Islandora Sync: Enabling Administrators and Developers

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Kramerius - Fedora based open source system for a digital library

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Linked Open Data and Islandora

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Fedora 4 as a Shared Linked Data repository for the Art Institute of Chicago Collections

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Digital Preservation Tools, Practices, and Policies in Islandora

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A Distributed Microservices Framework Integrating Taverna

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The Human Communication Science Virtual Lab (HCS vLab): A repository microclimate in a rapidly evolving research-ecosystem

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APIs and Datasets everywhere

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CO2:n adsorptio Loviisan voimalaitoksen päästöilmasta 14C-päästöjen määrittämiseksi

Tämän kandidaatintyön tavoitteena oli selvittää mahdollisuuksia 14C:n kemiallisten muotojen eriyttämiseen käyttäen Loviisan voimalaitoksella olemassa olevaa näytteenkeräyslaitteistoa. Lisäksi tarkoituksena oli selvittää parhaiten tähän käyttötarkoitukseen soveltuva zeoliittityyppiä tyypeistä 4A, 5A ja 13X. Työn kirjallisessa osassa käsitellään ydinvoimalaitoksen C14-päästöjä keskittyen pääosin Loviisan VVER-laitokseen. Adsorption osalta esitellään kaupallisesti käytettyjä adsorptiomateriaaleja ja paneudutaan adsorptioon fysikaalisena ja kemiallisena ilmiönä. Lisäksi esitellään kahden desorptiomenetelmän perusperiaatteet. Kirjallisen osan lopussa kootaan tutkimukseen vaikuttavia tekijöitä ja esitellään aiemmin käytössä ollut näytteenkeräyslaitteisto. Kokeellisessa osassa esitellään työssä käytetyt laitteistot. Lisäksi on kuvattu mittausten suoritus nestetuikelaskurilla. Tämän jälkeen työssä esitellään mittaustuloksien käsittely ja näin saadut tulokset.

Pattern of Wnt ligand expression during chick eye development

The dorsoventral axis of the eye is determined prior to optic cup invagination. A variety of signaling pathways have been implicated in the maintenance of the optic dorsoventral axis, including, but not limited to, bone morphogenetic protein 4, Sonic Hedgehog and retinoic acid. Here, we investigated the possible contribution of Wnt ligands to the establishment or maintenance of the optic axis by analyzing their expression pattern during early chick optic development. We performed in situ hybridization of Wnt-1, Wnt-3a, Wnt-4, and Wnt-5a during the optic vesicle, early optic cup and established optic cup stages and focused our analysis on the optic region. Our data showed that Wnt-5a, but none of the others, is expressed in the dorsal region of the eye starting from the Hamburger and Hamilton stage 14 (HH14). These results are supported by cryosections of the labeled optic region, which further reveal that Wnt-5a is expressed only in the dorsal retinal pigmented epithelium. Thus, we propose that Wnt-5a is a marker for dorsal retinal pigmented epithelium in chick embryos from HH14 to HH19.

Cytotoxic and DNA-topoisomerase effects of lapachol amine derivatives and interactions with DNA

The cytotoxic activity of amino (3a-e), aza-1-antraquinone (4a-e) lapachol derivatives against Ehrlich carcinoma and human K562 leukemia cells was investigated. Cell viability was determined using MTT assay, after 48 (Ehrlich) or 96 h (K562) of culture, and vincristine (for K562 leukemia) and quercetin (for Ehrlich carcinoma) were used as positive controls. The results showed dose-dependent growth-inhibiting activities and that the amino derivatives were active against the assayed cells, whereas the 4a-e derivatives were not. The allylamine derivative 3a was the most active against Ehrlich carcinoma, with IC50 = 16.94 ± 1.25 µM, and against K562 leukemia, with IC50 = 14.11 ± 1.39 µM. The analogous lawsone derivative, 5a, was also active against Ehrlich carcinoma (IC50 = 23.89 ± 2.3 µM), although the 5d and 5e derivatives showed lower activity. The interaction between 3a-d and calf thymus DNA was investigated by fluorimetric titration and the results showed a hyperchromic effect indicating binding to DNA as presented of ethidium bromide, used as positive control. The inhibitory action on DNA-topoisomerase II-a was also evaluated by a relaxation assay of supercoiled DNA plasmid, and the etoposide (200 µM) was used as positive control. Significant inhibitory activities were observed for 3a-d at 200 µM and a partial inhibitory action was observed for lapachol and methoxylapachol.

Avaliação de diferentes híbridos suínos submetidos à insensibilização elétrica e gasosa (CO2): parte 2 - mensurações objetivas de qualidade

Suínos provenientes de três linhagens genética (A, B e C) comercializados no Brasil, com peso vivo de 100 a 120 kg foram submetidos ao insensibilizador elétrico manual (Karl Schermer 220-230/250 volts, 45-60 Hz e 1,4-1,5A) e ao gasoso coletivo (Combi-Butina 90% CO2) no mesmo abatedouro. O sistema gasoso proporcionou aos híbridos valores (b*) superiores (p<0,001) quando comparados ao sistema elétrico, assim como diferenças nos valores médios de refletância luminosa interna (Hennessy-gp4) aos 45 min. pm e 24ª h pm (p<0,05). Quando submetidos ao sistema gasoso, diferenças entre os híbridos nos valores médios de luminosidade superficial (L) 24ª h pm (p<0,0001), pH 24ª h pm (SM) (p<0,0001), valores (b*) 24ª h pm (p<0,05), reflectância luminosa interna aos 45 min e 24ª h (LD) (p<0,001) foram observadas. Utilizando-se o sistema manual elétrico verificaram-se diferenças significativas nos valores médios de refletância luminosa interna (LD) aos 45 min. e 24ª h pm (p<0,001), assim como nos valores médios de pH 24ª h pm (SM) e (SC) (p<0,05). Entretanto as diferenças obtidas entre os sistemas de insensibilização e híbridos estudados não foram suficientes para proporcionar diferenças significativas nos valores de capacidade de retenção de água, perda por exsudação e "umidade exprimível".

Magnetic properties of the Biâ Srâ CaCuâ Oâ single crystal

The Bi2Sr2CaCu20g single crystal with a superconducting transition temperature equal to 90 ± 2 K was prepared. The irreversibility line of the single crystal for a mgnetic field direction along the c-axis and T* in the ab-plane was determined. The reduced temperature (l - T ) is proportional to H 1.1 for fields below 004 T and proportional to HO.09 for fields above 0.4 T. The zero temperature upper critical field Hc2(0) and coherence length ~ (0) were determined from the magnetization meaurements to be H-lC2=35.9T , H//C2=31.2T, ~c(0)=35.0 A, and ~ab(0)=32.5A,and from the magnetoresistance measurements to be H-lc2 = 134.6T , H//C2=55.5T '~c(0)=38.1 A, and ~ab(0)=2404 A for both directions of the applied magnetic field. The results obtained for Hc2(0) and ~(O) are not reliable due to the rounding that the single crystal exhibits in the magnetization and magnetoresistance curves. The magnetization relaxation of the single crystal was investigated, and was found to be logarithmic in time, and the relaxation rate increases with temperature up to 50 -60 K, then decreases at higher temperatures.

Rôle du cortex pariétal postérieur dans le processus d'intégration visuomotrice - connexions anatomiques avec le cortex moteur et activité cellulaire lors de la locomotion chez le chat

La progression d’un individu au travers d’un environnement diversifié dépend des informations visuelles qui lui permettent d’évaluer la taille, la forme ou même la distance et le temps de contact avec les obstacles dans son chemin. Il peut ainsi planifier en avance les modifications nécessaires de son patron locomoteur afin d’éviter ou enjamber ces entraves. Ce concept est aussi applicable lorsque le sujet doit atteindre une cible, comme un prédateur tentant d’attraper sa proie en pleine course. Les structures neurales impliquées dans la genèse des modifications volontaires de mouvements locomoteurs ont été largement étudiées, mais relativement peu d’information est présentement disponible sur les processus intégrant l’information visuelle afin de planifier ces mouvements. De nombreux travaux chez le primate suggèrent que le cortex pariétal postérieur (CPP) semble jouer un rôle important dans la préparation et l’exécution de mouvements d’atteinte visuellement guidés. Dans cette thèse, nous avons investigué la proposition que le CPP participe similairement dans la planification et le contrôle de la locomotion sous guidage visuel chez le chat. Dans notre première étude, nous avons examiné l’étendue des connexions cortico-corticales entre le CPP et les aires motrices plus frontales, particulièrement le cortex moteur, à l’aide d’injections de traceurs fluorescents rétrogrades. Nous avons cartographié la surface du cortex moteur de chats anesthésiés afin d’identifier les représentations somatotopiques distales et proximales du membre antérieur dans la partie rostrale du cortex moteur, la représentation du membre antérieur située dans la partie caudale de l’aire motrice, et enfin la représentation du membre postérieur. L’injection de différents traceurs rétrogrades dans deux régions motrices sélectionnées par chat nous a permis de visualiser la densité des projections divergentes et convergentes pariétales, dirigées vers ces sites moteurs. Notre analyse a révélé une organisation topographique distincte de connexions du CPP avec toutes les régions motrices identifiées. En particulier, nous avons noté que la représentation caudale du membre antérieur reçoit majoritairement des projections du côté rostral du sillon pariétal, tandis que la partie caudale du CPP projette fortement vers la représentation rostrale du membre antérieur. Cette dernière observation est particulièrement intéressante, parce que le côté caudal du sillon pariétal reçoit de nombreux inputs visuels et sa cible principale, la région motrice rostrale, est bien connue pour être impliquée dans les fonctions motrices volontaires. Ainsi, cette étude anatomique suggère que le CPP, au travers de connexions étendues avec les différentes régions somatotopiques du cortex moteur, pourrait participer à l’élaboration d’un substrat neural idéal pour des processus tels que la coordination inter-membre, intra-membre et aussi la modulation de mouvements volontaires sous guidage visuel. Notre deuxième étude a testé l’hypothèse que le CPP participe dans la modulation et la planification de la locomotion visuellement guidée chez le chat. En nous référant à la cartographie corticale obtenue dans nos travaux anatomiques, nous avons enregistré l’activité de neurones pariétaux, situés dans les portions des aires 5a et 5b qui ont de fortes connexions avec les régions motrices impliquées dans les mouvements de la patte antérieure. Ces enregistrements ont été effectués pendant une tâche de locomotion qui requiert l’enjambement d’obstacles de différentes tailles. En dissociant la vitesse des obstacles de celle du tapis sur lequel le chat marche, notre protocole expérimental nous a aussi permit de mettre plus d’emphase sur l’importance de l’information visuelle et de la séparer de l’influx proprioceptif généré pendant la locomotion. Nos enregistrements ont révélé deux groupes de cellules pariétales activées en relation avec l’enjambement de l’obstacle: une population, principalement située dans l’aire 5a, qui décharge seulement pendant le passage du membre au dessus del’entrave (cellules spécifiques au mouvement) et une autre, surtout localisée dans l’aire 5b, qui est activée au moins un cycle de marche avant l’enjambement (cellules anticipatrices). De plus, nous avons observé que l’activité de ces groupes neuronaux, particulièrement les cellules anticipatrices, était amplifiée lorsque la vitesse des obstacles était dissociée de celle du tapis roulant, démontrant l’importance grandissante de la vision lorsque la tâche devient plus difficile. Enfin, un grand nombre des cellules activées spécifiquement pendant l’enjambement démontraient une corrélation soutenue de leur activité avec le membre controlatéral, même s’il ne menait pas dans le mouvement (cellules unilatérales). Inversement, nous avons noté que la majorité des cellules anticipatrices avaient plutôt tendance à maintenir leur décharge en phase avec l’activité musculaire du premier membre à enjamber l’obstacle, indépendamment de sa position par rapport au site d’enregistrement (cellules bilatérales). Nous suggérons que cette disparité additionnelle démontre une fonction diversifiée de l’activité du CPP. Par exemple, les cellules unilatérales pourraient moduler le mouvement du membre controlatéral au-dessus de l’obstacle, qu’il mène ou suive dans l’ordre d’enjambement, tandis que les neurones bilatéraux sembleraient plutôt spécifier le type de mouvement volontaire requis pour éviter l’entrave. Ensembles, nos observations indiquent que le CPP a le potentiel de moduler l’activité des centres moteurs au travers de réseaux corticaux étendus et contribue à différents aspects de la locomotion sous guidage visuel, notamment l’initiation et l’ajustement de mouvements volontaires des membres antérieurs, mais aussi la planification de ces actions afin d’adapter la progression de l’individu au travers d’un environnement complexe.