WAIS seminar: Publication Workflows for Scientific Data

Wednesday 23rd April 2014 Speaker(s): Willi Hasselbring Organiser: Leslie Carr Time: 23/04/2014 11:00-11:50 Location: B32/3077 File size: 669 Mb Abstract For good scientific practice, it is important that research results may be properly checked by reviewers and possibly repeated and extended by other researchers. This is of particular interest for "digital science" i.e. for in-silico experiments. In this talk, I'll discuss some issues of how software systems and services may contribute to good scientific practice. Particularly, I'll present our PubFlow approach to automate publication workflows for scientific data. The PubFlow workflow management system is based on established technology. We integrate institutional repository systems (based on EPrints) and world data centers (in marine science). PubFlow collects provenance data automatically via our monitoring framework Kieker. Provenance information describes the origins and the history of scientific data in its life cycle, and the process by which it arrived. Thus, provenance information is highly relevant to repeatability and trustworthiness of scientific results. In our evaluation in marine science, we collaborate with the GEOMAR Helmholtz Centre for Ocean Research Kiel.

Utilidad de la tomografía en el diagnóstico y tratamiento de fracturas proximales del humero en tres y cuatro partes en mayores de 65 años

Las fracturas proximales del húmero en tres y cuatro partes en mayores de 65 años son un reto diagnóstico y de tratamiento por su complejidad. La clasificación de Neer ha sido una herramienta de ayuda para la caracterización y el tratamiento de las fracturas proximales del húmero y se basa en la evaluación radiográfica la cual puede no dejar claros patrones fractuarios complejos; la tomografía computarizada logra identificar estos patrones complejos los cuales son comunes en pacientes mayores de 65 años, aun así, no es claro el impacto de realizar la tomografía. Este estudio está diseñado para evidenciar si existe un cambio en la clasificación e indicación de manejo en fracturas proximales del húmero en tres y cuatro partes interpretadas con radiografías al ser posteriormente valoradas con tomografía. 15 expertos interpretan e indican manejo de 20 estudios radiográficos de fracturas en tres y cuatro partes del húmero proximal de pacientes mayores de 65 años, previamente asintomáticos, funcionales con única fractura, se realiza la valoración tomográfica y se relaciona a los resultados radiográficos, allí se evidencia si existe o no el cambio de clasificación y manejo de las fracturas. Mediante un estudio observacional, descriptivo y retrospectivo se encuentra que la valoración de la tomografía puede variar la clasificación y el tratamiento indicados inicialmente por los estudios radiográficos en un 60.3% y 54.3% respectivamente, siendo una variación de conducta en más de la mitad de los casos se aprecia la necesidad de realizar el estudio tomográfico.

Descripción del estado acido base en pacientes con quemaduras térmicas agudas: serie de casos

Introducción: Los pacientes con lesiones térmicas presentan alteraciones fisiológicas complejas que hacen difícil la caracterización del estado ácido-base y así mismo alteraciones electrolíticas e hipoalbuminemia que pudieran estar relacionados con un peor pronóstico. Se ha estudiado la base déficit (BD) y el lactato, encontrando una gran divergencia en los resultados. Por lo anterior, el análisis físico-químico del estado ácido-base podría tener un rendimiento superior a los métodos tradicionales. Metodología: Se realizó el análisis de una serie de casos de 15 pacientes mayores de 15 años, con superficie corporal quemada mayor al 20% que ingresaron a una unidad de cuidado intensivo (UCI) de quemados, dentro de las siguientes 48 horas del trauma. Para el análisis se utilizaron tres métodos distintos: 1) método convencional basado en la teoría de Henderson-Hasselbalch, 2) anión-gap (AG) y anión-gap corregido por albúmina, 3) análisis físico-químico del estado ácido-base según la teoría de Stewart modificado por Fencl y Figge. Resultados: Por el método de Henderson-Hasselbalch, 8 pacientes cursaron con acidosis metabólica, 4 pacientes con una BD leve, 5 pacientes con una BD moderada y 5 pacientes con una BD severa. El AG resultó menor a 16 mmol/dl en 10 pacientes, pero al corregirlo por albumina sólo 2 pacientes cursaron con AG normal. La diferencia de iones fuertes (DIF) se encontraba anormalmente elevada en la totalidad de los pacientes. Conclusión:El análisis del AG corregido por albumina y el análisis físico-químico del estado ácido-base, podrían tener mayor rendimiento al identificar las alteraciones metabólicas de estos pacientes.

Primary Prevention and Screening Strategies for Colorectal Cancer: Which Strategy Should Take?

Objective: To explore and define the utility of different strategies for primary prevention (ASA, diet, physical activity) and strategies of screening test (FOBT, sigmoidoscopy, colonoscopy, etc.) for colorectal cancer. Data source: Databases consulted were MEDLINE (1966 to 2006), DARE (1980 to 2006), Cochrane Central Register of Controlled Trials, Cochrane Collaboration’s Registry of Clinical Trials, Cochrane Database of Systematic Reviews and LILACS. Study selection: Studies such clinical trial, cohort and case-control studies of the effectiveness of tests for screening and primary prevention adenoma and colorectal cancer were identified by two reviewers. Data Extraction: The extraction of data and its evaluation is done in most of the process so paired. Limitations: Not strictly complies with the methodology of a systematic review and therefore reproducibility is questionable, the conclusions of this study should be extrapolated with caution. Conclusions: The major strategy of screening on the effectiveness of early detection of premalignant lesions or cancer is colonoscopy every 5 years, however it is necessary to evaluate this measure cost-effectiveness studies. For primary prevention, aspirin and cyclooxygenase-2 inhibitors reduce the incidence of colorectal adenomas. Aspirin can reduce colorectal cancer incidence. However, these medications may be associated with a significant risk of cardiovascular events and gastrointestinal bleeding. The balance between risks and benefits must be evaluated in future studies.

Análisis económico de las vacunas 10-valente y 13-valente contra neumococo: revisión sistemática

Introducción: Las vacunas clásicamente han representado un método económico y eficaz para el control y prevención de múltiples enfermedades infecciosas. En los últimos años se han introducido nuevas vacunas contra neumococo a precios elevados, y los diferentes análisis económicos a nivel mundial de estas vacunas no muestran tendencias. El objetivo de este trabajo era resumir la evidencia existente a través de los diferentes estudios económicos evaluando las dos vacunas de segunda generación contra neumococo en la población a riesgo. Metodología: En este trabajo se realizo una revisión sistemática de la literatura en 8 bases de datos localizadas en diferentes partes del mundo y también que tuvieran literatura gris. Los artículos fueron inicialmente evaluados acorde a su titulo y resumen, posteriormente los elegidos se analizaron en su totalidad. Resultados: Se encontraron 404 artículos, de los cuales 20 fueron incluidos en el análisis final. Se encontró que la mayoría de los estudios se realizaron en áreas donde la enfermedad tiene una carga baja, como es Norte América y Europa, mientras que en los lugares del mundo donde la carga es mas alta, se realizaron pocos estudios. De igual manera se observo que la mayoría de los estudios mostraron por los menos ser costo efectivos respecto a la no vacunación, y en su totalidad las dos vacunas de segunda generación mostraron costo efectividad respecto a la vacunación con PCV-7. Los resultados de los estudios son muy heterogéneos, hasta dentro del mismo país, señalando la necesidad de guías para la conducción de este tipo de estudios. De igual manera, la mayoría de los estudios fueron financiados por farmacéuticas, mientras en un numero muy reducido por entes gubernamentales. Conclusiones: La mayoría de los estudios económicos sobre las vacunas de segunda generación contra neumococo han sido realizados en países con un alto índice de desarrollo económico y patrocinados por farmacéuticas. Dado que la mayoría de la carga de la enfermedad se encuentran en regiones con un menor nivel de desarrollo económico se deberían realizar mas en estas zonas. De igual manera, al ser la vacunación un asunto de salud publica y con un importante impacto económico los gobiernos deberían estar mas involucrados en los mismos.

Escala para valoración cliníca de fotoenvejecimiento cutáneo en la cara

Introducción: el fotoenvejecimiento cutáneo es causado principalmente por la exposición crónica y acumulativa a los rayos ultravioleta. Las clasificaciones y escalas existentes evalúan el envejecimiento cutáneo de forma global y no existe un instrumento que valore exclusivamente el fotoenvejecimiento cutáneo. Objetivo: Construir y realizar la validación de contenido, de una escala para valoración clínica del fotoenvejecimiento cutáneo en la cara. Materiales y métodos: Estudio de validez de contenido, de una escala para valoración clínica del fotoenvejecimiento cutáneo en cara, construida a partir del marco conceptual, y evaluada por 15 expertos con especialidades médicas que manejan el fotoenvejecimiento. Los datos obtenidos se analizaron así: porcentaje de la pertinencia; la media; coeficiente de variación (CV) e índice de validez de contenido por ítem (CVIi) de cada ítem incluido en la escala. Resultados: Para el grupo de 15 expertos evaluadores, la pertinencia de los 6 ítems incluidos en los criterios clínicos, arrojo una media de 4,2/5 con CVIi entre 73,3% y 100% y con CV por debajo del 20%; el ítem de surcos tuvo un CV de 26,93%; la pertinencia de los 5 ítems incluidos en los antecedentes, arrojo una media de 3,9/5, un CVIi entre 73,3% y 80% y un CV entre 33,67% y 39,84%. Discusión y conclusiones: La validez de contenido de los criterios clínicos de la escala cumplió en un nivel alto con la pertinencia, lo que indica que miden adecuada y exclusivamente las dimensiones del grado clínico de fotoenvejecimiento cutáneo en cara evaluado por los expertos.

Perdurabilidad y competitividad en bancos comerciales segmento masivo, tamaño intermedio: caso Colpatria

Teniendo en cuenta la complejidad del sistema financiero colombiano y su alto impacto en la economía nacional, surge el interés de realizar un estudio y análisis cualitativo y cuantitativo de diversos agentes de este sector. A partir de allí, se genera un diagnóstico de morbilidad, hacinamiento e imitación en el sector, así como de perdurabilidad del Banco Colpatria Durante el documento se hará énfasis en la estrategia de redes y alianzas del sector estudiado, el cual, según revisión, promueve la bancarización y acceso al sistema financiero en todo el país. A su vez, se analizarán indicadores financieros del sector, se utilizará análisis retrospectivo y se realizarán entrevistas y encuestas a los colaboradores del Banco Colpatria y a los usuarios de sus redes, con el propósito de entender el estado actual del sector, de la organización estudiada, así como de identificar características o elementos del pasado, presente y futuro de la banca y de sus agentes. Por lo tanto, se emite un diagnóstico del sector estratégico: bancos comerciales segmento masivo, tamaño intermedio y finalmente se generan recomendaciones para evitar el hacinamiento del sector y generar perdurabilidad en la entidad estudiada.

Resultados de la cirugía laparoscópica comparada con la cirugía abierta en el cáncer colorrectal. Revisión sistemática

Determinar el efecto de la cirugía laparoscópica versus cirugía abierta sobre la supervivencia en el manejo de pacientes del cáncer colorectal.

Corticoides versus Placebo o tratamiento conservador en Cefalea post punción dural. Revisión sistemática y metaanálisis

Introducción Se realizó una revisión sistemática de la literatura y metaanálisis para determinar la utilidad, en términos de reducción de la intensidad y la prevención de la cefalea post-punción dural, de los corticoides endovenosos. Materiales y métodos Revisión sistemática y metaanálisis, dos revisores seleccionaron y analizaron los artículos definidos en los términos de entrada, extrajeron características generales de los estudios incluidos, describieron los principales hallazgos y resumieron sus resultados. Se analizó la heterogeneidad por el coeficiente de I2 y Tau2 , la magnitud del efecto se analizó en el coeficiente Z, todos los estadísticos asumieron un nivel de significancia del 95%, en cuadros y figuras (de control de sesgos y Forres Plot) Resultados 75 Referencias fueron seleccionadas, 33 identificadas en la búsqueda y 48 por método de Snowball; Seis concordaron con los criterios de elegibilidad; 69 fueron excluidas por no cumplir con los criterios de inclusión; el enmascaramiento aspecto de mayor riesgo de sesgo (intermedio); en conjunto hubo buen control del riesgo de sesgo entre los estudios incluidos. Los resultados muestran baja heterogeneidad a favor de la intervención con corticoides en el tratamiento de la cefalea post-dural; amplia heterogeneidad y sin efecto para la prevención de la cefalea post-dural. Conclusiones Se recomienda el uso de hidrocortisona o metilprednisolona en la reducción de la intensidad de la cefalea post-dural. No se cuenta con evidencia de dexametasona en la prevención de cefalea postdural. Se requiere de estudios adicionales, con otras intervenciones farmacológicas que sobre la plausibilidad de la condición (cefalea post-dural) pudieran prevenir o disminuir su ocurrencia

Eficacia y seguridad de la melatonina para el manejo de los trastornos del sueño en el autismo: meta-análisis

INTRODUCCIÓN: El 80% de los niños y adolescentes con trastornos del espectro autista (TEA) presenta algún trastorno del sueño, en cuya génesis al parecer intervienen alteraciones en la regulación de la melatonina. El objetivo de este metaanálisis fue determinar la eficacia y seguridad de la melatonina para el manejo de ciertos trastornos del sueño en niños con TEA. MÉTODOS: Tres revisores extrajeron los datos relevantes de los ensayos clínicos aleatorizados doble ciego de alta calidad publicados en bases de datos primarias, de ensayos clínicos, de revisiones sistemáticas y de literatura gris; además se realizó búsqueda en bola de nieve. Se analizaron los datos con RevMan 5.3. Se realizó un análisis del inverso de la varianza por un modelo de efectos aleatorios para las diferencias de medias de los desenlaces propuestos: duración del tiempo total, latencia de sueño y número de despertares nocturnos. Se evaluó la heterogeneidad interestudios con el parámetro I2 RESULTADOS: La búsqueda inicial arrojó 355 resultados, de los cuales tres cumplieron los criterios de selección. La melatonina resultó ser un medicamento seguro y eficaz para aumentar la duración total del sueño y disminuir la latencia de sueño en niños y adolescentes con TEA; hasta el momento la evidencia sobre el número de despertares nocturnos no es estadísticamente significativa. DISCUSIÓN: A la luz de la evidencia disponible, la melatonina es una elección segura y eficaz para el manejo de ciertos problemas del sueño en niños y adolescentes con TEA. Es necesario realizar estudios con mayores tamaños muestrales y comparados con otros medicamentos disponibles en el mercado.

La música a la ciutat de Girona (1888-1985)

La tesi és una investigació histórica que presenta el fet musical a la ciutat de Girona, i inclou una paronòmica general de la història musical de les principals poblacions de les seves comarques: Olot, Figueres, Banyoles. ripoll, La Bisbal d'Empordà, Sant Feliu de Guíxols, etc. Està organitzada metodològicament en un marc cronològic i una metodologia positivista, intentant reflexar la verdadera història de la música a la ciutat de Girona amb tots i cadascun dels seus personatges i les seves institucions. La recerca s'emmarca al voltant de les corrents artístiques i polítiques de cada moment: Modernisme, Noucentisme, República, Guerra Civil, Franquisme i Democràcia. De cadascuna d'ella s'ha investigat sobre les orquestres, les cobles i les sardanes, els grups de música de cambra, la música en els cafès, la música en la intimitat de les cases particulars, el desenvolupament laboral de la professió musical a travès de la història del Sindicat i la Mútua de Músics, les sales de ball, els cinemes amb música en directe, els crítics musicals, etc. La recerca porta a la conclusió final de què l'època de millor esplendor, de més qualitat i també quantitat de música a la ciutat i comarques, i que ha viscut un millor ambient musical en tota la història, és el període que va des de principis del segle XX fins a l'esclat de la Guerra Civil (1900-1936)

Construction contracts: law and management (3rd edition)

This book is aimed primarily at students for whom the study of building or civil engineering contracts forms part of a construction-based course. We have had in mind the syllabus requirements for first degrees in Building, Civil Engineering, Architecture, Quantity Surveying and Building Surveying, as well as those of postgraduate courses in Construction Management and Project Management. We have also assumed that such students will already have been introduced to the general principles of English law, especially those relating to contract and tort. As a result, while aspects of those subjects that are of particular relevance to construction are dealt with here, the reader must look elsewhere for the general legal background. In producing this third edition, we have again been greatly assisted by the many helpful comments made by reviewers and users of its predecessor. Nonetheless, our basic aim is identical to that which underpinned the first edition: to provide an explanation of the fundamental principles of construction contract law, rather than a clause-by-clause analysis of any particular standard-form contract. As a result, while we draw most frequently upon JCT 98 for our illustrations of particular points, this merely reflects the pre-eminent position occupied by that particular form of contract in the UK construction industry. We conclude by repeating our previous warning as to the dangers inherent in a little learning. Neither this book, nor the courses for which it is intended, seek to produce construction lawyers. The objective is rather to enable those who are not lawyers to resolve simple construction disputes before they become litigious, and to recognize when matters require professional legal advice. It should be the aim of every construction student to understand the legal framework sufficiently that they can instruct and brief specialist lawyers, and this book is designed to help them towards that understanding.

Which drugs cause preventable admissions to hospital? A systematic review

Aim: Previous systematic reviews have found that drug-related morbidity accounts for 4.3% of preventable hospital admissions. None, however, has identified the drugs most commonly responsible for preventable hospital admissions. The aims of this study were to estimate the percentage of preventable drug-related hospital admissions, the most common drug causes of preventable hospital admissions and the most common underlying causes of preventable drug-related admissions. Methods: Bibliographic databases and reference lists from eligible articles and study authors were the sources for data. Seventeen prospective observational studies reporting the proportion of preventable drug-related hospital admissions, causative drugs and/or the underlying causes of hospital admissions were selected. Included studies used multiple reviewers and/or explicit criteria to assess causality and preventability of hospital admissions. Two investigators abstracted data from all included studies using a purpose-made data extraction form. Results: From 13 papers the median percentage of preventable drug-related admissions to hospital was 3.7% (range 1.4-15.4). From nine papers the majority (51%) of preventable drug-related admissions involved either antiplatelets (16%), diuretics (16%), nonsteroidal anti-inflammatory drugs (11%) or anticoagulants (8%). From five studies the median proportion of preventable drug-related admissions associated with prescribing problems was 30.6% (range 11.1-41.8), with adherence problems 33.3% (range 20.9-41.7) and with monitoring problems 22.2% (range 0-31.3). Conclusions: Four groups of drugs account for more than 50% of the drug groups associated with preventable drug-related hospital admissions. Concentrating interventions on these drug groups could reduce appreciably the number of preventable drug-related admissions to hospital from primary care.

Deception-detection and machine intelligence in practical Turing tests

Deception-detection is the crux of Turing’s experiment to examine machine thinking conveyed through a capacity to respond with sustained and satisfactory answers to unrestricted questions put by a human interrogator. However, in 60 years to the month since the publication of Computing Machinery and Intelligence little agreement exists for a canonical format for Turing’s textual game of imitation, deception and machine intelligence. This research raises from the trapped mine of philosophical claims, counter-claims and rebuttals Turing’s own distinct five minutes question-answer imitation game, which he envisioned practicalised in two different ways: a) A two-participant, interrogator-witness viva voce, b) A three-participant, comparison of a machine with a human both questioned simultaneously by a human interrogator. Using Loebner’s 18th Prize for Artificial Intelligence contest, and Colby et al.’s 1972 transcript analysis paradigm, this research practicalised Turing’s imitation game with over 400 human participants and 13 machines across three original experiments. Results show that, at the current state of technology, a deception rate of 8.33% was achieved by machines in 60 human-machine simultaneous comparison tests. Results also show more than 1 in 3 Reviewers succumbed to hidden interlocutor misidentification after reading transcripts from experiment 2. Deception-detection is essential to uncover the increasing number of malfeasant programmes, such as CyberLover, developed to steal identity and financially defraud users in chatrooms across the Internet. Practicalising Turing’s two tests can assist in understanding natural dialogue and mitigate the risk from cybercrime.

The spaces of the Wednesday Play (BBC TV 1964–1970): production, technology and style

The BBC television drama anthology The Wednesday Play, broadcast from 1964-70 on the BBC1 channel, was high-profile and often controversial in its time and has since been central to accounts of British television’s ‘golden age’. This article demonstrates that production technologies and methods were more diverse at that time than is now acknowledged, and that The Wednesday Play dramas drew both approving but also very critical responses from contemporary viewers and professional reviewers. This article analyses the ways that the physical spaces of production for different dramas in the series, and the different technologies of shooting and recording that were adopted in these production spaces, are associated with but do not determine aesthetic style. The adoption of single-camera location filming rather than the established production method of multi-camera studio videotaping in some of the dramas in the series has been important to The Wednesday Play’s significance, but each production method was used in different ways. The dramas drew their dramatic forms and aesthetic emphases from both theatre and cinema, as well as connecting with debates about the nature of drama for television. Institutional and regulatory frameworks such as control over staff working away from base, budgetary considerations and union agreements also impacted on decisions about how programmes were made. The article makes use of records from the BBC Written Archives Centre, as well as published scholarship. By placing The Wednesday Play in a range of overlapping historical contexts, its identity can be understood as transitional, differentiated and contested.