Étude de la voie de signalisation de l’insuline chez la drosophile par une approche phosphoprotéomique

La phosphorylation est une modification post-traductionnelle modulant l’activité, la conformation ou la localisation d’une protéine et régulant divers processus. Les kinases et phosphatases sont responsables de la dynamique de phosphorylation et agissent de manière coordonnée. L’activation anormale ou la dérégulation de kinases peuvent conduire au développement de cancers ou de désordres métaboliques. Les récepteurs tyrosine kinase (RTKs) sont souvent impliqués dans des maladies et la compréhension des mécanismes régissant leur régulation permet de déterminer les effets anticipés sur leurs substrats. Dans ce contexte, le but de cette thèse est d’identifier les évènements de phosphorylation intervenant dans la voie de l’insuline chez la drosophile impliquant un RTK : le récepteur de l’insuline (InR). La cascade de phosphorylation déclenchée suite à l’activation du récepteur est conservée chez le mammifère. Afin d’étudier le phosphoprotéome de cellules S2 de drosophile, nous avons utilisé une étape d’enrichissement de phosphopeptides sur dioxyde de titane suivie de leur séparation par chromatographie liquide (LC) et mobilité ionique (FAIMS). Les phosphopeptides sont analysés par spectrométrie de masse en tandem à haute résolution. Nous avons d’abord démontré les bénéfices de l’utilisation du FAIMS comparativement à une étude conventionnelle en rapportant une augmentation de 50 % dans le nombre de phosphopeptides identifiés avec FAIMS. Cette technique permet de séparer des phosphoisomères difficilement distinguables par LC et l’acquisition de spectres MS/MS distincts où la localisation précise du phosphate est déterminée. Nous avons appliqué cette approche pour l’étude des phosphoprotéomes de cellules S2 contrôles ou traitées à l’insuline et avons identifié 32 phosphopeptides (sur 2 660 quantifiés) pour lesquels la phosphorylation est modulée. Étonnamment, 50 % des cibles régulées possèdent un site consensus pour la kinase CK2. Une stratégie d’inhibition par RNAi a été implémentée afin d’investiguer le rôle de CK2 dans la voie de l’insuline. Nous avons identifié 6 phosphoprotéines (CG30085, su(var)205, scny, protein CDV3 homolog, D1 et mu2) positivement régulées suite à l’insuline et négativement modulées après le traitement par RNAi CK2. Par essai kinase in vitro, nous avons identifié 29 cibles directes de CK2 dont 15 corrélaient avec les résultats obtenus par RNAi. Nous avons démontré que la phosphorylation de su(var)205 (S15) était modulée par l’insuline en plus d’être une cible directe de CK2 suite à l’expérience RNAi et à l’essai kinase. L’analyse des données phosphoprotéomiques a mis en évidence des phosphopeptides isomériques dont certains étaient séparables par FAIMS. Nous avons déterminé leur fréquence lors d’études à grande échelle grâce à deux algorithmes. Le script basé sur les différences de temps de rétention entre isomères a identifié 64 phosphoisomères séparés par LC chez la souris et le rat (moins de 1 % des peptides identifiés). Chez la drosophile, 117 ont été répertoriés en combinaison avec une approche ciblée impliquant des listes d’inclusion. Le second algorithme basé sur la présence d’ions caractéristiques suite à la fragmentation de formes qui co-éluent a rapporté 23 paires isomériques. L’importance de pouvoir distinguer des phosphoisomères est capitale dans le but d’associer une fonction biologique à un site de phosphorylation précis qui doit être identifié avec confiance.

Estimation of State Space Models and Stochastic Volatility

Ma thèse est composée de trois chapitres reliés à l'estimation des modèles espace-état et volatilité stochastique. Dans le première article, nous développons une procédure de lissage de l'état, avec efficacité computationnelle, dans un modèle espace-état linéaire et gaussien. Nous montrons comment exploiter la structure particulière des modèles espace-état pour tirer les états latents efficacement. Nous analysons l'efficacité computationnelle des méthodes basées sur le filtre de Kalman, l'algorithme facteur de Cholesky et notre nouvelle méthode utilisant le compte d'opérations et d'expériences de calcul. Nous montrons que pour de nombreux cas importants, notre méthode est plus efficace. Les gains sont particulièrement grands pour les cas où la dimension des variables observées est grande ou dans les cas où il faut faire des tirages répétés des états pour les mêmes valeurs de paramètres. Comme application, on considère un modèle multivarié de Poisson avec le temps des intensités variables, lequel est utilisé pour analyser le compte de données des transactions sur les marchés financières. Dans le deuxième chapitre, nous proposons une nouvelle technique pour analyser des modèles multivariés à volatilité stochastique. La méthode proposée est basée sur le tirage efficace de la volatilité de son densité conditionnelle sachant les paramètres et les données. Notre méthodologie s'applique aux modèles avec plusieurs types de dépendance dans la coupe transversale. Nous pouvons modeler des matrices de corrélation conditionnelles variant dans le temps en incorporant des facteurs dans l'équation de rendements, où les facteurs sont des processus de volatilité stochastique indépendants. Nous pouvons incorporer des copules pour permettre la dépendance conditionnelle des rendements sachant la volatilité, permettant avoir différent lois marginaux de Student avec des degrés de liberté spécifiques pour capturer l'hétérogénéité des rendements. On tire la volatilité comme un bloc dans la dimension du temps et un à la fois dans la dimension de la coupe transversale. Nous appliquons la méthode introduite par McCausland (2012) pour obtenir une bonne approximation de la distribution conditionnelle à posteriori de la volatilité d'un rendement sachant les volatilités d'autres rendements, les paramètres et les corrélations dynamiques. Le modèle est évalué en utilisant des données réelles pour dix taux de change. Nous rapportons des résultats pour des modèles univariés de volatilité stochastique et deux modèles multivariés. Dans le troisième chapitre, nous évaluons l'information contribuée par des variations de volatilite réalisée à l'évaluation et prévision de la volatilité quand des prix sont mesurés avec et sans erreur. Nous utilisons de modèles de volatilité stochastique. Nous considérons le point de vue d'un investisseur pour qui la volatilité est une variable latent inconnu et la volatilité réalisée est une quantité d'échantillon qui contient des informations sur lui. Nous employons des méthodes bayésiennes de Monte Carlo par chaîne de Markov pour estimer les modèles, qui permettent la formulation, non seulement des densités a posteriori de la volatilité, mais aussi les densités prédictives de la volatilité future. Nous comparons les prévisions de volatilité et les taux de succès des prévisions qui emploient et n'emploient pas l'information contenue dans la volatilité réalisée. Cette approche se distingue de celles existantes dans la littérature empirique en ce sens que ces dernières se limitent le plus souvent à documenter la capacité de la volatilité réalisée à se prévoir à elle-même. Nous présentons des applications empiriques en utilisant les rendements journaliers des indices et de taux de change. Les différents modèles concurrents sont appliqués à la seconde moitié de 2008, une période marquante dans la récente crise financière.

Immunopathogenèse de la cryptococcose chez la souris transgénique exprimant le génome du VIH-1

La cryptococcose chez les patients atteints du VIH-1 est principalement causée par Cryptococcus neoformans var. grubii tandis que Cryptococcus gattii infecte surtout les personnes immunocompétentes. Afin d’élucider les mécanismes causant la susceptibilité différentielle à l’égard de ces deux espèces de Cryptococcus dans le contexte de l’infection au VIH-1, nous avons utilisé un modèle novateur de la cryptococcose chez la souris transgénique CD4C/HIVMutA, qui exprime les gènes nef, env et rev du VIH-1. L’expression du transgène VIH-1 a augmenté le recrutement pulmonaire des macrophages alvéolaires mais a diminué celui des lymphocytes T CD4+ et CD8+ en réponse à l’infection par le C. neoformans ou le C. gattii. La production pulmonaire des chimiokines MCP-1 (CCL2) et RANTES (CCL5) était également réduite chez les souris transgéniques infectées par l’une ou l’autre de ces espèces de Cryptococcus. La production pulmonaire de MIP-1α, MIP-1β, TNF-α, TGF-β, IL-2, IL-4 et IL-13 était augmentée chez la souris infectée au C. neoformans comparativement à C. gattii. In vitro, les macrophages alvéolaires prélevés chez la souris Tg et stimulés par des agonistes ont produit davantage de MIP-1β, alors que les chimiokines MCP-1 et RANTES n’ont pas été détectées.

INTRACELLULAR OSMOREGULATION IN THE ESTUARINE MOLLUSC VILLORITA CYPRINOIDES VAR. COCHINENSIS (Mollusca: Bivalvia) Hanley

The present investigation is dedicated to understanding various mechanisms of salinity tolerance in the estuarine clam V. cyprinoides var. cochinensis. Even though V. cyprinoids var. cochinensis and V. cyprinoides are found to coexist in the same area, V. cyprinoids is reported to tolerate higher salinities than variety cochinenesis. Variations in the salinity of sea water may affect the aquatic organisms through specific gravity control and variations in osmotic pressure. The specific gravity of most soft tissues is close to that of normal seawater. Many bottom living forms, both attached and motile, have very high specific gravities eg.villorita cyprinoids. Villorita spp. Occurs abundantly in the reaches of the estuary and backwaters of Kerala. In both marine and estuarine forms, it is observed that mantle employs a lesser quantity of amino acids compared to adductor and foot. The regulation of cell volume is not carried out equally in all types of tissues. The capability of salinity tolerance is an aggregate of both the capabilities of extra cellular anisosmotic and intracellular isosmotic regulations in osmoconforming animals. The ultimate aim of water regulation is to regulate the cell volume.T here are slight changes occur in cell volume even in osmoregulators. These studies can also help in revealing the changes brought about in the cellular organelles like lysosomes, which were found to have a role in the osmoregulatory process. The osmoregulatory machinery of estuarine animals is more streamlined for a successful life in the estuarine regime.

Studies on the effect of the organophosphorus pesticide Eka(Rlu) x EC 25 on the bacterial flora of Villorita cyprinoides var. cochinensis (Han1ey)

The thesis is Studies on the Effect or the Obganophosphorus Pesticide Ekalux(R) EC 25 on the Bacterial Flora or Villorita Cyprinoides Var.Cochinensis (Hanley). For the present investigation, the black clam Villorita gyprinoides var. cochinensis (Hanley), a most common clam genus present in this estuarine system has been selected as test organaism and Ekalux (R) EC 25 as toxicant. The aspects dealt with are 1. Total heterotrophic bacterial population, 2. Generic composition, 3. Hydrolytic enzyme producing bacteria, 4. Antibiotic resistance, 5. Heavy metal resistance, 6. The effect of pesticide concentration on the growth of the bacteria and 7. Effect of temperature, pH and sodium chloride on the growth and phosphate release of selected isolates.The samples for the experiment were collected from the Vembanad Lake, near Kumbalam Island during the period of September 1985 to May '86. The THB of the estuarine water and clams contained 6.5 x I04/ml and 2.975 x l06/g respectively, immediately after collection. Untreated water and clam samples showed enormous increase in THB from 0 hr population. The treated samples (water and clams) contained higher THB than 0 hr. In general, THB was observed to increase tremendously in the samples treated with pesticide when compared to their native flora. With reference to various concentrations of pesticides, THB recorded an increase with increase of concentration in water and clam samples.

Quantization of specific trace metals in bivalve, Villorita Cyprinoides Var Cochinensis in the Cochin estuary

Present study consists the quantization of specific metals-- Cr, Cd, Pb, Zn and Cu observed in the experimental bivalve, Villorita species. Bivalve specimens were collected seasonally from the identified three hot spots of Vembanad Lake. Soft tissue concentrations of metals are very sensitive in reflecting changes in the ambient environment and hence important in assessing the environmental quality. Concentrations of Zn in bivalves were fairly high compared to other metals. All the stations showed a maximum concentration during premonsoon and minimum during the other two seasons. Levels of Pb, Cu, Zn, Cd and Cr are between 0-6.17mg/kg, 0-17.224mg/kg, 1.916-255.163mg/kg, 0.325-4.133mg/kg, and 0-15.233mg/kg respectively

Medidas de riesgo, características y técnicas de medición: una aplicación del VaR y el ES a la tasa interbancaria de Colombia

Este texto describe en detalle diversas metodologías que permiten calcular dos medidas utilizadas para cuantificar el riesgo de mercado asociado a un activo financiero: el valor en riesgo VAR y el Expected Shortfall (ES). Los métodos analizados se basan en técnicas estadísticas apropiadas para el caso de series financieras, como son los modelos ARIMA, GARCH y modelos basados en la teoría del valor extremo. Estas metodologías se aplican a las variaciones diarias de la tasa interbancaria de Colombia para el período comprendido entre 1995 y 2004. Los conceptos utilizados en este texto suponen que el lector esté familiarizado con algunos elementos básicos de estadística, series de tiempo y finanzas. Se trata, por tanto, de un texto escrito para estudiantes de economía y finanzas de últimos cursos de pregrado, maestría y para profesionales interesados en el tema.

Respuesta del producto con respecto a la política monetaria, el gasto de déficit, y la depreciación de la moneda en Venezuela: un modelo VAR.

Este estudio aplica el modelo VAR para hallar posibles respuestas del PIB real a variables macroeconómicas seleccionadas en Venezuela. Basado en una muestra anual de 1961-2001, el autor encuentra que el PIB real responde positivamente a choques en el M2 real, al déficit del gobierno, a la depreciación de la tasa de cambio y al producto rezagado, y negativamente a choques en la inflación durante algunos períodos de tiempo. Excepto por el producto rezagado, el déficit del gobierno y la inflación son las variables que tienen mayor influencia en el primer año. El M2 real y la tasa de cambio real son las que más influyen y tienen impactos de más largo plazo después del primer año.

Madrid desde el Cerro Almod??var

Material sin publicar

Estructura del portafolio de inversiones con el VAR (Valué at Risk)

El propósito general de este trabajo de investigación es el de identificar las herramientas que permitan evaluar riesgos, poder determinar un modelo de ayuda para la estructuración de portafolios y así retribuir al inversionista la mejor manera con un premio por riesgo en retorno de su inversión, Además de presentar un instrumento y demostrar las ventajas de su utilización en la valoración de riesgos en portafolios, se pretende distinguir los efectos económicos y financieros que el inversionista enfrenta. Para cumplir con este propósito, se realizo un diagnóstico y análisis de la actividad de los mercados Financieros y de Capitales, determinando los factores más importantes dentro de un modelo de valoración de riesgo para la estructura de un portafolio de renta variable, lo que me permitirá presentar de una manera clara, los aspectos técnicos y económicos que afectan a la estructura de una inversión aplicando la metodología denominada VAR (Valué at Risk); adicionalmente el manejo que se podría dar a las mismas para obtener un mayor beneficio. Los resultados obtenidos y su respectivo análisis constan a lo largo de este trabajo de investigación.

Gestión de riesgo de liquidez en Mutualista Pichincha: metodología VAR para determinar la volatilidad las fuentes de sondeo

La presente disertación tiene como objetivo la evaluación de la metodología VAR, tanto histórica como paramétrica, a las fuentes de fondeo de Mutualista Pichincha, con el fin de determinar el nivel de liquidez requiere la institución para cubrir el riesgo de volatilidad de estas fuentes. El primer capítulo describe el riesgo de liquidez, sus principales fuentes de origen, la importancia de su gestión. Se presenta un análisis de la normativa ecuatoriana en lo que tiene que ver a riesgo de liquidez. El segundo capítulo de este trabajo se centra en la teoría del Valor en Riesgo, explicando las principales metodologías para calcularlo, los supuestos en lo que se basa y las ventajas de su aplicación. En el tercer capítulo se presenta una breve reseña de las actividades de Mutualista Pichincha, se analiza la aplicación de la normativa ecuatoriana en la institución financiera. En base al estudio de las metodología VAR realizas a las fuentes de fondeo, se selección el método de cálculo del VAR mas adecuado. Por último, el cuarto capítulo corresponde las conclusiones y recomendaciones, resultado del estudio realizado.

Análisis del cultivo de brócoli (Brassica oleracea var Italica), manejo-reducción de pesticidas y posibilidades de aplicación del método circular de estudio en la Comunidad de Gatazo Zambrano, Cantón Colta, Provincia Chimborazo - Ecuador

La investigación propuesta pretende comprobar si la educación formal, la capacitación, la asistencia técnica son fundamentales para manejar adecuadamente los pesticidas y reducir sus residuos tóxicos en los agro-ecosistemas de pequeña producción. De hecho, a través de la encuesta proporcionada por el equipo técnico del proyecto Marco de Inversión en Desarrollo Rural y Reducción de Pobreza (MIRREP) se trabajó con indicadores socio-ambientales y económicos que permitieron reconocer que miembros de la comunidad son los más perjudicados por el mal uso de pesticidas. Para el efecto, se recopiló los datos desde el mes de julio hasta el mes de octubre del 2007. Los datos se compilaron en las encuestas prediseñadas de las que se obtuvo datos porcentuales y datos estadísticos levantados a través de Análisis de Correspondencia Múltiple (MCA) y Chi-Cuadrado de Pearson. A la vez, se introdujo el Método Circular de Estudio (SCM) como metodología de capacitación para el campesinado adulto con el fin de comprobar su efectividad, y generar y transmitir conocimientos respecto al uso de pesticidas y eliminación de sus residuos. Ahora bien, para analizar cual es la situación respecto al manejo de pesticidas se hizo observación directa, entrevistas (informales, formales), conferencias grupales y comunales para finalmente por medio del SCM establecer diálogos horizontales donde tanto técnicos como campesinos tienen el mismo derecho de participar y opinar, considerando sus opiniones tan valederas como las del personal técnico con el fin de enriquecerse las partes participantes en un verdadero proceso de transmisión y generación de conocimientos in situ. De esta forma, se ha generado un trabajo de investigación-acción enmarcado en la capacitación y valoración de las condiciones socio-ambientales y económicas con el fin de implementar programas y metodologías para el manejo y reducción de pesticidas. De hecho, contextualizar la realidad del campesinado respecto al manejo de pesticidas, evidenciarlo ante las autoridades de turno y proponer una alternativa de desarrollo rural valedera donde se reduzcan las múltiples externalidades negativas (sociales, económicas, y ambientales) es el valor agregado que este trabajo con el fin de reducir la pobreza a la que el campesinado se ha visto acogido por más de 2 décadas.

Exploring the spatial variation of take-all (Gaeumannomyces graminis var. tritici) for site-specific management

The fungus Gaeumannomyces graminis var. tritici (Ggt), commonly known as the take-all fungus, causes damage to roots of wheat and barley that limits crop growth and causes loss of yield. There was little knowledge on the within-field spatial variation of take-all and relations with features in the growing crop, selected soil properties and spectral information from remotely sensed imagery. Geostatistical analyses showed that take-all, chlorosis and leaf area index had similar patchy distributions. Many of the spectral bands from a hyperspectral image also had similar spatial patterns to take-all and chlorosis. Relations between take-all and mineral nitrogen, elevation and pH were generally weaker.

A singular vector perspective of 4D-Var: Filtering and interpolation

Four-dimensional variational data assimilation (4D-Var) combines the information from a time sequence of observations with the model dynamics and a background state to produce an analysis. In this paper, a new mathematical insight into the behaviour of 4D-Var is gained from an extension of concepts that are used to assess the qualitative information content of observations in satellite retrievals. It is shown that the 4D-Var analysis increments can be written as a linear combination of the singular vectors of a matrix which is a function of both the observational and the forecast model systems. This formulation is used to consider the filtering and interpolating aspects of 4D-Var using idealized case-studies based on a simple model of baroclinic instability. The results of the 4D-Var case-studies exhibit the reconstruction of the state in unobserved regions as a consequence of the interpolation of observations through time. The results also exhibit the filtering of components with small spatial scales that correspond to noise, and the filtering of structures in unobserved regions. The singular vector perspective gives a very clear view of this filtering and interpolating by the 4D-Var algorithm and shows that the appropriate specification of the a priori statistics is vital to extract the largest possible amount of useful information from the observations. Copyright © 2005 Royal Meteorological Society