content was expressed as percentage, the R2 and RMPE were 0.79 and 1.62%, respectively. When prediction of protein (%DM), fat (%DM), ash (%DM) and energy (kJ/100 g DM) content was done, R2 values were 0.68, 0.76, 0.66 and 0.82, and RMPE: 3.22, 10.5, 5.82 and 2.54%, respectively. Reactance was positively correlated with fat content (r = 0.24, P < 0.05) while resistance was positively correlated with water, ash and protein carcass content (r = 0.55, P < 0.001; r = 0.54, P < 0.001; r = 0.40, P < 0.005) and negatively correlated with fat and energy (r = -0.44 and r = -0.55; P < 0.001). Moreover, age was negatively correlated with water, ash and CP content (r = -0.97, r = -0.95 and r = -0.89, P < 0.0001) and positively correlated with fat and GE (r = 0.95 and r = 0.97; P < 0.0001). In the whole growing period (35-63 d), overall energy retention efficiency (ERE) and nitrogen retention efficiency (NRE) were studied. The ERE values were 20.4±7.29%, 21.0±4.18% and 20.8±2.79%, from 35 to 49, 49 to 63 and from 35 to 63 d, respectively. NRE was 46.9±11.7%, 34.5±7.32% and 39.1±3.23% for the same periods. Energy was retained in body tissues for growth with an efficiency of approximately 52.5% and efficiency of the energy for protein and fat retention was 33.3 and 69.9%, respectively. Efficiency of utilization of nitrogen for growth was near to 77%. This work shows that BIA it’s a non-invasive and good method to estimate in vivo carcass composition and nutrient retention of growing rabbits from 25 to 77 days of age. In the third study, two experiments were conducted to investigate the effect of the fat addition and source, on performance, mortality, nutrient retention, and the whole body and carcass chemical composition of growing rabbits from 34 to 63 d. In Exp. 1 three diets were arranged in a 3 x 2 factorial structure with the source of fat: Soybean oil (SBO), Soya Lecithin Oil (SLO) and Lard (L) and the dietary fat inclusion level (1.5 and 4%) as the main factors. Exp. 2 had also arranged as a 3 x 2 factorial design, but using SBO, Fish Oil (FO) and Palmkernel Oil (PKO) as fat sources, and included at the same levels than in Exp. 1. In both experiments 180 animals were allocated in individual cages (n=30) and 600 in collectives cages, in groups of 5 animals (n=20). Animals fed with 4% dietary fat level showed lower DFI and FCR than those fed diets with 1.5%. In collective housing of Exp. 1, DFI was a 4.8% higher in animals fed with diets containing lard than SBO (P = 0.036), being intermediate for diet with SLO. Inclusion of lard also tended to reduce mortality (P = 0.067) around 60% and 25% with respect SBO and SLO diets, respectively. Mortality increased with the greatest level of soya lecithin (14% vs. 1%, P < 0.01). In Exp. 2 a decrease of DFI (11%), BW at 63 d (4.8%) and DWG (7.8%) were observed with the inclusion of fish oil with respect the other two diets (P < 0.01). These last two traits impaired with the highest level of fish oil (5.6 and 9.5%, respectively, (P < 0.01)). Animals housed individually showed similar performance results. The inclusion of fish oil also tended to increase (P = 0.078) mortality (13.2%) with respect palmkernel oil (6.45%), being mortality of SBO intermediate (8.10%). Fat source and level did not affect the whole body or carcass chemical composition. An increase of the fat sources addition led to a decrease of the digestible nitrogen intake (DNi) (1.83 vs. 1.92 g/d; P = 0.068 in Exp. 1 and 1.79 vs. 1.95 g/d; P = 0.014 in Exp. 2). As the nitrogen retained (NR) in the carcass was similar for both fat levels (0.68 g/d (Exp. 1) and 0.71 g/d (Exp. 2)), the overall efficiency of N retention (NRE) increased with the highest level of fat, but only reached significant level in Exp. 1 (34.9 vs. 37.8%; P < 0.0001), while in Exp. 2 a tendency was found (36.2 vs. 38.0% in Exp. 2; P < 0.064). Consequently, nitrogen excretion in faeces was lower in animals fed with the highest level of fat (0.782 vs. 0.868 g/d; P = 0.0001 in Exp. 1, and 0.745 vs. 0.865 g/d; P < 0.0001 in Exp.2). The same effect was observed with the nitrogen excreted as urine (0.702 vs. 0.822 g/d; P < 0.0001 in Exp. 1 and 0.694 vs. 0.7999 g/d; P = 0.014 in Exp.2). Although there were not differences in ERE, the energy excreted in faeces decreased as fat level increased (142 vs. 156 Kcal/d; P = 0.0004 in Exp. 1 and 144 vs. 154 g/d; P = 0.050 in Exp. 2). In Exp. 1 the energy excreted as urine and heat production was significantly higher when animals were fed with the highest level of dietary fat (216 vs. 204 Kcal/d; P < 0.017). It can be concluded that lard and palmkernel oil can be considered as alternative sources to soybean oil due to the reduction of the mortality, without negative effects on performances or nutrient retention. Inclusion of fish impaired animals´ productivity and mortality. An increase of the dietary fat level improved FCR and overall protein efficiency retention.

Vivienda colectiva, espacio público y ciudad : evolución y crisis en el diseño de tejidos residenciales, 1860-2010

Los tejidos residenciales son la componente esencial de nuestras ciudades, en particular si incluimos en ellos no solo los edificios de vivienda sino también los espacios públicos anexos (calles, avenidas, bulevares, plazas y jardines de barrio); así como otros edificios y usos complementarios o compatibles: parcelas destinadas a equipamientos escolares, deportivos, sociales, comerciales etc., a nivel de barrio o de distrito, edificios de oficinas públicos o privados insertos dentro de tramas prioritariamente residenciales, parcelas ocupadas por servicios urbanos imprescindibles (limpieza, bomberos, etc.).

Aplicación de los documentos reconocidos de evaluación de la demanda y certificación energética en España, para el diseño y análisis de tejidos urbanos : el caso de la intervención en barrios partiendo de criterios acústicos

El presente trabajo, trata del ahorro de energía en la edificación y en el urbanismo. Las premisas en este caso, son un contexto normativo europeo y nacional muy exigentes y encaminados de manera decidida hacia edificios cada vez más eficientes y económicos. Se centra el estudio en las decisiones iniciales que se adoptan sobre las condiciones de ocupación de la parcela urbana, las tipologías edificatorias más adecuadas, su morfología y escala y las consecuencias que tienen para el comportamiento energético final, tanto en términos objetivos como normativos. Se trata de cuantificar que suponen estas decisiones en términos de ahorro energético. Todo el análisis se realiza para un contexto climático concreto, el de la ciudad de Madrid. Para los análisis de las diferentes condiciones de implantación objeto del estudio, se han empleado unas herramientas informáticas singulares. Se trata de los programas de evaluación de la demanda y certificación energética de edificios, que el gobierno español pone a disposición de los usuarios de manera gratuita. Estas, son aplicaciones pensadas para la escala del edificio y/o parte de él, pero que con la metodología y simplificaciones que en el trabajo se detallan, pueden ser empleadas en la escala media de intervención urbana, tanto en nueva implantación como en rehabilitación. Hay que tener en cuenta que son estas aplicaciones las que se utilizarán en la mayoría de los casos como instrumento de evaluación y calificación del comportamiento energético de cada una de las unidades. Las tipologías objeto del estudio son: - Vivienda unifamiliar: aislada, pareada y adosada en hilera. - Bloque abierto - Bloque en H - Bloque en cruz - Torre - Manzana cerrada El contenido principal del trabajo se centra en el análisis individual de cada tipología y de su agrupación teórica sobre lo que podíamos llamar "unidad urbana", una manzana tipo de 10.000 m2, 1 ha. Se opta por esta unidad por tratarse de una superficie urbana lo suficientemente amplia para caracterizar la agrupación de las diferentes tipologías estudiadas y por adaptarse a las capacidades de las herramientas informáticas que se han utilizado. Se han analizado diferentes opciones tipológicas de ocupación, manteniendo constantes en todas las soluciones estudiadas, los siguientes parámetros: • el clima (Madrid), • la edificabilidad (en todas menos una en la que el modelo no permite alcanzar la edificabilidad de referencia), • la pureza formal del modelo, evitando los juegos compositivos de retranqueos y salientes de la envolvente que distorsionen el comportamiento de la volumetría primaria, • las soluciones constructivas de la envolvente y particiones interiores de los edificios, • las proporciones de huecos en la envolvente, • las soluciones de sus carpinterías y vidrios • y todas las condiciones operacionales que aplica el programa de simulación. Esta tesis, es un estudio analítico y evaluado, del comportamiento de cada uno de los tipos, su forma y posicionamiento en el espacio. Cada uno de los modelos se simula de manera individual y agrupados, con el fin de conseguir colmatar la edificabilidad de referencia sobre la parcela urbana de 1 ha. Todos los resultados se estudian de forma independiente y los resultados se expresan en diferentes tablas y un resumen en fichas individuales por tipos. La conclusión principal del trabajo es que la tipología elegida como contenedor residencial urbano determina en su elección acertada la primera medida de ahorro energético y reducción de emisiones cuantificables en más del 50% entre las tipologías más favorables y las más desfavorables. Una segunda parte del trabajo de investigación, consiste en la aplicación de esta metodología de simulación y empleando las mismas herramientas, en el estudio de casos reales en la comunidad de Madrid (principalmente en la ciudad de Madrid). El objetivo es validar el procedimiento y dichas herramientas, también para el caso de evaluación de tejidos urbanos consolidados. Como caso singular de estudio de rehabilitación urbana, se analizan las intervenciones de rehabilitación partiendo de criterios acústicos y las oportunidades que plantearía la inclusión de criterios térmicos aprovechando la sinergia entre ambas demandas, la de confort acústico y térmico. ABSTRACT This PhD work is about saving energy in buildings and urban planning. The premises in this case are a very demanding European and national policy, aimed decisively towards efficient and economic buildings. The study focuses on the initial decisions taken on the conditions of occupation of urban land, the most suitable building types, their morphology and scale and the implications for the final energy performance, always considering policy objectives. This essay tries to quantify how important this decisions are in energy savings terms. All analysis are performed for a particular climatic context, the city of Madrid. For the analysis of different implantation conditions under study, we have used a unique software tool. This software, a free tool available online, quantifies demand assessment and energy certification of buildings. It is designed for building scale and / or part of it. With the methodology and simplifications detailed in this paper, the software can be used in medium scale urban intervention. There are different types under study such as, isolated house, semi-detached, terraces row, open block, h block, cross block, tower, etc. The main content of the work focuses on the individual analysis of each type and its theoretical group, named urban unit group. This unit is chosen because it is an urban area large enough to characterize the grouping of the different types studied. It is also possible to simulate with the software tools. Different options of typological occupation have been analyzed taking in consideration the next parameters: climate, floor area, model formal purity, building envelope solutions and interior partitions of buildings, the proportions of voids in the facades. This thesis is an analytical and evaluated study of the behavior of each types, form and position in space. Each of the models is simulated individually and grouped, in order to get the reference buildable urban plot of 1 ha. All results are studied independently and the results are expressed in different tables and a summary in individual files by type. The main conclusion of the study is that the type chosen as urban residential container you choose determines the first step in successful energy savings and quantifiable reduction of emissions by more than 50% in the most favorable and the most unfavorable types. A second part of the research, is the application of this methodology and simulation using the same tools in the study of real cases in the community of Madrid (mainly in the city of Madrid). The aim is to validate the procedure and such tools, also for the case of evaluation of consolidated urban fabric. As a unique case study of urban renewal, rehabilitation interventions based on acoustic criteria and opportunities arise thermal criteria including leveraging the synergy between the two demands, acoustic and thermal comfort are analyzed.

Introducción a la Histología General Animal: concepto de tejido

Tutorial sobre el concepto de tejido.

Participación colaborativa de alumnos mayores en prácticas experimentales de laboratorio y en casos de aprendizaje basado en problemas de asignaturas de Ciencias de la Salud

El envejecimiento de la población requiere educar a los mayores en hábitos de salud para obtener mejor calidad de vida y asegurar estados de mayor autonomía y menor dependencia. Algunas actividades formativas de la Universidad Permanente de la Universidad de Alicante (UPUA) están orientadas a que el alumno adopte un estilo de vida lo más sano posible y conductas positivas de salud. Bajo estas premisas se han impartido 3 asignaturas de ciencias de la salud: “Biología: Bases celulares de la enfermedad” (BBCE), “Medicina básica: cambios del cuerpo humano” (MBCCH) y “Medicina básica: fundamentos de patología humana” (MBFPH). En ellas se fomentó la participación colaborativa de los alumnos para facilitar su aprendizaje implicándolos en tareas atractivas y motivadoras. En BBCE realizaron sencillas experiencias de laboratorio para conocer aspectos básicos del método de investigación científica. Los alumnos entendieron algunos mecanismos elementales del funcionamiento del cuerpo y el origen de ciertas enfermedades a través del conocimiento de la estructura y función de las células, tejidos y órganos. En MBCCH y MBFPH, se recurrieron a las técnicas didácticas de “Aprendizaje Basado en Problemas” (ABP) y “Juegos de rol” para hacer más evidentes las conclusiones de los casos planteados e interiorizar mejor el aprendizaje adquirido. En MBCCH los alumnos comprendieron los cambios debidos a la evolución natural del organismo humano a lo largo de la vida y durante el proceso de enfermar. En MBFPH profundizaron en los mecanismos que originan las principales enfermedades del organismo humano y en su prevención con hábitos saludables.

Metodología y evaluación innovadora en el aprendizaje de dos asignaturas de biología

Introducción de una metodología didáctica diferente a la tradicional, en dos asignaturas troncales de los estudios de Biología: Citología e Histología Vegetal y Animal (primer curso) y Bases Celulares de la Conducta (quinto cuso). Básicamente consiste en proporcionar a los alumnos, previamente y a través de Campus Virtual, los materiales necesarios para su aprendizaje (especialmente tutoriales y ejercicios). La estrategia fundamental es convertir el aula tradicional en un “taller” donde los alumnos, distribuidos en subgrupos de cinco, trabajan con los materiales aportados. Igualmente se les proporciona material de evaluación para que trabajando sobre preguntas, vayan realizando progresivamente una evaluación formativa. Los logros más relevantes fueron: 1) mejores resultados académicos al final del curso; 2) más participación en el aula; 3) mayor aprendizaje autónomo; 4) introducción del alumno en el manejo de enlaces específicos de Internet y en el uso del inglés como lengua científica fundamental, 5) mayor interacción con el profesor a través de las tutorías, tanto virtuales como personales y 6) suscitar una profunda reflexión sobre la excesiva burocratización de la Universidad que interfiere con una gestión ágil e innovadora del conocimiento.

Experiencia práctica de integración de conocimientos entre las asignaturas de Biología Marina e Inferencia Estadística de segundo curso de Biología

El marco docente de algunas asignaturas de la licenciatura de biología se ha enfocado desde sus comienzos con una perspectiva integradora de los conocimientos teóricos y prácticos. Sin embargo, la preparación del alumnado para el mundo laboral, exige además, que el alumno esté capacitado para integrar los conocimientos que en algunos casos están diseminados por diferentes materias y asignaturas. La elaboración de proyectos de investigación, ha sido utilizada en los tres últimos años por los profesores de Biología marina e Inferencia estadística, como herramienta de interconexión entre asignaturas. En este artículo, se relata la experiencia de diseño de prácticas trasversales, el trabajo de coordinación entre profesorado y la integración y complementariedad de contenidos y objetivos entre asignaturas, así como la descripción de la metodología aplicada y el diseño conceptual de dichas prácticas trasversales, partiendo de una propuesta de desarrollo de un proyecto de investigación por parte de los alumnos.

Presentaciones ppt Biochemistry I. Grado en Biología

Presentaciones de power point para el seguimiento de la asignatura Biochemistry I, grupo A.R.A. Primer curso del Grado en Biología. Universidad de Alicante

Evaluación del trabajo colaborativo en Iniciación a la Investigación en Biología

Tras el trabajo previo de diseño de la asignatura Iniciación a la Investigación en Biología, el equipo multidisciplinar de profesores y profesoras de la Red Docente INVES ha desarrollado una metodología propia de trabajo en equipo, no sólo entre el diferente profesorado que la compone, sino también con el profesorado de la asignatura Estadística, con la que se comparten objetivos de aprendizaje comunes. Se ha optimizado el sistema de evaluación del trabajo colaborativo del alumnado, mediante el uso de rubricas y auto-evaluación. Dicho trabajo consiste en el diseño y desarrollo de un proyecto de investigación bibliométrico de temática biológica realizado por los estudiantes, propiciando la adquisición de competencias transversales mediante una dinámica de trabajo en grupo que culmina en la edición de unas Jornadas Científicas. Por otra parte, se han consensuado criterios comunes de evaluación continua, mejorando en la eficiencia de la evaluación, y determinado un incremento de la capacidad de aprendizaje del alumnado a lo largo de los cursos 2010-11 al 2013-14. La oferta formativa se completa mediante la formación de un grupo de Alto Rendimiento Académico con docencia en lengua inglesa. Esto permite al alumnado implementar el objetivo general de compresión de lengua extranjera inglés en lo relativo al ámbito científico.

Seguimiento de la implantación del Grado en Biología. Estrategias para la coordinación docente

Durante el curso académico 2013-2014 ha tenido lugar la implantación del último curso del Grado en Biología. Esto permite hacer un análisis completo de la implantación del título así como un estudio sobre el diseño y desarrollo del Trabajo de fin de Grado y la adaptación del Programa de Prácticas externas. Estrategias de trabajo a través de las comisiones de semestre, comisión de garantía de calidad del Centro, reuniones con el alumnado, grupos de acción tutorial, etc. han permitido detectar anomalías y reforzar aspectos positivos para el correcto funcionamiento del título. Cabe resaltar la alta participación del alumnado en la asignatura optativa de prácticas externas, así como un número elevado de alumnos/as matriculados en las optativas de cuarto curso vinculadas al Itinerario 2: Biotecnología y Biosanitaria. En cuanto a los Trabajos de Fin de Grado en curso, destaca el elevado número de trabajos experimentales, seguidos de los bibliográficos y en menor medida, los vinculados a empresas/instituciones.

Importancia del uso de videos didácticos en la docencia presencial de las asignaturas de Biología

Existe una creciente utilización de los videos con fines didácticos en la enseñanza universitaria, de ahí la necesidad de un análisis en profundidad sobre los criterios de su uso para una docencia eficaz. El objetivo de éste trabajo es evaluar la pertinencia de los vídeos en la enseñanza de la Biología. En el estudio se han utilizado sendos cuestionarios, con Preguntas de Elección Múltiple, dirigidos a profesores y alumnos. Igualmente, empleando el programa HyperRESEARCH. se ha realizado un análisis cualitativo de las opiniones de los docentes implicados. El análisis estadístico de los datos se ha abordado con técnicas uni- y multivariantes. Los resultados ponen de manifiesto que tanto las opiniones de los alumnos como la de los profesores, abogan por la utilización de dichos recursos, resaltando los siguientes aspectos de los mismos: son escasamente utilizados, su uso en el aula está bien valorado, especialmente con fines demostrativos y los recursos que aporta la Universidad de Alicante son bien valorados. Aunque existen otros muchos datos relevantes, sin embargo, dada su dispersión, precisan de más estudios. En conclusión, podemos decir que los vídeos didácticos, aunque positivamente valorados, son escasamente utilizados.

Reflexiones tras la implantación del Grado en Biología en la UA

Con el curso académico 2013-2014 finaliza la implantación de los títulos de Grado en la Universidad de Alicante, y con ello se abre un período de análisis de este proceso que será la antesala de la evaluación y la acreditación de títulos. Los actuales títulos de Grado se diseñaron en un escenario socio-cultural-económico muy diferente al que se ha tenido durante el proceso de implantación. Los recortes en la financiación han sido el principal desencadenante de una dinámica en la que tanto aquellos involucrados en la gestión como los encargados de las tareas docentes han tenido que asumir la impartición de materias en grupos numerosos, con falta de recursos y una interpretación cuanto menos ambigua del concepto “evaluación continua”. Asimismo, los recortes en los programas de becas han tenido efectos tanto en el número y tipo de matrículas como en la participación del alumnado en programas de movilidad. Este trabajo pretende ser un resumen del análisis de resultados relativos a la implantación del Grado en Biología en la Universidad de Alicante para su posterior uso en el diseño de estrategias de mejora para la docencia en este título.

TRANSVERSA: coordinación de actividades transversales del módulo básico de los Grados en Biología y Ciencias del Mar

La coordinación transversal entre asignaturas es una oportunidad para que el alumnado mejore su aprendizaje. Más allá, la coordinación de la evaluación permite evaluar los conocimientos de una manera integral. Esto, además de ser uno de los objetivos marcados en el EEES, el alumnado lo percibe siempre como positivo. En nuestro caso, el profesorado de la red, ha trabajado llevando a cabo la coordinación de las tareas docentes para la evaluación conjunta de las asignaturas que participan de la coordinación transversal. El resultado es una planificación semanal de las actividades coordinadas, que permiten al alumnado preparar una comunicación científica en forma de presentación y de póster, de manera grupal, a lo largo de un semestre y coordinado entre las asignaturas. Los resultados indican que el alumnado lo valora positivamente, y que siempre espera más y mejor de estas experiencias.