Alkuaineanalysaattorin keskusyksikön suunnittelu ja toteutus

Tässä diplomityössä esitellään jatkuvatoimisen alkuaineanalysaattorin kehitykseen liittyvän projektin alkuosa. Tässä osuudessa on tarkoituksena löytää analysaattorin vanhalle keskusyksikölle uusi korvaava kaupallinen prosessorikortti sekä suunnitella ja toteuttaa uudelle keskusyksikölle analysaattorin toiminnan vaatima ohjelma. Hihna-analysaattori on sulautettu reaaliaikajärjestelmä. Työssä esitellään sulautetun järjestelmän suunnittelun ja toteutuksen yleisiä toimintatapoja ja ratkaisuja. Erilaisista toteutusvaihtoehdoista esitellään niiden etuja ja haittoja. Työn toteutuksessa käytetään PC/104-standardin mukaisia valmiita kaupallisia yksiköitä. Tämä ISA-standardin laajennus soveltuu hyvin käytettäväksi sulautetussa järjestelmissä. Uudella keskusyksiköllä on mahdollista liittyä analysaattorin jäljelle jääviin yksiköihin erillisen sovitinkortin välityksellä. Työn lopputuloksena valittu toteutusratkaisu mahdollistaa analysaattorijärjestelmän vapaan jatkokehityksen, mikä ei ollut mahdollista vanhalla toteutuksella. Analysaattoriin on nyt mahdollista kehittää uusia ominaisuuksia, ja lisäksi sen nykyinen toiminta on hallitaan paremmin.

Avoin lähdekoodi ohjelmistotalojen näkökulmasta

Tässä diplomityössä tarkastellaan avoimen lähdekoodin hyödyntämistä ohjelmistotalojen kolmen asiantuntijaryhmän näkökulmasta: teknologian edustajien, liiketoiminnan johdon ja lakimiesten. Työssä käydään läpi avoimen lähdekoodin historiaa ja OSI:n avoimen lähdekoodin määritelmä. Työssä esitellään myös neljä yleistä avoimen lähdekoodin lisenssiä: GPL, LGPL, BSD ja MPL. Tekninen näkökulma näkyy, kun työssä käydään läpi avoimen lähdekoodin vahvuudet ja heikkoudet. Suurin osa avoimen lähdekoodin tuotteista ei ole vielä tarpeeksi kehittyneitä kaupalliseen käyttöön, mutta joukosta löytyy myös muutama todellinen vaihtoehto. Työssä esitellään viisi tunnettua lähdekoodin tuotetta: Linux, Apache, MySQL, Perl ja PHP. Avoimen lähdekoodin mahdollistamat ansaintamallit tuovat esiin liiketoiminnan johdon kiinnostuksen kohteen. Työssä esitellään viisi yritystä, jotka ovat onnistuneet hyödyntämään näitä liiketoiminnan malleja: Red Hat, VA Software, JBoss, IBM ja Sun Microsystems. Juridisesta näkökulmasta suurin riski avoimen lähdekoodin tuotteiden käytössä on kolmansien osapuolien immateriaalioikeuksien loukkaaminen. Lähes kaikki avoimen lähdekoodin ohjelmistot on lisensoitu siten, etteivät ne anna minkäänlaista takuuta tai ota vastuuta. Työssä käsitellään myös sitä, kuinka avoimen lähdekoodin aiheuttamia riskejä vastaan voidaan suojautua. Työn tuloksena syntyy päätösprosessi, jota voidaan käyttää apuna tehdessä lopullista päätöstä avoimen lähdekoodin ohjelmiston käytöstä.

COMPASS identifies T-cell subsets correlated with clinical outcomes.

Advances in flow cytometry and other single-cell technologies have enabled high-dimensional, high-throughput measurements of individual cells as well as the interrogation of cell population heterogeneity. However, in many instances, computational tools to analyze the wealth of data generated by these technologies are lacking. Here, we present a computational framework for unbiased combinatorial polyfunctionality analysis of antigen-specific T-cell subsets (COMPASS). COMPASS uses a Bayesian hierarchical framework to model all observed cell subsets and select those most likely to have antigen-specific responses. Cell-subset responses are quantified by posterior probabilities, and human subject-level responses are quantified by two summary statistics that describe the quality of an individual's polyfunctional response and can be correlated directly with clinical outcome. Using three clinical data sets of cytokine production, we demonstrate how COMPASS improves characterization of antigen-specific T cells and reveals cellular 'correlates of protection/immunity' in the RV144 HIV vaccine efficacy trial that are missed by other methods. COMPASS is available as open-source software.

Sisällönhallintajärjestelmän käyttö verkkopalvelun pohjana, case: Plone-sisällönhallintajärjestelmän rakenne, toiminta ja räätälöinti

Asiakaspalvelun tarjoamisesta Internet-verkon kautta tulee jatkuvasti tärkeämpää. Aitoa asiakashyötyä tuottavien palvelujen pystyttäminen ja tuottaminen on pienyritysten resursseilla vähintäänkin vaikeaa ja riskialtista. Mahdollisuus käyttää vapaaseen käyttöön lisensoituja avoimen lähdekoodin ohjelmistoja asiakkaille tarjottavien palvelujen perustana madaltaa näinollen pienyritysten kynnystä tarjota palvelua Internet-verkossa. Yrityksen tarjoamien palvelujen perustaksi on nykyään saatavilla jo kokonaisia valmiita avoimeen lähdekoodiin perustuvia ohjelmistosovelluksia. Suurin osa niistä on kuitenkin tehty jotakin rajattua tarkoitusta varten. Pyrittäessä laajentamaan asiakkaille tarjottua palvelua huomataankin tällöin, että ohjelmistosovelluksen laajentaminen muodostaa alkuperäistäkin korkeamman kynnyksen. Toisen ohjelmiston integrointi alkuperäisen kanssa ei sekään ole mahdollinen vaihtoehto – vaikka sellainen uuden palvelun perustaksi löytyisikin. WWW-sisällönhallintajärjestelmät sopivat yleiskäyttöisyytensä ansiosta hyvinkin vaihtelevien palveluiden perustaksi. Yrityksen verkkopalvelu voidaan toteuttaa esimerkiksi vapaasti saatavaan Plone-sisällönhallintajärjestelmään perustuen. Tällöin palvelujen laajentamisen ja uusien tarjoamisen kynnys oletettavasti madaltuu ratkaisevasti, järjestelmän valmiiksi sisältämien monipuolisten toimintojen ansiosta. Paikallisen pienyrityksen verkkopalvelua toteuttaessa todettiin Plonen olevan hyvin tarkoitukseen sopiva. Vähänkin merkittävämmät järjestelmään tehtävät muutokset edellyttävät kuitenkin varsin syvällistä perehtymistä sen osiin ja toimintaan. Koska tarjottavan palvelun tuli olla mahdollisimman helppo lähestyä ja käyttää, järjestelmää oli muun tarvittavan räätälöinnin lisäksi vielä muutettava yksinkertaisemmaksi: Esimerkiksi järjestelmän tarjoamasta valmiista käyttöliittymästä oli räätälöitävä yksinkertaistettu palvelunkäyttöliittymä. Myös palvelun ylläpitäjien koulutukseen oli panostettava. Järjestelmän ylläpidosta tehtiin palvelusopimus, koska asiakkaalla ei ole tarvittavaa teknistä osaamista.

A statistical shape model of the human second cervical vertebra.

PURPOSE: Statistical shape and appearance models play an important role in reducing the segmentation processing time of a vertebra and in improving results for 3D model development. Here, we describe the different steps in generating a statistical shape model (SSM) of the second cervical vertebra (C2) and provide the shape model for general use by the scientific community. The main difficulties in its construction are the morphological complexity of the C2 and its variability in the population. METHODS: The input dataset is composed of manually segmented anonymized patient computerized tomography (CT) scans. The alignment of the different datasets is done with the procrustes alignment on surface models, and then, the registration is cast as a model-fitting problem using a Gaussian process. A principal component analysis (PCA)-based model is generated which includes the variability of the C2. RESULTS: The SSM was generated using 92 CT scans. The resulting SSM was evaluated for specificity, compactness and generalization ability. The SSM of the C2 is freely available to the scientific community in Slicer (an open source software for image analysis and scientific visualization) with a module created to visualize the SSM using Statismo, a framework for statistical shape modeling. CONCLUSION: The SSM of the vertebra allows the shape variability of the C2 to be represented. Moreover, the SSM will enable semi-automatic segmentation and 3D model generation of the vertebra, which would greatly benefit surgery planning.

Influència del nombre d'usuaris en sistemes de localització en interiors basats en Wi-Fi

El present estudi descriu el procés de creació d'un sistema de localització en interiors que permet investigar les possibles diferències de la precisió de les localitzacions en entorns buits i amb presència d'altres persones. Posteriorment es presenten una sèrie de proves realitzades, s'exposen els seus resultats, així com les conclusions sobre com influencia el nombre d'usuaris a la precisió del sistema.

Assessing functional relations in single-case designs: Quantitative proposals in the context of the evidence-based movement

In the context of the evidence-based practices movement, the emphasis on computing effect sizes and combining them via meta-analysis does not preclude the demonstration of functional relations. For the latter aim, we propose to augment the visual analysis to add consistency to the decisions made on the existence of a functional relation without losing sight of the need for a methodological evaluation of what stimuli and reinforcement or punishment are used to control the behavior. Four options for quantification are reviewed, illustrated, and tested with simulated data. These quantifications include comparing the projected baseline with the actual treatment measurements, on the basis of either parametric or nonparametric statistics. The simulated data used to test the quantifications include nine data patterns in terms of the presence and type of effect and comprising ABAB and multiple baseline designs. Although none of the techniques is completely flawless in terms of detecting a functional relation only when it is present but not when it is absent, an option based on projecting split-middle trend and considering data variability as in exploratory data analysis proves to be the best performer for most data patterns. We suggest that the information on whether a functional relation has been demonstrated should be included in meta-analyses. It is also possible to use as a weight the inverse of the data variability measure used in the quantification for assessing the functional relation. We offer an easy to use code for open-source software for implementing some of the quantifications.

Memoria de la elaboración de subtítulos para "Babel", primer capítulo de la serie documental Fry's Planet Word

Este trabajo pretende identificar algunas de las habilidades que un traductor audiovisual debe desarrollar, desde un punto de vista práctico, para ejercer la profesión, haciendo hincapié en el dominio del software específico para subtituladores. Esta memoria describe el proceso de ensayo y error llevado a cabo durante la elaboración de los subtítulos de un documental e identifica algunas de las dificultades con las que podemos encontrarnos al realizar un encargo de este tipo si trabajamos con programas de licencia gratuita, además de intentar aportar las soluciones correspondientes.

INTERACTIONS: DESIGN, IMPLEMENTATION AND EVALUATION OF A COMPUTATIONAL TOOL FOR TEACHING INTERMOLECULAR FORCES IN HIGHER EDUCATION

Intermolecular forces are a useful concept that can explain the attraction between particulate matter as well as numerous phenomena in our lives such as viscosity, solubility, drug interactions, and dyeing of fibers. However, studies show that students have difficulty understanding this important concept, which has led us to develop a free educational software in English and Portuguese. The software can be used interactively by teachers and students, thus facilitating better understanding. Professors and students, both graduate and undergraduate, were questioned about the software quality and its intuitiveness of use, facility of navigation, and pedagogical application using a Likert scale. The results led to the conclusion that the developed computer application can be characterized as an auxiliary tool to assist teachers in their lectures and students in their learning process of intermolecular forces.

Asiakkuuden hallintaohjelmiston hankinta mikroyrityksessä

Tietotekniikan käyttö on tärkeää mikroyrityksen kasvun kannalta. Tutkielmassa pyrittiin toimintatutkimuksen keinoin löytämään kosmetiikan suoramyyntiä harjoittavan toiminimen KaunisSinä taustalla olevan osa-aikaisen yrittäjän asettamien tavoitteiden ja rajoitteiden mukaan paras ohjelmisto tukemaan asiakkuuden hallintaa. Ohjelmiston valintaa varten tutkittiin ohjelmistohankinnan menetelmiä kaupallisten valmisohjelmistojen, avoimen lähdekoodin ohjelmistojen ja räätälöityjen ohjelmistojen osalta. Yrittäjän toimintatapojen kartoituksen perusteella muodostettiin kriteerit ohjelmistojen vertailua ja valintaa varten. Vertailussa käytettiin painotetun keskiarvon menetelmää. Markkinoilla on saatavilla ominaisuuksiltaan sopivia avoimen lähdekoodin asiakkuuden hallintaohjelmistoja. Valinta on kompromissi ohjelmiston tarjoaman toiminnallisuuden sekä ominaisuuksien ja yritykselle muodostuneiden toimintatapojen välillä. Yrityksen on siis osittain mukautettava toimintatapojaan ohjelmiston mukaiseksi.

Engineering of Business Critical Web Applications

Research focus of this thesis is to explore options for building systems for business critical web applications. Business criticality here includes requirements for data protection and system availability. The focus is on open source software. Goals are to identify robust technologies and engineering practices to implement such systems. Research methods include experiments made with sample systems built around chosen software packages that represent certain technologies. The main research focused on finding a good method for database data replication, a key functionality for high-availability, database-driven web applications. Research included also finding engineering best practices from books written by administrators of high traffic web applications. Experiment with database replication showed, that block level synchronous replication offered by DRBD replication software offered considerably more robust data protection and high-availability functionality compared to leading open source database product MySQL, and its built-in asynchronous replication. For master-master database setups, block level replication is more recommended way to build high-availability into the system. Based on thesis research, building high-availability web applications is possible using a combination of open source software and engineering best practices for data protection, availability planning and scaling.

Testaushallintapalvelu SaaS-mallissa

Testaushallinta on ohjelmiston laadunvarmistusprosessin oleellinen osa, joka tarvitsee onnistuakseen työkalun. Testaushallintaohjelmiston tarjoaminen SaaS-palveluna luo mahdollisuuden tarjota tämän työkalun helposti ja kustannustehokkaasti, sekä valmiiksi määritellyin prosessein. Tässä työssä tutkitaan testaushallintaohjelmiston SaaS-palveluna tarjoamisen mahdollisuuksia ja rajoitteita pienen projektin näkökulmasta. SaaS-Palvelumallia tutkitaan osiensa muodostamana kokonaisuutena ja selvitetään mallin soveltumista testaushallintapalvelun tuottamiseen. Lisäksi tutkitaan tapaustutkimuksena kyselyn ja haastattelun avulla käyttäjien kokemuksia SaaS-palveluna toteutetun testaushallintaohjelmiston käyttämisestä. Tutkimuksen tulokset viittaavat siihen, ettei SaaS-malli luo erityisiä rajoitteita testaushallintaohjelmiston tarjoamiseen laadunvarmistusprojektin käyttöön ainakaan tutkitussa mittakaavassa. Palvelun toimintamallien suunnitteluun ja vastuiden jakoon on kiinnitettävä erityistä huomiota, jotta palvelu voidaan toimittaa loppukäyttäjien tarpeita mahdollisimman paljon huomioiden.

The National Digital Library of Finland – Public Interface FINNA

Aki Lassilan esitys IFLA-konferenssissa Helsingissä 14.8.2012.

An Alternative American Approach to Repositories

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

SobekCM’s Community Ecosystems & Socio-Technical Practices

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014