T-Coffee: a web server for the multiple sequence alignment of protein and RNA sequences using structural information and homology extension

This article introduces a new interface for T-Coffee, a consistency-based multiple sequence alignment program. This interface provides an easy and intuitive access to the most popular functionality of the package. These include the default T-Coffee mode for protein and nucleic acid sequences, the M-Coffee mode that allows combining the output of any other aligners, and template-based modes of T-Coffee that deliver high accuracy alignments while using structural or homology derived templates. These three available template modes are Expresso for the alignment of protein with a known 3D-Structure, R-Coffee to align RNA sequences with conserved secondary structures and PSI-Coffee to accurately align distantly related sequences using homology extension. The new server benefits from recent improvements of the T-Coffee algorithm and can align up to 150 sequences as long as 10 000 residues and is available from both http://www.tcoffee.org and its main mirror http://tcoffee.crg.cat.

Patients' preferences on information and involvement in decision-making in gastrointestinal surgery

Contexte et but de l'étude: La relation médecin-patient a subi d'importants changements et l'actuelle émancipation des patients a conduit à un véritable partenariat dans la prise de décisions thérapeutiques. Notre étude a pour but de déterminer les préférences des patients pour différents aspects de la prise de décisions au cours d'un traitement et de ses potentielles complications, de même que la quantité et le type d'information souhaitée avant une intervention chirurgicale digestive. Patients et méthodes : Il s'agit d'une étude prospective non-randomisée basée sur un questionnaire donné lors de la consultation préopératoire à 254 patients consécutifs prévus pour une chirurgie gastro-intestinale élective. Résultats : Pour les potentielles complications chirurgicales et la possibilité d'un séjour aux soins intensifs, 64% des patients souhaitent participer activement aux décisions médicales, et respectivement 89% et 60% des patients aimeraient discuter d'une éventuelle réanimation cardio-pulmonaire et de limitations au traitement. Respectivement 73%, 77% et 47% des patients ont souhaité une information très détaillée, une infoimation pour une possible hospitalisation en soins intensifs ou une éventuelle réanimation cardiaque. Les patients âgés ou avec un niveau de formation bas étaient significativement moins intéressés à une prise de décision partagée (p=0.003 et 0.015) et à une information complète (p=0.03 et 0.05), De plus, l'implication des familles dans les prises de décision n'était favorisée que si le patient est en coma (74%), et significativement moins importante chez les personnes âgées et de sexe masculin (p=0.04 et 0.03 respectivement). Ni le type de chirurgie prévue (majeure ou mineure) ni la sévérité de la pathologie (cancer ou non) ne furent des facteurs statistiquement significatifs pour un désir plus élevé de partager la prise de décision, pour plus d'information ou pour impliquer d'avantage la famille. Conclusions : Notre étude démontre que la majorité des patients chirurgicaux souhaitent recevoir une information préopératoire complète concernant leur maladie et le traitement planifié. Ils considèrent également comme crucial d'être impliqués dans les prises de décisions thérapeutiques pour le traitement et pour les possibles complications. Le rôle de la famille est limité aux situations ou le patient n'est plus en mesure de participer aux décisions.

The effect of information and communication technology on global paper consumption

The objective of this thesis is to find out how information and communication technology affects the global consumption of printing and writing papers. Another objective is to find out, whether there are differences between paper grades in these effects. The empirical analysis is conducted by linear regression analysis using three sets of country-level panel data from 1990-2006. Data set of newsprint contains 95 countries, data set of uncoated woodfree paper 61 countries and data set of coated mechanical paper 42 countries. The material is based on paper consumption data of RISI’s Industry Statistics Database and on the information and communication technology data of GMID-database. Results indicate that number of Internet users has statistically significant negative effect on the consumption of newsprint and on the consumption of coated mechanical paper and number of mobile telephone users has positive effect on the consumptions of these papers. Results also indicate that information and communication technologies have only small effect on consumption of uncoated woodfree paper or no significant effect at all, but these results are more uncertain to some extent.

Core Competence of a Small or Medium Sized Content Providing Company Operating in the Information and Communication Technologies Secto

Tutkimuksen tavoitteena on tarkastella tekijöitä, joista ydinosaaminen muodostuu, sekä sitä kuinka yritykset voisivat parhaiten hyödyntää omia resurssejaan ja osaamistaan tunnistetun ydinosaamisen avulla. Teoria osuudessa käydään läpi kuinka ydinosaaminen on kirjallisuudessa määritelty ja miten yritykset voivat sen määritellä sisäisesti itselleen. Empiirisessä osiossa käydään läpi Telecom Business Research Centerissä tehdyn kvantitatiivisen selvityksen pohjalta valitut kolme sisällöntuottaja case - yritystä sekä kuvataan näiden osaamista. Tiedot yrityksistä perustuvat niiden edustajille tehtyihin haastatteluihin ja heidän käsitykseensä omasta yrityksestään. Tämä näkemys on tutkimuksen kannalta äärimmäisen relevanttia, koska ydinosaamisen määrittely tehdään yrityksessä sisäisesti juuri haastatellun kaltaisten yrityksen ydintoimijoiden toimesta. Varsinaisten case -yritysten lisäksi käydään läpi käytännön tapaus action-oriented -tutkimusosuudessa. Tutkimusta ja siinä käsiteltyjä esimerkkejä tulisi hyödyntää yrityksen oman ydinosaamisselvityksen apuna prosessin varrella.

Information and Material Flows in Project Business

Tavoitteena diplomityössä oli kuvata projektiliiketoimintaa harjoittavan yrityksen informaatio- ja materiaalivirrat toimitusprojekteissa. Selvitys haluttiin tehdä tulevia kehitysprojekteja varten. Diplomityö toteutettiin kahessa osassa: laatimalla aiheeseen liittyvä teoriakatsaus ja kartoittamalla todellinen tilanne yrityksen sisällä.Teoriaosassa kuvattiin tarkastelualue ja projektiliiketoiminnan erityispiirteitä sekä käsiteltiin tietojärjestelmiä ja materiaalivirran hallintaan liittyviä asioita. Yrityksen informaatio- ja materiaalivirtojen nykytila kartoitettiin laatimalla vuokaaviot kolmen esimerkkituotteen toimitusprojekteista. Kaaviot laadittiin yrityksen sisäisten dokumenttien ja kvalitatiivisten haastattelujen pohjalta. Kaavioiden sisältöä täydennettiin taulukoimalla kaavioissa esiintyvien dokumettien sisältöä. Työn tuloksena muodostui kuva tiedonkäsittelyn nykytilasta myynti- ja toimitusprojekteissa, pelkistetty visio tulevaisuuden tietojärjestelmien rooleista sekä ehdotuksia tulevia kehitysprojekteja varten.

On Market Entry Strategies to France, Italy and Spain – The Finnish Information and Communication Technologies Sector

Tutkielman tavoitteena oli tarkastella markkinoillemenostrategian valitsemista Ranskan, Italian ja Espanjan Informaatio- ja kommunikaatioteknologioiden markkinoille (pääpainon ollessa Ranskassa). Tutkielman empiiristä osaa varten tehtiin sarja haastatteluja. Niistä saatuja tuloksia verrattiin kirjallisuudesta saatuihin tietoihin. Kirjallisuuden ja haastattelujen avulla pyrittiin tuomaan esille uutta tietoa joka voisi auttaa suomalaisyrityksiä heidän suunnitellessa markkinoillemenoa. Suomalaisten ICT-alan yritysten suurimmat ongelmat kohdemarkkinoille markkinoillemenoprosessissa johtuvat kulttuurieroista ja byrokratiasta. Markkinoillemenomuodon valinnassa haluttiinkin haastatteluissa painottaa paikallisten työntekijöiden ja kumppaneiden käyttöä. Lisäksi kaivattiin suomalaisyritysten välistä parempaa yhteistyötä.

Studying the recent situation of information and communication technology industry

Globaalinen liiketoimintaympäristö on muutoksessa. Uudet teknologiat muuttavat toimintaympäristöä ja talouden säännöt muuttuvat nopeasti. Uusia liiketoimintamalleja tarvitaan. Tutkimuksen tavoitteena oli analysoida tieto- ja viestintäteollisuuden (ICT-teollisuus) nykytilannetta strategisesta ja kilpailuanalyyttisestä näkökulmasta, sekä luoda kuva ICT-teollisuudesta ja sen suurista pelureista Euroopassa ja USA:ssa. Tutkimus analysoi viittä suurta ICT-alan yritystä. Tutkimus oli luonteeltaan sekä kvalitatiivinen että kvantitatiivinen. Yrityksiä analysoitiin käyttäen numeerista ja laadullista materiaalia. Tutkimus perustui kirjallisuuteen, artikkeleihin, tutkimusraportteihin, yritysten internet-kotisivuihin ja vuosikertomuksiin. Tutkimuksen tuloksena voitiin löytää sekä yhtäläisyyksiä että eroavaisuuksia yritysten liiketoimintamallien ja taloudellisen menestymisen väliltä.

Older consumers adopting information and communication technology: Evaluating opportunities for health care applications

The purpose of this dissertation is to analyse older consumers' adoption of information and communication technology innovations, assess the effect of aging related characteristic, and evaluate older consumers' willingness to apply these technologies in health care services. This topic is considered important, because the population in Finland (as in other welfare states) is aging and thus offers a possibility for marketers, but on the other hand threatens society with increasing costs for healthcare. Innovation adoption has been under research from several aspects in both organizational and consumer research. In the consumer behaviour, several theories have been developed to predict consumer responses to innovation. The present dissertation carefully reviews previous research and takes a closer look at the theory of planned behaviour, technology acceptance model and diffusion of innovations perspective. It is here suggested that there is a possibility that these theories can be combined and complemented to predict the adoption of ICT innovations among aging consumers, taking the aging related personal characteristics into account. In fact, there are very few studies that have concentrated on aging consumers in the innovation research, and thus there was a clear indent for the present research. ICT in the health care context has been studied mainly from the organizational point of view. If the technology is thus applied for the communication between the individual end-user and service provider, the end-user cannot be shrugged off. The present dissertation uses empirical evidence from a survey targeted to 55-79 year old people from one city in Southern-Carelia. The empirical analysis of the research model was mainly based on structural equation modelling that has been found very useful on estimating causal relationships. The tested models were targeted to predict the adoption stage of personal computers and mobile phones, and the adoption intention of future health services that apply these devices for communication. The present dissertation succeeded in modelling the adoption behaviour of mobile phones and PCs as well as adoption intentions of future services. Perceived health status and three components behind it (depression, functional ability, and cognitive ability) were found to influence perception of technology anxiety. Better health leads to less anxiety. The effect of age was assessed as a control variable, in order to evaluate its effect compared to health characteristics. Age influenced technology perceptions, but to lesser extent compared to health. The analyses suggest that the major determinant for current technology adoption is perceived behavioural control, and additionally technology anxiety that indirectly inhibit adoption through perceived control. When focusing on future service intentions, the key issue is perceived usefulness that needs to be highlighted when new services are launched. Besides usefulness, the perception of online service reliability is important and affects the intentions indirectly. To conclude older consumers' adoption behaviour is influenced by health status and age, but also by the perceptions of anxiety and behavioural control. On the other hand, launching new types of health services for aging consumers is possible after the service is perceived reliable and useful.

The role of business information and knowledge in sales steering

The objective of this study is to find out how sales management can be optimally supported with business information and knowledge. The first chapters of the study focus on theoretical literature about sales planning, sales steering, business intelligence, and knowledge management. The empirical part of the study is a case study for which the material was collected through interviews with the selected people of the company. The findings from the interviews were analyzed, and possible suggestions for solving the problems were made. The case study revealed that sales management requires a multitude of metrics and reports to steer the sales to the desired direction. The information sources can be internal and external, and the optimal solution for satisfying the information needs is a combination of both of these. The simple information should be turned into knowledge by merging the intellectual assets with the information from the firm’s transaction processing systems, in order to promote organizational learning and effective decision-making.

Lectio praecursoria : Systems between information and knowledge : in a memory management model of an extended enterprise

VTT Jouni Meriluodon valtio-opin alaan kuuluva väitöskirja Systems between information and knowledge : in a memory management model of an extended enterprise tarkastettiin 21.6.2011 Helsingin yliopistossa.