HLA-A Typing in formalin-fixed paraffin embedded tissue samples : towards potential retrospective analysis

El Antígeno Leucocitario Humano (HLA en inglés) ha sido descrito en muchos casos como factor de pronóstico para cáncer. La característica principal de los genes de HLA, localizados en el cromosoma 6 (6p21.3), son sus numerosos polimorfismos. Los análisis de secuencia de nucleótidos muestran que la variación está restringida predominantemente a los exones que codifican los dominios de unión a péptidos de la proteína. Por lo tanto, el polimorfismo del HLA define el repertorio de péptidos que se unen a los alotipos de HLA y este hecho define la habilidad de un individuo para responder a la exposición a muchos agentes infecciosos durante su vida. La tipificación de HLA se ha convertido en un análisis importante en clínica. Muestras de tejido embebidas en parafina y fijadas con formalina (FFPE en inglés) son recolectadas rutinariamente en oncología. Este procedimiento podría ser utilizado como una buena fuente de ADN, dado que en estudios en el pasado los ensayos de recolección de ADN no eran normalmente llevados a cabo de casi ningún tejido o muestra en procedimientos clínicos regulares. Teniendo en cuenta que el problema más importante con el ADN de muestras FFPE es la fragmentación, nosotros propusimos un nuevo método para la tipificación del alelo HLA-A desde muestras FFPE basado en las secuencias del exón 2, 3 y 4. Nosotros diseñamos un juego de 12 cebadores: cuatro para el exón 2 de HLA-A, tres para el exón 3 de HLA-A y cinco para el exón 4 de HLA-A, cada uno de acuerdo las secuencias flanqueantes de su respectivo exón y la variación en la secuencia entre diferentes alelos. 17 muestran FFPE colectadas en el Hospital Universitario de Karolinska en Estocolmo Suecia fueron sometidas a PCR y los productos fueron secuenciados. Finalmente todas las secuencias obtenidas fueron analizadas y comparadas con la base de datos del IMGT-HLA. Las muestras FFPE habían sido previamente tipificadas para HLA y los resultados fueron comparados con los de este método. De acuerdo con nuestros resultados, las muestras pudieron ser correctamente secuenciadas. Con este procedimiento, podemos concluir que nuestro estudio es el primer método de tipificación basado en secuencia que permite analizar muestras viejas de ADN de las cuales no se tiene otra fuente. Este estudio abre la posibilidad de desarrollar análisis para establecer nuevas relaciones entre HLA y diferentes enfermedades como el cáncer también.

Tissue- specific DNA methylation profiles in newborns

Experimental and epidemiological studies demonstrate that fetal growth restriction and low birth weight enhance the risk of chronic diseases in adulthood. Derangements in tissue-specific epigenetic programming of fetal and placental tissues are a suggested mechanism of which DNA methylation is best understood. DNA methylation profiles in human tissue are mostly performed in DNA from white blood cells. The objective of this study was to assess DNA methylation profiles of IGF2 DMR and H19 in DNA derived from four tissues of the newborn. We obtained from 6 newborns DNA from fetal placental tissue (n = 5), umbilical cord CD34+ hematopoietic stem cells (HSC) and CD34- mononuclear cells (MNC) (n = 6), and umbilical cord Wharton jelly (n = 5). HCS were isolated using magnetic-activated cell separation. DNA methylation of the imprinted fetal growth genes IGF2 DMR and H19 was measured in all tissues using quantitative mass spectrometry. ANOVA testing showed tissue-specific differences in DNA methylation of IGF2 DMR (p value 0.002) and H19 (p value 0.001) mainly due to a higher methylation of IGF2 DMR in Wharton jelly (mean 0.65, sd 0.14) and a lower methylation of H19 in placental tissue (mean 0.25, sd 0.02) compared to other tissues. This study demonstrates the feasibility of the assessment of differential tissue specific DNA methylation. Although the results have to be confirmed in larger sample sizes, our approach gives opportunities to investigate epigenetic profiles as underlying mechanism of associations between pregnancy exposures and outcome, and disease risks in later life.

Mental health of internally displaced preschool children: a cross-sectional study conducted in Bogotá, Colombia

A causa de los conflictos armados, como el de Colombia, se han desplazado por la fuerza a millones de personas, entre ellas una importante parte de la población infantil. Este estudio tuvo como objetivo evaluar la salud mental de los niños desplazados internos en edad preescolar en Bogotá Colombia, e identificar los determinantes de la salud mental en estos niños. Métodos: Estudio transversal realizado entre 279 niños que asisten a cuatro jardines infantiles en un barrio marginal de Bogotá. La salud mental infantil se evaluó con el instrumento validado de Comportamiento Infantil (CBCL) 1,5-5 años, aplicados a padres y cuidadores. Se realizo un análisis univariado y multivariado de regresión logística para evaluar la asociación entre el desplazamiento y la salud mental de los niños y para identificar las relaciones con la salud mental en los niños desplazados. Resultados: los Niños desplazados (n = 90) se identificaron con más frecuencia sobre los puntos de corte límite para las escalas CBCL que los no desplazados (n = 189) (por ejemplo, problemas totales 46,7 vs 22,8%;p \ 0,001). La asociación entre el desplazamiento y la presencia de problemas CBCL totales se mantuvo después del ajuste por factores socio-demográficos (OR Ajustado 3.3 del 95%: 1,5; 6,9). Donde la salud mental del cuidador explica en parte la asociación. En los niños desplazados, la salud mental del cuidador (p \ 0,01) y el funcionamiento familiar (p \ 0,01) se asociaron independientemente con la salud mental de los niños. La exposición a eventos traumáticos y el apoyo social también se asociaron con la salud mental del niño, sin embargo, las asociaciones no fueron independientes. Conclusión: En este barrio marginal de Bogotá, los niños en edad preescolar registrados como desplazados internos presentan peor salud mental que los no desplazados. El funcionamiento familiar y la salud mental del cuidador fueron fuerte e independientemente asociados con la salud mental de los niños y niñas desplazados.

El sistema multifondos de pensiones colombiano bajo las nuevas teorías del comportamiento financiero

En Colombia, después de casi dos décadas de la creación del régimen de cuentas privadas, se implementó una reforma donde se pasa de un sistema con un unico fondo a uno multifondos. Este tipo de reformas se vienen implementando en diferentes paises europeos y de Latino America. A la luz de las teorías clásicas dicha reforma trae mejoras en el bienestar de los individuos; sin embargo, la literatura sobre las nuevas teorías del comportamiento sugiere que los individuos no siempre toman decisiones que están de acuerdo con los supuestos de las teorías clásicas. Este trabajo estudia esta reforma en Colombia bajo algunas de las teorías del comportamiento financiero. Se encuentra que aún cuando el afiliado se quede en la opción default , o actúe con aversión a la pérdida, va a obtener valores en sus cuentas privadas mayores a las que obtendría con un sistema de un único fondo.

El sistema multifondos de pensiones colombiano bajo las nuevas teorías del comportamiento financiero

En Colombia, después de casi dos décadas de la creación del régimen de cuentas privadas, se implementó una reforma donde se pasa de un sistema con un único fondo a uno multifondos. Este tipo de reformas se vienen implementando en diferentes países europeos y de Latino América. A la luz de las teorías clásicas dicha reforma trae mejoras en el bienestar de los individuos; sin embargo, la literatura sobre las nuevas teorías del comportamiento sugiere que los individuos no siempre toman decisiones que están de acuerdo con los supuestos de las teorías clásicas. Este trabajo estudia esta reforma en Colombia bajo algunas de las teorías del comportamiento financiero. Se encuentra que aún cuando el afiliado se quede en la opción default , o actúe con aversión a la pérdida, va a obtener valores en sus cuentas privadas mayores a las que obtendría con un sistema de un único fondo.

“La Felicidad incluye a todos”. La construcción de un barrio mezclado en Bogotá.

El trabajo se enmarca en las discusiones relacionadas con segregación espacial, segregación social y construcción de barrios mezclados. Específicamente, selecciona el caso de La Felicidad: ciudad parque en Bogotá como un ejemplo que sirve para analizar las políticas públicas enfocadas en disminuir la segregación residencial en la ciudad a partir de la construcción de un vecindario que está compuesto por vivienda de interés social y vivienda regular. A partir de métodos cuantitativos y cualitativos se analiza cómo esta funcionando esta propuesta urbana.

Caracterización del perfil nutricional de pacientes pediátricos hospitalizados en la Clínica Infantil Colsubsidio

Introducción: La desnutrición intrahospitalaria es variable en los estudios publicados. Tiene impacto en el curso tórpido de la enfermedad, en la prolongación de la estancia hospitalaria y en los altos costos subsecuentes. No existen estudios realizados en Colombia en relación al estado nutricional del paciente pediátrico hospitalizado. Por este motivo se decidió caracterizar el perfil nutricional de pacientes pediátricos hospitalizados en la Clínica Infantil Colsubsidio Materiales y métodos: Se desarrolló un estudio transversal en pacientes pediátricos hospitalizados en un periodo entre Junio 2014 – Marzo 2015. Se realizó descripción de las variables y análisis univariado. Resultados: Se analizaron 320 pacientes: 50% niños y 50% niñas. Edad promedio: 4.6 años, predominio del grupo de los lactantes. Media de estancia hospitalaria: 4,6 días. Baja ingesta, ayuno, dolor de moderada intensidad y factor de estrés grado I fueron las variables más frecuentemente relacionadas con desnutrición. Al ingreso a hospitalización el 57.5 % se encontraron eutróficos, el 17.19% con desnutrición crónica, el 8.44% con desnutrición aguda y el 16.88% con aumento anormal de peso. Al egreso, los eutróficos disminuyeron a 56.25 %, la desnutrición crónica y el aumento anormal de peso se mantuvieron igual y la desnutrición aguda aumento al 10%. Conclusión: Los hallazgos de este estudio están en concordancia con los hallazgos descritos en la literatura. El mayor compromiso nutricional se asoció a patologías respiratorias y gastrointestinales y a mayor estancia hospitalaria.

"Padre, perdónalos porque no saben lo que hacen": una perspectiva semi-compatibilista

Si se interpreta la primera palabra de Cristo en la cruz, con referencia a los verdugos que causaron su crucifixión, en clave de omnisciencia divina luterana y ausencia de posibilidades alternativas, surgiría una aparente contradicción en cuanto a la responsabilidad moral y el deber de aquellos: ¿Cómo sostener su responsabilidad moral si no contaban con posibilidades alternativas, y si al parecer no sabían lo que hacían, y cómo atribuirles deberes que no podían cumplir? Esto se puede resolver desde de una perspectiva semi-compatibilista, y responder, así, que: 1) la ausencia de posibilidades alternativas y la ignorancia no excluyen el que los verdugos puedan ser considerados moralmente responsables por la crucifixión de Cristo, y 2) la imposibilidad de cumplir con ciertos deberes no excluye el que los verdugos tuviesen dichos deberes y pudieran ser considerados moralmente responsables por su incumplimiento.

The use of insect cells to identify potent and selective inhibitors of the replication of the Dengue and Chikungunya viruses and unravel their molecular mechanism of action

Dengue and Chikungunya viruses cause the most important arthropod-borne viral infections for humans. These viruses are predominant in tropical and subtropical regions. In addition, these viruses are predominant in tropical and subtropical regions. Dengue mortality rate is around 1.2 to 3.5% and deaths due to chikungunya fever are around 1 in 1000; however, half of chikungunya-infected patients evolve into a chronic state that can persist for months up to years. There are no antiviral drugs available for DENV and CHIKV treatment and prevention. Moreover, vector control strategies have failed so far. Thus, the development of potent inhibitors for a broad spectrum of RNA viruses is urgently needed. We established and characterized a new embryonic insect cell line from Culex quinquefasciatus mosquito. Also we established the flaviviruses and alphavirus replication, both in C6/36 and Lulo insect cell lines, as well as in Vero cell line. In addition we carried out a reference compound library and reference panel of assays and data for DENV, which provides a benchmark for further studies. During this study, a panel of 9 antiviral molecules, with proven in vitro anti-dengue virus activity and that act at different stages of the DENV life cycle, was selected. Finally, Favipiravir or T-705, was identified as inhibitor in vitro and in vivo of alphaviruses and the mutation K291R in nsP4, which is responsible of the polymerase activity, was found as the mode of action in CHIKV. Interestingly, lysine in motif F1 is also highly conserved in positive-stranded RNA viruses and this might explain the broad spectrum of T-705 antiviral activity.