Caratterizzazione Citogenetico-Molecolare delle alterazioni cromosomiche 3q26 e 1p36 nelle Sindromi Mieloproliferative

L’overespressione dei geni EVI1(3q26) e PRDM16(1p36), è descritta sia in presenza che in assenza di riarrangiamenti 3q26 e 1p36 in specifici sottogruppi citogenetici di LAM, ed è associata ad una prognosi sfavorevole. Lo scopo principale del nostro studio è stato identificare e caratterizzare tramite FISH e RQ-PCR, alterazioni di EVI1 e PRDM16 in pazienti con alterazioni cromosomiche 3q e 1p.Riarrangiamenti di EVI1 si associavano ad alterazioni cromosomiche 3q26, ma, in 6 casi (6/35;17,1%) erano presenti in assenza di coinvolgimenti, in citogenetica convenzionale, della regione 3q26, a causa di meccanismi complessi e/o alterazioni ‘criptiche’. Inoltre, abbiamo identificato quattro nuovi riarrangiamenti di EVI1, tra cui due nuove traslocazioni simili presenti in due fratelli. Riarrangiamenti e/o amplificazioni di PRDM16 erano spesso associate ad alterazioni 1p36 (7/14;50%). L’analisi di EVI1 e PRDM16 è stata estesa ad altri casi con alterazioni -7/7q-, con cariotipo normale, con alterazioni 3q per PRDM16 e con alterazioni 1p per EVI1. L’overespressione di EVI1 era presente solo nel gruppo -7/7q- (10/58;17.2%) ed in un caso si associava ad amplificazione genica, mentre PRDM16 era overespresso in casi di tutti i gruppi analizzati,sia con cariotipi complessi, dove si associava in alcuni casi ad amplificazione genica, sia con cariotipi normali o con singole alterazioni. Il nostro studio dimostra come la FISH permetta di identificare alterazioni dei geni EVI1 e PRDM16, anche in assenza di coinvolgimenti delle regioni 3q26 e 1p36. Riarrangiamenti complessi e/o una scarsa qualità dei preparati citogenetici sono le cause principali per la mancata identificazione di queste alterazioni. La RQ-PCR permette di identificare l’overespressione anche nei casi in cui non sia dovuta ad alterazioni citogenetiche. È importante confermare con FISH e/o RQ-PCR il coinvolgimento di questi due geni, per individuare alla diagnosi pazienti con prognosi sfavorevole e che potranno beneficiare di terapie maggiormente aggressive e/o di trapianto allogenico di cellule staminali.

New associations between native parasitoids and exotic insects introduced in Italy and in Europe

The introduction of exotic species is one of the most important threats to biodiversity.This phenomenon may cause economic and environmental damage. To prevent these invasions there are institutions like EPPO. Nevertheless, the introduction of exotic pests is an increasing issue, difficult to control. Classic biological control, based on importation of natural enemies from the country of origin, has been successfully used for over 120 years, but it has also raised some criticism. My research work has focused on the study of the new associations occurring between indigenous parasitoids and three exotic pests introduced in Italy and Europe. The three target insects considered were: Cacyreus marshalli Butler (Lepidoptera: Lycaenidae), a pest of Geranium plants; Dryocosmus kuriphilus Yasumatsu (Hymenoptera: Cynipidae), a plague of Castanea sp. and Harmonia axyridis (Pallas) (Coleoptera: Coccinellidae). This ladybug has been introduced as a biological control agent, but since some years it considered as an invasive species. For C. marshalli I performed laboratory tests on acceptance and suitability of immature stages of this butterfly by Exorista larvarum (Diptera: Tachinidae) and Brachymeria tibialis (Hymenoptera: Chalcidicae). The experiments showed that these two parasitoids could be used to contain this pest. For D. kuriphilus I performed field samplings in an infested chestnut area, the samples were maintained in rearing chamber until gall wasp or parasitoids emergence. In the 3-year research many parasitoids of gall wasps were found; one of these, Torymus flavipes (Walker), was found in large number. For H. axyridis the research work included a first phase of field sampling, during which I searched indigenous parasitoids which had adapted to this new host; the only species found was Dinocampus coccinellae (Schrank) (Hymenoptera: Braconidae). Laboratory tests were performed on the wasp rearing, biology and capacity to contain H. axyridis.

Lo spazio senso-motorio come rappresentazione dei comportamenti intersoggettivi. Una nuova ipotesi sperimentale dalla filosofia alle neuroscienze

La ricerca ha preso le mosse da tre ipotesi fondamentali: 1) Esiste un legame tra processi cognitivi di basso ed alto livello; 2) Lo spazio senso-motorio è una percezione soggettiva; 3) Lo spazio senso-motorio varia in funzione delle diverse modalità di interazione sociale. La tesi sostiene che lo spazio senso-motorio si lascia modulare dalla semplice co-presenza di un altro agente umano e da interazioni cooperative e non cooperative. I capitoli I, II, III, hanno lo scopo di scomporre e spiegare il significato della prima, seconda e terza ipotesi; giungendo a formulare la tesi centrale che sarà poi dimostrata sperimentalmente nel capitolo IV. Il capitolo V introduce future linee di ricerca nell’ambito dell’etica proponendo una nuova ipotesi sul legame che potrebbe sussistere tra la percezione dello spazio durante l’interazione sociale e i giudizi morali. Il lavoro svolto chiama ad operare insieme diverse discipline che concorrono a formare le scienze cognitive: la storia della filosofia, la filosofia della mente contemporanea, la neuropsicologia sperimentale ed alcuni temi della psicologia sociale.

Caratteristiche biologiche e potenziale applicativo delle cellule staminali derivate da membrane fetali

La ricerca sulle cellule staminali apre nuove prospettive per approcci di terapia cellulare. Molta attenzione è concentrata sulle cellule staminali isolate da membrane fetali, per la facilità di recupero del materiale di partenza, le limitate implicazioni etiche e le caratteristiche delle popolazioni di cellule staminali residenti. In particolare a livello dell’epitelio amniotico si concentra una popolazione di cellule (hAECs) con interessanti caratteristiche di staminalità, pluripotenza e immunomodulazione. Restano però una serie di limiti prima di arrivare ad un’applicazione clinica: l’uso di siero di origine animale nei terreni di coltura e le limitate conoscenze legate alla reazione immunitaria in vivo. La prima parte di questo lavoro è focalizzata sulle caratteristiche delle hAECs coltivate in un terreno privo di siero, in confronto a un terreno di coltura classico. Lo studio è concentrato sull’analisi delle caratteristiche biologiche, immunomodulatorie e differenziative delle hAECs. L’interesse verso le caratteristiche immunomodulatorie è legato alla possibilità che l’uso di un terreno serum free riduca il rischio di rigetto dopo trapianto in vivo. La maggior parte degli studi in vivo con cellule isolate da membrane fetali sono stati realizzati con cellule di derivazione umana in trapianti xenogenici, ma poco si sa circa la sopravvivenza di queste cellule in trapianti allogenici, come nel caso di trapianti di cellule di derivazione murina in modelli di topo. La seconda parte dello studio è focalizzata sulla caratterizzazione delle cellule derivate da membrane fetali di topo (mFMSC). Le caratteristiche biologiche, differenziative e immunomodulatorie in vitro e in vivo delle mFMSC sono state confrontate con i fibroblasti embrionali di topo. In particolare è stata analizzata la risposta immunitaria a trapianti di mFMSC nel sistema nervoso centrale (CNS) in modelli murini immunocompetenti.

Utilizzo dell'ipossia come stimolo per il differenziamento condrocitico di cellule staminali.

Date le sollecitazioni meccaniche alle quali è sottoposta, la cartilagine, soprattutto quella articolare, è facilmente danneggiabile e la mancanza di vascolarizzazione la rende un tessuto incapace di auto-rigenerarsi. Il fallimento della chirurgia tradizionale ha incentivato negli ultimi venti anni lo sviluppo di nuove tecniche di ingegneria tissutale che prevedono la rigenerazione del tessuto cartilagineo in vitro, e il suo successivo impianto nella zona lesionata. Generalmente si preferisce utilizzare cellule staminali mesenchimali adulte (MSCs), e il tessuto adiposo si è rivelata la fonte di estrazione più conveniente.Inoltre le ATSCs (Adipose Tissue Stem Cells) possono essere facilmente isolate dalla componente vasculo-stromale (SVF) del tessuto adiposo prelevata in seguito a un intervento di liposuzione: quindi, a differenza delle MSCs estratte da midollo osseo (BMSCs- Bone Marrow Stem Cells), la loro estrazione dal paziente richiede un intervento meno invasivo e meno rischioso. Il tessuto cartilagineo non è raggiunto dai vasi sanguigni, e la sua formazione nella fase embrionale avviene ad una concentrazione di O2 notevolmente inferiore a quella ambientale. Questo ha indotto gli studiosi a pensare che un ambiente ipossico possa non soltanto favorire il differenziamento condrogenico di cellule staminali in coltura, ma anche facilitare il mantenimento del fenotipo condrocitico, mimando l'ambiente fisiologico avascolare della cartilagine.Lo scopo di questa tesi è stato la messa a punto di un protocollo di coltura cellulare in condizioni di ipossia per indurre differenziamento condrogenico di ATSCs. La metodica standardizzata verrà impiegata in laboratorio per sviluppare la ricerca di base nello studio della rigenerazione della cartilagine.

Crescita di nanoparticelle in flusso di gas inerte

Lo scopo della seguente tesi è quello di illustrare la disposizione dei campioni di sistemi binari Mg Pd e di deposizioni singole di Ti, nell’abito di due progetti di ricerca, l’SSHS, Solide State Hydrogen Storage nell’ambito dell’Azione COST, e la produzione di titania (TiO2) per la fotocatalisi, sintetizzati in differenti reggimi di flusso di gas d’He, realizzando la crescita con il metodo IGC. Sono state illustrate le nuove proprietà e i metodi di formazione dei materiali nanostrutturati, per poi passare alla descrizione dell’apparato dove sono stati prodotti i campioni, con la conseguente spiegazione della progettazione del controllore di flusso dei sistemi di alimentazione e interfacciamento di quest’ultimo. Dopo un’accurata analisi al microscopio elettronico, `e stata descritta la morfologia dei campioni a due diversi reggimi di flusso di gas He, per i campioni di Mg Pd non sono state apprezzate differenze al variare del flusso, per il Ti, invece, si può notare una variazione morfologica legata alle dimensioni.

Dispositivi di ultima generazione per l'immunorivelazione di marcatori proteici in fase solida

Oggetto della presente tesi di Laurea è lo studio delle nuove tecnologie disponibili per l’immunorivelazione di marcatori proteici in fase solida. Particolare attenzione è stata rivolta alle problematiche e alle esigenze tecniche nella quantificazione del complesso proteico in esame a seguito della rivelazione di un segnale, testimone proporzionale della grandezza biologica in esame. In altre parole l’identificazione e la quantificazione di proteine di interesse avviene a valle di un processo, chiamato “western blotting”, che genera un segnale (colore, luce, fluorescenza) al quale riferire la sostanza molecolare della misura. L’accuratezza della quantificazione, a seguito degli errori sperimentali dovuti alla tecnologia, rappresenta un problema complesso nella pratica biochimica e nello studio dei fenomeni di variazione dell’espressione genica, ovvero del fenotipo, in un organismo. Il primo capitolo si apre con la descrizione del processo di discriminazione delle proteine in base al loro rapporto carica/massa molecolare tramite elettroforesi su gel. Il capitolo prosegue con la disamina della tecnologia di ultima generazione per la visualizzazione delle proteine risolte e la loro eventuale quantificazione, paragonandone le prestazioni rispetto ai sistemi di visualizzazione e quantificazione classici. Argomenti del secondo capitolo sono lo studio delle prestazioni delle nuove tecnologie per l’esecuzione del “blotting” su supporto solido e per l’incubazione delle proteine con immunoglobuline. Seguono, rispettivamente nei capitoli terzo e quarto, l’analisi delle tecnologie analogiche e digitali per la rivelazione del segnale e la quantificazione tramite opportuni software.

Functional and Genetic characterization of new genomic islands from an E. coli strain associated with neonatal meningitis.

Enterobacteriaceae genomes evolve through mutations, rearrangements and horizontal gene transfer (HGT). The latter evolutionary pathway works through the acquisition DNA (GEI) modules of foreign origin that enhances fitness of the host to a given environment. The genome of E. coli IHE3034, a strain isolated from a case of neonatal meningitis, has recently been sequenced and its subsequent sequence analysis has predicted 18 possible GEIs, of which: 8 have not been previously described, 5 fully meet the pathogenic island definition and at least 10 that seem to be of prophagic origin. In order to study the GEI distribution of our reference strain, we screened for the presence 18 GEIs a panel of 132 strains, representative of E. coli diversity. Also, using an inverse nested PCR approach we identified 9 GEI that can form an extrachromosomal circular intermediate (CI) and their respective attachment sites (att). Further, we set up a qPCR approach that allowed us to determine the excision rates of 5 genomic islands in different growth conditions. Four islands, specific for strains appertaining to the sequence type complex 95 (STC95), have been deleted in order to assess their function in a Dictyostelium discoideum grazing assays. Overall, the distribution data presented here indicate that 16 IHE3034 GEIs are more associated to the STC95 strains. Also the functional and genetic characterization has uncovered that GEI 13, 17 and 19 are involved in the resistance to phagocitation by Dictyostelium d thus suggesting a possible role in the adaptation of the pathogen during certain stages of infection.

Strategie competitive nel settore dei videogiochi: Il caso di take-two interactive

Partendo da un’analisi di mercato che si sviluppa meglio con una segmentazione, andremo ad analizzare il settore degli editori di videogiochi, le loro quote di mercato e come si stanno evolvendo per rimanere al passo con la tecnologia in un settore con forte competizione. Lo scopo di questa tesi è spiegare il successo della Take Two Interactive descrivendo la sua storia, le strategia che ha adottato negli anni per arrivare a competere con altri grandi editori e come si sta approcciando alle nuove tecnologie, all’evoluzione dei comportamenti d’acquisto dei consumatori e ai nuovi mercati emergenti.

Lipid quality and oxidative stability in food products from animal origin, as affected by breeding factor

Nowadays it is requested more investigations on alternative rearing systems that are able to improve poultry welfare and to warrant high-quality and safe meat products. This thesis work was focused on the evaluation of the oxidative stability of poultry meats, obtained with different rearing systems, diets (supplemented with bioactive compounds), and packaging conditions. The thesis work was divided into the following parts: - Evaluation of the effects of different rearing systems on the quality, fatty acid composition and oxidative stability of poultry thigh and breast meat belonging to different product categories (“rotisserie” and “cut-up” carcasses); - Evaluation of the effects of different rearing systems and packaging conditions on the shelf-life of poultry thigh meat stored at 4°C for 14 days, and the effects of feed supplementation with thymol (control diet and diet with 2 different concentration of thymol) and packaging conditions on lipid oxidation of poultry thigh meat shelf-life (stored at 4°C for 14 days). The oxidative stability of poultry meat was studied by means of the spectrophotometric determinations of peroxide value and thiobarbituric acid reactive substances. - Evaluation of anti-inflammatory effects of different flavonoids (thymol, luteolin, tangeretin, sulforaphane, polymethoxyflavones, curcumin derivates) to detect their biological activity in LPS-stimulated RAW 264.7 macrophage cells in vitro, in order to study more in depth their action mechanisms. It was evaluated the cell vitality (MTT assay), nitrite concentration and protein profile. The study was focused on the identification of potential dietary bioactive compounds in order to investigate their biological activity and possible synergic effects, and to develop new suitable strategies for long-term promotion of human health, in particular against cancer.

E-business: Management e strategia nell'era di internet

Le tecnologie sviluppatesi a cavallo del nuovo millennio hanno dato e stanno dando un grande impulso all'evoluzione dei processi che riguardano qualsiasi campo della vita di oggigiorno: tutto ciò riguarda ovviamente anche le aziende, che si adoperano nel trovare nuove soluzioni che possano garantire profitti maggiori abbinati a costi di gestione minori. Risulta quindi interessante approcciarsi allo studio dei processi decisionali ed organizzativi che interessano un'azienda e come i suddetti vengano influenzati dall'uso delle tecnologie. In particolare, l'adattamento delle strategie e dei modelli di business alle tecnologie odierne è una sfida interessante e ripetuta nel tempo, in quanto le tecnologie si sviluppano e si evolvono in tempi sempre più brevi, con tutti i vantaggi ed i rischi del caso. Questa tesi si pone l'obiettivo di analizzare i temi inerenti all'E-Business, ovvero l'applicazione delle Information and Communication Technologies (ICT) in supporto alle attività di business di un'azienda. Verrano esaminati in che modo un'impresa deve approcciarsi per sviluppare ed implementare una strategia e-business, quali sono i fattori che influenzano una strategia, quali sono i vantaggi e gli svantaggi dell'adozione di tale strategia.

Molecular and functional characterization of the chemotactic genes in the PCBs-degrader Pseudomonas pseudoalcaligenes KF707

Although bacteria represent the simplest form of life on Earth, they have a great impact on all living beings. For example the degrader bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes KF707 is used in bioremediation procedures for the recovery of polluted sites. Indeed, KF707 strain is know for its ability to degrade biphenyl and polychlorinated biphenyls - to which is chemotactically attracted - and to tolerate the oxydative stress due to toxic metal oxyanions such as tellurite and selenite. Moreover, in bioremediation processes, target compounds can be easily accessible to KF707 through biofilm formation. All these considerations suggest that KF707 is such a unique microorganism and this Thesis work has been focused on determining the molecular nature of some of the peculiar physiological traits of this strain. The genome project provided a large set of informations: putative genes involved in the degradation of aromatic and toxic compounds and associated to stress response were identified. Notably, multiple chemotactic operons and cheA genes were also found. Deleted mutants in the cheA genes were constructed and their role in motility, chemotaxis and biofilm formation were assessed and compared to those previously attributed to a cheA1 gene in a KF707 mutant constructed by a mini-Tn5 transposon insertion and which was impaired in motility and biofilm development. The results of this present Thesis work, taken together, were interpreted to suggest that in Pseudomonas pseudoalcaligenes KF707 strain, multiple factors are involved in these networks and they might play different roles depending on the environmental conditions. The ability of KF707 strain to produce signal molecules possibly involved in cell-to-cell communication, was also investigated: lack of a lux-like QS system - which is conversely widely present in Gram negative bacteria – keeps open the question about the actual molecular nature of KF707 quorum sensing mechanism.

Nothing ever ends: il concetto di fine negli universi seriali

L'oggetto principale di questa tesi è il concetto di fine negli universi seriali. Spesso si intende il “The End” in un romanzo o in un film come un momento climatico, e che i finali sono collegati ad una teleologia che guida il testo nel suo insieme. Come risultato di questo modo di approcciare i finale, una delle opinioni più comuni è simile a quella di Henry James [1884] che diceva: “distribution at the last of prizes, pensions, husbands, wives, babies, millions, appended paragraph, and cheerful remarks”. Ma è molto difficile applicare la posizione di James a un romanzo modernista o a un film postmoderno e ancor ameno ai cosiddetti universi narrativi seriali, in cui la storia si sviluppa lungo decenni. Nel nostro contemporaneo panorama mediale, il testo non è più concepito come un'opera, ma deve essere costruito e concepito come un network, un ecosistema in cui nuove connessioni economiche e nuove relazioni bottom-up modellano una struttura inedita. Questa nuova struttura può riconfigurare il senso del finale e della fine, ma anche per le vast narratives spesso si dice che “Il finale non corrispondeva alla spirito della storia”, “il finale era deludente”. Potremmo sostenere che il concetto di finale sia ancora importante, nonostante sia stato superato dal punto di vista teorico. Per analizzare se il finale è costruito in un maniera non-lineare ma percepito come teleologico, la tesi è strutturata in due parti e di quattro capitoli. Prima parte “Storia” [1. Letteratura; 2. Cinema], seconda “Forme/strutture” [3. Transmedia; 4. Remix]

Il ruolo della metafora nella comunicazione della fisica contemporanea

Il presente lavoro si rivolge all’analisi del ruolo delle forme metaforiche nella divulgazione della fisica contemporanea. Il focus è sugli aspetti cognitivi: come possiamo spiegare concetti fisici formalmente complessi ad un audience di non-esperti senza ‘snaturarne’ i significati disciplinari (comunicazione di ‘buona fisica’)? L’attenzione è sulla natura stessa della spiegazione e il problema riguarda la valutazione dell’efficacia della spiegazione scientifica a non-professionisti. Per affrontare tale questione, ci siamo orientati alla ricerca di strumenti formali che potessero supportarci nell’analisi linguistica dei testi. La nostra attenzione si è rivolta al possibile ruolo svolto dalle forme metaforiche nella costruzione di significati disciplinarmente validi. Si fa in particolare riferimento al ruolo svolto dalla metafora nella comprensione di nuovi significati a partire da quelli noti, aspetto fondamentale nel caso dei fenomeni di fisica contemporanea che sono lontani dalla sfera percettiva ordinaria. In particolare, è apparsa particolarmente promettente come strumento di analisi la prospettiva della teoria della metafora concettuale. Abbiamo allora affrontato il problema di ricerca analizzando diverse forme metaforiche di particolare rilievo prese da testi di divulgazione di fisica contemporanea. Nella tesi viene in particolare discussa l’analisi di un case-study dal punto di vista della metafora concettuale: una analogia di Schrödinger per la particella elementare. I risultati dell’analisi suggeriscono che la metafora concettuale possa rappresentare uno strumento promettente sia per la valutazione della qualità delle forme analogiche e metaforiche utilizzate nella spiegazione di argomenti di fisica contemporanea che per la creazione di nuove e più efficaci metafore. Inoltre questa prospettiva di analisi sembra fornirci uno strumento per caratterizzare il concetto stesso di ‘buona fisica’. Riteniamo infine che possano emergere altri risultati di ricerca interessanti approfondendo l’approccio interdisciplinare tra la linguistica e la fisica.

Una base dati per il knowledge discovery in genetica medica

L'innovazione delle tecnologie di sequenziamento negli ultimi anni ha reso possibile la catalogazione delle varianti genetiche nei campioni umani, portando nuove scoperte e comprensioni nella ricerca medica, farmaceutica, dell'evoluzione e negli studi sulla popolazione. La quantità di sequenze prodotta è molto cospicua, e per giungere all'identificazione delle varianti sono necessari diversi stadi di elaborazione delle informazioni genetiche in cui, ad ogni passo, vengono generate ulteriori informazioni. Insieme a questa immensa accumulazione di dati, è nata la necessità da parte della comunità scientifica di organizzare i dati in repository, dapprima solo per condividere i risultati delle ricerche, poi per permettere studi statistici direttamente sui dati genetici. Gli studi su larga scala coinvolgono quantità di dati nell'ordine dei petabyte, il cui mantenimento continua a rappresentare una sfida per le infrastrutture. Per la varietà e la quantità di dati prodotti, i database giocano un ruolo di primaria importanza in questa sfida. Modelli e organizzazione dei dati in questo campo possono fare la differenza non soltanto per la scalabilità, ma anche e soprattutto per la predisposizione al data mining. Infatti, la memorizzazione di questi dati in file con formati quasi-standard, la dimensione di questi file, e i requisiti computazionali richiesti, rendono difficile la scrittura di software di analisi efficienti e scoraggiano studi su larga scala e su dati eterogenei. Prima di progettare il database si è perciò studiata l’evoluzione, negli ultimi vent’anni, dei formati quasi-standard per i flat file biologici, contenenti metadati eterogenei e sequenze nucleotidiche vere e proprie, con record privi di relazioni strutturali. Recentemente questa evoluzione è culminata nell’utilizzo dello standard XML, ma i flat file delimitati continuano a essere gli standard più supportati da tools e piattaforme online. È seguita poi un’analisi dell’organizzazione interna dei dati per i database biologici pubblici. Queste basi di dati contengono geni, varianti genetiche, strutture proteiche, ontologie fenotipiche, relazioni tra malattie e geni, relazioni tra farmaci e geni. Tra i database pubblici studiati rientrano OMIM, Entrez, KEGG, UniProt, GO. L'obiettivo principale nello studio e nella modellazione del database genetico è stato quello di strutturare i dati in modo da integrare insieme i dati eterogenei prodotti e rendere computazionalmente possibili i processi di data mining. La scelta di tecnologia Hadoop/MapReduce risulta in questo caso particolarmente incisiva, per la scalabilità garantita e per l’efficienza nelle analisi statistiche più complesse e parallele, come quelle riguardanti le varianti alleliche multi-locus.