Pharmacogenomic Promises: Reflections on Semantics, Genohype and Global Justice

Faculty of Medicine, University of Montreal, and the Canadian Institutes of Health Research

Narrative in the music of Jay Chou : a case study of music, globalization and semantics

La version intégrale de ce mémoire est disponible uniquement pour consultation individuelle à la Bibliothèque de musique de l’Université de Montréal (www.bib.umontreal.ca/MU).

Simulateur compilé d’une description multi-langage des systèmes hétérogènes

La conception de systèmes hétérogènes exige deux étapes importantes, à savoir : la modélisation et la simulation. Habituellement, des simulateurs sont reliés et synchronisés en employant un bus de co-simulation. Les approches courantes ont beaucoup d’inconvénients : elles ne sont pas toujours adaptées aux environnements distribués, le temps d’exécution de simulation peut être très décevant, et chaque simulateur a son propre noyau de simulation. Nous proposons une nouvelle approche qui consiste au développement d’un simulateur compilé multi-langage où chaque modèle peut être décrit en employant différents langages de modélisation tel que SystemC, ESyS.Net ou autres. Chaque modèle contient généralement des modules et des moyens de communications entre eux. Les modules décrivent des fonctionnalités propres à un système souhaité. Leur description est réalisée en utilisant la programmation orientée objet et peut être décrite en utilisant une syntaxe que l’utilisateur aura choisie. Nous proposons ainsi une séparation entre le langage de modélisation et la simulation. Les modèles sont transformés en une même représentation interne qui pourrait être vue comme ensemble d’objets. Notre environnement compile les objets internes en produisant un code unifié au lieu d’utiliser plusieurs langages de modélisation qui ajoutent beaucoup de mécanismes de communications et des informations supplémentaires. Les optimisations peuvent inclure différents mécanismes tels que le regroupement des processus en un seul processus séquentiel tout en respectant la sémantique des modèles. Nous utiliserons deux niveaux d’abstraction soit le « register transfer level » (RTL) et le « transaction level modeling » (TLM). Le RTL permet une modélisation à bas niveau d’abstraction et la communication entre les modules se fait à l’aide de signaux et des signalisations. Le TLM est une modélisation d’une communication transactionnelle à un plus haut niveau d’abstraction. Notre objectif est de supporter ces deux types de simulation, mais en laissant à l’usager le choix du langage de modélisation. De même, nous proposons d’utiliser un seul noyau au lieu de plusieurs et d’enlever le bus de co-simulation pour accélérer le temps de simulation.

Abgrenzung bestehender Beschreibungsmittel für die Modellierung und Spezifikation von Manufacturing Execution Systems

Die Modellierung und Spezifikation von Manufacturing Execution Systems (MES) als prozessnah operierende Software-Systeme stellt eine Herausforderung interdisziplinärer Kommunikation dar. Bisher existiert kein grafisches Beschreibungsmittel, das diesen Prozess ausdrücklich unterstützt. In diesem Diskussionspapier werden bestehende Beschreibungsmittel aus angrenzenden Bereichen, wie die Business Process Modeling Notation, Petrinetze, die formalisierte Prozessbeschreibung oder die Unified Modelling Language anhand allgemeiner und MES-spezifischer Anforderungen auf ihre Eignung untersucht. Es wurden erhebliche Lücken bei der Erfüllung der Anforderungen durch bestehende Beschreibungsmittel identifiziert.

Capturing Emergent Semantics from Social Annotation Systems

The ongoing growth of the World Wide Web, catalyzed by the increasing possibility of ubiquitous access via a variety of devices, continues to strengthen its role as our prevalent information and commmunication medium. However, although tools like search engines facilitate retrieval, the task of finally making sense of Web content is still often left to human interpretation. The vision of supporting both humans and machines in such knowledge-based activities led to the development of different systems which allow to structure Web resources by metadata annotations. Interestingly, two major approaches which gained a considerable amount of attention are addressing the problem from nearly opposite directions: On the one hand, the idea of the Semantic Web suggests to formalize the knowledge within a particular domain by means of the "top-down" approach of defining ontologies. On the other hand, Social Annotation Systems as part of the so-called Web 2.0 movement implement a "bottom-up" style of categorization using arbitrary keywords. Experience as well as research in the characteristics of both systems has shown that their strengths and weaknesses seem to be inverse: While Social Annotation suffers from problems like, e. g., ambiguity or lack or precision, ontologies were especially designed to eliminate those. On the contrary, the latter suffer from a knowledge acquisition bottleneck, which is successfully overcome by the large user populations of Social Annotation Systems. Instead of being regarded as competing paradigms, the obvious potential synergies from a combination of both motivated approaches to "bridge the gap" between them. These were fostered by the evidence of emergent semantics, i. e., the self-organized evolution of implicit conceptual structures, within Social Annotation data. While several techniques to exploit the emergent patterns were proposed, a systematic analysis - especially regarding paradigms from the field of ontology learning - is still largely missing. This also includes a deeper understanding of the circumstances which affect the evolution processes. This work aims to address this gap by providing an in-depth study of methods and influencing factors to capture emergent semantics from Social Annotation Systems. We focus hereby on the acquisition of lexical semantics from the underlying networks of keywords, users and resources. Structured along different ontology learning tasks, we use a methodology of semantic grounding to characterize and evaluate the semantic relations captured by different methods. In all cases, our studies are based on datasets from several Social Annotation Systems. Specifically, we first analyze semantic relatedness among keywords, and identify measures which detect different notions of relatedness. These constitute the input of concept learning algorithms, which focus then on the discovery of synonymous and ambiguous keywords. Hereby, we assess the usefulness of various clustering techniques. As a prerequisite to induce hierarchical relationships, our next step is to study measures which quantify the level of generality of a particular keyword. We find that comparatively simple measures can approximate the generality information encoded in reference taxonomies. These insights are used to inform the final task, namely the creation of concept hierarchies. For this purpose, generality-based algorithms exhibit advantages compared to clustering approaches. In order to complement the identification of suitable methods to capture semantic structures, we analyze as a next step several factors which influence their emergence. Empirical evidence is provided that the amount of available data plays a crucial role for determining keyword meanings. From a different perspective, we examine pragmatic aspects by considering different annotation patterns among users. Based on a broad distinction between "categorizers" and "describers", we find that the latter produce more accurate results. This suggests a causal link between pragmatic and semantic aspects of keyword annotation. As a special kind of usage pattern, we then have a look at system abuse and spam. While observing a mixed picture, we suggest that an individual decision should be taken instead of disregarding spammers as a matter of principle. Finally, we discuss a set of applications which operationalize the results of our studies for enhancing both Social Annotation and semantic systems. These comprise on the one hand tools which foster the emergence of semantics, and on the one hand applications which exploit the socially induced relations to improve, e. g., searching, browsing, or user profiling facilities. In summary, the contributions of this work highlight viable methods and crucial aspects for designing enhanced knowledge-based services of a Social Semantic Web.

Pi: A Parallel Architecture Interface for Multi-Model Execution

This thesis defines Pi, a parallel architecture interface that separates model and machine issues, allowing them to be addressed independently. This provides greater flexibility for both the model and machine builder. Pi addresses a set of common parallel model requirements including low latency communication, fast task switching, low cost synchronization, efficient storage management, the ability to exploit locality, and efficient support for sequential code. Since Pi provides generic parallel operations, it can efficiently support many parallel programming models including hybrids of existing models. Pi also forms a basis of comparison for architectural components.

Gestió de les tesis de màster basades en competències

La tesi de màster o treball final d’estudis es pot definir com un treball individual i tutoritzat en el qual l’estudiant desenvolupa diferents competències per tal d’assolir un objectiu ben definit. Aquestes competències normalment són un subconjunt d’aquelles que defineixen el programa de màster i que possiblement es desenvolupen parcialment o totalment en les diferents assignatures del màster. Atès que la tesi de màster acostuma a ser l’activitat amb més ECTS i temps de dedicació en la majoria dels programes de màster, es considera que una gestió i seguiment acurat de l’activitat que es porta terme és molt necessària per assegurar l’assoliment de competències, per part de l’estudiant. Les competències variaran d’una tesi a l’altra; no solament pel fet que els objectius puguin ser diferents, també per la pròpia naturalesa del màster (tecnològic, ciències experimentals, humanitats, econòmiques, etc.) i per la seva orientació (recerca, acadèmic, professionalitzador o mixt). No obstant això, s’ha de poder garantir que l’estudiant, mentre executa les activitats i tasques associades al compliment dels objectius del projecte, vagi desenvolupant i assolint les competències previstes. Partint d’aquesta base s’ha realitzat una anàlisi exhaustiva de com s’ha de desenvolupar i gestionar una tesi de màster orientada a competències. El treball s’ha realitzat en el context del Màster Oficial en Informàtica Industrial i Automàtica (MOIIA) de la UdG (MO2006-00276). Es tracta d’un màster de l’àmbit tecnològic orientat a la recerca (bàsica i Girona, juny 2008 Universitat de Girona aplicada) en què es desenvolupen tant competències metodològiques (derivades dels trets comuns de la recerca en aquest àmbit) com específiques de cada un dels perfils de recerca definits en el màster. Per tant, tot i que l’anàlisi efectuada està molt centrada en aquest màster, les conclusions i la proposta final per implementar una guia d’execució de la tesi de màster és prou genèrica com perquè pugui prendre’s com a referència per al desenvolupament de guies similars en altres estudis

Structural invariance of multiple intelligences, based on the level of execution

Resumen tomado de la publicaci??n

Propuesta metodológica para la implementación del direccionamiento estratégico

El siguiente trabajo es una recopilación de las metodologías propuestas para la implantación de la Planeación Estratégica por medio del Direccionamiento Estratégico en las empresas, que como se ha visto en los últimos años, se ha hecho cada vez más importante que las empresas logren elaborar y ejecutar sus planes estratégicos para poder afrontar de mejor forma el mercado y sus condiciones cambiantes y aun mas con el avance acelerado de la globalización. La implantación y la puesta en marcha de los Planes Estratégicos en las empresas les da mejores herramientas a las empresas para enfrentar las incertidumbres del mercado, les brinda un horizonte claro y compartido a todos los empleados, saben para donde van y como lo van a lograr por medio de su misión, visión, políticas y objetivos corporativos, haciendo a las empresas perdurables y evitando la alta mortandad de las estas. Los planes estratégicos van de la mano del estudio y el análisis de su entorno, el entorno es cambiante y por lo mismo es necesario estudiarlo constantemente, es por esto que me permito mostrar también diferentes metodologías para el estudio de la competencia.

Competencias de las localidades en materia de planeación y ejecución de las políticas públicas en el Distrito Capital, en la administración de Enrique Peñalosa (1998 – 2000)

El diseño y la ejecución de las políticas públicas es una de las actividades fundamentales del Estado y es la forma en la que éste ofrece soluciones para suplir necesidades más apremiantes de la sociedad. La formulación y la ejecución de las políticas públicas también dan cuenta de las relaciones entre los gobiernos y la comunidad, y los niveles de legitimidad y gobernabilidad que tienen el Estado en un territorio determinado. La estructura político-administrativa de Bogotá, como Distrito Capital, es muy diferente a la de los demás municipios y departamentos del Colombia, pues desde 1991 se ha desarrollado un proceso de descentralización interna de la ciudad para acercar más al gobierno distrital con la comunidad y permitir la participación activa de los ciudadanos en la construcción de las soluciones a las necesidades de su entorno más cercano, las Localidades. En la primera década de desarrollo de este proceso interno de descentralización, tres administraciones afrontaron el reto de profundizar dicho proceso (Jaime Castro 1992-1994, Antanas Mockus – Paul Bromberg 1995-1997 y Enrique Peñalosa 1998-2000), que estaría enmarcado en el Estatuto Orgánico de Bogotá (Decreto-Ley 1421 de 1993). De estas tres primeras administraciones que se enfrentaron a la figura novedosa en el país de la descentralización al interior de un ente descentralizado como el Distrito Capital, la administración de Enrique Peñalosa adoptó políticas que disminuían la relativa autonomía que habían logrado las Localidades y planteó un modelo de recentralización que transformaba la relación entre los gobiernos locales, el gobierno central distrital y la ciudadanía.

Factores que incidieron en la entrada de las empresas colombianas a la ley de reestructuración 550 del 1999 en la ultima década

La ley 550 de Reestructuración empresarial en Colombia surgió en 1999 como una medida de contingencia desarrollada por el gobierno para proteger a la industria nacional ante la crisis que se encontraba atravesando el país en esa década. Por ende el presente trabajo muestra el desarrollo, la ejecución y el progreso de la ley 550 de 1999 desde su nacimiento hasta su evolución mas resiente. Adicionalmente se mostraran casos muy concretos y descripciones específicas de la ley que pueden llegar a ayudar más adelante a los empresarios que se puedan llegar a encontrar en proceso de reestructuración.

Using petri nets to specify and execute missions for autonomous underwater vehicles

This paper presents the design and implementation of a mission control system (MCS) for an autonomous underwater vehicle (AUV) based on Petri nets. In the proposed approach the Petri nets are used to specify as well as to execute the desired autonomous vehicle mission. The mission is easily described using an imperative programming language called mission control language (MCL) that formally describes the mission execution thread. A mission control language compiler (MCL-C) able to automatically translate the MCL into a Petri net is described and a real-time Petri net player that allows to execute the resulting Petri net onboard an AUV are also presented

A system to reduce the effect of CCDs saturation

Colour image segmentation based on the hue component presents some problems due to the physical process of image formation. One of that problems is colour clipping, which appear when at least one of the sensor components is saturated. We have designed a system, that works for a trained set of colours, to recover the chromatic information of those pixels on which colour has been clipped. The chromatic correction method is based on the fact that hue and saturation are invariant to the uniform scaling of the three RGB components. The proposed method has been validated by means of a specific colour image processing board that has allowed its execution in real time. We show experimental results of the application of our method

On AUV control architecture

This paper surveys control architectures proposed in the literature and describes a control architecture that is being developed for a semi-autonomous underwater vehicle for intervention missions (SAUVIM) at the University of Hawaii. Conceived as hybrid, this architecture has been organized in three layers: planning, control and execution. The mission is planned with a sequence of subgoals. Each subgoal has a related task supervisor responsible for arranging a set of pre-programmed task modules in order to achieve the subgoal. Task modules are the key concept of the architecture. They are the main building blocks and can be dynamically re-arranged by the task supervisor. In our architecture, deliberation takes place at the planning layer while reaction is dealt through the parallel execution of the task modules. Hence, the system presents both a hierarchical and an heterarchical decomposition, being able to show a predictable response while keeping rapid reactivity to the dynamic environment