Stratégie de détection des anomalies chromosomiques dans les leucémies aiguës pédiatriques

L’analyse des anomalies génomiques récurrentes est importante pour établir le diagnostic, le pronostic et pour orienter la thérapie des leucémies aiguës pédiatriques. L’objectif de notre étude est d’élaborer une stratégie optimale pour détecter les anomalies chromosomiques dans les leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) et myéloïdes (LAM) des enfants. Pour ce faire, nous avons caractérisé au caryotype, avec des panels d’hybridation in situ en fluorescence (FISH), par RT-PCR et par l’index d’ADN 253 leucémies de novo reçues au CHU Sainte-Justine entre 2005 et 2011 (186 LAL-B, 27 LAL-T et 40 LAM). Nous avons réussi à optimiser la détection des anomalies chromosomiques dans les trois types de leucémies, avec des fréquences de 93,5% dans les LAL-B (174/186), 66,7% dans les LAL-T (18/27) et 90% dans les LAM (36/40). Nos résultats suggèrent d’utiliser plusieurs tests génétiques concomitants afin d’optimiser la détection des anomalies génomiques dans les LAL et les LAM de novo pédiatriques.

Sensibilisation aux émotions et formation de représentations par biofeedback social - Une révision du modèle et ses implications cliniques

Peu différenciées à la naissance, les émotions deviendraient intelligibles en étant élevées à la conscience par le développement d’une sensibilité aux sensations internes accompagnant l’émotion, sa représentation et sa symbolisation (Gergely & Watson, 1996). La théorie du miroir affectif-parental du biofeedback social de Gergely & Watson (1996), poussée plus loin par Fonagy, Gergely, Jurist et Target (2002), explique comment une interaction de biofeedback social complexe, innée, et probablement implicite, s’établit entre parent et nouveau-né pour aider ce dernier à différencier les somatosensations accompagnant l’expérience d’une émotion, au travers d’un comportement parental de miroir. Le but de cette thèse est de réviser cette théorie, et plus particulièrement l’hypothèse du miroir « marqué » (markedness), qui serait nécessaire pour dissocier le miroir parental du parent, et permettre l’appropriation de son contenu informationnel par l’enfant. Ce processus de sensibilisation est conçu comme partie intégrante du travail de symbolisation des émotions chez les enfants autant que chez les adultes. Cependant, le miroir marqué se manifestant par une expression exagérée ou « voix de bébé » (motherese) nécessiterait l’utilisation par le thérapeute d’une « voix de patient » (therapese) (Fonagy, 2010) pour être appliqué à la psychothérapie adulte, une proposition difficile à soutenir. La révision examine comment la sensibilisation d’une émotion est accomplie : par un mécanisme d’internalisation nécessitant un miroir « marqué » ou par un mécanisme de détection de la contingence de l’enfant. Elle démontre que le détecteur de contingence du nouveau-né (d’un fonctionnement semblable au système d’entraînement par biofeedback pour adultes) est le médiateur des fonctions de sensibilisation, de représentation, et de symbolisation de la ii sensation d’une émotion par ses processus de détection de la covariance-invariance, de la maximisation, et du contrôle contingent du miroir parental. Ces processus permettent à l’émotion de devenir consciente, que le miroir parental soit ‘marqué’ ou non. Le modèle révisé devient donc applicable à la thérapie des adultes. Une vignette clinique analysée à l’aide de la perspective du Boston Change Process Study Group sur le changement est utilisée pour contraster et illustrer les processus de sensibilisation et de symbolisation des émotions, et leur application à la psychothérapie adulte. Cette thèse considère les implications cliniques du nouveau modèle, et elle spécule sur les conséquences de difficultés parentales vis-à-vis de la disponibilité requise par les besoins de biofeedback social du nouveau-né, et sur les conséquences de traumatismes déconnectant des émotions déjà sensibilisées de leurs représentations. Finalement, elle suggère que le miroir sensible des émotions en thérapie puisse remédier à ces deux sortes de difficultés, et que le modèle puisse être utilisé concurremment à d’autres modèles du changement, en facilitant la génération d’états internes ressentis et symbolisés pouvant être utilisés pour communiquer avec soi-même et les autres pour la réparation de difficultés émotionnelles et relationnelles chez les enfants et les adultes.

Recherche de champs magnétiques chez les étoiles Wolf-Rayet par l'analyse d'observations spectropolarimétriques.

Cette thèse de doctorat présente les résultats d'un relevé spectropolarimétrique visant la détection directe de champs magnétiques dans le vent d'étoiles Wolf-Rayet (WR). Les observations furent entièrement obtenues à partir du spectropolarimètre ESPaDOnS, installé sur le télescope de l'observatoire Canada-France-Hawaii. Ce projet débuta par l'observation d'un étoile très variable de type WN4 appelée EZ CMa = WR6 = HD 50896 et se poursuivit par l'observation de 11 autres étoiles WR de notre galaxie. La méthode analytique utilisée dans cette étude vise à examiner les spectres de polarisation circulaire (Stokes V) et à identifier, au travers des raies d'émission, les signatures spectrales engendrées par la présence de champs magnétiques de type split monopole dans les vents des étoiles observées. Afin de pallier à la présence de polarisation linéaire dans les données de polarisation circulaire, le cross-talk entre les spectres Stokes Q et U et le spectre Stokes V fut modélisé et éliminé avant de procéder à l'analyse magnétique. En somme, aucun champ magnétique n'est détecté de manière significative dans les 12 étoiles observées. Toutefois, une détection marginale est signalée pour les étoiles WR134, WR137 et WR138 puisque quelques-unes de leur raies spectrales semblent indiquer la présence d'une signature magnétique. Pour chacune de ces trois étoiles, la valeur la plus probable du champ magnétique présent dans le vent stellaire est respectivement de B ~ 200, 130 et 80 G. En ce qui concerne les autres étoiles pour lesquelles aucune détection magnétique ne fut obtenue, la limite supérieure moyenne de l'intensité du champ qui pourrait être présent dans les données, sans toutefois être détecté, est évaluée à 500 G. Finalement, les résultats de cette étude ne peuvent confirmer l'origine magnétique des régions d'interaction en co-rotation (CIR) observées chez plusieurs étoiles WR. En effet, aucun champ magnétique n'est détecté de façon convaincante chez les quatre étoiles pour lesquelles la présence de CIR est soupçonnée.

Accumulation et résistance aux Philippines : conflits fonciers dans les hautes-terres du Negros Oriental

La convergence des crises mondiales financière, énergétique et alimentaire des dernières années a contribué à une intensification du contrôle de la terre par des intervenants étatiques et non-étatiques. Des entreprises nationales et transnationales, aidées par les gouvernements locaux, s’empressent d’acquérir de grandes superficies agricoles dans le but défini de produire des cultures de rentes pour la production d'agrocarburants. Parfois désigné « acquisition foncière », « investissement étranger en agriculture » ou « accaparement de terres », ce phénomène semble décrire le futur des politiques agricoles de nombreux pays. Aux Philippines, plusieurs accords sont en vigueur pour le développement de la filière des agrocarburants. Selon le gouvernement du pays, ces ententes, en plus de dynamiser le secteur de l’agriculture, peuvent générer des effets positifs au sein des régions rurales en sécurisant une part des revenus des agriculteurs engagés dans ce type de production, tout en favorisant la pluriactivité dans ces mêmes régions. Cette recherche a été réalisée dans les hautes-terres du sud de la province de Negros Oriental, où 10 000 hectares de terres agricoles ont été concédés à une entreprise coréenne spécialisée dans la production d’éthanol. Cette acquisition a mené à un processus d’exclusion et de dépossession par les élites traditionnelles au détriment des populations jusqu’alors tournées vers les productions vivrières. Ces populations ont été expulsées de la terre et privées des ressources constituant l’essentiel de leurs revenus. Suite à l’opposition des paysans, plusieurs détachements militaires se sont installés dans la région, menant à une intensification des conflits. Plusieurs unités paramilitaires se partagent dorénavant l’espace occupé initialement par ces paysans qui ont dû quitter en raison de l’augmentation de l’intimidation et de la violence. Cette recherche a permis d’examiner les façons dont les accaparements des terres transforment le système foncier antérieur à l'entente et modifient les conditions socioéconomiques d’une région caractérisée par un système hybride de production.

Territoire post-industriel en transition: entre vulnérabilité contemporaine et résilience territoriale. Les cas de Manchester et de Charleroi

La vulnérabilité territoriale post-industrielle implique des choix stratégiques en matière de réhabilitation, de requalification ou de destruction d’un patrimoine existant, qu’il soit à l’échelle du bâti, du quartier, voire de l’ensemble d’un territoire. La recherche cible la problématique de requalification des friches du Val-de-Sambre, territoire transfrontalier franco-belge, de la période industrielle (1850-1950) jusqu’à aujourd’hui en vue de l’amélioration de son image par l’intégration du paradigme de résilience territoriale. Depuis plusieurs décennies, l’estampe de ce territoire, avec pour symbole deux centres urbains (Charleroi et Maubeuge), reste souvent dans l’inconscient collectif obscur et morose. Quels peuvent-être les vecteurs d’un redressement territorial durable et les indicateurs de résilience de ces régions européennes de tradition industrielle (R.E.T.I.) ?

Recompositions de l’espace Taï et gouvernance du parc national dans un contexte de crise (Sud-Ouest de la Côte d’Ivoire)

Le Sud-Ouest ivoirien, auquel appartient l’espace Taï, est une région d’immigration où se sont installés à partir de 1965 des allochtones (ivoiriens venant d’autres régions) et des allogènes originaires des pays voisins pour l’agriculture de rente. Cela a engendré la raréfaction des terres qui s’est transformée en conflits fonciers permanents entre les autochtones et les immigrés, installant ainsi un climat de méfiance entre les communautés. Or, la gestion participative des ressources naturelles impliquant les communautés locales, recommandée voire imposée pour la conservation de la nature, repose sur l’argument fondamental selon lequel le capital social, dont disposent les communautés rurales, constitue un atout important pour l’implémentation de cette gestion. La gouvernance du parc national de Taï s’inscrit dans cette vision. Mais l’environnement conflictuel dans lequel se trouve l’espace Taï est défavorable à la gestion participative. Cette situation a négativement impacté le capital social, nuisant ainsi les actions de l’OIPR qui reposent sur la participation des différentes communautés locales pour la conservation du parc national.

Étude de l'association entre la sévérité des traumatismes crâniens et les inégalités sociales.

Introduction : La réduction des inégalités sociales de santé est un objectif de santé publique au Canada. Les liens entre les facteurs socio-économiques et les traumatismes en général ont été abondamment mesurés et illustrés notamment en pédiatrie, mais l’association entre les traumatismes crâniens et les inégalités sociales n’est pas assez investiguée dans la littérature. L’intérêt de ce travail en santé publique nous permettra de mieux connaitre les liens entre la défavorisation et les traumatismes crâniens particulièrement la sévérité. Objectif : L’objectif général de cette étude est d’examiner la relation entre les traumatismes crâniens et le statut socio-économique. Méthode : L’échantillon comprend 2269 patients ayant consulté le service d’urgence de l’Hôpital du Sacré Coeur de Montréal entre le 17 Mars 2008 et le 11 Janvier 2012, âgés de 14 ans et plus et habitant Montréal et Laval. Des analyses de régression logistiques ont été appliquées pour examiner la relation entre le quintile du statut socio-économique (mesuré à l’aide d’un proxy écologique) et la sévérité du traumatisme crânien (mesuré à l’aide de la tomodensitométrie). Résultat : A Montréal et à Laval, la cote d’avoir un scan normal est plus élevée chez les patients de quintile de revenu plus pauvre Q1 par rapport au quintile de revenu plus riche Q5, avec les valeurs respectives de 1,104 et 1,522 pour les régions de Montréal et Laval. A Laval lorsqu’on passe du quintile le plus pauvre Q1 au quintile le plus riche Q5, les cotes diminuent de 1,522 pour Q1; 1,302 pour le quintile de revenu bas; 1,126 pour le quintile de revenu moyen; 1,176 pour le quintile élevé à 1 pour le quintile le plus riche (quintile de référence). Conclusion : Bien que la relation entre les traumatismes et le statut socio-économique soit non significative, plusieurs questions se posent à travers ce mémoire notamment les causes différentes du traumatisme crânien en fonction du statut socio-économique et le territoire de résidence. D’autres recherches plus approfondies seraient utiles pour mieux informer les programmes de santé publique. Mots Clés : Traumatisme crânien, Statut socio-économique, Santé publique, Inégalités sociales, Chutes, Accidents de la route, Causes de traumatisme, Quintile de revenu

Charge virale des papillomavirus et transmission entre partenaires

L’histoire naturelle et la progression des infections au VPH (virus du papillome humain) sont bien décrites. Cependant, la dynamique de transmission reste faiblement documentée. Une meilleure compréhension de la dynamique de transmission ainsi que de ses facteurs de risque permettrait d’optimiser les stratégies de prévention afin de réduire la prévalence de ces infections dans la population par la vaccination et les méthodes contraceptives. Notre étude vise à déterminer si la charge virale des infections au VPH influence leur transmission entre les partenaires sexuels. Pour ce faire, l’association entre la charge virale au niveau des organes génitaux et la concordance spécifique de type des infections prévalentes au VPH a été évaluée pour 250 couples hétérosexuels récemment formés. Les charges virales de VPH16 (r = 0.30), de VPH18 (r = 0.50) et de VPH51 (r = 0.19) étaient significativement corrélées (p < 0.05) entre les deux partenaires sexuels, contrairement à celles de VPH31 (r = 0.08) et de VPH42 (r = -0.1). Lorsqu’ajusté en fonction de l’âge des participants, une charge virale élevée augmentait significativement le taux de détection du même type chez le partenaire pour les types 16, 31 et 51. Ainsi, dans les couples hétérosexuels récemment formés, des charges virales élevées sont associées à une détection accrue du même type chez le partenaire sexuel.

Transmission de Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis dans les troupeaux de bovins laitiers et dépistage de l’infection par la culture de l’environnement au Québec

Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) cause la maladie de Johne, une maladie chronique et incurable affectant les ruminants partout dans le monde. Plusieurs pays ont mis en place des programmes de contrôle afin de prévenir la transmission entre et au sein des troupeaux. Afin d’arriver à prévenir et contrôler cette maladie, une bonne compréhension des facteurs de risque impliqués dans la transmission est essentielle. Des tests diagnostiques performants et à coût abordable sont aussi nécessaires afin de détecter la présence du MAP et/ou les animaux infectés. L’objectif de la première étude était de réviser systématiquement la littérature scientifique concernant les facteurs de risque associés à la transmission du MAP aux génisses laitières. La présence d’une association significative entre les facteurs de risque concernant l’environnement néonatal, le colostrum, le lait, le logement des veaux et le contact des veaux avec le fumier de vaches adultes et la transmission du MAP a été compilée de 23 articles. Le contact des veaux avec le fumier de vaches adultes est le facteur de risque le plus important dans la transmission du MAP. L’objectif de la seconde étude était d’évaluer la relation entre le nombre d’échantillons de l’environnement positifs pour le MAP et la prévalence individuelle d’excrétion fécale dans les troupeaux laitiers entravés du Québec. Le nombre de cultures positives d’échantillons de l’environnement s’est avéré associé à la prévalence individuelle d’excrétion fécale du MAP. Une association significative a été trouvée entre la présence d’une forte charge bactérienne dans un échantillon de fumier individuel et la détection du MAP dans l’environnement.

Mammite bovine à Escherichia coli : identification et caractérisation de la persistance

Escherichia coli est un agent de mammites environnementales. Par contre, E. coli peut persister dans la glande mammaire. Les objectifs de cette étude étaient de confirmer la présence d’infection persistante chez des vaches laitières canadiennes et d’identifier la possibilité de contagion entre les quartiers d’une vache dans une cohorte de 91 fermes suivies durant deux ans. De plus, les souches persistantes ont été comparées à des souches transitoires. Les profils génétiques ont été obtenus à l’aide de l’électrophorèse sur gel en champs pulsés. La détection de la résistance pour sept antibiotiques s’est faite par microdilution. Vingt-sept gènes de virulence ont été déterminés par hybridation sur colonies. De la persistance a été détectée chez 18 vaches et de la contagion entre quartiers, chez deux vaches. La proportion de résistance chez les E. coli persistants était de 0,0 % (enrofloxacin) à 27,8 % (ampicilline et tétracycline) et de 0,0 % (enrofloxacin) à 16,8 % (tétracycline) pour les E. coli transitoires. Pour chacune des résistances additionnelles, les probabilités d’être une souche persistante augmentaient par un facteur 1,6 (95% IC : 1.1, 2.4). Une souche résistante à l’ampicilline et à la céphalothine avait une plus forte probabilité d’être persistante. Une souche possédant le gène iroN avait 5.4 fois plus de probabilité (95% IC: 1.2, 24.0) d’être persistante. Aussi, une souche positive pour le gène sitA avait 8.6 fois plus de probabilité (95% IC: 2.8, 27.1) d’être persistante. En conclusion, cette étude confirme qu’E. coli peut persister dans la glande mammaire des vaches laitières canadiennes et que ces E. coli sont différents de ceux impliqués lors d’infection transitoire.

Les discours ruraux, urbains et périurbains du cinéma québécois

Ce projet s’intéresse aux représentations que fait le cinéma des territoires et à la manière dont ces représentations reflètent des grands enjeux socio-spatiaux. L’espace cinématographique devient une clé d’entrée pour l’analyse géographique. Cette analyse porte plus particulièrement sur les représentations que fait le cinéma québécois contemporain des espaces urbains, ruraux et périurbains. Les récits et les représentations spatiales qui les composent se positionnent souvent sur les enjeux socio-spatiaux, produits par l’histoire nationale et les processus socioéconomiques. La proposition d’analyser les représentations cinématographiques en lien avec le contexte socioéconomique vise deux principaux objectifs conceptuels. D’une part, elle s’intéresse à une meilleure compréhension du façonnement des discours sur l’espace, en ce qui a trait à leur émergence et leur négociation. D’autre part, l’analyse vise une définition élargie des espaces ruraux, urbains et périurbains contemporains, en révélant la complexité et simultanément, la simplification dont ils font l’objet, ainsi que les enjeux qui leurs sont associés. Il s’agit d’exploiter la cinématographie québécoise comme un outil d’analyse qui permet de dévoiler la diversité des discours socio-spatiaux. Des approches quantitatives et qualitatives d’interprétation des discours sont jumelées pour réaliser une analyse complète. La méthode retenue est l’analyse critique du discours (ACD), qui tient compte des rapports idéologiques et vise à la dénaturalisation du discours. En quelques mots, l’analyse consiste en l’identification de relations entre les représentations spatiales et le contexte socioéconomique duquel elles ont émergé. Le cadre opérationnel est constitué d’un corpus de 50 films québécois réalisés entre 1980-2008, « lus » à l’aide d’une grille de lecture originale et analysés avec des méthodes d’analyse spatiale et statistique, combinées à une interprétation qualitative. L’analyse quantitative révèle que le monde urbain et le monde rural sont souvent mis en opposition. Les films font de Montréal le principal pôle urbain, tandis que le reste du Québec est associé au milieu rural. Influencées par les flux culturels et économiques globaux, les représentations montréalaises suggèrent une ville fragmentée et continuellement en mouvement. En opposition à ces représentations urbaines, les cinéastes envisagent l’espace rural comme étant exempt de travail, axé sur le chez-soi et doté d’un esprit communautaire. Il est suggéré que la ville, toujours en croissance, restreint les possibilités d’un développement communautaire fort. Face à une ville transformée par la globalisation et en perte d’authenticité, une forme de régionalisme est observée. Ce dernier associe un ensemble de valeurs à une communauté ou à un territoire, afin de se distinguer devant des forces globalisantes qui semblent homogénéiser les valeurs. Pourtant, l’analyse quantitative laisse voir des contradictions au sein de chaque entité géographique ou milieu. L’analyse qualitative permet d’approfondir l’interprétation et révèle sept grands discours sur les espaces urbains et ruraux. Sont notamment identifiés des discours sur la contestation de la modernité urbaine, sur la réappropriation du milieu de vie par les citoyens et sur un espace rural parfois brutal. Cette analyse amène à conclure que la diversité des discours s’explique par l’hétérogénéité des pratiques socio-spatiales, qui remettent en question l’idée d’un discours national homogène. Cela témoigne de l’évolution et la négociation des regards que nous posons sur nos espaces. Au final, cette thèse contribue à une meilleure utilisation du matériel cinématographique comme support d’étude géographique en proposant une approche méthodologique claire et originale. Sur un plan conceptuel, elle rappelle la complexité et le dynamisme des représentations territoriales québécoises, ainsi que les stratégies de négociation des cinéastes face aux enjeux socio-spatiaux vécus dans la province.

La performance diagnostique des marqueurs tumoraux messagers dans le diagnostic et le suivi du cancer du sein

Selon plusieurs évidences, la présence de cellules tumorales occultes dans la circulation sanguine aux premières étapes du cancer du sein pourrait être à l’origine des lésions métastasiques. Plusieurs études de recherche ont montré que l’utilisation de la RT-PCR en temps réel pour la détection des cellules tumorales circulantes CTC offre la meilleure sensibilité dans la quantification des marqueurs tumoraux. Présentement de routine, le suivi du cancer du sein est réalisé par le dosage immunologique des marqueurs sériques CA15-3 et CEA. Cependant, la faible sensibilité de ces marqueurs aux stades précoces de la maladie et leur manque de spécificité tissulaire ne permet pas leur utilisation pour le diagnostic et le pronostic du cancer du sein. Le diagnostic de la maladie est plutôt basé sur l’analyse d’une biopsie de la tumeur ou des ganglions lymphatiques, des méthodes invasives, coûteuses et peu adaptées pour un suivi de routine dans l’évaluation du risque de rechute et de la réponse au traitement. Malgré les études, la détection de ces cellules dans les laboratoires hospitaliers est rare. Nous avons envisagé de mettre en place un nouveau test RT-PCR pour la détection de cellules malignes du cancer du sein dans la circulation. La spécificité et la sensibilité de plusieurs marqueurs potentiels ont été comparées. Le but ultime de ce projet est d’offrir la détection d’un ou d’une combinaison de ces marqueurs de routine aux patientes. Nos résultats montrent une corrélation positive entre l’expression des ARNm des marqueurs CK19 et de HER2 avec les données cliniques des patientes. De plus, la sensibilité et la spécificité des tests RT-PCR sont comparables à la littérature récente. Finalement, la comparaison de notre test avec le dosage immunologique des marqueurs tumoraux sériques CA15.3 et CEA a montré que la détection de la CK19 et de HER2 par RT-PCR est plus sensible chez les patientes de cancer du sein métastatique.

Rôle de l'AmtB dans la régulation de la nitrogénase et la production d'hydrogène chez la bactérie Rhodobacter capsulatus

L’azote est l’élément le plus abondant dans l’atmosphère terrestre avec un pourcentage atteignant 78 %. Composant essentiel pour la biosynthèse des matériels organiques cellulaires, il est inutilisable sous sa forme diatomique (N2) très stable par la plupart des organismes. Seules les bactéries dites diazotrophiques comme Rhodobacter capsulatus sont capables de fixer l’azote moléculaire N2 par le biais de la synthèse d’une enzyme, la nitrogénase. Cette dernière catalyse la réduction du N2 en ammonium (NH4) qui peut alors être assimilé par d’autres organismes. La synthèse et l’activité de la nitrogénase consomment beaucoup d’énergie ce qui implique une régulation rigoureuse et son inhibition tant qu’une quantité suffisante d’ammonium est disponible. Parmi les protéines impliquées dans cette régulation, la protéine d’intérêt AmtB est un transporteur membranaire responsable de la perception et le transport de l’ammonium. Chez R. capsulatus, il a été démontré que suite à l’addition de l’ammonium, l’AmtB inhibe de façon réversible (switch off/switch on) l’activité de la nitrogénase en séquestrant la protéine PII GlnK accompagnée de l’ajout d’un groupement ADP ribose sur la sous unités Fe de l’enzyme par DraT. De plus, la formation de ce complexe à lui seul ne serait pas suffisant pour cette inactivation, ce qui suggère la séquestration d’une troisième protéine, DraG, afin d’inhiber son action qui consiste à enlever l’ADP ribose de la nitrogénase et donc sa réactivation. Afin de mieux comprendre le fonctionnement de l’AmtB dans la régulation et le transport de l’ammonium à un niveau moléculaire et par la même occasion la fixation de l’azote, le premier volet de ce mémoire a été d’introduire une mutation ponctuelle par mutagénèse dirigée au niveau du résidu conservé W237 de l’AmtB. La production d’hydrogène est un autre aspect longtemps étudié chez R. capsulatus. Cette bactérie est capable de produire de l’hydrogène à partir de composés organiques par photofermentation suite à l’intervention exclusive de la nitrogénase. Plusieurs études ont été entreprises afin d’améliorer la production d’hydrogène. Certaines d’entre elles se sont intéressées à déterminer les conditions optimales qui confèrent une production maximale de gaz tandis que d’autres s’intéressent au fonctionnement de la bactérie elle même. Ainsi, le fait que la bioproduction de H2 par fermentation soit catalysée par la nitrogénase cela implique la régulation de l’activité de cette dernière par différents mécanismes dont le switch off par ADP ribosylation de l’enzyme. De ce fait, un mutant de R. capsulatus dépourvu d’AmtB (DG9) a été étudié dans la deuxième partie de cette thèse en termes d’activité de la nitrogénase, de sa modification par ADP ribosylation avec la détection des deux protéines GlnK et DraG qui interviennent dans cette régulation pour connaitre l’influence de différents acides aminés sur la régulation de la nitrogénase et pour l‘utilisation future de cette souche dans la production d’H2 car R. capsulatus produit de l’hydrogène par photofermentation grâce à cette enzyme. Les résultats obtenus ont révélé une activité de la nitrogénase continue et ininterrompue lorsque l’AmtB est absent avec une activité maximale quand la proline est utilisée comme source d’azote durant la culture bactérienne ce qui implique donc que l’abolition de l’activité de cette protéine entraine une production continue d’H2 chez R. capsulatus lorsque la proline est utilisée comme source d’azote lors de la culture bactérienne. Par ailleurs, avec des Western blots on a pu déterminer l’absence de régulation par ADP ribosylation ainsi que les expressions respectives de GlnK et DraG inchangées entre R. capsulatus sauvage et muté. En conclusion, la nitrogénase n’est pas modifiée et inhibée lorsque l’amtB est muté ce qui fait de la souche R. capsulatus DG9 un candidat idéal pour la production de biohydrogène en particulier lorsque du glucose et de la proline sont respectivement utilisés comme source de carbone et d'azote pour la croissance.

Étude pangénomique de la variabilité dans le nombre de copies liée à l’hypertension artérielle et ses anomalies métaboliques associées

L’hypertension artérielle essentielle (HTA) est une pathologie complexe, multifactorielle et à forte composante génétique. L’impact de la variabilité dans le nombre de copies sur l’HTA est encore peu connu. Nous envisagions que des variants dans le nombre de copies (CNVs) communs pourraient augmenter ou diminuer le risque pour l’HTA. Nous avons exploré cette hypothèse en réalisant des associations pangénomiques de CNVs avec l’HTA et avec l’HTA et le diabète de type 2 (DT2), chez 21 familles du Saguenay-Lac-St-Jean (SLSJ) caractérisées par un développement précoce de l’HTA et de la dyslipidémie. Pour la réplication, nous disposions, d’une part, de 3349 sujets diabétiques de la cohorte ADVANCE sélectionnés pour des complications vasculaires. D’autre part, de 187 sujets de la cohorte Tchèque Post-MONICA (CTPM), choisis selon la présence/absence d’albuminurie et/ou de syndrome métabolique. Finalement, 134 sujets de la cohorte CARTaGENE ont été analysés pour la validation fonctionnelle. Nous avons détecté deux nouveaux loci, régions de CNVs (CNVRs) à effets quantitatifs sur 17q21.31, associés à l’hypertension et au DT2 chez les sujets SLSJ et associés à l’hypertension chez les diabétiques ADVANCE. Un modèle statistique incluant les deux variants a permis de souligner le rôle essentiel du locus CNVR1 sur l’insulino-résistance, la précocité et la durée du diabète, ainsi que sur le risque cardiovasculaire. CNVR1 régule l’expression du pseudogène LOC644172 dont le dosage est associé à la prévalence de l’HTA, du DT2 et plus particulièrement au risque cardiovasculaire et à l’âge vasculaire (P<2×10-16). Nos résultats suggèrent que les porteurs de la duplication au locus CNVR1 développent précocement une anomalie de la fonction bêta pancréatique et de l’insulino-résistance, dues à un dosage élevé de LOC644172 qui perturberait, en retour, la régulation du gène paralogue fonctionnel, MAPK8IP1. Nous avons également avons identifié six CNVRs hautement hérités et associés à l'HTA chez les sujets SLSJ. Le score des effets combinés de ces CNVRs est apparu positivement et étroitement relié à la prévalence de l’HTA (P=2×10-10) et à l’âge de diagnostic de l’HTA. Dans la population SLSJ, le score des effets combinés présente une statistique C, pour l’HTA, de 0.71 et apparaît aussi performant que le score de risque Framingham pour la prédiction de l’HTA chez les moins de 25 ans. Un seul nouveau locus de CNVR sur 19q13.12, où la délétion est associée à un risque pour l’HTA, a été confirmé chez les Caucasiens CTPM. Ce CNVR englobe le gène FFAR3. Chez la souris, il a été démontré que l’action hypotensive du propionate est en partie médiée par Ffar3, à travers une interférence entre la flore intestinale et les systèmes cardiovasculaire et rénal. Les CNVRs identifiées dans cette étude, affectent des gènes ou sont localisées dans des QTLs reliés majoritairement aux réponses inflammatoires et immunitaires, au système rénal ainsi qu’aux lésions/réparations rénales ou à la spéciation. Cette étude suggère que l’étiologie de l’HTA ou de l’HTA associée au DT2 est affectée par des effets additifs ou interactifs de CNVRs.

Les ondes en sommeil lent au cours du vieillissement normal : marqueurs du processus homéostatique et de la cognition

Les ondes lentes (OL) et les fuseaux de sommeil (FS) caractérisent le sommeil lent. Ces ondes sont particulièrement vulnérables aux effets du vieillissement, et ce, dès le milieu de l’âge adulte. La signification fonctionnelle de ces changements demeure toutefois inconnue. Les OL constituent des marqueurs sensibles de la pression homéostatique au sommeil qui augmente avec la durée de l’éveil et qui diminue avec la durée de sommeil. L’hypothèse que les changements des OL puissent refléter une altération de la régulation homéostatique demeure toujours matière à débat dans la littérature. D’autre part, les FS et les OL ont tous deux été associés à la plasticité cérébrale et à la cognition. La correspondance entre les ondes en sommeil lent et le fonctionnement cognitif au cours du vieillissement normal demeure peu étudiée et les résultats sont inconsistants. L’objectif de cette thèse est de déterminer comment l’âge affecte la réponse homéostatique des OL et d’évaluer l’association entre les caractéristiques des ondes en sommeil lent et les performances cognitives chez des personnes d’âge moyen et âgées. La première étude a évalué l’effet de 25 heures d’éveil sur les OL durant un épisode de sommeil de récupération diurne chez de jeunes adultes et des personnes d’âge moyen. Comparativement aux jeunes, les personnes d’âge moyen ont montré une augmentation atténuée de la densité des OL après la privation de sommeil. Elles ont également montré une augmentation plus faible de la synchronisation neuronale durant une OL dans les régions frontales et préfrontales, mesurée par l’amplitude et la pente des OL. La deuxième étude a évalué le lien prédictif des OL, des FS et de l’architecture du sommeil sur les performances à des tests neuropsychologiques mesurant les capacités attentionnelles, les fonctions exécutives et les capacités d’apprentissage verbal chez des participants d’âge moyen et âgés en bonne santé. Seule la fluence verbale était associée à la densité et à la pente des OL. Les OL ne semblent donc pas constituer un marqueur stable du fonctionnement cognitif. Comparativement aux OL, les caractéristiques des FS étaient associées de façon plus systématique aux performances cognitives et plus particulièrement aux capacités d’apprentissage et aux fonctions attentionnelles. Dans l’ensemble, cette thèse suggère que l’augmentation plus faible de la synchronisation neuronale dans les régions antérieures après une privation de sommeil est expliquée par une plasticité synaptique réduite chez les personnes d’âge moyen comparativement aux jeunes. Par ailleurs, la capacité à générer une activité neuronale synchronisée, mesurée par les OL, ne prédit ni la capacité à maintenir le sommeil durant le jour, ni les fonctions cognitives de façon consistante. Les FS, quant à eux, représentent un meilleur marqueur du fonctionnement cognitif au cours du vieillissement normal. Les FS pourraient refléter une meilleure intégrité anatomique/physiologique des réseaux neuronaux impliqués dans les capacités attentionnelles et d’apprentissage.